3HD5A

Crystal structure of a thiol:disulfide interchange protein dsba from bordetella parapertussis
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
182
structure length
182
Chain Sequence
b'QGAQQYVNINPPMPSDTPGKIEVLEFFAYTCPHCAAIEPMVEDWAKTAPQDVVLKQVPIAFNAGMKPLQQLYYTLQALERPDLHPKVFTAIHTERKRLFDKKAMGEWAASQGVDRAKFDSVFDSFSVQTQVQRASQLAEAAHIDGTPAFAVGGRYMTSPVLAGNDYAGALKVVDQLIVQSRE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a thiol:disulfide interchange protein dsbA from Bordetella parapertussis
rcsb
molecule keywords Thiol:disulfide interchange protein dsbA
source organism Bordetella parapertussis
molecule tags Oxidoreductase
total genus 59
structure length 182
sequence length 182
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01323 DSBA DSBA-like thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3hd5A01
1UN2A 4XTSA 3WT1A 1YKAA 2EC4A 2YV9A 3F63A 3KH9A 1AIUA 3WGEA 4I2UA 3L9SA 3TJGA 2LEGA 1GUKA 1USBA 4N0ZA 2FWGA 2QGVA 1WE0A 5H5SA 3UOMA 4EL1A 3TJKA 1FOVA 1UVZA 3WD6A 2YZUA 1H75A 3ZITA 2TRXA 3E9JB 2JSZA 1AUCA 5D73A 4PQIA 1F2EA 2FGXA 5ECSA 3F0IA 1T1VA 3EVIA 1GSSA 4IJ3A 2H30A 2E7PA 2ZCTA 1TKDB 3ME7A 5ECPB 4MMMA 1MDIA 1EEJA 2KP2A 1K3YA 2GSQA 2VCWA 2C0FA 3UMAA 4KX4A 4DSSA 1XW9A 2OBKA 1XCCA 5IMAA 3TB2A 1RQMA 1HYUA 2F51A 3CSJA 5F07A 1ZL9A 1X0RA 2YN1A 2H1GA 5HFKA 2H0GA 3TRXA 1G6YA 2B5EA 4XRDA 4F0CA 2MZCA 1DUGA 3F6DA 3RDWA 2HE3A 2H0IA 5INYA 2F8FA 6GSYA 4GWRA 3D6IA 1PKZA 1QXHA 2H74A 4POMA 1O7UA 4HDEA 4WBJA 2QKEA 4WF4A 1ERVA 4OO5A 5DCHA 4HJMA 3ZTLA 4ID0A 4ACSA 4WR5A 5CYYA 5B7CA 5AISA 1X5EA 3IHQA 1SJZA 2HRFA 5G5EA 5J5NA 4MJEA 3EU3A 3VPTA 1Z7PA 1YDKA 4K6XA 5J4UA 3GURA 1HNCA 2AAWA 5FT3A 3VURA 4N11A 5HR0A 4HU7A 1GSQA 3ZMLA 