1TK8B

T7 dna polymerase ternary complex with 8 oxo guanosine and damp at the elongation site
Total Genus 27
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
27
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords 5'-D(*CP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*
publication title Structural basis for the dual coding potential of 8-oxoguanosine by a high-fidelity DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t7
molecule tags Transferase/electron transport/dna
total genus 27
structure length 105
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1tk8B00
3KD0A 3CRTA 2B1LA 5GSSA 1NHOA 2IFQB 1K3YA 2DJKA 3HVSA 5IMZA 2C0DA 2MYGA 3D5JA 1TK8B 4ECJA 1GSQA 2N5AA 4KDUA 1SKSB 4MF5A 2VM1A 5F05A 2K18A 9GSSA 1OKDA 2X8GA 3M9JA 4I97A 3WT1A 3ZVJD 3ZMLA 1F9MA 3GURA 1AW9A 2M72A 3ZRDA 1ERTA 1PL2A 1XWGA 3QOUA 4YAPA 4D73A 8GSSA 4K7OA 3KMOA 1R5AA 1Z3EA 3H8QA 1XIYA 5HQPA 3LGCA 3IDVA 3F9UA 3ZMKA 2X99A 5EY6A 4PQIA 5DCGA 2P5QA 3I9V2 2K9FA 1TRSA 1T8EB 4JRRA 1K0MA 2CA8A 1WWJA 2REMA 3C1SA 2LV3A 2P31A 1K0CA 3EURA 2AHEA 4PQ1A 5ABRA 1PSQA 2LRCA 1FB0A 4XS4B 1UC7A 5ID2A 2F3MA 1B4QA 3RHCA 1V2AA 10GSA 2LTKA 2DMLA 1TJDA 1URMA 1O6JA 1GSUA 3TUEA 3WYWA 3DWVA 2FWHA 2JSYA 2WS2A 4OFMA 3TDGA 4PURA 3QPMA 2JZSA 2IMFA 3QD9A 1TRVA 2OE1A 4XHMA 2VCTA 5INYA 3LYPA 2JU5A 2D2ZA 4N0VA 5D8IA 4AGSA 4KW6A 4MZWA 1VF3A 4DSQA 2L59A 1S3CA 1FVJA 3IRAA 3F63A 2HI7A 3GSTA 4LA1A 3GHAA 3D6IA 1TTZA 2MMNA 1SKRB 1TP9A 3WGDA 2O89A 1DE2A 4ZL7A 5EVOA 5G1KA 1EP7A 1J9BA 3HA9A 1XW5A 3VWUA 2GT6A 3GL5A 1HNBA 3IE3A 2CVKA 4POMA 4BA7A 1ABAA 2PPTA 1A2MA 2CVDA 2ON5A 3KTLA 5CRDA 1X5EA 5J5NA 1F3AA 4YQUA 4PQHA 1K0OA 4GTUA 5KN3A 2GDRA 1TKDB 1LJRA 4ZBAA 2DMMA 1EWXA 3IAM2 3DVWA 4TR0A 2YV7A 1YZXA 2PN8A 1Q4JA 5KN0A 2QKEA 1E2YA 5A4WA 3QFBC 5KN2A 4V2LA 2EIQA 3RBTA 3HKRA 3TOUA 2PMTA 2FNOA 2PVQA 2GSQA 2LS5A 4Q5FA 3VI7A 4HS1A 5A5KA 3A3TA 3FKFA 1S3DA 4K7IA 1TU7A 2O8VB 1GP1A 4V2MA 4HU7A 3QAVA 2BMXA 4X1UA 3KCMA 1PX6A 4EDZA 5DQYA 3ZIJA 3VURA 4F0CA 3QDNA 5ECKB 2V6OA 