5D8IA

Engineering the species-specificity of an inhibitory antibody targeting a modulator of tumor stroma
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
237
structure length
237
Chain Sequence
LYSSSDPLTLLDADSVRPTVLGSSSAWAVEFFASWCGHCIAFAPTWKELANDVKDWRPALNLAVLDCAEETNSAVCREFNIAGFPTVRFFQAFTKNGSGATLPGAGANVQTLRMRLIDALESHRDTWPPACPPLEPAKLNDIDGFFTRNKADYLALVFEREDSYLGREVTLDLSQYHAVAVRRVLNTESDLVNKFGVTDFPSCYLLLRNGSVSRVPVLVESRSFYTSYLRGLPGLTR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase
source organism Mus musculus
publication title Overcoming a species-specificity barrier in development of an inhibitory antibody targeting a modulator of tumor stroma.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sulfhydryl oxidase 1
total genus 77
structure length 237
sequence length 237
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.8.3.2: Thiol oxidase.
pdb deposition date 2015-08-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF18108 QSOX_Trx1 QSOX Trx-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5d8iA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5d8iA02
2PBJA 2B5XA 5A4WA 3QR6A 1XW6A 2M46A 4NAXA 1QFNA 3BJ5A 4PNFA 4MA9A 2LJRA 3IR4A 1G0TA 1AQXA 3G9BA 1TK0B 4GCIA 1GSEA 2C3QA 4KSOA 5JCWA 2H6YA 4BVXA 2RIIA 4GQFA 1S3CA 2BJXA 3O6TA 3GX8A 5KN2A 1BAYA 1M2BA 3ZFBA 2GTUA 4I8BA 4WR4A 5IMDA 3VWWA 4K8MA 4HEA2 4WF5A 2WZ9A 3ERFA 2I3YA 4GSSA 1W4VA 1IYHA 3ZITA 2GGTA 2LQQA 3L4NA 3W8SA 3VFIA 1SENA 3TKPA 2C0DA 5JWQB 1PKZA 4GF0A 2P5QA 1YF1A 2HE3A 2EC4A 2L59A 3FK8A 1TDIA 3M9KA 4KX4A 4OO4A 3U5RE 1ZYQB 2H0GA 4TVEA 3M3MA 3DXBA 4ZL9A 1EP8A 3CSJA 3C73A 1G6YA 4EXJA 3KP9A 5JWOB 5A4VA 4DSSA 2C1YA 2V32A 3HKRA 3ZZXA 1YKCA 3MDKA 4K9ZA 3IHQA 2FNOA 4G10A 2IN3A 2HXKA 3VWXA 2DMLA 