5D8IA

Engineering the species-specificity of an inhibitory antibody targeting a modulator of tumor stroma
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
237
structure length
237
Chain Sequence
LYSSSDPLTLLDADSVRPTVLGSSSAWAVEFFASWCGHCIAFAPTWKELANDVKDWRPALNLAVLDCAEETNSAVCREFNIAGFPTVRFFQAFTKNGSGATLPGAGANVQTLRMRLIDALESHRDTWPPACPPLEPAKLNDIDGFFTRNKADYLALVFEREDSYLGREVTLDLSQYHAVAVRRVLNTESDLVNKFGVTDFPSCYLLLRNGSVSRVPVLVESRSFYTSYLRGLPGLTR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Sulfhydryl oxidase 1
publication title Overcoming a species-specificity barrier in development of an inhibitory antibody targeting a modulator of tumor stroma.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
molecule tags Oxidoreductase
total genus 77
structure length 237
sequence length 237
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.8.3.2: Thiol oxidase.
pdb deposition date 2015-08-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF18108 QSOX_Trx1 QSOX Trx-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5d8iA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5d8iA02
2LQOA 4MA9A 2EIOA 4JRRA 4Q5QA 5GSSA 2GSRA 4IN0A 1X9SB 4ZB8A 4JR6A 1OKDA 4WKWA 2MMAA 3IPZA 4KX4A 1VRSD 3ERWA 2HRFA 2IWTA 4FYCA 2LS5A 2V32A 4ACSA 2KHPA 3JCML 3TJFA 1QQ2A 4LLRA 2N5BA 1O7UA 1OYJA 1R4WA 2H66A 2VOCA 2VCZA 3LXZA 2WGRA 2DMMA 1SU9A 1HNBA 4NV2A 3J7Yk 3D6IA 4K7OA 2N5AA 2X99A 2PMTA 3UEMA 2ES7A 4OFMA 1H75A 4HS1A 4N0VA 1GH2A 3QPMA 2AAWA 1EGRA 19GSA 2IFQA 3R2QA 2HNLA 5DDLA 1TRVA 3GH9A 5J3RA 3ISOA 5IIZA 1PD21 4IELA 4RUVA 3W6GA 1F2EA 1AQVA 2PBJA 3TRQA 1RW1A 4MJCA 3MAKA 1I9DA 4BL7A 1T8EB 2EC4A 4HJ2A 4EO3A 1MDKA 4MJEA 1Z6MA 2J9HA 2WS2A 4KAEA 5ID2A 2IL3A 5HR3A 3ZMKA 4ZIJA 2PUKC 1NW2A 2KUCA 1JZWA 