The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
107
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structure length |
107
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Chain Sequence |
DKIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGDVAATKVGALSKGQLKEFLDANLA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of Thioredoxin mutant E85D in Hexagonal (p61) Space Group
rcsb |
| molecule tags |
Electron transport
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| source organism |
Escherichia coli
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| molecule keywords |
Thioredoxin
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| total genus |
29
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| structure length |
107
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| sequence length |
107
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-06-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00085 | Thioredoxin | Thioredoxin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Glutaredoxin | Glutaredoxin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1OE7 A; 2C8U A; 2WUL A; 3H79 A; 22GS A; 2CAI A; 3MSZ A; 5JWR B; 2C3N A; 2K8S A; 3D6I A; 2AHE A; 14GS A; 3TKS C; 1WWJ A; 3TCO A; 2LST A; 4IGJ A; 4XHM A; 3RHC A; 1TRW A; 2VOC A; 2LJA A; 3GL3 A; 1V9W A; 1XOB A; 1A8L A; 5D9W A; 1TXX A; 2H30 A; 2CX3 A; 3DML A; 2LNT A; 2YWI A; 3FK8 A; 2VL2 A; 3M8N A; 5JWO B; 4IP6 A; 2KP2 A; 5EVO A; 4DSS A; 2JSY A; 2QSI A; 4N0V A; 4NXI A; 2YNX A; 2BMX A; 1M7T A; 5G30 A; 2VCW A; 1OYJ A; 3FR6 A; 3QAW A; 4WR4 A; 1O8W A; 1NSW A; 4JBB A; 2L6C A; 2L59 A; 4ACS A; 3ZMK A; 3W8J A; 2YAN A; 2YJH A; 2DIY A; 2BTO T; 4HJM A; 2OAC A; 1NM3 A; 17GS A; 2FWF A; 2OE1 A; 2EIO A; 3QFB C; 3UBL A; 5ECM B; 2H76 A; 1QMV A; 5JWQ B; 3TJK A; 3TRQ A; 4ZL8 A; 2JZT A; 2X64 A; 5ECR B; 5H5Q A; 4ZXG A; 2PU9 C; 2PGT A; 4MK3 A; 3C7M A; 1VRS D; 1MDI A; 5ELA A; 4WF4 A; 4CHS A; 5KN1 A; 2H1B A; 2R2J A; 4IN0 A; 4EO3 A; 4EDZ A; 4F9Z A; 1TTZ A; 4ILF A; 2LEG A; 1B9X C; 1CQG A; 2ON7 A; 1X9S B; 4HZ2 A; 2HZE B; 4DSQ A; 4HZ4 A; 4QQ7 A; 1SYR A; 1ZYQ B; 1RK4 A; 4POB A; 1X5C A; 1SL2 B; 5ECN B; 3LSZ A; 3HA9 A; 5D93 A; 2B7K A; 1AXD A; 2A4V A; 1FAA A; 3BD2 A; 5FWG A; 3O76 A; 4K9Z A; 1T4Z A; 3L9V A; 3BBY A; 2L4Q A; 3GX0 A; 1XW5 A; 1Z9H A; 4ZB8 A; 3UIW A; 3GTU A; 2PVQ A; 1JLW A; 