1DBYA

Nmr structures of chloroplast thioredoxin m ch2 from the green alga chlamydomonas reinhardtii
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
107
structure length
107
Chain Sequence
MEAGAVNDDTFKNVVLESSVPVLVDFWAPWCGPCRIIAPVVDEIAGEYKDKLKCVKLNTDESPNVASEYGIRSIPTIMVFKGGKKCETIIGAVPKATIVQTVEKYLN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords CHLOROPLAST THIOREDOXIN M CH2
publication title NMR structures of thioredoxin m from the green alga Chlamydomonas reinhardtii.
pubmed doi rcsb
source organism Chlamydomonas reinhardtii
total genus 36
structure length 107
sequence length 107
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-11-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1dbyA00
3D5JA 3C1RA 2GT6A 1SYXA 2LNTA 1T3BA 1X0RA 3F4SA 1AAZA 3BCIA 5HR1A 2MZCA 1SKRB 4LA1A 2EIOA 3IAS2 2B1LA 4I8BA 4K7NA 3HDCA 5D9WA 1TU8A 3CXGA 1X5DA 1MD4A 5JWOB 1PX6A 4PQ1A 2TRXA 1GUKA 3VPQA 1JFUA 3FZ5A 2XBIA 4ZB9A 1QMVA 3RAZA 1BYEA 2QGVA 5B8AA 1FVKA 2MMNA 3A5WA 3FRCA 2N5FA 4IP6A 4O32A 3HJMA 2VLVA 2V1MA 3ZMKA 1FAAA 1M2AA 1HQOA 1AQVA 2VOCA 1ILOA 3FKFA 2PVOC 3IBHA 3UOMA 17GSA 4BPYA 1QUWA 3WGDA 4YQUA 3D6IA 3TKSC 2KLXA 1UVZA 1FG4A 2VM1A 2ZUPA 2CQ9A 1GWCA 4DSSB 3IAM2 5CNWA 1Q4JA 2C0GA 3IOSA 3GTUA 2VAFA 1K3YA 2OKAA 4IS0A 1VGLA 3D0ZA 1G6YA 2IJYA 2PN8A 1H75A 3I9V2 5HQPA 1FB0A 2CVBA 4MABA 1UA5A 4AGSA 2O85A 3G9BA 2H75A 1Z5YE 3EE2A 4O5RA 4BVYA 1XFLA 4WEYA 2VCWA 3GUSA 1VF4A 1U3AA 1F37A 3TRQA 4KGIA 2V32A 3GKMA 4CHSA 5ECSA 1A0FA 19GSA 1AC1A 5C00A 5HR2A 1QQ2A 1SK0A 5L71A 5IQYA 4DSRA 5G5FA 1WPIA 4MP4A 5IOWA 3EMXA 2VCVA 1A0RP 5H5QA 1B4QA 2YP6A 1PD21 1SYRA 3IHQA 4K0NA 3UIWA 1T7PB 1FW1A 3ZFBA 2X99A 1WRYA 2VIMA 4JR6A 1EV9A 2WGRA 2CAIA 2HRFA 3ZTLA 5J5NA 1SU9A 1OC8A 2IFQB 1XCCA 2BTOT 2E7PA 4PXOA 4QL9A 1XWAA 2V41A 3DGQA 3HCZA 3TCOA 3QAGA 1ZYEA 2L4QA 4F0CA 3VWVA 2YANA 1KTEA 4IN0A 5GAPD 5IO0A 3VURA 3M9JA 4L5LA 2GS3A 4EC0A 2VCXA 4XRAA 2VCQA 4G19A 1Z7RA 4KDYA 2LNSA 5DJLA 4PQHA 2LJKA 1B8XA 1BJXA 4DSSA 2YN1A 4NWYA 5HFKA 3ZVJA 4OO4A 2H6XA 3TDGA 2RM5A 