4V2MA

Crystallographic structure of thioredoxin from litopenaeus vannamei: radiation damage effect at 34 mgy, focused in disulfide bonds.
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
MVYQVKDQEDFTKQLNEAGNKLVVIDFYATWCGPCKMIAPKLEELSQSMSDVVFLKVDVDECEDIAQDNQIACMPTFLFMKNGQKLDSLSGANYDKLLELVEKNK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords THIOREDOXIN
publication title Crystallographic Studies Evidencing the High Energy Tolerance to Disrupting the Interface Disulfide Bond of Thioredoxin 1 from White Leg Shrimp Litopenaeus Vannamei.
pubmed doi rcsb
source organism Litopenaeus vannamei
molecule tags Oxidoreductase
total genus 36
structure length 105
sequence length 105
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.8.1.9: Thioredoxin-disulfide reductase.
pdb deposition date 2014-10-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4v2mA00
1A2LA 2F3MA 3S9FA 5AIXA 2HLSA 1EEJA 2EC4A 4ZL9A 2ON7A 1U3AA 5C00A 4HI7A 1NHYA 4LMVA 4DSQA 3ZMLA 3VWVA 2GZZA 1XXUA 2KP1A 1QK8A 3GRXA 4ILFA 1EWXA 5DDLA 3LEFA 2CZ2A 1U87A 2DJJA 5ECOB 5G1LA 1FO5A 4I2UA 5IO2A 3ME8A 3GV1A 2H1GA 1UVZA 4BL7A 2R4VA 3MSZA 2HNLA 4HZ2A 2B6MA 1SKRB 4KDXA 1YEXA 5J9CA 5G5FA 1GTBA 1GSQA 1QXHA 4IBPA 3F4RA 1GSDA 1SKWB 18GSA 2GSRA 1AQXA 1GNEA 1GLPA 3M8NA 5INYA 3GX0A 2AV4A 1N2AA 3BCIA 4MK3A 1W4VA 4N0VA 5CAXA 3N5OA 1K0CA 2IMKA 2VM2A 19GSA 1XW5A 2R6KA 1A24A 4X43A 4OD7A 6GSVA 1FG4A 2VUPA 3TRXA 2VO4A 4LMWA 3FR3A 6GSSA 5HR2A 3J7Yb 2ZNMA 1AIUA 1LJRA 3IPZA 4FO5A 3KP8A 3NOFA 4EF0A 4O7HA 3LXZA 3EVIA 1HNCA 4MP4A 2F8FA 4MF7A 2RM6A 4TR4A 4FYCA 1F6MC 1QUWA 2PVQA 4DSSB 2P5RA 2CA8A 5B8BA 1DE1A 2VL2A 5KN1A 2H8LA 1SL1B 2PVOC 2X8HA 1SK1A 5G30A 4V1Ag 3CMIA 14GSA 2K6VA 1S3CA 2WZ9A 