3JCM | Genus

Total Genus 28

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	28
sequence length	139
structure length	139
Chain Sequence	SVLLPQLRTGWHVDQAIVTETKRLVVIRFGRKNDRQCMIMDELLSSIAERVRNFAVIYLCDIDEVSDFDEMYELTDPMTVMFFYHNKHMMCDFGTGNNNKLNFIVDDKQEMIDILETIFRGARKNKGLVVSPYDYNHKR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	The 3.8 angstrom structure of the U4/U6.U5 tri-snRNP: Insights into spliceosome assembly and catalysis pubmed doi rcsb
molecule keywords	Pre-mRNA-splicing factor 8
molecule tags	Transcription
total genus	28
structure length	139
sequence length	139
ec nomenclature
pdb deposition date	2015-12-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
L	PF02966	DIM1	Mitosis protein DIM1

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	3jcmL00

5CP1A 1WP0A 4J2FA 2F9SA 3H4KA 1XCCA 5GSSA 1ML6A 1G7OA 3DWVA 4MA9A 2OE1A 1E2YA 3FKFA 2WB9A 4I5QA 1TI1A 5DALB 4WXTA 5ECNB 1V57A 4ZIJA 1GWCA 4Q5NA 4AF2A 2XC2A 1SK2A 2XPEA 3TOUA 1OKDA 4PNGA 1Q98A 1S3AA 5B8AA 2ZCTA 3UMAA 3VPTA 4TR1A 5ID2A 3CTGA 4OO5A 4HEA2 4XS4A 5ECLB 4D73B 4TKYA 4IW9A 4IJ3A 5KN0A 2F8AA 4GTUA 2LRCA 5GZZB 3ZFBA 3HVXA 3RHBA 2A4VA 3TKSE 3GURA 1QGVA 1H4OA 4HZ2A 4EC0A 1FB0A 2GZPA 3FZ9A 2L6DA 1THOA 5HFKA 5IPHA 4LMVA 3NZNA 3F4SA 2WJUA 1IYHA 4EF0A 4ECJA 2XPDA 4MH2A 1MEKA 3I43A 2E7PA 3KD0A 4KE3A 4GSNA 2IMDA 2IJYA 5AN1A 3HA9A 3APQA 4V2MA 5IMZA 2GGTA 2H30A 3L9VA 2GZYA 1EP8A 1WRYA 4F2IA 4QL7A 4K8MA 4E8HA 3FZ5A 2YOIA 1RW1A 4MPGA 4JZQA 2PBJA 2F51A 2WFCA 1PD21 1KEBA 2Z9SA 2YZHA 3HHVA 3C73A 5C04A 3P8WA 3A2WA 5JCUA 4JE1A 1R4WA 1GRXA 3FEUA 1G6YA 5HQPA 3LYPA 3KXOA 1A2JA 3LQ7A 2V1MA 1TK5B 1R7HA 1VF4A 5DQYA 13GSA 1VF2A 1GH2A 4IQAA 2I4AA 2IL3A 2HZFA 2DSAA 1Z6NA 3CSHA 3TKQA 4HDEA 