5IMDA

Xanthomonas campestris peroxiredoxin q - structure f4
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
158
structure length
157
Chain Sequence
b'TDAVLELPAATFDLPLSLSGGTQTTLRAHAGHWLVIYFYPKDSTPGTTEGLDFNALLPEFDKAGAKILGVSRDSVKSHDNFCAKQGFAFPLVSDGDEALCRAFDVIKEKNMYGKQVLGIERSTFLLSPEGQVVQAWRKVKVAGHADAVLAALKAHAK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Peroxiredoxin Catalysis at Atomic Resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bacterioferritin comigratory protein
source organism Xanthomonas campestris pv. campestris (strain atcc 33913 / dsm 3586 / ncppb 528
molecule tags Oxidoreductase
total genus 51
structure length 157
sequence length 158
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2016-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5imdA00
3D6IA 1YF1A 2LEGA 4OWYA 2DJ1A 2L4CA 2XPDA 3LWAA 1YEXA 3QFAC 4JBBA 2A2SA 5KN2A 3F3QA 3RHBA 1SYXA 3IA1A 1PX7A 2EIQA 3C1RA 3H8QA 2B6MA 2GGTA 1G6YA 1O8XA 1YY7A 3KGKA 5D9VA 1WWJA 1VF4A 4HUAA 1X5EA 1V40A 1TP9A 2M72A 4K6XA 1ERVA 2LRNA 3LYKA 4ZILA 3F6FA 3D5JA 1YF0A 2H76A 2H6ZA 4YAPA 5LCZA 3TRXA 1LBKA 2VCTA 2GZZA 1TRVA 4FYUA 1JFUA 1V58A 1SU9A 2RLIA 5EPFA 3FZ9A 2H30A 1AC1A 3UEMA 3RPNA 3D21A 3KH7A 2GLRA 3MNGA 4RQXA 1Z3EA 4OFTA 1YJ6A 3BBYA 5ID2A 1R7HA 3E0UA 2YWNA 4OFMA 5CREA 1M9AA 2H01A 2YV7A 2IL3A 2VIMA 2WGRA 2VD0A 1T7PB 3PH9A 5IMVA 3RPPA 3F9UA 3G7JA 2K9FA 4LMWA 2P5RA 1U87A 2DJ0A 5G1LA 2HYXA 5GAND 2I4AA 1GNWA 1QQ2A 1TU8A 2M46A 1ZYEA 3HA9A 4WKWA 2R2JA 2PVOC 1BG5A 2OJLA 2YCDA 4FO5A 2P0GA 2YN1A 3TKPA 1KEBA 5IMFA 4GSSA 3LFLA 4PNGA 1FVKA 2IMKA 4ECJA 4TXVA 2LKUA 4KW6A 4GSTA 3SWLA 5A4UA 3ZITA 2DIZA 2VM1A 4KNDA 2H75A 1SL2B 1OAZA 4EVMA 4LL1B 3TOUA 4BL7A 4KUNA 