2MBSA 5CRWA 4I2TA 3F6DA 1YQ1A 3GMFA 4GRFA 3LYKA 2GSQA 4IJ3A 3DYRA 2CVBA 5A4UA 4MA9A 2GGTA 1A8LA 3ZFBA 3FK8A 1ON4A 2H01A 2YZHA 2HXKA 1JZRA 5IQYA 4MJAA 1F3BA 3TDGA 2QKEA 2OE1A 1EV4A 1O73A 3CBUA 3HDCA 4HS1A 1F2EA 3VURA 2CX4A 3TJKA 1M9AA 5ENUA 5CP1A 4J2FA 4KX4A 5DJMA 1GUHA 2B5XA 3ED3A 2IN3A 1C72A 4ZBBA 1MDJA 4L8EA 4WBJA 3OR5A 1VF1A 2GTUA 2K9FA 2R2JA 3EC3A 3IRAA 3L9UA 5F07A 5KN3A 5DQSA 3F4SA 4ECJA 1T4YA 2EIRA 3EWLA 2FUG2 4AF2A 4MCUA 2DJ1A 5ECKB 5GSTA 1FW1A 1PD21 2A2RA 4EXJA 4I97A 4GLTA 1VRSD 4G10A 4WEYA 2C0FA 2OBIA 3EYTA 3PR8A 2RLIA 5AGYA 4BVYA 1EOGA 1XOAA 2V6KA 3ERGA 2EIQA 3GN3A 3KIJA 5CNWA 5GZZB 4G19A 4GXZA 9GSSA 2PGTA 3KGKA 4MJEA 4E8HA 4Q5RA 4K7NA 2LJKA 1SYRA 3C8EA 1WWJA 4KNDA 1MTCA 5D9VA 5GSSA 3PH9A 4N10A 1NW2A 4ZB6A 1M2DA 2GDRA 3IR4A 2WCIA 1SK0A 3HYPA 2YJHA 3M9KA 2WS2A 1UA5A 4TR3A 4PUAA 3UARA 3TGZA 1M99A 4E8EA 2QSIA 2YP6A 1T1VA 3ERFA 2H75A 3EINA 5IO0A 4IQ1A 1TW9A 1PL2A 2DJ0A 3C73A 4LL1B 2HYXA 2HE3A 4WR4A 1G6WA 1FAAA 2LUSA 7GSSA 4IQAA 3MAKA 2XBQA 4N11A 2N5AA 1EV9A 5L71A 4JBBA 5KN2A 1SL0B 4MPFA 5GAND 3KM6A 10GSA 3DVXA 2XBIA 1ZOFA 4BWQA 2WFCA 4IELA 2KP2A 4MJBA 4HJMA 1X5CA 2O85A 3GNJA 3UL3A 2IMDA 2BMXA 2PN8A 4FH8A 1FVJA 3A3TA 1LBKA 5ECIB 1XPVA 4Q5FA 5DCGA 3UBKA 4DSRA 3LJRA 2R3XA 3C1SA 3GL3A 2CVDA 3C71A 2HT9A 3GX8A 4D73B 1ZYQB 3KMOA 2YV9A 1T3BA 2PBJA 1R5AA 2HRNA 1GSFA 1TRUA 1ZMAA 1EP8A 4ML1A 5DAKA 3A2VA 2TIRA 3APQA 4EVMA 2GZYA 2CX3A 1TU8A 3QOUA 5JWQB 3LGCA 3QCPA 4MF5A 4KCAA 4IP1A 2VLTA 3TOUA 4KCEA 1SL2B 2YN1A 1SD9A 1JLVA 3KZQA 2E2GA 4O5RA 1YDKA 3D5JA 2IFQA 1GNWA 2PMTA 4L0WA 1PL1A 3MDKA 1SJIA 5LNKe 2WRTA 1MDKA 5F06A 5H5SA 4KB3A 1E2YA 1A0RP 1B8XA 4WXTA 4V2NA 2LV3A 3CSHA 2IIYA 3F0IA 1VF3A 3UOMA 2MMZA 4BVXA 3TKPA 1NM3A 3I6AA 3BCKA 3P7XA 