3IPZA 3HJOA 4O92A 1WIKA 3TKQA 3UJ1A 3ZFBA 1AQWA 1USBA 5DVBA 3CXGA 2GQLA 1CQHA 1O7UA 4IBPA 2HFDA 2YCDA 3GKXA 1JLVA 3D4MA 2CAQA 20GSA 2HZEA 4LLRA 1XCCA 4OWYA 4GSNA 1Z6MA 5ECSA 3TB2A 3ZITA 5FHIA 2P0GA 3A2WA 4TXOA 2IWTA 5DAKA 5L71A 4K1FA 3LEFA 1V57A 3RDWA 5ECQB 3LSZA 4RQRA 3DEXA 3LJRA 3TJFA 4X43A 1QQ2A 4BVYA 2R5GA 2GQKA 3IR4A 3OR5A 2AV4A 3FR3A 4N30A 4IP1A 2FY6A 3VI5A 2IMDA 2VD0A 5HFIA 4K0NA 2H66A 2HSHA 4ECCA 4TR3A 3EE2A 2RM5A 2VLTA 2F9SA 3TKPA 1Z7RA 1KBNA 2YZHA 5IOXA 5ECIB 4POBA 1K0NA 4KAEA 2VL3A 3HY2A 4ISDA 2VLUA 3GKMA 2LEGA 2H1BA 2F8FA 1U6TA 4HOJA 2K8SA 3GTUB 4G19A 2PWJA 5E4WA 1JZWA 1XW9A 2NDOA 2L6CA 1GULA 3L4NA 5ECPB 1AQXA 3H1NA 2DLXA 4EF0A 3APOA 3BD2A 2C8UA 4I8BA 1XVWA 4HQSA 1LBKA 3LWAA 4MDCA 1K3LA 4ZBBA 3P90A 2A2RA 3HDCA 1TI1A 1TXXA 2VCQA 4ZL8A 3FRCA 1EP8A 1R4WA 2ES7A 4L0UA 4O7HA 2MBSA 4K0GA 2DJ1A 1THOA 4HU9A 4N11A 1EGOA 1PKWA 3TOTA 2O7KA 2OBKA 2GSRA 1AIUA 6GSYA 4KUNA 3ED3A 2XPEA 2LJKA 2WZ9A 1G0TA 6GSVA 2VOCA 3P2AA 2HZEB 1M2DA 4K6XA 3WGXA 2H19A 3TJKA 4F82A 1JZRA 4H86A 3GH9A 3FZAA 5ECOB 2VO4A 1Z9HA 3LYKA 1X9WB 4MJBA 1T4ZA 3PR8A 2MBTA 3HCZA 4MP4A 3HXSA 1M2AA 1NW2A 1XBSA 2KOKA 1MDKA 4POLA 3P7XA 4OFNA 1GL8A 2VAFA 1XOAA 5IPGA 5DALA 1H75A 2X8HA 1SKWB 4F2IA 1O8XA 4IQ1A 2B6MA 1B9XC 3GMFA 3BOAA 4KX4A 1TI3A 4ML1A 3GX0A 1G6YA 3KEBA 5HR0A 1T7PB 4RI7A 3ERFA 3IV4A 1IYHA 2N5FA 1V9WA 5KN1A 3RPNA 4F0BA 5J3RA 4IKHA 3IHQA 2RM6A 4GWRA 4GF0A 3IK9A 1BQ7A 3GKKA 3LG6A 1PN9A 3GUSA 2HYXA 5CAXA 4HI7A 3EU3A 1ERUA 2VCWA 2XHFA 4ML6A 1GSYA 4EKZA 3BCIA 5IOWA 4I2UA 1ACVA 1WRYA 3HJMA 4JBBA 4WBRD 1EV4A 1EEJA 1A2LA 5COHA 1R5PA 4HJMA 4EXJA 2FWFA 5KEJA 3J7Yk 4MJAA 1ERVA 1I9DA 2EIOA 3QFAC 4BPYA 2V32A 3ERGA 2GSTA 3GNJA 4ZB8A 5CRWA 1ML6A 4ZBDA 4WETA 4TXVA 1R26A 4J56E 2IN3A 4NPBA 4HZ4A 3TGZA 2EC4A 2VCZA 3GH6A 2H01A 2IIYA 3S9FA 4WXTA 3F8UA 3TKRA 6GSUA 1VF2A 2FUG2 4G2EA 4LMVA 4GLTA 1Y6EA 2H1AA 3BBYA 1FVKA 2H0HA 3CSIA 2ON7A 2LNTA 3KP9A 1PQNA 3FK8A 1RQMA 1YEXA 1Z6NA 3WD6A 1ST9A 1UN2A 2OE3A 1OE8A 2R37A 2GZYA 4IJ3A 4TR1A 2YJHA 5J4UA 2NTOA 4JEDA 