3HJMA 1AW9A 5CO3A 2LRNA 1X9SB 1F9MA 2P5QA 1ZYQB 4DSSB 4GQCA 2BMXA 1TRVA 1N2AA 1O85A 5ENUA 4BPYA 2MYGA 5G31A 5IPGA 1GLPA 2X8HA 3IV4A 2C4JA 2IMDA 3G7IA 1G6WA 1QK8A 1PN9A 1G7EA 2JADA 1FVKA 2CA8A 3H1NA 4XS4A 1GSUA 2RM6A 2H0HA 2H6YA 3O6TA 2JACA 4ML6A 3RBTA 4MJCA 2K6VA 2TRCP 4DSQA 5IO2A 4F82A 1Z5YE 4J57E 5JCGA 4NV5A 1T3BA 3A2VA 4MJBA 3P7XA 4I97A 4AGSA 4NV2A 4TR1A 5DAKA 3TKSC 3QCPA 2PERA 3MDKA 3D4TA 1EGRA 2XHFA 3EINA 5ECLB 3HZ8A 3HHVA 5G30A 4WETA 3N9JA 1PL2A 2H75A 2VAFA 1WJKA 2DBCA 3VWUA 1SKRB 3M9KA 2VD0A 3UBLA 1EGOA 3HD5A 1F37A 1UA5A 2IMIA 3H79A 3P2AA 2YWNA 3CTGA 2V32A 1ABAA 3TUEA 1OE8A 13GSA 2H6XA 3DRNA 1MEKA 3IXRA 3F4SA 3L0HA 1VF3A 1ERWA 4MK3A 2PVQA 2VLTA 1M2BA 1ACVA 1PSQA 1A24A 2DMLA 2O85A 1PD21 1B48A 2CVKA 5ECKB 1HNBA 2HSYA 3DWVA 3Q6OA 4XS4B 5IM9A 4MZCA 4V2LA 9GSSA 1T4YA 2WGRA 2GLRA 3ZVJA 1LBKA 4YQMA 18GSA 4FIWA 3IDVA 4V1Ap 4NMUA 4TR1B 1O81A 1ZZYA 1XWAA 3IAM2 1B9YC 4HZ2A 1SKSB 2FWHA 3DVWA 4G9HA 2MBSA 4L8EA 4EC0A 3D4MA 4XRAA 2WFCA 3SWLA 4XCSA 2HLSA 1PX6A 2IMFA 3MWHA 3D5JA 2LS5A 1C72A 4TW5A 3RHBA 4N10A 3ZYWA 4EVMA 1OVNA 2V6KA 2H6ZA 3E3EA 3KMNA 1OKDA 2R3XA 3W6GA 4IW9A 3M1GA 1I9DA 2VLUA 2N5FA 2FUG2 3FZ9A 3FW2A 2DMMA 5ELAA 1S3CA 2CZ3A 1XVWA 2PWJA 2GQKA 2CVDA 1ZCPA 1OKTA 2YJ7A 3F8UA 3DIEA 3V1WA 2G2QA 1T00A 2DC5A 2RIIA 1DE2A 5H5RA 3QOUA 4WBRD 1W4VA 4MABA 1EV4A 19GSA 4XIHA 3CSIA 5D8IA 3VLNA 1AQVA 3LG6A 3W8SA 3VK9A 2P0GA 3U5RE 3UVHA 2HFDA 4OFTA 4PXOA 1ZGNA 4PUAA 1V9WA 2WS2A 4FH8A 1JLWA 4KH7A 1GTIA 3H8QA 3GHAA 2WZ9A 3ZFBA 3HKRA 2FHEA 2XPDA 3I69A 1A2JA 4HUAA 1ON4A 2E2MA 3P90A 2FCHA 4NPBA 1LU4A 2REMA 4QL7A 3MNGA 4GLTA 3U6VA 1M7TA 4J56E 4ZB8A 3APOA 4ULXA 1SKWB 3FHKA 1GULA 3L9UA 1U6TA 3KM6A 1YQ1A 5E59A 1S3DA 3A2XA 3QAWA 1Q98A 1O8XA 1TOFA 