4FYCA

Structural and functional characterizations of a thioredoxin-fold protein from helicobacter pylori
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
DKKSYAGLEDVFSDNKSISPNDKYMLLVFGRNGCSYCERFKKDLKNVKELRDYIKEHFSAYYVNISYSKEHDFKVGDKNNEKEIKMSTEELAQIYAVQSTPTIVLSDKTGKTIYELPGYMPSTQFLAVLEFIGDGKYQDTKDDEDLTKKLKAYIKYKTNLSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Thiol:disulfide interchange protein (DsbC)
publication title Structural and functional characterization of HP0377, a thioredoxin-fold protein from Helicobacter pylori
pubmed doi rcsb
source organism Helicobacter pylori
molecule tags Oxidoreductase
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13098 Thioredoxin_2 Thioredoxin-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4fycA00
3TJFA 2CT6A 2B1LA 1TJDA 3EE2A 4PXOA 3FKFA 3TKQA 3P8WA 3F63A 4EDYA 4K6XA 1J0FA 2OACA 1VF1A 3TDGA 3LYKA 5ECIB 4MLYA 1G7OA 2IJYA 3ERGA 2YNXA 1U3AA 5DQYA 5C04A 3IDVA 3HJMA 1SL1B 4X0XA 3QPMA 4L5LA 3UARA 5CRDA 5DVBA 2FY6A 4MF7A 4KE3A 2HT9A 1I5GA 3IPZA 3TJKA 3UJ1A 2CVDA 1T1VA 2AV4A 1AQXA 4KCEA 2FD3A 3FRCA 1T4ZA 1OAZA 5D93A 5G31A 5GSTA 2F9SA 3WT2A 3DXBA 4K0GA 4ZL9A 4HI7A 3WGEA 2BJXA 2IIYA 5IPGA 5IOWA 1NSWA 3VFIA 4IQAA 3FHKA 3GKKA 4JEDA 2DJ3A 3ME7A 3DD3A 1O73A 3L0HA 1SD9A 2C3TA 3TUEA 4EUYA 4XRAA 5HQPA 2N5FA 4YAVA 1K3YA 3ZL5A 1X5CA 1TK5B 1TXXA 3BJ5A 1AC1A 3TGZA 4IP6A 2XPEA 4N30A 3HJPA 1AAZA 2GZYA 3W6GA 4I97A 2H6XA 1YF1A 4MZCA 1SL0B 4KDXA 3V1WA 3VWXA 1SK1A 1AUCA 5ENUA 2FUG2 2VLUA 3VURA 1ZCPA 5DQSA 4O32A 1QQ2A 2EIRA 3M3MA 2VM1A 4GWRA 5FWGA 4MPFA 2VLTA 1JZOA 2M80A 2B7JA 2RM6A 2JZSA 4ZBAA 1QFNA 1PMTA 5LNKe 5HR3A 3KTLA 1S3AA 1WIKA 1XOBA 3APOA 4X1UA 3F4TA 4ID0A 3FW2A 5DCHA 