2VL2A

Oxidized and reduced forms of human peroxiredoxin 5
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
162
structure length
161
Chain Sequence
SAPIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGCSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVACLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTSLAPNIISQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Crystal Structures of Oxidized Forms of Human Peroxiredoxin 5 with an Intramolecular Disulfide Bond Confirm the Proposed Enzymatic Mechanism for Atypical 2-Cys Peroxiredoxins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PEROXIREDOXIN-5
molecule tags Oxidoreductase
source organism Homo sapiens
total genus 50
structure length 161
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2008-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2vl2A00
4AJ6A 5C04A 3APSA 3GX0A 2K8SA 3P8WA 4ULXA 2V6OA 1QFNA 2FA4A 3EINA 2YJHA 3HZ4A 5JWQB 1MDIA 4HJ2A 4ISDA 6GSTA 1T4ZA 4XS1A 3US3A 2KP2A 3M1GA 1BX9A 2GQMA 1M0UA 1XWAA 3QDNA 1GSUA 3KEBA 2FUG2 13GSA 5F0GA 3TJGA 2AJQB 1PL2A 2PWJA 3F4SA 2B1LA 4MPGA 1FVKA 2YN1A 3RAZA 4WEYA 2PBJA 1H4OA 3P2AA 7GSSA 4HU9A 1OAZA 2H1DA 3D21A 2H70A 4IHUA 2IPAA 3GUSA 1PD21 2O85A 4ZIJA 3N5OA 2GZYA 1FB0A 2GZPA 2B1KA 3TGZA 1TTZA 1G7OA 4GSTA 3WD6A 2A4VA 2V41A 2L59A 1PRXA 1GUKA 2I1UA 3TB2A 2GSTA 4ML6A 1TJDA 3QFAC 1EP8A 3UVHA 3RPNA 5ELGA 2DJ3A 1DSBA 2RIIA 3TJBA 4IS0A 4IJIA 1SENA 1QQ2A 4EDYA 1ZGNA 3KIJA 1T00A 4KAEA 5HR2A 5F8BA 1FB6A 4ZL7A 2K9FA 1WIKA 3VPQA 1F2EA 3VI7A 5ECNB 2FWHA 1Y25A 4EF0A 3DMLA 4K1FA 1VF3A 3LORA 4WF4A 4MABA 2VIMA 2QGVA 5DBQA 4K7IA 1E2YA 1URMA 3ZTLA 1WP0A 3UOMA 1WWJA 2PUKC 3TRPA 2X64A 1FAAA 1ILOA 5EVOA 1ML6A 3HYPA 2MBSA 3GN3A 2I81A 2QSIA 2XC2A 1X9SB 4XRAA 4G19A 2YWNA 1TK8B 3GX8A 1WOUA 4EUYA 6GSSA 3CSIA 3E9JB 5D9XA 1U6TA 2PERA 3FKFA 1N8JA 1EGRA 1PGTA 1SD9A 2CVKA 4MPFA 1F9MA 1FVJA 2VO4A 1GTIA 1DBYA 2HZFA 4PX1A 4H86A 1BYEA 2B7JA 3FZAA 1DE1A 4GRFA 5IPHA 1PX7A 2DMMA 1SL2B 4TR1B 4KDXA 3IHQA 3EVIA 2GT6A 4HOJA 2RLIA 4AF2A 1B9YC 4KSMA 3NOFA 2H6ZA 