1SYR | Genus

Total Genus 33

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	33
sequence length	103
structure length	103
Chain Sequence	MVKIVTSQAEFDSIISQNELVIVDFFAEWCGPCKRIAPFYEECSKTYTKMVFIKVDVDEVSEVTEKENITSMPTFKVYKNGSSVDTLLGANDSALKQLIEKYA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Initial Structural Analysis of Plasmodium falciparum thioredoxin rcsb
molecule keywords	thioredoxin
molecule tags	Structural genomics, unknown function
source organism	Plasmodium falciparum
total genus	33
structure length	103
sequence length	103
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature
pdb deposition date	2004-04-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00085	Thioredoxin	Thioredoxin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	1syrA00

3C71A 2VD0A 4NXIA 1SYXA 4NMUA 4TXVA 1U3AA 3FW2A 3TRQA 1AQXA 3LSZA 3WGEA 3CXGA 1SENA 4WBRD 2VL2C 5C00A 1R7HA 3DEXA 3D4TA 4MK3A 4KGIA 4IW9A 4TXOB 5GSSA 2B5YA 4GF0A 3IE3A 2H01A 3FKFA 2WULA 4TR4A 1KEBA 4EC0A 5ID2B 2RM6A 1HD2A 3RBTA 1G6WA 4KCEA 4ZILA 5F0GA 2DLXA 4ZL8A 2NTOA 2PU9C 2DJKA 4RUVA 3LFLA 2LJAA 1TK0B 1A2JA 5IMFA 3HD5A 2CVKA 3LEFA 4MA9A 1PA3A 2C0GA 2FWGA 10GSA 1FW1A 2KLXA 1XPVA 1DSBA 4P3YB 4OD7A 5D73A 3IR4A 2A2RA 3E3EA 5DCGA 1KTEA 2B1LA 4KX4A 2JACA 3TJBA 3ZRDA 1GSUA 1BAYA 1ZOFA 5G2ZA 2JZSA 1URMA 5D9WA 2KHPA 1I5GA 2VD1A 5IIZA 2HLSA 3W8JA 5J5NA 6GSYA 3FYGA 4CHSA 2XBIA 3G7IA 5B6NA 3VK9A 2CT6A 5IOXA 4V1Ag 3KP8A 3FZAA 1WP0A 1VF1A 7GSSA 2MBTA 4E8EA 3P90A 1SK1A 3ERFA 4V2NA 3IOSA 2R6KA 2HI7A 5ECLB 3C1SA 2GTUA 1ERTA 4HS1A 4POBA 4PURA 4TR3A 2VM1A 3BCKA 3FZ9A 1ON4A 1ACVA 2OE1A 2WRTA 3CTGA 1PGTA 5HR1A 1TP9A 3KH9A 1MDKA 3KEBA 3UL3A 2HXKA 2YWNA 4ZBBA 2AAWA 2GVPA 17GSA 2V1MA 1A8YA 5HFGA 4HUAA 3M9KA 3VWVA 2H0IA 3IK7A 4PNFA 4XS1A 1GTAA 4RQXA 4IQAA 4N0VA 2X99A 5IPGA 2VM2A 3ZTLA 4HJMA 3CSHA 1F37A 1T4ZA 2H73A 2O8VB 2H30A 3TKQA 1GH2A 3MNGA 5AISA 5J9CA 2FA8A 3RAZA 5D93A 1B9XC 2KP2A 4LL4B 3KIJA 5ECRB 1V57A 2DMLA 2G0FA 5INYA 2VCZA 4LMWA 2CV4A 4XS6A 1Y25A 5IMZA 4HOJA 3CRTA 1C72A 3G7JA 1GLPA 3HJOA 