4ZILA 1PX7A 4MJCA 4PX1A 5DCGA 2RUEA 4OO5A 1OYJA 1GSDA 3DMLA 4NAXA 2IMKA 3BCKA 4IQ1A 2HRNA 3BOAA 3H4KA 2DMLA 2H76A 3P90A 2KHPA 2VLTA 11GSA 2HLSA 3IK9A 1TOFA 1U3IA 4HQZA 1YF0A 5ECHB 2HI7A 4G2EA 1G6WA 2JL4A 1U6TA 1AQWA 5CO3A 3FK8A 4ZBAA 5GAND 3WGEA 1V57A 2B7JA 2E2GA 3UL3A 4FYUA 1AIUA 2C3QA 1Y25A 5GSTA 2TIRA 1YDKA 4AJ8A 3MDKA 3ZLPA 4WBJA 4GQCA 3IA1A 5AIVA 4CW9A 3TKSA 2OBKA 2C4JA 3IR4A 5B6MA 5IO2A 3QFAC 4WF4A 1HNAA 2XBQA 2YJHA 1XOAA 1MDIA 2IFQA 1THOA 3TKRA 1X9SB 2L59A 1YF1A 2TRCP 2K9FA 2H1AA 5LCZA 1AXDA 1OKDA 1GTUA 3GL3A 2JSZA 2VO4A 2JADA 3PGTA 1UC7A 3GKKA 1XWKA 2IIYA 1QXHA 1S3DA 5EPFA 4HJ2A 4EKZA 1KBNA 4V1Ag 5A4UA 5J9CA 2JZRA 1O8WA 2P31A 5CRHA 1NW2A 4JBBA 5CREA 4FO5A 1JZDA 2VLUA 3FY7A 3TOTA 1TRSA 2FHEA 1FB6A 3ZVJD 1CQGA 2H0HA 1O6JA 3LG6A 1UN2A 2KUCA 2L6CA 2WDUA 4BVXA 1QGVA 1YY7A 3QPMA 1FVJA 1PL2A 2AJQB 5KEJA 2OADA 4NV2A 4EE0A 3CMIA 2A4VA 6GSYA 2L6DA 3Q18A 2YJ7A 3KIJA 2REMA 3PINA 2F8AA 1F9MA 2J23A 3GN3A 5JWQB 4HZ4A 1BG5A 4G10A 3CRTA 3F6DA 2FWFA 1M99A 1OE8A 5ENUA 4KA0A 1WWJA 4KE3A 4GQFA 4E8HA 1C72A 4TR1B 2QKEA 4MF7A 1GL8A 3VI5A 1FO5A 4YQVA 3C7MA 4I2TA 4KDUA 4TR3A 1OC3A 4OFMA 1MD3A 4MA9A 4PUAA 5AGYA 4WR5A 2NTOA 4GSTA 6GSSA 2DIYA 2ZNMA 4ECIA 4MZBA 3FZ9A 2K8VA 3M1GA 1FOVA 2AV4A 2WZ9A 3LYPA 4PUFC 2A2RA 1THXA 2IMFA 4K7OA 2EIRA 4TXVA 4G9HA 1O85A 2E2MA 1HNBA 3WYWA 1RK4A 3KM6A 4H86A 3TJGA 4Q5QA 4XS6A 3LSZA 1XW9A 2V6OA 1ERVA 1J9BA 4GSNA 2P5RA 1VF3A 3RPNA 3FZ4A 3G7JA 4N10A 2LS5A 10GSA 3UVHA 4ISDA 2CVDA 3GH6A 4ZXGA 2YZUA 1TRWA 2KP2A 2MMOA 3WT1A 4MPFA 3IXRA 3TKQA 4IGJA 3IK7A 2I9HA 5DQSA 2HYXA 2VM2A 4BWSA 2I81A 1V98A 4L5OA 2H72A 4XTSA 1SKWB 1T8EB 4MJBA 3GSTA 1K0OA 1WP0A 1E2YA 2PPTA 1MDJA 3DWVA 3N9JA 3DIEA 2GQMA 1LBKA 1V9WA 4XS1A 4MZWA 4MDCA 2N5BA 5ECLB 3TJKA 4LL4B 3OR5A 1ERTA 4ECCA 1T1VA 2WULA 1EGRA 3F0IA 5B7CA 1B9YC 2WFCA 4MJEA 1TK8B 2LQQA 2WS2A 3GH9A 3NIVA 4MK3A 2FD3A 5ELGA 5EL8A 4AF2A 1XWCA 3US3A 4HOJA 4TR1A 2PWJA 5F07A 3ZITA 3BBYA 5LNKe 1TK5B 4PNFA 1TI3A 5ID2B 4RQXA 1T00A 5A4WA 2H0GA 4MCUA 4DSQA 3DVWA 2YNXA 1R26A 1SJZA 3DVXA 2VD0A 2L5OA 2RM6A 