3IE3A 3EWLA 5LNKe 1ZZYA 2XPEA 2YJ7A 2VAFA 4AGSA 3FR3A 1B8XA 6GSUA 4HEA2 1O7UA 4V2NA 3DXBA 3LWAA 1AQXA 2I3YA 3IK9A 4HZ4A 4BA7A 1SKSB 4JU5A 5G1LA 1KBNA 2C0DA 4J2FA 2X8CA 3KCMA 2LV3A 4ECIA 3FR6A 3D4TA 5HR0A 2B5EA 4TW5A 2TRCP 2WGRA 1ZMAA 1QXHA 2IMDA 3KJYA 4N30A 5J4UA 5IMCA 2WJUA 1PN9A 4NPBA 4FYUA 4RQRA 3VPTA 2CV4A 3VURA 3ERGA 3IV4A 3G9BA 1FOVA 3QPMA 5DAKB 3EMPA 3GKXA 4BWSA 1YF0A 5ECSA 4ZBDA 1XWCA 3HKRA 4JE1A 3TKSC 3EYTA 4JR4A 1A8YA 3QFBC 4POLA 3ME7A 3UAPA 1A24A 3GV1A 3F6DA 4BPYA 2PU9C 10GSA 5ECQB 2ZUPA 2FGXA 2B7KA 2FNOA 4N0ZA 3MNGA 1M2DA 2H6YA 5D9TA 3U6VA 3D22A 4XTSA 1TI1A 2R4VA 3CRUA 3BCIA 3BJ5A 1USBA 1YDKA 3VFIA 2VCZA 4V1Ap 5ABRA 4K7NA 1JZDA 5C00A 2LJRA 2KLXA 3VWXA 19GSA 1OC9B 2HSHA 4AJ7A 4YAPA 4DSSB 5KN0A 5DJLA 3CSHA 3RHBA 1O73A 2H71A 4MJEA 4E8HA 3MDKA 4LMVA 1IYIA 2VD0A 4TR0A 4HDEA 4MZCA 1EZKA 4TN8A 1O6JA 2NBSA 1MDJA 5AIXA 1SJ6A 3QCPA 4ILFA 3UBLA 2VLVA 3RHCA 1T1VA 5GZZB 3L9SA 3IK7A 1S3DA 2KUCA 2GSRA 3LEFA 1MTCA 3ZMLA 2FD3A 4KDYA 4PQ1A 2VD1A 2OKAA 1K0CA 1XOAA 2XBQA 1Z7PA 2DIZA 2WFCA 2CVDA 2LQOA 4MA9A 3W8SA 4GXZA 1HNBA 5HR3A 1SYXA 3D4MA 1A2LA 3GRXA 14GSA 3LQ7A 2BMXA 5IMAA 3ZREA 1UN2A 1B4PA 5DALB 2MYGA 3HVXA 3ZFBA 2O8VB 4FO5A 2E2MA 1XCCA 1TK0B 1K0OA 2DJJA 1ON4A 3FZ4A 2PPTA 3QOUA 2HZEB 4NV5A 4OFNA 4FIWA 1NHOA 2LQQA 4XS4B 2P5QA 5JWRB 5ECIB 4BWQA 4X0XA 5GSTA 1K0DA 3RBTA 1GUMA 3G7YA 4KCEA 1X9MB 6GSWA 2WB9A 5DVBA 4IKHA 1X0RA 1YY7A 5JCGA 3DRNA 5FHIA 2JADA 3TJFA 2P5RA 3L78A 2WRTA 4ZBBA 1SU9A 2NTOA 4CW9A 1Z7RA 2CT6A 4K9ZA 4LMWA 1TDIA 4L5LA 1THOA 4ECBA 3P90A 1EP7A 2H0IA 1GSEA 4KUNA 1N2AA 1GSSA 1Q4JA 1WRYA 3HVVA 1SJZA 4K2DA 1TI3A 3KMNA 4ECCA 1K0AA 1JLWA 1R4WA 1LJRA 1A0RP 2R6KA 3TJJA 3ZITA 2V6KA 2HYXA 1PKZA 2VUPA 3EC3A 1V98A 1BQ7A 3A2VA 1GTBA 2H73A 1DE2A 4K0NA 5D8IA 1GWCA 4EL1A 4K6XA 3D6IA 5A4UA 4LL1B 5D93A 2VLTA 2X8GA 5ELAA 1PQNA 4GQFA 2PN8A 4N10A 1IYHA 1PKWA 4F2IA 4OFMA 1SK0A 5HQPA 5ECLB 1VF2A 5FT3A 1A2MA 4GSSA 4IELA 4LA1A 3TOUA 2KOKA 4XRDA 5DQSA 2TIRA 2OE1A 2L5OA 2WULA 1OVNA 2L6CA 1U87A 2GLRA 1KEBA 4ML1A 4O5RA 2F9SA 1ACVA 3GTUA 4NWYA 4Q5RA 3KP8A 1T4YA 