2DMMA 5G1LA 4XRDA 4EXJA 1A8YA 4PNFA 1XBSA 3M0FA 2L6CA 4GSSA 4V2LA 2C0EA 2WRTA 3TKPA 2HE3A 5ECKB 1UVZA 4V1Ap 1YY7A 2HFDA 3KP8A 5IMVA 1M99A 4MF6A 2EIRA 2I81A 5F06A 4NAXA 3EU4A 4HU9A 1X5EA 4BL7A 3GTUA 5ECPB 2QC7A 3UVHA 2LUSA 3HD5A 1MD4A 2L5OA 1GUKA 4QL9A 1M2DA 1N8JA 2CVDA 1TU8A 3GKXA 3M3MA 3F63A 5DALA 4JRRA 3GV1A 4OFTA 4GXZA 4MJAA 4WBRD 1THXA 2FWGA 6GSTA 1GSFA 3SBCA 2F3MA 1EP7A 1T8EB 4YQUA 2HXKA 3W8JA 2A2SA 1JLVA 4F0BA 1T00A 3TUEA 1WMJA 3GUSA 4POLA 2LQQA 1TJDA 3DKSA 5IMAA 4Z7XA 2IFQB 1PN9A 4I8BA 2VCXA 4IVFA 4MF7A 2B5XA 4MJEA 4CHSA 1FVKA 1M9AA 2L5LA 4K7NA 2GT5A 1XOAA 3HZ8A 1K0CA 1M7TA 3O76A 2RUEA 1EEMA 5IQYA 3ED3A 1A23A 5JWRB 4KDXA 1OAZA 4X43A 5J9CA 1XFLA 2HLSA 3G9BA 2C80A 3HJMA 2OE0A 2C8UA 3BCKA 1OKTA 6GSSA 4QQ7A 3H79A 2CA8A 3KCMA 2EIOA 20GSA 4O92A 4PGTA 2DJ2A 3UBKA 3DYRA 2V32A 1NSWA 2ALBA 3F4TA 2R37A 1WPIA 3IR4A 4J57E 2BJXA 4WR5A 3AY8A 1VRSD 3TJGA 3APOA 3DIEA 4YAVA 3ISOA 3WGEA 4F0CA 1SJZA 3VI7A 2C3QA 1PGTA 2YJ7A 5E4WA 1OC3A 4GF0A 3MNGA 1O6JA 1GULA 2DC5A 1KBNA 3RBTA 3G7IA 1AQWA 4EE0A 2B5YA 3EURA 3NIVA 5DBQA 3CXGA 2CVBA 4IS0A 3TJJA 2GVPA 3QOUA 3A2VA 4TR1B 2LNTA 5ID2B 4PQIA 5IMFA 1PKWA 1EGRA 2H76A 1XWKA 3KEBA 4XS4B 3U6VA 3TKSA 5HR2A 3TCOA 1O8WA 1K0NA 1AUCA 3US3A 1V9WA 3GL5A 4ML6A 2AAWA 5GAPD 1ILOA 2FUG2 3GFKA 4EUYA 3M8NA 1GSDA 2AJQB 3F8UA 2X8GA 4DVCA 2J9HA 2TRCP 3EYTA 2JADA 2MZCA 2GQLA 4I2TA 4HQSA 1PSQA 1XWCA 3Q74A 1Z3EA 3LEFA 3D4TA 4NHWA 1AQXA 2DJJA 5DCHA 3WD6A 1NM3A 2IWTA 6GSVA 3BJ5A 4ML1A 1AXDA 5DJMA 1XWAA 3UBLA 1LJRA 4KUNA 2YPMA 2CAQA 3P90A 2N5BA 4KB3A 2LS5A 4JR4A 1A0FA 2WULA 3QAGA 2AYTA 1K0DA 3IE3A 3KH9A 1TXXA 3UL3A 3CSJA 3CTFA 5JCWA 4L0UA 4IQ1A 4LL4B 3C1RA 2OA7A 2ON7A 1M2AA 1JZRA 4O32A 1S3DA 5ECRB 2E0QA 2L4CA 2O87A 4HQZA 2H1DA 4ISDA 