1Y6EA 1GTBA 1HD2A 5IMZA 4IJ3A 1V40A 1T4YA 4IQAA 1AUCA 1KNGA 4KDXA 3UAPA 3RBTA 2OACA 1GULA 3P7XA 4KB3A 1SJIA 1JLVA 3QCPA 4EVMA 2HSHA 4XIHA 2H70A 3KH9A 4HQSA 2JSYA 4I97A 4HU7A 5CYYA 3TKPA 3TRPA 5LD0A 3P8WA 1XW6A 3L9VA 4KUNA 3ERWA 1M9AA 3HXSA 3I6AA 2DC5A 3UEMA 2YV9A 2AYTA 5D93A 2DIZA 2G2QA 1A24A 1GLPA 2J9HA 2O89A 5AIXA 4WKWA 2L57A 1Z7PA 1A8LA 3FW2A 2WRTA 2GQKA 4N11A 2ES7A 3ZFLA 4XHMA 1B48A 3O76A 1ZMAA 4J57E 5DQYA 1PRXA 3F4TA 1GTIA 1EZKA 4OFTA 4N0VA 1M2DA 1K3OA 2FLSA 6GSVA 4GLTA 1TP9A 3TUEA 1SL2B 4OCFA 2WB9A 4ZL8A 3VLNA 1XVQA 2GSSA 3MNGA 1JLWA 3EWLA 3J7Yk 4O92A 5ID2A 2B5YA 4FYBA 2MBTA 3WGXA 3CRUA 3LXTA 22GSA 2K18A 3E9JB 4K0GA 4RUVA 1X5CA 2WJUA 2ON5A 2AAWA 3FR9A 5CRWA 3EMPA 3GRXA 2ZCTA 3F8UA 4KSOA 3HKRA 4IJIA 2H30A 2LQOA 3IV4A 3GHAA 2F9SA 2L5LA 1G7OA 3KZQA 2CV4A 3VWUA 3FR3A 2FWEA 2KP1A 4RQRA 3KEBA 3Q19A 5ECOB 4KH7A 2AHEA 2GZYA 1JZWA 1SK2A 1K0NA 4XS4B 1K0DA 2CAQA 4L0UA 2LRTA 3ZL5A 2X64A 2R37A 1X9WB 3U5RE 3L9UA 3GSSA 5ECKB 5H5RA 4ECBA 3LWAA 5DCHA 3LEFA 4PURA 1YKAA 3MSZA 1CQHA 2CZ3A 1EGOA 1A2JA 3KP8A 3TJBA 2AB6A 4J56E 3TRXA 3GNJA 5DBQA 5G2ZA 1GH2A 1HNCA 2G0FA 5IM9A 3HY2A 2B6MA 2JZTA 4ILFA 1YEXA 4I5QA 1W89A 2OBIA 3KTBA 1ZL9A 4V2NA 2LTKA 1TK0B 5AISA 2GQLA 5ECNB 4ZBDA 3ZREA 1XBSA 2XPDA 3APSA 3C8EA 2NPBA 5E59A 4PGTA 2O8VB 5G1KA 3GIXA 1BAYA 4JR4A 3HVSA 3LFLA 6GSWA 2VD1A 3L0HA 2C8UA 3CTGA 5IMVA 2V6KA 1WMJA 3VPTA 1I9DA 4ZB6A 1GSQA 4KAEA 3ZMLA 3G7IA 2VCTA 4N30A 1R4WA 2F51A 2GVPA 4PNGA 4I6XA 1EV4A 4NPBA 1PA3A 1DSBA 2NBSA 1PQNA 1ABAA 5ECMB 1GUMA 3KGKA 4FIWA 3ERGA 2GSTA 2HFDA 5D9XA 3EU3A 2GGTA 2H6ZA 1DUGA 2WCIA 1TU7A 1JZOA 2KOKA 3LXZA 1GLQA 3IPZA 1EEMA 5FWGA 5EY6A 3CSIA 3UBLA 1ZGNA 2DBCA 1LU4A 1JZRA 1V2AA 1GSEA 3RHBA 4F2IA 4K1FA 1SL0B 4XS4A 2JZSA 2LJAA 2H1BA 1GNEA 4K2DA 2HZEB 3ZIJA 3L9SA 1OC9B 1B9XC 5HFIA 5A5KA 1AQXA 3PH9A 2P5QA 3GKXA 1EEJA 2O7KA 1O8XA 5B8BA 4HUAA 2LUSA 3H93A 1OAZA 2YCDA 3PR8A 2I3YA 1HYUA 1XZOA 5ECRB 5JCGA 4TOPA 3W8JA 1ML6A 1K0MA 5KN0A 2OA7A 3QAVA 4MF6A 2PMTA 1NSWA 2BMXA 1GSFA 2YZHA 3QMXA 3KMNA 2OJLA 4F03A 3O3TA 4IVFA 4NXIA 