5IQYA 1QGVA 3ZVJA 2TRXA 1XPVA 3EVIA 1RK4A 1EZKA 4BA7A 2EIOA 3LORA 1SENA 4MF5A 2WB9A 1WJKA 5DQSA 5L71A 3P7XA 3VWWA 2CVDA 4MZBA 3EMXA 5KN3A 2X99A 4EDZA 1DE2A 4J57E 4G9HA 4MH2A 4TKYA 3LGCA 1M2DA 5E59A 4DSSB 3WT1A 3F8UA 1FOVA 1M2BA 4FYBA 3ISOA 4TVEA 3GRXA 5HR1A 3GSTA 3WT2A 3C71A 4D73A 1W89A 4TR1B 3ZIVA 3CSIA 2C8UA 4ZB6A 1GSYA 4V1Ag 1AQXA 4I8BA 5D96A 2Z9SA 4MJEA 2X8GA 1NHYA 3KTBA 3BD2A 4JR4A 4BWSA 1K0AA 3VK9A 5D8IA 2QC7A 3TKQA 3H79A 2FA8A 4HQSA 4HS1A 5ECOB 3GIXA 2CVKA 5CYYA 3CMIA 2F8FA 5DJMA 4ECBA 1M99A 1GTBA 5HFIA 5D9WA 4AJ8A 1XIYA 1Q4JA 3EC3A 3I69A 2IPAA 1XWGA 3HDCA 5C00A 3A3TA 2VCWA 4MPFA 3KP9A 3ZLPA 1GLPA 2C0DA 4BPYA 5KN1A 4XS4A 3FZ5A 5F8BA 4TN8A 4EDYA 1A0FA 3RBTA 3GMFA 4I5QA 3US3A 5ECQB 3ERFA 4HDEA 4KDUA 2L4QA 14GSA 2I9HA 1PN9A 2LRCA 3QDNA 3L9VA 1G0TA 2YZHA 2RUEA 2V6OA 1FHEA 1WE0A 2J9HA 2X8HA 2OADA 5F06A 4MDCA 3IDVA 3ZFBA 2ON7A 3VWVA 4ZL8A 4V1Ap 2HZEA 4XS1A 1XW6A 2HE3A 2MMOA 4IJ3A 2IFQA 4HZ2A 5ECRB 5CAXA 5ECKB 5DJLA 1UA5A 3G9BA 3UARA 1O81A 3HY2A 2V41A 2L57A 3C1SA 2KUCA 4JR6A 1AQVA 1WPIA 3GUSA 3DWVA 3I9V2 4WBJA 3NZNA 4CDOA 4LA1A 2FHEA 3RAZA 2ALBA 3F0IA 1T8EB 1U6TA 3R2QA 3LQ7A 1SD9A 4J56E 3RDWA 4N0ZA 1QK8A 2FA4A 4GXZA 5ECIB 4TR3A 2B5YA 4KGIA 3U6VA 1HNBA 2ES7A 1PD21 3MAKA 4FH8A 2IN3A 4I97A 4IKHA 3KZQA 1C72A 4BVYA 2OBIA 10GSA 2IIYA 19GSA 4PURA 4ML1A 3ZZXA 3UBLA 3O3TA 4L5LA 4IW9A 1X5DA 4X0XA 3LJRA 2GQKA 2VLTA 3W8SA 4DSRA 5ENUA 2IJYA 3KMNA 3FY7A 4LL4B 3CSJA 2R37A 4IBPA 4OCFA 1XCCA 3L9UA 3H93A 4HU9A 1Z7RA 1K0OA 5JCUA 5AISA 2K8SA 1TJDA 5HR0A 3GSSA 3D22A 2CX3A 3ME8A 3D4MA 3A2XA 2MZCA 1ERWA 1GSEA 1H4OA 2IMFA 3GKMA 3F4SA 4GQFA 1G7OA 5GSTA 2OKAA 2H6XA 5IOWA 1CQGA 4EKZA 1GTIA 4MA9A 1OC3A 1SJIA 1ZGNA 2IMDA 1J0FA 3RHCA 2QSIA 4MF6A 