5D8IA

Engineering the species-specificity of an inhibitory antibody targeting a modulator of tumor stroma
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
237
structure length
237
Chain Sequence
LYSSSDPLTLLDADSVRPTVLGSSSAWAVEFFASWCGHCIAFAPTWKELANDVKDWRPALNLAVLDCAEETNSAVCREFNIAGFPTVRFFQAFTKNGSGATLPGAGANVQTLRMRLIDALESHRDTWPPACPPLEPAKLNDIDGFFTRNKADYLALVFEREDSYLGREVTLDLSQYHAVAVRRVLNTESDLVNKFGVTDFPSCYLLLRNGSVSRVPVLVESRSFYTSYLRGLPGLTR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Overcoming a species-specificity barrier in development of an inhibitory antibody targeting a modulator of tumor stroma.
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Mus musculus
molecule keywords Sulfhydryl oxidase 1
total genus 77
structure length 237
sequence length 237
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.8.3.2: Thiol oxidase.
pdb deposition date 2015-08-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF18108 QSOX_Trx1 QSOX Trx-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5d8iA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5d8iA02
3HVVA 2KUCA 5B7CA 3KP9A 3IXRA 3UJ1A 2VLTA 2B7JA 5G5FA 5LNKe 3IHQA 3P8WA 4WR4A 4EDZA 4XS4A 3EINA 3APQA 5JWOB 1YJ6A 3PINA 3EMXA 4TR0A 3RAZA 1WOUA 2HNLA 1JLVA 1GRXA 5IMFA 5IO2A 3DWVA 4GQFA 4IHUA 3HDCA 5H5RA 3LQ7A 2FA4A 2TRCP 1NHYA 3TJFA 4ZIJA 4IP1A 4HJ2A 3VWUA 2CX4A 4AJ6A 3UBKA 1A0RP 4K9ZA 2PWJA 3KXOA 3FZAA 3WGEA 1GL8A 5IMAA 2C3NA 3UBLA 1Z5YE 1T1VA 4Q5RA 1MEKA 2A2RA 4MABA 4H86A 4E8HA 1V2AA 3IK9A 2OKAA 1F2EA 2DBCA 3M3MA 2GZPA 4NHZA 3KEBA 4GSTA 1U88A 3HHVA 1TU7A 1VRSD 5KN2A 5ECIB 2E0QA 1KNGA 3C8EA 4XHMA 1VF1A 2DMLA 3DD3A 2RLIA 5D8IA 1FW1A 4LMVA 1AQXA 2JACA 2MZCA 1MDJA 4NV2A 2D2ZA 2FNOA 2GVPA 1F6MC 4BL7A 