3CXGA 4IJ3A 2AB6A 3ZYWA 1TK5B 2EC4A 3WGXA 2M72A 3F4TA 1J0FA 2AHEA 2B3SA 5CNWA 4F0BA 2CAIA 5A4VA 1M7TA 1TRUA 5ECPB 2E0QA 5ID2B 4FYCA 5INYA 3KZQA 1WJKA 2LRTA 5J41A 2DJ1A 3TKSE 3TUEA 2C3QA 5IMZA 3KP9A 4EKZA 1HNCA 5J9CA 3L4NA 1T3BA 3ZVJD 2QKEA 9GSSA 4EDZA 1FW1A 3UIWA 4F0CA 4NXIA 3BD2A 2MMAA 3HA9A 1ZL9A 3FR9A 1TU8A 1PL1A 2PVOC 3TDGA 2VL2C 4P3YB 1THXA 3AY8A 1EV9A 2H8LA 4KGIA 4MMMA 4MJCA 3D5JA 4MZBA 4O7HA 4K8MA 4OO5A 4OMVA 1EV4A 5JCWA 4YH2A 1FO5A 1WE0A 8GSSA 2OBKA 5KN2A 5AGYA 2CAQA 4GSNA 5DAKA 2G2QA 2RUEA 3C1SA 1XVQA 2DLXA 5J3RA 4WBJA 3GA4A 1HD2A 3GH9A 4IW9A 2L4CA 3LG6A 5FWGA 4KDUA 3DYRA 4ZBAA 2GSSA 4BL7A 2CX3A 2LUSA 2YPMA 16GSA 5G2ZA 1QMVA 2H75A 1O85A 2N5BA 1NSWA 3MAKA 3ZVJA 4N11A 4AJ8A 2LJAA 2LTKA 2AV4A 1B9XC 3CTGA 1R7HA 2WZ9A 3QD9A 3KMOA 4HQZA 2DJ0A 1EEJA 4POBA 1HQOA 2C4JA 4I8BA 3F63A 4KB3A 1OC9A 4FH8A 3A3TA 5G5FA 4DSSA 3O76A 2P0GA 2M46A 2P31A 3ME8A 4EE0A 2OA7A 4WETA 3LGCA 3LJRA 2PMTA 3ZL5A 4JZQA 4F9ZA 3M0FA 3FY7A 4JR6A 22GSA 3GMFA 1QGVA 3CTFA 2XHFA 1Z6NA 4MF6A 5LD0A 1GLQA 4OO4A 2F3MA 1PMTA 4DVCA 1WMJA 2H76A 3WT2A 2VOCA 3GL3A 4WBRD 4LL4B 4TXOA 1AUCA 1I9DA 3V1WA 4TXVA 1AXDA 2FY6A 1XOBA 3ZRDA 2CX4A 3CRTA 2FA8A 1OE8A 1R5AA 5DDLA 2YANA 1K0MA 2Z9SA 4IP6A 2CA8A 1GTUA 2GGTA 2V32A 2GT5A 2JZTA 3EE2A 2HSYA 4EC0A 3HHVA 1VGLA 1QUWA 3IBHA 1YKCA 4MCUA 2CZ3A 4GLTA 3WGEA 1F37A 1PA3A 1XIYA 2ALBA 1JFUA 3HY2A 1RW1A 5AISA 2LNTA 2H66A 4BVXA 5IMVA 2IIYA 2HZEA 5EY6A 5IO0A 3UMAA 1G6WA 2A2SA 4V2LA 3UARA 4WR4A 3TOTA 1V2AA 4IBPA 4WKWA 2FWEA 2A2RA 4ID0A 4PGTA 2K6VA 4L5OA 4PQIA 4ZB6A 3FEUA 3WT1A 2F8FA 5JWOB 2ES7A 1J9BA 3VLNA 1X5EA 5HFKA 5CRDA 1ZOFA 1RQMA 4ZXGA 4DSRA 4PXOA 4NHWA 4TOPA 1V57A 1SL1B 3HVSA 4KA0A 4EXJA 2L4QA 2HT9A 3GSSA 1ZCPA 2C0FA 4HI7A 2IJYA 3TRQA 2EIQA 4PQHA 4MP4A 2LRCA 2OACA 3FYGA 3DKSA 1GSQA 2RM6A 1A2JA 3GKMA 2GTUA 5CYYA 3TRXA 3M8NA 1GSFA 1SJIA 1XWBA 2DC5A 1J08A 5KEJA 2E7PA 1TP9A 3G7IA 2O7KA 3H93A 3C8EA 3KM6A 2R2JA 1JHBA 3P7XA 3HCZA 4MK3A 4IN0A 2D2ZA 5A5KA 1W4VA 2B5XA 2DBCA 5B8BA 3WYWA 3LXZA 4CDOA 5G5EA 1VF1A 3PH9A 3CYNA 1KTEA 3HXSA 4MLYA 1OKDA 1GSYA 3F0IA 