1U3IA 3ERGA 6GSUA 3EURA 1YQ1A 2AHEA 4MZCA 4MH2A 1A0RP 2RUEA 2TRCP 4MZWA 2LKUA 5DQSA 3HDCA 1R4WA 1WPIA 4O92A 4MF5A 5CRDA 2FGXA 4K7OA 2L59A 1SL0B 3E9JB 1XWAA 5JWQB 3FEUA 5J4UA 1JZRA 3IK9A 4AGSA 2XPDA 1XW5A 1PKZA 4F03A 3GKNA 4JR4A 2VL9A 1M9BA 4G9HA 3AY8A 1TJDA 1TOFA 2DBCA 2YCDA 3UMAA 1PD21 1ABAA 4JEDA 3EINA 3FR3A 2CA8A 4HQZA 2OE0A 1F3AA 4IBPA 3TGZA 2FWEA 2ON7A 5LD0A 4NAXA 3G9BA 2QC7A 1FOVA 2J9HA 1PSQA 5GAPD 4DSSA 6GSVA 1EWXA 2YP6A 5ABRA 4O32A 3TJGA 1XXUA 3WD6A 5CAXA 3CBUA 4BWQA 1JZDA 4WR4A 3FHKA 1T1VA 4EKZA 3ZL5A 4TKYA 5DAKA 3MSZA 1A24A 2R5GA 2OKAA 4L0UA 5DVBA 2HSYA 5ECPB 4IQ1A 3F0IA 2LNTA 1SYRA 3WGXA 3ZZXA 1OYJA 1TRUA 4NHZA 2QKEA 2V6KA 1XFLA 2N5BA 2XHFA 1GL8A 12GSA 2JSZA 5LCZA 1CQHA 2N5AA 1XVQA 3P2AA 3NZNA 3F3RA 2VL2A 2YV7A 3BOAA 6GSTA 1VF2A 2HFDA 3VFIA 3H79A 4CDOA 2VCTA 4LMVA 3UBKA 4TVEA 2JZRA 4X43A 1T00A 4KDXA 3TJFA 1USBA 3GURA 4K6XA 4LL1B 3TOUA 2PWJA 3UEMA 3GSSA 3QFAC 1K0DA 18GSA 2OJLA 5B7CA 2MYGA 3VWUA 1SU9A 2MMNA 5JCGA 20GSA 1O8XA 2RIIA 3EU3A 3TKPA 5G1LA 3UVHA 1TTZA 3O3TA 5HR2A 2L6CA 1XZOA 5J3RA 3EMXA 1M2AA 3LQ7A 2DMMA 4E8HA 2GT6A 5CYYA 5G31A 5B8AA 1R5PA 2NBSA 4D73A 3IAS2 2ZCTA 4ACSA 3L9UA 3DWVA 4IHUA 4L5LA 1S3CA 4OCEA 5H5QA 3ZVJD 1T8EB 1A2LA 4ECCA 5JWOB 4FYBA 4LA1A 2HZEB 5D9XA 3DYRA 2DJ1A 2PPTA 4MPFA 3EYTA 4MZBA 2VAFA 2LTKA 1SL2B 3C7MA 2YN1A 2GSSA 2DJ3A 2JSYA 2VIMA 1DUGA 1MD4A 1THOA 1DE1A 1OC9A 2IMKA 2R2JA 1ZYEA 1BYEA 4L8EA 4OWYA 5ECQB 1A0FA 3F8UA 4BWSA 1V40A 2IMEA 3IHQA 4HI7A 1U88A 1B8XA 2HRFA 2K9FA 2LRTA 3ISOA 1M2DA 3HA9A 4XIHA 2B7JA 4OFNA 5IQYA 1FVJA 1VF4A 3QDNA 3TJKA 2X8GA 1B9YC 1PN9A 4ZL9A 1XBSA 3H8QA 3ME7A 4HU9A 2CQ9A 1SK2A 2LQOA 4IP6A 2B5EA 3PINA 4TR1A 1IYIA 1R26A 1N8JA 3HVXA 4ML1A 1HNAA 3LG6A 4NHWA 4ZBDA 1K0MA 3KGKA 4MCUA 4WEYA 2YOIA 2H1DA 4WF4A 4G10A 2IJYA 5CRWA 1QMVA 2YJHA 2H74A 1XIYA 2YANA 2XBQA 3EVIA 2OACA 4FYCA 3RHBA 3P7XA 4HZ4A 1X0RA 2O87A 3NOFA 3QOUA 3VPQA 5ECOB 5GSTA 4K7IA 3FR6A 1GSFA 3GL3A 2I4AA 4GSTA 4ECJA 1UN2A 4XRDA 3D22A 3TJJA 3O76A 3GX8A 3M9JA 2X8CA 4JBBA 1F6MC 3GH6A 4TRXA 5HFIA 4IVFA 1VF3A 4I6XA 5JCWA 2H0GA 4GCIA 