1ERTA 5H5QA 1V2AA 3F3QA 1M9BA 3MWHA 4PQ1A 1OVNA 2OKAA 3D6IA 3F3RA 3R2QA 1AUCA 4O32A 4OCEA 2B1KA 1T00A 2FNOA 17GSA 4HZ4A 5ECLB 2JACA 2LKUA 4XS6A 1F3AA 2E2MA 3PINA 4NPBA 1EP7A 4MZBA 4P3YB 4TW5A 1XWGA 3LSZA 4FYUA 1WJKA 4EL1A 2LEGA 3HVVA 1CQHA 5ECHB 1AC1A 4TXOA 4XCSA 1IYHA 4IS0A 3IXRA 5F05A 2M46A 6GSXA 1RK4A 1ACVA 3ZFLA 1A23A 3HVSA 4MABA 2GT6A 2GQMA 3UEMA 3KH9A 2L6DA 3GKXA 3ZZXA 4OFNA 4JR4A 2JU5A 1BG5A 3C7MA 3KEBA 1GSYA 3L9VA 3FZ5A 4KGIA 1GRXA 3MNGA 5JWRB 3KD0A 1R26A 1OKTA 1EGOA 1DE2A 5D9TA 1GH2A 2P31A 1TKDB 1KNGA 2IMFA 2MMNA 6GSUA 1CQGA 4HOJA 2VD0A 5C04A 2XPEA 5D73A 4OO5A 3HD5A 3P8WA 2WGRA 12GSA 5KN0A 2GSTA 1DSBA 2E0QA 4G2EA 4LLRA 4XS4A 4CDOA 1OC9A 4PNFA 5D8IA 2G0FA 1AW9A 1KBNA 1XWCA 3JCML 1V40A 2E7PA 4GCIA 4KSMA 3IA1A 2H76A 3J7Yk 2M72A 3TB2A 2IMEA 4IN0A 2DJ2A 3IAS2 4KDYA 2L4QA 3GURA 1K3OA 3HKRA 3M0FA 3EMPA 2LRTA 3DIEA 4AJ6A 5HFGA 1K0DA 2H71A 3DD3A 2VCVA 2FY6A 1H75A 3CSIA 3RAZA 2B1LA 1ERWA 4Z7XA 3GHAA 1Z9HA 2YZUA 4G9HA 2JZTA 2C3QA 5B6MA 1Z6NA 2P5QA 4HQZA 5G31A 3I69A 5CREA 2EIOA 3IHQA 1YJ6A 3F63A 2AUVA 2L6CA 4XRAA 3KTLA 4HUAA 4ZB8A 1K0OA 1BX9A 2H66A 1XW9A 2C1YA 4PNGA 2LRNA 4EC0A 4ID0A 3GTUA 3D22A 1J9BA 3ERWA 4YQVA 1YEPA 5HR3A 1F37A 1B4QA 2OE3A 4NV2A 3NZNA 5E59A 2DBCA 1S3AA 5DVBA 2L4CA 1GULA 1YZXA 2FD3A 2LSTA 3LG6A 4CW9A 3D4TA 3VI7A 2Z9SA 2N5BA 5DCHA 1GWCA 2AB6A 1YY7A 3A2WA 5CO3A 2OJLA 2JZRA 3ZMKA 2X99A 1BJXA 2GQKA 3QR6A 4PUFC 3FW2A 3F4TA 4ACSA 2XHFA 1XBSA 2VIMA 5EPFA 2V1MA 2A2SA 3DWVA 2B7JA 5AISA 3CTGA 3RHBA 1XZOA 3C1RA 4GSSA 5LCZA 4IHUA 1FB0A 4Q5NA 4XRDA 3HJMA 2WDUA 4POBA 4RUVA 4IVFA 2RUFA 2OE0A 4XIHA 2C3TA 1RQMA 3DKSA 2I4AA 4V2LA 2FA8A 3QFBC 3BD2A 2VL9A 3APSA 4OFTA 4TXVA 3F8UA 1Y25A 3HY2A 2H6XA 2LJAA 4GTUA 4IGJA 3HCZA 2OADA 3TRQA 