2FWH A; 3GTU B; 1JLV A; 3KP8 A; 5KN2 A; 3U6V A; 2EIR A; 4MP4 A; 3GL5 A; 1OC3 A; 3LXZ A; 1OE8 A; 2AUV A; 4LMV A; 4KDY A; 4YQU A; 4O7H A; 5KN0 A; 3DVW A; 5CRW A; 2IWT A; 3CBU A; 3IOS A; 1ZZY A; 2JAC A; 3EMP A; 4MPF A; 5AIV A; 3G7J A; 1O81 A; 5FHI A; 5G1L A; 3W6G A; 2ZCT A; 3DEX A; 4LLR A; 2IL3 A; 3LYK A; 1XWB A; 3F63 A; 1X9W B; 1YF0 A; 1JZO A; 5CP1 A; 1TRS A; 4BWS A; 1GSU A; 1QGV A; 2DML A; 4TXO B; 4EL1 A; 4OD7 A; 6GSV A; 3ZZX A; 4BVX A; 2YV9 A; 4V2N A; 1R4W A; 5ECP B; 1M9A A; 4KW6 A; 2VLT A; 1PX7 A; 1TU7 A; 3FR9 A; 2DJ2 A; 3QOU A; 2JL4 A; 1Z7R A; 1GSD A; 1K0D A; 4MZC A; 3IPZ A; 2OE0 A; 3IV4 A; 1QK8 A; 3EWL A; 4IP1 A; 2DJ1 A; 4GQC A; 3ZVJ A; 4JU5 A; 3UJ1 A; 5B6M A; 2KP1 A; 3D4M A; 3Q18 A; 3VUR A; 2G2Q A; 2K6V A; 1OAZ A; 2FNO A; 1M2B A; 4GST A; 2LKU A; 5IQY A; 2DC5 A; 2V1M A; 3NOF A; 3UVH A; 4IKH A; 4KH7 A; 1GNW A; 3G9B A; 1PX6 A; 2VL9 A; 3G7Y A; 1GP1 A; 3C71 A; 4MH3 A; 5LCZ A; 3W8S A; 5IMC A; 3D5J A; 1V57 A; 1T3B A; 1A2L A; 3A5W A; 5J5N A; 5GAP D; 3J7Y b; 3HHV A; 2ALB A; 4PUA A; 3UAR A; 4HUA A; 2L5L A; 6GSW A; 3FRC A; 3D22 A; 2B1L A; 1B4Q A; 5AIS A; 4XRA A; 1GUH A; 1E6B A; 1EEJ A; 3LWA A; 4L0W A; 4IJ3 A; 1TK0 B; 1Z6N A; 1XWK A; 3PGT A; 3F4T A; 1JZD A; 1Q4J A; 4N0Z A; 1JHB A; 3MWH A; 4YAP A; 1VF3 A; 3H93 A; 4QL9 A; 1DUG A; 2NTO A; 2DIZ A; 4EE0 A; 2OKA A; 5JCU A; 5EPF A; 4ZBD A; 1K0M A; 2C0F A; 2TRC P; 1TI1 A; 3FZ4 A; 1OKT A; 5CRG A; 4ZBB A; 2QC7 A; 2CZ3 A; 3GKN A; 4KSO A; 5DAK B; 1RW1 A; 1XOA A; 4XS4 B; 1KNG A; 4MMM A; 4IJI A; 5DJL A; 1WP0 A; 1SU9 A; 3E3E A; 1PN9 A; 12GS A; 2IIY A; 4EVM A; 4O5R A; 4F0B A; 2R4V A; 4X0X A; 1EGR A; 2CVD A; 2VIM A; 3IHQ A; 1ZGN A; 2CQ9 A; 5LD0 A; 2R5G A; 2VM2 A; 1GH2 A; 1K0C A; 1FO5 A; 4V1A g; 3EC3 A; 1U3A A; 3GHA A; 1T7P B; 4PNG A; 5DQY A; 4TR3 A; 4PUF C; 3QAV A; 3TKQ A; 2DSA A; 3H4K A; 5FT3 A; 1X5D A; 5CO3 A; 1GSE A; 3KD0 A; 3US3 A; 1CQH A; 1TK5 B; 1TRU A; 5J3R A; 2K8V A; 1TOF A; 1M9B A; 2PPT A; 2TIR A; 2XC2 A; 2LJK A; 2OE3 A; 1TKD B; 4K6X A; 4KDX A; 1J0F A; 4J56 E; 2R6K A; 3VFI A; 4JR6 A; 3RPN A; 4DVC A; 4I97 A; 1GUM A; 3P90 A; 2PVO C; 5DVB A; 2H72 A; 5EL8 A; 5CRE A; 2IMD A; 1PSQ A; 2C3T A; 5J9C A; 4AJ7 A; 4OCE A; 2LV3 A; 3GX8 A; 2GZZ A; 2VLU A; 5G31 A; 2IN3 A; 2IMK A; 2OJL A; 1R5A A; 3CSI A; 1ON4 A; 4I8B A; 4FIW A; 5CRH A; 4OFM A; 4HS1 A; 4OO4 A; 5IMD A; 2IJY A; 2H6X A; 2CZ2 A; 3F9U A; 2VD0 A; 1ERW A; 2EIQ A; 3H1N A; 1XCC A; 