2OBIA

Crystal structure of the selenocysteine to cysteine mutant of human phospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase (gpx4)
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
DDWRCARSMHEFSAKDIDGHMVNLDKYRGFVCIVTNVASQCGKTEVNYTQLVDLHARYAECGLRILAFPCNQFGKQEPGSNEEIKEFAAGYNVKFDMFSKICVNGDDAHPLWKWMKIQPKGKGILGNAIKWNFTKFLIDKNGCVVKRYGPMEEPLVIEKDLPHYF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for catalytic activity and enzyme polymerization of phospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase-4 (GPx4).
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Phospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase (GPX4)
total genus 60
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 1.11.1.12: Phospholipid-hydroperoxide glutathione peroxidase.
pdb deposition date 2006-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00255 GSHPx Glutathione peroxidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2obiA00
3VLNA 5DJMA 4WKWA 5G2ZA 1KEBA 3QAGA 4DSRA 2H6YA 3HZ8A 1SJZA 2DMLA 4GXZA 4OO5A 4IQ1A 1PKZA 3GL3A 1GSQA 3ZFLA 1GSFA 3BD2A 4MLYA 4EDZA 1GTIA 1ILOA 2DIYA 3P8WA 5D73A 2YJ7A 3CRTA 1PD21 4I2TA 3GHAA 1K3YA 1PL1A 3KIJA 3EVIA 2VOCA 4QL9A 5ECOB 3DKSA 4XTSA 3E9JB 2NVLA 1K0CA 2X64A 4OFNA 1QXHA 1X9WB 2ALBA 2JSYA 1TI1A 5ELAA 2H6XA 1GP1A 1R26A 2RUEA 2I81A 2DSAA 1YQ1A 4JU5A 2VL2A 1PA3A 1SJ6A 5ECIB 5KN0A 3CSHA 3HXSA 2BMXA 4NWYA 3SWLA 2QSIA 3KGKA 4L8EA 4PURA 3HD5A 4IW9A 2LTKA 3F3QA 3J7Yk 5F8BA 2C3QA 2J9HA 3D5JA 5KEJA 5D9XA 1FOVA 1T4YA 3IXRA 1XWGA 1EGOA 3KTBA 3BBYA 1VF3A 3EE2A 2PGTA 5IMAA 4G2EA 1XOBA 3O76A 2GDRA 3TCOA 4IBPA 4KAEA 3MWHA 5CRWA 1YKCA 1XCCA 5IOWA 5G30A 4YH2A 4KUNA 5AISA 2LQOA 2ON7A 1ERWA 3A2XA 2M46A 