4L0WA

Plasmodium yoelii prx1a modified at the n-terminus forms an artifactual octamer
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
173
structure length
173
Chain Sequence
b'YFQGQAPSFKAEAVFGDNTFGEVSLSDFIGKKYVLLYFYPLDFTFVCPSEIIALDKALDSFKERNVELLGCSVDSKFTHLAWKKTPLSQGGIGNIKHTLISDISKSIARSYDVLFNESVALRAFVLIDKQGVVQHLLVNNLALGRSVDEILRLIDALQHHEKYGDVCPANWQK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Observed octameric assembly of a Plasmodium yoelii peroxiredoxin can be explained by the replacement of native "ball-and-socket" interacting residues by an affinity tag.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Thioredoxin peroxidase 1
source organism Plasmodium yoelii yoelii
molecule tags Oxidoreductase
total genus 53
structure length 173
sequence length 173
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2013-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4l0wA00
2B5EA 3APSA 1V98A 5ECMB 11GSA 4RUVA 4TR4A 5E59A 2XC2A 4ML1A 2IJYA 4XS4A 2H1BA 2NPBA 2H76A 5J41A 2F51A 1V57A 5JCWA 3IAM2 4YH2A 3C7MA 3IBHA 2D2ZA 2ALBA 2RM6A 3C1RA 2YWOA 4MF5A 5F8BA 3ZZXA 1T8EB 3QFBC 2DC5A 4GXZA 1BJXA 3HVSA 1V40A 4NHZA 1K0CA 1YDKA 1KNGA 4X1UA 5ECNB 5IMDA 3S9FA 1TRUA 2MBSA 1SYRA 3L9SA 3DMLA 2ZUPA 4L5LA 1A24A 2HSHA 4ISDA 1X9SB 1XPVA 3ZYWA 4MABA 2GSQA 5JWRB 3CMIA 5ECRB 2C0GA 3HZ8A 3BOAA 5KN3A 1EV4A 2PVQA 2LV3A 3FEUA 3GKMA 3HYPA 2VM2A 4ULXA 4X0XA 2F8AA 3WGEA 2JSZA 1Q98A 4GLTA 5ID2A 3KD0A 1XOAA 1R4WA 1OC8A 3TCOA 4TR3A 4KNDA 5IO2A 2GSSA 2CQ9A 1R5PA 1K3YA 3GKNA 4G19A 1RQMA 3H8QA 1ZGNA 4K7NA 4BVYA 1HNAA 5GAPD 4HQSA 1O8XA 3WT1A 5AN1A 1PD21 3C1SA 17GSA 3F3RA 3TKSE 4HS1A 2M46A 1ILOA 1F2EA 2PPTA 4MLYA 1THXA 5E4WA 5HFGA 2LNTA 4HZ4A 1S3AA 4RI6A 4L0UA 