3IPZA 2BMXA 3KMOA 2IFQA 1SK0A 1SKSB 2VLVA 2R5GA 2HSHA 2HRNA 4L0WA 4PQHA 2VLTA 1ACVA 1TK0B 3C71A 2DJ3A 2X99A 3IBHA 2P31A 3FHKA 2N5AA 4G9HA 2GDRA 5KEJA 1B9XC 1TP9A 4PURA 4FYBA 2L4QA 4AJ8A 5EVOA 2E2MA 16GSA 3IA1A 4KW6A 3TJKA 1R5PA 1V40A 2AUVA 2V41A 3KM6A 1DE2A 3HJPA 2VOCA 2KP1A 2M80A 4BWSA 2ES7A 3LXTA 4ZXGA 2PU9C 4OFMA 1AAZA 1HYUA 3M9KA 3IDVA 3HVVA 3ZMLA 3TB2A 2YANA 2YWNA 2C3NA 1PMTA 2KOKA 4XS1A 1USBA 3GA4A 3GTUB 1K3YA 1RQMA 4O7HA 3ERFA 3E0UA 4TXOA 3HYPA 3TKSC 4EO3A 2X8CA 1XZOA 2ZNMA 3L9SA 1G7EA 1V98A 3HVSA 4TVEA 2RUFA 9GSSA 1QXHA 3VWXA 1UC7A 2KHPA 3FZAA 1ZL9A 3ZVJD 4K1FA 4GSTA 4BVYA 3J7Yk 2PPTA 1ST9A 3GMFA 4ZBAA 3LFLA 5ECQB 5HR1A 4ACSA 1LBKA 4WBJA 5HR0A 1GP1A 1Z6MA 1A0RP 1SU9A 1O7UA 4H86A 5IOXA 4OMVA 3RDWA 3IK7A 2VCQA 1GL8A 4EDZA 2LEGA 3QR6A 4JBBA 1XWBA 2B1LA 1GSUA 2MMAA 4MPFA 2WS2A 4X0XA 3ZIVA 3EMPA 1ZMAA 3D21A 4CW9A 1GNEA 2H1BA 3QAWA 4MDCA 4ZL8A 3HDCA 1TK8B 4WF5A 5ELGA 1K3LA 1A24A 5IM9A 2CX3A 1NHYA 3Q6OA 1YF0A 4X1UA 5LNKe 3EMXA 2DBCA 2XBIA 3L9UA 4IBPA 2OBIA 3FR6A 4K7OA 1EZKA 2LJRA 2IMIA 2IMEA 4FO5A 1TI3A 4EKZA 3GKNA 2P0GA 4GQFA 3DXBA 3VWUA 3F3RA 1K3OA 4FIWA 3SWLA 2PVOC 2VD1A 2MBSA 2NVLA 4KNDA 4PQ1A 1AQVA 5DDLA 3L0HA 2YWMA 4HZ4A 2DJ0A 1AW9A 4K7IA 2OE3A 1GTAA 2C0FA 2EC4A 1WE0A 5A4UA 2WCIA 3UIWA 5ELAA 2PUKC 5IOWA 5ECMB 2CZ3A 3F9UA 4ECCA 3EU3A 3ERWA 4OCFA 4RQRA 3CBUA 2PWJA 2YV7A 3UOMA 3M1GA 4L5OA 2R4VA 3F3QA 5JCGA 1YZXA 3CMIA 3GKMA 3L4NA 1OC9B 3Q18A 1VF1A 1UN2A 2LRNA 1PX6A 3UVTA 3CYNA 2HYXA 3ME7A 2LJAA 4K0GA 3KGKA 1M2BA 2DMLA 1U88A 2HNLA 4ZBBA 4XTSA 2VLUA 2B1KA 5DJLA 2PN8A 3FK8A 4IELA 1FVJA 4TN8A 3TDGA 1S3CA 2VIMA 4FYUA 3TJFA 1OVNA 3DRNA 2JZSA 4ZL9A 4WR4A 3JCML 6GSUA 2C0GA 4PX1A 1GUHA 2VCTA 3I6AA 3QD9A 1YJ6A 4OWYA 3DVWA 1G6WA 4NXIA 