4V2LA

Crystallographic structure of thioredoxin from litopenaeus vannamei: radiation damage effect at 3.4 mgy, focused in disulfide bonds.
Total Genus 35
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
35
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
MVYQVKDQEDFTKQLNEAGNKLVVIDFYATWCGPCKMIAPKLEELSQSMSDVVFLKVDVDECEDIAQDNQIACMPTFLFMKNGQKLDSLSGANYDKLLELVEKNK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystallographic Studies Evidencing the High Energy Tolerance to Disrupting the Interface Disulfide Bond of Thioredoxin 1 from White Leg Shrimp Litopenaeus Vannamei.
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Litopenaeus vannamei
molecule keywords THIOREDOXIN
total genus 35
structure length 105
sequence length 105
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.8.1.9: Thioredoxin-disulfide reductase.
pdb deposition date 2014-10-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4v2lA00
2H66A 1U3AA 2BTOT 3WYWA 4RI6A 1VF2A 3EMXA 2O8VB 2JSZA 3BCKA 1V40A 4K0NA 3C73A 3LORA 4N30A 1TI3A 2M72A 5B7CA 3A2WA 3GH6A 2PPTA 2DMMA 3QDNA 2GT5A 2K18A 2X8HA 3F3QA 4DSRA 4DEJA 3P7XA 2H8LA 2WS2A 3HVSA 3VI5A 2EIRA 1XVWA 2H74A 4NMUA 4POKA 4BWQA 1GSSA 5IMCA 1M99A 3FRCA 9GSSA 1SK0A 2AAWA 4KSMA 2VLUA 4POBA 4K6XA 5J5NA 3LSZA 3VURA 3GSTA 1FB0A 19GSA 2GZYA 5EY6A 2LRTA 1E2YA 5CREA 1O81A 4ML1A 4MABA 5D9VA 2P31A 4G2EA 4PUAA 4E8HA 1X5EA 3GV1A 3BBYA 5IMFA 4ZBAA 5EL8A 2NBSA 1A2LA 5ECMB 4ACSA 1ZL9A 2IFQB 4JR6A 3DYRA 3UMAA 4TXOA 1XWCA 3UIWA 3ZRDA 1S3AA 3F6DA 2ZCTA 1X9MB 2V1MA 3F8UA 5ID2B 1DBYA 3FZ9A 2J9HA 3F6FA 4MH2A 4ECCA 3TKSA 1SK2A 2H73A 4QQ7A 1NHYA 5DBQA 4ZBDA 4F0BA 1SYRA 2WZ9A 4CHSA 1MEKA 2G2QA 3ZL5A 2L6DA 4NPBA 2ALBA 4IS0A 1SL2B 1FVKA 2O85A 