1O73A 1GULA 2X64A 2DJKA 3LXZA 3ZMLA 5IMCA 1TOFA 1DSBA 4ZXGA 2YWIA 4DVCA 2CA8A 4WETA 2O8VB 3IK7A 3KP8A 1LJRA 1FO5A 2FNOA 3IAS2 3OR5A 1JZOA 1GSSA 5B8BA 3ZVJD 1XW9A 2C3QA 1MDIA 3CYNA 5DCHA 2HI7A 3A5WA 3TJJA 2H19A 4GTUA 3GA4A 4GRFA 5J3RA 2XBIA 2NBSA 1XW5A 1E6BA 4MABA 2WCIA 4ZBBA 3IHQA 2H70A 1GTUA 5JCGA 1O8WA 2FWEA 3FW2A 5CRWA 3TRQA 2WDUA 1NSWA 3BOAA 2HFDA 3EU3A 2GSSA 3KD0A 4PGTA 2BJXA 5FT3A 3QFBC 4V2LA 4Q5FA 2B3SA 3UVHA 3GL5A 2H73A 5CRHA 2PBJA 4JZQA 2N5BA 3KIJA 3ZMKA 2FWHA 4XIHA 1VGLA 2LJRA 2NTOA 3Q74A 5HR3A 5ELGA 3IC4A 2H0HA 2VCVA 1GP1A 2B7KA 3AY8A 3GH6A 4DSSA 2GSQA 3ZFLA 2YV9A 1ILOA 1K0CA 1XWBA 1MEKA 2VLVA 3HJMA 2VCXA 3HZ4A 3KEBA 5HQPA 5CRGA 3FR6A 4TR1A 2D2ZA 3HYPA 2H1DA 1OKDA 2VD1A 2JSZA 1USBA 3M1GA 3GN3A 5IO2A 1X5CA 2QKEA 4KA0A 5CO3A 2LNTA 4FIWA 3WGDA 2CT6A 1LU4A 3ZTLA 4WF4A 3GFKA 3ZIJA 2P5QA 4IP6A 4TRXA 3QMXA 5JCWA 1TK0B 5AN1A 3QOUA 3M9JA 3IE3A 1PMTA 4CW9A 1VF1A 2NDOA 4KAEA 3GL3A 5C04A 1U88A 4GF0A 3APQA 4P3YB 2AUVA 4TXOB 4MJBA 3HVSA 2CAIA 3FR9A 3Q19A 1J9BA 2VCZA 2JU5A 1XOAA 4L5OA 5FWGA 5IMZA 3ED3A 3LSZA 1WRYA 5KEJA 1AAZA 1RQMA 5ECHB 4AJ6A 4J2FA 4ACSA 1R5PA 3P8WA 4ISDA 3TUEA 2R3XA 1EV9A 5ECMB 1MD3A 4NV2A 4PUFC 2DLXA 1PX6A 1KTEA 2LSTA 4ZB9A 3QAGA 4N0VA 3QD9A 5E4WA 4WEYA 2V6KA 1TRUA 3CRTA 3EINA 4KE3A 1BJXA 2L6CA 4K7OA 2PGTA 3GHAA 3EU4A 1GSFA 1FB6A 2GQLA 1K3YA 1OC9A 4ECCA 2GTUA 2CZ2A 2RIIA 3F4TA 5ELAA 2AAWA 5GAPD 3F6DA 5D73A 2BMXA 1NM3A 5ECSA 4ZIJA 4MZWA 2YNXA 3WYWA 3HCZA 4L8EA 1Y25A 2H71A 5DDLA 1CQHA 2KOKA 2E2GA 3IPZA 3TKSA 4DSQA 3GX0A 3G7IA 4IQAA 4K0NA 3EE2A 3I6AA 5ECLB 2LQOA 1DE1A 2J23A 4IQ1A 1WIKA 13GSA 3QCPA 1SKSB 5JWOB 2YOIA 2DBCA 1AUCA 1AIUA 1HD2A 4MF7A 1Z9HA 4TR4A 5IIZA 4WF5A 2LJAA 5F07A 3ME7A 4KH7A 1KBNA 