4WBRD

Structure of bradyrhizobium japonicum scoi with copper bound
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
AIGGPFQLTDQNGKAVTDKSLKGKPTLIFFGYTHCPDVCPTSLFEISEVLRAMGKDADKVNAIFISVDPERDTPATMKNYLSSFDPHLEGLSGDPAEIAKVITSYRVYAKKVPTKDGDYTMDHTALIYLMDRDGRFVSPFNLKRTPEEAAADLKRYL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Chaperone
molecule keywords Blr1131 protein
publication title Structure of Bradyrhizobium japonicum ScoI with copper bound
rcsb
source organism Bradyrhizobium diazoefficiens
total genus 52
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
D PF02630 SCO1-SenC SCO1/SenC
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4wbrD00
3HDCA 4Q5RA 4D73B 1OKDA 3PINA 3KM6A 5G1LA 1H75A 5D73A 1K3LA 4TKYA 4IP1A 4ZL8A 4PQIA 2B5XA 5JWOB 1SKSB 3GKXA 1SENA 2KHPA 4N11A 3DEXA 3GURA 2E2GA 3BCIA 2PUKC 2PWJA 2FD3A 3IBHA 3LSZA 1ON4A 4WBJA 5CYYA 4K2DA 2M46A 2VCVA 3EYTA 2GZPA 1USBA 1FB6A 9GSSA 3DXBA 4NV5A 5B8AA 12GSA 4EUYA 2FWHA 2G2QA 3FY7A 2DJ2A 2C3TA 1YJ6A 4HU7A 4V2LA 4DSQA 2H72A 1VRSD 2R5GA 1B4PA 1HD2A 2REMA 4KCEA 5ECMB 4ZILA 2NVLA 1V57A 3BD2A 1JZDA 3EC3A 2GGTA 2HFDA 2GLRA 4ECCA 1AXDA 2OACA 2KP2A 10GSA 1OKTA 3N9JA 3IXRA 2LQQA 5GSSA 4OCFA 3VWWA 5EVOA 2H73A 2ZNMA 2JZRA 4E8HA 1U87A 2F3MA 2B7KA 1EGOA 3LXZA 16GSA 1X5CA 2L4QA 4MDCA 3P90A 4AGSA 4CW9A 4ECIA 2TRCP 4JZQA 1MEKA 3RBTA 4EDYA 2C0DA 4PGTA 1M99A 2F9SA 5ELGA 4H86A 1PD21 1ZGNA 3GHAA 5IMFA 4EKZA 3D21A 4IS0A 3L9SA 1OC3A 4F2IA 1ILOA 6GSYA 1OAZA 1WPIA 2H75A 5G30A 1K0BA 4RQXA 5ECSA 5B6NA 5IMDA 4YAPA 5JWQB 5IMAA 3H93A 1MDIA 3KH9A 3UARA 1H4OA 4L0WA 1BX9A 1YF1A 4KW6A 4HU9A 2PU9C 2TRXA 2A2RA 3KD0A 5J9BA 2JSZA 1U6TA 4BVYA 5CAXA 2B6MA 2VO4A 3DGQA 