4V2LA

Crystallographic structure of thioredoxin from litopenaeus vannamei: radiation damage effect at 3.4 mgy, focused in disulfide bonds.
Total Genus 35
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
35
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
MVYQVKDQEDFTKQLNEAGNKLVVIDFYATWCGPCKMIAPKLEELSQSMSDVVFLKVDVDECEDIAQDNQIACMPTFLFMKNGQKLDSLSGANYDKLLELVEKNK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords THIOREDOXIN
publication title Crystallographic Studies Evidencing the High Energy Tolerance to Disrupting the Interface Disulfide Bond of Thioredoxin 1 from White Leg Shrimp Litopenaeus Vannamei.
pubmed doi rcsb
source organism Litopenaeus vannamei
molecule tags Oxidoreductase
total genus 35
structure length 105
sequence length 105
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.8.1.9: Thioredoxin-disulfide reductase.
pdb deposition date 2014-10-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4v2lA00
3Q18A 2IMKA 4WETA 1ML6A 3HVVA 4AJ8A 2AYTA 4F9ZA 2ON5A 1VF2A 2L59A 3F3RA 2DIYA 4FYBA 4MJAA 1QGVA 5B6NA 5H5SA 2LRCA 2LTKA 1T8EB 3LEFA 2RM6A 4ISDA 4DSSB 4CW9A 1K0OA 3HVSA 3E3EA 4JBBA 4F0CA 1KEBA 2B3SA 1OAZA 2L4CA 3D4TA 3ME8A 4I2UA 2VIMA 4PNFA 1QK8A 3GNJA 3UAPA 2JACA 3C1RA 2EIRA 2CVKA 1K0CA 3KCMA 3LFLA 1ERWA 4EL1A 3FEUA 2DC5A 5DBQA 4N10A 2OBIA 1JHBA 5INYA 3KP9A 1X9WB 1USBA 4GSSA 4RI6A 1U3AA 3LSZA 2F8AA 3ZL5A 2ZUPA 1AIUA 5AIXA 2IFQA 2B5EA 2PPTA 1SJZA 3HD5A 4Q5FA 4QQ7A 2OKAA 1HNBA 3WYWA 4J56E 3KTLA 2YJHA 3GH9A 1GNWA 4LL4B 5DCGA 1OE8A 4KDUA 3HYPA 3F4SA 4POMA 5AISA 1EWXA 2DMMA 1OKDA 2BTOT 1SD8A 4OCFA 3F63A 3IHQA 4O5RA 4NWYA 1SENA 1IYIA 2B5XA 4Z7XA 4RI7A 3IAM2 3EURA 4WEYA 4MP4A 1AQXA 1EV9A 1Z7PA 1GUHA 5HFGA 2YWNA 1HQOA 