4HQZA 3GRXA 3IV4A 3VI5A 5DCHA 3TDGA 6GSVA 3HXSA 1GTUA 3KH7A 3QFBC 4ZL7A 3F8UA 4IP1A 2YWMA 3FK8A 2MBSA 2O7KA 2LRTA 2OA7A 5JCWA 4JBBA 5KN0A 1XPVA 3I43A 1ABAA 2P31A 3EINA 2CX3A 4WBJA 3HJMA 2XPEA 2JZSA 3ZIJA 3KXOA 2HLSA 3N5OA 4K0GA 2I3YA 5CAXA 5AISA 6GSWA 2A2RA 3WT1A 4AJ6A 2OACA 5DBQA 4AJ8A 2LV3A 2V6OA 4V2MA 1A8LA 4MF7A 3UVTA 2FLSA 3UVHA 3RPPA 1JZRA 4I5QA 1OE7A 2VIMA 2ALBA 4XS6A 1Q98A 1S3DA 1GTBA 1GSDA 1SK0A 4K8MA 2P5RA 2VLUA 3CYNA 1ON4A 3F4SA 4POBA 5ID2B 5J9BA 1V40A 4MPGA 3IC4A 2FWGA 1B48A 4I6XA 3F4TA 5IOXA 1ZYEA 4V1Ap 5H5RA 5JCGA 3GFKA 1M9AA 4MLYA 1TU8A 4N10A 2YOIA 1QK8A 3C8EA 5JWRB 1XWAA 2B7JA 4NAXA 4I2UA 4CHSA 5FHIA 2V1MA 3KM6A 1B9YC 4TKYA 2NDOA 3C71A 1Z6NA 4PURA 4TRXA 5JCUA 1LU4A 3QR6A 3VWUA 2IMKA 4HJMA 4HU9A 4XRDA 3G7JA 2B5XA 4PGTA 3UMAA 1ML6A 4PNGA 3KZQA 4ISDA 1R26A 1A8YA 3HZ4A 1AW9A 4MK3A 1C72A 3CBUA 2C3QA 5IMCA 2X8HA 4IW9A 1XW9A 1SJZA 1DUGA 4F0BA 2GT6A 1TDIA 4WF4A 4ZILA 1M2AA 5KN2A 2FWHA 4Q5RA 2L59A 1OKTA 3F6FA 5AN1A 2N5FA 2H0HA 5D96A 2OE3A 1EEMA 4KSMA 3GL3A 3ZTLA 4LL4B 2RIIA 3P7XA 2R4VA 4DVCA 2DJKA 2DMLA 1QUWA 2L57A 4GRFA 3RAZA 4TXOA 5DALA 3GIXA 5HFIA 3F6DA 1KTEA 2GSQA 2I9HA 4YQUA 1MEKA 3CTGA 5ECNB 5B6MA 4MZWA 2B5YA 4GLTA 4XTSA 3LQ7A 3BOAA 1YEPA 5C04A 1TRWA 4ZBAA 2X64A 5ECHB 3TRXA 10GSA 3WT2A 1AQWA 1ZCPA 3DRNA 6GSTA 1S3CA 2V2GA 5FT3A 1W89A 1M99A 1O8WA 1F3AA 4ILFA 3APQA 13GSA 5LNKe 1M7TA 2VCVA 2K8VA 4L5LA 5HQPA 3OR5A 4WETA 3E9JB 2E0QA 2GT5A 2LJKA 3I6AA 1TK8B 4HOJA 4IS0A 4O92A 3UJ1A 1YEXA 2C1YA 5HR0A 4K7IA 4KDXA 3TKRA 2HZFA 4K1FA 4NV5A 3L9VA 4KE3A 5DAKA 5AGYA 1CQHA 2EIRA 2GSSA 1GSEA 4POLA 4F03A 2VLTA 1IYIA 2X8CA 4KA0A 2JSZA 1DE1A 4TXOB 5DALB 2LJAA 2O87A 5IPGA 5HFGA 5J4UA 3KEBA 2M80A 2H6ZA 3IA1A 2TIRA 4OCEA 4KCAA 5CP1A 4I8BA 3CTFA 5G5FA 3A2XA 3ZVJA 2OJLA 2KP2A 2CA8A 