3IRAA 1NHOA 1B8XA 4DSSA 4FO5A 4F0BA 5HFGA 1RK4A 5JCUA 3WT1A 4TXOB 2YJHA 5DQYA 4PXOA 3CSJA 3LWAA 3IOSA 2GTUA 5INYA 1VF2A 3AY8A 18GSA 3UL3A 4MF5A 5CO3A 1PGTA 5IO2A 2GQMA 2K6VA 2H75A 4G10A 5ECSA 3Q19A 2R4VA 3TJJA 3I69A 4GTUA 2H1BA 1OC9A 2X8CA 1V9WA 3H8QA 5HR3A 3LEFA 3F6FA 4KW6A 4YQUA 2L59A 2HE3A 2WJUA 5ELGA 3GRXA 1GSDA 4KSOA 4KH7A 5G1LA 5B8BA 2F51A 3UAPA 2HI7A 3QDNA 3GTUB 5ECQB 1T1VA 1TJDA 4KA0A 1YY7A 1Q4JA 4ZILA 2BJXA 4ACSA 1EEJA 1M9AA 4NV2A 1GNEA 3GH6A 1J08A 1O85A 1IYHA 5ECNB 3IDVA 3UJ1A 1SENA 2F9SA 4O7HA 4TR3A 3G9BA 1AAZA 3HZ4A 2I9HA 2YV9A 2FY6A 4P3YB 1EEMA 4ZBBA 4HEA2 1IYIA 3KTLA 2GLRA 2WB9A 4TW5A 3FR9A 4OWYA 3F3RA 4ZBAA 2CAQA 3ZITA 2GVPA 3GIXA 5IMFA 2V2GA 2H76A 3EMXA 3EURA 3U6VA 1XFLA 3KEBA 5B6MA 5KN2A 2F8FA 3ZYWA 3FR3A 4J2FA 3TKPA 2PN8A 1XOAA 5E59A 2V6OA 3VWVA 3ZLPA 3KP9A 2PPTA 2IWTA 1XWKA 3QFAC 4XHMA 4POMA 4BVXA 4O32A 2YPMA 2MZCA 3ZFBA 4DEJA 4RQXA 2GSSA 1FVJA 1J0FA 1S3CA 2FD3A 2CX4A 3FZ9A 3FKFA 4HS1A 1HNAA 2XPEA 3DWVA 1PSQA 2HZFA 1M2BA 2AV4A 3ME8A 1WIKA 3V1WA 8GSSA 2GGTA 4POLA 4PUFC 2CVKA 4EL1A 4HDEA 5D9VA 5JWRB 4DSQA 5CYYA 4NV5A 1X0RA 2H0IA 1FW1A 4Q5QA 4OFTA 3IAS2 2R6KA 2B3SA 4L5OA 3Q74A 4IN0A 4N0ZA 1QK8A 1BYEA 3F9UA 1AXDA 2MBSA 3RBTA 2GZZA 3W8JA 1M0UA 1SK1A 2OKAA 5E4WA 3ERFA 5AIVA 1SKWB 5IM9A 6GSYA 1TK8B 1DSBA 2OE3A 1YZXA 2HZEA 3KM6A 1YDKA 3H4KA 5DJLA 3IA1A 4AGSA 4MK3A 3UMAA 4POBA 3LFLA 3G7IA 4WF5A 4K2DA 1I9DA 3NZNA 4FIWA 5J41A 1K0MA 4TR1A 4ZB6A 1F9MA 5HFKA 2HNLA 4MP4A 3QAVA 2GSQA 1GLPA 5CRGA 1U6TA 1JFUA 4KCEA 3FRCA 1PKWA 3M8NA 1GTBA 1FAAA 4LLRA 2XBIA 4N11A 5HR2A 4WEYA 5GSSA 1N2AA 2JACA 4V1Ap 2GS3A 2KP2A 1EZKA 2CAIA 2KLXA 2C4JA 4ULXA 3EC3A 1SD8A 2VL3A 4IJIA 3DEXA 2PVOC 1DBYA 1TK0B 4MZWA 4YAPA 3BCIA 1F3BA 1EOHA 3LORA 3LQ7A 2LKUA 1MTCA 