2DJJA 3FZ9A 5EVOA 3ZRDA 2PVQA 1BAYA 1TDIA 3GKNA 1X0RA 2H0GA 4CHSA 3M9JA 3IRAA 1PD21 2VO4A 5ID2A 2GGTA 1PGTA 1XBSA 4JE1A 3CYNA 4PGTA 3FYGA 4TVEA 4I97A 2H01A 1A0FA 1HD2A 1J0FA 1G7EA 1FOVA 1ON4A 1SYRA 4ZILA 4XIHA 5COHA 4HJMA 1FO5A 5FT3A 1G6WA 2FA4A 3FRCA 4TXOA 3MSZA 3CSHA 3APSA 4IQAA 1EGOA 2VD0A 3QCPA 4K8MA 5ENUA 1XXUA 3A2XA 2WS2A 2GT6A 2WCIA 4IVFA 2EIQA 4OFMA 2DLXA 3UL3A 4DEJA 2IFQB 2MYGA 3KGKA 1TI3A 4EO3A 2FLSA 2DJ2A 1GSFA 2LSTA 3QFBC 2FNOA 3G9BA 2R4VA 3KH9A 3PGTA 4MZCA 2LRNA 2FY6A 3LG6A 1TK5B 5IMAA 3VPTA 4O7HA 1KBNA 2K8VA 2HI7A 1YEXA 4WF5A 3GA4A 4YAPA 4BVXA 3KIJA 5HR0A 2KP1A 3RHCA 5AGYA 1Y25A 5GAPD 4GRFA 4V1Ap 4IKHA 5DALA 2OJLA 1A8YA 3GX0A 3H93A 1TRSA 4GXZA 5ABRA 3HZ4A 8GSSA 2ON7A 4G9HA 2LJAA 4PQHA 2VCQA 4KCEA 1K0NA 2GQLA 3VWXA 4EVMA 2H6YA 5ID2B 2ZNMA 5L71A 1F6MC 2YWMA 2GSTA 11GSA 2I81A 2O85A 3IBHA 1RK4A 1R7HA 2E2MA 3WGDA 1TTZA 1G0TA 1U6TA 3KM6A 1SJIA 4TXOB 2GDRA 1TU7A 2XHFA 2GZPA 4PURA 4XS6A 1E2YA 1UC7A 3VI5A 1M0UA 3Q6OA 4N0ZA 2OE1A 1F3AA 2VD1A 5J3RA 2C3TA 2P5QA 4BVYA 3A2WA 4F0BA 2PERA 3EVIA 4IP6A 3F4TA 4BL7A 1AQWA 3KJYA 4O32A 1VRSD 1F2EA 2R2JA 4BWQA 4MDCA 1SL2B 1PKWA 1XW6A 1TU8A 1PL1A 5C00A 3M0FA 4K7NA 1O6JA 2RLIA 3LJRA 1MD4A 1FHEA 5F07A 1GH2A 5B7CA 3L78A 4EDYA 4ZL9A 1XWKA 1AAZA 3BJ5A 2PUKC 2WRTA 3CBUA 3TGZA 4XTSA 5DALB 1AXDA 18GSA 4L8EA 2KHPA 4KCAA 4TW5A 4GCIA 2VL2C 4NHWA 5IMDA 4LMWA 2C3QA 3DEXA 2PWJA 2KOKA 2XC2A 2L57A 2GT5A 1DUGA 5A5KA 2LS5A 2RIIA 4TR3A 3QPMA 2A2SA 1GSYA 2V6KA 1Y6EA 4PXOA 1M9AA 2MZCA 4KGIA 2VL2A 4MH2A 2C8UA 1K0BA 1PN9A 2NVLA 5DAKA 1XWCA 2QC7A 3BD2A 4DSRA 2I4AA 1Z9HA 4F82A 3EU3A 2Z9SA 3PR8A 4TR4A 1XVWA 3ZFLA 5DCHA 2DJ1A 1VF4A 2HE3A 2FGXA 5ECSA 4K7IA 4K9ZA 3DVXA 3RBTA 3F4RA 3QOUA 1X5DA 4MJBA 4HU7A 4KSMA 5DDLA 3IV4A 5G1LA 2JU5A 