3Q74A 3KH7A 2IMDA 4EL1A 1XVWA 4GRFA 1IYHA 1EWXA 1ACVA 3HVVA 1SJ6A 1TRVA 1XW5A 2X8CA 1NM3A 4X43A 1M2BA 1SK1A 2PU9C 2H8LA 2NDOA 3DEXA 4LLRA 1A23A 2VUPA 5G30A 3GYKA 5GSSA 3TJJA 5ECIB 4EF0A 3GMFA 2HSYA 4L0WA 2O87A 1S3CA 5KN1A 4ECJA 2OE3A 4YQMA 4TW5A 2FUG2 3S9FA 6GSUA 3LGCA 3IRAA 1GRXA 3A2WA 2C0DA 1MEKA 5J4UA 2H1GA 5AN1A 2EC4A 3CSJA 3CTFA 4RI7A 2H66A 1YZXA 4EUYA 3GURA 4TN8A 2K6VA 1QK8A 3P2AA 2H74A 5F0GA 1RQMA 1F3AA 1ERUA 1GP1A 2YOIA 2GDRA 3F4RA 3C71A 2HZEA 5D96A 3WD6A 3DYRA 1OC9A 2IL3A 3APOA 4GTUA 2DJ1A 3ZYWA 5F8BA 4IBPA 3VI7A 4WXTA 3SWLA 3LQ7A 5A4VA 3F9UA 2GZZA 3KXOA 2MYGA 3VWWA 3LJRA 3LORA 4MLYA 2HXKA 1OE7A 2IPAA 3APQA 4XRDA 2B7KA 3A2VA 3U6VA 2JACA 4IELA 3UJ1A 4BA7A 4LL1B 3ZRDA 3EINA 1ZOFA 2MMZA 2X8HA 5B6NA 3HVXA 1M7TA 2C0FA 1GSUA 4RI6A 2D2ZA 3UBKA 1GSSA 3HA9A 1ST9A 18GSA 4GXZA 4GSSA 5CAXA 3E0UA 3F3QA 1X5EA 2VL3A 4HDEA 3EU4A 4ZIJA 2MMAA 2GLRA 2GTUA 5G1LA 1DE2A 1QFNA 4YH2A 2R3XA 4V1Ap 1EOGA 2OE0A 3H1NA 5G31A 1R7HA 1ERWA 3D4MA 2ALBA 5CRDA 1O7UA 1SKSB 2H01A 2RIIA 4I2UA 1XXUA 2NVLA 5CRGA 3C73A 4POLA 5ECPB 4TR0A 4ZBBA 2DJ3A 1O81A 2VL9A 5FT3A 1O73A 2DLXA 1F6MC 3E3EA 4NV5A 2C1YA 4EDYA 20GSA 2PGTA 3VWXA 3GA4A 1X9MB 3L78A 4LMWA 1XIYA 1K0BA 4POKA 3M9KA 5KN3A 2YV7A 4POBA 3HJOA 3RPPA 1N8JA 4TXOB 7GSSA 4POMA 2IN3A 2PUKC 3TKSE 1ZCPA 1JHBA 5IMDA 3DKSA 3GL5A 2H1DA 5E4WA 2B1KA 2C0EA 4MH3A 3HZ8A 3IE3A 5DVBA 3GX0A 5H5SA 2Z9SA 3O6TA 2RUFA 1Q98A 1NHYA 3RDWA 1E6BA 5F06A 3VK9A 1VF2A 1G7EA 1TI1A 2CX4A 2DMMA 1KEBA 4ZL7A 3GFKA 4Z7XA 1EP8A 4DVCA 4KSMA 2LV3A 2R6KA 3A3TA 9GSSA 1SL1B 2LKUA 2I4AA 1R5PA 2YWNA 1VF1A 4TVEA 3MAKA 3F3RA 4MZCA 1FHEA 1S3AA 2M46A 2K8SA 4AJ7A 5D9TA 1RW1A 4HEA2 2F8FA 1F3BA 4N0ZA 2FA8A 4QQ7A 4OD7A 2DJKA 1YJ6A 3J7Yb 3AY8A 2EIQA 5IOXA 3W8SA 4ML6A 4TRXA 4AJ6A 4BWQA 12GSA 4K7IA 5G5EA 5GZZB 3UVTA 2AUVA 4O7HA 4K9ZA 1YEPA 2C3NA 2R5GA 3KTLA 3Q6OA 4JU5A 2C3TA 3EYTA 4KNDA 3JCML 1IYIA 1XPVA 3QDNA 2FA4A 2N5AA 4JEDA 2DJ0A 4TXOA 1W4VA 4E8EA 3FEUA 2LRCA 3G7YA 2CT6A 3UMAA 3GX8A 4KCAA 2H6YA 1PMTA 6GSTA 1XOBA 2YPMA 2YWMA 2DJJA 1Z6NA 4Q5FA 4NHWA 3A2XA 