3RHBA 1AW9A 1C72A 1E6BA 3CSJA 3PGTA 5ELAA 1SL1B 1B4QA 3RPPA 1GTIA 5IOXA 2X64A 3D5JA 3ED3A 3IK7A 5ENUA 5ABRA 1GSFA 2L6CA 3IRAA 4CDOA 5FT3A 3L9VA 3D6IA 1ERWA 2VAFA 3TJBA 3ZFBA 1VRSD 2B1LA 4JU5A 3DIEA 2FGXA 3F4TA 2L4CA 4EO3A 3HVXA 1G6YA 2P0GA 5G1KA 4ECBA 1PA3A 1A8YA 3BOAA 1XBSA 3WGEA 5GAPD 3FZ5A 4K2DA 5EVOA 4IW9A 5ECRB 3GTUA 5B8BA 4KCEA 3IV4A 4NHZA 3Q74A 4TKYA 2I81A 1KNGA 2I4AA 2JADA 4MP4A 2PUKC 5IO2A 4XTSA 4IJ3A 3HDCA 2B6MA 3H1NA 4HQZA 1DSBA 3DVWA 1YQ1A 2QSIA 4V2LA 4CW9A 1A2MA 3US3A 1K0AA 2H76A 4IQ1A 5JCGA 3I6AA 2WGRA 3EMPA 5EPFA 3TGZA 1T3BA 1GRXA 4TXOB 1GTUA 3DWVA 3TKQA 5ECNB 4I2UA 3G7YA 3P90A 1TRSA 4PQHA 6GSXA 3IA1A 1URMA 2H6XA 4KCAA 3HXSA 4OD7A 4TRXA 5E4WA 2VCTA 1GNEA 4TR0A 3KP9A 4IHUA 4IN0A 5IMAA 2P5QA 3QFBC 3RPNA 2VCWA 3GNJA 3WD6A 1ERUA 1OKDA 4NV5A 2HNLA 4Q5FA 2CAIA 4OFMA 3HZ4A 3DXBA 2DIZA 1WIKA 4LL4B 5J4UA 1HD2A 1SU9A 3U6VA 1SYXA 1PX6A 2O87A 1UA5A 1N2AA 4J56E 2YJ7A 4FH8A 1EZKA 2IWTA 3LXZA 1GLPA 3D4MA 5DJLA 1MDJA 1LU4A 1S3DA 6GSWA 1K0DA 4ZB6A 4K9ZA 2I1UA 3KP8A 4MZBA 4ISDA 5CRDA 1U6TA 5GZZB 2YWIA 1B48A 3C1SA 3GTUB 4DSSA 1M9AA 3LQ7A 1BQ7A 3FZAA 4ID0A 2C0GA 4OFNA 4KUNA 3O76A 2E7PA 2VLVA 4WKWA 1TOFA 3ZITA 3H8QA 4FYUA 4YAPA 1Z6NA 4YQVA 4GCIA 4X0XA 1JFUA 1ZZYA 4XHMA 4LL1B 5G30A 1PKZA 2RM5A 1VF4A 4GF0A 2C4JA 4KB3A 4YQMA 3H79A 2N5BA 1FAAA 5JWRB 1WOUA 5JWQB 3D0ZA 3APOA 2DLXA 1ZYQB 4XRAA 4GQCA 1PN9A 2X8CA 3F4RA 2F8FA 2LSTA 2I9HA 5L71A 2B5YA 4IVFA 4HI7A 3HY2A 5F05A 2C3QA 5AN1A 4HS1A 3SBCA 3HJPA 2GQLA 2K6VA 4FIWA 5ECIB 3J7Yb 3G7JA 3EE2A 4GSSA 3P8WA 3L0HA 2DJ2A 5CYYA 4I5QA 1K3YA 3LXTA 2NDOA 1W4VA 5AIXA 4TR3A 5DALA 5D73A 3D22A 4ZL9A 4EF0A 3TOTA 1GH2A 4J2FA 4WBRD 1B9XC 4D73A 3VK9A 1MDKA 1HNCA 3GKKA 2XBIA 2GLRA 2B7KA 5D9XA 3EU4A 4QL9A 3HVVA 6GSTA 