1PRXA 3M3MA 5COHA 4HOJA 10GSA 2L4CA 1LJRA 4F9ZA 1R4WA 3TKSC 1SU9A 3DIEA 4Q5RA 5EVOA 5F07A 1S3DA 1ZOFA 1ERTA 1MEKA 5DALB 2CZ2A 3BOAA 2LS5A 3LYPA 3KMNA 4MPGA 4RQRA 5DVBA 3SBCA 3FHKA 1R5PA 4YQMA 1F6MC 4KCAA 3LGCA 4O5RA 1T8EB 1NM3A 1SL1B 2L5OA 5G31A 5FWGA 16GSA 5C04A 2IMEA 3ZMLA 1A2LA 1G7EA 5ID2A 3ZL5A 2R37A 6GSUA 1KNGA 2DJ2A 3L9SA 5A5KA 2MMOA 6GSVA 5J4UA 1EGRA 6GSXA 2J23A 4FYBA 3KZQA 5CRDA 5HR0A 2M72A 1GNWA 1XWAA 1JZDA 1EP8A 4YQVA 5CP1A 1BEDA 2B7KA 1K0AA 4Q5FA 1BQ7A 3U5RE 3GV1A 2IFQB 3MSZA 1XW9A 2AAWA 5F06A 3HJPA 1BAYA 4DVCA 4D73B 3ZIVA 2I4AA 2HFDA 2FWFA 3I43A 3EU3A 4ECCA 2JADA 4I5QA 3GKKA 1Z5YE 5D9WA 3FYGA 3DYRA 4OCEA 4ECBA 1Z7RA 1R7HA 5H5QA 4KE3A 4KB3A 3RPNA 4EE0A 1HD2A 4HUAA 5DAKB 13GSA 1PX7A 4OO4A 5L71A 2FLSA 4ZL9A 3ZMKA 3GKXA 4LMVA 3TDGA 4GLTA 1YF0A 3QD9A 1OE8A 1VF4A 2ZNMA 4K9ZA 2AJQB 4ID0A 1W89A 2YNXA 4PX1A 1X5EA 5A4UA 2C0GA 2C3NA 3IK9A 3DVWA 4EDYA 4HQSA 1FB0A 2N5BA 3IC4A 5AIXA 1T7PB 1X5CA 3HCZA 5HFIA 4HQZA 1ON4A 2IMIA 1ZYEA 5HQPA 1AC1A 4EUYA 5J9BA 1ABAA 3EMPA 2K9FA 2AB6A 3HVXA 2LJRA 1KBNA 4WXTA 1Y25A 1QFNA 1OC3A 1XWBA 3UBLA 1B4QA 1JLVA 2G2QA 1ZCPA 4WBJA 1MD4A 4ZXGA 4O92A 4MA9A 3ZREA 1G7OA 4HJMA 2HRFA 1QMVA 2LRCA 3TRPA 1VRSD 2RIIA 4XRDA 3K8NA 1U3AA 5KN3A 4ECJA 1WPIA 2DIZA 2NDOA 3C1RA 4V1Ag 3D0ZA 3VWXA 2B5XA 2HSYA 4F2IA 1GLQA 1LBKA 3IHQA 3TRQA 19GSA 3QFBC 3C71A 3A2WA 3JCML 2OA7A 2E2GA 1XVWA 3HKRA 3A3TA 2QKEA 2GSRA 4XS4A 3TKQA 2N5FA 1Z3EA 2OBIA 2FCHA 4EVMA 4TKYA 1FG4A 2KUCA 4ZIJA 5GZZB 4MDCA 3M1GA 1V2AA 2E7PA 2H66A 2R5GA 1WRYA 5IMZA 4K0NA 4F82A 3TGZA 5IMVA 4TN8A 3VFIA 4TRXA 4GSNA 3MAKA 1MD3A 4ECIA 3C73A 5LNKe 2MMAA 3TJGA 1SD9A 2LRNA 3NIVA 4ZB9A 2E2MA 1UN2A 4I97A 3GKMA 4KNDA 4MH2A 4NHZA 1XBSA 2CT6A 1WMJA 2OADA 1BJXA 4K1FA 2VL2C 2AHEA 