1XZOA 1V57A 2PU9C 3J7Yk 2FCHA 2BTOT 3M9KA 3DKSA 2E7PA 2O87A 1GUMA 1T00A 1YKCA 4XHMA 4IS0A 2LRTA 4H86A 1A8LA 3HXSA 4MMMA 4JEDA 2CZ3A 3VLNA 4HJMA 4K7IA 2HSYA 2ON5A 5B8AA 2MYGA 1B48A 2YPMA 3KJYA 2OA7A 4TW5A 2VL2A 4EC0A 5IMDA 1THXA 2CVBA 5D9XA 4RI7A 2MBTA 1B4QA 4X1UA 2LV3A 5DCGA 1SKWB 2WRTA 4HJ2A 4TR0A 3NIVA 2I3YA 2O85A 2OBKA 1ZYQB 4GQCA 1MDKA 4K1FA 3FK8A 3MSZA 5DAKB 3APOA 5H5RA 1HNCA 5CP1A 3TKSE 1JZRA 9GSSA 3G7YA 3DGQA 1SD8A 2WZ9A 2MBSA 4NHWA 1T4ZA 1XFLA 1J08A 2H1GA 1TKDB 1NHOA 4WR4A 20GSA 2NPBA 5J9CA 2PWJA 4OCEA 5J9BA 2B5EA 2HSHA 2AYTA 3ERGA 1GRXA 1KNGA 2HT9A 1K3OA 3CTFA 2V2GA 3UJ1A 2P31A 2FY6A 1EEJA 2CV4A 4MJCA 3DEXA 1OC9B 1YZXA 1I5GA 3A2WA 2YJ7A 4YAVA 3WGEA 3F63A 2LS5A 1EEMA 3IR4A 2FWGA 5ABRA 4MCUA 4WR5A 3BCKA 3UL3A 1TW9A 3FZ4A 1PKZA 4AJ7A 1EV4A 4OFNA 1SK1A 2FLSA 4IJIA 4OMVA 3HHVA 4OO4A 1U3IA 4V2MA 2H0GA 1GSUA 1F9MA 3ZREA 1SJZA 2VM2A 3FHKA 1OC8A 1TDIA 1SKRB 1VF3A 1FVJA 1EP8A 3W8JA 2F3MA 3W6GA 5DALB 5IO0A 1AW9A 2PVQA 2FWFA 4LMVA 3DIEA 4N11A 2KHPA 3L9SA 4POMA 5LD0A 4NHZA 4JU5A 2F9SA 4KDXA 3LG6A 2DIYA 2MMZA 3HVVA 2GSRA 1K0BA 2G2QA 3DYRA 4IP1A 1BYEA 4MPGA 1F3AA 4OO5A 4TOPA 3TKSC 1ST9A 4QL7A 5A4VA 1V9WA 4NV5A 3VURA 4KCAA 2IMEA 3FYGA 1TXXA 2CQ9A 2TRCP 3CRUA 2E2MA 2OE0A 3MWHA 4NAXA 3BCIA 4I2TA 1EOHA 22GSA 5H5QA 4TXOA 4YQMA 12GSA 2K8VA 16GSA 2V1MA 4Q5QA 4L0WA 1S3DA 5B6MA 2HZFA 1AQWA 3FRCA 1ZMAA 4K7NA 3TGZA 4X43A 2H72A 2YZUA 3U5RE 3DD3A 1QMVA 2IMIA 3NOFA 1K3LA 2FUG2 1VF2A 3Q6OA 1ML6A 3O76A 1S3CA 1PQNA 1A23A 4ZBAA 2JZTA 1U3AA 4IGJA 4RI6A 4KSMA 4O7HA 4GSNA 2VL2C 1HNAA 2H74A 2C0EA 1PSQA 2JL4A 2R4VA 2A2RA 3O6TA 2LUSA 1EOGA 1PL2A 4EL1A 1IYHA 2G0FA 2O7KA 4HQZA 1AXDA 1FW1A 4ID0A 1T1VA 5EVOA 1TRWA 1PGTA 2WS2A 2YWOA 4WBRD 3GKXA 4ZBDA 