2I1UA 3MAKA 3TRQA 1X5CA 3GX0A 5INYA 5JWQB 3W8SA 4DEJA 2V6KA 2G2QA 3QMXA 2GSRA 3PINA 5D8IA 1E6BA 5G1KA 2GQKA 2QSIA 3RAZA 4DSSB 3CSIA 3KJYA 2YJHA 2FHEA 2V6OA 1M0UA 4J56E 3NOFA 3R2QA 7GSSA 2GSQA 1IYIA 2H75A 4MZCA 1DSBA 4G2EA 1YKCA 4V1Ag 5ABRA 2CZ2A 5A5KA 2VO4A 12GSA 1XWGA 3KZQA 4IJIA 1Q4JA 3WT1A 2H6YA 1A2MA 2DLXA 1WOUA 5AIVA 4AJ7A 1DUGA 2VM1A 4IP1A 4MZBA 3FR9A 2OACA 3LGCA 4LLRA 2H1GA 4POMA 1U6TA 2ZUPA 3J7Yb 1QFNA 3IV4A 2MBTA 2C1YA 5EY6A 4MJBA 5KN1A 4BVXA 2H6XA 1TU7A 3QFAC 5J41A 1GUMA 3H1NA 3HCZA 1GTUA 3EE2A 4N0VA 1FB6A 4TXOB 4GQCA 5ECHB 1J0FA 4FH8A 3BOAA 4EDYA 2FWHA 2D2ZA 2HSYA 1B4PA 3APSA 1OYJA 4G10A 4ECIA 3O6TA 1GSYA 2H70A 1KNGA 3EC3A 4Q5FA 4MABA 2O7KA 1R5AA 4KSOA 4IGJA 4WF4A 5EPFA 3CRUA 2O8VB 1HQOA 5A4WA 2JZRA 3GX8A 1QMVA 1TRUA 3ME8A 1EV4A 3G7YA 22GSA 1TW9A 1PL2A 2JSYA 1BYEA 3K8NA 4L5LA 5D9VA 2N5FA 5DAKB 3ZVJA 4GLTA 1X0RA 3EWLA 5D93A 1OC9A 6GSXA 1M9BA 4YAPA 5IO0A 4ULXA 3D22A 1T4YA 3KTLA 3GN3A 3E9JB 1EWXA 3FZ4A 5B8BA 1Z9HA 2HRFA 1JFUA 2DJ1A 4IKHA 3F0IA 4F82A 4I6XA 2GTUA 8GSSA 2LJKA 3V1WA 5GAND 2ON5A 2IIYA 3HJOA 3MSZA 1R26A 2CQ9A 2VCVA 14GSA 4K6XA 1VGLA 1V2AA 2VCWA 4HI7A 1BJXA 2FD3A 1ZZYA 2GS3A 1N2AA 5DQSA 3C8EA 2P5QA 1K0AA 3L78A 1W4VA 1T7PB 3A3TA 1J9BA 1C72A 2CX4A 5ECIB 3GIXA 4GCIA 4OCEA 2H19A 3LJRA 1BQ7A 6GSWA 5J9BA 3ZLPA 1UA5A 2K6VA 2G0FA 4DSSA 1ZYQB 5L71A 1SD8A 2HI7A 4POBA 2H6ZA 3LYKA 4ZBDA 4OFNA 3IRAA 4JU5A 3OR5A 2FGXA 4ILFA 3M9JA 2PVQA 5IMDA 4F03A 1K0OA 1OE8A 2K8VA 4RQXA 1X5DA 3MDKA 1B48A 2F8FA 1RK4A 1ZOFA 1O73A 1O8XA 2GT6A 5D73A 1Y6EA 3EVIA 2DIZA 4ZB8A 4JEDA 1SJ6A 1JZDA 1U87A 4KCAA 2LRTA 1FG4A 4GWRA 4GRFA 5FHIA 5FWGA 1HNBA 1GSSA 1XW6A 1F37A 1SD9A 1ZCPA 3BBYA 4CDOA 5J4UA 3TOTA 2NDOA 3VWWA 4XS6A 2PMTA 2H73A 3ZTLA 2MMZA 3QCPA 5IPGA 