3TB2A 1SENA 4K8MA 4WF5A 1PKZA 4Q5RA 2HZFA 3SBCA 8GSSA 1K3LA 1U88A 3FYGA 4MPGA 3EVIA 4GF0A 3FZAA 2V2GA 4FH8A 5CP1A 2LRNA 2XPEA 1DBYA 1GNWA 2HT9A 4OFNA 3BD2A 2QC7A 3R2QA 4J2FA 4HS1A 5EVOA 4HZ2A 3M0FA 5F05A 4FYCA 4IW9A 2B5XA 3VFIA 4EO3A 4F9ZA 1EP7A 3IDVA 2H0IA 1PKWA 2BJXA 3M3MA 1LJRA 3ZIVA 1PGTA 3TJFA 1YKCA 5JCWA 4KX4A 5DALB 1BQ7A 2GSRA 1XWGA 1GSYA 2P0GA 5DAKB 3F6FA 4ZB8A 4OMVA 1BX9A 2IMEA 2GZPA 4WR4A 2CA8A 2VL2C 3LYKA 3ISOA 4D73B 2CVKA 1BEDA 1OKTA 3D4TA 3HZ4A 4ML1A 2IWTA 4KW6A 2FWHA 3K8NA 3KJYA 3QR6A 1K0AA 3D22A 2M80A 5IPGA 1TW9A 4GCIA 1TKDB 4MJAA 1Z9HA 1MTCA 3DXBA 3KD0A 3RHCA 5JWRB 1XWBA 5IMFA 16GSA 4IP1A 2H73A 3QFBC 2DJ2A 5KN2A 1H4OA 2FNOA 3W6GA 4P3YB 1USBA 1B4PA 5J41A 1A8YA 5IIZA 3KMOA 5DDLA 3I43A 2VCZA 4BL7A 3CBUA 4WBRD 4PQIA 1PSQA 1YQ1A 4ULXA 6GSXA 3QOUA 2CX3A 3HHVA 4V2MA 4IHUA 1N2AA 4NMUA 3L4NA 5IPHA 1M9BA 4TKYA 4ACSA 3TGZA 4V2LA 2FY6A 3ERFA 2E0QA 1J08A 4KCEA 1PN9A 3H8QA 1ZZYA 3EURA 1A2MA 5IMAA 1I5GA 2PVQA 1K0CA 3C1SA 2M72A 2PBJA 5DALA 4HI7A 3V1WA 1GUHA 3EC3A 13GSA 2GSQA 5ABRA 2RLIA 3MWHA 1EOHA 4K6XA 2QSIA 3HYPA 5DAKA 3BJ5A 3QD9A 1ON4A 4MMMA 1U87A 1OVNA 4HJMA 4MH2A 5HR3A 4F0BA 1Z3EA 3ME8A 2H71A 4JRRA 4JE1A 2X8GA 4D73A 4OCEA 3I69A 1WE0A 2LSTA 3FHKA 3QAWA 1MDKA 2FGXA 2H19A 1G0TA 1TTZA 1A2LA 4X1UA 2OE1A 5JCUA 1M0UA 5INYA 2PERA 1J0FA 2C80A 4XCSA 5DJMA 3NZNA 1TJDA 1WJKA 4JZQA 5HFGA 2HE3A 2XHFA 4OWYA 3HJPA 2ON7A 2FWGA 5ECQB 4CDOA 2JU5A 3GV1A 3CYNA 4F82A 5ELAA 2MBSA 5D73A 4MF5A 3D21A 2I1UA 3F63A 2IMIA 14GSA 1WOUA 2XC2A 4GWRA 2YWOA 3HD5A 4DEJA 1TRUA 3M8NA 5D8IA 1GTAA 1NHOA 4ID0A 2L4CA 4LMVA 3KCMA 4EDZA 4TR4A 1Z6MA 4QL7A 3DD3A 2DSAA 3GKNA 4WETA 2R2JA 4HU9A 3UARA 1ZYQB 2CZ2A 4L8EA 4YAPA 1TXXA 3KP9A 3FR6A 4YAVA 2B3SA 3WT2A 2B5EA 1F2EA 1DE1A 2GT5A 1T4ZA 1URMA 2VL2A 3NOFA 4ZL9A 4NHZA 2YWIA 3ME7A 3ZZXA 2R4VA 2LJRA 1PL1A 1VRSD 3CSHA 4IKHA 5J3RA 1AW9A 2F3MA 1TDIA 1R5AA 3GTUB 4EXJA 4X0XA 1V58A 2HNLA 3TOUA 5FHIA 3IC4A 5J9BA 2FCHA 5HR0A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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