4G19A 3US3A 1ZMAA 1GUMA 1THXA 4RQXA 2MMZA 2H1GA 4D73A 1BYEA 5ABRA 4GSTA 5FWGA 5IMZA 4F0CA 1GTAA 2QSIA 3TJBA 3CSIA 4NWYA 1Z7RA 1MTCA 1ZL9A 3RHBA 2QGVA 2RLIA 3FZ4A 5DVBA 5ELAA 3TKQA 1O6JA 5CO3A 5GAPD 1E2YA 5DAKB 5J9CA 4QL7A 2GZZA 4I2TA 2YP6A 4YAPA 2H01A 1YF0A 3C1RA 4J56E 4JU5A 1XW6A 2KOKA 4TR4A 1EZKA 3F9UA 1G6YA 3QFAC 2VCTA 1PN9A 3I9V2 1J9BA 1WWJA 2L5LA 3F0IA 2XPDA 5EY6A 3ZFLA 2H30A 4MZBA 1V98A 2CZ3A 4L8EA 6GSSA 14GSA 2FHEA 1UN2A 1X5EA 3L0HA 3KIJA 1U3AA 3FZ9A 3GKNA 3L4NA 1DBYA 1XW5A 4NXIA 3HJPA 1A2LA 2GVPA 2F9SA 2VAFA 1M9BA 4X1UA 4TXVA 1AC1A 3KTLA 1SK2A 1K0AA 2L4QA 3CRUA 3VI7A 4MDCA 1Q4JA 1YJ6A 3D5JA 1QXHA 2LNSA 2B1KA 8GSSA 2LEGA 1GNWA 4OD7A 3APSA 1XIYA 2GDRA 4TN8A 2L6DA 2O85A 3P90A 5ELGA 3ZVJD 5IO2A 5D9TA 2C80A 2FCHA 3BBYA 4BWSA 4IHUA 4BWQA 3WD6A 1XCCA 1U87A 1TI1A 2V41A 2KP1A 1W4VA 16GSA 3DMLA 4H86A 3WGDA 2H70A 2JL4A 2C0EA 3UBLA 4RI6A 3WGEA 2TRXA 3TOTA 1YY7A 1FAAA 1GSSA 3A5WA 4IQ1A 2K6VA 5B6NA 4JEDA 4KW6A 1OC8A 2GZPA 3EMXA 4QL9A 5LCZA 3EU3A 2B1LA 2H0GA 1BQ7A 3TKSA 1ZGNA 1NHOA 5ECKB 2XHFA 2FD3A 1F6MC 2I1UA 1K0CA 3D4TA 4TR1A 2JU5A 3C73A 1SD8A 4TVEA 3FRCA 2ZCTA 1ERUA 3GN3A 1K0MA 2C8UA 5G31A 2NBSA 3HDCA 3D22A 3TRPA 1TK5B 5G1KA 5JWQB 4JZQA 1DSBA 1ZYQB 4Q5NA 4N30A 2OBIA 1BAYA 3FW2A 3S9FA 2C3NA 3M9JA 3CSJA 3BD2A 1Z9HA 2FUG2 4IKHA 3HY2A 18GSA 3GA4A 1WMJA 3H79A 1XVWA 1OE8A 4MF5A 3O6TA 3RHCA 3C7MA 3TOUA 2VUPA 3F3RA 1XWGA 1K0OA 2F8AA 2AV4A 4CW9A 3G7YA 4CDOA 1T1VA 3FYGA 2HSYA 4L0WA 1SJIA 3O3TA 4OFTA 2VL9A 1SYXA 3KTBA 5D9WA 4ZB6A 3PINA 4Q5FA 3I69A 1WP0A 3LYKA 1S3AA 3HZ8A 3HVXA 4BVYA 5IMDA 2YJHA 2GTUA 3LJRA 4TR1B 3IAS2 2VCQA 4HEA2 3D0ZA 4E8EA 4RQRA 2YZUA 1SKRB 3RPNA 3SWLA 2AUVA 2C0FA 3PGTA 4DSQA 4FO5A 1T7PB 2OBKA 3KP8A 1XWCA 2X8GA 1G7EA 2CT6A 3ZFBA 3CMIA 1UVZA 12GSA 4AGSA 1PL2A 