4TRX A; 1HNB A; 3BCK A; 3CTF A; 1KBN A; 4KDU A; 5ELG A; 3ZIT A; 4RI6 A; 4K0N A; 1N2A A; 2DBC A; 3FHK A; 5F05 A; 4EUY A; 2C80 A; 4HQS A; 3P8W A; 5D8I A; 1EEM A; 4BPY A; 2KOK A; 1T8E B; 1DE1 A; 2P5R A; 10GS A; 2M46 A; 2VL3 A; 3CXG A; 2H73 A; 4RI7 A; 3GH9 A; 4TKY A; 2AAW A; 4GLT A; 4GSS A; 4JZQ A; 2FHE A; 5ECS A; 3D0Z A; 1G0T A; 5IMF A; 3PH9 A; 1XW6 A; 2O89 A; 3LOR A; 3TOU A; 3GUR A; 3RHB A; 3L9S A; 2HZF A; 2KLX A; 2O7K A; 3KGK A; 1NHO A; 1GLP A; 1T1V A; 5F8B A; 3FR3 A; 4IBP A; 1X9M B; 2JSZ A; 4XS6 A; 2K9F A; 3EU3 A; 1V40 A; 4BVY A; 5J4U A; 4YH2 A; 4KAE A; 4AJ8 A; 1A0R P; 2MMO A; 4DEJ A; 3MDK A; 3F3Q A; 3VWU A; 3FW2 A; 2RM5 A; 4JED A; 1Z5Y E; 3VK9 A; 1AC1 A; 3GYK A; 2MBT A; 5IIZ A; 1EV9 A; 3VWV A; 1QXH A; 1ST9 A; 1WMJ A; 2LNS A; 3VLN A; 3VPQ A; 4PGT A; 2ZUP A; 1C72 A; 4D73 A; 1B8X A; 4OO5 A; 1FB6 A; 3V1W A; 1WOU A; 2MMA A; 2VCZ A; 2C1Y A; 3APS A; 3UOM A; 3P2A A; 2PWJ A; 3I9V 2; 2YCD A; 1OVN A; 1ZL9 A; 5ENU A; 2C0G A; 2MYG A; 1ACV A; 4F03 A; 3GH6 A; 2HYX A; 5G5F A; 4DSS B; 1U3I A; 3GA4 A; 5KN3 A; 3RPP A; 2H01 A; 2PBJ A; 6GSX A; 2VUP A; 5ECI B; 5LNK e; 2HSH A; 3L78 A; 2ON5 A; 4Q5N A; 1XVW A; 2GLR A; 1A24 A; 1EP7 A; 1Q98 A; 2KUC A; 1R5P A; 1NW2 A; 1TW9 A; 1T00 A; 3SBC A; 3LG6 A; 1Z3E A; 3QCP A; 3QD9 A; 3QDN A; 2H71 A; 2WCI A; 4MLY A; 4N10 A; 2B7J A; 2B5Y A; 4MJA A; 3HY2 A; 3GKX A; 4NMU A; 1GSY A; 2WDU A; 5F0G A; 2WZ9 A; 5D73 A; 4KE3 A; 1SK0 A; 4XRD A; 2H0G A; 3GV1 A; 4IEL A; 3WGX A; 1GTI A; 4TR1 A; 4ZIJ A; 5A4U A; 5G1K A; 1XW9 A; 1SKW B; 4TR1 B; 1O8X A; 1FVK A; 4WBR D; 2IFQ A; 4MH2 A; 4POK A; 2FWE A; 1UC7 A; 1H4O A; 5JCG A; 2C3Q A; 2H74 A; 5HR1 A; 1M2D A; 1SJI A; 4ID0 A; 2I4A A; 2I81 A; 4MJB A; 4KSM A; 3TRP A; 5D9T A; 2GT6 A; 1EZK A; 3BJ5 A; 2C0D A; 3CMI A; 1GRX A; 2JZR A; 4KND A; 1KTE A; 4ULX A; 5DQS A; 3TUE A; 4XCS A; 4PQH A; 1B48 A; 1FHE A; 3P7X A; 5D96 A; 1LU4 A; 3EIN A; 2HFD A; 2G0F A; 3ERG A; 4IQ1 A; 2F3M A; 1MEK A; 1Z7P A; 1TU8 A; 3KCM A; 3EE2 A; 3SWL A; 4PUR A; 2NBS A; 3F0I A; 4NHW A; 1Y25 A; 2OAD A; 2L5O A; 3QMX A; 3RAZ A; 2TRX A; 2PUK C; 2K18 A; 1FOV A; 4HU7 A; 3U5R E; 3KEB A; 2H66 A; 1XBS A; 6GST A; 5B7C A; 5JCW A; 2DJJ A; 4BL7 A; 4WXT A; 1TP9 A; 5IOX A; 3VI7 A; 4LL1 B; 2X8G A; 3GNJ A; 5DDL A; 4GWR A; 3KTL A; 1SYX A; 3TKP A; 2M80 A; 3APQ A; 4GRF A; 4N11 A; 4HI7 A; 3M1G A; 5IM9 A; 3LYP A; 2M72 A; 2WS2 A; 1S3C A; 2E2M A; 1V58 A; 1SL1 B; 2V6O A; 1KEB