3S9FA

The structure of tryparedoxin i from leishmania major
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
144
structure length
144
Chain Sequence
SGVAKHLGEALKLRKQADTADMDSLSGKTVFFYFSASWCPPCRGFTPQLVEFYEKHHDSKNFEIILASWDEEEDDFNAYYAKMPWLSIPFANRNIVEALTKKYSVESIPTLIGLNADTGDTVTTRARHALTQDPMGEQFPWRDE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Electron transport
source organism Leishmania major
publication title The crystal structures of the tryparedoxin-tryparedoxin peroxidase couple unveil the structural determinants of Leishmania detoxification pathway.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Tryparedoxin
total genus 48
structure length 144
sequence length 144
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13905 Thioredoxin_8 Thioredoxin-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3s9fA00
3LYPA 1AQXA 3I43A 3P2AA 6GSYA 1ZYQB 1V2AA 3WYWA 3EINA 4OO5A 1Y6EA 1GTIA 3L0HA 5C00A 2LQQA 2FWFA 2GQKA 1OE8A 4ZBDA 4O5RA 1PX6A 4J56E 5IIZA 2M46A 5DDLA 4MMMA 2K9FA 3HZ4A 1K0BA 3ZMLA 2XPEA 4KSOA 3QFBC 2J9HA 4EC0A 5EPFA 5F8BA 1B9YC 4P3YB 3ZYWA 4ZXGA 2HT9A 2R2JA 3LQ7A 1GULA 3R2QA 4POMA 1WE0A 2JL4A 1JZOA 5INYA 5DCGA 4YAPA 3QDNA 4ECCA 3GKMA 4GXZA 1A23A 3W8SA 4WXTA 1BAYA 1AXDA 1AQWA 3GKKA 5H5QA 4BL7A 3QCPA 1BEDA 3KH9A 2LV3A 4MPGA 4JU5A 1TP9A 1T4ZA 2VL9A 3FHKA 4K1FA 3KH7A 4BPYA 1QMVA 4FYBA 2YWIA 2L4CA 4GSSA 3EE2A 3FY7A 1SYXA 5G2ZA 5LCZA 1TK0B 2TRCP 3QAVA 3H79A 3C1RA 1R5AA 2FD3A 1TU8A 1PRXA 3KXOA 2IJYA 2LRCA 2I4AA 5HR2A 1WIKA 2DJ1A 3IC4A 3ZL5A 2GVPA 2X64A 1XOAA 3GA4A 2IFQB 4GSNA 4KW6A 1X9SB 4N0ZA 3U5RE 2B5YA 1GP1A 1X5EA 4ZL8A 4MZWA 5IO2A 2V41A 3MNGA 2HSYA 4TR0A 1ILOA 1EEMA 4ZILA 1ST9A 1OC3A 4XRAA 3DGQA 4IN0A 1I9DA 