2VLUA 1FVJA 4ZB8A 2J23A 3P90A 3LSZA 1O81A 3F9UA 4DSRA 4WF4A 4MJAA 3VFIA 1M7TA 4DEJA 4IW9A 2PUKC 2JSYA 3Q19A 3TJGA 3GN3A 4MDCA 4IQ1A 4WKWA 5GAND 5CRWA 1O7UA 2VCWA 3FZ4A 3CYNA 3RHCA 4Q5RA 3D6IA 3F63A 3IDVA 3W8SA 3ZVJD 1SJZA 4BWSA 3HDCA 2QGVA 1B4QA 3KXOA 4XIHA 2M80A 1A2MA 1F3AA 3KCMA 3FZAA 2PBJA 2PWJA 1U3AA 5A4VA 1YEPA 5ENUA 2AAWA 1TTZA 1TK5B 3N5OA 1XFLA 2VL3A 3HZ4A 3GKKA 5JWQB 3WGXA 1M2AA 1TRSA 1A0FA 2HZEB 5IMFA 1J0FA 3KM6A 3EC3A 3UL3A 4ZBAA 3DRNA 1AW9A 1J08A 3GH6A 2L5LA 3GTUB 1YY7A 2MMAA 2R6KA 2C3NA 1OE7A 4PXOA 2HNLA 3L78A 3CXGA 5HQPA 1QUWA 3A3TA 1UVZA 4ML6A 1ACVA 1VF1A 3BJ5A 3TOTA 1FOVA 1FVKA 1MD4A 2LS5A 3LG6A 3C71A 1ZL9A 3TJJA 3PINA 3UMAA 1BG5A 5D93A 2FWFA 3F4RA 3D0ZA 3FW2A 5IMZA 2B6MA 4ECJA 4GSNA 2HSYA 3ZL5A 2Z9SA 3IHQA 1A2LA 2XPDA 2IWTA 2WB9A 1GH2A 1ZYEA 5DQYA 3DEXA 4J57E 1IYIA 3WYWA 2H66A 1R7HA 3EWLA 1GUKA 1Z5YE 1GSYA 1XVWA 5DAKB 1ZYQB 1AQVA 2IMEA 4IBPA 1WMJA 1VRSD 2CT6A 2H72A 1X9MB 4TR1B 1X0RA 3H1NA 3M9KA 3GHAA 3AY8A 3J7Yb 5J4UA 1XXUA 2FWEA 1GSQA 2HLSA 5A4UA 1GUHA 3C73A 1RK4A 3UARA 1MDKA 2CV4A 4PUAA 5ELGA 5B8BA 1T4ZA 1XWKA 2H6ZA 4D73B 2RUEA 4KA0A 2FLSA 3K8NA 1A2JA 4EDYA 2K9FA 2GQMA 1KEBA 2A2SA 2BMXA 1PQNA 2YV7A 1K0NA 1XCCA 2YPMA 3G7JA 2X8CA 3TJFA 1A0RP 4BL7A 5IPGA 4X43A 4IP1A 5FHIA 1WP0A 4LL1B 5D73A 2YJHA 5IMCA 3WGDA 3GX8A 3BCIA 4Z7XA 2FA8A 4HEA2 4N0VA 3EMPA 4NXIA 1U3IA 1Z3EA 4LMVA 9GSSA 1VGLA 2QKEA 2GGTA 4K0NA 2NVLA 3DWVA 2RIIA 3RBTA 1NSWA 1JFUA 3UVHA 2GSRA 2VAFA 2L4CA 2VL2C 5HFKA 1T1VA 4GQFA 2AB6A 1K3LA 3DXBA 1DE2A 14GSA 6GSWA 4K1FA 2WDUA 1SKWB 2L6DA 2IFQB 1QFNA 5D9WA 4J56E 4IJIA 1YZXA 4NHWA 4V2NA 1F3BA 1EP7A 2H75A 1KTEA 1SL1B 1OVNA 2H74A 1W89A 4WEYA 5AIVA 2VL2A 3GURA 1YQ1A 3HJOA 1T3BA 3LGCA 2MMNA 5ECOB 4MF6A 2OA7A 1ERWA 3GV1A 