1FG4A 3HZ4A 3KH7A 5AIVA 4XTSA 2ES7A 2DJJA 2J23A 11GSA 3US3A 2TRXA 3O6TA 3K8NA 2EIOA 5C04A 2G2QA 4YQMA 4N11A 2NVLA 4FH8A 2YJ7A 4XHMA 3VURA 1FAAA 2FWHA 2GSQA 2C0FA 3L78A 3SWLA 1Z9HA 3CRUA 4BA7A 1B4PA 1FVKA 4Q5RA 3APOA 4KDUA 1OC3A 1EEMA 13GSA 1XOBA 5H5RA 2H1BA 4WKWA 4NV2A 3CSJA 5J41A 3KP9A 1O81A 3EU4A 2OBIA 1FO5A 2XC2A 1JLWA 3LGCA 3VI5A 4QL7A 2MMAA 5ECNB 2OBKA 2CVDA 1XOAA 3GFKA 5EL8A 2VLUA 1K0BA 3GV1A 5H5SA 3KTLA 1LU4A 1H75A 2BTOT 1DBYA 2P5RA 1QUWA 1THXA 2GGTA 1XW9A 2MMOA 4OO4A 1K0NA 2LJKA 2LS5A 4KB3A 3LXTA 4ZB8A 2I1UA 5CREA 1M0UA 1PKWA 4K9ZA 3GSTA 1PMTA 3F6FA 1GNWA 2M46A 2IN3A 2R4VA 1X5CA 4N30A 2MBSA 1Z7RA 3W6GA 3QD9A 2C8UA 3C1RA 2P0GA 2V6OA 3RPPA 2DIZA 1Y6EA 3GKXA 1XWCA 4N0ZA 2GDRA 2HSHA 2DC5A 2E2MA 2VLVA 2YWMA 2MZCA 4I5QA 3GRXA 4KCAA 3DIEA 2F8AA 2H6ZA 4O7HA 3IA1A 4GRFA 2FY6A 5CRHA 1YZXA 3D0ZA 3ZREA 2O89A 2X8HA 2DJ2A 4X0XA 2LEGA 4IKHA 3GKMA 2CAIA 3D4MA 2FNOA 1OKDA 1YJ6A 1PRXA 1W89A 1WE0A 2Z9SA 3KJYA 3GN3A 1WWJA 4EL1A 3IAM2 1PQNA 1M7TA 5AIXA 4NV5A 4GTUA 1GTIA 2IWTA 2V41A 3DGQA 2I9HA 5HR0A 3TRPA 3CSIA 3HY2A 22GSA 2YZHA 3UAPA 1WIKA 1FB6A 4EE0A 3BCIA 2FHEA 1J0FA 3A3TA 5F05A 3HJPA 3U6VA 3GNJA 2KUCA 4MP4A 5LNKe 5KEJA 4XS4A 3KD0A 2M80A 4POLA 4FO5A 1ST9A 4HU7A 4MJBA 2HRNA 3GTUA 2D2ZA 5ELAA 2H1GA 5GAND 1BX9A 3L9SA 2H1AA 3VLNA 1GSEA 3ZMLA 1MD3A 2ON5A 3FY7A 2LNSA 6GSWA 1UVZA 1TU7A 2V32A 1ZYQB 1B48A 2VUPA 4IELA 3MWHA 1Q4JA 3DD3A 3TRXA 3KM6A 3TUEA 1RQMA 1W4VA 1HNBA 4BL7A 2OE3A 1GP1A 1B4QA 4TR0A 4ECIA 5D9TA 1EZKA 3I69A 3HYPA 4MPGA 4K2DA 4YAPA 2WJUA 2F9SA 2L4CA 2YWOA 4CW9A 4PX1A 1AXDA 2K8SA 3ERWA 1YDKA 1X9MB 2GSRA 2H66A 1WJKA 1RW1A 2KP1A 2AB6A 5E59A 3ZIJA 1O73A 2PVQA 5JCUA 1GLQA 4OMVA 1O6JA 3U5RE 1LJRA 5E4WA 1E2YA 3Q74A 1YF1A 1V58A 3M0FA 4BPYA 4IN0A 2VLTA 3IXRA 2VOCA 3V1WA 2H71A 4J2FA 1ZMAA 3PGTA 4WF5A 3TB2A 2QSIA 1MTCA 4DSSB 2WS2A 1SKRB 5ECKB 2H6XA 4MF6A 3DXBA 3QAWA 3W8SA 4Z7XA 2LRCA 3UVTA 3LORA 4I2UA 1HNCA 3C73A 2O85A 1BG5A 2JADA 1EV4A 3H1NA 1ML6A 1O85A 1SKWB 3R2QA 3A2WA 3IV4A 4K8MA 3A2VA 3QCPA 2LUSA 4ZB9A 3BD2A 3L0HA 2FD3A 2H75A 2FLSA 4BVYA 1T3BA 4F0CA 