5F07A 3TJJA 1AUCA 4CDOA 5HR3A 1OC3A 4IS0A 1SD8A 3APSA 1GUHA 1N2AA 3HXSA 5IMCA 4MDCA 4AGSA 1AC1A 3OR5A 5ECPB 5A4VA 4JEDA 1XFLA 3LXTA 3FR6A 3G7IA 5ECSA 1WWJA 2K9FA 5CP1A 2I4AA 2GGTA 2HLSA 3WGXA 5EY6A 2OE0A 3TKRA 1K0NA 5HR1A 2YOIA 4K6XA 2XPEA 4PX1A 1DBYA 5AISA 1TRUA 4FO5A 2A2SA 1OE8A 5D96A 2LS5A 4ZB6A 1XOAA 2BJXA 2G2QA 2YNXA 3C7MA 2MMOA 1U6TA 2V6KA 2P5QA 4GSSA 2VUPA 5JCGA 2OBIA 2DJ1A 4TXVA 4Q5FA 2H1DA 1M2BA 1T00A 3EU4A 4XS6A 2WB9A 2FHEA 3D0ZA 5DVBA 2MBTA 2VLVA 4EC0A 4X43A 4TR1A 3E9JB 5J9BA 2FGXA 3IAS2 3ZFLA 1WMJA 2VCVA 2C0FA 3IBHA 2GSSA 3US3A 4TOPA 2H30A 2H76A 2XPDA 1FB0A 1H75A 4LL4B 1G7EA 3ZTLA 1RW1A 1FB6A 1GSYA 3K8NA 2P31A 1GTAA 1O81A 2B6MA 3M8NA 3QAVA 4N30A 1NSWA 3TJKA 3ZMLA 2VL2A 2ES7A 3ZRDA 1YY7A 3HJPA 5AIVA 2R4VA 5G31A 1GLPA 4HQZA 2M72A 1J08A 2GQLA 4DVCA 2CAQA 3TKQA 4YQVA 3IV4A 2H8LA 3TB2A 3KH9A 1AQVA 2HRNA 4TVEA 4WBJA 3TOUA 1ZOFA 3ED3A 1DUGA 1KBNA 2RM5A 3APOA 4YH2A 1THXA 1Z7PA 5G1LA 4GCIA 1V98A 1ML6A 4IP6A 2C3TA 2P0GA 1EOHA 5JWQB 2REMA 3SBCA 1EEJA 3F3RA 5CRDA 4PUFC 5D9TA 1AXDA 1K0DA 1M0UA 2ON7A 1Z3EA 1VF4A 1TOFA 2RM6A 4NWYA 3LG6A 3GMFA 1I5GA 2HRFA 2O85A 4ACSA 2C1YA 4IQAA 3BCIA 4ZL9A 3M0FA 3SWLA 4X0XA 3UMAA 2FWEA 18GSA 2IL3A 1YDKA 3HY2A 4DSSA 1Y6EA 2LRCA 1EGOA 4HEA2 4LL1B 4RI7A 1USBA 1X9SB 1TK0B 3UVHA 3MNGA 2HZFA 3QDNA 3QOUA 4L0WA 1ERUA 4ZBDA 1ILOA 3TRQA 1FOVA 1TTZA 20GSA 4LLRA 3VI5A 4YQMA 1OVNA 2L6CA 3CBUA 2DSAA 3DVWA 5ECNB 1WPIA 4XIHA 4KB3A 1QQ2A 3M1GA 2MYGA 2NDOA 2HZEB 2FWFA 2H71A 1XZOA 4ISDA 5FWGA 2OACA 3VWVA 3F9UA 2O87A 2ZCTA 3TKSE 3C71A 4V2NA 1HYUA 1K3OA 3EVIA 2YN1A 3G9BA 1PRXA 1V9WA 5DAKA 4F82A 4TR3A 3KH7A 3IE3A 3L9VA 3L0HA 3W8SA 4L8EA 2WJUA 4KUNA 4TXOA 4ZXGA 1FHEA 1MDKA 2ZUPA 4OCFA 2HFDA 2KOKA 4K0GA 3TRXA 1QUWA 5FT3A 5ID2B 2XC2A 6GSVA 2JSYA 4LMWA 