A; 4PQ1 A; 1JZW A; 3IA1 A; 5E59 A; 1RQM A; 2V2G A; 1ILO A; 3EVI A; 2ZNM A; 2YN1 A; 3IRA A; 4GCI A; 3C73 A; 3TGZ A; 2YWN A; 2GQM A; 3HCZ A; 4HEA 2; 1WE0 A; 3IK7 A; 3A2W A; 5GST A; 18GS A; 6GSS A; 2N5B A; 2H0I A; 1G6Y A; 4ZB9 A; 4IVF A; 5D9X A; 1GSQ A; 5HR0 A; 4EF0 A; 1XVQ A; 4GSN A; 1EWX A; 2RII A; 4I2U A; 1EOG A; 1ZOF A; 5IO0 A; 1UN2 A; 3ZFB A; 4Q5R A; 2B6M A; 3BCI A; 4MJE A; 1LJR A; 1M0U A; 3D4T A; 3E0U A; 4YAV A; 1VF2 A; 2VO4 A; 3FKF A; 3EUR A; 4K7I A; 1WRY A; 3F8U A; 4ECC A; 2FD3 A; 3FZ5 A; 3C8E A; 3CTG A; 2WRT A; 4NAX A; 1YF1 A; 1OC9 A; 4POM A; 1U88 A; 4HJ2 A; 2LRT A; 3ZRD A; 3F6F A; 1GL8 A; 3GIX A; 4L5O A; 4I5Q A; 5C00 A; 1IYI A; 4L5L A; 1FB0 A; 3EU4 A; 5IMA A; 1G6W A; 1HNA A; 1FVJ A; 3OR5 A; 2L57 A; 4H86 A; 4XTS A; 1YZX A; 4K7O A; 2O85 A; 3UEM A; 1BED A; 1PL2 A; 2N5A A; 2FY6 A; 2P0G A; 1EV4 A; 1A2J A; 4Q5F A; 1S3D A; 2L4C A; 3KH7 A; 1SL0 B; 3UAP A; 1PKZ A; 2WFC A; 3M9K A; 1EOH A; 1GTU A; 2L6D A; 1U6T A; 1U87 A; 3APO A; 4KCE A; 2P5Q A; 4IQA A; 3LEF A; 5HR3 A; 3DVX A; 1ZMA A; 2VAF A; 1B9Y C; 2HXK A; 3Q74 A; 4ML1 A; 3IE3 A; 3LFL A; 2YP6 A; 3TDG A; 1OC8 A; 4IS0 A; 2A2S A; 4MZB A; 3CRU A; 1BX9 A; 3IC4 A; 1V2A A; 3HVS A; 1B4P A; 1K0B A; 2REM A; 3DYR A; 4P3Y B; 1X0R A; 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3L9U A; 2AJQ B; 2HI7 A; 2YV7 A; 3ZVJ D; 3O3T A; 2CVB A; 2QGV A; 1TRV A; 3I6A A; 1F37 A; 3CYN A; 2HRN A; 3UL3 A; 3QPM A; 3HJO A; 1VF1 A; 2F51 A; 3GUS A; 3GKK A; 2YJ7 A; 5H5R A; 2OBI A; 5AGY A; 1MTC A; 4MZW A; 1ABA A; 4G2E A; 2O8V B; 5E4W A; 5IMV A; 4D73 B; 1X5E A; 3TKS E; 1USB A; 1AAZ A; 2YZH A; 2C0E A; 1TI3 A; 3HDC A; 2X8C A; 4XS1 A; 3GN3 A; 2P31 A; 3LXT A; 2MMZ A; 3GST A; 20GS A; 2X8H A; 2CV4 A; 3ZRE A; 1MD3 A; 5IO2 A; 2WGR A; 3F3R A; 1SKS B; 3VI5 A; 4LA1 A; 1PD2 1; 4E8H A; 2R3X A; 1ERT A; 2CAQ A; 6GSU A; 4EDY A; 4E8E A; 5CAX A; 1GLQ A; 3HZ8 A; 4Z7X A; 1A8Y A; 1J08 A; 3ZTL A; 2E2G A; 1HNC A; 4RQR A; 4K8M A; 1S3A A; 1XWC A; 4V2M A; 2IPA A; 2O87 A; 5GAN D; 3HYP A; 4FH8 A; 3RDW A; 3DKS A; 5DCG A; 3WYW A; 2GZY A; 2LJR A; 5B6N A; 3WD6 A; 3A2X A; 4HOJ A; 2XPD A; 3IAM 2; 4PNF A; 1NHY A; 3DD3 A; 1WPI A; 1O7U A; 4IW9 A; 3UBK A; 4JR4 A; 2CX4 A; 4L8E A; 2IFQ B; 3TB2 A; 2ES7 A; 3ME7 A; 1YY7 A; 8GSS A; 3N5O A; 2NVL A; 3ZLP A; 3ZIJ A; 1XPV A; 2GSQ A; 1AW9 A; 5H5S A; 4WR5 A; 3ZL5 A; 5IPH A; 5L71 A; 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