2CVBA 5ECIB 5KN1A 1G6WA 3HKRA 4OO5A 2GSTA 4MF6A 2YWOA 1QFNA 1GNEA 2DJ2A 1VF4A 4EE0A 2VD1A 3NOFA 1MDJA 1UA5A 1A0FA 2IIYA 4EUYA 17GSA 3H8QA 4KB3A 2C3TA 3HYPA 1M2DA 4K9ZA 4ML6A 1PA3A 2FGXA 2HT9A 1FVJA 1GSYA 4J57E 3FKFA 1X5CA 4F2IA 2PN8A 1FG4A 1XOAA 4IJ3A 4GWRA 2H0IA 2O89A 4Z7XA 2DLXA 3ERFA 1N2AA 3ZREA 3VLNA 1WE0A 3WGXA 3W8SA 3FZAA 1JLWA 1J08A 2HXKA 4EVMA 1WOUA 5INYA 4PUAA 1TRSA 1OVNA 3U5RE 1M0UA 2H73A 2HYXA 1PX7A 1HQOA 1Z5YE 1MDIA 3TKSE 1AXDA 1USBA 3A2WA 4IJIA 5D8IA 2H71A 5F05A 4O32A 1K0NA 3F3QA 1AAZA 4BPYA 4OFNA 1PX6A 5F07A 3GV1A 5KEJA 3HJOA 5IOWA 3FR3A 1EOHA 3KMNA 1FOVA 2F51A 3LFLA 2HSHA 2BMXA 1LBKA 5J5NA 1QGVA 3L78A 2NPBA 2JZTA 3LWAA 4ML1A 1TTZA 4KDUA 1NSWA 1KEBA 5AIVA 3ZITA 3APOA 2WFCA 2FY6A 2VO4A 1URMA 1F9MA 1R5PA 4ULXA 1A24A 2M72A 3LGCA 3IE3A 2YPMA 1EP7A 3P8WA 5E4WA 2PWJA 3FEUA 4MABA 2HI7A 2H8LA 4TOPA 4MZCA 2H76A 3H1NA 2DC5A 4O7HA 2R3XA 2H1AA 3E3EA 1T4ZA 4DEJA 2A2SA 5DQYA 2YWNA 1HD2A 5ECOB 3ZZXA 1J0FA 3Q18A 3ZYWA 2CQ9A 3PH9A 4AJ7A 4OWYA 3E0UA 1A23A 2IMIA 3ED3A 2LKUA 1BG5A 1GLPA 2I4AA 1VF2A 4HZ2A 4J2FA 1XXUA 4DSSA 2FA8A 4P3YB 1SL1B 2G2QA 3TKPA 4MMMA 5ECRB 1UC7A 7GSSA 1Z3EA 2QC7A 4ID0A 3QAVA 3RBTA 3Q6OA 4K7NA 4G10A 4YQMA 1PKZA 5IMVA 2H19A 1F3BA 2K18A 4ZB9A 1GWCA 3KH9A 5G1LA 3M9KA 1GSQA 1HYUA 1ILOA 4E8HA 5G5EA 1HNCA 5CRDA 2PVOC 4WEYA 4NHZA 2KLXA 1N8JA 5IMAA 2WRTA 2DBCA 5L71A 3LORA 2IN3A 2EIQA 3DEXA 1FO5A 4HU7A 1K3LA 3DGQA 4EDZA 3KGKA 4AF2A 2YN1A 4N11A 3EE2A 3IK9A 3L9UA 1GSFA 4OCFA 4EKZA 5CYYA 5ECPB 1SL0B 3DIEA 1TKDB 1THOA 4EF0A 1PGTA 1JZDA 2PVQA 2H6YA 2GS3A 1NHYA 1GP1A 3GMFA 2G0FA 3F63A 1KNGA 3FR6A 2Z9SA 5ECMB 3G7IA 3QAGA 1RK4A 3GL5A 3W8JA 5GAND 3IR4A 4DSSB 3TGZA 2HFDA 2VM1A 2B6MA 3LXTA 2NTOA 3VFIA 2CV4A 1EV9A 2HE3A 3M3MA 4GSSA 4DSRA 4HI7A 4MCUA 5F8BA 2F3MA 5E59A 