2CX3A 3GH6A 2YJHA 1B8XA 3TUEA 4N0VA 2VL2C 4OD7A 1EV9A 4KDYA 4IBPA 2IMIA 1GSFA 1PMTA 1XWKA 2JADA 2IMDA 1EGRA 3EU3A 2AHEA 2PUKC 5GSTA 3FRCA 3Q19A 2VM1A 4KH7A 2RUFA 2GQKA 2OBKA 3FHKA 2IJYA 3F8UA 4F2IA 3M9JA 4NAXA 1QFNA 1B4QA 1S3AA 4IELA 1GWCA 1M2AA 1AAZA 5G2ZA 3GTUB 2FD3A 2QC7A 2B5EA 4MF6A 3DIEA 1Y25A 2HSYA 1T4YA 4D73B 1GTUA 4O7HA 1PX6A 5CREA 2CT6A 3VK9A 3ZLPA 2R6KA 1U87A 1SJ6A 3MDKA 2E7PA 2F8AA 1KEBA 4HUAA 6GSXA 2LNSA 4HU7A 1XWCA 1B9XC 2P5RA 2H74A 5IOXA 2H6YA 2CVKA 4L5OA 1PQNA 3ERGA 4TR4A 1PKWA 4ZBAA 2DJJA 4ULXA 2G0FA 2VCWA 3H93A 4GXZA 4MJCA 2KP1A 3FZ9A 4EXJA 3ME8A 2I9HA 2X99A 4HS1A 3RHCA 5CAXA 2LEGA 2HE3A 4PNGA 4PNFA 3HJOA 2I81A 2H75A 2OE1A 3BCKA 4YAVA 2GDRA 3HJMA 3LYPA 4KSOA 1SKWB 5C04A 2V6OA 5DCGA 3FR9A 3GKNA 5IPHA 1ERTA 2CQ9A 2F8FA 5DQSA 2KHPA 4ML6A 1XIYA 4ECIA 2LV3A 2PERA 2XBIA 3DRNA 5A4UA 1MTCA 3A2VA 3UAPA 4QQ7A 2V2GA 4MZCA 1MDIA 4K2DA 4ECBA 4PXOA 2L57A 2LJKA 5DCHA 11GSA 1TRVA 1HNCA 3PH9A 3F6FA 3IDVA 2YANA 4K7OA 1TK8B 2LQOA 4WBRD 1EZKA 2VAFA 3UOMA 2AAWA 1F3AA 1ERWA 5HQPA 4RQXA 2VD1A 2LNTA 1ERVA 4K7NA 3Q18A 4FYBA 3IR4A 3TCOA 4GF0A 1BJXA 3WD6A 2WFCA 1HNAA 3L9UA 1WRYA 2E2MA 1GLQA 3D4TA 2K6VA 5H5QA 1N8JA 1RK4A 3FK8A 4V1Ap 4MLYA 2H6XA 3L78A 2WS2A 1U3IA 5C00A 4DSRA 1CQGA 2Z9SA 5J5NA 3ZITA 4F03A 4GLTA 3HD5A 3D5JA 3M9KA 1MD4A 4KCEA 1TI1A 3NOFA 4WEYA 1XW9A 2R5GA 5HR0A 1DSBA 2FWHA 1G6YA 2AYTA 2YP6A 2EIOA 8GSSA 2H1GA 3CXGA 5GSSA 3TKSC 3HVXA 2GS3A 5CO3A 1V40A 1BX9A 3BBYA 4F0BA 3F4RA 3VPQA 1WJKA 4HJMA 2PU9C 3GUSA 3EC3A 4PQ1A 5ECMB 1HNBA 5FHIA 3MWHA 1XWBA 2GT5A 1UVZA 3A2XA 1ZYEA 2N5FA 19GSA 3GKXA 2C80A 2H0IA 2RUEA 2VM2A 1Z7RA 5ELAA 2C0GA 7GSSA 3FZ5A 3ZIJA 3UL3A 2E2GA 5DQYA 2GT6A 1R26A 5D73A 3MSZA 1LBKA 5ECRB 2TRXA 1GUKA 5KN3A 3GURA 5KEJA 4KW6A 5IPGA 1B48A 4IVFA 3LYKA 