1N8JA 3GSTA 3S9FA 2O8VB 4PQHA 4KUNA 5ECMB 5DVBA 1R7HA 1XW5A 4RQRA 5AIXA 1R4WA 3IDVA 3TB2A 2YZUA 2CZ3A 2N5BA 4O92A 4PQIA 1URMA 3ERWA 1FOVA 2AV4A 3TUEA 4MF5A 4KA0A 1ZOFA 4K8MA 3DIEA 18GSA 1FVKA 1GL8A 5ENUA 3HA9A 5G31A 1C72A 4NHZA 4EUYA 2YPMA 4XHMA 4F9ZA 2C3NA 2H75A 1SJIA 4I2UA 4KDXA 2H1AA 2IWTA 2R3XA 1Z3EA 1OYJA 3ZFLA 3EURA 3IA1A 5DJMA 1NW2A 2H30A 4KCEA 3WGXA 5J4UA 5ECIB 5DBQA 2HNLA 4HJMA 5F05A 3V1WA 4IHUA 5H5RA 1B4PA 4KNDA 4E8EA 2RM6A 2MBTA 4F0BA 4WKWA 1YKCA 2L59A 4KGIA 4NAXA 3FZ9A 1T1VA 2E2MA 3KMOA 3ZVJD 5B8AA 3D21A 2IMEA 3N9JA 2PWJA 10GSA 5HR0A 3ZMKA 3F3QA 1ERWA 1K3LA 3CSJA 1SL0B 2B3SA 2GZPA 3FW2A 3KD0A 2VM2A 4O32A 4PQ1A 2RUEA 1Y25A 3GH9A 3LJRA 4JR6A 5ECLB 3F6FA 5J5NA 4LL1B 4MZCA 2LJAA 2VLTA 2H19A 4LLRA 3P90A 4PXOA 2IFQA 2H70A 3L9UA 3FRCA 1XVWA 5ID2B 1HNBA 4EO3A 3GNJA 4LA1A 3LFLA 2RIIA 3GRXA 1MEKA 1YEPA 3HDCA 1XW6A 4RI7A 4K7OA 2FWEA 4EKZA 1G6YA 3NZNA 4KE3A 2L5OA 2H8LA 2OE3A 3BCKA 4PUAA 1EOHA 4WF5A 1CQGA 4ML1A 2A2SA 1PKZA 2KP2A 4KH7A 2C8UA 4KCAA 1TU7A 5ELAA 4BVXA 4GQCA 1AAZA 4CDOA 1NHOA 1Z6NA 3TJGA 4D73B 1GSFA 2GQLA 4WETA 1ZMAA 4TR4A 2FA4A 1FHEA 2ON5A 2H74A 3FK8A 2C3TA 1U3AA 4DEJA 4IELA 2VCTA 4YQUA 1JZDA 1Z5YE 1DUGA 2V32A 3UMAA 1EOGA 1A8YA 2L6DA 5IMDA 3TKPA 3EWLA 3D6IA 4MABA 1AUCA 1THOA 4MA9A 5D96A 1VRSD 2VL2C 2LS5A 3RPNA 4HUAA 4ZBBA 5CO3A 4I97A 4AGSA 1K3OA 3IAS2 2I9HA 3GTUB 2E7PA 1BX9A 2GSSA 6GSVA 1FW1A 5J3RA 2C0EA 5G1KA 1YZXA 2D2ZA 5GZZB 2VCQA 4TOPA 1PX7A 1GRXA 2CA8A 2PBJA 4KAEA 2R5GA 1YF0A 1KEBA 3KP8A 3E3EA 1VF2A 2XHFA 3EU4A 2M72A 3FKFA 5CRHA 3F0IA 2JZSA 4K7IA 2YN1A 2OBKA 3CTGA 4K6XA 1EGRA 3GV1A 1UC7A 2WRTA 3AY8A 3WT1A 2ZCTA 4DVCA 3KP9A 2HSHA 2NBSA 1Q98A 1MDIA 3LGCA 3UARA 1TDIA 2ON7A 2L5LA 2L57A 2RM5A 5IPGA 1M99A 5D73A 