2GTUA 4EDYA 19GSA 4KDXA 4OMVA 4QL7A 5HR2A 3DVXA 2LSTA 3C71A 5B8AA 1OAZA 2J9HA 2TRXA 5H5SA 3KH9A 3O6TA 3VLNA 3UVHA 1ZZYA 2HSYA 1GSEA 4MJCA 4HUAA 3GRXA 1SK1A 4FYUA 2I3YA 1SJZA 2WFCA 4PUAA 5F0GA 3NIVA 1SU9A 3VFIA 4AJ8A 2TIRA 1U3IA 1DSBA 1JZOA 2VL9A 2XPDA 2VUPA 2JZRA 4KCAA 2RUEA 5B6NA 1GRXA 1B48A 2H1DA 17GSA 2WCIA 4YQMA 4Q5QA 1GUKA 1E6BA 1O81A 3HVXA 4QL9A 1FO5A 5LCZA 3TKSA 4KB3A 1HD2A 5JCGA 3QAGA 2DJ2A 2CAIA 3E0UA 1VF1A 4TKYA 1BJXA 2C1YA 2JADA 2MZCA 3HYPA 5AN1A 3EU4A 2LKUA 4G9HA 3N5OA 5ECNB 4MPGA 4JR4A 1GNEA 3FR9A 1JZDA 1YKCA 5IO2A 2ZCTA 5ECMB 1LU4A 3I43A 4YAVA 1SK2A 1XWKA 5G5FA 4TR1B 2DIYA 3HD5A 5FT3A 2E0QA 2WDUA 4FYBA 2VIMA 4XS6A 4ULXA 2JZTA 1HYUA 3LXTA 3DGQA 3I69A 1QUWA 3VWXA 3C7MA 4D73B 2C0FA 2LQQA 2MMZA 3IXRA 3UBKA 1AQVA 2B3SA 3DYRA 1M9AA 3WT2A 3UVTA 5IO0A 2GS3A 5IMCA 2YWOA 3GN3A 2M46A 2R4VA 5D9XA 4EL1A 3CRUA 1OVNA 2XBIA 1KTEA 3O76A 3APQA 1Z7PA 5GAND 3ME8A 5G5EA 4WKWA 4WR5A 2GVPA 3M1GA 4ZB6A 4XS1A 1I5GA 2N5BA 4I5QA 4NAXA 3UIWA 4TVEA 1JFUA 1YY7A 2C0GA 5ID2B 2BJXA 1YDKA 3ZTLA 3LORA 1XOBA 4NHWA 1GUHA 12GSA 2CV4A 4DVCA 3VWVA 1T4YA 2R3XA 2TRCP 4PUFC 3CSJA 1X9MB 2CQ9A 3UARA 2FA4A 4DEJA 3A2VA 2MMAA 2OJLA 2GZZA 3F3RA 1XWAA 1MTCA 1GNWA 5CNWA 2FHEA 5DJLA 3QCPA 3KTBA 1EEMA 3PH9A 1FHEA 1K0DA 4BL7A 5EL8A 4XIHA 2DJ3A 1PD21 2H0IA 1GSDA 5ECLB 3CTGA 4DSRA 1V40A 2H75A 2IMKA 4RUVA 1EZKA 4HQZA 4K7NA 4NV5A 2WJUA 3Q74A 3ERWA 4ZIJA 2IJYA 2IPAA 4MJEA 3GFKA 1MDJA 1TOFA 4QQ7A 4OO5A 3FZ9A 1DE1A 5H5QA 3QAWA 2G0FA 3UEMA 2YOIA 4J57E 3LXZA 3TKSC 3I6AA 4JR6A 4F9ZA 3E9JB 4HEA2 2RLIA 2OBIA 2LUSA 2E2GA 5G1LA 1WOUA 1GTIA 4GSSA 1O73A 4N10A 3EINA 3ZVJA 5GSTA 1MEKA 3Q18A 1PRXA 4L8EA 1WJKA 1GSFA 4WBJA 2YPMA 4J2FA 3SBCA 4ECBA 2YV9A 3SWLA 2OADA 1S3AA 2V1MA 3FZ4A 4EUYA 1ZMAA 1QGVA 13GSA 4IHUA 1TRUA 1AUCA 3ZIVA 5IPHA 2J23A 3GIXA 5CYYA 1SD9A 4EVMA 4XRDA 3TKSE 3QR6A 4PGTA 3BCKA 2PBJA 2C0EA 3F6DA 3MNGA 1SL1B 4Q5NA 1YEPA 1MD4A 4MMMA 3TJBA 4JE1A 1ERWA 1NSWA 4YH2A 2H76A 1FG4A 1YF0A 3HHVA 1QXHA 5JWQB 3F4TA 5H5RA 3R2QA 4O5RA 2RIIA 1Y25A 3CMIA 3D4TA 2XBQA 4PNFA 4TXOB 5DAKB 3F4RA 6GSWA 4BVXA 1GUMA 4KH7A 4NV2A 3W6GA 3TJGA 1PA3A 3CSHA 4IVFA 5HR3A 2C3TA 2HNLA 3D22A 4MF7A 1M7TA 4OO4A 3KJYA 3HVVA 3KIJA 1M2BA 3WGEA 1OC8A 5J41A 1OE7A 4NXIA 6GSTA 3GKNA 5AIXA 1TDIA 1SD8A 4LL4B 2H0GA 4FIWA 4I2TA 2RUFA 1TK5B 1F3BA 3FEUA 5LNKe 3G7JA 4IQAA 4ZB9A 3ZL5A 4V2NA 1WPIA 4ID0A 2CZ3A 2DIZA 5HR1A 2CX3A 5IMFA 1QK8A 2EIRA 4NMUA 3KXOA 3C73A 2WB9A 1BAYA 4N0ZA 2DSAA 1SL2B 2OKAA 4G10A 1V58A 3EC3A 5B8BA 3FZ5A 1GH2A 1SYRA 1XWCA 1OC9A 2XC2A 4L0WA 1W89A 4YQVA 1JLWA 2K8VA 3L9UA 4TRXA 1A8LA 4TN8A 5IMVA 4MZBA 3VPQA 5F8BA 4GRFA 3GV1A 2VLVA 4AJ6A 1HNAA 4DSSA 2JSZA 4TW5A 4MH2A 5IQYA 3F6FA 1C72A 3IOSA 2HT9A 2DC5A 2CX4A 11GSA 2AYTA 1SENA 3TRXA 5AIVA 4OD7A 3DRNA 2A4VA 1PL1A 5F07A 2NBSA 4FO5A 1VGLA 1QMVA 2FWEA 1M99A 4WR4A 2I1UA 2O87A 4TR4A 3F4SA 2F8AA 3HZ8A 1A0FA 3H4KA 4ZILA 1XWBA 5E59A 1U87A 1SL0B 1HQOA 1K0BA 2OA7A 3W8SA 1J0FA 4IW9A 5EPFA 1F37A 2YN1A 1EV9A 7GSSA 3ZLPA 1TW9A 4OCEA 2F51A 5ECRB 3CTFA 3H79A 4MPFA 1XPVA 2HRFA 5ENUA 3ZYWA 5GAPD 2B5YA 4AJ7A 1YF1A 5DALB 4FYCA 2GT5A 4K2DA 1A24A 5A4UA 2YJ7A 3C1RA 2YWMA 5CP1A 4PXOA 5F06A 3MAKA 4WEYA 1OC3A 1N8JA 3US3A 3ZREA 1QFNA 3KH7A 2H70A 2VCXA 2P5RA 1UVZA 5C00A 1V98A 5AGYA 5AISA 2AB6A 4MCUA 3U5RE 1YKAA 3M8NA 4E8HA 1OC9B 2IMEA 4NHZA 3DIEA 2L57A 2LNSA 3K8NA 3V1WA 4PX1A 5DQSA 4DSSB 4EE0A 1B8XA 1HNCA 1ON4A 4KSMA 3N9JA 5CRHA 3GSSA 2FA8A 3VPTA 3NOFA 2IMIA 1FW1A 6GSXA 2L4QA 2KHPA 2AUVA 4XRAA 3M9KA 3NZNA 4MZCA 1PGTA 4RQXA 4KGIA 3VK9A 2QC7A 4CDOA 2LRTA 1DUGA 1DBYA 1TU8A 1GSSA 1G7EA 1ILOA 1AXDA 2CT6A 2CVBA 1GTUA 3L78A 6GSSA 1ZYEA 3MWHA 1SJ6A 2H30A 1ZCPA 1Q98A 2HRNA 5JWRB 2OACA 1UA5A 3FYGA 4MLYA 1EGRA 1KNGA 22GSA 1THXA 3APSA 3D0ZA 2IL3A 16GSA 1X9SB 5DDLA 3UBLA 1FOVA 3FY7A 4FH8A 5DCHA 1PX7A 5D93A 4CW9A 1B9YC 5D9VA 2B7JA 2QGVA 3FW2A 3AY8A 2G2QA 4KA0A 3IA1A 3DXBA 2VD1A 3UL3A 1U3AA 2H6ZA 1JHBA 5D9TA 3Q6OA 3L9VA 1AAZA 5JWOB 2V6KA 2NVLA 1N2AA 2HLSA 2C3NA 2FD3A 2OE0A 2H8LA 1M0UA 5D96A 4MF6A 4RI6A 3BJ5A 3ZZXA 2YANA 4JZQA 5DJMA 2AAWA 2DBCA 4CHSA 4NWYA 4MK3A 2I9HA 