2PVQA 1PSQA 2B5XA 2N5BA 2G2QA 4IVFA 3TB2A 5A5KA 3QAWA 5FHIA 2TIRA 2DC5A 2X8CA 5ECKB 5CRWA 3J7Yk 3F0IA 3VI7A 5KN3A 2RUEA 2HZEA 2H6YA 2VD0A 4OO5A 1A8LA 4AJ7A 4ZILA 2V2GA 3EVIA 3TKSE 3UBLA 1FAAA 3QAVA 3H1NA 1QGVA 1XWAA 1O81A 1NHOA 5IOXA 3D4TA 2YPMA 1PKZA 4G2EA 1GSUA 2YV9A 4NPBA 5AIXA 1DSBA 1T00A 1GUKA 1OE7A 3GN3A 3KXOA 3Q19A 1XVWA 4PUAA 2X8GA 5J41A 2HFDA 2CAQA 3O6TA 4POKA 9GSSA 2ZNMA 1GLPA 1RQMA 4QL7A 3F6FA 1A2JA 3KMOA 2AYTA 3LXZA 2L4QA 1OYJA 4XHMA 4Z7XA 3RAZA 4P3YB 1ZL9A 2FCHA 3TOUA 2R4VA 1UA5A 4IBPA 2L5OA 4KDUA 2GGTA 4WXTA 3VLNA 3CRTA 2VCZA 4G19A 1RK4A 2IMEA 1QXHA 3BBYA 4MJCA 3FZAA 1ERUA 2GSTA 1PX6A 5JWRB 2R6KA 3H79A 4NV2A 1UVZA 1XOAA 5INYA 3ED3A 3DRNA 5JWOB 1PX7A 2VO4A 2OBKA 3A2VA 3HVVA 1GL8A 2K9FA 4I2TA 2NTOA 1EV9A 2HZEB 1T7PB 3U6VA 4IKHA 3QDNA 5AGYA 5HR0A 3IRAA 3CSIA 11GSA 1PA3A 3RHBA 2YCDA 3F4SA 3DYRA 4D73A 3QMXA 2H1AA 2WFCA 4G10A 3IK7A 2JZTA 2DJJA 1E6BA 2H72A 1KNGA 5EVOA 3C7MA 4H86A 4Q5NA 3KGKA 4IW9A 2VCXA 3EMXA 1Y6EA 4BVXA 5CAXA 1TI3A 2DLXA 1B4PA 3FEUA 1R5PA 3ERFA 3UMAA 1DE1A 4MZBA 1THXA 2YWNA 1JHBA 1EOGA 3WD6A 1MDKA 4AJ8A 4GSSA 1JLWA 4KUNA 4Q5FA 1AQVA 3IBHA 5GAPD 2IMIA 3A3TA 2H0IA 5AISA 2QGVA 3Q18A 3NZNA 2WRTA 5ECMB 1HNBA 1GUHA 3GMFA 2V41A 3QR6A 1SKRB 4TVEA 5B8BA 3C1SA 2A2SA 3KMNA 4HS1A 1SJZA 3IK9A 4KAEA 1VF2A 2I3YA 1Q4JA 4IQ1A 4J56E 4GF0A 2FWFA 1EEMA 4RI6A 1B8XA 2MYGA 4NMUA 3VK9A 2IMDA 3L9VA 2NDOA 1VF4A 4HUAA 4MJAA 2EIOA 2L6CA 3LXTA 1JZDA 4XS4B 3ZVJA 1USBA 3EU4A 5EPFA 4EXJA 3DMLA 2KOKA 4AGSA 1YY7A 3TRQA 4D73B 2VLVA 3IOSA 5G30A 5IPHA 3LWAA 1XW6A 3TCOA 3F6DA 1PN9A 2B1KA 2R3XA 5EY6A 2PWJA 2LNSA 2MMNA 2FGXA 5DJLA 4GXZA 1U3IA 4MABA 4CW9A 1FOVA 3F3RA 3P2AA 4WBJA 2H01A 3LYPA 3CTGA 3GURA 1S3CA 2WDUA 2E2MA 4TR1A 