4FYBA

Structural and functional characterizations of a thioredoxin-fold protein from helicobacter pylori
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
161
structure length
161
Chain Sequence
IDKKSYAGLEDVFSDNKSISPNDKYMLLVFGRNGCSYCERFKKDLKNVKELRDYIKEHFSAYYVNISYSKEHDFKVGDKNNEKEIKMSTEELAQIYAVQSTPTIVLSDKTGKTIYELPGYMPSTQFLAVLEFIGDGKYQDTKDDEDLTKKLKAYIKYKTNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
source organism Helicobacter pylori
publication title Structural and functional characterization of HP0377, a thioredoxin-fold protein from Helicobacter pylori
pubmed doi rcsb
molecule keywords Thiol:disulfide interchange protein (DsbC)
total genus 57
structure length 161
sequence length 161
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13098 Thioredoxin_2 Thioredoxin-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4fybA00
3BJ5A 2XC2A 3F3RA 2E0QA 3HVXA 4XS6A 3EMPA 4MJBA 2VL2C 3EURA 4FO5A 3WD6A 3DIEA 2O85A 3HJPA 1YF1A 4GQCA 5ELGA 2IMDA 2VAFA 2B5XA 2V41A 2A2RA 1MDKA 2XPEA 2GQMA 2DJKA 3H1NA 2OKAA 2H30A 1TKDB 2MBTA 4NV2A 1XWCA 2VO4A 1E2YA 1MD4A 1XWAA 3IE3A 4ML1A 2YJHA 3FRCA 3RPPA 1GUMA 3NOFA 4JBBA 2E2GA 3ZREA 1XVQA 2DC5A 2GZYA 4HI7A 3CXGA 3F9UA 2AHEA 3DEXA 4N0ZA 4GRFA 1O8WA 4HOJA 5J3RA 3IDVA 3AY8A 3FR3A 1EP7A 3IAS2 1FOVA 4I2UA 4HEA2 2WS2A 2JZSA 5F05A 2L4QA 5G1KA 1RQMA 3KGKA 3EINA 2B5YA 19GSA 3HD5A 1PKWA 3DKSA 3CBUA 1PA3A 2L5LA 4MJAA 1M9BA 2ZUPA 3DYRA 4MF6A 2IFQA 1XW9A 2GSTA 3MSZA 3KEBA 1JZWA 1Z7PA 3GL5A 1AW9A 1NHYA 3LFLA 2FA4A 5ECPB 2AAWA 3G7YA 3ED3A 1A0FA 1TW9A 1O8XA 4EUYA 1DE2A 1VRSD 1TP9A 4G19A 1DE1A 2VD1A 5KN1A 3GSSA 3TRPA 2H1DA 3A5WA 1ACVA 3D4MA 4H86A 1T8EB 1AXDA 2WULA 3KCMA 1WPIA 4EDYA 1GTBA 2VCZA 3GH9A 