2IMEA 3I6AA 5IIZA 3G7YA 5LCZA 1HQOA 4RQRA 1NHOA 1K0BA 2GSQA 4HQSA 4QL9A 5J4UA 13GSA 3EE2A 3A3TA 1ZCPA 3GSSA 1SJIA 2C3QA 3EURA 4NMUA 3WGDA 3EMPA 2LRNA 2CA8A 4AF2A 4KSMA 3GIXA 3FR3A 1YQ1A 4WXTA 1E2YA 2A4VA 1Z6NA 1SL2B 3QAGA 4FIWA 1Z9HA 5DJMA 2H73A 6GSYA 5ELGA 4WETA 10GSA 2DIYA 2VIMA 3C1RA 5ECLB 2VOCA 1BG5A 4TR1B 1QXHA 4I97A 2AUVA 1E6BA 3P7XA 1A2MA 3LEFA 1ZZYA 1EOGA 4V2LA 3DMLA 1T7PB 5INYA 3FW2A 1GSDA 2H1AA 2X8GA 2X64A 2EIQA 1ZMAA 1V57A 2GSRA 2MBSA 1ZL9A 4PURA 1M99A 4IW9A 3LJRA 3HYPA 2HSHA 2FLSA 4MPFA 4PQHA 1SL1B 2L4QA 2H70A 17GSA 1Z6MA 4POKA 1VF2A 3ZREA 3R2QA 2PN8A 4PUAA 1TKDB 1YEXA 4WR5A 1PA3A 3ZL5A 1TRSA 2WDUA 3GNJA 2R37A 1O8XA 2YZHA 2L5OA 4OFTA 5HR2A 3LFLA 3ZZXA 2O7KA 3U5RE 4Z7XA 22GSA 1B4PA 2VLUA 5ECOB 5DDLA 4DSQA 3BJ5A 3ERFA 2B1KA 3Q74A 2L4CA 3IA1A 3H1NA 5A4WA 3I9V2 1XWGA 3L9SA 9GSSA 4ECCA 2QSIA 1PL1A 5ECKB 2HYXA 1R5PA 1FVKA 1ST9A 3Q6OA 1FAAA 3LORA 1GUMA 2YPMA 4JR6A 1M2DA 1X5CA 1A2LA 3V1WA 2IFQB 1TXXA 1JLWA 3NIVA 5GZZB 2GSTA 3ZVJD 5E4WA 1SJZA 2QGVA 1YZXA 2B1LA 3CYNA 3I69A 5D9WA 1XPVA 3GKKA 4FYCA 1OC9A 4MJEA 1SKSB 3F0IA 1O85A 1XOBA 3D21A 1T4ZA 4I6XA 3D4MA 2B5XA 4G19A 1EP8A 3GV1A 3F4TA 2IWTA 5DALB 4DSSB 4V2MA 5ID2A 4IJ3A 3QAWA 1S3DA 3J7Yk 2DJKA 2C0EA 3LGCA 4BVXA 3S9FA 3D22A 1QK8A 1RQMA 3GRXA 1GNEA 3VWXA 2MMZA 1MD3A 3HKRA 6GSSA 4L0UA 1PL2A 4MMMA 4JR4A 2H66A 2O8VB 5G30A 1PD21 4X1UA 2JZSA 4DEJA 1QGVA 1JZRA 2FCHA 4OCEA 2N5AA 1B9YC 1XVQA 3LXZA 3DYRA 1I9DA 4TW5A 4J2FA 3WT2A 2YWMA 5CNWA 3ERWA 5IO0A 4RI6A 5G5EA 1GH2A 2OADA 1O8WA 1T3BA 1XVWA 2GTUA 3IK7A 2ALBA 2B5YA 1OC8A 2YWNA 4E8EA 4NXIA 4EF0A 5DAKB 3O6TA 4CW9A 4NPBA 3ME7A 3U6VA 3IAM2 4MF7A 4JU5A 5JCWA 1EEMA 1U3AA 4IQ1A 2PVOC 4TXOB 3TRPA 4MZBA 1UN2A 3GH9A 1GSUA 5CRWA 2VCXA 4KDXA 14GSA 1DE1A 6GSWA 3RPNA 4NHWA 