2GGTA 1FW1A 3LYPA 1H4OA 3QOUA 1O8XA 3QCPA 4G2EA 5IO0A 1PL1A 2P5QA 4HQSA 2K9FA 2CAQA 5ECLB 1YQ1A 3KCMA 3ZL5A 3M0FA 3GSTA 3LG6A 4XCSA 2A4VA 2LJRA 3TJGA 5HR2A 2PGTA 2H72A 4YAVA 5F06A 5J41A 1OAZA 5B8BA 2BTOT 1TOFA 2JSYA 5CREA 3GKMA 4LMVA 5AIXA 1BEDA 1GUKA 4POKA 4MJAA 2DIZA 2RUFA 5GSTA 3Q74A 1U88A 3DXBA 4K0NA 2JADA 2BJXA 2DIYA 2R37A 5DJLA 2FWFA 3GNJA 1TJDA 3HVVA 4MP4A 4ZBDA 2OKAA 11GSA 3ZIVA 2B5EA 3NZNA 1K3YA 1EWXA 1PSQA 3H4KA 1U6TA 2FNOA 2HZEA 5CNWA 5H5QA 1V58A 2TRCP 2VD0A 2P0GA 3ZMLA 2CZ2A 4KSOA 6GSUA 3GYKA 1X9WB 4K2DA 2JACA 5GZZB 1SL2B 5JWOB 3IBHA 1GSUA 3GKXA 1XZOA 3FZ5A 1XFLA 2H1BA 3LEFA 3VWXA 2PU9C 3DWVA 3ERGA 4GTUA 2WCIA 6GSXA 5CRGA 3QDNA 5IQYA 2RUEA 5CRWA 2DJ3A 4TW5A 4GQCA 4FH8A 1PQNA 2R2JA 4ECCA 3D4MA 1EEJA 1GLQA 1X0RA 2M46A 3KJYA 4PXOA 3HA9A 3P2AA 4ZBBA 2WULA 4BVXA 1YZXA 3GKKA 4KCEA 2JZRA 3GURA 1VF3A 2FWEA 5ECSA 2B3SA 1RQMA 1JFUA 2IMDA 1V57A 2LSTA 4MPFA 5EL8A 3TB2A 5D9VA 1IYHA 1ACVA 3CSHA 2HZEB 2GLRA 2IMFA 1EP8A 3CRTA 4K6XA 2RM6A 22GSA 5HFKA 1GRXA 4PQIA 2GQMA 3MNGA 1XBSA 2YZHA 2OADA 3TUEA 2IMEA 1T4YA 3ZLPA 4V2LA 4ECJA 2VL2C 4OO4A 3Q19A 2ZUPA 5D9XA 2DJJA 1JHBA 2WJUA 1Y25A 2AYTA 1K0DA 2YWIA 2H1DA 4NPBA 1KBNA 4MH2A 3DKSA 2YCDA 2MZCA 2GQLA 3FY7A 2O8VB 4EXJA 1TP9A 4HDEA 2AJQB 2IFQB 4ECBA 2B7KA 3N9JA 5IMFA 2XBQA 1BJXA 1T00A 4F9ZA 4EC0A 4ECIA 3J7Yb 1WIKA 1DE2A 3UOMA 3SBCA 5B7CA 1EOGA 1MD4A 2V6KA 1O85A 4EL1A 2CX4A 1X5DA 1GULA 3ZRDA 2NVLA 2GQKA 3EWLA 3QAWA 5COHA 2MBTA 1SKWB 4O5RA 2C0DA 4WBRD 1TRUA 4IBPA 1A2MA 1FVKA 1GUHA 2LQQA 1TU7A 4JE1A 3H93A 2WDUA 3TJJA 1BX9A 1JZOA 4X0XA 4LA1A 4XHMA 3EMPA 4EDYA 5B8AA 4GSNA 1YKAA 2MMOA 3HHVA 1OC3A 1SD9A 1PMTA 5A4UA 3RDWA 5EPFA 2DJ0A 3AY8A 4ZL9A 3MSZA 3TJKA 1OC9A 3EYTA 2CAIA 2DJ1A 2LTKA 4KUNA 2E7PA 1AQXA 1Y6EA 1SK1A 1B4QA 3KP9A 2OE0A 