5DAKB 1YEXA 2IFQA 2GZYA 1AUCA 1Z6MA 1H4OA 4HJ2A 1V9WA 2R37A 1XW6A 2GQLA 2B6MA 3EE2A 3I6AA 1GUKA 4GSSA 1FHEA 2PUKC 4IJIA 14GSA 4IS0A 4PQ1A 1GSQA 2GZZA 4TW5A 1YY7A 3APSA 3LJRA 1VGLA 3HXSA 1JZOA 4DSRA 1K3LA 2WCIA 4EVMA 1PX6A 2H6YA 2PGTA 2WGRA 2WDUA 1XWGA 1XWBA 3I43A 3KZQA 2K8VA 3FK8A 3MAKA 5A4UA 3ZFLA 4L0WA 5KN3A 1GUHA 4POKA 5DJMA 4OFTA 2YPMA 3RDWA 1LBKA 3GL5A 3IBHA 4EXJA 1GSSA 2HYXA 4N10A 2HT9A 3LYPA 4V2LA 5DALA 1U87A 3QFBC 4PGTA 3WYWA 3GH9A 1PL2A 5FWGA 3TCOA 4Q5QA 3HKRA 3GUSA 3G7YA 2WB9A 4KA0A 1NHOA 4KSMA 1K3OA 3F4SA 1MDIA 1TRVA 3UJ1A 2I81A 5J9BA 1QK8A 3C8EA 4XCSA 1KBNA 2ZUPA 3S9FA 1PL1A 4MH3A 3TOTA 4AJ7A 1G6YA 5FHIA 4YAVA 1Z6NA 4D73B 2FUG2 4EDZA 1AQVA 2E0QA 2RLIA 4IGJA 4GWRA 3F63A 1GSDA 3TKSE 1MEKA 3D21A 5KN1A 2YZUA 2NPBA 2YWIA 1TXXA 1TRWA 4ZIJA 4RI7A 3A5WA 3Q18A 4ML6A 1KNGA 2C4JA 2K18A 4AJ8A 2B3SA 3ED3A 2GS3A 1X9WB 4K7NA 4JE1A 2H8LA 2FA4A 2RM5A 2WFCA 1WMJA 1EP8A 2H70A 1AIUA 4MF7A 3IRAA 1OC9B 5EVOA 3KCMA 4YQUA 2ALBA 1TI3A 2CZ3A 4TXOA 4EF0A 3Q19A 3LXZA 1TK5B 1GRXA 1WOUA 2B7KA 3L9VA 2HZFA 4X1UA 4KUNA 1NHYA 2C80A 4ISDA 1SJIA 3GKKA 1JZWA 1NW2A 2AYTA 2C3QA 5ID2A 3TKSC 3VWWA 4K0GA 4TR1B 1Q98A 1NSWA 2C0EA 1SK0A 3DVWA 5JWRB 4HDEA 2C3TA 4F9ZA 5IMVA 5G1KA 2TIRA 1HQOA 6GSSA 3FR9A 3DKSA 4GXZA 3EMPA 3N5OA 5D9VA 4ZL7A 3CTFA 3ZMKA 1M2BA 5ECSA 2EC4A 4MMMA 2AUVA 4MDCA 4DEJA 2IMFA 3GYKA 1MDJA 3TDGA 1YF0A 4AJ6A 5ECIB 16GSA 3N9JA 2FWFA 4XRAA 3VWXA 2KOKA 4F0BA 2IMIA 2GQKA 5AGYA 3H4KA 5CP1A 2L5LA 3FRCA 1TK8B 4O5RA 3WGDA 2B5XA 1ILOA 2H72A 2A4VA 1QXHA 3QR6A 4JR6A 1TRSA 2ZNMA 3DRNA 2E7PA 2GQMA 2H0HA 3TKRA 1SD9A 2WZ9A 3QMXA 3KMNA 3E0UA 3BJ5A 4ZXGA 2O7KA 3J7Yk 4ILFA 3UOMA 2PN8A 4KW6A 3HHVA 6GSXA 1EGOA 3IC4A 3LYKA 5DQYA 1OAZA 4F2IA 3NIVA 1K3YA 3ME8A 1T7PB 2L57A 5IMAA 2LV3A 3WT1A 3F6DA 5IO0A 2JU5A 3DVXA 3ZVJA 3FZ4A 5AN1A 2EIRA 3DMLA 3Q6OA 1AQWA 1PX7A 3SBCA 3L4NA 4IJ3A 4ZB6A 2L5OA 2DSAA 3KMOA 2C3NA 3J7Yb 3ZYWA 5ENUA 1S3DA 4WETA 1K0OA 5L71A 5DJLA 2CX4A 1Z7PA 3GX0A 4JRRA 3RHCA 1TDIA 4ULXA 2IMDA 4MJAA 5ECMB 1J9BA 4PQIA 1AC1A 4HZ2A 3EWLA 1XCCA 2V2GA 4FYUA 2JL4A 1ERUA 