3GTUA 3EU3A 3O76A 5D93A 3IPZA 2HZEA 4HUAA 4ID0A 1EOGA 4OMVA 3NOFA 1SJZA 3QFAC 1A0FA 1SD8A 1PL2A 1BX9A 4X43A 3L78A 1T4ZA 1JZOA 5IMAA 5HR1A 3ZRDA 9GSSA 2E2GA 3C1RA 4XTSA 6GSSA 1NW2A 1SK1A 5D9WA 1MDJA 2LRCA 3WGXA 2H71A 2PVOC 3UARA 2IIYA 4XCSA 1YKAA 4G19A 1HYUA 3KH7A 1CQHA 4G2EA 3TJGA 1X9MB 3GUSA 3FR3A 5B7CA 3GHAA 2DJ0A 3VI5A 1WE0A 1A8LA 3LGCA 1EGRA 3QDNA 5ECNB 1URMA 4WBRD 4PUFC 3FR6A 5G30A 3KXOA 2A2RA 1MEKA 1T1VA 2GVPA 4EDZA 2YN1A 1X9WB 2WFCA 2HI7A 2B1KA 4FYBA 3TUEA 1VF4A 3IAS2 2KLXA 1Z5YE 4L0WA 2H73A 4KGIA 1WWJA 2HLSA 2PWJA 3EU4A 3A2WA 2LEGA 4GTUA 2LRNA 2F51A 2OE0A 4MF7A 2XBIA 4K2DA 1F37A 4MABA 1ERTA 1YDKA 1GUKA 2OADA 4WR5A 5IO2A 2DJ2A 2M72A 4CW9A 4EC0A 1O8XA 1FB0A 2R3XA 2OE1A 3IAM2 4Q5QA 3TOUA 4N0ZA 1FOVA 1M7TA 4MF5A 1GULA 1OC9A 2IFQB 1BYEA 5ECSA 3CYNA 3IC4A 4PNGA 2VIMA 3IK9A 3EVIA 3D22A 3BCKA 5DDLA 1A0RP 4GWRA 22GSA 2L6CA 1YEXA 1B9XC 2OJLA 3KZQA 3UVHA 3GV1A 1A2MA 3KJYA 4TXOB 1OE7A 2M80A 1Z6MA 1N2AA 3D6IA 1K0AA 1V58A 3ZTLA 2EIQA 1A24A 6GSTA 5KN1A 1XVWA 1S3AA 2H74A 2H70A 3CTFA 4TRXA 2BMXA 1WMJA 4G9HA 1GWCA 5EY6A 12GSA 3EURA 4MLYA 4MZBA 3V1WA 5IPHA 3LXTA 19GSA 6GSYA 1V98A 2QSIA 5L71A 4IN0A 4GSNA 4GLTA 4HS1A 3O3TA 2GSQA 3DVWA 1Z7RA 4ACSA 1XIYA 2O8VB 3QAWA 4J57E 5ECRB 2E7PA 3FR9A 3HJMA 2VAFA 3DD3A 1F9MA 1SKWB 2K8VA 2C0EA 1V2AA 4F9ZA 2AYTA 4IS0A 3ZYWA 4OFTA 1SK2A 1O7UA 5D9XA 3F3QA 2VCQA 4V2NA 2HYXA 5ECIB 5JCGA 5IM9A 2KP2A 2OE3A 4GQCA 2DBCA 5ABRA 2VUPA 3Q18A 3HY2A 1ERUA 4JR4A 3PH9A 2FWFA 3PGTA 2H01A 2C3NA 4DVCA 1Y25A 3C1SA 3LYKA 4EDYA 4K0GA 8GSSA 1ILOA 2O87A 2HRNA 1DBYA 2KP1A 3UVTA 2R37A 1A23A 2E2MA 4NWYA 4V1Ap 3G7JA 3TDGA 3ZFLA 1ZOFA 2LSTA 1PGTA 2C0GA 5ECQB 3TOTA 2VCZA 3QD9A 3GFKA 4TR1B 4F03A 1BEDA 1RQMA 2B3SA 2CVDA 4FO5A 2CQ9A 1JZWA 1ZL9A 1ZCPA 4LL1B 5INYA 2QGVA 5G1LA 