5IQYA 4ZXGA 2CT6A 1GSSA 1KEBA 1ABAA 2AYTA 2HI7A 3M9JA 2B1KA 1EP8A 1AC1A 4HEA2 1XWGA 2B3SA 2WZ9A 4ZIJA 3WGDA 2YCDA 5ECHB 2K18A 2JZTA 1V98A 1B9YC 3QD9A 4WETA 1Z9HA 5KN3A 2DBCA 1GH2A 2H70A 2D2ZA 5AIXA 5EPFA 4L0UA 1Z6NA 2YJHA 4TXOA 2H6ZA 1JZRA 5J4UA 3VURA 3TGZA 2O85A 3ERWA 2LNTA 3BJ5A 2FWFA 3VLNA 4KB3A 5IOXA 2HRFA 4LL1B 4DEJA 3F3RA 2YZUA 3C71A 3U5RE 1Y25A 3WD6A 2C1YA 5E59A 5B8BA 5EY6A 4O5RA 1YY7A 2GS3A 2WGRA 2AUVA 4N0VA 4ML6A 1K3YA 5AIVA 3IE3A 2CVBA 3ME7A 3KMNA 3APQA 3L0HA 4XS4B 4LMVA 5J9CA 11GSA 1M2AA 2VIMA 1T7PB 5DALB 2CX4A 2YNXA 3IK9A 3BCKA 3MDKA 20GSA 1TP9A 4MJEA 4K7NA 3FR9A 4XS6A 5G5EA 3EMPA 2R37A 1GNEA 3DKSA 3FR3A 4N30A 3N5OA 2HSHA 2VOCA 3P2AA 3ZZXA 3DRNA 2MBTA 4EXJA 5B7CA 2FWGA 5AISA 1PQNA 3I6AA 4KE3A 4PNGA 2LUSA 4DVCA 2VUPA 3CSHA 14GSA 2IFQA 1EWXA 2OKAA 4E8EA 5H5QA 4MJCA 1T1VA 3GTUA 1WP0A 4BL7A 3NZNA 5HFKA 4OWYA 1GTAA 1HNAA 4HQZA 1AUCA 5DVBA 1I9DA 1IYHA 4IW9A 3S9FA 3NIVA 5AGYA 1DBYA 3DVWA 2JACA 3FK8A 1VF1A 2H0GA 3D5JA 2FA4A 4MLYA 1GSYA 1THXA 1GUKA 3VPTA 4KGIA 2DMLA 3RPPA 4KAEA 2XHFA 2E2MA 2ES7A 3KZQA 5CRDA 4ISDA 4G2EA 3JCML 5CP1A 2AJQB 2DJJA 1OYJA 5ECPB 1GTBA 3L4NA 4BPYA 4QQ7A 3HZ8A 4O92A 1GSFA 2CX3A 1NHYA 4JU5A 4KX4A 1TU7A 3UBKA 2VCQA 4NMUA 3TKPA 3GL5A 1QQ2A 4EDZA 2P31A 5IOWA 2FY6A 2YWMA 2DLXA 6GSXA 2CZ3A 3G7JA 2P5QA 4IVFA 2P0GA 4PQ1A 2MMOA 5H5SA 1WOUA 3A2XA 4IGJA 2H71A 2IJYA 5ID2A 3TOTA 2L59A 1XWKA 2VL2A 3WYWA 2LSTA 5IM9A 3LQ7A 1OC9A 2Z9SA 3L9VA 1FB0A 1SD9A 3ZITA 1K0NA 3TB2A 3HCZA 1KTEA 2N5AA 3IPZA 1F2EA 3GN3A 1AQXA 4QL9A 5G1KA 2H1DA 3D22A 3GH9A 1WMJA 3SBCA 1ZZYA 5LD0A 2CQ9A 3ME8A 4IQ1A 3KP9A 4RUVA 3ZIJA 4XS1A 1XWAA 2IFQB 3GSTA 1T8EB 1GLQA 4ILFA 5F06A 1SK2A 4MZCA 2HZEA 1S3DA 3DYRA 3VK9A 6GSUA 