1XWKA 2P31A 4DSQA 1V9WA 2M72A 3P7XA 5DCGA 4ACSA 4HQZA 1X0RA 4QL9A 3EURA 1IYIA 4PNFA 2VOCA 2VCWA 1THOA 5G2ZA 5B6MA 2LRTA 5DBQA 1V2AA 1SJIA 3GL3A 2LS5A 3E9JB 1ZOFA 1M9BA 4QQ7A 2H1GA 1EWXA 3TJBA 4JR6A 4OCEA 2I1UA 2LJAA 4NAXA 2H73A 5DJMA 5D9WA 1WP0A 1NHYA 3A5WA 1X9WB 5F06A 3DKSA 4IN0A 5C00A 4MJBA 2P0GA 2FA8A 1WWJA 2B5EA 5EL8A 3GTUA 4FYUA 3MSZA 3PINA 5F8BA 1J9BA 3PH9A 1HYUA 5HFGA 4TW5A 1FO5A 3ZIJA 2V1MA 2WZ9A 1BEDA 4K7IA 2J9HA 3IV4A 2V6KA 3M0FA 4XTSA 5HR2A 3DGQA 3VI5A 4TR4A 4K8MA 4GQFA 3GV1A 2WS2A 4RQXA 1HQOA 3F9UA 1J08A 2L4CA 3GFKA 1SENA 4YQVA 5IM9A 3NIVA 5CNWA 12GSA 3CBUA 1G6YA 4ML6A 4XRDA 1M0UA 2GLRA 2AAWA 2B3SA 1GLQA 3LGCA 3O3TA 1GSEA 1A2LA 4TR1B 4J57E 2IN3A 5CO3A 1GTIA 3MWHA 5LCZA 3GX8A 1GH2A 4ZB9A 1OC9A 1QK8A 4V2MA 1TU7A 4Q5RA 1MTCA 1FG4A 1XW9A 4EF0A 1WMJA 3TKSC 2I81A 3ZVJD 2KLXA 2LRNA 1F6MC 2JU5A 5HFKA 3US3A 2PPTA 2CX3A 4K9ZA 4DSSA 3HA9A 4KNDA 4BVYA 4EVMA 3M9JA 2FNOA 2MMAA 4ZB6A 1VRSD 1GNEA 3HVXA 4V1Ap 3SBCA 1LU4A 3GTUB 2OADA 3P90A 1EOHA 3G7JA 5HFIA 4Q5QA 2LQOA 1V58A 3UVHA 1K0BA 3UEMA 4HZ2A 6GSWA 1WJKA 2LSTA 4GRFA 3N5OA 6GSVA 3DVWA 3L4NA 5J4UA 4KB3A 3FR6A 2GTUA 3F4RA 5JCGA 1G0TA 1GSFA 1G6WA 3QFAC 2F3MA 5ECHB 17GSA 4MK3A 4ECIA 1XCCA 4FYCA 1SK0A 3M9KA 3G9BA 4LMWA 4O7HA 1V40A 1X9MB 3UBKA 1PD21 4PUFC 1XWBA 3I69A 4DSRA 3GRXA 2DIZA 4LL4B 1TRSA 3RPPA 1V57A 1H75A 2P5RA 3DVXA 1SD8A 1SJ6A 3DEXA 3VWUA 3KP9A 1OC9B 2G0FA 2JADA 3QCPA 3Q6OA 4ECJA 5ELAA 2RM5A 2E2GA 4KH7A 3TJGA 1SYRA 2RLIA 3RHCA 5L71A 2GT5A 1YJ6A 1ABAA 5G5EA 2CZ3A 1BAYA 3KP8A 5J9CA 2PBJA 2VIMA 3HDCA 4DSSB 1TRUA 4KSOA 1ERWA 1PL2A 4MJEA 4CDOA 5J5NA 4PURA 3EINA 1FHEA 2VAFA 5LD0A 2KP1A 5ECOB 2HE3A 4GLTA 1GWCA 3KD0A 2GQMA 4MH2A 1XW5A 3BOAA 2C80A 1XIYA 1A0FA 2PMTA 1ST9A 