1ABAA 1PL1A 2ALBA 1SJIA 1M2AA 1M0UA 4OCEA 4HQZA 13GSA 5DALB 2WDUA 4I6XA 3NIVA 1O6JA 3VWVA 3CRUA 2LS5A 1K3OA 3WGDA 2L6DA 3EMXA 4XS4B 18GSA 2LUSA 3IK7A 1YJ6A 1UN2A 2H76A 1EEJA 1TI1A 2OBIA 2EIRA 3C71A 4ECIA 1BG5A 1PX7A 1JLWA 1G7EA 2HFDA 2CZ2A 3H93A 2H19A 4KCEA 1GSSA 1FW1A 3R2QA 2YV9A 4K7OA 2RUFA 2I4AA 2L5LA 4WETA 4OFMA 4V2MA 2H8LA 2VD1A 2IMEA 3NZNA 4TR4A 4EE0A 2HSYA 1TW9A 3TRXA 3Q6OA 5HFGA 3K8NA 5GAPD 3KGKA 5DCHA 5COHA 5CYYA 2YZHA 3KP8A 4IW9A 2RM5A 2C4JA 2DC5A 2FA8A 1A2JA 2XPDA 5B6NA 4PQHA 3TKSA 2OBKA 5ID2B 2YPMA 5HR3A 3E9JB 4XHMA 2D2ZA 3JCML 2F8AA 4F0BA 3ERWA 5FWGA 4D73B 2CT6A 4POMA 4PUAA 5H5RA 3IXRA 3H8QA 1GH2A 2GSTA 1K0MA 2LJAA 1E6BA 1ERWA 3D5JA 3TJBA 2G2QA 4P3YB 1T8EB 5GSSA 2DSAA 2MMOA 4BA7A 2IJYA 5ECKB 5ECHB 4ZBAA 1TP9A 4KH7A 1GTAA 1J9BA 3LSZA 1MD4A 5ELAA 5EPFA 2VCXA 4I97A 2RUEA 1R5AA 2WRTA 3RBTA 2AAWA 3DMLA 4OCFA 3AY8A 2JZSA 5J9CA 2NPBA 1LU4A 4IQAA 2PVQA 1ML6A 1DE2A 3F63A 3UBLA 4MJEA 5CRGA 1HD2A 2X8GA 5AISA 3SWLA 1Q98A 2PUKC 2MYGA 3LFLA 4QL7A 1Q4JA 1Y6EA 1YY7A 1NM3A 4ULXA 1YF0A 4I2TA 2V6KA 3CMIA 4ZBBA 1OC3A 2YWOA 3D0ZA 2J23A 3MNGA 3QMXA 4KUNA 3DYRA 2B5EA 3HVXA 2AB6A 1X5DA 1PSQA 4ZL8A 1WRYA 4POLA 1XWCA 4RI7A 3ZVJD 4RI6A 1PX6A 2YWIA 3MSZA 1UA5A 1JFUA 1F3AA 11GSA 4ISDA 1VF1A 3KM6A 4KW6A 1GTUA 2YWMA 1XXUA 2FWEA 1XW5A 1O81A 5DCGA 1TRUA 2TRXA 4MP4A 4XIHA 3TKSC 3LORA 2H0IA 4O5RA 2RLIA 2JADA 3IOSA 4HQSA 1X9SB 1UVZA 2C3TA 3I9V2 3UAPA 3E3EA 3IRAA 2GQMA 5J9BA 1EEMA 3N9JA 4FYCA 3US3A 2YJHA 5DAKA 2R5GA 5B8AA 1TU7A 2AJQB 3DVXA 1TXXA 4CHSA 1PQNA 4I5QA 3ISOA 5IPGA 3HZ4A 2VM2A 2V41A 2J9HA 5J4UA 2HRFA 1MDKA 5D73A 2AV4A 3KCMA 2FA4A 2REMA 5LCZA 2BTOT 2CAIA 3CXGA 3FEUA 4K6XA 4TXVA 3FZAA 3KMNA 3FY7A 1MD3A 5IO0A 4OO5A 3A2XA 3ZREA 2VLTA 2XHFA 1XW9A 1WIKA 2GQLA 1G7OA 1ZMAA 1DE1A 1X5EA 1Z9HA 