4LL1B 1XPVA 3TRXA 1V58A 4HOJA 3VK9A 2FWFA 1GSEA 1PRXA 5B6NA 1BAYA 3BCIA 1Z7RA 3VURA 4TR4A 1H75A 1SENA 1MDJA 1TTZA 3N5OA 3F6FA 4N10A 4I2UA 3IHQA 5ECSA 1ERTA 1YEXA 1TRSA 3FRCA 3RPNA 3ZRDA 2H71A 4HU7A 5LCZA 1Z5YE 3GSSA 2H8LA 1A8LA 1CQHA 2AV4A 4YH2A 1FAAA 3WYWA 1DE1A 4MCUA 5D9WA 2FA8A 1I5GA 3DD3A 2LSTA 4KGIA 4XHMA 3DVXA 5LD0A 5DAKA 4HJMA 4N30A 5G30A 2YP6A 2FLSA 2H0IA 1URMA 5F8BA 3UAPA 1FOVA 5CRHA 1JZOA 4LA1A 2GSSA 2CVKA 2E2GA 1JLWA 4MF5A 3GSTA 1WWJA 2VL9A 4XCSA 5CO3A 3LG6A 3ZL5A 3KMNA 2R3XA 3IOSA 3HY2A 3GL3A 2XHFA 4N0ZA 3UEMA 5J5NA 3D5JA 4RI6A 3IAM2 2X8HA 4I97A 2FY6A 1GSQA 1DBYA 2IPAA 2LNSA 2R6KA 6GSYA 2RLIA 5G5EA 4E8EA 2CV4A 2R2JA 1MDKA 5GSTA 3WGXA 4YQVA 3GKKA 3IC4A 2K9FA 1KTEA 2PERA 5CRWA 4ECBA 1AC1A 1AIUA 2J23A 5IIZA 1SKRB 5HFGA 1EGOA 2JZTA 2A2RA 1A2LA 5CRGA 1O81A 4ZILA 4MZWA 4Q5RA 2LKUA 4V2NA 4F9ZA 1LU4A 1XVWA 2KUCA 2O89A 1QK8A 4BA7A 4KA0A 2C4JA 1SK1A 1ERWA 4G19A 3QFBC 2VM2A 5IMCA 4PXOA 1SL2B 2AB6A 2M72A 2B7KA 1OC8A 1NW2A 2HZEA 4L8EA 2IMKA 1SJIA 2KP2A 1X9SB 4P3YB 4EVMA 1YDKA 4BWQA 5KN2A 1B4QA 4WEYA 2EIQA 5ECOB 1OE7A 1TKDB 5CNWA 2WDUA 2B6MA 3GH6A 4OD7A 2C3TA 2X64A 2H1AA 1TRWA 1NHOA 4MH3A 2GLRA 1GLPA 1MD3A 1W89A 5CREA 4AJ6A 2JACA 1PL1A 1F6MC 2BTOT 3GH9A 4IP6A 5B7CA 3F6DA 1TDIA 3O3TA 1WIKA 1JZWA 3E3EA 4MLYA 18GSA 4TR0A 1ZYEA 1JHBA 3D6IA 4RUVA 4N11A 4O5RA 3C7MA 4KSMA 5DCGA 1ERUA 1ZGNA 2VL2A 2L57A 3PGTA 1BG5A 2FWEA 2LQOA 4OO4A 4XRAA 2YWIA 5CAXA 4KX4A 2H0GA 3ERGA 3ZFLA 2H74A 1GTBA 3FYGA 5H5QA 2QGVA 4KDUA 1T3BA 1YF1A 2H72A 2B5EA 3VWVA 2TRXA 4HS1A 4NMUA 3VPQA 17GSA 3KIJA 3BD2A 5F0GA 2V2GA 2CAIA 3P2AA 2OBKA 4XIHA 1SL1B 4D73A 2GZZA 1ERVA 1XW9A 1QQ2A 2JU5A 3G7JA 5AIXA 4KAEA 3KP9A 2FCHA 1Z7PA 1O85A 1EOGA 4ID0A 1GTIA 1YEPA 3ZYWA 1SL0B 3TKRA 5D9TA 