3W8JA 1M0UA 2EIQA 2LUSA 5L71A 3DKSA 5KN2A 2HRFA 5DQSA 2EIOA 3TRXA 2GQKA 1B48A 1HD2A 3A2VA 2HZEA 3GSSA 4IGJA 1V58A 2GS3A 2N5BA 3DIEA 5JWOB 1OC9B 2FGXA 4LA1A 3L4NA 3UVTA 1AUCA 1GTIA 4TKYA 3KP9A 4N11A 4EO3A 5H5SA 2FWHA 3GKXA 3ZFBA 1GNEA 5GSSA 1ML6A 4ZXGA 3I43A 2VCTA 6GSXA 2YZUA 3M8NA 2IL3A 2I9HA 4E8HA 1PX7A 3DVXA 2LQOA 2HT9A 2H71A 1XOBA 1X9WB 4FYBA 2A4VA 3HXSA 2ES7A 4YQUA 2WS2A 2WGRA 5D9XA 2AYTA 2DJ3A 2IMKA 4PUFC 2VD1A 2HYXA 3TJBA 1BYEA 4KUNA 4ZL7A 2C3TA 3O3TA 1TP9A 3F6FA 3LEFA 1TK8B 2DJ2A 5ECKB 1GTUA 4K7IA 3P8WA 2V41A 4L8EA 4KSMA 5CP1A 5DAKA 5IPHA 1ERTA 3FR3A 5J9CA 2GZYA 5DBQA 5DDLA 4EE0A 1OAZA 2XBQA 1UN2A 3C8EA 4TR1A 5CRGA 1FG4A 2DMMA 2LQQA 1K0BA 1XW6A 1G7OA 1VF4A 5CREA 3TGZA 1ST9A 4HI7A 4I6XA 3W6GA 3E3EA 2BJXA 4BWQA 2VCXA 4MH3A 4GWRA 4HQZA 3QFAC 2IN3A 4L5OA 2CX3A 3GX0A 2PU9C 2WJUA 3UOMA 2C0DA 4HDEA 2LTKA 1C72A 1SK0A 1PL2A 4D73A 1HQOA 2LJRA 2MMZA 1JHBA 4E8EA 2X8GA 4XTSA 3VPTA 5DCHA 1X5EA 1TK0B 1TI3A 1AQXA 1PKZA 4CDOA 4TXOA 3P7XA 3H93A 1THOA 4RQXA 4GRFA 2VD0A 4F82A 4HU9A 4EDZA 4XS6A 1EZKA 1JZRA 1F9MA 4F0BA 2REMA 4NWYA 2H73A 4XCSA 4KB3A 3ED3A 3LYKA 3ERWA 3M1GA 3FRCA 4KCEA 3A2XA 4FYUA 2OKAA 1Y25A 4JE1A 1BEDA 4NV2A 1BQ7A 3HJMA 4OWYA 2WFCA 1MEKA 3TKSC 3G7YA 4AJ7A 1BAYA 1PA3A 4MMMA 1AAZA 1EEMA 1SJ6A 1K3OA 4AF2A 1XIYA 2VIMA 2KOKA 3IK9A 2CZ3A 1B8XA 5F05A 2IFQA 3H4KA 4LMWA 3QDNA 3RDWA 3GL5A 4K0GA 4TW5A 1Y6EA 3TKSA 4LLRA 4Q5FA 3DYRA 2IMIA 2IIYA 3FKFA 3TB2A 1EWXA 4ZBDA 5ECHB 6GSUA 2JZTA 3EMXA 1ZCPA 1Z7PA 5ELAA 5IM9A 2OE3A 3L0HA 2H6YA 3VPQA 3F6DA 1JZWA 2RUFA 4QQ7A 2C3QA 2JADA 2LRNA 1SK2A 1TI1A 4ACSA 5G2ZA 4I97A 1PX6A 4EKZA 1QGVA 4JU5A 1AIUA 5COHA 1IYHA 1Q4JA 2VO4A 4EVMA 3IAS2 4K9ZA 3APQA 1TOFA 4H86A 2H8LA 3A5WA 3M9JA 2R3XA 3HJPA 2N5AA 3QAVA 4EF0A 