4OO4A 1TK5B 2IMIA 3TKQA 2E0QA 1QFNA 3HYPA 4OCFA 1SK0A 5IM9A 2H73A 1ZCPA 5ID2A 1M2BA 3TKSE 2V6KA 3KEBA 4NHWA 4LMWA 2GSQA 2R6KA 5E4WA 5IMCA 1XWKA 5D93A 3ZRDA 4QQ7A 1SD8A 1X5CA 1TXXA 4HZ2A 1F3AA 4IQAA 4F82A 1O8XA 2HLSA 3D4TA 4TR1B 2YWOA 9GSSA 5F06A 4TW5A 2PGTA 1RK4A 5KN0A 5EY6A 2MZCA 1WOUA 1X9MB 5CYYA 1WWJA 2H76A 2B6MA 4CHSA 4D73A 2C3QA 2H1BA 1RW1A 1V58A 3L9VA 3MWHA 4V1Ap 2XPDA 3H8QA 2FA8A 4FYUA 3RBTA 4BWQA 4IVFA 4ISDA 3QOUA 5CNWA 5EL8A 2CVBA 3HVVA 8GSSA 3C71A 1A2LA 2CAQA 4ILFA 3RAZA 3ZLPA 2C4JA 4OFTA 4EL1A 3HXSA 5D9TA 3L78A 1EV9A 4ID0A 4ZB9A 1V98A 2DMMA 1V57A 1F3BA 1GUKA 4MH2A 3Q19A 3ERFA 2X8CA 1XWGA 4F0CA 3GTUA 2X8GA 1HYUA 2NDOA 1TRUA 3GX0A 5B6MA 3HY2A 1AQVA 4Q5FA 4WR4A 3TJKA 4GTUA 2YNXA 1X0RA 1K0CA 4GRFA 1FG4A 2DMLA 2GT5A 5B7CA 1QGVA 2ES7A 2LUSA 2K6VA 16GSA 4Q5QA 1HQOA 2QKEA 3FZ5A 3UBLA 2VL3A 2AYTA 3TRQA 4TXVA 2GLRA 5H5SA 3U6VA 4NXIA 4CW9A 1S3AA 4JE1A 4HZ4A 3PGTA 2H6YA 1B9XC 1XIYA 3BD2A 3I9V2 1BG5A 5KN3A 4LL4B 1A0RP 3E0UA 2V2GA 2V6OA 5CRDA 2CX3A 4RQXA 4WEYA 4POLA 1G7OA 4HJ2A 4PGTA 4ZB6A 2YWNA 4RI6A 2VL2A 3RHCA 2KP1A 5F07A 2LRNA 2WJUA 4G2EA 1PGTA 1PMTA 3QR6A 2GZZA 2L6CA 3BJ5A 3ZZXA 3QD9A 3TCOA 2CQ9A 6GSSA 1T8EB 3GH6A 4DSSB 3IAM2 1WMJA 1BQ7A 3LYKA 2R4VA 3G7YA 2CVKA 1F37A 1SL2B 3FR3A 4WBJA 4MJAA 3UJ1A 2H66A 3DXBA 3DEXA 1EP7A 1Z9HA 4TR1A 3M1GA 2B5EA 3J7Yk 3GFKA 5D8IA 4NV5A 1GLQA 2VLVA 1MTCA 4O7HA 1M7TA 3FR9A 2NPBA 3VK9A 2NVLA 3KTLA 3J7Yb 2JSZA 3US3A 2EIRA 19GSA 4L8EA 3F4SA 3M9JA 2X8HA 1F6MC 1WP0A 2HE3A 2L4QA 5FHIA 3G7IA 3ZVJA 2TIRA 2VM1A 4AJ8A 3HZ8A 3F3RA 3UBKA 4ZIJA 2DC5A 3M3MA 1BYEA 3CTFA 4N30A 4X1UA 4YQVA 2P31A 4MJEA 1XWBA 2CV4A 3Q74A 4MP4A 5HQPA 2AB6A 3IV4A 2DSAA 4GWRA 3VWWA 2MYGA 2H0HA 3H1NA 1K0MA 4GSTA 2LQOA 1HNCA 3A5WA 