4MZWA 3TGZA 2HI7A 1SENA 3GYKA 1R4WA 1X9WB 3P90A 1JFUA 1F3BA 3UEMA 2YV7A 2WZ9A 3TKSA 5CRGA 4JBBA 4ZL7A 3W6GA 4KE3A 2CV4A 3EYTA 1QMVA 1FO5A 3C1SA 12GSA 2V32A 5AN1A 5IMDA 1ACVA 4K8MA 3GL5A 3WT1A 1OKDA 3KZQA 2CZ2A 1JHBA 3KCMA 4MA9A 1X5EA 2PMTA 2RIIA 2N5BA 2JZRA 3DXBA 2NPBA 1S3CA 1VGLA 2MMNA 4ILFA 4KA0A 1SK1A 4MF5A 3UIWA 3QMXA 1TDIA 2PVQA 1GSEA 1SD9A 1TRWA 4TKYA 4FH8A 1JZDA 1O73A 2EIRA 3IPZA 1ON4A 4MJAA 5ENUA 1WE0A 1Q98A 3VFIA 1EV4A 3KP8A 3UVTA 1F9MA 3H4KA 1NW2A 2YCDA 3O76A 1C72A 3KMNA 2OJLA 2GLRA 2C8UA 3IRAA 2DJ2A 3DEXA 4ZB9A 1W4VA 4MP4A 2IIYA 2B3SA 4N0ZA 4JRRA 1YF1A 3CRTA 1GULA 1GTIA 3FEUA 3GX8A 1EWXA 4J56E 3CSJA 1V58A 4O5RA 5LD0A 2F51A 4BPYA 3QR6A 4JZQA 2C0DA 1BEDA 4GWRA 3GFKA 5KN0A 1G6WA 3A5WA 4ID0A 4XCSA 2I3YA 1SL0B 4I8BA 4MK3A 2IMFA 2VCZA 5F0GA 4V1Ag 5DBQA 3NZNA 3WYWA 2PGTA 1A24A 4XS4B 1JZOA 1OYJA 2ZNMA 4KNDA 5GAPD 4TRXA 5AGYA 3BOAA 1BQ7A 4MCUA 4OO5A 3DVXA 4ML1A 2J9HA 1O7UA 5GAND 4HZ4A 1OE7A 4BWQA 3GN3A 1AIUA 3CSHA 5IM9A 2NTOA 4HOJA 2B7KA 2LJRA 3ZYWA 1GNWA 5F06A 3GX0A 1K0CA 1K0OA 3QFAC 3KIJA 1NM3A 4Q5NA 1LU4A 3TKPA 4G9HA 1AW9A 4KX4A 4KAEA 3CTGA 4EKZA 3HZ4A 4IN0A 1SK0A 4J57E 2ON5A 2JU5A 4EVMA 1J9BA 3VWWA 1ABAA 3TOTA 3KD0A 1LJRA 2K8SA 2O89A 4PQIA 3TJGA 3VI7A 3J7Yb 4XRDA 1M9AA 1UA5A 5IMVA 1BYEA 1G7OA 2BTOT 2YV9A 5CRHA 3UARA 4OO4A 2LKUA 2WRTA 5KN1A 1SK2A 1JZWA 2VO4A 2R2JA 2V41A 3FKFA 4F9ZA 1XBSA 2H19A 4FYUA 3E3EA 2LSTA 2DLXA 1XWAA 2H01A 2L6DA 4XS1A 1SKRB 4K7IA 2X8HA 1IYHA 3E0UA 4GQCA 4EO3A 2C4JA 3EWLA 4HI7A 5AIXA 1YKCA 3ZIVA 4HZ2A 1TI3A 3CRUA 4K1FA 2DC5A 2CVDA 4O92A 5D9VA 1K3LA 4K0NA 2R3XA 2L59A 4MH3A 5ECHB 2PBJA 3FY7A 1VF3A 1OAZA 5EVOA 1YKAA 2DMMA 1GSQA 2BMXA 4XRAA 5J3RA 3L4NA 3DGQA 2XBQA 1K0AA 5L71A 2JL4A 1M9BA 4EDYA 1UC7A 3F3QA 3HZ8A 1PSQA 2VCQA 1T8EB 1KTEA 