3GMFA 2GSRA 3UEMA 1G7EA 4MPFA 4TXVA 3LGCA 2DSAA 4ULXA 4IQAA 2CAIA 5HR0A 3GA4A 5GAPD 1KBNA 3KEBA 3HYPA 1SU9A 3VI7A 2K8VA 5J5NA 3L78A 2XBIA 2LJAA 2I81A 2LS5A 3M3MA 2ALBA 1K3OA 1WJKA 3EMXA 2B7JA 4K0GA 3QOUA 3TOUA 4OMVA 1OE8A 2BJXA 2N5BA 4PURA 3IV4A 2DJ1A 2JU5A 1O8XA 1PMTA 3GX8A 3EVIA 1SL2B 5EL8A 1YDKA 2ON5A 3ZMLA 5F8BA 2QGVA 3DWVA 2DC5A 3RAZA 1SK1A 3C1RA 4RI6A 3NOFA 5F05A 1TRWA 2ZUPA 4MF5A 4TOPA 1FVKA 2VL3A 2WFCA 2F51A 1FG4A 3HJOA 5IPHA 1Z7PA 1E2YA 2QSIA 3TUEA 2H6YA 1ZL9A 4WXTA 2X64A 5IMCA 4XHMA 2GT5A 4LL4B 7GSSA 5IO2A 3CTGA 5D9XA 3F63A 5ECIB 4IELA 3TRXA 2IIYA 4KDUA 3QR6A 2GQKA 5C00A 2TIRA 5CRGA 1T4YA 2HXKA 1SKRB 5ELAA 3FR6A 3VWUA 5A4UA 4DSRA 4POMA 2VAFA 2YN1A 3GSSA 2LJKA 2IN3A 1MD4A 2H19A 1UVZA 4J2FA 4JRRA 3J7Yk 1TXXA 2VCXA 2PGTA 3ZVJD 4I5QA 2L5OA 1G0TA 1PL2A 4WF4A 3IAM2 1G7OA 3GNJA 2WULA 3D6IA 4OD7A 2OADA 2K8SA 2XPDA 3A2VA 4GSTA 6GSWA 2DJ3A 4K7IA 5D96A 2V41A 5ABRA 1R5PA 4WR4A 2L6CA 4XRAA 4JR4A 3UVHA 5LNKe 1UN2A 4G19A 1XPVA 4JEDA 1YEXA 5KN2A 1HNCA 4K7OA 1ERTA 2J9HA 4P3YB 3QCPA 3LWAA 2EIQA 1ML6A 2XC2A 3EURA 1J08A 4MF7A 1GWCA 2V6OA 2IWTA 4Z7XA 1ACVA 3P7XA 2OE1A 1PL1A 4KH7A 5DJMA 4V2NA 3HVXA 5DAKB 2H1AA 3DD3A 3VI5A 3LJRA 2HRNA 4X0XA 2JZSA 2AB6A 4ZB6A 4JE1A 4NXIA 1X5EA 3ZFLA 4WKWA 3KH7A 2I3YA 2H30A 2MMNA 3HKRA 2HE3A 3ED3A 2MMZA 3CSIA 5IO0A 1AW9A 2YZHA 4BWQA 1XW5A 1O81A 3ZIVA 2LRCA 1FVJA 3H79A 4POKA 4TR1A 4IN0A 4TVEA 2FGXA 4FIWA 2YP6A 1QXHA 2YJ7A 3SWLA 1M2DA 2IMEA 4KDXA 5ENUA 1PA3A 1K0OA 1Z3EA 5CO3A 2O7KA 1ZMAA 4MABA 4NPBA 2FA8A 3F6FA 2C8UA 2F8FA 2V6KA 3ZRDA 5DDLA 3C7MA 2O8VB 1X9WB 4ZBDA 1XVWA 2CVDA 1YQ1A 3I9V2 4IKHA 3CBUA 4X43A 4TRXA 4L5OA 3IAS2 2H1GA 1PKWA 2GT6A 2LKUA 1LJRA 4PNFA 3C73A 3I43A 3EU3A 