4JU5A

Crystal structure of the dimeric form of the bb' domains of human protein disulfide isomerase
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
212
structure length
200
Chain Sequence
b'AATTLPDGAAAESLVESSEVAVIGFFKDVESDSAKQFLQAAEAIDDIPFGITSNSDVFSKYQLDKDGVVLFKKFDEGRNNFEGEVTKENLLDFIKHNQLPLVIEFTEQTAPKIFGGEIKTHILLFLPKSVSDYDGKLSNFKTAAESFKGKILFIFIDSDHTDNQRILEFFGLKKEECPAVRLITLEETAERITEFCHRFL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural insight into the dimerization of human protein disulfide isomerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protein disulfide-isomerase
source organism Homo sapiens
molecule tags Isomerase
total genus 56
structure length 200
sequence length 212
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date 2013-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13848 Thioredoxin_6 Thioredoxin-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ju5A02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ju5A01
4YH2A 1TK5B 5J41A 2AJQB 2K8VA 3CRUA 5F07A 3D0ZA 5D9TA 1ST9A 1OKDA 2HFDA 3TKSC 3UBLA 1R5AA 4ULXA 2H6XA 1KEBA 2C3QA 2JZRA 3E3EA 3IK9A 3KD0A 5G5FA 2OJLA 3PR8A 1WJKA 2O8VB 4POMA 3VWUA 1GSFA 4PURA 4ZBAA 2C0DA 3I43A 2VL9A 1T7PB 1XCCA 3KEBA 5IMZA 4IGJA 1GWCA 1SK2A 2OADA 4LMWA 1YDKA 18GSA 4XS4A 3CTGA 1R5PA 1TU7A 2QSIA 2CV4A 4IP1A 4OCEA 3KZQA 3LYPA 1O81A 2C0FA 3IHQA 3MNGA 5ECSA 5IOXA 1BJXA 5EY6A 3CXGA 4DSRA 3UBKA 5ID2A 2AV4A 3LXTA 4V2LA 2YJHA 2H66A 3M0FA 4WR5A 1QK8A 3EVIA 1HYUA 4G9HA 4IHUA 3QMXA 4F03A 4HU9A 4PNGA 3U6VA 4ECCA 2M46A 3KH9A 2FA8A 3LQ7A 5G1KA 2MBSA 5D8IA 4PGTA 3L9VA 4IJ3A 3VK9A 4JR4A 1UN2A 1VF2A 3K8NA 1O85A 4CHSA 4IP6A 4TW5A 4YQUA 2LQOA 2IMDA 1ZMAA 3HKRA 2L4QA 5F06A 3RPNA 3Q18A 3O6TA 3GH6A 1JZWA 2ES7A 2ZCTA 2FWGA 4HDEA 1A23A 1SD8A 3LGCA 1U87A 3NIVA 2H30A 2LNTA 1Q4JA 2DIYA 2XC2A 2OBIA 1NHOA 2GGTA 1AAZA 4KX4A 1NW2A 3EU4A 3KMNA 4HJ2A 17GSA 2B3SA 2L5LA 2B7KA 4XRDA 4L0UA 4EDZA 6GSWA 2K18A 1JFUA 4JZQA 2IMIA 4ZIJA 1TI1A 3HVXA 2HYXA 3TKSA 3W6GA 1OC8A 2I1UA 2HT9A 1K0AA 1HNBA 2NDOA 1GSUA 3OR5A 1EEMA 2GSTA 2NPBA 1B9XC 5FHIA 4KCEA 3F0IA 2MMZA 4K7OA 2OE0A 4Q5QA 4ZL9A 1ZCPA 3ZMLA 4NXIA 1YKCA 5LCZA 1ZOFA 4PUAA 4LL1B 13GSA 2IL3A 5JWOB 1TI3A 4HS1A 5COHA 3GURA 3L9UA 4FH8A 3TRQA 2H8LA 9GSSA 1O8XA 5E59A 1SL0B 1YZXA 4L5LA 2CQ9A 4MJAA 1M9AA 3QFBC 3EURA 1S3DA 3D4TA 1B4QA 2H75A 3GKKA 3HVSA 2I3YA 2WJUA 5JCUA 1H4OA 3LYKA 3WGDA 1XXUA 2VL2C 3WYWA 1SL2B 3DVWA 2KLXA 2C8UA 5J9BA 2YZHA 2X8HA 3C1SA 1USBA 4MF7A 4HOJA 2CZ3A 1M2DA 1TOFA 1QUWA 4DEJA 5ID2B 3LFLA 2B5XA 3NZNA 4F0CA 5C00A 1OVNA 4Q5NA 1A8YA 4KAEA 4H86A 3FRCA 4GSTA 5HR2A 3GH9A 2WULA 4ZL8A 5H5SA 4GRFA 2HZEA 3C1RA 2VCQA 3BBYA 3UVTA 3HHVA 4YAPA 5FT3A 2NBSA 5JWRB 1EZKA 20GSA 1ZZYA 4OD7A 5AIVA 1PQNA 2PERA 4OMVA 3A2XA 3V1WA 7GSSA 3GSTA 4LL4B 1DE2A 2L6CA 4FIWA 2V1MA 3UMAA 4MH3A 4XS1A 4ZXGA 2CAQA 1WPIA 2JZSA 1VRSD 3FR6A 2B5EA 3TUEA 2KHPA 1W4VA 3RAZA 4AGSA 5KN0A 3SWLA 3GX8A 4I2UA 4K2DA 4ID0A 2DJKA 3FZ5A 1SKRB 1A24A 4ML1A 3F6FA 2VD1A 5INYA 3TRXA 1C72A 4TVEA 3APSA 2AHEA 4WXTA 5J5NA 5ECHB 3CRTA 1JZOA 2HZFA 6GSYA 4JRRA 2RUEA 1XWAA 5AGYA 1TRSA 3QCPA 3IAS2 1PX6A 2FLSA 1F9MA 3RBTA 2H1AA 2HRNA 3TKRA 4D73A 3J7Yk 1LJRA 3BCKA 5DALA 4XRAA 2ON5A 3VURA 3LORA 1PD21 3IV4A 2VCWA 2P0GA 3DKSA 1A8LA 2A4VA 1TDIA 5HQPA 5HR3A 1T00A 3IRAA 1EP7A 1XW6A 1X5CA 5D9WA 10GSA 3ZRDA 4IKHA 3BOAA 2B1LA 2G2QA 2YP6A 4KDUA 2VL2A 5ECQB 4GQFA 3FW2A 4HQZA 1F3BA 1M9BA 4Q5FA 4TR4A 2KUCA 2TIRA 2LJAA 2PGTA 4EF0A 4V1Ag 3QFAC 3UVHA 1B4PA 4HZ2A 4OFMA 4MP4A 2P31A 3MDKA 3IC4A 4ZB9A 3EMXA 5DAKA 4CW9A 1GTUA 3QOUA 2V6KA 3CBUA 5DDLA 16GSA 4WEYA 3GUSA 4JE1A 4RI6A 4IBPA 2B7JA 3RDWA 5GAND 4BL7A 4XCSA 4K1FA 3CSJA 5ECLB 3P8WA 1ACVA 2RM5A 3VPQA 3HCZA 4MH2A 4WBJA 4XTSA 5IO2A 2VM1A 1X9SB 2YNXA 3DD3A 1GLQA 3IE3A 3KMOA 1CQHA 2OACA 2IMFA 3PGTA 2IMKA 1WWJA 2HZEB 5A5KA 3TOTA 3KP9A 4PQIA 4V1Ap 2H74A 1TU8A 2O7KA 4J2FA 4I8BA 2LEGA 1A2MA 1TRVA 5FWGA 4HI7A 4I97A 1U3AA 1YQ1A 3US3A 2FNOA 3A2WA 3F6DA 1SENA 1K0DA 2FWFA 1GUHA 1DE1A 2VIMA 2X8GA 3GKMA 1LU4A 4HZ4A 4MMMA 2B6MA 2MZCA 4TKYA 4HU7A 3G7IA 1S3AA 3D4MA 4P3YB 2GZPA 3RHCA 4KNDA 1Z6NA 3CTFA 2F51A 3E0UA 4ZB8A 1OE8A 1TK0B 2ZUPA 3IXRA 1ZGNA 2JSYA 1Z7PA 3F3RA 3IR4A 1R4WA 2WZ9A 4DSSA 1NHYA 1K0BA 5CNWA 5CP1A 4J56E 3VLNA 4EKZA 4D73B 4KDYA 5DALB 2O89A 4IVFA 1Z7RA 3Q74A 1XFLA 3IA1A 1N2AA 1GNWA 3C8EA 2H6ZA 4PQ1A 3KM6A 5B6NA 4IW9A 2DJ0A 2GDRA 2OA7A 4ZB6A 3VI7A 1TW9A 2C3NA 3VFIA 2JL4A 5F0GA 3AY8A 3F4TA 1PN9A 1KBNA 2F3MA 1X5DA 1Y6EA 1T4ZA 1HQOA 1JLVA 3ZIJA 3KTBA 2WS2A 4F9ZA 3L4NA 1GH2A 1M2AA 5IMFA 1NM3A 4ZBBA 1FAAA 5ELGA 2G0FA 1QQ2A 3HYPA 1LBKA 5DAKB 3GV1A 4EDYA 3IK7A 1MTCA 4N11A 3VWWA 4HJMA 4HEA2 3UIWA 3ZTLA 1V9WA 3NOFA 3P90A 2I9HA 2F8AA 1Z9HA 2MMOA 4I6XA 2PBJA 3HZ4A 3F3QA 1ILOA 3A2VA 4BWSA 4K0GA 4QL7A 3L0HA 1ERTA 6GSVA 1MDKA 4FYCA 1G6WA 3P7XA 3HXSA 4MPFA 3SBCA 3MAKA 3M8NA 2DC5A 4N0VA 1TKDB 2CVDA 5AIXA 3ZVJA 3ZMKA 1FB6A 1QXHA 1GSYA 1K3YA 5ECKB 1KNGA 3WGEA 3ZVJD 4NPBA 2IN3A 2O87A 1GSEA 2GSQA 3GHAA 2VCZA 4KE3A 5CRHA 1M99A 4ACSA 1PRXA 3D22A 1AC1A 1X9WB 2OE1A 2XHFA 1XVWA 2VLVA 2QC7A 1B48A 3F4SA 4X43A 2WCIA 1SYXA 5CRGA 1GTAA 4MK3A 4JR6A 4FYBA 5L71A 4IELA 1AXDA 1GSSA 1FOVA 4RUVA 2H72A 4DSSB 3TDGA 1PSQA 5CREA 3W8JA 5CRDA 2XPDA 2PVQA 2H76A 1YEPA 2R3XA 2K8SA 3LXZA 1T4YA 1XOBA 3M1GA 5ECRB 2FA4A 1OC9A 4K7IA 2RIIA 5H5RA 3HA9A 19GSA 2XBQA 1FVKA 1VF1A 1XIYA 2B1KA 3ERGA 2FUG2 2F9SA 5DVBA 3TCOA 1GUKA 2CX3A 2GQKA 2OE3A 4K0NA 1X5EA 5B8AA 4JU5A 3DGQA 1ML6A 3A3TA 1I5GA 5IIZA 2TRCP 1THOA 2FHEA 1V58A 4ISDA 1SJZA 4TRXA 3EYTA 3LG6A 5HR0A 3UJ1A 1WMJA 2V41A 2VM2A 2L6DA 5G31A 2CVKA 1ZYQB 4CDOA 3Q6OA 1A0RP 4MZBA 2I4AA 4YQMA 4PNFA 1EGOA 5F8BA 1T1VA 2HSHA 2NTOA 2V2GA 1PKWA 4TN8A 4POBA 1EV4A 5CRWA 1XOAA 4XS4B 2VAFA 1B9YC 1IYIA 4MA9A 3CMIA 3CSHA 3DEXA 8GSSA 4KB3A 2MYGA 2DIZA 5C04A 5JCWA 1R26A 2FGXA 1UVZA 3IPZA 5KEJA 1G7OA 1J0FA 1ERVA 1QFNA 1X0RA 2H70A 2LNSA 3KH7A 4OO4A 1H75A 5IM9A 3FHKA 3GN3A 1O8WA 2P5RA 2M72A 3IOSA 1PKZA 2WRTA 3UL3A 3J7Yb 1ERWA 2HXKA 2FCHA 1K0NA 1G6YA 4ZILA 5D73A 1SK0A 5GSTA 3ZYWA 1WOUA 3UAPA 2MBTA 3LSZA 3F9UA 4FO5A 4GSNA 4NWYA 3TKPA 3EWLA 4V2MA 5KN3A 2NVLA 4RI7A 1OE7A 1MD4A 2LRCA 2R4VA 1EGRA 1K0CA 1O6JA 3QAVA 4GWRA 2YANA 1W89A 3QAWA 4RQRA 5HFGA 5DJMA 3GTUA 2RLIA 2VCVA 5A4VA 3WGXA 2PUKC 5ECPB 3ZLPA 2PPTA 1OYJA 1TJDA 3GFKA 3TKQA 1PMTA 3TB2A 3LWAA 4ECIA 1YF1A 1ZYEA 3MWHA 1VF3A 3GRXA 2DJJA 4DSQA 2X64A 4K7NA 1OC9B 4G2EA 1AW9A 2YWMA 2REMA 2B5YA 1HNCA 3KXOA 1GTBA 4EL1A 3PINA 1K0OA 2VUPA 3GIXA 1JZRA 3HJPA 5G1LA 1YEXA 3GNJA 3E9JB 5DQYA 5GZZB 3ME8A 5ENUA 4ZBDA 2LJKA 4O5RA 2CVBA 1J08A 1G7EA 1QMVA 5A4UA 1WE0A 5IO0A 1PGTA 2IPAA 2C80A 1XPVA 1PL2A 4NMUA 4E8EA 2EIRA 1TTZA 5D96A 2LUSA 4WR4A 3D6IA 1NSWA 3PH9A 4EO3A 5ABRA 2DJ3A 2V32A 1FHEA 2VCTA 2C0EA 3F4RA 3HVVA 2C1YA 1RW1A 2J9HA 2ON7A 4ECJA 1GNEA 1GULA 4E8HA 4POLA 3BD2A 2MMAA 2R2JA 1U3IA 3I6AA 2WGRA 4OO5A 1SD9A 1THXA 2R5GA 3L78A 1SJIA 4JBBA 1XWBA 2EC4A 3GA4A 2DMMA 2JADA 3EMPA 1U6TA 4KDXA 5IMCA 2EIOA 4MZCA 2GQLA 2IWTA 4ILFA 4OFNA 4XS6A 3KIJA 4Z7XA 4WETA 2J23A 1F3AA 1YF0A 2VL3A 4TR1A 1SKSB 2GT5A 4MDCA 2FWEA 