4Q5QA 2R4VA 1ST9A 1GSQA 2YWMA 5IMDA 1SD8A 4EC0A 1KBNA 2GZPA 2GSSA 3EWLA 1THOA 4L5OA 4WF5A 3IC4A 5LCZA 1EP8A 4POLA 3WT1A 1O85A 4NAXA 4MH3A 3U5RE 4MJEA 2LNTA 1AUCA 2PBJA 5F8BA 1OC9A 2FUG2 2C0EA 5DJMA 2CX3A 5G5EA 2V6KA 1FW1A 2OADA 3GMFA 3C7MA 1ON4A 2NPBA 2V32A 5AIVA 2HFDA 1WP0A 1M2DA 1QUWA 2LJRA 2X99A 1XPVA 1T8EB 4TR1A 4RQRA 2OJLA 2J23A 3BJ5A 4ZXGA 5G31A 5IMVA 1QFNA 5CO3A 1TXXA 4WR4A 1Q98A 3M1GA 3TOUA 4N0VA 3LGCA 1GL8A 4MA9A 1J0FA 1ZMAA 2GTUA 17GSA 4HOJA 4IP6A 1JLWA 4JBBA 4NV2A 2PGTA 4PQIA 4EUYA 3MAKA 1XWAA 2K8VA 1AQXA 3P2AA 1GLQA 1BX9A 1O6JA 1TRVA 1ML6A 2FWFA 5ELGA 3HYPA 2GGTA 3D4TA 4ZL8A 2YN1A 1R26A 4TOPA 3A2VA 3WT2A 1TKDB 3C71A 4P3YB 2YV7A 3CRTA 5F0GA 2DJ0A 3TUEA 1G0TA 4EVMA 1M2AA 4GTUA 3HKRA 2KUCA 4KW6A 2CT6A 1WWJA 2FA4A 5CAXA 4PX1A 3C8EA 4MPFA 5DALB 1F9MA 2IJYA 3F9UA 3GKNA 2YZHA 4D73B 1WPIA 2HXKA 3F3RA 4V2MA 2YWOA 4EKZA 3MWHA 1X5DA 5LNKe 2YPMA 4FYCA 4IELA 4K8MA 3W8JA 3LYKA 4QL7A 2A2RA 1VF1A 1XCCA 4V2NA 2VCZA 2QC7A 2C1YA 1XIYA 3RDWA 2LKUA 1SJ6A 4TXVA 3ZMLA 5HQPA 5IOWA 2DJJA 2AV4A 1TTZA 2GSTA 5AISA 3KMNA 3F0IA 5LD0A 5H5SA 5CP1A 5HFKA 2N5AA 2IN3A 1OC9B 2IL3A 2C3NA 3UEMA 3EYTA 1B9YC 5HR1A 1DE1A 2OBKA 3M3MA 4K0GA 2HRFA 1G6WA 4TR1B 4POMA 3Q6OA 2H1BA 1NSWA 2YWNA 3CYNA 4XRDA 2PMTA 4WEYA 3GL3A 4KX4A 1ILOA 1HNBA 3GYKA 3UAPA 1TW9A 4XS1A 2R2JA 4E8EA 2C0DA 4XS6A 2X8GA 2CA8A 3QOUA 5JWOB 1SK1A 5AGYA 2LJAA 3ERGA 4WBJA 1V9WA 2JU5A 2RLIA 1KEBA 5C04A 4JRRA 2OKAA 4NHWA 1PL1A 1MD4A 2PVOC 5JCUA 3N9JA 4MJAA 3IDVA 3VWVA 1YY7A 2F8AA 4ZBBA 3LG6A 5GSTA 4HU7A 2YJHA 3KCMA 2WDUA 2L4QA 4IP1A 2OE1A 3I43A 5KN1A 1WMJA 4MJCA 3R2QA 3MDKA 2H72A 3M8NA 2FWEA 2IIYA 1AIUA 1EV4A 4J57E 1A2JA 3EC3A 3GX0A 2GS3A 4KDYA 2VIMA 5A4WA 3QD9A 1OKTA 1XZOA 1YJ6A 2K9FA 1K3OA 5HFGA 2B5XA 1U3IA 