1BAYA 1S3AA 1GL8A 1DE1A 2GQLA 3Q18A 2N5FA 3KIJA 1JZOA 1A0FA 3W8SA 2HZFA 3GX0A 1UC7A 1NHOA 3EINA 3Q19A 3M0FA 4I8BA 4ZBBA 5GSTA 1TI3A 5D9TA 2GTUA 2VM2A 2FNOA 3UBLA 3TJGA 1PN9A 1EP7A 5H5RA 4MZBA 5ECRB 3TJBA 2M80A 2L6DA 2NPBA 1TK8B 4LLRA 3IC4A 4QL7A 18GSA 2R6KA 4IJ3A 5A4WA 4TR3A 4NHWA 2VLTA 3F0IA 3HJPA 1EOHA 2GQMA 1KNGA 5DBQA 3LEFA 3QMXA 3GL3A 3A3TA 2AAWA 1G6YA 3RHCA 1Q98A 3F4SA 1RQMA 2VLUA 2DMMA 1A2JA 1A8LA 4TR4A 4YH2A 5ECQB 1K0MA 5DCHA 2NBSA 3HVSA 2MYGA 3WGXA 3H8QA 3GRXA 1NSWA 3M9KA 5G31A 1QK8A 2EIRA 3PH9A 1LU4A 4MPGA 3TKSC 1SYRA 1XWCA 4K6XA 4PXOA 3CMIA 1GP1A 2FCHA 1R5AA 2LTKA 3OR5A 5G2ZA 1F37A 1FAAA 4ML1A 4OO4A 4DSSA 1AAZA 5GAND 1GTIA 3QFAC 2NTOA 3F6DA 1M0UA 1XZOA 1RW1A 5JWRB 4XIHA 1THOA 2RM6A 4WR5A 3D4MA 1TK5B 1B48A 2QC7A 3O6TA 1F3BA 1G6WA 1B9XC 3F3QA 3IK7A 4MH3A 1JZWA 4LA1A 4TW5A 3APSA 3ZMKA 2HNLA 2MMAA 3FYGA 1SJIA 1J9BA 1K0AA 4TXOB 4AJ7A 1GLPA 2LRNA 4I2UA 1T00A 3IRAA 2VCTA 3HD5A 1ERWA 4IP6A 1XXUA 2C80A 2RM5A 3GV1A 2WDUA 2C0GA 5CNWA 1GSQA 4MP4A 5HR3A 2K6VA 4HOJA 3R2QA 4HZ2A 2XPEA 3TRQA 4ZB8A 1F3AA 2RIIA 2VLVA 8GSSA 1MDKA 3DVXA 4IBPA 1SL1B 3M1GA 1A0RP 2CVKA 1K0DA 3LFLA 17GSA 3QAGA 1TU8A 13GSA 2IPAA 3GUSA 2YANA 4D73A 2CV4A 2OA7A 2WS2A 2KLXA 3FZ9A 1EOGA 5HQPA 3FZ4A 4TN8A 4POLA 4AJ6A 2L4CA 1FW1A 2H66A 4HQSA 2E7PA 5LCZA 3A2WA 3TKSE 2I9HA 2J23A 3Q74A 1AQVA 1XOAA 3O76A 4GRFA 2A4VA 1TOFA 1UA5A 2C3QA 1TKDB 2GSQA 2XBQA 4MK3A 3QFBC 4EVMA 1PX7A 4V1Ag 4OFMA 3GTUB 2B1LA 2FHEA 1XWBA 3U6VA 2H1BA 3P8WA 1BQ7A 4F0BA 3BBYA 3WT2A 4RQRA 2B5YA 3EE2A 5D8IA 3UMAA 3CYNA 1AQWA 4HJ2A 4GSSA 2C4JA 2GSSA 2EC4A 4K8MA 3O3TA 2ON7A 4YQVA 2H0HA 3KXOA 3AY8A 5F07A 4K0NA 2V32A 2X8HA 2HLSA 6GSSA 2RUEA 4ZL9A 4HZ4A 2X8CA 5CRWA 4MJBA 2X8GA 