1AW9A 3QPMA 2RLIA 1OKTA 3TKSE 2OE0A 3UARA 1DUGA 1WWJA 3G7JA 3KH7A 2HLSA 3GSTA 2IN3A 2HYXA 2DBCA 2R3XA 5IOXA 1JHBA 2R2JA 2RM5A 3APSA 3TB2A 3HY2A 1T4ZA 1A8LA 3FW2A 2B7JA 4GCIA 2K18A 1JLWA 4JBBA 4PUAA 3LJRA 2C3TA 1EV4A 2GQKA 3A5WA 4V2LA 2H1AA 2CA8A 3VPQA 2A4VA 2IJYA 2H71A 4K7NA 4L0WA 4MZCA 3D6IA 1VGLA 5IMCA 3WT2A 2PVQA 1UA5A 3N9JA 1A8YA 3W8SA 3HYPA 4KDXA 5FHIA 1TDIA 4I8BA 2YN1A 3LSZA 3G7YA 5CREA 1SKSB 3UOMA 4WR5A 4IVFA 5DALA 2JZRA 1PQNA 3GSSA 4X1UA 2EIRA 3US3A 3TUEA 3MNGA 4XS6A 6GSWA 2VM2A 2JZSA 1O81A 2RUFA 1GL8A 3M9KA 4OD7A 9GSSA 1YKAA 1S3AA 1URMA 3FZ4A 3EWLA 2ON5A 1YF1A 3CBUA 4J56E 4JEDA 3O3TA 1O7UA 3HJOA 2CV4A 5IIZA 5JCWA 1TTZA 1WOUA 1G6YA 3VI5A 4CW9A 1K0NA 1TRSA 3HVVA 5JCGA 5IPHA 1E6BA 4ZBDA 1U88A 4PGTA 3TJFA 1XVQA 2O7KA 5D96A 4E8EA 3GNJA 2H30A 3TKSA 4J57E 2LSTA 1B48A 5G5EA 4DSSB 2VCVA 4MMMA 3TOTA 4POKA 4CHSA 1ERUA 1T00A 2H74A 1K3LA 5DDLA 3QAWA 3DMLA 3IK7A 4PQIA 4ZB8A 2FGXA 1ERVA 2YWOA 1ZMAA 2MYGA 1TOFA 2QC7A 2FA8A 3P90A 2FUG2 4OMVA 5DAKA 3UBKA 3OR5A 1SKRB 1QGVA 3TOUA 5CAXA 4E8HA 3GX8A 3HA9A 2YP6A 3ZIJA 1HYUA 2WS2A 2KOKA 1OC9B 2C8UA 1TRUA 1TRWA 1B9YC 3IR4A 1GUKA 3M9JA 1GRXA 1AUCA 2V32A 4N30A 4NMUA 4IQAA 4ZL8A 17GSA 2OACA 3F4SA 2H8LA 3KXOA 4JE1A 3RAZA 2JZTA 3Q18A 3WGDA 2WCIA 3KD0A 4LL4B 2VCWA 3F4TA 1FVKA 5EPFA 2IL3A 5IQYA 1WP0A 1GUMA 1OC8A 5DCHA 3FZ5A 3O6TA 2VCXA 2IPAA 4HU9A 4GQFA 3HVSA 4ZL7A 3BCKA 4MCUA 1GTAA 4FYCA 1V98A 1Z7PA 4YAVA 3LXZA 3ZVJA 4LL1B 2VLVA 4MJCA 3CRUA 5ABRA 4MJAA 3W6GA 3CTGA 2ZUPA 1NHYA 1XZOA 2C80A 3QOUA 5CRHA 4GWRA 2FWGA 2LNTA 2OBKA 2YOIA 3L0HA 2KP1A 2AUVA 1DE1A 3WD6A 1BG5A 4CDOA 2GQLA 1SYXA 1T3BA 1XXUA 4MJEA 3I9V2 3DGQA 2F3MA 2XBQA 2MBTA 5DBQA 2CZ3A 2YANA 4TVEA 3F63A 4MF7A 4MF6A 2VO4A 4TXVA 4TXOA 4N0VA 4AF2A 2CVBA 4RI7A 