3GSTA 3F3RA 5D8IA 4IBPA 1O85A 4JBBA 2VOCA 1N8JA 3HDCA 1EOHA 4HOJA 4POKA 1USBA 4LA1A 3VLNA 1R26A 2RM6A 2HT9A 4NXIA 1SJ6A 2C80A 1KTEA 2P5RA 3WGEA 5IOWA 3GTUB 1VF3A 1GP1A 1XWGA 1PMTA 1FVJA 1GSUA 2H0HA 4HU7A 2C0FA 4MPGA 3I6AA 2HZEB 4JE1A 1WPIA 1XWKA 4ZBDA 2LNSA 3QPMA 1SYRA 2KHPA 1GLPA 3IV4A 4OD7A 2I1UA 1OKTA 3M9JA 1DUGA 3LWAA 1TRWA 4HU9A 5DVBA 3CSHA 1R4WA 1FO5A 4NPBA 4LMWA 4YAVA 2HNLA 1RW1A 4XS6A 3EMPA 1GNEA 5ECOB 2MBSA 4NV5A 4ZB8A 3KH9A 4PXOA 1JLVA 2GSSA 4WEYA 4MZWA 4L5OA 4X0XA 3FZ9A 2WULA 2C8UA 4YQUA 2K18A 3HZ8A 1EGOA 5AIVA 3TJKA 2VL2A 3HVVA 2FWHA 3EE2A 1QUWA 3LQ7A 1TU8A 3M8NA 3GKXA 1F2EA 3L9SA 4FIWA 4KSMA 4GSTA 5B6MA 2H75A 3BBYA 3CBUA 3RPNA 4X1UA 1U3IA 1NSWA 4EL1A 3H1NA 2H6XA 2I81A 4KAEA 1M99A 2GLRA 4HZ4A 2V6OA 4BWQA 1H4OA 4IGJA 5DJMA 2IL3A 3CRTA 2FLSA 4K7IA 3KMOA 5CAXA 2GZPA 1EV4A 1M9AA 3DGQA 3CSIA 2L4QA 1GSFA 1XOBA 1FAAA 4I2UA 3RPPA 2HSHA 5F05A 4N30A 3UMAA 5D96A 1F3BA 3GMFA 1SU9A 3BD2A 2CV4A 2JZRA 3ZVJA 2WS2A 1V40A 4HZ2A 3GIXA 1J0FA 3ZIVA 2PPTA 1XWBA 4MJAA 4WKWA 1U88A 1VF2A 4IP1A 1HQOA 1AXDA 2CVKA 3WD6A 5IMCA 4DSRA 4TOPA 1AC1A 1FG4A 4TR0A 4HJ2A 1SYXA 5JCUA 5B8BA 3UJ1A 1HNBA 4V1Ag 4LMVA 3TKQA 1W89A 4NHWA 4N11A 3QOUA 3D4TA 2CX4A 4F82A 1THOA 3I43A 4YH2A 2QC7A 5HQPA 1GRXA 5ECMB 1AIUA 3FW2A 3FRCA 1SL1B 2CVBA 5F06A 4YQVA 1PD21 4BVYA 4E8HA 2AUVA 1PA3A 2OKAA 1ACVA 2X64A 5G2ZA 2H1GA 1U87A 3HJPA 5HR2A 1GUHA 2WJUA 5JWRB 1B4PA 1VRSD 4NHZA 3I69A 3RDWA 2ZUPA 1OKDA 2VL2C 5HFKA 5J41A 3C7MA 5AIXA 3ZLPA 5IMFA 3H4KA 4DEJA 1OYJA 2A4VA 3U6VA 3DIEA 3HHVA 2XPEA 4ML1A 1LJRA 3A3TA 1TI3A 3HA9A 4MK3A 3UIWA 4L0UA 5DQSA 1U3AA 4TR3A 1WP0A 2FWGA 1EWXA 4TW5A 4MCUA 1OVNA 4ECBA 4JU5A 2LJKA 1MDIA 2PN8A 1RK4A 3DEXA 4MZCA 3QAVA 1ERVA 2JACA 2FHEA 1BQ7A 2ON5A 2X8CA 5E59A 2OACA 1FB6A 2N5AA 2B7JA 1PKWA 