2VL3A 3MAKA 5A4VA 3EYTA 3HXSA 1VGLA 1CQGA 2EIQA 4TXOB 3I6AA 2E7PA 3HY2A 4NHWA 3ZFLA 4PX1A 4N0VA 3QAGA 1F9MA 3UIWA 2GSSA 3KEBA 2A2RA 3KM6A 1XPVA 4N10A 2OKAA 4EDZA 3D21A 3CYNA 2YOIA 1B48A 3KZQA 3FR9A 2ON7A 1EEJA 2DJ2A 3WYWA 4DVCA 1TRWA 2CVBA 5IQYA 4WR5A 3L78A 1F3BA 4TN8A 1A8YA 4IGJA 3HVSA 3R2QA 4MZWA 3GH9A 3GX0A 4ZBDA 2CVKA 1GSSA 3CXGA 1FB0A 3FZ9A 3D0ZA 2H70A 2QC7A 2ZUPA 3QOUA 2DJKA 2C8UA 5IMDA 3HKRA 4EC0A 2AB6A 1GSDA 5KN2A 3BCIA 4XS4A 4OCFA 2LJKA 4ISDA 1TP9A 1K3OA 2FWHA 5KN1A 3LORA 3FZ5A 2HLSA 1HD2A 7GSSA 3KIJA 5IIZA 3BD2A 2FLSA 1XVQA 5GZZB 2PVOC 3N9JA 1X9SB 4E8EA 4ZBBA 2NBSA 2R2JA 3D5JA 5F0GA 2H8LA 5KN0A 5HR1A 2HSYA 2DBCA 2H6ZA 2FWGA 5CP1A 3J7Yb 1OKDA 19GSA 4HZ4A 3EWLA 1T4YA 2YZHA 4K1FA 4KW6A 3KH7A 1YKCA 2H0HA 2MMZA 2KUCA 4KDYA 4TOPA 2IMFA 3DIEA 2LRCA 1V98A 8GSSA 2VL2A 4HEA2 3ZLPA 2AHEA 3W8SA 3LSZA 3GKMA 1FVJA 1YEPA 4LL1B 4F2IA 2O8VB 1BJXA 3GUSA 1GSQA 1GSYA 6GSXA 1M9AA 1PGTA 3LJRA 2B5YA 4KSMA 3SWLA 4MF5A 1KEBA 1ZMAA 5F05A 1A24A 2C3QA 1TU8A 3CRUA 2VD1A 3RPNA 1TK8B 2OE1A 1M2AA 4OMVA 4MPGA 5ELGA 2N5AA 4WBRD 4PQIA 4JR4A 2ALBA 4CHSA 1AXDA 2L6DA 5IMAA 1YF0A 2QSIA 2GQLA 2F51A 4AJ6A 4YQMA 2KP2A 4FH8A 3ZMKA 2YV7A 2XHFA 1GTBA 4N0ZA 1ACVA 3ZITA 2IMKA 2NVLA 1ERVA 1B9YC 1ML6A 2I4AA 4OFMA 2M46A 3EU3A 3EC3A 1UN2A 3OR5A 1TTZA 1X5DA 4JZQA 5ECQB 3O76A 2VM2A 1YZXA 1WE0A 1ZYEA 3K8NA 5IMCA 3RDWA 3WT1A 1F37A 2JSZA 4NXIA 3WGDA 1XZOA 4MMMA 5D96A 2IPAA 1EGRA 1Z3EA 4L8EA 5KEJA 3HJOA 2JACA 1Z6MA 3MDKA 1LBKA 2QKEA 2WB9A 1TKDB 1K0CA 2FHEA 2YANA 4ECCA 2BTOT 3GIXA 1K0AA 1ILOA 1ZZYA 5A4UA 5F07A 1Y25A 1MEKA 3G7IA 5CYYA 2O87A 1MDJA 4JBBA 5H5SA 1HNAA 2P5QA 6GSYA 2C0GA 3HYPA 2RUFA 5JWQB 3VWVA 1QMVA 4TR0A 3IAM2 3E3EA 4XCSA 2LTKA 3Q74A 1BX9A 2JL4A 