4OFNA 1TI1A 5D9WA 1GSUA 4BA7A 1N2AA 1ZYEA 5E4WA 1MD3A 2NDOA 6GSVA 3ZTLA 4Q5NA 4ECBA 4FYBA 2H6XA 1Q4JA 1ZYQB 1TJDA 2LJRA 2LNSA 3IDVA 1GSDA 1TRUA 4JBBA 4MF6A 5HFGA 1VF4A 4O7HA 4J57E 2CAQA 4MMMA 1T4ZA 2A2SA 3CTFA 4XCSA 2DJKA 1XVQA 4GCIA 2C0EA 4F03A 2KUCA 1M7TA 2K9FA 1JLVA 1YKCA 4N10A 5GZZB 1A24A 4BWSA 4HJMA 3A5WA 4EE0A 5ID2B 3HVVA 3US3A 1VGLA 2VCWA 3ERFA 1OC9B 5KN0A 2HSYA 1SYXA 3TJKA 1XW6A 1WWJA 4L5LA 1ST9A 5JCUA 3HXSA 3ERGA 1GULA 3GKNA 3TKSA 2PVOC 3PGTA 1OVNA 4NV2A 5JCWA 1PRXA 3ZLPA 3ZL5A 4EO3A 5IMVA 3IOSA 4V2MA 1FHEA 2PPTA 4HUAA 3FZAA 3HA9A 3KP8A 2HZEB 1T3BA 1I5GA 4EL1A 4EF0A 1QFNA 3WGEA 5FT3A 2L57A 2YPMA 1PX6A 3H4KA 1BYEA 5A4VA 3TRPA 4F82A 4FYUA 2LV3A 3E3EA 3VWXA 5INYA 4PUAA 4N0ZA 1A2LA 3D0ZA 1HNBA 5CRHA 5ECNB 5DQYA 4JR6A 4KSMA 3GYKA 4V1Ap 3VFIA 5J3RA 4XTSA 3IR4A 4ZBAA 3APOA 5DQSA 3UIWA 2IMIA 5FHIA 1TRSA 2M72A 3G7YA 4XS4A 3MSZA 3HZ4A 4I97A 4ID0A 5DALA 3H1NA 1DE2A 2AV4A 4HS1A 2GDRA 1GUMA 3CXGA 3QDNA 4FH8A 2VL2C 4ZB9A 3DIEA 4NHZA 1GUHA 4PQHA 4YQMA 2WJUA 4FYCA 1V2AA 2IMFA 1O73A 1QGVA 3KJYA 3FEUA 5D9VA 2JSYA 2O87A 1YKAA 3TKQA 1A23A 2WCIA 1GSEA 1A8YA 1XW9A 4I2TA 1YF0A 3C8EA 2YV7A 6GSTA 3QPMA 3GIXA 3MNGA 1QUWA 5J41A 1R7HA 4K9ZA 4MCUA 2FWEA 2OJLA 3Q6OA 2RUFA 2LRTA 4ACSA 3G9BA 2VCZA 1N8JA 1WIKA 5DJLA 1M2BA 1Z6MA 3QAWA 1B8XA 4GQCA 1V58A 1YEPA 4KA0A 2BTOT 3WT1A 1E6BA 3CRUA 1EEJA 1TW9A 3RDWA 5HR1A 5C04A 4G10A 2PVQA 1NM3A 4O32A 3VWVA 2EIOA 3KGKA 3W6GA 4PX1A 4ZL7A 2KP1A 1SD8A 4WBRD 2VD1A 3RPNA 4CDOA 2GSTA 2X99A 4GTUA 3FKFA 1R4WA 3E9JB 3MWHA 3FW2A 4FO5A 2YWIA 2BMXA 4OFTA 1BJXA 1YZXA 3TJFA 1SJZA 1JFUA 4F9ZA 1EZKA 2R3XA 2I1UA 2YOIA 4GXZA 5COHA 3W8JA 1CQGA 3J7Yb 3LYKA 4YAVA 2HT9A 2GZYA 2DJ0A 1SK0A 1XBSA 5ECLB 