4N0ZA 1F37A 3F4RA 1V9WA 3GSSA 1WPIA 3LSZA 2E2MA 3GH6A 1FHEA 3BCIA 2LRNA 1O81A 4YQVA 3KD0A 1X9MB 2C0GA 2L6CA 3DVXA 3EVIA 5EVOA 2FA4A 5H5SA 9GSSA 5A5KA 3DYRA 2CVDA 3IRAA 2R5GA 3DVWA 2L5OA 2IPAA 4F82A 1A0RP 1YKCA 2QKEA 4LL1B 1GL8A 2VL3A 2LUSA 3C1SA 3ME8A 4XS4A 2WZ9A 3FR9A 5IPHA 4PUFC 4BA7A 3CXGA 3IXRA 3V1WA 3G9BA 2LRCA 1CQGA 1PRXA 4POMA 3WYWA 5DJMA 3M8NA 4GXZA 3UAPA 4MH3A 3HD5A 1PKWA 2ON7A 3A3TA 1SENA 3U6VA 3MWHA 4XS1A 1B4PA 1E6BA 2GZYA 3UIWA 4KNDA 1OC9B 4NMUA 4IP6A 3D21A 1VGLA 2C4JA 1XOBA 4IGJA 1WRYA 1XWBA 3GX8A 1R7HA 1HNAA 2I81A 2YV9A 3PR8A 1ERTA 2H74A 4KH7A 4WXTA 3UARA 1VF1A 1LJRA 2AHEA 2E2GA 2VL2A 4PNFA 2MMNA 1WJKA 4TR3A 1M2BA 3IK7A 1TI3A 4L5OA 2LNTA 1K3OA 1G7OA 4XRAA 3GTUA 4HZ4A 1TXXA 2VM2A 1Z7PA 1EV4A 20GSA 5DCGA 3IOSA 1NM3A 4X43A 5A4VA 5IM9A 5G30A 4XS4B 4LMWA 4IVFA 2H75A 5ECQB 1ERWA 3VURA 3BJ5A 3EC3A 3GX0A 3ME7A 5DQSA 4ZXGA 6GSYA 4L0UA 5HR1A 1ERVA 3TKSC 4HUAA 2F8FA 2VCXA 1QMVA 2YANA 3A2VA 4G9HA 2YV7A 4WR5A 3EU4A 2HRNA 5D73A 2VCWA 2XBIA 3TCOA 3VPQA 1ZOFA 4PQHA 4XIHA 1GTIA 3UL3A 2DSAA 3FHKA 1XVQA 5CRHA 3QD9A 5D93A 1A2JA 1ST9A 2YJ7A 4WR4A 4GQFA 2H6XA 1JLVA 4GF0A 2MYGA 4OMVA 3O76A 4FYBA 2YNXA 2J23A 3VWWA 2PPTA 3MDKA 3GTUB 3VPTA 1TK0B 1SKSB 4FIWA 1AIUA 1R5AA 3M1GA 3VWVA 1SJ6A 1EGOA 1FB6A 3BCKA 5A4WA 1B8XA 3IDVA 1TW9A 4V2NA 3QMXA 4WF5A 2R6KA 1B9XC 1I5GA 4NHWA 4YH2A 5ENUA 4FYUA 2IJYA 2K8SA 1YF1A 3HCZA 1YDKA 3IAM2 3EURA 4ZL8A 3NIVA 1U3IA 1O73A 2REMA 2VLVA 1V2AA 3K8NA 4KDYA 2CVKA 3DD3A 1T3BA 5KN3A 4V1Ag 2L4CA 3VK9A 2OE1A 2RM5A 5F0GA 1K0BA 1G0TA 2XC2A 2ON5A 4PQ1A 3GUSA 2ZNMA 1MD3A 3GHAA 2WB9A 4QQ7A 2AB6A 5LD0A 1XWKA 4I97A 4MJBA 2D2ZA 3KMOA 4TR0A 2PERA 5C00A 1SYRA 4D73B 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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