2VCTA 3CTFA 1TKDB 1GUHA 1ML6A 5LCZA 2YWNA 2C0DA 1U3IA 1KTEA 1J9BA 3QCPA 4XCSA 3L9VA 4IJ3A 3S9FA 1SK0A 2P5RA 4HZ2A 4IS0A 6GSTA 4XIHA 2GSTA 3EYTA 1MDJA 3VPTA 2JL4A 1B9XC 1Z9HA 2LEGA 2LRTA 3IBHA 5J9CA 5D93A 4PQHA 2F8AA 3L78A 1ZYQB 1AQVA 1OVNA 2B1LA 2WRTA 2YZHA 3GN3A 4MJBA 2DJ0A 3KJYA 2A2RA 1MDIA 3D21A 1TXXA 3ZRDA 3CMIA 2CVDA 3GTUA 2YCDA 5ECLB 3FK8A 3TKRA 1TU8A 2YZUA 1Y6EA 5J3RA 3DVXA 1RW1A 1XWCA 4XS1A 3CYNA 4Q5NA 3GMFA 1BX9A 3GKNA 2H70A 3M0FA 5H5SA 2FNOA 2DJKA 3HJMA 2H6ZA 3I6AA 1R5AA 2L57A 1WJKA 4AJ7A 2IMDA 2B5YA 4IHUA 2O8VB 1FB6A 2B5EA 4BVYA 4GQCA 5JWQB 2HZEB 3FR6A 1PL2A 2B6MA 3TJBA 2DLXA 3ZVJD 3KCMA 2VL9A 1K3OA 2PU9C 2L5LA 2H19A 4TR1B 1B4PA 2V6KA 2GT5A 2BTOT 1AQXA 1TP9A 22GSA 4Z7XA 1LU4A 3WYWA 2D2ZA 2X8GA 4GSTA 4V2MA 2H01A 4BPYA 2LNSA 1W4VA 1GULA 1V58A 2HSHA 2NPBA 4V2NA 1O6JA 1O8XA 1OE7A 2OE1A 2ZCTA 5ENUA 2VIMA 2E0QA 4WBRD 3N5OA 1THXA 2H73A 2FWHA 3D4MA 1UC7A 1F37A 4BWSA 2X8HA 4I2UA 3VWWA 1TI3A 3PINA 3H79A 2C0EA 2MMNA 3KH9A 1Z6NA 3CXGA 2YWMA 5IMDA 2FHEA 5D9TA 4TR4A 2DC5A 2DJJA 2TIRA 4F0CA 3DXBA 3VWUA 2YWIA 4F03A 4JRRA 4MABA 2XC2A 1M99A 1ZL9A 2CX3A 1NSWA 3KMOA 2EC4A 4AJ8A 1GWCA 3LG6A 3CSIA 4N10A 5LD0A 1SL0B 2OJLA 4EO3A 5EL8A 1ZGNA 2PERA 4RUVA 5A4WA 2PUKC 4K6XA 2LJAA 2IMFA 2ES7A 5ID2B 5C00A 2O85A 4ML1A 2HRNA 4GRFA 5CNWA 1HNBA 2WGRA 1RQMA 2GZYA 1SYRA 2PMTA 2VCZA 3PR8A 1HQOA 1AIUA 1VF1A 3UIWA 2HXKA 1YEXA 3P7XA 4MH3A 1TRVA 4KSMA 1PMTA 3F0IA 3ME7A 3GL5A 1YEPA 4PQ1A 1WE0A 4K8MA 4BA7A 3GA4A 2VAFA 12GSA 2M80A 5IO0A 5G5FA 3IPZA 2B1KA 2X99A 4IP1A 1JZOA 2I1UA 4L0UA 20GSA 2P0GA 1GSUA 3F8UA 4X43A 5JWOB 4QQ7A 1SJIA 4L5LA 1THOA 3GURA 3R2QA 1M9BA 2REMA 3PGTA 4IGJA 2C0FA 5ECKB 1K0OA 3IAM2 2V41A 1XW6A 3GX0A 4TOPA 2YV7A 1Z6MA 3LXTA 3WGEA 1O73A 4WETA 2WULA 