1OE7A 4GSNA 2E0QA 2LEGA 3EU4A 5ECKB 3F4RA 3E0UA 2MZCA 3ZVJA 3RHBA 2OBIA 3F4TA 4WF5A 4X1UA 2CZ2A 4OCEA 5FWGA 2H8LA 1EGRA 1AIUA 1O85A 2HYXA 3KMOA 1Z7RA 2F8AA 1Z5YE 1K0CA 5HFIA 1XCCA 1MDJA 2IMDA 4TR1B 1ZOFA 3IHQA 4OO5A 3TCOA 2H0IA 1WE0A 4J56E 4ECJA 3D4TA 3GKKA 1DSBA 4TR0A 5DCGA 1FO5A 1FOVA 2IMKA 1SKWB 3CSJA 5A5KA 1W89A 2G0FA 1W4VA 4F0CA 1HYUA 2WRTA 5L71A 4NAXA 2B5EA 3MAKA 4KUNA 5B6MA 4NWYA 1PSQA 1QMVA 3LXTA 2VL9A 5ECOB 4GLTA 1SJ6A 1DUGA 22GSA 3IA1A 3LG6A 3BOAA 1URMA 2JL4A 3C1SA 1F6MC 1VF3A 3ISOA 1EEMA 2R4VA 5KN1A 1GRXA 3KCMA 4KDYA 1V9WA 3UL3A 1BEDA 2ZCTA 4AJ8A 3GKMA 4POBA 4K1FA 1CQHA 4I6XA 2PN8A 2R2JA 1RK4A 3UJ1A 4HDEA 3TDGA 3ZFBA 2C0FA 3VPQA 3UAPA 1IYIA 4L8EA 3ZYWA 4IHUA 1O7UA 3UOMA 5D93A 4GQFA 2O89A 2LQOA 4CHSA 2PMTA 3FHKA 1F9MA 5HR2A 1EV9A 1X0RA 1O6JA 1GTUA 3KTLA 3G7IA 5IIZA 1ERUA 1C72A 5AN1A 4MZWA 4AF2A 2IL3A 3L9UA 1S3CA 3M8NA 4KNDA 1J0FA 2YWOA 3LORA 4XRDA 1PKZA 1U3IA 2AHEA 4MA9A 2YWNA 3GFKA 2QKEA 3GH6A 1OC8A 1VF2A 2MBSA 2H01A 1XOBA 2VM1A 5F0GA 1TK0B 4HI7A 2H74A 3FZ5A 2V1MA 1ERVA 1TDIA 5JCGA 2V2GA 4G9HA 4EC0A 2CA8A 3HHVA 2FLSA 4PUFC 3I69A 5IPGA 1MTCA 2PBJA 3QAVA 1ZCPA 2OE0A 2VD0A 3HY2A 2FUG2 4KSOA 2RLIA 1NW2A 3LYPA 5KEJA 4DSSB 3V1WA 3UVTA 2GVPA 1BG5A 4Q5QA 2KOKA 4GF0A 4LMWA 1M9AA 1EV4A 3TJJA 1TTZA 4YQUA 1GNWA 3F9UA 3HJMA 3CRTA 1LBKA 3ZREA 5CREA 4IJIA 5IMZA 1X5DA 1X9SB 3F8UA 3KTBA 2OE3A 3TKRA 1X9MB 4MH2A 4GWRA 1SL0B 1U3AA 4MJAA 3DMLA 1TRVA 2C3NA 1M9BA 5DAKA 2JADA 4BVXA 2L5LA 2YV9A 2GZZA 1PGTA 1JHBA 5G5FA 1O8WA 2I4AA 4Q5FA 2P5RA 3FRCA 1U88A 19GSA 4KCAA 2DIZA 4WEYA 3K8NA 4RI7A 1R26A 1HQOA 2H76A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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