3QMXA 2HRNA 3ZIJA 1OC8A 5FT3A 2X8HA 2HSYA 2O7KA 3CTGA 5LNKe 1R7HA 3HVVA 2RUEA 1OYJA 2CAQA 4HZ2A 2F51A 3RPNA 2VIMA 3D21A 3FW2A 3DVXA 1N2AA 2LJRA 4G9HA 3QDNA 2IMEA 1T00A 3TUEA 4O92A 1SL1B 1MDIA 1SKSB 3QAVA 1A2LA 4LMVA 1A24A 1QQ2A 2FCHA 3CTFA 1KBNA 4EL1A 3VPQA 2AV4A 1FG4A 5D9WA 3F6DA 3GKKA 2FWGA 3GL3A 4ULXA 3FHKA 2GQLA 5D8IA 2IL3A 5HFIA 1XW6A 3J7Yb 3TJJA 4X43A 1NSWA 2HZFA 4K1FA 3Q74A 1JFUA 5LD0A 3TJGA 5H5RA 2P5QA 6GSUA 3HXSA 1OC9A 4DSSA 13GSA 2O89A 2RM6A 4LLRA 2HFDA 3F4SA 3LQ7A 1U3IA 2GT5A 4YQMA 5ID2A 2L5OA 3LWAA 5F0GA 4XS4B 1GSEA 2V2GA 2LJKA 3FZAA 3IBHA 2HI7A 1Y25A 4DSSB 1JLVA 3CSIA 1IYHA 4MZWA 3UBLA 3LSZA 2DLXA 1Z7RA 1S3DA 5ID2B 4IELA 1XPVA 14GSA 2VM1A 3UVTA 2CZ2A 5G2ZA 1TXXA 2ZNMA 4ECCA 2YV7A 4FYUA 3M1GA 4RQXA 1WRYA 4MJEA 3GH6A 4OCEA 5DJLA 3I6AA 2L59A 1PX6A 2LV3A 4CDOA 3ZIVA 2VLUA 3LJRA 1TTZA 2QKEA 1PX7A 3E0UA 3KZQA 4BWSA 3MDKA 4ACSA 1THXA 2MMZA 3KM6A 1GSFA 5IPGA 3RAZA 5E59A 2DMLA 3F63A 1SKRB 3C71A 4CHSA 2C8UA 2L6CA 4D73B 4MF5A 3TKPA 4F0BA 3ISOA 2C0GA 2YN1A 1UA5A 4MP4A 2C3NA 5CREA 1HNCA 1TU7A 4OMVA 4N11A 3F8UA 3FZ4A 3GKMA 4X1UA 3OR5A 4KDUA 3TKSA 2ON7A 3VK9A 5DBQA 1XW5A 4QL9A 4GSSA 4AJ7A 2K18A 3GHAA 3KD0A 1GLQA 1OKTA 3ZVJA 5JCWA 4TR0A 3UARA 3ZLPA 2QC7A 4V1Ap 2JSYA 5A4WA 1EV4A 1URMA 1GSUA 4XHMA 3RBTA 2RLIA 3ERWA 4N10A 1F9MA 5CO3A 3G9BA 3QFBC 2K9FA 1IYIA 5IMCA 3TRQA 1AQXA 2BMXA 4K2DA 1X9WB 4ID0A 2EIOA 3IK7A 2IMKA 1BQ7A 2TIRA 1LU4A 2B7JA 2NDOA 5DCHA 4V2MA 3L0HA 2C4JA 2M46A 4CW9A 3TB2A 3APQA 4KSMA 4MLYA 6GSXA 1R5AA 1ERUA 1VF3A 3U5RE 4ZL8A 4GQFA 4Q5RA 4RI6A 5HR1A 9GSSA 1GSQA 1FVKA 2XBIA 2GGTA 2YNXA 4GXZA 1ZOFA 5G5FA 4LA1A 1U87A 5EY6A 3P8WA 3EYTA 16GSA 4I6XA 1S3CA 1B4PA 4J2FA 3DD3A 1OE7A 3LORA 4HZ4A 5JWQB 2R5GA 1MDJA 1THOA 2VL2A 2JACA 3I9V2 3VI7A 3C1RA 4JU5A 2YZHA 2VCVA 4WF5A 3N9JA 3M8NA 4LL4B 2I81A 2RM5A 2WB9A 2MMOA 3QD9A 3LYPA 3M3MA 4DVCA 3HA9A 2VD0A 4DSQA 5IMFA 3O76A 1R4WA 1GLPA 5CRDA 4MA9A 4ECJA 2DSAA 4WXTA 3KMNA 3ME7A 1V57A 1K3OA 4PUAA 1U3AA 1TOFA 3UL3A 5ECKB 4PNGA 2RUFA 4PQIA 3HVSA 3GA4A 3QAWA 3EU4A 1QGVA 3SBCA 1SK2A 3DRNA 1GSSA 4BPYA 3EE2A 1W89A 2JL4A 4KGIA 5IOWA 3FR6A 3J7Yk 5A4UA 3KP8A 3RHBA 5ECSA 1BJXA 4K7IA 2H72A 1B9XC 2C3QA 5KN2A 2TRCP 4MPGA 2B3SA 4P3YB 2WRTA 4OO5A 1GP1A 5CP1A 2FA8A 1G6YA 5L71A 3QOUA 4KSOA 4L0WA 4K7NA 1GULA 4ZBDA 1G0TA 4ECBA 3ZMLA 4MPFA 4GSNA 4FIWA 4NWYA 2KP2A 4TXOA 5F06A 2NPBA 4POKA 3PINA 4K8MA 2EIRA 5JCGA 2I3YA 2M72A 1SL0B 1SYXA 5GSTA 1WE0A 4WR4A 3GMFA 2HSHA 1Z5YE 1SD8A 2PUKC 3IHQA 1R5PA 3E9JB 2VCWA 4IQAA 4BWQA 1ZYQB 4EXJA 3GURA 3UOMA 1XBSA 1KTEA 4TXOB 5CRWA 1X5CA 4MMMA 3D22A 1EEJA 1SK0A 5B6NA 5D73A 2VOCA 3ZMKA 1EGOA 5H5QA 2X8CA 4BVYA 2B1KA 4ZIJA 1GNEA 2H1BA 5F07A 4GLTA 1YY7A 5ELAA 2IWTA 4TW5A 2LQOA 5FHIA 3UIWA 1PGTA 1PQNA 3C1SA 3HZ4A 2YWIA 3TOTA 3H4KA 5CAXA 1NHOA 3VFIA 4XRAA 1WMJA 4IVFA 5FWGA 5D9TA 2MMAA 4DSRA 4MH3A 2VCXA 4XIHA 1PD21 1SENA 2VCQA 4MDCA 4L5LA 4IP6A 4JR4A 3TJKA 3F4RA 4MZBA 2C1YA 2DIYA 3WGXA 2JZTA 5EPFA 2JZRA 3US3A 1A8YA 1B8XA 5D9XA 3FEUA 2O8VB 3ERGA 4OFMA 3N5OA 5HFGA 1PL1A 2CVBA 3R2QA 1T1VA 3LXTA 4PUFC 4ZBAA 4FH8A 1Q98A 1SL2B 1VF2A 2DJ0A 1AUCA 4KAEA 3GTUA 5ABRA 2QGVA 2PGTA 2YWMA 3C73A 3DMLA 1T3BA 3GNJA 2IFQB 2G2QA 5GAND 1E6BA 4TN8A 1VGLA 1OE8A 1K3YA 2WGRA 3ZTLA 4O5RA 2R6KA 4EO3A 4MH2A 1ON4A 4KCAA 2VM2A 1U88A 2A2SA 2YCDA 2CA8A 5HFKA 4PNFA 2C80A 4OWYA 1UN2A 1K3LA 11GSA 2OBKA 3A2VA 5ECLB 3IOSA 4ZBBA 3NZNA 1FVJA 2OE0A 4F82A 3W8JA 1B48A 3HDCA 4O7HA 4TOPA 5IO0A 4HU9A 4ZB8A 1Z9HA 1A23A 2GZPA 4Q5FA 1YKCA 1TI1A 5D93A 1V40A 2NVLA 2V32A 5CYYA 3EU3A 2AJQB 4HQZA 1HQOA 1OAZA 3CYNA 3IA1A 2CQ9A 5IOXA 1GTUA 3QAGA 4AJ8A 4XCSA 4OCFA 1EWXA 3FKFA 1M0UA 2HZEA 1BEDA 4KDXA 4WETA 1M99A 3QR6A 1PSQA 1USBA 3ZVJD 2EIQA 5DDLA 1O73A 4G10A 2H01A 1QUWA 4ZILA 2LQQA 5IO2A 5JCUA 1G6WA 1OC3A 4I5QA 1OC9B 4I97A 5F8BA 2OA7A 3P7XA 4PGTA 2PERA 3I43A 2LRCA 3HHVA 2F8FA 3M9JA 1JHBA 4POMA 5GAPD 2BJXA 2FHEA 1MD3A 2V1MA 5CRGA 4IJ3A 1GNWA 3O6TA 2AB6A 4RI7A 3ZITA 2H71A 5DVBA 4LL1B 3A2XA 1AAZA 1DUGA 1X5EA 2XPDA 1EEMA 3LYKA 4PXOA 2DBCA 4HDEA 3IPZA 2LRNA 4IHUA 1PMTA 1SJ6A 4PQHA 4RQRA 5ECOB 1WOUA 3P90A 3L9SA 1SJZA 3CSHA 4TR3A 2FGXA 2H1AA 5COHA 5DAKA 1TRVA 4EE0A 1Z3EA 1HD2A 5G30A 5DCGA 2H19A 3TKQA 2DIZA 4Z7XA 4JE1A 1TK0B 2AYTA 1W4VA 2PU9C 2H76A 3BBYA 1QK8A 2N5FA 3O3TA 3RDWA 2GT6A 5DAKB 5DQSA 4IKHA 3PH9A 3GN3A 3GKNA 2HNLA 5A4VA 2FWHA 1EZKA 2CZ3A 2H75A 1RW1A 2H70A 2LS5A 1XZOA 3PR8A 2E7PA 4HU7A 1WJKA 4X0XA 3UVHA 2PVQA 1KNGA 2C3TA 2K8VA 5AISA 1A2MA 3E3EA 1JZDA 1CQGA 2YOIA 2R3XA 4GCIA 2H66A 5DJMA 1ML6A 1ZGNA 2OE3A 2GSRA 2I1UA 1PL2A 1QXHA 2LRTA 2YZUA 4L0UA 3FZ5A 3Q18A 4KDYA 4HS1A 5A5KA 3JCML 2VL3A 4N0VA 5ECMB 2K6VA 2VUPA 2V6KA 1Q4JA 2ES7A 3W6GA 2FNOA 4ZL7A 3EC3A 1K0OA 2H1GA 1XVWA 3IAM2 4K6XA 1MEKA 4ISDA 4I2TA 3DWVA 4Q5QA 1X0RA 1VF1A 1ST9A 1R26A 5G5EA 3APSA 3IC4A 4PX1A 5EL8A 4Q5NA 3VWUA 1WWJA 5EVOA 4NV5A 4MK3A 1YQ1A 2F9SA 2QSIA 4WF4A 1K0BA 3BOAA 3VURA 5ECIB 5ENUA 1WP0A 4YH2A 4ECIA 3Q6OA 4YAVA 3HYPA 4V2NA 2IMIA 2MBSA 3TJFA 4POBA 6GSWA 4ILFA 2CX3A 4QQ7A 4OO4A 4AJ6A 4ZB6A 3FYGA 3H79A 3K8NA 1PRXA 1G7OA 3GV1A 4JEDA 1HNBA 1GUKA 2B6MA 2E2MA 3GSTA 4GTUA 4NMUA 2L4CA 1X5DA 4E8EA 4KUNA 3KH7A 1TRSA 2YV9A 4WBJA 1FAAA 3FZ9A 2X8GA 3TKSC 3VWVA 1XOBA 1FHEA 3GX0A 1JZRA 1TU8A 3IR4A 4MCUA 1GSYA 3UAPA 3HZ8A 2OJLA 