3JCML

Cryo-em structure of the spliceosomal u4/u6.u5 tri-snrnp
Total Genus 28
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
28
sequence length
139
structure length
139
Chain Sequence
SVLLPQLRTGWHVDQAIVTETKRLVVIRFGRKNDRQCMIMDELLSSIAERVRNFAVIYLCDIDEVSDFDEMYELTDPMTVMFFYHNKHMMCDFGTGNNNKLNFIVDDKQEMIDILETIFRGARKNKGLVVSPYDYNHKR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords Pre-mRNA-splicing factor 8
publication title The 3.8 angstrom structure of the U4/U6.U5 tri-snRNP: Insights into spliceosome assembly and catalysis
pubmed doi rcsb
total genus 28
structure length 139
sequence length 139
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF02966 DIM1 Mitosis protein DIM1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3jcmL00
1FVKA 1K0AA 2O7KA 3DWVA 1WMJA 2GSTA 4TKYA 2NPBA 1AAZA 3ZMLA 1XWAA 1BJXA 4ZBAA 2HI7A 2NTOA 1AW9A 4BPYA 2O89A 2H72A 3LGCA 3V1WA 2JSZA 4EL1A 1NM3A 1TI3A 3TKSA 1TXXA 3L4NA 4HQZA 1OKTA 2B5EA 2MBTA 1YEPA 4F9ZA 3P90A 4G9HA 1Q98A 4KW6A 3LSZA 1SK1A 4WEYA 4NAXA 2XHFA 4CW9A 1CQHA 3CSIA 3D6IA 1SD8A 1GUHA 1M7TA 3A3TA 3UAPA 3I6AA 1TRUA 3HJOA 2DIYA 3NZNA 1R5PA 5JCGA 5AIXA 1AQVA 1THXA 3GSSA 2H8LA 4LLRA 2LQOA 3D4MA 4HZ4A 3G9BA 3DGQA 3PH9A 3H79A 1NHYA 3MSZA 2VCQA 3R2QA 4XS4B 3KXOA 4POMA 3WT1A 12GSA 3LJRA 4F2IA 2H71A 1ZZYA 1VF3A 3IBHA 4WF5A 2LV3A 4OFMA 1OC3A 4CDOA 4J56E 2VCVA 1Y6EA 5DQYA 5KN3A 4IBPA 3DD3A 5IPHA 3LXZA 2IWTA 4I8BA 4YQMA 2E7PA 5HFIA 1R7HA 3ZFLA 2H19A 3SBCA 3M1GA 4NWYA 3NIVA 1ON4A 3HYPA 1LBKA 2PN8A 4MCUA 1B48A 2FWFA 3F4TA 1FAAA 3TB2A 4HDEA 1XVQA 4KDXA 1YF0A 3LFLA 2LTKA 4YQUA 1S3AA 2DLXA 5D73A 1PKWA 2HZEA 1S3DA 4KH7A 1QK8A 3ZYWA 1I5GA 2VD0A 1A8YA 2IMIA 4BWQA 1NW2A 4F0CA 1JZDA 3DYRA 4KX4A 1THOA 2KP2A 1E2YA 3CYNA 3ERWA 3WGEA 2K9FA 2N5AA 3ME7A 2PGTA 4DSRA 1CQGA 3MAKA 2VIMA 2P31A 5LCZA 2IMEA 1PMTA 1SJIA 4JRRA 4PQHA 3RDWA 2IIYA 1UC7A 3H8QA 1GTUA 1J08A 2JZRA 4QQ7A 1T4ZA 3WGXA 3WGDA 5DALA 4IP1A 3RHBA 4H86A 2IJYA 4YQVA 1ZYQB 4TR0A 4XTSA 1A2JA 5ECHB 1FW1A 5DCHA 3UIWA 3H93A 4D73B 1GH2A 5HFGA 4L0WA 1ZYEA 4EVMA 5EPFA 2ON5A 3FR6A 1ZL9A 4ZBBA 1MDJA 2IL3A 3D4TA 3W8JA 5E59A 3GKMA 2YPMA 2DJ3A 3HHVA 3GUSA 4EKZA 1OC8A 2H74A 4LL1B 4ECJA 5D9WA 2J9HA 2EIRA 2B7KA 2BMXA 2V6KA 5ID2B 1A2MA 3H1NA 2YV9A 2YWIA 3I43A 2C3TA 4PNGA 2DSAA 4OFNA 1GLPA 4EXJA 5CRGA 1T8EB 2TRXA 2AHEA 4TXOB 1UVZA 1O81A 2C0DA 2BJXA 1K0DA 1AQXA 4I2UA 2L6CA 1GSEA 3D21A 2N5BA 2QC7A 2X64A 3ED3A 3RBTA 2XPEA 2GQKA 2VL3A 5J9CA 2LRTA 4HU7A 2B1KA 4I97A 1T3BA 3KTBA 4MLYA 4HUAA 2NDOA 2D2ZA 3DEXA 3M8NA 2GZPA 6GSSA 2VM2A 2ES7A 1XZOA 5CRWA 1GP1A 3CSJA 4I2TA 3LORA 2V6OA 3RAZA 4ZB6A 2WZ9A 1YQ1A 4TW5A 2WCIA 3GIXA 2TIRA 2YANA 3QFAC 4IS0A 3AY8A 4JR6A 1H75A 2LRCA 1XCCA 2KUCA 5KN2A 1XWCA 4DEJA 3APQA 2GTUA 2GVPA 2CX3A 3IAS2 4K2DA 3HVSA 1Z7PA 4X43A 1ML6A 3F6DA 4LMVA 3KH7A 1XFLA 3P7XA 3GKNA 4N0VA 5JCUA 3IK7A 6GSTA 5D9XA 4IJ3A 2IMDA 4V2LA 5HR3A 1BAYA 2PBJA 3QPMA 1N2AA 4FYUA 1TRSA 5F8BA 2YP6A 2PVQA 3GX8A 1RW1A 4ECCA 2V2GA 1PL2A 4XS6A 4QL7A 5C04A 2HZFA 2A2RA 1BQ7A 2LQQA 1BYEA 3QOUA 3PGTA 3IDVA 3U6VA 3UVTA 4DSQA 1HNCA 1SKRB 5B6NA 4EE0A 2FA8A 3DVWA 4N10A 1VF4A 3IK9A 1KNGA 3KCMA 3KZQA 3FRCA 1NHOA 2VL2C 3TKSC 1TOFA 4KAEA 1G7EA 2C0EA 2VLTA 5ENUA 3FZ5A 5LD0A 3VURA 3ISOA 5IO2A 3GA4A 1TJDA 2IMFA 4ECBA 1ERWA 2LRNA 4PGTA 4I5QA 2L57A 1EV9A 4CHSA 1HNBA 1K0NA 1GULA 3G7YA 4G2EA 5D9VA 3ZMKA 4TN8A 2CZ3A 1FVJA 2HSYA 3CRTA 1EGOA 3HJMA 1K0CA 3UMAA 19GSA 1U87A 5A4WA 3E3EA 4F03A 1KEBA 3N9JA 6GSWA 3TOTA 3Q74A 4Q5FA 2YZHA 4V2MA 5HR2A 4L5OA 4TVEA 4OFTA 1M2DA 3LWAA 1XVWA 3FR3A 2G2QA 1JLVA 1DE2A 3CMIA 5G1KA 5JWOB 4POLA 2P0GA 3TJFA 3Q6OA 2WFCA 3P2AA 1OVNA 3QAGA 1EP7A 5HQPA 1XBSA 5CRDA 2RIIA 1B4PA 4IW9A 3BBYA 1O73A 2E0QA 1U6TA 2OBIA 2YJ7A 3UL3A 2VCWA 3GTUB 4KSMA 2F3MA 1HYUA 3CBUA 2H70A 3EWLA 5IMCA 1XPVA 3MWHA 4OCEA 5DQSA 2XBQA 2KOKA 2VLUA 2H0HA 4MZWA 4GF0A 4GCIA 4O92A 4N30A 3GX0A 2DJKA 4XS4A 2EIQA 4MZCA 4MDCA 5F0GA 2HXKA 1GTBA 2VAFA 3GV1A 1SENA 3DRNA 4OMVA 3TKPA 2VUPA 2XC2A 3KGKA 4KUNA 1GTAA 3Q18A 5AISA 5JWRB 2IFQB 1K0OA 2LJKA 1Z3EA 5DBQA 3GH6A 4DSSB 3MNGA 3EMXA 3FYGA 2IN3A 3UARA 3D0ZA 1J0FA 1A0RP 6GSUA 2VL2A 2CVBA 5FT3A 4F0BA 4XIHA 2IMKA 5J41A 4MH2A 1PD21 1TKDB 1MD3A 3VWXA 2QGVA 2FD3A 4WBJA 2I9HA 5IMVA 4OWYA 3F4RA 4FO5A 4POKA 4ECIA 5ECLB 1QXHA 3TKRA 2LUSA 3L9SA 2GQLA 2K18A 4TR4A 3CXGA 3IA1A 3QFBC 9GSSA 3LQ7A 3VI5A 3F3RA 1ZGNA 5IO0A 1U3IA 1DUGA 3IAM2 2AUVA 1GSQA 2M46A 1FB0A 2C3NA 1XOBA 1TU8A 2DMLA 5ELAA 5ECKB 4RQRA 4ML1A 2HRFA 3ZZXA 4P3YB 1KTEA 1SL0B 1A8LA 3BCKA 5AIVA 1YEXA 2K8VA 4K8MA 2FHEA 1BEDA 2JACA 3VFIA 2M80A 1EEJA 2LSTA 5E4WA 3L0HA 1TI1A 4GSTA 2OE1A 5DDLA 3TOUA 2VCTA 2MBSA 2MZCA 3ZLPA 2ALBA 1HQOA 1GRXA 1GSYA 2F51A 1USBA 1Q4JA 2OJLA 5G2ZA 5GZZB 6GSXA 2AJQB 1Z7RA 1M9AA 1XW9A 2TRCP 2V41A 3A2WA 4GWRA 1GSDA 2I4AA 2B5YA 5ECNB 1T7PB 1GUMA 5D8IA 1PRXA 1FO5A 4G19A 3QD9A 4HOJA 1TRVA 4IQAA 3EU4A 4NV2A 1EOHA 3F3QA 2X8CA 3CTGA 6GSVA 5G5EA 5ECRB 4RI6A 5ECPB 1JZWA 1ZCPA 3HD5A 2ZCTA 3F9UA 3UBKA 2H75A 4TXOA 4MF6A 4HEA2 3BCIA 1G0TA 1TDIA 2X99A 2A2SA 2O8VB 1HD2A 3A2XA 3GN3A 3NOFA 4KNDA 2YV7A 4POBA 1Z9HA 8GSSA 4KB3A 5JCWA 5G31A 2HNLA 4MJBA 1ST9A 4XHMA 3G7IA 2H0GA 4JR4A 1VRSD 3HVXA 2CT6A 2AAWA 3KD0A 3US3A 1WIKA 1F3BA 3C8EA 3CSHA 5GAPD 4OO5A 3ZVJD 3GH9A 3LYKA 1M2BA 2M72A 4OO4A 17GSA 5KN0A 1AQWA 4IKHA 1SJ6A 2PPTA 3HA9A 2CAIA 2WJUA 5ECOB 2REMA 1ERTA 1VF1A 1PL1A 2H6YA 3A2VA 4ACSA 2P5RA 1X5DA 1MD4A 2VCXA 5LNKe 3LXTA 2BTOT 5INYA 1K3LA 3DMLA 3VWWA 1JZRA 2L4QA 3M0FA 2IPAA 4HS1A 2OADA 4KCAA 2J23A 1ILOA 4NHWA 1EWXA 3QCPA 4BWSA 5IMAA 1ACVA 4GQCA 4AJ8A 1QQ2A 2YCDA 3GURA 2PMTA 2C80A 1PA3A 4K7IA 2R3XA 3TUEA 1ZOFA 5J5NA 4OD7A 5HR1A 1ZMAA 2LJRA 5KEJA 5DJMA 1YKCA 2C1YA 1Y25A 2CQ9A 2HT9A 2LNSA 3HJPA 1M9BA 3GHAA 2L5OA 3TKQA 4K0GA 1TK5B 2A4VA 2HSHA 4IP6A 4X0XA 4ZL7A 2K6VA 4AJ7A 5L71A 4MPGA 4JBBA 2LJAA 2OBKA 2GS3A 1X5CA 3ZVJA 4QL9A 2MMOA 3ZIVA 2HYXA 3GKXA 5C00A 3C71A 4KE3A 1PX7A 1LU4A 1O8WA 5IMFA 1PSQA 1OC9B 3A5WA 2GT5A 2YOIA 4MJCA 4HQSA 1ABAA 2DC5A 2LNTA 2WGRA 1WOUA 3D5JA 3CRUA 2LKUA 1TU7A 1JLWA 2VO4A 4ZILA 2VM1A 2KHPA 4J2FA 2GQMA 3IRAA 4GRFA 4IVFA 2WS2A 1V40A 4V2NA 1GLQA 1V2AA 4IN0A 2CAQA 1OE8A 4K7NA 2N5FA 4PX1A 2NBSA 5ECMB 3KP8A 3FW2A 3VK9A 1F6MC 2FLSA 4O7HA 4MF5A 3KH9A 2RM5A 4L8EA 2JADA 3WD6A 2YNXA 3RHCA 2V32A 4K7OA 2B1LA 4G10A 5FWGA 1GNEA 1K0BA 3TJJA 3BD2A 3KP9A 1HNAA 3BJ5A 1BX9A 2OE3A 1RQMA 2JU5A 5EL8A 4N11A 5H5QA 3GKKA 1AIUA 3GTUA 5B6MA 4K0NA 4GSNA 4MJAA 4EO3A 4ZL9A 3TJBA 4GSSA 2C8UA 3J7Yk 3EINA 3O6TA 3H4KA 4ILFA 1WPIA 2YN1A 1GSUA 1BG5A 5IMZA 3ZITA 2B6MA 2PU9C 4LL4B 3RPPA 1C72A 1GUKA 2G0FA 4ZXGA 1JHBA 1PN9A 1RK4A 5GAND 2C4JA 2VLVA 3QR6A 2B3SA 1A24A 1SK2A 1EGRA 2GSRA 3GL3A 3HKRA 2R37A 5G30A 1TP9A 2DJ1A 2IFQA 5AN1A 1OYJA 3VWVA 4DSSA 1PKZA 2CZ2A 1B9YC 2CVDA 1M2AA 3EU3A 2RUFA 2OE0A 3TJKA 5DVBA 4BVYA 1A0FA 2R2JA 3I9V2 3QAWA 2CVKA 2PWJA 3LEFA 1X9SB 3HXSA 4GLTA 2FY6A 2H1GA 2DJ2A 2VL9A 1ERUA 5F06A 3HZ4A 1NSWA 3VPQA 1SL1B 5G5FA 1SKWB 3J7Yb 