4ECBA 2TRCP 2K6VA 3LXZA 2H01A 1DSBA 1OKDA 1K0OA 1M9BA 3QD9A 1GRXA 1G6YA 10GSA 4P3YB 4V1Ap 3RHBA 1FAAA 4F0CA 2LKUA 1A8LA 1OE8A 3CRTA 4TN8A 5D8IA 1WOUA 3TKQA 3LORA 4IKHA 20GSA 4XRAA 3US3A 4G9HA 4BPYA 1SENA 3PH9A 3MDKA 4IP6A 1GSEA 4MA9A 2PN8A 1E6BA 2OJLA 4IQAA 2CZ2A 1TU8A 2I4AA 2JACA 4MJEA 3NOFA 4FO5A 1S3CA 2YV9A 3TUEA 1RW1A 3GSTA 3VWWA 3HKRA 3ERFA 5ECQB 2VL9A 2EC4A 4KDYA 6GSVA 2VCQA 2CAIA 2KHPA 2BTOT 1Z6NA 1K0AA 4I2UA 3HCZA 5CO3A 4HU7A 2B1LA 2GQLA 3IRAA 1TRVA 4N10A 5KN1A 1EGRA 3D4MA 4O32A 4FIWA 3KIJA 5FWGA 3HY2A 1Z7RA 5JCUA 2FHEA 3LQ7A 5EPFA 2GT6A 3BBYA 4IJ3A 3TKRA 3GL3A 2CAQA 1WWJA 2V32A 2F3MA 4ZBBA 5AGYA 5C04A 2DIZA 2WRTA 1ZZYA 5HR1A 3GRXA 5C00A 2GSTA 5AISA 3I69A 4ZB9A 4TR0A 2E2GA 3BD2A 2PGTA 3KMOA 3FY7A 4J2FA 2HZFA 4V2MA 1SKRB 3GYKA 1Z9HA 2R5GA 3MSZA 3VWUA 2H19A 1GUMA 1HNBA 4MJBA 1S3DA 2O8VB 16GSA 4MZWA 5G31A 1M2BA 5ECIB 5IO0A 3BCKA 2CVDA 5ID2B 1I5GA 2R37A 1EOHA 4GTUA 2NTOA 2YP6A 4CHSA 1A8YA 2QSIA 4I2TA 1FB0A 4OCFA 5J5NA 2KLXA 4EXJA 4GSSA 1M99A 4OFNA 1H4OA 1SK1A 2I1UA 3EYTA 4F9ZA 5IQYA 18GSA 1UC7A 3P2AA 4TOPA 1YEXA 1AC1A 2KP1A 2CA8A 2H30A 3QAWA 1LJRA 3H79A 5H5RA 2GDRA 1TU7A 5D9TA 1ZMAA 1OC3A 5EL8A 3ZIVA 1GULA 3PGTA 4WBJA 4WR4A 1EOGA 1GSDA 3E9JB 5A5KA 3FYGA 4IN0A 2V2GA 4IS0A 2KUCA 3QPMA 3RAZA 3VURA 1T4YA 2H6XA 3EURA 5B6NA 3GNJA 1QK8A 4HOJA 2OE0A 2OBKA 4DSSB 4HZ2A 2J9HA 3ZRDA 4GCIA 4MF7A 3I6AA 2MMOA 3GTUA 3ZIJA 2CX4A 4I5QA 3GMFA 5EVOA 1SKSB 3E0UA 2C0EA 3KJYA 5ECPB 1F6MC 4WBRD 2MYGA 4WR5A 3GUSA 5DVBA 4POLA 5GSTA 3UBKA 2C4JA 4DSQA 3F8UA 5DJMA 1GL8A 3KGKA 3M0FA 5IMVA 1B9YC 2C8UA 1UA5A 2OADA 5LD0A 5FT3A 3APOA 3FHKA 4NV5A 2A2RA 3RPPA 5INYA 3IR4A 1MDJA 2YANA 4K7OA 3R2QA 4EC0A 3V1WA 1G0TA 3UBLA 3F3QA 4JR4A 5ECSA 1SYXA 2HFDA 1GTAA 2IMFA 