2WJUA 5IQYA 3G7IA 4IBPA 1SD9A 4TXVA 3GKXA 2FY6A 3F3QA 4YQVA 2IMFA 5G31A 2VL9A 1WIKA 5DQYA 4FYCA 4V2LA 2CV4A 1UVZA 3KJYA 2G0FA 3LEFA 3HKRA 4K0GA 18GSA 1EV9A 17GSA 2LEGA 1SU9A 1FB0A 1F3AA 3WT2A 4F2IA 5IPHA 2IIYA 3QCPA 1V9WA 2GLRA 4IQ1A 4EDZA 4IP1A 3I69A 2MYGA 3DXBA 2WCIA 5IIZA 2GSSA 5AGYA 5DALA 2ON5A 1GSDA 2P31A 5IMAA 4JRRA 3LXZA 1F3BA 1JLWA 4WKWA 4KX4A 5G1LA 5IMDA 1GUHA 5B8AA 3A3TA 2LSTA 5DALB 2XBQA 4PURA 2H8LA 3D0ZA 1SYRA 3GUSA 1A8LA 3WGDA 5HR2A 1TDIA 1TRUA 3TGZA 2DJ1A 4IN0A 2PN8A 4KA0A 3RHCA 4JR6A 2WFCA 4POLA 4J57E 5H5SA 2R37A 4YAPA 2CVDA 1K0MA 1F37A 1ZZYA 3IV4A 5HR3A 2L57A 1YJ6A 2R2JA 5D9VA 1BAYA 4WBRD 3MNGA 4HJ2A 2C0DA 2LNTA 2I4AA 2F3MA 2JADA 1V2AA 6GSVA 2HXKA 2X64A 3CRUA 3UEMA 1EOGA 3C7MA 2X99A 1YEXA 1XXUA 2M80A 2ZCTA 1Y6EA 3WT1A 1Z6NA 1ZMAA 4F9ZA 1T7PB 1RK4A 2IJYA 4L5OA 3UBKA 4ZB9A 2LNSA 1GH2A 4E8HA 1M9AA 2KOKA 2OBIA 2YWNA 1SJIA 4TVEA 3D5JA 2HLSA 3L9VA 2GQKA 2KHPA 2GDRA 1V98A 3KP9A 3GTUB 3IRAA 2REMA 4QL7A 1ILOA 3F0IA 2H74A 2MMNA 4TR4A 1YF0A 1TRWA 4ML6A 2GVPA 4AF2A 3F4TA 3BCKA 3HY2A 4BA7A 2XHFA 4HQSA 5GZZB 4EF0A 2H73A 3A2WA 2GTUA 1OKDA 1FB6A 3Q19A 4HJMA 4ZXGA 3GYKA 1GWCA 3VPTA 4KB3A 4G2EA 1XWBA 4OD7A 2HRFA 2IN3A 1SK1A 2FD3A 2PMTA 1BG5A 5LCZA 4KE3A 2FWEA 1TJDA 1J0FA 5IMZA 1CQHA 4GWRA 2RIIA 3QPMA 2LJAA 1I9DA 3W8SA 2P5RA 5CRHA 4AGSA 1DBYA 2FWFA 4IW9A 20GSA 5E4WA 2H6YA 4RUVA 1B4QA 2OADA 1ZL9A 4IGJA 3BD2A 1EP8A 2LKUA 3TKSE 4TR1A 1XFLA 22GSA 2J23A 2JSZA 1HYUA 3H93A 1YDKA 4KH7A 5B6MA 3CSJA 2CT6A 3P2AA 2YANA 2KP1A 1K0CA 4XS4A 2HYXA 3TJBA 1XWGA 1BX9A 1V58A 4YQUA 1AQVA 2HZEB 2H6XA 2YP6A 5ECRB 3ZRDA 4TR1B 4KCEA 2LTKA 1LBKA 5HQPA 5JWOB 2N5AA 4TRXA 4MZCA 12GSA 3D6IA 1BYEA 3APOA 5KEJA 5CNWA 2BTOT 2OACA 1NM3A 1A0RP 1TK8B 2B1LA 2Z9SA 4PQ1A 