1X9MB 1JFUA 5DVBA 3GL3A 2YV7A 3CYNA 4J2FA 4I8BA 4F9ZA 1K0DA 2Z9SA 2R4VA 5IQYA 1TRWA 2K8SA 3M0FA 1V57A 1VGLA 5AIXA 1J0FA 3GRXA 3FZAA 2YANA 3D0ZA 1EWXA 1HNAA 2CAQA 5ABRA 2LJKA 3GH6A 4HOJA 3AY8A 4KDUA 4LMWA 4I5QA 3QPMA 1JHBA 2C1YA 3CXGA 1WP0A 1U3IA 5COHA 3VFIA 3QFAC 4JR4A 1YY7A 4IJIA 1THXA 2TIRA 3LXTA 1GRXA 2WB9A 4TRXA 5C04A 1URMA 3QFBC 5G1KA 2MMOA 4EXJA 4PGTA 2HZFA 4ECJA 2IMEA 1O8WA 22GSA 3GH9A 4ECIA 2LNSA 1X5CA 3ERGA 2OE1A 1HD2A 1PQNA 1QGVA 5GSSA 3HVXA 2H72A 1YF0A 2M80A 4HZ4A 4MZBA 3I6AA 2LSTA 1RW1A 2VL9A 3HVSA 1KTEA 1GL8A 3CRUA 4NWYA 4L5OA 1XWCA 2V1MA 4I6XA 3ZMKA 2PPTA 4KCEA 2H8LA 1W89A 4RQXA 4O7HA 2IN3A 3SBCA 2AJQB 2B1KA 5DBQA 2N5AA 2KOKA 4LMVA 2IFQA 3TKSA 3ZIVA 6GSVA 3GKNA 1AXDA 2QSIA 1AC1A 5G2ZA 2F3MA 4GRFA 4BWQA 2I81A 3GKMA 5GAPD 1GTUA 1OC9A 5LNKe 2GQMA 4K7IA 2CX4A 1GSDA 1B4PA 1SL1B 3IK9A 5IMFA 3RAZA 4MCUA 1T8EB 3IRAA 1F3BA 1GSEA 1XZOA 4GF0A 5JWRB 5ECNB 3P8WA 3OR5A 4NXIA 4FYCA 2RM5A 1TRUA 2LQQA 1ZMAA 1GTBA 1WPIA 2LUSA 4LA1A 1EV9A 2KLXA 3KMOA 2VM1A 3GN3A 5IMVA 4QQ7A 4ZL8A 2GT5A 5J3RA 2YWIA 2L57A 5HQPA 4IQ1A 5IPHA 3FZ5A 4TXOA 2AV4A 1IYIA 2DJJA 2V2GA 2H01A 4MDCA 2KHPA 3TKSE 1MDJA 2DJKA 5A5KA 4TR0A 2L4CA 2HSHA 2FY6A 1TU7A 1X5DA 3GKKA 2GSSA 3TKQA 1E2YA 2CV4A 4K7NA 5G5FA 4E8EA 2A2SA 3F9UA 1K0CA 5ID2A 2JZSA 1BAYA 2LRTA 3D22A 2JU5A 4MF7A 1I5GA 2ON7A 2XBIA 1TRSA 2IFQB 3DD3A 2L5OA 3RPPA 3KEBA 1SK0A 4IP1A 2EIRA 4EKZA 2AYTA 4JR6A 3F4RA 2DJ1A 2LKUA 1OC9B 5HR3A 1V58A 1XWGA 5LCZA 1FVJA 4D73A 2E2GA 3IR4A 1R5PA 1FB6A 4G10A 3WT2A 1YEPA 1GH2A 1XPVA 2RLIA 1SL0B 2F9SA 3BCIA 1KEBA 3LXZA 1TP9A 5B6NA 3BOAA 5ECRB 3APSA 2N5BA 2IPAA 1S3AA 1EP7A 2C3QA 3BD2A 2FNOA 4EO3A 3FEUA 3PR8A 4TR4A 2HNLA 3GMFA 2VD1A 1Y25A 12GSA 3F6FA 2R2JA 4TXOB 6GSSA 2GZPA 1J08A 3LQ7A 3QDNA 2A2RA 2AB6A 1OAZA 4ILFA 1BJXA 2DJ2A 3CTFA 4JU5A 1EOGA 4BWSA 5DALA 2B7JA 1HQOA 4TXVA 3LWAA 3EWLA 5CAXA 1OYJA 1K0MA 3NZNA 5ID2B 2YWOA 2GZZA 3N5OA 3A3TA 2YCDA 2GGTA 3QR6A 3DXBA 1SU9A 2B3SA 3G9BA 1QQ2A 3W8JA 2H1DA 1J9BA 3GFKA 5DDLA 1JZOA 1N8JA 4Q5NA 1GNWA 4ZILA 3ZVJD 2OE0A 5EY6A 4D73B 4KCAA 4RQRA 1GP1A 5GZZB 1O6JA 4V1Ag 1TK5B 2YJHA 2RUEA 4KW6A 4IN0A 2YOIA 3F4TA 4NHZA 4MF6A 2P5RA 3FYGA 3HDCA 1EEMA 3CMIA 4K8MA 5IIZA 2GVPA 2HZEA 3L9VA 4GCIA 4O92A 1GSFA 2IIYA 3TJJA 2VM2A 2XC2A 2GT6A 3BJ5A 5HFGA 4GSSA 2CAIA 2X8CA 3HVVA 3ZIJA 3PINA 3ME8A 2L4QA 4RI6A 2C3TA 3FK8A 3E0UA 5L71A 2K8VA 2C8UA 1PRXA 3C8EA 4ZL7A 5DALB 2L6CA 3HJPA 2FWFA 1GNEA 1TI3A 2AUVA 1K0OA 3GX8A 4AJ6A 3MAKA 2B5XA 5J41A 4EE0A 5A4WA 1LJRA 4XS1A 5F0GA 1AQXA 14GSA 1PA3A 4BVYA 4JBBA 1XOBA 2FA4A 1PX7A 1OC8A 2FD3A 2MMNA 2VL3A 3BCKA 4PURA 3LFLA 3DMLA 2DLXA 1JZRA 4TN8A 1M9BA 1XWBA 3IE3A 3UJ1A 2O89A 4KE3A 17GSA 3TKPA 3GV1A 3ISOA 2I9HA 4OCFA 4HS1A 1U88A 1A2MA 4TR3A 4OO4A 1BX9A 2OBIA 5D96A 3UL3A 1ILOA 4MJAA 4N0VA 2LJAA 2L5LA 3GTUA 1K0BA 3GUSA 3F3RA 4TOPA 2WJUA 2GSRA 2NPBA 3GIXA 5D9WA 2VL2C 2HZEB 5CRGA 4GSTA 1TW9A 4HQZA 3VI5A 1R4WA 3LGCA 2HT9A 1M0UA 4IVFA 2AHEA 1MD4A 4HI7A 4L0UA 1YJ6A 4ZL9A 3FR9A 5ECQB 3HJOA 1TXXA 2NBSA 3K8NA 1JLVA 5CRHA 1XWKA 2C0GA 4IKHA 6GSXA 1G0TA 4JE1A 2LNTA 2QC7A 4WXTA 3G7JA 2IMKA 4JRRA 3CRTA 4IHUA 1NHOA 3RHCA 5A4VA 4OFMA 3TOUA 3F3QA 5DQSA 4AF2A 2PVOC 5DJMA 4LLRA 4IQAA 5KN2A 3ZLPA 3I9V2 3FZ4A 3LORA 4CDOA 4BA7A 3TJBA 2HYXA 2P31A 4DSRA 1OE7A 4F0BA 1A0RP 2EIOA 5IOXA 3C73A 3ERWA 4GSNA 1XBSA 3ZZXA 1YKCA 1E6BA 3C1RA 2NDOA 3KCMA 3A5WA 5JCUA 5ELGA 2PBJA 1V40A 1KNGA 1M9AA 1SJ6A 4AJ7A 2GZYA 5E4WA 4MF5A 2B5YA 2PU9C 1PGTA 3J7Yk 1PMTA 4O5RA 4WR4A 3GTUB 4TVEA 3VWWA 5H5QA 1G7OA 5LD0A 2EIQA 4EUYA 1SD9A 4WF5A 1DBYA 1FB0A 5CRWA 3MSZA 1TTZA 5G1LA 3GNJA 3PGTA 4L5LA 4ZB9A 3VWVA 4LL1B 3UEMA 2H70A 4JEDA 2H66A 3FY7A 1F3AA 3WGDA 1K0NA 3ZRDA 4ISDA 1XW5A 4RUVA 1TU8A 4IS0A 5JCWA 1WOUA 10GSA 2FWEA 5CRDA 5KN1A 3QAGA 4MH2A 1QUWA 4ECCA 2IWTA 1M2DA 3KXOA 5FWGA 2I3YA 1B4QA 16GSA 2PUKC 2R6KA 4PNGA 2A4VA 3KH7A 4KSOA 3TCOA 1EZKA 1GSYA 4PNFA 4YAPA 1NSWA 1SD8A 1Y6EA 1R5AA 2H71A 1PKWA 1R7HA 3UVTA 5IMDA 5F06A 1ML6A 1T7PB 1SK1A 2M46A 2LTKA 3H4KA 2WDUA 1EP8A 3KZQA 1U3AA 6GSTA 1A23A 2FA8A 1KBNA 5ECIB 1AQWA 2DJ0A 4EDZA 3LYKA 3M8NA 4HJ2A 4POBA 2VCZA 4FO5A 4IELA 3HXSA 5ECHB 2MBTA 1VF2A 2H1AA 4HEA2 3S9FA 4GTUA 5B8AA 2CQ9A 1TK8B 4N30A 5IMZA 3R2QA 4Q5RA 1VF4A 4X0XA 3ERFA 4V2NA 2GQLA 5A4UA 2OJLA 2WULA 3C7MA 3EURA 3IAS2 2C0EA 4TKYA 3FRCA 2C3NA 4ML1A 1YZXA 2J9HA 1ERUA 2YZHA 5CNWA 4OWYA 2K18A 20GSA 4KSMA 2O7KA 2PN8A 4KDYA 1XXUA 1B9XC 3EMPA 4YQVA 5JWOB 4CHSA 3RPNA 2OACA 6GSWA 3HA9A 1A0FA 4OCEA 1SL2B 3UBKA 3US3A 3IK7A 2VLVA 5IO0A 4KA0A 1DE1A 4K0NA 4XHMA 2MMZA 1SJIA 2G0FA 3QAVA 3ED3A 1FG4A 4EF0A 3C1SA 2X99A 2H1BA 2YP6A 3ZL5A 3D21A 5ECMB 3VI7A 4MH3A 2V6OA 3ZREA 4HQSA 2O87A 2IJYA 5J9BA 3KTLA 1RK4A 1GWCA 1NHYA 2V41A 3DVXA 1AAZA 5AIVA 5KN0A 2ZUPA 3IC4A 3JCML 4DEJA 1TDIA 1A8LA 1Z3EA 2VO4A 4CW9A 2PMTA 4I2TA 2YWMA 4PUFC 2B6MA 4YAVA 5EL8A 5GSTA 3TRPA 2R5GA 2VL2A 3APQA 4KAEA 4X43A 4WKWA 2BJXA 5D9XA 3ZFLA 3O3TA 1O73A 2NTOA 3GSSA 3HCZA 2H76A 2ON5A 3NIVA 1NM3A 2GS3A 2FLSA 4BL7A 3QMXA 1WRYA 3M3MA 1MD3A 3EU4A 2NVLA 4MZWA 2PGTA 1NW2A 4F2IA 3TOTA 4LL4B 3KGKA 3DGQA 2JSYA 4GQFA 2GTUA 4NHWA 2HXKA 2OKAA 4G19A 3EE2A 4PQ1A 3GSTA 4G2EA 2MMAA 5D9VA 3G7YA 5DQYA 5HFIA 3FKFA 4KGIA 1M99A 3GKXA 1K0AA 3EYTA 3IOSA 5DCGA 4MPFA 3J7Yb 2CX3A 2ES7A 5J9CA 