1AQVA 3P2AA 4N0VA 1QXHA 4ZIJA 1H75A 1B9YC 3HD5A 3D4MA 1SD9A 1AW9A 1E2YA 1R7HA 3MAKA 5G5EA 3J7Yk 3TRQA 3KIJA 2X99A 1GTIA 2ZNMA 2IMIA 1Z3EA 3Q19A 4MDCA 3GA4A 4Q5NA 3TB2A 4E8EA 2FGXA 2PERA 3P7XA 2A2SA 4MJCA 3GH6A 5J3RA 4TN8A 3GN3A 4KB3A 5FHIA 4EF0A 1BJXA 3L9UA 2PMTA 4O92A 6GSUA 2F3MA 2CAQA 2VCTA 3GNJA 1DSBA 3GKNA 4MH2A 4XS1A 4YQMA 5G5FA 3ZIJA 2VM1A 2VLUA 2YANA 4K7NA 2IMDA 1B48A 3TGZA 4IQ1A 4CDOA 2O89A 2V1MA 3GH9A 2CA8A 5ELGA 2TRCP 1FVKA 3IA1A 3HYPA 4IVFA 4ZB6A 5IMZA 2IWTA 2LRTA 3L9VA 1K0NA 3HJOA 3RAZA 1XCCA 2MMNA 3ED3A 4O7HA 4BPYA 3S9FA 2FUG2 5DJLA 5LNKe 5D9VA 3BCIA 2X8HA 3F0IA 2B1LA 3F4TA 5CRHA 3LG6A 3FZ4A 3DRNA 4DSQA 1KEBA 2WB9A 2GS3A 2N5FA 3IE3A 2EIOA 2I9HA 2L57A 3QCPA 4K0NA 4POBA 16GSA 1KBNA 3LXZA 3KEBA 1M2DA 5G31A 3IDVA 4JEDA 4ZB9A 2FD3A 3F6DA 1PRXA 4IHUA 4ZXGA 1UC7A 4HJMA 6GSVA 20GSA 5CREA 3G7IA 4OWYA 1K0OA 1XZOA 3WYWA 5J5NA 1TK8B 4HI7A 1CQGA 2MBTA 2P31A 1EZKA 3FHKA 3J7Yb 2GZZA 1A2LA 1Z7PA 2DJ3A 2YNXA 3APOA 4MMMA 1FHEA 3F6FA 1QQ2A 3QFBC 3VURA 2GQKA 2K6VA 1QMVA 2K9FA 5IMVA 2LV3A 3UBKA 4RUVA 4Q5RA 4V2LA 5D9TA 3WT1A 4HDEA 3ZMKA 5F0GA 1GNWA 1THXA 2VCVA 2VL3A 3LEFA 3WT2A 4WBJA 4MJBA 1R5PA 5IQYA 1K3YA 3DWVA 4EKZA 3A2VA 3BOAA 1TTZA 5KN0A 4YAPA 2IFQA 4N10A 2CX3A 1JHBA 3GX0A 4GXZA 2VD0A 10GSA 1ST9A 4F2IA 1A8YA 1TK5B 1XWAA 4OFNA 5KN3A 1SL0B 5C00A 1SKSB 3MWHA 2IMKA 3G7YA 2H30A 3RHBA 5HR0A 3GKMA 3E0UA 3ZMLA 4ILFA 4TXOA 2GSRA 3APSA 3D21A 4TKYA 5H5SA 4DSSB 2XBQA 3LJRA 3PR8A 2HZFA 2NBSA 4IJIA 1J08A 4PQIA 4AF2A 4KCAA 5HFIA 1GSQA 2R2JA 2GT5A 3GL5A 1SL2B 1WOUA 1T3BA 4AJ8A 1GUMA 2YWNA 2G0FA 2TIRA 4J56E 1QGVA 4IKHA 4L5LA 2NDOA 2OA7A 3FZ5A 2AHEA 3P8WA 1TRSA 3CTGA 5DQYA 3VWUA 3LYPA 17GSA 4JR6A 4KDYA 4H86A 5AGYA 5CP1A 2WCIA 2KOKA 1YEPA 4ML6A 5G1KA 4MF6A 4PURA 1B4QA 2FCHA 1AUCA 5ENUA 