2PWJA 4HJ2A 4LA1A 2JSZA 5F0GA 4GF0A 3FY7A 2P5QA 4JR6A 1CQHA 1G6WA 3P2AA 2V1MA 2LUSA 5J5NA 3F4RA 1K0BA 2A2SA 1A24A 1N8JA 2K8SA 4I6XA 1A0FA 1AQWA 3GYKA 1FHEA 4TR0A 5FT3A 4BL7A 1X5DA 3H93A 2EIQA 4RI6A 2FA4A 1O8WA 4G19A 4OFMA 3Q6OA 2G0FA 4KDYA 2WFCA 3TJKA 4KGIA 2K8VA 2VUPA 1XPVA 2O87A 3EINA 6GSSA 1CQGA 2FWEA 1OKDA 4KX4A 4WR4A 3D4TA 3RHBA 1A2JA 3E3EA 11GSA 2IMKA 4FYUA 3GUSA 2GT6A 5GAPD 3DD3A 2C1YA 1ZZYA 3LYKA 3EU4A 2TRCP 4KDUA 1OYJA 3WGXA 2VM1A 4X0XA 2DJ3A 1A0RP 5GSTA 2H0GA 3A2VA 5GAND 1A23A 2H1GA 1SK2A 1QUWA 4IELA 4K0GA 3J7Yb 14GSA 5ECHB 2IFQA 3TRXA 1V57A 5ECRB 1TU7A 2P31A 5AGYA 4ILFA 1ST9A 4EC0A 4IKHA 4D73A 1M7TA 1TW9A 2GZPA 3H1NA 2L6DA 2I3YA 4QL7A 3RDWA 5ECPB 2LJKA 2XPDA 3ISOA 3DRNA 4XS4B 5B6NA 3UEMA 5B7CA 2PBJA 1EOGA 3RPPA 2VCQA 1OAZA 3ERGA 4HU7A 4FH8A 4K7IA 2L6CA 1C72A 3QMXA 4IP6A 1K0DA 1GSYA 4ML6A 4GSSA 2N5AA 2WDUA 1EP7A 1XIYA 1U87A 3E0UA 4HI7A 3VI7A 2HT9A 1M2DA 3F6DA 1JZRA 3HDCA 3HHVA 2DJ1A 2VD1A 4WF4A 2L4QA 2KHPA 2TRXA 2MMZA 7GSSA 1SL2B 1G0TA 1GSSA 3C1SA 4H86A 4PNFA 3VK9A 4OCFA 3GFKA 3RHCA 5HR1A 1FO5A 1NW2A 2XHFA 5DCGA 3KP8A 5DQSA 1X9MB 3ERWA 1A2MA 1M2AA 3UVHA 2CQ9A 4LMWA 4BWQA 5G1KA 4HZ4A 1H75A 3IE3A 4MZBA 2LQQA 1F3AA 4JR4A 3ZTLA 5AN1A 4EXJA 3C8EA 2VLUA 5F05A 1DE2A 1PX6A 1Q98A 1EWXA 4XRAA 3IV4A 2QGVA 2VD0A 4PNGA 3L9UA 1JZWA 4NXIA 2JU5A 3APOA 3C7MA 1GTUA 1V40A 2DMMA 3PH9A 4JZQA 2O89A 5B8AA 5KN1A 2Z9SA 3UVTA 5A4VA 1I5GA 1GH2A 2H1DA 3QR6A 2H72A 2RM6A 4G9HA 2H0HA 1F2EA 5ECMB 1E2YA 4NPBA 5D8IA 3APQA 1EV9A 4K7OA 1HNCA 3FZAA 1USBA 1QQ2A 2LV3A 1UVZA 1H4OA 3MDKA 4AJ6A 4MPFA 2WZ9A 5EY6A 3FEUA 1X9SB 1PN9A 4ISDA 4EF0A 1ACVA 1XW5A 1MDKA 3ED3A 1GSEA 3VURA 5IPGA 3ZZXA 3D22A 1TK5B 4NHWA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
How to cite