4K0GA 4MA9A 4O32A 2X8GA 1FW1A 3HYPA 2VCQA 3DYRA 3GA4A 5F05A 2DJ3A 2I4AA 2B1LA 1SK2A 2D2ZA 1ST9A 1PL1A 1YF1A 4FYUA 3KP9A 1WMJA 4AJ8A 3Q18A 1SYXA 3L4NA 1ZYEA 2O8VB 4KDXA 2F8AA 4Z7XA 3I43A 1WWJA 3GL5A 5HR1A 2GDRA 6GSUA 4V2MA 5DJLA 2L59A 4KB3A 1YEXA 2LRCA 3Q19A 1B8XA 1SENA 2R37A 3CBUA 2XPEA 3Q74A 1V98A 4ZBAA 5HR2A 4KUNA 1EOHA 2CVBA 1Z9HA 4MPGA 3LSZA 2ALBA 4EDYA 3WYWA 3IPZA 11GSA 2J23A 1BEDA 1T4ZA 1CQHA 1H4OA 3KTBA 4H86A 1VRSD 2VUPA 4PX1A 2E0QA 2YNXA 2VCVA 4KNDA 5CREA 7GSSA 1U87A 3KD0A 5DAKB 2LJRA 3GX0A 1DSBA 4GXZA 4ZXGA 1FO5A 2DIZA 3A2WA 3VPQA 3TGZA 1XW6A 2C0DA 5GAND 3L78A 4POLA 1JZDA 3TJFA 2WCIA 1XOAA 1GLQA 2HRNA 3EMXA 4Q5QA 1K3OA 2XBQA 4ZBDA 3H93A 4ZBBA 4NAXA 2LQOA 5AGYA 4F03A 1ZOFA 2CZ2A 1V2AA 4PQHA 3C71A 1TK0B 1Z6MA 3BBYA 2OA7A 5JWQB 1SYRA 5F8BA 3TDGA 3LEFA 3KJYA 4JZQA 3PH9A 4IBPA 2ZNMA 4ECBA 2H73A 1R26A 3TRQA 2OE3A 1CQGA 5IOWA 1IYHA 1A8YA 2CT6A 1Z6NA 4QL9A 5D9TA 5ECOB 1XIYA 1BYEA 4IP6A 4BVXA 5IMCA 2YPMA 2IL3A 2KP1A 3DKSA 4P3YB 1QMVA 4XS6A 2B7KA 1K3LA 4MLYA 4IGJA 3FR6A 3KP8A 1XVQA 1TJDA 4OFNA 4YQUA 1UC7A 2KUCA 3LJRA 2C80A 2X64A 3KIJA 1MTCA 5EVOA 4K7OA 4MP4A 5C00A 4YH2A 5KN3A 3FR3A 2BTOT 3CSHA 1GUHA 4K1FA 3TKRA 5CP1A 3DEXA 1FHEA 4ZB6A 1FAAA 3HY2A 3VWXA 2K9FA 4ZIJA 5AN1A 4L0WA 2VIMA 3M9JA 2LV3A 4OD7A 4OMVA 4Q5FA 3UAPA 2JL4A 3LYPA 4WEYA 1ERTA 3NOFA 3O76A 1Q4JA 2VOCA 3WGXA 1TI1A 3IA1A 2VCTA 1BG5A 5FHIA 3IBHA 1F6MC 5B6MA 1XFLA 1QFNA 4POKA 4K2DA 1M2AA 2OADA 2L6DA 1OC3A 3EC3A 1THOA 3GYKA 5EPFA 1GTAA 3UARA 1Z7RA 8GSSA 2HI7A 3HZ4A 1WIKA 2M72A 5B8BA 2DIYA 3UIWA 1GUMA 4FYBA 2RUFA 1BQ7A 2VCXA 2WRTA 4K9ZA 4DVCA 3QD9A 2I1UA 1JZWA 2JZRA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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