1XW9A 2F9SA 2I3YA 4QL7A 1GSFA 1YKCA 5D96A 2OBIA 1XVQA 4ZL8A 4I8BA 1B4PA 3QMXA 4V1Ag 2K8VA 4MJCA 1TDIA 1ZOFA 2R2JA 2VOCA 3CSJA 2LRCA 2RLIA 1TJDA 2HRNA 4JZQA 4POKA 4Q5QA 5GZZB 1EP8A 4BA7A 3LJRA 1I9DA 3QOUA 4N0ZA 2ZCTA 1YF0A 2P31A 4PX1A 4ILFA 1FB6A 2AV4A 2XPEA 2GZPA 4G2EA 3GH9A 4AJ8A 1O85A 2H70A 4IELA 2ON5A 4WETA 13GSA 1E2YA 1KBNA 5B6MA 1MDIA 5ABRA 2PVOC 1QQ2A 3WD6A 1M2DA 2L57A 2YN1A 4MZCA 1N2AA 2L4QA 2L5OA 2M72A 1QXHA 3D21A 1DBYA 5CNWA 3KP8A 3ZMLA 3ISOA 3F0IA 2K8SA 1M9AA 2H1DA 3U5RE 4ZB6A 3G7IA 2X99A 3ZTLA 5KN0A 2H0GA 1T00A 3SWLA 1URMA 5IMAA 4KE3A 2E0QA 5A4WA 5D9VA 4OMVA 3VI7A 4KW6A 3RPNA 1XWGA 3VWVA 4EL1A 4OFMA 2YOIA 4K6XA 4GSTA 1CQHA 2CVKA 4HUAA 4DVCA 5F0GA 2DIYA 1A23A 1WRYA 2AHEA 3OR5A 4ZIJA 1U87A 4PURA 1AXDA 2FCHA 1W4VA 3NIVA 3D5JA 4POBA 2AUVA 4YQVA 3ZFLA 3CSIA 4WXTA 1DE1A 4K2DA 1PRXA 2YJ7A 4GQCA 4TVEA 2E7PA 1WJKA 2DSAA 4YAPA 5G1LA 3UIWA 4K8MA 4F03A 3U6VA 3UJ1A 1YJ6A 4RI7A 3CTGA 4MZBA 2DJ1A 2GT5A 3TRPA 2OACA 4KH7A 1LU4A 1TRWA 5G5FA 5CAXA 1SJIA 5IIZA 1PN9A 4OO5A 3TDGA 4JEDA 1EGOA 4KDUA 3CSHA 3HVVA 2LJAA 5H5QA 3D22A 2JZSA 5DALB 3IK7A 1SL0B 4ID0A 4PQ1A 2O87A 1DUGA 3KMNA 2GZZA 5KEJA 1GLQA 3IA1A 3HA9A 4KDXA 3ZMKA 1GSSA 3FR6A 1MD3A 3LXTA 1G6WA 1EV9A 1WPIA 4YQMA 22GSA 2TIRA 5DCGA 2GVPA 2VCVA 5B8AA 1JLVA 4DSSA 1K0MA 3UAPA 2B5YA 1OC9A 1WIKA 2R4VA 3MAKA 4XS1A 12GSA 3L9VA 1NM3A 4GF0A 1PMTA 2P5QA 5G30A 2B7JA 2DLXA 2EIRA 3G9BA 2QC7A 1VF2A 2XHFA 3EE2A 1WE0A 4PGTA 1PL1A 5G5EA 1FHEA 3TRQA 1OYJA 4OFTA 1MTCA 1XWCA 4AGSA 5F07A 4FH8A 2AJQB 3LYPA 2V1MA 4PNFA 3IE3A 2H0HA 2TRXA 4L0WA 1K0DA 3TKPA 1X5CA 3MNGA 4N30A 4O7HA 4RQRA 2E2MA 3O6TA 3M3MA 6GSSA 3L9UA 2MZCA 1JZOA 3HD5A 2CVBA 3PR8A 2FY6A 3F4SA 2WULA 3CTFA 4JRRA 2YCDA 4POMA 3VWXA 2HXKA 3Q6OA 1PSQA 1EEJA 