3RAZA 4L5LA 5GAND 2V41A 2RIIA 3VFIA 1A0FA 3SWLA 3ZVJD 3GURA 3LYPA 4YH2A 1GSYA 2LNSA 2L5LA 3L4NA 1GSUA 2PN8A 4IBPA 3CSHA 3KD0A 4JEDA 1PSQA 3A3TA 1U88A 3F63A 5C00A 4LMVA 2IMDA 3ZMKA 5J9CA 5J41A 2L59A 1SD9A 2H6YA 4O7HA 1EGRA 3TKSC 4ILFA 2B3SA 1JZWA 1EOHA 4OO5A 3IPZA 1ZOFA 3EURA 1HNAA 3Q19A 14GSA 3ZZXA 4N10A 3ERFA 1BEDA 4X43A 2XPEA 3PR8A 1FG4A 3TDGA 2C0FA 2OE3A 4FYBA 2FY6A 3CSIA 1FO5A 5IQYA 1ZCPA 3QFAC 3HJOA 3TCOA 1R5AA 2YNXA 3GHAA 3KH9A 4OCEA 4EE0A 3QCPA 3ISOA 4HUAA 4F9ZA 4KGIA 3M9JA 11GSA 3KXOA 3D21A 4TW5A 3A5WA 4HQSA 4HU9A 2E2GA 3IR4A 5DVBA 4XCSA 3IOSA 1OE8A 3FW2A 1GUKA 1SJIA 1PRXA 1JLVA 2MMAA 4K7IA 2C3TA 2GT6A 6GSYA 3QPMA 2O89A 1DE2A 3LJRA 5KN3A 1QQ2A 1V2AA 1FHEA 4PUFC 3DGQA 2AB6A 3N5OA 3TKRA 2JSYA 4O5RA 4Q5RA 2DJKA 1VF3A 2H1DA 1XW9A 3HCZA 3L9SA 3FK8A 4LLRA 1T00A 3LEFA 1VGLA 2GQMA 3ME7A 4GSTA 5JCWA 4F0CA 1YKAA 2JZTA 2H75A 3CTGA 18GSA 1THXA 4RI7A 3MSZA 2FA8A 1S3CA 2VD0A 3F4SA 2I3YA 3A2XA 5DCGA 2VL9A 2A4VA 1A0RP 1U87A 2H0IA 2MMOA 3GA4A 2AHEA 2NVLA 4HZ4A 1TJDA 4JE1A 2LS5A 2R3XA 1OC3A 3GUSA 2H0HA 2EIOA 2FCHA 2HLSA 4L0UA 1Z9HA 4WETA 1M0UA 2F9SA 4G19A 5G5FA 3UVHA 4JR4A 1XWKA 2YP6A 2YOIA 4O92A 2HE3A 1F3BA 1Z7PA 5B8AA 3FYGA 2DMLA 1GNWA 2MZCA 2WCIA 1OE7A 1PGTA 3VWXA 4KNDA 1R5PA 1PQNA 1Z7RA 2LTKA 2PWJA 3K8NA 3DKSA 1JHBA 5ECQB 1FB6A 3EU3A 1XOBA 5CRWA 3VPQA 4GWRA 4G9HA 2CVKA 1PX7A 2LJKA 2KLXA 4KDXA 4TN8A 2DBCA 2VO4A 3CBUA 2E0QA 2G0FA 3L78A 2RM6A 4WXTA 2MMZA 4YQUA 3KIJA 2MBTA 4WR5A 1R7HA 3WGDA 1GP1A 16GSA 1O8XA 2C80A 2CAQA 1JZDA 4AJ7A 2JL4A 5IPHA 1EGOA 3LWAA 3GSSA 3E3EA 5CRGA 3FZ4A 4MDCA 4KDUA 3HZ8A 2MBSA 3S9FA 2FWGA 4Z7XA 3CTFA 4BA7A 2R5GA 3NIVA 2REMA 3NZNA 1NM3A 2A2SA 2VM2A 4MZCA 1CQHA 1TK5B 1GTBA 3KZQA 4ECIA 2OACA 2CQ9A 2ON7A 3ERWA 4GRFA 3W6GA 5A4UA 1YDKA 2LQQA 2XC2A 2TRCP 1SKSB 2EC4A 5GSSA 4BVYA 4IGJA 3ZFLA 1XW5A 2L5OA 4OWYA 2ZNMA 2GVPA 3GX8A 4BWSA 5HR0A 2V6OA 1FVJA 1OAZA 3HD5A 3GKXA 4IJIA 5KN2A 3NOFA 3H93A 1ABAA 3IAS2 3KTLA 5ECLB 1BG5A 1QMVA 2DSAA 1WE0A 3KEBA 1SL0B 3FR6A 2V2GA 5ECOB 1QK8A 1OVNA 2MYGA 3O3TA 2B5EA 1G7OA 2H70A 5G2ZA 3OR5A 2VOCA 2IPAA 5DQYA 3VLNA 5DCHA 5DQSA 5E59A 1QGVA 4KAEA 4EDZA 2H6ZA 2HRNA 4F03A 4PXOA 2C8UA 4PNFA 4GSNA 1ERTA 3VWUA 3DRNA 4K7OA 4I97A 1H4OA 2YZUA 4OMVA 2YCDA 3I69A 3IK9A 1K0MA 1J08A 4ECJA 2OBIA 4F2IA 1PMTA 1SKWB 5D8IA 2VM1A 5F07A 4TVEA 2DIYA 1GUMA 4G10A 4PURA 3KH7A 1X0RA 1AXDA 2CV4A 4MF6A 1Z6MA 1AQVA 3TRXA 1MDIA 4AGSA 4Q5NA 1J9BA 3QR6A 1AQWA 2VD1A 4N11A 1A24A 2IMFA 2YANA 3UARA 4HJMA 4BPYA 3QMXA 4ZILA 1EOGA 5D96A 1IYIA 1X9SB 2VL2C 3FR3A 5IM9A 1TU7A 1O7UA 2KOKA 1UVZA 6GSUA 2R37A 3C1RA 1LJRA 3ZTLA 1MD3A 2LRCA 2WRTA 3UOMA 1F3AA 4V1Ap 4PNGA 3DVXA 1Q4JA 4I8BA 2QKEA 2MMNA 4MLYA 4DSQA 3KM6A 2CZ3A 2K8SA 3QAWA 3TRPA 1XWBA 1TP9A 2H01A 5H5RA 3TJKA 2AJQB 1RK4A 4V1Ag 2TRXA 1H75A 2H0GA 3JCML 3MNGA 3H4KA 1IYHA 1OC8A 4X1UA 2WFCA 1A8LA 4EL1A 2WB9A 2PERA 3KGKA 1YZXA 1USBA 2GQKA 2M46A 2OA7A 2ES7A 3I9V2 1EWXA 1K0OA 4IQAA 3ZREA 4AJ8A 3DD3A 5FHIA 5COHA 2HT9A 2ON5A 3HJMA 4DVCA 1TI1A 3L9UA 2HSYA 2L57A 3IE3A 4MF7A 2VCXA 4GQFA 4WF4A 3UBKA 1RQMA 1O8WA 1CQGA 2GSRA 2H1AA 4ZL7A 2JACA 2HYXA 4K7NA 1EV9A 2YV9A 2LEGA 5IIZA 2DC5A 3ZYWA 3KJYA 3UJ1A 1GSEA 1N8JA 2ZUPA 1XFLA 13GSA 1EEJA 4OO4A 1AC1A 3KTBA 4L0WA 5HR3A 2XHFA 1HYUA 3LFLA 1HQOA 3Q18A 4GLTA 4JZQA 4GXZA 1TU8A 3TJJA 2XBQA 1XOAA 1X9WB 1K3LA 3EINA 4H86A 5B6NA 1F37A 3IXRA 1TRWA 2WJUA 2KHPA 2B7JA 3GKMA 1TK8B 1T4ZA 4MJBA 5CNWA 1YF1A 1JZRA 3KMOA 1GSDA 2VUPA 2LUSA 1B4PA 3FY7A 5D93A 1ZYEA 4ZB8A 1XW6A 2R6KA 1DUGA 1NW2A 1GWCA 1ACVA 4KE3A 20GSA 