2L6CA 2YZHA 1NSWA 2BJXA 3FZ4A 5G30A 1EOHA 5CYYA 4LL1B 3QAVA 4K0GA 3ZITA 3MNGA 5G2ZA 3L0HA 4KE3A 3TKSC 1HNCA 2K9FA 3GIXA 4K6XA 1WRYA 3IR4A 6GSUA 3NIVA 1ST9A 5CNWA 4TN8A 1Q98A 1JLWA 1B9YC 5ECQB 2V32A 3BCIA 1YKCA 3K8NA 4KNDA 5ECIB 2HRNA 4ECBA 2TIRA 5KN3A 2YP6A 4POBA 1EOGA 4I5QA 2JSZA 4BPYA 5ELAA 2VUPA 5H5RA 1WOUA 5KN2A 1YDKA 3ME7A 3W8JA 5GSSA 3VLNA 4JRRA 3CRUA 1THOA 4WBJA 3HXSA 3ZIVA 2YWOA 10GSA 5ECNB 2DSAA 4K2DA 4G19A 4I6XA 1XOBA 2O8VB 2P0GA 1AUCA 1G6YA 2WJUA 3H4KA 4V2MA 3VURA 1GSEA 2HYXA 1ZL9A 1PL2A 2REMA 3TDGA 4TR0A 5DAKB 4OFNA 2CAQA 1Z7RA 2GSSA 5KEJA 3Q74A 2AAWA 3MWHA 1YEPA 2H30A 2LNSA 3U6VA 1MDKA 1R5AA 5LNKe 4IN0A 1GUMA 3P90A 4ECCA 2F8FA 2FWEA 2X99A 3IE3A 3BCKA 3F6FA 3UBLA 4KW6A 4ULXA 4ZBAA 1GL8A 1GRXA 3F6DA 4K0NA 2IMIA 5D9VA 2H74A 3VK9A 1YQ1A 1F9MA 2LEGA 2WULA 2L4QA 2VL3A 4PNGA 4F03A 1A8LA 1U88A 2VOCA 1GLPA 1OVNA 2M46A 4HQZA 3TJFA 5ECKB 1OC9A 3L9UA 1AC1A 5J5NA 5IO2A 2OBKA 3DVWA 1UA5A 4X43A 3IPZA 4JR6A 4H86A 5IM9A 5G5EA 1U3IA 3APOA 5ECHB 7GSSA 5C04A 3QDNA 5F05A 1PSQA 1MD3A 6GSTA 1XW9A 3ZVJD 3G7YA 3A3TA 4WR4A 3HJPA 3RPNA 3RHBA 3KMOA 1V57A 3UJ1A 3NOFA 2V41A 12GSA 2VCTA 3CMIA 1TP9A 2PBJA 3IK9A 2JADA 2J9HA 1ZZYA 1TJDA 2LNTA 2N5AA 2E0QA 1ILOA 5GSTA 2HLSA 1X9SB 1FG4A 1CQGA 2BMXA 4MA9A 2GSRA 2YNXA 3DD3A 4NV2A 5AIVA 4Q5QA 4GQCA 5J4UA 3VFIA 1ZYQB 5ECPB 5IMCA 1EGRA 2L5OA 4FYUA 2FWFA 1TK8B 1XVQA 4PQIA 4KDYA 5CRHA 2E2GA 3TKRA 4MF6A 3TRPA 4NPBA 1XWAA 1Z5YE 1TKDB 2HXKA 2PU9C 1AW9A 4KH7A 5CRWA 2JL4A 3C8EA 3RAZA 1ERVA 3G7IA 5F06A 3H1NA 4O92A 4X0XA 3C7MA 1PA3A 1FVJA 1V2AA 5CRDA 2V2GA 3F9UA 2C80A 3LQ7A 3UARA 5H5QA 2FA8A 4AF2A 2PGTA 2YPMA 3DKSA 6GSXA 1OC9B 1OE7A 5D9XA 3FK8A 1OKTA 2R3XA 4GQFA 1JLVA 3UOMA 1H75A 1TRUA 3DYRA 1PKZA 1YZXA 2OADA 4J57E 2DIZA 1LU4A 