3E3EA 4QQ7A 2H0HA 5D93A 4F2IA 16GSA 3I43A 11GSA 1TOFA 5EL8A 4BPYA 3ZLPA 3RBTA 2H73A 4GF0A 4KE3A 2DSAA 4L5LA 4RQXA 5H5RA 1Z5YE 3L4NA 3D21A 2DMLA 3WT1A 3A2XA 2LQOA 1EZKA 2C0GA 2L5LA 1ZCPA 2HRFA 4IP6A 3KTBA 2DIZA 1ILOA 2CVKA 4H86A 4F9ZA 3H1NA 3UVTA 4NV5A 1FOVA 4LA1A 1XVQA 3RPNA 2MBTA 1PN9A 3TJFA 4NHZA 3WGDA 3TOTA 2CAQA 1OE7A 1YKCA 3LQ7A 3VWXA 3L0HA 3FYGA 4HU7A 2PU9C 3QD9A 4GWRA 3BOAA 3QFAC 3H8QA 1T7PB 3F9UA 4TR0A 1NSWA 1O7UA 1EEMA 4HDEA 2YPMA 3GKNA 1XCCA 3HZ4A 1E6BA 2LTKA 3LWAA 1A2MA 2C80A 1QGVA 3QDNA 3GL5A 4MPGA 4I8BA 5DALA 1X5EA 2H6YA 1WRYA 4YAPA 1JZWA 1AAZA 4JEDA 4J57E 1R5PA 4YQUA 2JL4A 4EDZA 5IMAA 3UVHA 1Y6EA 3VI5A 3VPQA 4F0CA 1GSUA 2L57A 5D96A 4AJ8A 3W8JA 5IOWA 5ECQB 2X64A 2FWEA 3TCOA 4HU9A 1B9YC 1K0NA 3K8NA 3M1GA 5DAKB 1SD8A 1ABAA 3FR9A 1PSQA 2H1DA 1Z7PA 1ERVA 5HFIA 5HR1A 1ST9A 2XPDA 4ISDA 2VD1A 3FZ4A 1GTAA 2C0DA 1I5GA 3GSSA 4X1UA 2GLRA 2IFQB 2H1AA 4EKZA 2VCTA 2I9HA 1R7HA 1X9WB 2O7KA 1WIKA 3FKFA 2DLXA 2I1UA 3UIWA 1GTUA 3RDWA 5G1KA 3IC4A 3VPTA 2H0IA 5IMDA 4QL9A 3ZVJD 4WKWA 1THOA 1HQOA 1TK5B 1M2AA 4MF6A 1RW1A 1YF0A 2ZUPA 1EOHA 2K8SA 6GSYA 3VK9A 1UC7A 2FWGA 2JSYA 4K9ZA 2H0GA 2PPTA 3VWUA 4NHWA 5CRGA 2ALBA 4TKYA 1GUKA 2IPAA 5HFKA 3CTFA 2HZEA 2HSYA 3KH7A 5A4VA 3GA4A 2GT5A 2NVLA 2D2ZA 4ZBDA 3QAVA 4AGSA 2KOKA 1O85A 2F9SA 3D4MA 5CRHA 1SJZA 3FZ9A 1MD3A 3DEXA 4TXOB 2YCDA 4MMMA 2MZCA 2F51A 5DQYA 4OCFA 4F82A 3FRCA 2YWNA 3O76A 3WD6A 5B6NA 5ECPB 2WULA 4XS1A 3SWLA 5F8BA 4ZXGA 3TKSC 3HVXA 3KCMA 3GUSA 3HXSA 5ECNB 5CYYA 5KEJA 4WBRD 1HD2A 3CRTA 2B5EA 2MYGA 1TK8B 1G7EA 1W89A 5ELAA 1JFUA 3HJOA 3ZVJA 4TR1A 1OE8A 2VL3A 5GAPD 3IDVA 1PA3A 1EGRA 3IK7A 2DJKA 1AQVA 4IKHA 2DJ3A 2BJXA 2PWJA 4QL7A 4XS4B 5AN1A 2FWFA 4MJCA 1OC9B 1X5DA 22GSA 1GP1A 3G9BA 2V32A 