3EC3A 4FIWA 1GSYA 4TN8A 4PXOA 4WR5A 1XVWA 5G5FA 1SJZA 1HYUA 3MDKA 3FZ5A 4NWYA 3WT2A 3QPMA 4PNGA 5KN0A 4G19A 5IO2A 5IMCA 2B1KA 1I9DA 3APQA 4TOPA 3F9UA 2PVOC 1UC7A 3F3QA 4YH2A 1V2AA 1OE7A 1QGVA 5HFKA 1A23A 2CZ2A 2EIQA 1E6BA 5CO3A 5IPHA 5F8BA 4MABA 1ZCPA 1J08A 4MLYA 4KSOA 1EOHA 3HVVA 2A2SA 3PR8A 1IYHA 1YEPA 4PQHA 1UA5A 5D8IA 4KNDA 3F4RA 4K1FA 1JLVA 2GZPA 3KTBA 4HEA2 1GTBA 1EV9A 4GLTA 5ELGA 3F4TA 4KDYA 4OFMA 4NPBA 2VCWA 2MMZA 1O7UA 1OE8A 1BJXA 1M99A 2VO4A 1F9MA 4Q5FA 2LSTA 4XS4B 4EUYA 1Z5YE 2FCHA 4KE3A 3LWAA 3GIXA 2DJ0A 5DDLA 3GTUB 2VCQA 3P8WA 1TW9A 2HNLA 1TU8A 5G30A 3QAGA 3ZLPA 5G5EA 2C0DA 1R5AA 2K6VA 1BEDA 4EO3A 1G7OA 1NM3A 1XWKA 2GLRA 2DIYA 5CNWA 4KAEA 5A4VA 1ERVA 4YQVA 1TI1A 2LJRA 1AAZA 4Q5NA 4PUFC 2F51A 2IIYA 4RQRA 3ZITA 2L4QA 1QQ2A 5DCHA 1QFNA 1AW9A 2M72A 1FB0A 4HQSA 4IP1A 3IPZA 2BMXA 1X5DA 1GWCA 4V2MA 2YV9A 4JZQA 5COHA 4POMA 3IDVA 2VCVA 1F3BA 5KN2A 5FT3A 5IM9A 1A8LA 3GA4A 1JFUA 1K0CA 4J57E 4QL9A 4OO5A 3TKSA 3UBLA 5A5KA 1ZGNA 3M8NA 5EPFA 5F06A 2REMA 4I8BA 2IL3A 4ID0A 1SD8A 1OKTA 4ZBAA 1GUMA 4I2TA 3A2XA 2F3MA 2AJQB 5A4WA 5CRGA 1RK4A 3I9V2 4G2EA 2VCXA 2P31A 2BJXA 1A2MA 1G0TA 3M3MA 2N5FA 4QQ7A 2AV4A 2F8FA 1ZL9A 1CQGA 2GSTA 2YNXA 2R3XA 1TKDB 3VPTA 4KH7A 2L6DA 2RUFA 2H19A 4LLRA 1EEJA 1GULA 3BBYA 2HZEA 4H86A 2IFQB 1VRSD 19GSA 4WXTA 1ZZYA 5IOWA 5B6MA 2LRNA 3QAVA 1F2EA 5GZZB 2LQQA 2PERA 1OC8A 3JCML 2PBJA 1X9SB 8GSSA 3HJMA 3UIWA 2CVBA 1YKCA 3GHAA 5HR3A 4GSNA 5D96A 4GQCA 2OA7A 3HCZA 2HE3A 1M9AA 2I3YA 3D5JA 4K0NA 2VL3A 4GQFA 4AF2A 1ERWA 3H93A 5ECHB 2P5QA 3ZIVA 5DBQA 2X64A 1WRYA 4DVCA 1BQ7A 2OADA 1Z3EA 3VI7A 3HVSA 4JU5A 5IMDA 3D6IA 3HZ8A 1V98A 1S3AA 4I97A 5DALB 4BVXA 3M1GA 1N2AA 4ECBA 4V1Ap 2QGVA 3ZFBA 4J56E 9GSSA 1GTUA 1YKAA 1OVNA 5HQPA 2JZTA 2C1YA 4PUAA 2GT5A 3CYNA 3RPNA 1SL1B 4WBJA 4F82A 2H76A 1T4YA 1GNEA 1SKSB 4MJEA 5F07A 1SJ6A 2E2GA 1EP7A 5B8BA 2IPAA 1U6TA 2CAQA 5EY6A 4EDYA 3GMFA 1X5EA 3KXOA 3OR5A 4RI6A 3CMIA 1EOGA 2CX3A 4MJCA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...

1SYRA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations