3JCM | Genus

Total Genus 28

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	28
sequence length	139
structure length	139
Chain Sequence	SVLLPQLRTGWHVDQAIVTETKRLVVIRFGRKNDRQCMIMDELLSSIAERVRNFAVIYLCDIDEVSDFDEMYELTDPMTVMFFYHNKHMMCDFGTGNNNKLNFIVDDKQEMIDILETIFRGARKNKGLVVSPYDYNHKR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transcription
publication title	The 3.8 angstrom structure of the U4/U6.U5 tri-snRNP: Insights into spliceosome assembly and catalysis pubmed doi rcsb
molecule keywords	Pre-mRNA-splicing factor 8
total genus	28
structure length	139
sequence length	139
ec nomenclature
pdb deposition date	2015-12-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
L	PF02966	DIM1	Mitosis protein DIM1

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	3jcmL00

4HDEA 2OKAA 5KN1A 2H30A 2BJXA 5KN0A 1AAZA 3F4SA 3F6DA 5A4WA 4G19A 1DE2A 4IGJA 2IMEA 3CTGA 2WDUA 4PUAA 1HYUA 4MH3A 17GSA 1Z5YE 4TR1B 1PRXA 1XCCA 2HZFA 3CSHA 1VRSD 1U88A 2MMAA 2HSHA 4NXIA 3TGZA 3LG6A 2OACA 3GKMA 2DIZA 1ML6A 5IMFA 4J2FA 1ZYQB 3TRPA 2VD0A 2FHEA 2ON5A 3KIJA 4TVEA 3FKFA 1UN2A 3KMOA 4MF7A 2IMIA 4EE0A 2I9HA 2F8AA 1T3BA 1MD3A 4KW6A 1SL1B 1UC7A 2DMLA 2PVQA 4HQZA 4MH2A 4V2NA 2FY6A 3Q18A 2A4VA 2DJ2A 3ZFLA 4AGSA 4LL1B 9GSSA 2WJUA 3ZVJD 3IA1A 2VLUA 5ECRB 5D9VA 5AN1A 2B7KA 3F9UA 2JSYA 2MMNA 3QPMA 3M0FA 1X5DA 4JBBA 3U5RE 1QGVA 2CAQA 5G31A 2LNTA 3IBHA 1EEJA 3W8JA 4POMA 1OKDA 2XC2A 2WFCA 3C7MA 2N5BA 2CVDA 3LEFA 3QCPA 1XWKA 3F4TA 3N9JA 4L5OA 5ECIB 1J0FA 5INYA 2H1AA 3UBKA 2R4VA 1S3AA 1EV4A 1MDJA 2HE3A 4YAVA 4ZBDA 1V57A 1SK0A 3WGDA 2VCWA 1GSUA 1R26A 4MZCA 1BEDA 1DBYA 4Q5FA 1XW9A 1TRSA 4O92A 1TP9A 1YY7A 2F9SA 4XS4B 1TTZA 5IIZA 2VCQA 3M9JA 2ZCTA 1Z6NA 3L9VA 1WE0A 3KP9A 1C72A 4P3YB 2GT6A 4EKZA 1R5PA 3QR6A 3U6VA 2P0GA 3DVWA 4ECBA 2HI7A 4WETA 1HNBA 5F0GA 3WT2A 4N30A 5DQYA 5AGYA 2I81A 3VK9A 2PGTA 2VCXA 1ZOFA 3RHBA 3GX0A 4JR6A 1H4OA 4QL9A 3QAWA 3L78A 4ML6A 4AF2A 2A2RA 4ACSA 1M9BA 1O8XA 1TI1A 20GSA 4NV2A 1GLPA 3WYWA 2YV7A 4Q5QA 3KTBA 2E2MA 4TXOA 3KD0A 2E7PA 1SD9A 4HQSA 1TU7A 2PVOC 3ZYWA 3FZ9A 1X9MB 3RBTA 2CA8A 5KEJA 1TI3A 3C8EA 3GURA 4N10A 4F03A 5FHIA 4ZL7A 3GTUA 2KP2A 2Z9SA 3HY2A 3GKNA 1ON4A 1X9WB 1KBNA 2H19A 5HFGA 5D8IA 4LA1A 4IBPA 3CMIA 3WT1A 1A2MA 4KGIA 6GSUA 3QDNA 2IFQB 3VI7A 2HZEB 2RUFA 2DBCA 1QXHA 3RHCA 3HD5A 5LNKe 16GSA 5J5NA 3L0HA 2HRNA 2H1GA 2C3TA 3GL5A 1VF4A 2CAIA 3HJOA 3TRXA 2YNXA 5A4VA 1HQOA 1I9DA 4F2IA 2CZ2A 1XIYA 3HVSA 4MK3A 2JZTA 1OVNA 2EC4A 2L4QA 2PN8A 3HCZA 3QD9A 1N2AA 3IR4A 1K0CA 3KM6A 1W89A 3F63A 1K0DA 3TB2A 2L57A 4I5QA 2YV9A 1B9XC 4OD7A 2PBJA 3UIWA 4DSSA 2P5QA 5COHA 4BVYA 2X64A 1ABAA 4ISDA 5F06A 2YP6A 1SU9A 3C73A 5HR0A 1K3YA 5CRDA 3S9FA 5GSTA 3EMPA 3MSZA 3HXSA 3I6AA 2EIRA 2V1MA 3LXZA 4BA7A 4HJMA 4XCSA 2LKUA 3ZTLA 5IMAA 4MA9A 1UA5A 3TOUA 3FW2A 1ERUA 4ZBAA 1EEMA 3VURA 3ZVJA 1VF2A 2OBKA 2FLSA 4ZIJA 5DJMA 2FGXA 2X99A 18GSA 3D0ZA 3LORA 1XWBA 4JU5A 3EINA 2OJLA 5B8AA 2NDOA 2IJYA 1ZCPA 1CQHA 3EURA 5IM9A 4MF5A 2C3NA 4K0NA 3VFIA 2QSIA 2M72A 4FH8A 4RQXA 1W4VA 3A2WA 1YKAA 4IHUA 1GLQA 4IQ1A 3BJ5A 4PX1A 2LTKA 3TCOA 2AB6A 2E0QA 2EIQA 2LEGA 2YANA 4MJCA 4AJ7A 4XRAA 2KHPA 4JE1A 4OFNA 2RLIA 2KUCA 3LJRA 5IPGA 1GNWA 3TRQA 1A2JA 2GS3A 3C71A 3KH7A 1WOUA 3IPZA 2K18A 4YAPA 1K0NA 4ECCA 1ZYEA 2B1KA 1ACVA 2JADA 4ZL9A 1FW1A 2CZ3A 3FZ5A 1KNGA 4EF0A 3F0IA 4MJAA 4BVXA 5HQPA 2LUSA 2VIMA 1XWAA 1YJ6A 4X0XA 4O32A 5G1KA 2XHFA 4X43A 1F9MA 4XTSA 2OA7A 5DALB 2C4JA 3EC3A 1AIUA 3DYRA 1O7UA 