1Z3EA 1AAZA 4K1FA 3GL5A 3CRUA 4I6XA 3APQA 1W89A 1I9DA 2DJ1A 4MZWA 1PD21 3EVIA 3QAVA 2CVBA 1YKCA 2HZFA 3IHQA 3UVTA 3TKPA 3W8SA 3G7IA 2HZEA 3GH9A 3TKSE 3M9KA 3APSA 3V1WA 1BYEA 1R4WA 5FWGA 4OCFA 2B1KA 5DDLA 1UC7A 1SJZA 4RQXA 1T7PB 1M2BA 3AY8A 1Y25A 3O6TA 4PQ1A 1ERVA 4F82A 1FOVA 4TR4A 1XVQA 2FHEA 4MK3A 3FKFA 4EDYA 3HA9A 4BL7A 2XPDA 7GSSA 1GULA 1SENA 1TDIA 2EIQA 2HSHA 4L8EA 1F2EA 2CX4A 4NXIA 3RHCA 2LV3A 3GRXA 4O32A 3IBHA 22GSA 2H71A 5G1LA 2LQOA 1T4YA 1X5CA 4FO5A 2JZSA 2FD3A 4HJ2A 1Z5YE 2CVDA 4MCUA 2N5FA 3FHKA 4YAVA 4ULXA 4RUVA 3DEXA 3E0UA 4XS4A 1F6MC 5ECHB 2RUFA 4LA1A 1TK0B 1BAYA 5D9TA 4HZ2A 3VWWA 4KA0A 3BD2A 1UN2A 8GSSA 1K0CA 4LMWA 3ZVJA 1LBKA 5DAKA 2WULA 3J7Yk 1I5GA 1K0NA 1B8XA 3E9JB 3UL3A 4EXJA 1EEMA 2HI7A 2PU9C 5IO0A 3ZLPA 1RW1A 2JZRA 2AYTA 1WJKA 3DMLA 3VI7A 2PVQA 12GSA 2Z9SA 3TB2A 5B6MA 2KP1A 5KN0A 3HHVA 1SKRB 1YEXA 3WGXA 3QAGA 4N0ZA 2CZ2A 5KEJA 10GSA 2M80A 2E2MA 3ZIVA 1QXHA 2F3MA 2TIRA 2VCQA 5ECKB 4HEA2 3VPTA 1JZOA 4ML6A 2LRNA 5HR2A 3FR9A 1YF0A 2HZEB 1OYJA 1EP7A 3PINA 2GSQA 1TRUA 3UBLA 2DJ3A 1KTEA 4KH7A 1NHOA 4HDEA 1PL2A 5IPGA 1A23A 4NWYA 5INYA 4I2TA 2BJXA 1Y6EA 4AF2A 1GTAA 1G7EA 2AUVA 1YEPA 2KP2A 3CMIA 1WRYA 5D9WA 5F06A 3TRQA 3G9BA 4ZIJA 6GSVA 2FNOA 2P5RA 2RUEA 5ECPB 1GUHA 3BCIA 5IMZA 6GSSA 2VLTA 2BMXA 2H1GA 3IAM2 1V98A 2O7KA 1XXUA 3RBTA 4DSSB 2IMIA 1ZGNA 4KSOA 5J9BA 3ZIJA 2GZZA 3GIXA 2FWHA 3TJGA 4MPGA 3FEUA 1XWGA 4XS4B 1T1VA 4IKHA 4BVXA 1M9BA 3GN3A 4AJ6A 2IMEA 3M0FA 5A4VA 1V57A 3TJFA 2QGVA 4ZB9A 5DAKB 1MTCA 5ECSA 2VCVA 3PH9A 1O73A 5H5QA 4OFTA 5J3RA 4MF5A 3CXGA 2IFQA 2FLSA 3GFKA 2NTOA 1K0BA 1BJXA 2H19A 2OE0A 1PKWA 5A5KA 4XIHA 2F51A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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