4IVFA 3SBCA 2LSTA 3IOSA 3KZQA 2VCZA 3ZREA 2H0IA 3GFKA 5JCGA 2VLTA 3LWAA 2LRTA 1USBA 3FZ5A 1SD8A 4ECCA 2I81A 2B1KA 2FNOA 2VLVA 4MPGA 1XZOA 4YAVA 2G2QA 1TW9A 3IV4A 3CBUA 3KTLA 3ZVJA 1R5AA 3GIXA 7GSSA 1GWCA 5B7CA 3A2WA 3FR9A 2N5FA 2OE1A 2K18A 3I9V2 4XS4B 4ZL9A 3VLNA 5J3RA 2JZRA 2HI7A 2DJJA 1NHYA 2YWNA 1NHOA 5HR2A 4NMUA 3VI5A 2VUPA 5CYYA 1H75A 2JU5A 1GNWA 3FK8A 1GP1A 2VM1A 1GTBA 4XRDA 1F37A 3Q74A 4V2LA 1G7EA 4O92A 1ON4A 4FYCA 1YKAA 3CRUA 4PQHA 3EVIA 3D4TA 5DJLA 2MBTA 3ME8A 3ERGA 2ON7A 3EU4A 2LJKA 2LNSA 2G0FA 6GSYA 1Z6MA 1TKDB 1U88A 3DD3A 2DJKA 4OCEA 1YF1A 4TXOB 2O85A 3O76A 4KGIA 2WZ9A 2RM5A 2P5RA 2YWMA 3HVXA 1AQWA 2FA4A 2O89A 4Q5NA 2IPAA 1R26A 1JZDA 2YWIA 1TXXA 3WT2A 2JL4A 3IXRA 2PMTA 3VK9A 4CW9A 4NAXA 6GSTA 2V6OA 1SU9A 3ME7A 4IHUA 1JLWA 2X8HA 4HJ2A 5HR0A 2FUG2 1OKTA 4JBBA 4MH2A 4XHMA 2DJ0A 2YNXA 4OD7A 5IOXA 4WF5A 4O5RA 3GA4A 3KH9A 3N9JA 2GTUA 1QMVA 4MPFA 1PGTA 1PKWA 4MP4A 4PQIA 3IC4A 5DALA 2KP2A 2L6CA 2WCIA 2LEGA 1X5DA 3JCML 1GSUA 5LCZA 3ZITA 3MWHA 4TXVA 4KAEA 4KCAA 5G1KA 4NPBA 2V6KA 3TJKA 3EINA 1ERVA 4JR6A 1CQGA 4QL9A 4LL4B 4EUYA 4OO4A 2DBCA 1T7PB 4MK3A 3TOUA 1B9XC 1SL2B 2YZHA 2B7KA 2IMDA 1XBSA 1ABAA 1SD9A 4F2IA 2L59A 2B3SA 2FWGA 3NZNA 1O73A 3QR6A 4TRXA 3KTBA 4KX4A 2NDOA 3LFLA 2XBIA 3IPZA 3J7Yk 4KSOA 2FD3A 3Q18A 2C0FA 1FW1A 5ECLB 1NW2A 2C80A 5CRDA 19GSA 1HYUA 1O8WA 2C1YA 4HJMA 5AIXA 8GSSA 3FZ9A 4MCUA 3HHVA 4PNGA 1U6TA 5F06A 1VF3A 3EU3A 2GLRA 1V9WA 2H1GA 2NBSA 1ERUA 2B5XA 3KH7A 1BX9A 3F4TA 4G10A 1V2AA 3QCPA 1XWBA 3UEMA 5HFIA 4ECIA 5HR3A 1FO5A 1HNCA 2F8FA 5J9BA 5EY6A 1J9BA 1GLPA 2H1AA 3QAGA 2PERA 1LBKA 1XW5A 2DMLA 2HE3A 1O6JA 4BVXA 2P0GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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