2DJJA 2XC2A 1OE8A 2AV4A 5B6NA 1OYJA 1A2JA 4Q5RA 2HXKA 4F03A 4ILFA 3HD5A 3CXGA 1OVNA 2GSTA 4G10A 4GCIA 4XCSA 1S3AA 3VI5A 4NXIA 3GKNA 1TI3A 4AGSA 2O89A 5G30A 1DUGA 2VO4A 2E0QA 2GVPA 2F51A 4HOJA 4RUVA 2VAFA 1SJ6A 3GNJA 1Z6NA 1HYUA 4YQUA 3Q18A 4EE0A 4HI7A 1XVQA 3KM6A 1FB0A 2GQMA 4ZL9A 2EC4A 2H8LA 5HR2A 5D9TA 4MJAA 2PUKC 1GUKA 3GKKA 2VUPA 3E3EA 2H6YA 6GSWA 3TRPA 2I1UA 2GT5A 5HFKA 2XBQA 1SYRA 2OE1A 4EO3A 3IAM2 4BVXA 1FG4A 1Z5YE 2B5XA 2C80A 3LXTA 4L0UA 2DJ2A 3VI7A 1X9MB 1B9YC 2REMA 1VRSD 1DBYA 3F4RA 3DRNA 5DBQA 17GSA 2JZRA 5DAKA 3FR3A 4POKA 3GH9A 1WP0A 4HU7A 1Z6MA 1WOUA 3HZ8A 2X8CA 5AIVA 3QAVA 1O85A 1UN2A 4XRAA 2AB6A 2DJ3A 5EY6A 3M3MA 1SL0B 2EIRA 1YEPA 1SL1B 1XOBA 2C0GA 2CX4A 4XS6A 2HLSA 2VLUA 1A0RP 2JADA 1EGOA 2HRNA 2AJQB 3ZYWA 1HQOA 1N8JA 5LNKe 2B1KA 4ML6A 4LLRA 2JZSA 3C7MA 1X0RA 2H0IA 2OE3A 5ECPB 3E9JB 2CAQA 3A2VA 2H1BA 5CRDA 1A8YA 5G5EA 1T3BA 3KTLA 3SBCA 2GS3A 3TJBA 1GLQA 2H1AA 3GV1A 4Q5NA 1M9BA 2M80A 3S9FA 1YKAA 2C1YA 4EUYA 3KH9A 5JWRB 1ABAA 4NWYA 4WXTA 1ZOFA 3FEUA 1V98A 2K18A 4MP4A 2RM5A 5KN0A 2JSYA 1GTAA 2DSAA 4OD7A 4NPBA 2VL3A 2ZNMA 3D0ZA 2N5FA 1JHBA 5DALA 6GSVA 3HJOA 3GYKA 1TK5B 1M0UA 2R5GA 4F0BA 3IV4A 4JRRA 4E8HA 5G31A 5GZZB 1V2AA 1BQ7A 4GWRA 3UAPA 2PPTA 4O92A 4PXOA 1Y6EA 5JWQB 5IMAA 1JZWA 2HNLA 2VOCA 2GZYA 1PKWA 4I2UA 3GX8A 3DXBA 1XWCA 4KCEA 3M8NA 1K0NA 4K8MA 1OE7A 2HRFA 3KCMA 1F3BA 1W4VA 2YP6A 3TJGA 5COHA 3GTUA 5ECNB 2NVLA 3UVTA 6GSSA 1UVZA 3HKRA 5G5FA 3DMLA 2FGXA 5F05A 2N5AA 5J5NA 4POBA 2WULA 2KP2A 1OKTA 2MMNA 1EP7A 3H1NA 1QXHA 2L5OA 3APSA 1GSQA 4ZL7A 3CTGA 3EWLA 3IXRA 4YH2A 3TJFA 4AF2A 4N10A 3MDKA 3TCOA 5D93A 5A5KA 1THOA 4GLTA 3GURA 2DMMA 1G6WA 4PUAA 2K6VA 5A4WA 4ULXA 3VPQA 5GSSA 3IRAA 3K8NA 5CNWA 3P90A 1GH2A 