3UOMA 3DXBA 5IMVA 3BJ5A 5B6MA 3APOA 5ECNB 1BQ7A 2BMXA 3C71A 3HY2A 1FB0A 1JHBA 1KTEA 3FR3A 3DRNA 4WBRD 2JACA 1V98A 5IPHA 3VWXA 1S3CA 2HE3A 4KW6A 2D2ZA 2MMNA 3DYRA 1XBSA 1EOGA 3HZ8A 2YZUA 1Z6MA 4J57E 4WKWA 2C3TA 2OKAA 1Z5YE 4ML6A 1QGVA 3APQA 5EPFA 1M7TA 2KP1A 4GLTA 5HFKA 2GLRA 3GTUB 1TXXA 2GVPA 1PL1A 2H0GA 3ED3A 4XHMA 2YOIA 1Q98A 2EIQA 3ZL5A 1GUMA 2CZ2A 4HQSA 3DWVA 3MSZA 2DBCA 3TJFA 3M3MA 5G2ZA 3FR9A 3H8QA 3QPMA 1M2BA 5AN1A 2KP2A 2YWNA 1O7UA 3I9V2 2YCDA 2YN1A 1GSDA 4IS0A 2E0QA 11GSA 4L0WA 4IQ1A 2IJYA 2HSYA 1JZDA 1F37A 4NV2A 2V6OA 2WFCA 2JU5A 3G7JA 1SL1B 1K0MA 2GTUA 1G0TA 2E7PA 4KGIA 1A2LA 4F82A 2H01A 5G5EA 4N0ZA 2GS3A 1VF4A 3U5RE 5ELAA 3GL3A 4AJ6A 4IN0A 3QD9A 2H6YA 4EXJA 1PX7A 2N5FA 5DBQA 1XWCA 3EC3A 5GAPD 2N5AA 3C7MA 1HNAA 3M9JA 3M9KA 4NHWA 3FZ9A 4EVMA 3TJGA 2I81A 1XW9A 2ZNMA 1B8XA 3G9BA 1FVJA 1BEDA 4Q5RA 6GSTA 2LSTA 2HI7A 5IMDA 4PX1A 2LS5A 2AYTA 2IMEA 4TR1B 1BYEA 3HJMA 4O32A 3GMFA 3G7YA 3A5WA 2AUVA 4GXZA 3N5OA 3N9JA 1ZL9A 3O76A 3KGKA 3ZREA 4IQAA 3GL5A 2L59A 3L9SA 2FWHA 1TRWA 1SU9A 3GKNA 4TR0A 3LJRA 4YAVA 4O7HA 1A0FA 4KSMA 3GX0A 2O85A 5JWQB 3VI5A 3QAGA 4MCUA 12GSA 5KN2A 5ECMB 1TRUA 1UC7A 5CAXA 2E2MA 3TKSE 5D9XA 14GSA 1TK8B 4GQCA 3ZFBA 4GTUA 4GF0A 3WD6A 2YWOA 2X8CA 1XWGA 1GSQA 1XVQA 2FY6A 4NHZA 3TJBA 1HD2A 4PXOA 1T3BA 2LTKA 4TXOA 2PWJA 1AQVA 3GKXA 1MEKA 4QL9A 2H0IA 3IDVA 2HRFA 4XIHA 1Y25A 3F8UA 1ON4A 5AISA 5EL8A 4MZWA 1K3OA 2YV9A 1F2EA 2VOCA 4EUYA 4LA1A 2IFQA 3D21A 2JZTA 1E2YA 1FG4A 4TXVA 4BA7A 1A2JA 3FEUA 5B8BA 1BG5A 3QDNA 3EU3A 1VGLA 2TRXA 1MD3A 4DVCA 4HUAA 3FY7A 1V40A 1RQMA 5F05A 4LLRA 3FKFA 2PVOC 2XPEA 5EVOA 3F63A 4L5OA 2PN8A 4GSSA 1R7HA 5ECIB 3O3TA 5KN1A 2CT6A 2YV7A 2YJ7A 1DBYA 4MF6A 2H1DA 3UARA 3TOUA 4N10A 3KP8A 4NAXA 1T8EB 3FZAA 3BCIA 2VCXA 