18GSA 3UMAA 3VWWA 3U6VA 2HE3A 2FLSA 1NHYA 1PMTA 1YQ1A 2YZUA 2R2JA 3GYKA 3HZ4A 1IYIA 5G2ZA 3FHKA 3G7YA 1FAAA 4KCEA 3DMLA 5CREA 4IELA 3D21A 3GTUA 2V2GA 4HDEA 2YNXA 3M3MA 2A2SA 4X0XA 4XCSA 2LQOA 4WF5A 2JACA 1WMJA 4L5LA 2YWIA 4OCFA 2I4AA 1X5CA 3EYTA 1ZOFA 4GQFA 3O3TA 5B7CA 3GX8A 1ZGNA 1A0RP 1F2EA 4MABA 4IGJA 1XVQA 2K6VA 4V1Ag 4TOPA 2DJ0A 5DBQA 2H6XA 3QMXA 3TCOA 1NM3A 3W8JA 5IM9A 2KP1A 5D9WA 5HFKA 1G6WA 1TK0B 1BYEA 1XZOA 4JU5A 1MD3A 1SK0A 1G7OA 2LRNA 3F0IA 4MA9A 3J7Yb 4EO3A 3DD3A 3UAPA 2JL4A 5ECHB 3ME7A 1W4VA 5J9BA 1WE0A 2L6DA 2PVOC 2C3QA 3IK7A 1M9BA 1BX9A 3JCML 5JCWA 4ZXGA 2H1GA 4ECIA 4K9ZA 2B1KA 1T1VA 4K8MA 3PGTA 5LD0A 2MMOA 4GCIA 5G30A 2VL2A 2R6KA 1BEDA 3Q19A 2YP6A 1TRWA 3DKSA 1F6MC 4GQCA 2FWGA 2WGRA 2WRTA 1AC1A 1BG5A 4POKA 1SJIA 3TJJA 1GTBA 3MSZA 1VRSD 5C04A 2LJRA 1H4OA 4KSOA 5ELAA 4KE3A 3H93A 5IMDA 2Z9SA 3IBHA 1T00A 2PU9C 2QSIA 2V41A 2ZUPA 3EWLA 2KUCA 3HJPA 5FWGA 3A2XA 1FB6A 1R7HA 4LMWA 2LJAA 1Z5YE 3KGKA 2GLRA 3M0FA 4V1Ap 2H6YA 3UOMA 2FGXA 4WF4A 3G7IA 2I81A 3KZQA 4Z7XA 2PERA 5HFGA 2H73A 2KP2A 1GTAA 2GZPA 3GL3A 1O8WA 3F3QA 3ISOA 1OYJA 2O85A 1KEBA 4GXZA 4IJIA 5IIZA 5D73A 2VM2A 2DJJA 4KDYA 3PINA 1WP0A 5ELGA 4ACSA 4BWSA 4ZL9A 1VF4A 2NPBA 1XW6A 2GSSA 4ILFA 2HXKA 4P3YB 2H72A 4BWQA 1XFLA 5IMAA 1GLPA 3C8EA 4Q5RA 2X64A 3RHBA 2H74A 5G31A 1X0RA 2PUKC 4HZ2A 2VCVA 2L5OA 3ZFLA 4IN0A 2C4JA 1OKTA 2B5EA 2GQMA 3P8WA 2FCHA 1SYXA 1A8YA 1U88A 2IFQA 1YJ6A 2HZFA 5GZZB 5B6MA 4O32A 1A23A 2YWNA 3LQ7A 3LFLA 4I6XA 4KNDA 3RAZA 3IAS2 4OFTA 3EMPA 1PKZA 1T3BA 1RW1A 2CZ2A 1GLQA 4IS0A 2H71A 5CRGA 2PGTA 3TRPA 3KM6A 4E8EA 1EOHA 2ALBA 1B4PA 3A5WA 4GSTA 2B5XA 3G9BA 2BTOT 1A2JA 2C80A 5CO3A 2E2MA 14GSA 1ZL9A 4AF2A 4IP6A 4F03A 2WULA 1K0AA 4XTSA 3EMXA 2E7PA 2X8CA 4HJ2A 1X5DA 3IC4A 5J9CA 3E3EA 1ZYQB 2AJQB 4MH3A 3GA4A 2B7KA 4XS4A 3EVIA 1EOGA 1XXUA 1RK4A 3L0HA 3TRQA 1O85A 3KP8A 4PNGA 2M80A 2VL2C 4L5OA 3FR6A 4EC0A 1CQGA 5A4VA 5JCUA 1GWCA 3CBUA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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