6GSUA 6GSXA 2BJXA 2MMNA 2YANA 1B4QA 3CSIA 3WD6A 1TOFA 2K8SA 1ZZYA 1EEJA 3MAKA 5HFKA 5HR3A 4ECBA 1V40A 2MMOA 3QMXA 2VD1A 3KJYA 4L0UA 2PUKC 1SKWB 1HD2A 2VCWA 4N0VA 4G19A 2PN8A 2K8VA 1QK8A 1GWCA 4MCUA 5IOXA 5CRGA 3PR8A 4V1Ag 4WR5A 2VIMA 2DJJA 1SJ6A 4Z7XA 3TJBA 3RPPA 3CBUA 2HYXA 1K0DA 1TKDB 1EWXA 4DSSA 1G7EA 3VPQA 2VLUA 1XBSA 2AHEA 1O85A 4MJCA 1SK2A 5DALB 2PMTA 2B5XA 2FCHA 2LEGA 1JZRA 3ZITA 4DSRA 5IMAA 3P8WA 4E8HA 5ECOB 3FYGA 3ISOA 3VI5A 3D5JA 5ELGA 4GF0A 4MPFA 2YWMA 3ERGA 4AJ7A 2VAFA 3CRUA 1O81A 2F51A 2YOIA 1GNWA 1K3YA 2B7KA 2EIQA 3BBYA 4PNGA 6GSTA 5ECNB 3TDGA 2N5AA 2QSIA 2HRFA 2VO4A 3DVWA 1QXHA 2F9SA 3HJMA 4IGJA 5AN1A 3LEFA 1U3IA 1K0AA 1M2DA 1JLWA 3TRPA 1O7UA 7GSSA 2VCZA 4Q5NA 2C1YA 1VF1A 4AJ6A 1M9BA 3DKSA 2FGXA 1E2YA 1MD4A 4IQ1A 2ALBA 1SKSB 2B1KA 3F4RA 5JCGA 3UEMA 4X0XA 3LXTA 1Z7PA 2WCIA 3A2WA 4PURA 2JZRA 3NOFA 1GNEA 3GMFA 1T4YA 2J23A 4OD7A 14GSA 4V2MA 4TN8A 4XS4B 4TVEA 3M9KA 1X5DA 4K7NA 4YQMA 3PINA 1BJXA 1FB6A 4GCIA 3D0ZA 3IOSA 3DYRA 22GSA 1VGLA 4BWSA 5JCUA 1IYHA 2H01A 1F9MA 1PQNA 2H72A 1LU4A 1XCCA 4MLYA 4EE0A 5GAND 2HXKA 3D22A 2LNSA 4IBPA 3HJPA 1OC9B 2FHEA 1JHBA 4YAVA 3IRAA 2DBCA 4MZBA 1IYIA 5ECSA 5CP1A 4PUFC 2GTUA 1SKRB 5KN2A 2QC7A 1FVJA 2FWHA 2F8AA 2OA7A 2IMDA 4I6XA 3QFAC 1S3DA 4ML6A 3ZFBA 3APSA 4ECIA 1B48A 2PU9C 2CX4A 1XXUA 2KOKA 2FWGA 3EU3A 1GUMA 4F2IA 2REMA 2WZ9A 3ZREA 1T3BA 2OACA 4HQSA 3A2XA 3C1SA 4LMVA 2OKAA 5DALA 1TI3A 4JR4A 2O85A 1YY7A 2P0GA 3WGEA 1PL1A 3ED3A 3QPMA 4JRRA 1J08A 5JWOB 1K0OA 1GUHA 12GSA 1WJKA 3JCML 1OE7A 2HZEB 2XC2A 4ECJA 4IKHA 4ZBAA 3APQA 5A4UA 1USBA 3GL5A 3L4NA 3UL3A 1DE2A 1YEXA 5DCHA 3VURA 1YQ1A 5G5FA 5B6NA 2FY6A 2GGTA 2NTOA 3KGKA 2Z9SA 3M0FA 2VD0A 3GSSA 3M8NA 3RHBA 1YJ6A 1SK1A 4EDYA 1V9WA 1GSDA 