2DC5A 3ISOA 5D9WA 3WT2A 4ZB9A 8GSSA 3G7JA 1OC3A 1SYXA 3F6FA 2H74A 4PQHA 3W8SA 5FT3A 2R5GA 1A2JA 3WGXA 2ZCTA 1QMVA 1SU9A 4OO4A 2CAIA 3UAPA 1YKAA 3EU4A 4WR5A 2A4VA 1O8XA 1Q98A 5ECMB 2B5YA 3CYNA 3G7IA 4K0NA 5JCGA 3TJJA 3GYKA 3UMAA 3EE2A 1B9XC 1WPIA 3W6GA 5LD0A 20GSA 4NMUA 4O92A 3KXOA 5HR0A 2C0EA 2AHEA 3TKQA 4I6XA 2KLXA 4FIWA 4ZBAA 4XTSA 5ELGA 5ID2A 2MMOA 4L5OA 3CSJA 3FEUA 4IW9A 2NDOA 3ZRDA 4CHSA 1TDIA 1M2BA 4PX1A 4PGTA 2HSHA 3QAWA 2YWMA 1TK0B 4K1FA 1XWAA 1JZDA 2IJYA 3FR6A 1TJDA 3GTUB 1B4PA 1USBA 5AIVA 1THXA 3M3MA 3LXTA 4JR6A 1G7OA 4WF4A 3ZL5A 3DVWA 2L5OA 3VFIA 3WGEA 1ZL9A 4ECIA 2X8GA 4POKA 5DBQA 3M9JA 5A5KA 2AJQB 3TUEA 2LJRA 1VGLA 3LORA 2FCHA 1KEBA 1MDIA 5IMVA 2FHEA 4PURA 1VF4A 4N0ZA 4K6XA 4F03A 1QQ2A 1VF2A 3GKKA 4K0GA 3IOSA 3LYPA 4MH3A 1AQWA 3H79A 2JADA 2JSZA 5FWGA 1UN2A 4K8MA 4POLA 1GUMA 4V1Ap 4K7IA 1TU7A 3EURA 1TRSA 3TRPA 3IE3A 1V57A 1Z3EA 4YH2A 4V2MA 4RQRA 2LS5A 3VLNA 2IMIA 3SBCA 2NBSA 4GSTA 1XOBA 3DRNA 4NWYA 3KJYA 4JRRA 2VL2C 2FWHA 1XIYA 5J3RA 1GSEA 5G2ZA 4ZIJA 1X9MB 2VAFA 4TRXA 2NTOA 2O87A 5IMCA 3GKMA 1B48A 4ECBA 2L59A 1Z7RA 3I9V2 2V41A 3E0UA 4ML6A 2BTOT 1TRVA 3PGTA 2YV7A 1WMJA 1U88A 1GLQA 1OKDA 1R4WA 1TRWA 2JZSA 4KAEA 1S3DA 1WOUA 4F0BA 4Q5QA 2PERA 1ZZYA 2TRCP 2X8CA 1TP9A 5D9XA 1PRXA 1G6YA 1PX7A 1AXDA 2K18A 5J9BA 2FLSA 1ERUA 3P90A 4MZCA 5JCUA 4AJ7A 5J41A 1ML6A 3US3A 3L78A 2OA7A 1SENA 2HI7A 1DBYA 2G2QA 5J5NA 3ZREA 1QFNA 2LNSA 3EMXA 4MZWA 4DSSA 1V9WA 1JZOA 5G5EA 3KP9A 4EE0A 4JE1A 5J4UA 5B8AA 1U3IA 1J08A 4RI6A 3RHCA 2J23A 3WYWA 1BAYA 2C4JA 1M7TA 1I9DA 5A4WA 4ZL7A 2H19A 3VWWA 2C8UA 1T8EB 3NIVA 4GSNA 1NHOA 3IK9A 3BBYA 2CT6A 2XC2A 4TN8A 5DALB 3ZIVA 4MLYA 4GQCA 4TOPA 2OACA 1TXXA 3U6VA 2GVPA 1K0BA 2WJUA 1HNAA 1YF1A 2ES7A 4RI7A 2WB9A 