5A5KA 1VGLA 4EC0A 1X9MB 3IHQA 1SJZA 3EURA 2B5XA 3HZ8A 1WJKA 3DVXA 3ERGA 2ZUPA 5CNWA 2DJ0A 2EIOA 5KN1A 1GSFA 1T1VA 4TR1B 4KCEA 3TCOA 1MEKA 2CV4A 1WE0A 1WWJA 3DIEA 1SK0A 3M9JA 2ZNMA 3IXRA 3MDKA 14GSA 1OKDA 4OCFA 3D22A 3O3TA 4ZBDA 2WULA 22GSA 2EC4A 2FWHA 1R5AA 5F07A 1KBNA 5ECQB 1O7UA 1EEMA 1K0MA 3SWLA 4O32A 1SL2B 5IOWA 2CA8A 2PVOC 3K8NA 2FCHA 4EUYA 2AB6A 3TRQA 1UN2A 1PGTA 4AF2A 5J3RA 4IJIA 2F8AA 4DVCA 3O76A 1SD9A 1EOGA 3FZ4A 2YZUA 1W4VA 2H73A 4HI7A 4V1Ag 4WR4A 1EV4A 5DAKB 1F2EA 1R26A 3UOMA 3F0IA 3UEMA 1TW9A 3IOSA 5CO3A 4RUVA 3F4SA 2JZSA 4MPFA 2YWOA 5D93A 2LS5A 2GDRA 18GSA 3HDCA 1FHEA 2R4VA 3FK8A 3ZFBA 4RI7A 4HJ2A 4WBRD 4HZ2A 4MP4A 1M0UA 2H6XA 3L9UA 1MTCA 5D9TA 1F37A 2CX4A 3GSTA 2HFDA 6GSYA 1XXUA 4N0ZA 2DMMA 4XRAA 2KLXA 1I9DA 4MABA 4XRDA 4KDUA 4RQXA 4MK3A 4XS1A 2NVLA 1EZKA 3IR4A 2HE3A 4E8EA 2I81A 2P5QA 3W6GA 5IPGA 3I69A 4J57E 3UJ1A 5B7CA 3KJYA 4JE1A 3FZAA 4WETA 1T4YA 2FA4A 3FZ9A 2H0IA 2DIZA 3PINA 4D73A 4PNFA 1SYXA 1SU9A 2E2GA 2I1UA 2I3YA 3KEBA 5ABRA 2GZZA 3DXBA 4Q5QA 16GSA 4PQIA 3C7MA 2H01A 1ERVA 1GL8A 1AUCA 4BVXA 3EC3A 3M3MA 1FB6A 1YKAA 4MH3A 3VI7A 1B8XA 4GTUA 4XCSA 3JCML 3KM6A 7GSSA 3FR9A 1QGVA 2ON7A 3HVVA 4ULXA 5ID2A 1FG4A 2GZYA 4L5LA 4YAVA 3FHKA 1YF1A 1OE7A 3IV4A 4F82A 1QUWA 5IQYA 4ML6A 4NXIA 3GMFA 1F3AA 3GNJA 4GQFA 3GRXA 2DJJA 3KMNA 4ISDA 2F9SA 3VLNA 3IC4A 1M99A 3WYWA 3F8UA 1GWCA 11GSA 3ME8A 2GSSA 3E9JB 2YJHA 2H6ZA 3L78A 4ZB8A 4NV5A 2H1AA 3TGZA 1WP0A 2FNOA 1FOVA 3CTFA 1PX6A 4NMUA 4TR3A 3OR5A 1XW5A 3C1RA 3W8SA 5H5RA 2FUG2 1OC9A 4YH2A 1AXDA 5F05A 1QFNA 1GNWA 2O87A 4I6XA 2L5LA 1PQNA 1YY7A 3FEUA 3GL5A 3EYTA 5CP1A 4TOPA 4IHUA 1O85A 3M9KA 4LMWA 2FWEA 1U3AA 2MMZA 3VWUA 1B9XC 3C1SA 2RLIA 4IQ1A 5EY6A 2H30A 2HZEB 