2VUPA 4BWSA 14GSA 1MTCA 5EY6A 2GLRA 4TR0A 3J7Yb 2I4AA 1QK8A 1NW2A 4KDYA 2KLXA 2H0IA 2L6DA 1GUHA 2CV4A 2GGTA 1GSQA 2YWIA 4AJ8A 4IQAA 3PH9A 3HJPA 1VF1A 5HR2A 2WB9A 3DD3A 1YF1A 2IPAA 3FYGA 4OCFA 5DBQA 2VO4A 2B7JA 4HUAA 1M2BA 4KDXA 1M99A 4ID0A 4DSQA 2LNSA 3BCIA 3HA9A 2DJKA 1XXUA 1EV9A 3GH9A 2QC7A 4ULXA 1Q98A 2ZUPA 1DUGA 2FUG2 4GRFA 2FWFA 3APOA 1M0UA 3J7Yk 1Z3EA 4WF4A 1GUMA 4ML1A 3EVIA 1WRYA 5J3RA 2VOCA 2H76A 3DKSA 4IP6A 4N0VA 4GSSA 1G7EA 2KP1A 3BCKA 4PXOA 3EU4A 1MDIA 5LD0A 3IAM2 4MP4A 4JR4A 2GSQA 3ERWA 4NHZA 4POLA 1GSFA 1FOVA 3A3TA 5F07A 5DCGA 2G2QA 5LCZA 2VL2C 3UARA 2K8SA 5DAKB 2LS5A 3IHQA 3LFLA 3UMAA 2VL2A 3R2QA 3Q6OA 2YJHA 1K0MA 1X0RA 1FB6A 4Z7XA 1X5EA 3US3A 2VLTA 2OE0A 1T4ZA 1HD2A 4MF6A 3EYTA 1SJIA 4V1Ag 1OC9A 3TKSC 7GSSA 3G7IA 4PUFC 3ERGA 3AY8A 4YH2A 3TKSA 4YQVA 3QAVA 3RAZA 6GSXA 4POBA 3O3TA 3GIXA 3GV1A 2YPMA 3ZITA 5ENUA 4KNDA 1V2AA 2H73A 4FO5A 3UOMA 6GSWA 2B6MA 3CRTA 2FNOA 1AXDA 1JFUA 5EPFA 2C0DA 2F51A 5JCUA 2JL4A 1GSYA 2F3MA 3DGQA 1GRXA 1JZOA 3A2VA 13GSA 4EUYA 1GTBA 3LYPA 3D22A 4ZBBA 5G5FA 3F4RA 3ZRDA 1M2DA 3N5OA 4H86A 1O6JA 2N5AA 3RPPA 1XPVA 5DCHA 3HJMA 3QMXA 2LJAA 5H5QA 5IMZA 4IJ3A 6GSYA 2O8VB 3ZMLA 3BBYA 2PMTA 1PX6A 1FG4A 1TK8B 2P31A 4K7OA 4K7IA 1B48A 4NV5A 5JWRB 4TW5A 3FRCA 2C8UA 5F8BA 5ECPB 1JZWA 2J23A 2YN1A 3KP8A 5ECSA 1QQ2A 3TJFA 2DJ3A 3TKQA 1TW9A 3GFKA 1WP0A 1BG5A 3IC4A 4HOJA 3VWXA 1BYEA 1ZZYA 1GL8A 2VCVA 2B5XA 4MZBA 5A5KA 2VL3A 4KH7A 5EL8A 5CNWA 2K6VA 1AW9A 4DEJA 1GUKA 5AIXA 1VGLA 3P90A 4HEA2 3ZL5A 3MDKA 1K0OA 3LQ7A 4O7HA 1XOBA 2TRCP 4MCUA 2V6KA 5ABRA 4ECJA 1F3AA 4L0WA 5D9TA 3F6FA 5FT3A 3GUSA 4NPBA 1U3AA 5F05A 4KDUA 1QFNA 4BWQA 2R2JA 1SD8A 2ZNMA 3PGTA 3CYNA 3KGKA 3ISOA 1XZOA 2PUKC 2JZRA 3TKPA 5DVBA 