1AC1A 4NWYA 3IXRA 4L5OA 3UAPA 2OBIA 4DSQA 1O6JA 2PVQA 4NMUA 4HEA2 4MJBA 1CQHA 3O6TA 2KLXA 1O8WA 2GDRA 3BCIA 3K8NA 3Q6OA 4G9HA 1OVNA 1RQMA 2C80A 3N5OA 2GSTA 3F4TA 1VF4A 4V2NA 3VWUA 3RDWA 1XFLA 5ABRA 4L0WA 3GKXA 2C0GA 2B1LA 1ACVA 1SL1B 5ECKB 3VLNA 2AAWA 5IMFA 4XS4A 1N2AA 1A2JA 1XWAA 5E59A 4FIWA 2I1UA 4EXJA 3EMXA 5DQSA 5JWRB 3GUSA 4L5LA 1XW9A 4KX4A 3F9UA 1T00A 2ZUPA 5KEJA 2RUFA 1GH2A 2JSYA 1H4OA 2JZTA 4KSMA 3HVSA 1OC9A 3CRTA 2LSTA 4GQFA 5L71A 3GL3A 1GSEA 2RLIA 1G6WA 3KCMA 1ML6A 5D9WA 5D9VA 3TGZA 4IP6A 2A2RA 2F3MA 4MF6A 1R5PA 3IK9A 3G9BA 3EMPA 4OFNA 4WF4A 1TRSA 1PSQA 2GQMA 1XVQA 3GHAA 4J2FA 4OCEA 3IK7A 5DJLA 5A4WA 3H93A 2YP6A 2YJHA 3I6AA 3BOAA 5IPHA 1JLVA 3SBCA 1PL2A 3F8UA 4TXOB 5B8BA 3FR6A 1PN9A 3KIJA 1JFUA 5C04A 2HRNA 4QL7A 3CYNA 2OJLA 4BVYA 1MD3A 2EIOA 4IP1A 1PD21 4QL9A 2OE1A 2E2GA 5J9BA 2WDUA 4TR3A 2QGVA 4KB3A 3C8EA 1ERTA 4XIHA 1GTBA 2HZFA 4AF2A 4KDYA 3FZ4A 5LD0A 2HI7A 2HZEA 5ECRB 2IPAA 2KUCA 1THXA 5IO0A 1SD9A 2O87A 2IIYA 4H86A 4JEDA 1OAZA 1J9BA 4NV2A 5HR1A 3HJOA 1KNGA 5EVOA 3LG6A 1A0FA 5AGYA 3I69A 1Z6MA 3F6DA 2BMXA 3CSHA 3CMIA 4TRXA 3O76A 4BA7A 1UA5A 3MDKA 3GURA 4KDUA 2LTKA 2DLXA 1DSBA 1EGOA 2LJKA 1EV4A 2LJRA 1XZOA 2G2QA 2X99A 4XCSA 1OKTA 1EP8A 4MH3A 5J41A 5GSTA 2XBIA 11GSA 5LNKe 2YZHA 4XS1A 4K0GA 1UVZA 2LNTA 2IN3A 4K2DA 1OC8A 2H6XA 2H1DA 2PERA 2ZNMA 3ZIVA 2OADA 2MMZA 4XRDA 2LKUA 3TOUA 20GSA 3ME8A 1GSYA 4RUVA 5GSSA 2EC4A 2DJ2A 1U88A 4ZB8A 2G0FA 3IBHA 4HU7A 1U87A 3F63A 2JU5A 4MF7A 2FUG2 5J9CA 1KTEA 4POBA 3UIWA 4HU9A 1LBKA 4FH8A 2VCVA 4I2TA 2GS3A 4ULXA 2MBSA 2WULA 3KM6A 2H1GA 1TW9A 4GLTA 1OKDA 5DAKB 3CXGA 1SENA 3W6GA 2HFDA 2FNOA 1ZGNA 2P5RA 6GSWA 2F8FA 4TXOA 3KMNA 3TOTA 2H0IA 2VUPA 3C73A 1DE1A 1M0UA 4K9ZA 3TKSC 2C0FA 1W4VA 