1JZRA 4HU9A 1GRXA 3CSJA 4EL1A 4F0BA 3C8EA 1M2DA 4RQRA 4ZL7A 5ECSA 1XWGA 3F8UA 3KH9A 3GHAA 2HXKA 4WEYA 2C0DA 3W8JA 4ECBA 2R5GA 2H1DA 5ECNB 2Z9SA 3L9SA 1BG5A 2C4JA 4GQCA 4MP4A 4O92A 3G7YA 3FR3A 5D73A 5B6NA 2H76A 5DALB 3MNGA 2YJ7A 1SKSB 1XBSA 5AIVA 5J9BA 2CA8A 1PL1A 2D2ZA 3LQ7A 4FYBA 3EMPA 4X43A 4E8HA 1VF3A 1K0NA 3HHVA 1O8WA 4EO3A 1A23A 4PNGA 3TKRA 2O89A 5D9VA 5A4WA 2ZCTA 1SL2B 6GSUA 4JU5A 2XC2A 3HZ4A 1TRVA 2DJ1A 2K18A 1SKWB 4K7OA 5AN1A 4ZL8A 1EP7A 1E2YA 4OO4A 4KX4A 4IJIA 4POLA 3M1GA 3TKSA 4EE0A 2LNTA 5ABRA 1GUMA 4BL7A 4MCUA 2OE0A 3HCZA 3UOMA 1GP1A 2VCVA 1Z7RA 1N2AA 1TK0B 5IMVA 1B9XC 1WPIA 2AJQB 1BQ7A 5DDLA 2HNLA 3ZTLA 4EKZA 1K0MA 4PQHA 1GTUA 2YJHA 2IFQA 1K0OA 4F82A 2R37A 2VCQA 4LA1A 5CRGA 1YEXA 2WGRA 3NOFA 1PKWA 5D9XA 2ES7A 4F0CA 4BWQA 3IC4A 4YH2A 4KA0A 1CQHA 1UC7A 3UL3A 2CZ2A 3VPQA 1H4OA 3TOTA 4TXOA 3QD9A 3CMIA 2MBSA 2JSYA 5D9TA 5B7CA 4BA7A 4TR3A 1T8EB 2OA7A 1S3DA 4NHZA 2OE3A 4JRRA 3ZRDA 1GTAA 4MA9A 3U5RE 1F2EA 2HSHA 3IXRA 4XS6A 4ULXA 1FW1A 2VUPA 1O8XA 2DMLA 4NWYA 4I5QA 4FIWA 2H66A 3CTFA 2PU9C 4L0UA 2F8AA 4LMVA 2LUSA 1TI1A 4LLRA 2CV4A 4TRXA 3CSHA 4K2DA 2V6OA 4I8BA 1BYEA 3HD5A 4MF6A 2J23A 2GT6A 2TRXA 3KTBA 5FT3A 4I2UA 4BPYA 3C73A 5H5QA 5GSSA 1X5EA 2C0EA 2HRNA 2OJLA 1O6JA 3GKXA 1K3LA 3M8NA 5G1LA 5GAND 2VCTA 3ERWA 2IFQB 4XS1A 3D4MA 3IHQA 2L5LA 2GVPA 3LFLA 4MH3A 5IO2A 2HRFA 3S9FA 1DBYA 1IYHA 2X64A 2L57A 4KGIA 2EC4A 2IL3A 2H1BA 4WF5A 4HJ2A 3H93A 1FVKA 3GL5A 2O85A 2CX4A 4POMA 1EV4A 2GDRA 1WOUA 3E0UA 3QFBC 4ZXGA 6GSTA 3A2XA 4OFNA 4WR4A 3D6IA 2HI7A 1R7HA 2H0GA 4YAPA 4IJ3A 3ZYWA 5ID2A 2PERA 1GULA 2FA4A 1ERTA 1YQ1A 2K8VA 4V1Ag 3VWWA 2E0QA 3ZFBA 5B8AA 1A2MA 2REMA 1DE2A 2LQQA 2NPBA 1Q98A 6GSSA 5ECLB 1I9DA 4AF2A 4ILFA 4OWYA 