3RPPA 2VCXA 4K0GA 3ZIJA 1U3IA 2K8VA 1U3AA 4IQ1A 4F82A 1T8EB 3E0UA 2VM1A 1OYJA 3TJKA 3EU3A 1CQHA 1OC3A 2RUFA 4JRRA 4O92A 3N9JA 1F3AA 2LJKA 4D73B 3F4RA 3RDWA 1DUGA 4JEDA 3G7JA 2X99A 2KP1A 3F8UA 5HR1A 4HS1A 1M9BA 4JBBA 5ID2A 5F05A 1B4QA 1ERWA 4I2TA 2OJLA 4WF5A 4QQ7A 11GSA 1CQGA 5H5SA 1TKDB 3HJPA 2H19A 4YAVA 4KCAA 1X9WB 4J57E 2CVBA 1XVWA 1Z3EA 3F3QA 3Q6OA 2JSZA 4I97A 4OWYA 2H01A 4X1UA 2AUVA 2MMOA 3BOAA 2FCHA 4YQMA 2C0GA 2YCDA 2GQKA 3R2QA 2ON7A 2LSTA 2GQLA 1O8WA 2VCVA 1A23A 2H30A 3BCKA 1GLPA 2EIOA 3LSZA 1NW2A 5J5NA 3EURA 2VM2A 2VL9A 1V9WA 3UEMA 4XCSA 4MZWA 2HRFA 1MEKA 5HFIA 1UC7A 3IXRA 5ECRB 3GH6A 5CRWA 3ZLPA 2B5YA 5IOXA 4NMUA 2IN3A 1ABAA 1VF4A 2LEGA 3Q74A 1ERTA 2HNLA 3LXTA 3H1NA 2FHEA 1JLVA 2IWTA 4ECJA 4DEJA 2YOIA 1G7EA 1Z9HA 5H5RA 1EGOA 2EIRA 4ZL9A 3VK9A 1Q98A 5B8AA 5AIVA 3GHAA 1K3OA 1SKWB 3GFKA 3J7Yk 3HD5A 3DGQA 4POKA 4X43A 1K3YA 3UL3A 1MD3A 5ECHB 1GTAA 1G0TA 4G10A 5DQYA 1NHYA 1SK1A 2JACA 3C73A 3KTLA 2ZCTA 4WXTA 3ZMKA 2XBIA 4YQUA 1ST9A 2YWIA 2IFQB 3W6GA 1XW5A 1A0FA 1O8XA 2ON5A 2YV9A 4XS6A 5F06A 1YQ1A 3JCML 3EMXA 1YF1A 3MWHA 4RI7A 1S3AA 3FHKA 5KN1A 2M80A 4TR1A 4HQSA 5IO2A 4MH3A 2H0GA 5J9BA 4OD7A 3L0HA 2XPDA 2LKUA 4HJMA 2L57A 1SK2A 1HYUA 4PNGA 2F51A 3GURA 2GDRA 3IDVA 4FYBA 3IAM2 1H75A 3D0ZA 1QK8A 4QL7A 3FZ9A 1GNEA 4XHMA 5COHA 1BAYA 1ZYEA 2GVPA 1OC8A 3E3EA 3LYPA 5IM9A 2YZUA 3GNJA 5AN1A 5D96A 4Q5QA 3VWUA 3KXOA 4IVFA 2VCQA 4ZL8A 3M9JA 2IMKA 3KTBA 3PGTA 4GQCA 1XBSA 4YQVA 1JZWA 3TKRA 4EO3A 1Y6EA 4XIHA 1W89A 1YJ6A 3DD3A 4G2EA 6GSVA 3QAWA 1RK4A 2IMIA 5B6MA 2YZHA 2J9HA 3IC4A 2I4AA 2H1GA 2H72A 3WGDA 1AQVA 1SL0B 5EPFA 1F6MC 1YZXA 6GSYA 5L71A 2H1AA 6GSXA 1X5CA 1AQWA 2PGTA 4TKYA 4TR3A 3DVXA 5DCGA 4G9HA 1GP1A 1XZOA 1UVZA 4GWRA 5D73A 1K0BA 2WS2A 4F03A 1K3LA 2OE3A 1EOGA 1M9AA 3HDCA 2GZZA 5GAND 5KN3A 4KSOA 4PUFC 4L0WA 3QR6A 3ED3A 2REMA 20GSA 2MBTA 4N0VA 1ZYQB 3FK8A 3GTUB 5CO3A 1UA5A 3U5RE 5IQYA 1C72A 2JU5A 3GSTA 2DSAA 5ENUA 5G31A 2YWMA 1AW9A 1JZOA 3IOSA 1OE7A 1XXUA 2NPBA 3KD0A 2IMFA 2JZSA 4CHSA 2LRNA 2DJKA 1AAZA 1FHEA 3C1RA 4MF5A 2DMLA 2OBIA 2MMZA 2BJXA 2R5GA 