4F82A 3PR8A 5G1KA 5ID2B 3DVXA 5J4UA 6GSYA 1XWAA 2LJKA 2YANA 1R5AA 2VL9A 3P2AA 5G2ZA 3IBHA 1YQ1A 2TIRA 2RM6A 18GSA 3WGXA 1B8XA 3ERWA 1K0MA 2VCQA 4XTSA 1PRXA 3TJKA 1ERUA 1UC7A 2I81A 1Z7PA 2MMAA 4K0GA 1EGRA 1R26A 4PNFA 1PL1A 4PX1A 1NW2A 3N5OA 4KX4A 1K0DA 2DC5A 8GSSA 1ON4A 2V32A 4PQ1A 4QL9A 3TKRA 1A24A 1T4YA 1ZCPA 1WMJA 5INYA 3I43A 1XXUA 4G19A 1JLVA 1ZL9A 2A4VA 1B4PA 5IPHA 1SK0A 6GSTA 5EL8A 5F0GA 4F2IA 1GL8A 1BAYA 1E2YA 1TRSA 4JE1A 1IYIA 4K2DA 3BJ5A 2QGVA 4F0CA 1TU7A 4MZCA 1JLWA 4MLYA 2C3TA 3TOTA 5B7CA 1A2LA 2ZCTA 2YJHA 3QAWA 2LTKA 2PERA 3UMAA 1A2MA 1EWXA 4YQVA 3HVXA 1M2AA 5FHIA 2R6KA 4G2EA 3QPMA 3ZL5A 4IELA 4N30A 2WFCA 4FYCA 2OACA 3FKFA 1QFNA 1RW1A 4D73B 1MDJA 5AGYA 5IM9A 2GZPA 1R4WA 3IK9A 1ERTA 2YWMA 1I9DA 3GTUB 3L78A 2FD3A 1O6JA 3HJPA 2JACA 1FAAA 2RUFA 3M0FA 2GDRA 3WD6A 3QR6A 3C8EA 4XRDA 1MTCA 4KDYA 3PINA 1XBSA 1O7UA 3L0HA 3F3RA 3H4KA 4KSOA 3J7Yb 5DQYA 1URMA 3EYTA 3KMOA 4EF0A 3TDGA 2B1LA 2KLXA 3CBUA 5DVBA 4KB3A 1TTZA 7GSSA 4HEA2 5J41A 4ZB8A 3UIWA 2C0FA 1GUHA 3V1WA 2AHEA 2L6DA 2IWTA 1F2EA 3L4NA 4MH3A 4E8EA 4ECIA 3UBKA 1F37A 1TI1A 1TK8B 4XS4B 6GSXA 3DVWA 2B7JA 2H66A 2LQQA 5IOXA 3LEFA 3UOMA 1G7EA 4IVFA 4Z7XA 1B9XC 3N9JA 4MK3A 2C3NA 3VWUA 1YDKA 3CSHA 5AIXA 3VWXA 1H75A 3D4TA 3IOSA 2DMLA 1BEDA 1MD4A 1M7TA 3C73A 2F8AA 1GWCA 11GSA 4BWQA 1BX9A 3FZAA 4PQHA 1X9SB 4IHUA 4POLA 4V2NA 1XVWA 2PMTA 3KXOA 4O32A 4F9ZA 2HZEB 2XPEA 4NMUA 1SK2A 3VPTA 1ZZYA 2L59A 4CHSA 1GSDA 3EMPA 2IFQB 2XHFA 5HFGA 2WJUA 1X9WB 4HZ4A 4IN0A 2KP1A 4RQRA 3ZRDA 3JCML 1PA3A 2PN8A 1F6MC 3EURA 1ACVA 1XWKA 3PGTA 4K9ZA 2LNSA 4EXJA 1Q98A 2ZUPA 4QQ7A 1N2AA 6GSUA 1GNEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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