2MMNA 1YDKA 5D96A 3VPTA 2FWGA 3ZL5A 4FYCA 5ECSA 4MZBA 1VF2A 2WRTA 5IM9A 2X8GA 4PQ1A 4NPBA 1T00A 4EF0A 1G6YA 4KGIA 1GTIA 4GXZA 3WT2A 2MYGA 4MMMA 2FGXA 3BOAA 2YWNA 3C73A 5CRHA 1TRWA 1A2LA 2MMAA 5B8AA 3F6FA 3EVIA 5J4UA 3HCZA 4JZQA 3KMOA 2VCZA 1B4QA 1LJRA 1XWKA 3IE3A 5IMDA 4K9ZA 13GSA 5DALB 2H66A 1UA5A 5IOXA 3FKFA 1K3OA 1Z6NA 1TTZA 5G1LA 3U5RE 4JEDA 5DCGA 5GSSA 2L59A 1URMA 3UBLA 4BL7A 3S9FA 3N5OA 1H4OA 1G6WA 4MA9A 4K6XA 3QAVA 1Z5YE 3RPNA 20GSA 4YAPA 1X5EA 1S3CA 1OAZA 2DBCA 1IYIA 5FHIA 2H76A 2X8HA 2XPDA 4EDYA 2GGTA 3QDNA 4KA0A 1XOAA 1V57A 4AGSA 2OACA 3L9VA 2L6DA 5J9BA 2Z9SA 5DJLA 1X9WB 2H1DA 2HLSA 1A23A 4MF7A 4IELA 1GSSA 2GT6A 4V1Ap 5CREA 1DBYA 1DE1A 1N8JA 3E0UA 1W89A 2C3QA 4K1FA 4KSOA 4KDYA 1YJ6A 2WB9A 2HRNA 10GSA 3DKSA 1XWBA 3ZIJA 2QSIA 3Q19A 1R4WA 3TDGA 5HR0A 1JFUA 1MDKA 2E2MA 2RM6A 4Q5NA 4TRXA 2H1BA 2VD1A 1V58A 4ZL8A 5A4UA 1EP8A 3HY2A 5HFKA 1F9MA 4TXVA 4L0UA 1U88A 1MDIA 4HU9A 4HJMA 1O6JA 4ID0A 5CYYA 4TR1A 2C0GA 4WF4A 2YWMA 2JZTA 3ERFA 3G7JA 4WXTA 5COHA 4LA1A 3EE2A 1TK8B 5IIZA 5B8BA 3ZTLA 4MJEA 1YZXA 2RUEA 2QKEA 3APSA 4ZB9A 3TRXA 4FH8A 2C0FA 4JU5A 4NHZA 1IYHA 1J9BA 1JZOA 4PUAA 2R5GA 1XWGA 5GSTA 4Q5RA 1Z6MA 3ZREA 2GLRA 4PURA 4X1UA 1SKSB 4PXOA 4BA7A 2VOCA 1XW6A 4PUFC 2JL4A 3APOA 1SYRA 3QMXA 1AC1A 3LYPA 1DSBA 4O5RA 5JWQB 2F8FA 5H5SA 3TRPA 1V98A 2PERA 3IPZA 2PUKC 2WDUA 5A4VA 3EMPA 2AYTA 5DAKA 2OA7A 3F63A 3ZRDA 1TK0B 5ELGA 2K8SA 3PR8A 3GYKA 1WRYA 5CAXA 2V1MA 4Z7XA 1V9WA 2JSYA 2KP1A 1QMVA 4AJ6A 1G7OA 2XBIA 2AV4A 4FIWA 1X0RA 3LG6A 3FY7A 5EVOA 3P8WA 4WR5A 2L4CA 1O8XA 4EDZA 4IGJA 5ECIB 4E8HA 3UVHA 1XIYA 2LEGA 3GFKA 2GSQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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