4NAXA 3TJBA 4OMVA 2K8VA 1XW6A 3LFLA 4BWSA 3G7YA 4OWYA 3QAGA 1DUGA 2R37A 4J56E 4K7OA 1OC8A 2YWOA 4L0UA 1BYEA 3HHVA 5HQPA 1SKSB 3V1WA 1FVKA 2TRXA 2IL3A 2FA4A 2HFDA 5IPHA 5ECRB 4KA0A 4KSOA 3ZIJA 13GSA 2VCQA 3N9JA 4DVCA 1MEKA 2VCXA 2F8AA 2VOCA 1K0AA 2GQLA 5EVOA 1HYUA 2QGVA 1K0MA 2VLVA 5EY6A 3E9JB 4GQFA 4JZQA 2YJ7A 3UBLA 3QMXA 1V98A 2PUKC 4JU5A 2H72A 4MDCA 1XWBA 1XWKA 1M0UA 2LQQA 1O6JA 1IYIA 4NXIA 5ABRA 2I81A 3AY8A 2ON5A 3HA9A 1PKWA 2REMA 4I5QA 4ZILA 3O6TA 2VCZA 2HZEB 4POMA 3CRUA 4FYBA 3APOA 2H1BA 1PQNA 3A5WA 4HJ2A 2H30A 4PXOA 3FY7A 2O8VB 3ZYWA 4EDYA 3U5RE 1K3YA 5JWOB 1ZYEA 5IMFA 1WP0A 1HNBA 2QC7A 2IWTA 5F0GA 3ZTLA 1GL8A 4ULXA 4LL4B 1N8JA 2KUCA 4EO3A 5IOXA 2AAWA 3H4KA 5IM9A 1XFLA 1O81A 1TI1A 3GH9A 5DJLA 2H70A 3ME7A 2V2GA 4X0XA 3IAM2 5ECSA 1T4ZA 2AYTA 1PKZA 3HZ8A 3KMNA 3BJ5A 1URMA 1JLWA 1F9MA 1FHEA 1PGTA 2V6OA 4TR1B 2H6ZA 4IJIA 5E4WA 4HEA2 4ECCA 1OYJA 1U6TA 2C3NA 1MD4A 4D73A 2P0GA 4KH7A 4OFMA 2MMAA 2HZFA 5IMZA 6GSWA 3Q18A 2J9HA 1A0FA 2CZ3A 3IBHA 4YQMA 3EU3A 1SK2A 1O8WA 2OBKA 6GSTA 5JCWA 5COHA 3DMLA 1Z6MA 4YAVA 1OAZA 3HJPA 1V58A 1JHBA 1GSSA 2RIIA 1K3LA 3RPPA 2RUEA 2VCWA 1G0TA 3D0ZA 3GFKA 2GS3A 4N30A 2DMMA 2M80A 4WETA 1TTZA 4K2DA 3GH6A 2GZPA 3DXBA 4ZL8A 1BEDA 1GTIA 1TI3A 3Q19A 4WF5A 3P2AA 2YOIA 1XVWA 3UJ1A 3QPMA 3O3TA 4KDUA 2VM1A 4HQSA 3TKSA 2RM5A 4KUNA 1Q4JA 2YNXA 2LNTA 2O89A 3GSTA 4XHMA 3ZITA 2B3SA 1PMTA 3FHKA 1WE0A 2KHPA 2N5FA 5IIZA 5FHIA 2YWIA 1X9SB 2YANA 1X0RA 5ID2B 1LU4A 2GSSA 2NPBA 2FGXA 1H4OA 2CV4A 3FZAA 5B7CA 1BQ7A 3GIXA 1J0FA 4EUYA 1PX6A 3Q74A 1FB6A 4MH2A 4DEJA 3Q6OA 3H93A 4BA7A 3TJGA 2DIYA 3TKSE 2LRCA 5IPGA 3L9SA 4KW6A 2CQ9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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