4I2TA 2E2GA 3VWVA 3FK8A 1J9BA 3RPPA 1XZOA 4NV5A 2DMLA 3QR6A 3TJJA 4MF5A 2LQQA 3ERFA 3UEMA 6GSSA 1SYRA 1AQWA 2CA8A 1URMA 4K9ZA 5CYYA 2H73A 1GTIA 2C0GA 3IAM2 2DLXA 3I69A 3KCMA 2AAWA 2AB6A 4K6XA 2HNLA 4POKA 4TR3A 2L57A 1WRYA 3TRPA 1AUCA 2A2RA 1ERUA 22GSA 5DCGA 4F0BA 4MPGA 1WP0A 3ME7A 5HR1A 4BPYA 2GSSA 6GSXA 4KCAA 2YPMA 3C73A 1MDIA 1JLWA 1EEJA 1BAYA 4RQXA 2CX4A 1EV9A 2M80A 5HFIA 4I5QA 3H79A 3D5JA 3ISOA 1TP9A 4WF4A 4BWQA 3ZITA 1OC3A 2GZZA 1GRXA 4V2NA 2L4CA 3W8SA 1N8JA 2BJXA 4TXOB 2LRTA 4MJEA 3HDCA 1EP8A 3DVXA 3HJOA 4KUNA 4KA0A 5G30A 1U88A 2JSZA 5IOWA 2IFQB 5DQSA 2GSRA 3H1NA 4GCIA 2PU9C 3DMLA 4OCFA 3S9FA 5IMAA 1Z3EA 4JEDA 2CAIA 3GSSA 3GYKA 4OWYA 1MDJA 4MJBA 2C4JA 5D93A 4EC0A 1K3LA 1RK4A 4K8MA 2KOKA 1V2AA 4MLYA 1F6MC 5IQYA 2H19A 1GP1A 2X99A 4WF5A 4AF2A 2WDUA 1IYHA 3KTLA 5D9VA 4FYUA 5ECOB 4ZL7A 1SK1A 3ERWA 3VPTA 1AIUA 3JCML 4G19A 4KSOA 2LRNA 4G10A 3TJKA 2K6VA 4N30A 2RM6A 2F8FA 2N5BA 2RUFA 2VLTA 4PUFC 4QQ7A 3WT2A 5B7CA 4YQVA 5CO3A 2VLUA 4X0XA 5DCHA 3R2QA 3ZFLA 4IJIA 2GQMA 3LEFA 3Q19A 1XWKA 3HD5A 5H5QA 2GZYA 2WB9A 4LMVA 5GSSA 1WIKA 2OBKA 4MABA 1GLPA 5J9CA 1GL8A 1DUGA 2K9FA 5E4WA 5IPGA 2VD0A 5LD0A 1SJ6A 4EE0A 1ABAA 2QGVA 4O92A 1YY7A 3ZIVA 3FZ4A 2H1BA 1EOHA 1AQXA 3ZZXA 5J4UA 2PMTA 4L8EA 3EINA 1EWXA 2FD3A 2LV3A 4BVXA 4BVYA 5LNKe 5J3RA 1YKAA 2Z9SA 4X1UA 3H4KA 1XW5A 1E6BA 1BX9A 1YJ6A 3FYGA 4OFTA 1OAZA 1UA5A 6GSUA 2DJ1A 3EE2A 4KH7A 3DIEA 2H1GA 1X9MB 3WT1A 1CQGA 2R6KA 2P5QA 3CYNA 2IIYA 4PQHA 4AJ8A 1SKWB 2VO4A 5JCGA 2DJ2A 2L5OA 2H71A 5A4WA 2QKEA 1I9DA 1O73A 1DSBA 2LKUA 2GT6A 2ALBA 3RHBA 2BTOT 2DSAA 3TGZA 4MJCA 2HLSA 4AJ7A 1PA3A 3IBHA 2H0HA 3H93A 5DJLA 3KJYA 1OKTA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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