4ACSA 4EVMA 4NPBA 3PH9A 2DJ0A 3DMLA 3L9SA 4PNFA 4N11A 3LWAA 4K0NA 2FLSA 2JACA 5IMVA 3VFIA 2JADA 1A24A 1TRWA 3H4KA 2P5QA 1WRYA 3ZTLA 2IMKA 3TJFA 5G30A 1U6TA 2V1MA 5CAXA 4I8BA 3HKRA 2CAIA 4TKYA 3APOA 2VOCA 4MK3A 5CREA 4EDZA 5IQYA 2C0DA 5COHA 2WB9A 1TJDA 2YV9A 2PVOC 5AIVA 1TI1A 2B7JA 4XS6A 4X43A 3D4MA 3LSZA 3P7XA 1ERUA 3E9JB 2DIYA 4V2LA 5JWQB 4G10A 3A2VA 3HCZA 3HD5A 3KZQA 1T7PB 1YF1A 5IOWA 1GTAA 1TTZA 3A3TA 1GSUA 3VWXA 2GSRA 3DWVA 4N10A 4IJIA 4OMVA 5G1LA 3VWVA 5A4VA 1S3CA 1GLPA 3IE3A 3FZAA 3WT2A 1LJRA 1NM3A 1Q4JA 1X9WB 5D9XA 3UVHA 3DVXA 2VCXA 4HOJA 1FO5A 4ZL7A 4MDCA 3VPTA 2LRTA 1UN2A 5AISA 3IHQA 3HVXA 3C7MA 1ABAA 1Z7RA 1TK8B 3EVIA 1MDKA 3QAWA 4HDEA 4OWYA 1K0NA 1GSQA 2I3YA 2DJKA 3VI7A 1M9AA 3GX8A 3EYTA 1HNAA 1TRVA 3MSZA 2BTOT 2IL3A 3LXZA 1SJZA 2WGRA 1AW9A 1XPVA 2H0GA 1E6BA 3QAGA 2I81A 5A5KA 5DAKA 1A8LA 1MDJA 4HS1A 5GAPD 4JBBA 4Q5RA 3IPZA 17GSA 4ZL9A 5IMZA 3SWLA 1F2EA 13GSA 1NSWA 2DIZA 4HQZA 1PKWA 2GZYA 3OR5A 4IJ3A 2GT6A 4FYCA 3GN3A 1ON4A 3KTBA 5JCWA 1JZWA 5ECPB 3GKNA 4XTSA 1W89A 4YH2A 2AUVA 3FEUA 2A4VA 3GYKA 4EF0A 2H71A 1H75A 3NIVA 3G7JA 2YV7A 3UOMA 1G0TA 1ZYEA 1AIUA 5HFGA 5DQYA 1FAAA 2O7KA 2AJQB 1J0FA 3DD3A 5G5EA 2CZ2A 1SYRA 1PA3A 3UVTA 5ECHB 3DRNA 1NHYA 4OFMA 5CRWA 2YJ7A 2M80A 2WFCA 3TKRA 2O89A 1A2MA 2CT6A 2KHPA 1GTUA 1R26A 5F0GA 2PPTA 5KN1A 2H6ZA 2OE0A 3WGDA 3HHVA 1ERVA 1FB0A 3TJJA 1GSSA 4I5QA 2R37A 5FWGA 3Q18A 1XOBA 4J57E 4JZQA 2N5FA 2CVDA 4F03A 1KBNA 1I5GA 3TRXA 4HI7A 3W8JA 5ECQB 1WPIA 3EC3A 3LORA 3ZIJA 3TKSA 1ZL9A 2YCDA 3GIXA 1O73A 1DBYA 4FO5A 3IR4A 2IMFA 1EZKA 4WBRD 1SU9A 1YKAA 2WS2A 1B8XA 2MMAA 2XBQA 1QQ2A 4IW9A 1QUWA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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