3WGEA 1HNAA 4L8EA 8GSSA 1OVNA 3VI5A 1AIUA 5B7CA 3ZL5A 4HUAA 1N8JA 4K0NA 1T4ZA 3BCIA 2NTOA 1TK5B 2C0FA 2GZZA 1GTIA 1QFNA 1AC1A 1XCCA 4ZL9A 2NBSA 1O81A 2I9HA 3MAKA 1PN9A 3UMAA 3V1WA 3FK8A 4J56E 3M9KA 3VWXA 1G7EA 4NXIA 1LJRA 1X9MB 3QFAC 3ZYWA 5AIVA 4WR5A 2WDUA 4D73A 1AQWA 4GSTA 4IJIA 1YEPA 4WEYA 3ZZXA 2IPAA 3L4NA 1M7TA 5J9BA 1T4YA 4NHWA 1FW1A 1PKZA 1X9SB 5AN1A 4F03A 2HT9A 3GFKA 1XIYA 2MZCA 3L9UA 3MWHA 2JU5A 3UJ1A 5IMVA 3C8EA 1ZCPA 3KXOA 2B5EA 5J4UA 3DVWA 1K0DA 2ALBA 1YZXA 10GSA 2A4VA 6GSTA 4OFTA 2VLVA 4OFNA 4F0CA 3GX8A 2J9HA 2CX4A 3CMIA 2H0IA 3GIXA 5C04A 3M0FA 4EKZA 2H0GA 3KTBA 3HJOA 3WYWA 3F6FA 4BVXA 2CVKA 2H6ZA 2YWOA 5J41A 1A2JA 1C72A 1H4OA 4V1Ag 5ECHB 1XWKA 3IK9A 1DSBA 2FUG2 3TOUA 1K0NA 5IM9A 2YJ7A 1ERWA 4N30A 3VWWA 6GSSA 4K9ZA 5AIXA 2F8AA 4GF0A 2V6OA 4EVMA 3IXRA 4I8BA 5KN3A 1ZYEA 1JZOA 3SWLA 2TRXA 4MF7A 5J9CA 1O6JA 5ECQB 2KUCA 3GRXA 1M2AA 4BL7A 5J5NA 3TRXA 2HE3A 3EVIA 3L78A 4K7OA 1J9BA 3NIVA 1F6MC 1GTAA 3TDGA 5B8BA 5KN0A 3CRTA 1FO5A 2YPMA 1ERTA 2C0EA 4EC0A 3KH9A 4TKYA 3ERFA 1MTCA 3KIJA 2GS3A 1UC7A 5ECNB 1M2BA 4XS1A 4MABA 1TI3A 2D2ZA 3HJMA 2PWJA 1GL8A 7GSSA 1I5GA 4KNDA 4NPBA 3ME8A 3H8QA 3VLNA 1QMVA 1VF4A 5JWRB 3TKRA 3FY7A 1EOHA 2N5BA 4JZQA 2DJ3A 1O7UA 2AUVA 4NHZA 1EGRA 4LMWA 3FR9A 3TCOA 6GSYA 2O87A 5GSSA 1H75A 4FYBA 4IS0A 1Z6MA 1ABAA 2CAIA 3ZFLA 4DEJA 2DMMA 5HR0A 2PPTA 2H0HA 2OE1A 2EC4A 3EWLA 5C00A 2DJJA 4KW6A 3KTLA 3D4TA 2VCTA 1M2DA 1SKWB 1KEBA 2DJ2A 3KMOA 2L6DA 3HCZA 3ZFBA 3DGQA 4NAXA 3PGTA 2P0GA 2KLXA 1S3AA 1B9YC 1NW2A 2K8SA 1O85A 4XRDA 1F2EA 2PVOC 5D96A 5INYA 3S9FA 2FLSA 4O32A 3U6VA 1J08A 2PBJA 1K0AA 1XOAA 2GSQA 2B7KA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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