2F51A 3M9KA 5B8AA 3TKSE 3FW2A 2QGVA 4RUVA 1X5EA 3CXGA 3PH9A 2MBSA 1TK0B 3NZNA 2FWGA 2VAFA 3SBCA 4WR5A 1JZRA 1M9BA 2H1BA 4ID0A 3IAS2 1ZGNA 3TJJA 4NXIA 4AJ7A 3HVXA 4K1FA 5GAND 3DRNA 1V40A 2H19A 4ZL8A 4EXJA 4J2FA 3MDKA 4GSNA 4N0VA 3UVHA 1A2LA 3GKXA 3TJBA 1A2JA 4POKA 3HJOA 3HKRA 5EL8A 3E0UA 3N9JA 3GFKA 1H4OA 2H66A 5ELGA 1YKAA 3R2QA 1GTUA 5E59A 2C4JA 2N5BA 1QUWA 2AV4A 3GUSA 2X8CA 1FAAA 4KB3A 2VCXA 5CO3A 5HR2A 2V6OA 1M7TA 1GSSA 4OFTA 4CDOA 4MF7A 3DGQA 3F0IA 5CRGA 4MLYA 2LV3A 4TOPA 1X9MB 4Q5RA 1A24A 6GSVA 3S9FA 1KNGA 4MJEA 3DWVA 20GSA 3ZTLA 4D73A 5JWQB 1FW1A 1BG5A 2VM1A 4GTUA 1GNEA 3LXTA 4OWYA 2X8HA 4Q5NA 4MK3A 2FHEA 4WF4A 5G1KA 1WJKA 2EC4A 1R4WA 2H73A 3HJMA 3L9VA 2OACA 2MMOA 2VLVA 1V9WA 4DSQA 2OA7A 2G0FA 3VWWA 5JWRB 2AB6A 3M3MA 2PMTA 1T4ZA 2HSYA 1NM3A 4ZXGA 1K0MA 5A4UA 2H6ZA 2VM2A 2LUSA 3LXZA 5LD0A 1JFUA 3GSTA 4ML1A 4IQ1A 4LMVA 6GSSA 1MDJA 1T1VA 4IBPA 1LBKA 1T3BA 3W6GA 3QD9A 3WT2A 4NMUA 3GL5A 3D6IA 1K3YA 1Q4JA 3ISOA 4HQSA 3DIEA 2H1GA 5IQYA 2CZ2A 4L0WA 4PUAA 1JZDA 5FHIA 3HA9A 1RW1A 4MMMA 1K0DA 2C0FA 3KD0A 2LRTA 1HYUA 2C0EA 1K0AA 4LLRA 1VF3A 3VWUA 5HFIA 4MZBA 3UMAA 3KH7A 2VLTA 1EP7A 2EIOA 4L0UA 2H1DA 3CSJA 4G2EA 1OC3A 5ECMB 2P31A 1NHYA 1SU9A 3IOSA 2XPEA 5ECOB 1GWCA 2WFCA 1GP1A 3SWLA 5IMVA 2LQQA 2GTUA 1BYEA 3TJGA 3IA1A 1EP8A 1Z6MA 2H71A 5HQPA 3FR9A 1I5GA 3PINA 1IYHA 2CT6A 1X5CA 3F8UA 2R6KA 1FB0A 2IIYA 2IL3A 3N5OA 3H79A 3ZLPA 2AUVA 3ZMKA 1ZMAA 2CA8A 2LJRA 2V1MA 4BA7A 1SKWB 2H76A 1GSQA 1DE1A 1YF0A 3GSSA 4N30A 2D2ZA 2JSYA 4YQMA 5DJMA 5KN1A 4EC0A 4XS4A 3GYKA 2CVBA 2ES7A 3IXRA 2XBIA 4DVCA 5EPFA 2GLRA 3BBYA 5IPHA 2HT9A 5CAXA 2C1YA 3D0ZA 2H0IA 3ZZXA 3W8SA 4NHZA 3P2AA 3WT1A 5J9BA 4KX4A 2CQ9A 2CVDA 4XHMA 2E7PA 1PX6A 17GSA 3TRXA 2YWIA 3D21A 2H1AA 1T7PB 4KSOA 