5J3RA 1BX9A 3ZMKA 3TJBA 2B3SA 3D0ZA 4ZB9A 1PA3A 2LV3A 3DEXA 1EV9A 1ON4A 2M46A 5CYYA 1ABAA 2NTOA 3GYKA 2JL4A 1YKAA 4WETA 3ZREA 4TRXA 5FT3A 1PX7A 2RM6A 2H0HA 5COHA 5G2ZA 3H93A 4K9ZA 4HUAA 4NWYA 5G31A 4POKA 4WKWA 3FW2A 2L59A 4NV2A 3LWAA 3QDNA 2I9HA 2RM5A 3DMLA 5IO2A 19GSA 5G5FA 1B8XA 1T4ZA 3QPMA 1YQ1A 2YV9A 5ENUA 3W6GA 5KN3A 3GNJA 3I69A 1GLQA 3GHAA 3N9JA 1U3AA 2YCDA 1VF3A 2B7JA 5AISA 2REMA 2CT6A 3TGZA 2MMOA 3HKRA 2RIIA 10GSA 4RI7A 2YN1A 2WZ9A 1J08A 4NHZA 4NV5A 3FR3A 1T1VA 2GQMA 1FHEA 4MMMA 3UARA 3IXRA 1PKZA 1U3IA 2I3YA 2P5RA 11GSA 5F07A 1K0BA 4KDYA 3KH7A 2TIRA 1MDIA 3HZ4A 3WGDA 2VUPA 2JSZA 3QAVA 2YZUA 1XOBA 2XBQA 2MMNA 4MK3A 2FA4A 1EOHA 2VL2C 4TR3A 1TOFA 3F4RA 3I9V2 3A5WA 4K0NA 1CQGA 4Q5QA 1F9MA 3CRTA 1I9DA 2DJKA 2H01A 3EINA 1XIYA 2YNXA 3DGQA 3UJ1A 3LSZA 3PR8A 3IAS2 4KCEA 3FY7A 4DSQA 3P7XA 3VLNA 2MYGA 4EL1A 5A4VA 2IN3A 5JWOB 4TW5A 5HR3A 1PQNA 3ZZXA 2PGTA 4TXVA 5DVBA 5D9XA 4FYCA 4JR6A 4LMWA 4KH7A 1FO5A 2NBSA 5HFIA 4PUFC 3U5RE 2K18A 3ZIJA 4BPYA 5AGYA 2OADA 3A2XA 4MJCA 1X9WB 4MP4A 1HNAA 2O85A 5H5RA 1Y25A 5D96A 3TRPA 2H66A 2LTKA 3RPPA 2IMFA 3C1SA 3IK9A 3MWHA 3KTBA 1XW5A 2HZEB 2K8SA 1MTCA 4NPBA 4K2DA 4DSRA 1FW1A 3LXZA 1BEDA 2NPBA 2KLXA 2GSTA 5E59A 3PH9A 3VFIA 3VI5A 1SYXA 2WGRA 2VCZA 2DIYA 3H8QA 4PUAA 4IHUA 1F3BA 1QUWA 4IN0A 3WT2A 2OJLA 5CRDA 1XVQA 5H5SA 1GNWA 1WJKA 4TOPA 1HD2A 3LORA 1SKWB 4YQMA 1HNCA 1K0MA 2YWOA 1TRVA 1G0TA 4AGSA 5F05A 5B6MA 4HJ2A 1F2EA 2FNOA 2VD0A 2VAFA 2HT9A 3HXSA 5C00A 1F3AA 4ZL7A 1B9YC 3Q19A 3ZITA 4ZB6A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH homology

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#chains in the Genus database with same CATH topology
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