3WD6A 4E8EA 4WBRD 3TKRA 4F0BA 2L6CA 1V98A 2GZYA 2H01A 5ECQB 4IS0A 2PU9C 2HFDA 1NSWA 5GZZB 5B8BA 2L5LA 1B8XA 1O73A 1BAYA 2R3XA 4LLRA 3TDGA 2H66A 1R5AA 1AQVA 1Z7RA 2RIIA 4TXVA 3KH9A 3F8UA 2VCZA 2AYTA 2C80A 5D73A 4Q5NA 3EU3A 4HJ2A 4WR4A 5ECLB 1OKTA 3BD2A 1FVJA 2VL9A 1A23A 3VPQA 4OO4A 2H0HA 3EWLA 3H93A 2E2GA 3M1GA 3DIEA 4WEYA 3VWVA 1F6MC 5HR1A 3HZ8A 1EWXA 2CT6A 3IXRA 1Z9HA 2AJQB 1LBKA 3K8NA 4FYUA 4KB3A 5C04A 3FK8A 5D9XA 5J9CA 5D93A 2V32A 1FO5A 4D73A 3W8SA 3D21A 4IELA 4RUVA 2K9FA 3HZ4A 1THOA 4EVMA 4OCEA 3P2AA 3KEBA 1URMA 5AIVA 1B4QA 3ZZXA 3CSIA 1YEXA 4GF0A 1PQNA 2K8VA 4GWRA 1YDKA 4I2TA 4MJEA 4F0CA 2CQ9A 3NIVA 1ERTA 2GSSA 4WF5A 2LSTA 2IMFA 3ZMKA 2DMMA 2AAWA 4GQFA 2IWTA 3LGCA 1PKZA 4TR1A 2NVLA 2J9HA 3M8NA 2R37A 2CX3A 3IK7A 3UVHA 3Q74A 4PNGA 2IN3A 5G1LA 5J9BA 4ZL8A 5ECHB 3ZFBA 2GDRA 1BJXA 2KOKA 2NPBA 3DMLA 2XBQA 1EP8A 4K8MA 2MMOA 5ELGA 1GULA 2H1DA 2O89A 1Y25A 4OFTA 4TKYA 2LRTA 3D5JA 1THXA 2GZPA 3IK9A 2VM1A 4XIHA 4WKWA 3C1RA 3GRXA 1M7TA 2GQLA 2OE1A 3MNGA 3V1WA 2GT5A 1SKWB 1SK1A 2G0FA 3UEMA 1V58A 5CAXA 5CREA 4J57E 3G9BA 2XBIA 4G2EA 3M9KA 4GLTA 3CBUA 2MBTA 4MJBA 5CRGA 1A0FA 5ECOB 1CQGA 1NHOA 2YJ7A 1OC8A 4K9ZA 1SKRB 4YQMA 2H70A 2LRCA 5G30A 1U6TA 2GQMA 1DSBA 4TR3A 4TXOB 3W6GA 4XS4A 1Z6MA 1MD4A 4TOPA 2OE3A 5CP1A 4CDOA 5J41A 2RM6A 1JLWA 1Z7PA 4L8EA 3PINA 3KCMA 3UL3A 5GAPD 4EC0A 1ILOA 4IKHA 1O81A 1B9YC 3CXGA 4KCAA 1SYRA 1EOHA 1TOFA 3ERFA 4IVFA 5JWOB 3GKXA 2FA4A 2YZUA 5ECMB 2MYGA 3GTUB 1SJ6A 3GSTA 4POKA 1X5CA 1A24A 4KSOA 2WS2A 4WXTA 3UBLA 4X1UA 4BL7A 1GSSA 1A8YA 1RK4A 2H72A 3HKRA 1UVZA 2O7KA 2D2ZA 5C00A 4I8BA 4OMVA 4KX4A 4EXJA 2M80A 3CRUA 1SKSB 4K7NA 4PNFA 2XPEA 2FCHA 5EVOA 1J9BA 3VWWA 1PD21 3GSSA 1XVWA 2CVBA 2WZ9A 5KN3A 4KA0A 2H74A 2MZCA 4ZB9A 4HS1A 3TKSE 3GNJA 1PGTA 4Q5RA 4LMWA 2YWNA 3TUEA 3DEXA 5IMDA 3HYPA 12GSA 3GN3A 1GWCA 4IN0A 3DWVA 1FHEA 2WRTA 4D73B 1AUCA 2H0GA 1JZDA 4DSSB 3KZQA 4PQIA 3IAS2 3UJ1A 3FHKA 4MABA 1SENA 1PN9A 3TOTA 2DSAA 1RQMA 1J08A 4O5RA 8GSSA 1WMJA 1T1VA 1E6BA 3E9JB 5B7CA 4CW9A 4K0GA 2QKEA 2RM5A 2L59A 1ERVA 5AISA 1B4PA 5IPHA 2FWHA 2YOIA 1R4WA 2WCIA 1F2EA 1DE1A 1XBSA 4HI7A 2C0FA 4GSTA 3KTLA 4N0ZA 3I69A 3ME8A 1TDIA 2OADA 1GH2A 4ZXGA 4HU7A 1AQWA 4FYBA 3G7JA 5HR3A 2H1BA 4F82A 1QUWA 1FVKA 1ZMAA 3APQA 2DJ0A 5HFKA 1TRWA 3BOAA 2VCTA 3MAKA 1XW6A 5GSSA 3GH6A 5H5RA 2B5EA 1JHBA 4EL1A 1K0AA 4PGTA 3ZIJA 4TRXA 1G0TA 2DJJA 2DIYA 3CSJA 2B1LA 1A0RP 1G7OA 5CRHA 3LXTA 3SWLA 3ED3A 3GKKA 3EE2A 1VF3A 1JZRA 4HZ2A 4KAEA 1OYJA 4L0UA 5D9WA 3FZ4A 5ECNB 2B5YA 2NBSA 2ES7A 2VLVA 1TXXA 4N11A 4ZB8A 4I97A 1T8EB 5KN2A 1WIKA 1Y6EA 1H75A 1WJKA 1FAAA 1YZXA 3IE3A 3CTFA 2GQKA 3TJBA 4JEDA 1X9SB 1ZGNA 1EZKA 4F9ZA 4J56E 3WGXA 1PL1A 1XVQA 4BPYA 4I6XA 4QL7A 2H6XA 3A5WA 2BMXA 1M2AA 1PMTA 1ZL9A 3D4TA 1SK2A 2DJ1A 1PKWA 4LMVA 2O85A 2F8FA 3L9SA 4TR4A 5H5SA 2H75A 1GNEA 3VPTA 4ILFA 3O76A 1GP1A 1OC3A 1GTUA 2AV4A 2R5GA 2H6ZA 2BTOT 2JZSA 2YZHA 3F3RA 1EGRA 3GL3A 2GZZA 2MBSA 4JZQA 3H4KA 4TN8A 3OR5A 3TJKA 1RW1A 1BX9A 2C0GA 4GCIA 2HT9A 3TJJA 1TKDB 1ERWA 2LV3A 3QFBC 4RQRA 5DALA 2FD3A 1V9WA 1TRUA 1V40A 1MEKA 4FYCA 2HXKA 3EMXA 3L4NA 3C1SA 4EDZA 4XRDA 1YKCA 6GSTA 1AQXA 1G6YA 1GSDA 4KE3A 4GQCA 1S3DA 2LQQA 3ZLPA 3E3EA 2IMDA 3GHAA 1N8JA 3FR9A 3H79A 5IO2A 2TRXA 5FWGA 2LRNA 4MLYA 5ID2A 3M3MA 4K1FA 2AHEA 1T7PB 4NAXA 1XFLA 3KMNA 5JCWA 3KXOA 1OE8A 3LWAA 4NWYA 1S3CA 22GSA 1OC9B 3RPNA 5L71A 3O6TA 1TU8A 1I5GA 1PX7A 2IMKA 3RDWA 1ST9A 4PQ1A 1E2YA 2WGRA 3LYKA 5B6NA 4G9HA 3ZIVA 5ELAA 5IMCA 3ME7A 1BQ7A 2FA8A 1R7HA 3FR6A 2IL3A 3LSZA 3FEUA 10GSA 3P7XA 1WWJA 2PERA 5IMVA 3VLNA 2X8GA 4DVCA 1PSQA 2GVPA 4OWYA 4ZILA 5DAKA 2O87A 2V41A 3GMFA 3QFAC 2H8LA 3HVVA 1KTEA 1XWCA 2LQOA 1A8LA 1USBA 3UAPA 2YCDA 5ECKB 3ZREA 2V6OA 2R6KA 5D96A 1IYHA 2TIRA 2WULA 2NTOA 5G2ZA 3FZAA 5JWQB 19GSA 1SL0B 3D4MA 4I2UA 3QOUA 2VD1A 1K0BA 3DVXA 3FR3A 4K2DA 2EIOA 2M46A 1OE7A 4XS1A 4MDCA 2LJKA 1QMVA 3SBCA 1XOAA 3I9V2 4QQ7A 2CX4A 3Q19A 3GX8A 1EOGA 4V2LA 2P5RA 3IV4A 1FB0A 4NHWA 1K3OA 2XPDA 1F37A 2RUEA 2JSZA 1T4YA 2FWGA 2HYXA 5E4WA 5G5EA 3NZNA 4IP1A 3APSA 3H8QA 3QAGA 1TRVA 3IDVA 3E0UA 5E59A 4MPGA 4IW9A 3A2XA 3HDCA 5J4UA 5CRWA 2PPTA 1TK0B 1WPIA 5DJLA 2HLSA 2N5FA 5A4UA 2LJRA 3JCML 1TK5B 4K6XA 2OBIA 1Q4JA 1GSEA 2HSYA 2FWEA 1NM3A 1O85A 4KSMA 3IRAA 4ZB6A 2GSRA 2L5OA 3I43A 1AC1A 1NHYA 4KUNA 5CYYA 3TJGA 3G7YA 3GYKA 2JU5A 2IIYA 4PQHA 3DXBA 5IQYA 1HNAA 2REMA 1PL2A 1G6WA 3PR8A 4RI6A 4AJ6A 3H1NA 2I3YA 6GSVA 2X8HA 3UVTA 2ON7A 1GTIA 4HU9A 1YQ1A 1IYIA 4V1Ap 3WGEA 2L4CA 1LJRA 2GSTA 2HNLA 1T00A 4JRRA 4OO5A 5DDLA 1A2LA 2H6YA 2X8CA 1EGOA 4IJIA 1U3IA 4L5LA 5CO3A 4OFMA 1TJDA 1O8WA 4KCEA 5IOXA 4EDYA 5JCGA 1KEBA 6GSSA 1YF0A 4G10A 1SL2B 4MMMA 2YWMA 4HZ4A 4V2MA 2DC5A 4MZWA 5B6MA 2B3SA 1LU4A 5IO0A 4WR5A 3DRNA 4YQUA 2AUVA 1XW5A 4DSRA 4MPFA 5HFIA 4XS6A 3FY7A 1MDKA 2V2GA 2ALBA 4GSNA 2QGVA 5GAND 2JACA 2CVKA 1XWGA 4RI7A 5DQSA 5ID2B 3D6IA 4E8HA 1HNCA 4GXZA 3VWUA 1M9AA 2H71A 2DLXA 4CHSA 1F3BA 1GTAA 1OAZA 5IOWA 4EO3A 2C3QA 3L9UA 1K3LA 2VAFA 3HVXA 2C1YA 3F3QA 1JLVA 3IOSA 4GTUA 2GTUA 4PURA 3HHVA 3KJYA 4ECIA 4NMUA 4XHMA 11GSA 2MMZA 4LL4B 4FIWA 2YWOA 3P8WA 2A2SA 1SYXA 4WBJA 2PWJA 3NOFA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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