2HNLA 3EYTA 4TRXA 4EUYA 3TOUA 3EMPA 1JZWA 2O7KA 2RUEA 3AY8A 4NAXA 2H70A 3D4MA 2H0HA 1VF1A 2H72A 3HY2A 5F0GA 3E9JB 3QAGA 2IMEA 3J7Yk 5JCWA 1ERTA 1I9DA 6GSWA 3IC4A 1PMTA 3M1GA 3D22A 3FHKA 2FUG2 4IW9A 5FWGA 4QL7A 2HZFA 4HZ4A 4ZB6A 3MAKA 1G7OA 2NBSA 3GX8A 3QFAC 4V1Ag 2CX3A 1EEMA 3RDWA 4JR4A 4GF0A 6GSYA 2HRFA 4IS0A 4ZBDA 1YF1A 1K3OA 4XRAA 2JZRA 1TOFA 4ML6A 3ERGA 1M2AA 2H6XA 1S3AA 4XS4B 16GSA 4I8BA 1ABAA 1GTBA 1B4PA 3JCML 1F37A 3TB2A 2H75A 1WPIA 4EDZA 5CREA 1N2AA 1YJ6A 5D93A 3ERWA 5G5FA 1O73A 5IOXA 2YJ7A 2JZSA 5LCZA 4ECJA 1DSBA 4MJCA 3C1SA 2X64A 2LJKA 2L6DA 2MMZA 2GVPA 4ZL7A 2TRCP 4FYCA 1ERUA 5DQSA 1OYJA 3FR3A 3DMLA 3P8WA 3FZAA 5D8IA 2FWHA 3HCZA 1FVKA 1FB6A 3C71A 2K6VA 3HZ8A 2PVOC 1DE2A 1GSUA 2PN8A 3KMNA 1BQ7A 2X8GA 4ZBBA 4RQRA 1ZOFA 3WD6A 5F8BA 1O8XA 4GSTA 2YOIA 1SD9A 4EF0A 2QSIA 1PRXA 2GQMA 3CSIA 1EV4A 3TJKA 3IK7A 3LGCA 3ED3A 3A5WA 1A23A 2WZ9A 4XS1A 1R5PA 3HDCA 5E4WA 4HJ2A 5CP1A 1PQNA 1K3LA 1E6BA 3RPPA 2K18A 2CZ3A 5D9TA 4X1UA 4AGSA 2CX4A 1OC8A 1TRVA 2IWTA 2K8SA 1WIKA 2YANA 2B7JA 1SKSB 1GUKA 2F9SA 1Z6NA 4MCUA 4V2LA 4IGJA 4OD7A 1XWGA 3GHAA 2HFDA 1Z3EA 4E8HA 4F2IA 1XW5A 2O87A 3UVTA 2B1KA 4OMVA 4QL9A 5IOWA 1WMJA 3TKPA 1THXA 2NTOA 1QMVA 2NPBA 2N5FA 1V98A 2R37A 2C0GA 1QFNA 3GV1A 1XFLA 9GSSA 1VGLA 1O8WA 2QKEA 3I9V2 3I43A 3GURA 4HZ2A 4EKZA 3FR6A 3EC3A 4LA1A 2DMLA 1M99A 4ACSA 1J9BA 4HDEA 4L5LA 1YY7A 3U5RE 2GS3A 4AJ6A 1QXHA 4KA0A 4FIWA 22GSA 5IO0A 2GQKA 3ERFA 2MMAA 5HFKA 1WWJA 4YQUA 1SK2A 1RQMA 3P7XA 4GWRA 4MZWA 2YN1A 4BWSA 1M2DA 3BOAA 2I1UA 1GTIA 3VPQA 1TXXA 2KUCA 4ECIA 2KLXA 4ILFA 1R26A 3ZYWA 3GN3A 4HU9A 3KEBA 3WGEA 4POLA 2DJ3A 3QR6A 4MF5A 3GTUA 3FY7A 3M8NA 2RUFA 1O81A 3I6AA 1NW2A 2H8LA 1ZCPA 4IJIA 1NHOA 5JCUA 5DQYA 1SK1A 3US3A 1O7UA 5D73A 3TOTA 5DJLA 