1YEPA 5DJLA 2JSZA 4ZB8A 3AY8A 4P3YB 4HU9A 1XW5A 1G0TA 1PX7A 4LA1A 2AJQB 2DJ3A 2GZYA 4POMA 1R5AA 4KDUA 1X9MB 3PGTA 3HVSA 1FG4A 1SYXA 2CVBA 3QD9A 2PPTA 5F8BA 5ABRA 1XW6A 1CQHA 3C73A 4EL1A 1A8YA 1TP9A 1A0FA 3BD2A 5HFGA 3KGKA 2I1UA 2JZTA 3ISOA 4TN8A 5D93A 1X0RA 4GSNA 2AV4A 5JCUA 2MMAA 3P2AA 4IGJA 2K8VA 5IOWA 4HDEA 3W8JA 4KGIA 5CYYA 3KTLA 1K3YA 1XCCA 3KJYA 4WF4A 4N11A 2V1MA 4YAPA 1SU9A 2KP2A 2VD0A 3QPMA 3HCZA 2WULA 3CTFA 3I43A 4MH2A 2FUG2 5B6MA 3JCML 5JWRB 4EUYA 5ECQB 2M80A 2IFQA 3KMOA 1URMA 3CMIA 3N9JA 2GQMA 4ZILA 1A2JA 2IN3A 3RHBA 4OWYA 4BWSA 2HZEA 4GRFA 3F63A 4OFMA 6GSUA 3KM6A 4L5LA 5DALA 5B8AA 3QCPA 1F37A 2L5LA 2F3MA 3GHAA 3HA9A 1TU8A 2IMKA 4OMVA 1THOA 3PR8A 5COHA 16GSA 3TDGA 5F05A 3ZMKA 3FYGA 4OFNA 1WP0A 2FWGA 2VL3A 3ZVJA 4I2TA 4ZBBA 3VURA 3ZFBA 5IQYA 2H0HA 1O6JA 3MAKA 1HD2A 4BVYA 1OKTA 4G10A 3GKMA 2FY6A 4BA7A 3IC4A 5G1KA 1EP7A 1PGTA 2NBSA 3GA4A 3LWAA 4ZL8A 2EC4A 2HT9A 1GTBA 2VL9A 2KLXA 4MPGA 2CAIA 2K18A 1PKZA 1R7HA 4NV5A 4MJBA 2F9SA 4Q5QA 1ZGNA 5HFIA 4AJ8A 2YJ7A 1OC9B 1H4OA 3H8QA 5D9XA 3F6DA 4I2UA 3D6IA 3G7JA 2H72A 3H79A 3F4SA 4IKHA 5J41A 3GTUA 2YZUA 2M46A 2DJ0A 4RUVA 2J23A 4GTUA 4O32A 2XHFA 1TW9A 4D73A 1WIKA 4AJ7A 6GSTA 5B6NA 3CSIA 2IPAA 2QKEA 1GSSA 3O3TA 5B8BA 2AB6A 5E59A 3QFBC 4WKWA 3LSZA 3KTBA 3TJBA 1M7TA 2LUSA 2OE3A 1J0FA 3IOSA 5A5KA 2WCIA 4POBA 3RBTA 2LQQA 2YWIA 5EL8A 1A23A 1X5DA 2LJAA 4EE0A 1BAYA 4G2EA 3A2WA 2LRTA 5HFKA 2GZZA 2H1BA 4F0CA 2VCTA 4WF5A 3RPPA 5EPFA 1TK5B 5J9CA 5IMZA 4I5QA 2NVLA 4KCAA 1XXUA 4ECJA 4N10A 2DIZA 2YWOA 1FVJA 1GP1A 3FZ4A 4XTSA 2FA8A 4IJIA 3GSTA 2X8CA 1AQWA 1W89A 5H5SA 3DKSA 3VPTA 3RDWA 1A8LA 1PN9A 1SYRA 1TJDA 4QL7A 2HXKA 2H0GA 3N5OA 4POLA 2H6ZA 1ZYQB 4YQUA 1Q4JA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
How to cite