3GURA 5GZZB 3GRXA 1GL8A 5F8BA 1TOFA 2LNTA 1K0BA 2R4VA 3QAGA 2DIYA 4AGSA 4FH8A 1HNAA 2PGTA 3FKFA 5DAKB 3PINA 3GYKA 4IJ3A 5CRWA 5LD0A 1OC8A 1AAZA 1EV9A 3F4RA 2R6KA 5ECLB 1ON4A 4IP6A 4GRFA 3ME8A 2CZ3A 2IMFA 1T4YA 2VO4A 1AQWA 3F4SA 1SKRB 4WF4A 4XRAA 4AJ7A 4EVMA 6GSXA 1KNGA 2N5BA 4PGTA 4J2FA 2DJ1A 5A4UA 3C8EA 2H1AA 2F9SA 3KTBA 4ECCA 2LTKA 1B8XA 2YJ7A 4TR1A 1XBSA 4PQ1A 4ZL7A 1XVQA 6GSWA 2DLXA 3UL3A 4LLRA 4K1FA 2WGRA 3VPQA 1GLQA 4Q5FA 4FYUA 3VPTA 4Z7XA 1OAZA 2O7KA 3TKRA 3FYGA 2H1DA 3GKKA 2O85A 1OE8A 2V2GA 5ECPB 1C72A 3TJJA 5GAND 5DALA 2IPAA 1XFLA 5IOXA 2QKEA 1VGLA 3KTLA 1F6MC 3DKSA 1WJKA 2FY6A 4F0CA 3ME7A 2YP6A 4XRDA 5EL8A 1V9WA 2MZCA 4XS4A 3N5OA 3M0FA 2ZCTA 4RQXA 2JL4A 3TRPA 2PU9C 3HVSA 1MTCA 2YOIA 2XC2A 5H5QA 1QK8A 1NHOA 3L0HA 3W6GA 1XOAA 5EVOA 4EUYA 1TJDA 2JSZA 2DJJA 3IBHA 4LL4B 1O73A 1OC9B 3M1GA 5CRDA 4WXTA 2JU5A 2JZTA 4O32A 2Z9SA 1K3LA 1SK0A 1LBKA 1HNCA 1TRVA 2GZYA 2B5YA 3A5WA 2ON7A 3EYTA 5CNWA 1IYIA 2DJKA 2YV7A 4MH3A 2L4CA 3P90A 1U6TA 1XPVA 5KEJA 1GSYA 4IELA 4JZQA 4L8EA 1GTBA 5E4WA 2P0GA 5GSTA 2LKUA 5ID2A 4NMUA 1TKDB 3GL3A 1K0DA 2H1BA 2L5OA 3RHCA 4EO3A 5DBQA 4RQRA 4D73A 2YZUA 2KUCA 3APQA 1ZZYA 3H79A 3TJFA 2LQOA 2NVLA 4KDXA 5A5KA 4BL7A 4KE3A 1EP7A 2DIZA 3EINA 2JSYA 3ZL5A 4PX1A 2F8FA 4AJ6A 4NV2A 4ECJA 1GSDA 2H72A 4MPFA 2VLVA 2E0QA 5C04A 2B6MA 1I5GA 1PN9A 3VK9A 1M9BA 2K8SA 2H66A 2DMMA 1K0CA 3HCZA 1V57A 1ZYEA 3TKSE 1ZGNA 3UEMA 4QQ7A 3SBCA 1X0RA 3VI7A 3ERGA 1Z6NA 1YZXA 3EWLA 3OR5A 4BWSA 3F8UA 1T00A 1JZDA 2MMZA 3TCOA 2ES7A 1NHYA 2GT6A 1S3DA 4QL9A 2VL9A 1YQ1A 5FT3A 4KNDA 2H6ZA 2VCWA 2B7KA 3EC3A 1X5CA 1JZRA 1G6WA 2GDRA 7GSSA 3F9UA 4JRRA 5CO3A 14GSA 3W8JA 2NTOA 2MMAA 3KD0A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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