5B6MA 4WXTA 2WB9A 1KTEA 3LWAA 3TRQA 1BEDA 3APQA 2OE0A 3OR5A 2IN3A 2YZUA 1PX7A 2VCWA 1MTCA 3L4NA 5ECLB 2GSQA 2DJKA 4YAVA 2L5LA 5IIZA 4FO5A 3UIWA 2DBCA 4ZIJA 5G31A 5IMZA 1XZOA 1TW9A 5EY6A 4HEA2 3G7JA 2IJYA 5DVBA 2YV9A 2GZYA 3QAWA 5B8BA 4P3YB 1HNAA 4OCEA 1J08A 2A2RA 2NDOA 3GMFA 2WGRA 1GLQA 3C73A 2B7KA 4HS1A 1SL1B 2VLUA 2HZEA 1A2MA 3TUEA 3ZVJA 1BJXA 4JU5A 3UBKA 1F3BA 3IDVA 4WKWA 5GZZB 4HUAA 3GTUB 4HOJA 4TR1A 5IPGA 1DBYA 4XRDA 4YQVA 2KP2A 2CAIA 3ZIJA 3O76A 3LYPA 1V58A 2I9HA 4KAEA 5J41A 4WBRD 3KXOA 2VCZA 3A2VA 4PQ1A 4PX1A 3ZREA 3KTBA 3DXBA 1C72A 4IJ3A 2IMDA 4IHUA 3LORA 5HR3A 1O85A 1B9XC 3D5JA 1BX9A 2AHEA 4D73B 4MABA 2XPDA 3EE2A 1S3CA 4N11A 2CV4A 4GLTA 3UEMA 3FZ5A 4YH2A 3KZQA 1GTAA 2LKUA 3CRTA 5ECRB 1XIYA 3GKMA 4ZB9A 1B48A 1M2BA 1XWBA 2I3YA 1T00A 5HR1A 5KN0A 1EZKA 2P5RA 1URMA 2MBTA 4IELA 2LQOA 4XCSA 4MH3A 3LYKA 4KUNA 4IP1A 3O3TA 4PUFC 3O6TA 2FD3A 4JEDA 3EMXA 3ZFBA 3H8QA 3J7Yb 2VL9A 2C3NA 3Q19A 2J23A 4E8EA 2M72A 14GSA 2HZEB 1TI1A 4HI7A 1UN2A 5D96A 1SKRB 1XCCA 3FKFA 4TR1B 2MMNA 5JWOB 2ALBA 1U87A 1SYXA 3GRXA 3KP8A 5D9WA 2XBQA 4FH8A 1TRWA 2ZCTA 1LJRA 1MDIA 5AN1A 5A4WA 2A4VA 1AQVA 2WDUA 1B4QA 4DSSA 4V2NA 3EWLA 2O89A 4RQXA 2FCHA 1W4VA 2RM5A 4G10A 2C0DA 3TKSA 1XPVA 3V1WA 1EEJA 2B1LA 2B5YA 2IMFA 1XOAA 2OE3A 1B8XA 2VCVA 1GSDA 5IMFA 3CTGA 3GL3A 3QMXA 2B6MA 1SK0A 1WP0A 4KDXA 3F3QA 4TKYA 1CQHA 4K7OA 1SJ6A 3HHVA 2TRXA 3VI7A 4TXVA 1GULA 1SL0B 4OO5A 5A4VA 3EINA 4OO4A 5J9CA 3I69A 4MPGA 3L9SA 2G2QA 1ACVA 2DJ0A 1N8JA 2YCDA 1S3DA 2R5GA 13GSA 1ZYEA 2JZTA 3TKQA 1JZOA 3GKKA 2YV7A 19GSA 2GZZA 1T4YA 3CTFA 4MPFA 3EU4A 5JCGA 1QQ2A 3ZMLA 1W89A 1MEKA 2IPAA 4NV5A 2AJQB 3WGXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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