3SBCA 5A4WA 3IA1A 3LYKA 5DALA 5JCUA 4K7OA 4DSQA 4NAXA 1YKAA 4ZB9A 4E8EA 3A2WA 5HFGA 1EWXA 2IMEA 3Q18A 2HXKA 2HLSA 4D73A 3TKPA 3L9VA 1V40A 2R3XA 4XS4A 3M9KA 2AAWA 3VWVA 1O81A 2GSQA 4Z7XA 1YEXA 1TOFA 2MZCA 3W8JA 3NIVA 2YP6A 4GCIA 1GL8A 3HZ8A 2O87A 1R5PA 2AYTA 3DWVA 4O32A 2N5FA 1R26A 5EL8A 2QC7A 1FG4A 1XWGA 1GULA 1B48A 4TVEA 1PX6A 5ECOB 2VCTA 1X5DA 2F8AA 4L8EA 4KX4A 4MF7A 2C80A 3O3TA 3A5WA 2O89A 1XWKA 1ERUA 1S3CA 2C1YA 5IIZA 3S9FA 5IOWA 1MD4A 2WCIA 3H79A 4L0UA 5ECKB 2L5LA 1EEMA 4LLRA 3ERFA 4MJAA 4ZB8A 2H74A 3KH9A 2WDUA 2V1MA 3PR8A 4I6XA 3VWWA 4Q5NA 3F9UA 4J56E 3UJ1A 1ERVA 2YWOA 2HFDA 1SD8A 3UVTA 2B6MA 18GSA 1AIUA 5GSSA 1HNAA 4RQXA 5G30A 5CREA 1TRWA 1XW6A 4RI6A 2FWGA 5IMFA 2KHPA 1TW9A 2H1BA 4POMA 5DCHA 2YNXA 2PVQA 3VI5A 3ISOA 2LNSA 1YEPA 3EU4A 4HZ2A 2HI7A 2VCWA 3C71A 2VL2A 3Q19A 3KGKA 3QAVA 12GSA 3OR5A 5GAPD 1WPIA 3I6AA 4IP1A 4I5QA 3ZZXA 4ZILA 1GUHA 1Z6MA 3L9UA 5E59A 4NHZA 2IL3A 5DJMA 2C8UA 2HE3A 3GYKA 3F6FA 4TXOB 5H5QA 3I43A 1SYRA 2RM5A 1G6YA 3FZ5A 3M3MA 4PURA 2L6DA 2LS5A 2ZNMA 3J7Yb 2N5AA 1BEDA 5CRGA 4V2MA 1NM3A 4KE3A 3DEXA 3QMXA 2IFQA 4IGJA 4MH2A 1GSDA 3BBYA 3KH7A 1T7PB 2HRNA 2NVLA 1AC1A 1F3BA 4PNFA 4PUAA 2C3NA 5IPGA 2OE0A 1V58A 3HJOA 3H8QA 1SKRB 3IR4A 3PINA 2CZ2A 1PSQA 2J23A 3DVWA 3GKNA 3IRAA 4HU7A 4RUVA 2TRXA 5CAXA 3CBUA 3K8NA 3A2XA 1XFLA 5G1KA 3IAS2 1A8LA 2H6XA 4MJBA 2OADA 3GIXA 3FW2A 4ACSA 1JZRA 2V2GA 3QAGA 3APQA 3HJMA 2NDOA 2R37A 5E4WA 1TXXA 4BVYA 3I69A 2VLUA 1LU4A 2BTOT 3UBKA 4I2UA 3TKQA 2JL4A 1K0NA 1GRXA 4TR4A 4V1Ag 3ZIVA 3SWLA 4GF0A 1TU7A 3FRCA 2H0HA 2CQ9A 4KNDA 5B6NA 1I5GA 3I9V2 1BJXA 1MDKA 1OKTA 4Q5FA 4OCFA 3CSJA 4OFTA 5B7CA 3APOA 3GL5A 3CMIA 4HUAA 1U88A 3LFLA 1GH2A 3IPZA 2FWFA 5IMDA 4QL9A 4KW6A 3H4KA 1M2AA 2JSYA 2JZRA 3ERWA 2C3TA 1GNWA 3TCOA 4EVMA 5D9WA 3ZFLA 1XPVA 2VL3A 2DJ2A 1BG5A 2C0EA 5ECMB 5CRHA 4KH7A 3DIEA 2G0FA 2I9HA 1M2BA 2DIYA 3C7MA 5F07A 4TRXA 1TRVA 5LCZA 5CP1A 1Z5YE 4IQAA 1EOHA 3O6TA 1E6BA 1KNGA 4MDCA 3TKSA 1TRSA 3MSZA 2FLSA 1M99A 4OCEA 5D9VA 2MMNA 3GKKA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
How to cite