4N11A 1ZYQB 4ZIJA 4NV5A 2JZRA 1B4QA 3H4KA 14GSA 5IMFA 2LV3A 2H71A 3I43A 4OFTA 5ECPB 3GH6A 4WETA 4L5OA 2X8HA 3JCML 2GSRA 1AIUA 3TRXA 2YWIA 3IAS2 4POBA 3FYGA 2MBTA 4TXVA 5IMZA 1ON4A 3IA1A 2B7KA 3GSSA 2WCIA 3C1RA 2L59A 1K0DA 2H74A 2RIIA 1DUGA 3PGTA 3ME8A 2PGTA 3I9V2 2PN8A 4YQUA 1OC3A 2YN1A 1NW2A 1MD4A 2GSQA 4WKWA 1URMA 1M7TA 3AY8A 4PGTA 4GSTA 2LKUA 4RUVA 1M2BA 4IELA 3IR4A 2O7KA 4OD7A 3WGXA 1W89A 4KCAA 3ZIVA 2FWEA 3DWVA 1PQNA 3TJJA 5ID2B 3UAPA 3GSTA 3ZZXA 3GNJA 4I6XA 4GCIA 1RW1A 2H75A 2GS3A 5H5RA 2MMOA 2YWOA 1Z6NA 4IHUA 1A0RP 3PR8A 4ZB8A 13GSA 3FZ4A 1U88A 3KJYA 3GA4A 3LG6A 10GSA 3KCMA 4O5RA 5E4WA 4DEJA 1T3BA 4XIHA 1TW9A 5DAKA 5G5FA 1TDIA 1Z9HA 22GSA 2KHPA 2HZFA 2GZPA 1OE8A 3LEFA 1OC8A 3FK8A 5G1KA 1N8JA 4J2FA 1XFLA 2WULA 3TKPA 3GKNA 2VL2C 5CRHA 1MDIA 1QUWA 1XXUA 4FO5A 1PRXA 2CAIA 1R5AA 5E59A 3GYKA 1OVNA 5CREA 2YP6A 4TKYA 2C0FA 2XPDA 1OKTA 2DSAA 1TOFA 1G7EA 4PQ1A 1M99A 2C1YA 4K0NA 1JZWA 1U87A 2K8SA 4RI7A 4BWSA 2IWTA 5DALA 1AW9A 1JLVA 2DJ0A 1O85A 2CQ9A 4HDEA 4ML1A 1R26A 4K7NA 4WF4A 4IS0A 1KBNA 4V2NA 2K6VA 4GSNA 1MD3A 2GQKA 2YWMA 1YDKA 2HYXA 3A2WA 2GZZA 1F3AA 16GSA 1EZKA 1SU9A 4V2LA 5COHA 3UVTA 1AQWA 1ZGNA 2TRCP 2XBQA 2H19A 2DIYA 2LJRA 2LEGA 5JCUA 2MZCA 1SK2A 4HU7A 5JCWA 1EP8A 2ON5A 1NM3A 20GSA 2A4VA 2C3NA 1C72A 1LJRA 2OBIA 4HOJA 1HNCA 5DAKB 2PUKC 3TRPA 4HJMA 1EGOA 3APSA 1YKAA 5D8IA 3D22A 3VPTA 2H30A 5ECRB 3ISOA 3F3QA 2B6MA 4F9ZA 3RBTA 2V32A 3ZMLA 1GNWA 3ZREA 4F03A 1O7UA 2F8FA 2I9HA 5J3RA 3IE3A 3APQA 1Z7PA 2WJUA 1SYXA 3C71A 3L9UA 2YZUA 3FY7A 2X99A 1XWCA 2VL9A 5IO0A 4GTUA 1W4VA 18GSA 2AUVA 3HZ8A 3H8QA 1JFUA 1U6TA 1KTEA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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