1MDJA

High resolution solution nmr structure of mixed disulfide intermediate between human thioredoxin (c35a, c62a, c69a, c73a) mutant and a 13 residue peptide comprising its target site in human nfkb (residues 56-68 of the p50 subunit of nfkb)
Total Genus 25
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
25
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
MVKQIESKTAFQEALDAAGDKLVVVDFSATWCGPAKMIKPFFHSLSEKYSNVIFLEVDVDDAQDVASEAEVKATPTFQFFKKGQKVGEFSGANKEKLEATINELV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Complex (electron transport/peptide)
source organism Homo sapiens
publication title Solution structure of human thioredoxin in a mixed disulfide intermediate complex with its target peptide from the transcription factor NF kappa B.
pubmed doi rcsb
molecule keywords THIOREDOXIN
total genus 25
structure length 105
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1mdjA00
2I4AA 3TRQA 4XRDA 4LMVA 3H4KA 4YH2A 3IPZA 4KE3A 1R4WA 2FA4A 4MJEA 1YEPA 2OE3A 1EEJA 1ST9A 2DJ2A 2L5LA 5GZZB 4WBRD 4EDYA 5IOXA 2GLRA 4D73B 1M9BA 4WF4A 1GTIA 4NMUA 3FRCA 3KM6A 2XPEA 1RW1A 1Z7RA 4O32A 1T8EB 3UEMA 4LLRA 5ECPB 4ZBBA 1SK0A 5HFIA 2P5RA 1WRYA 4TVEA 1FO5A 4ISDA 3CXGA 1WJKA 1K3YA 3ZVJD 5IO0A 1AAZA 1EV9A 2VCZA 3LXZA 2OJLA 1ZGNA 2EIQA 1Q98A 3ME8A 2IMFA 3LYKA 2H1DA 4MZBA 4IP6A 1B4QA 2I1UA 2OACA 3GSTA 4KB3A 2R5GA 4L5OA 4KDXA 1BJXA 2H01A 4F0BA 3VI7A 3VWVA 1FW1A 2X8CA 2V2GA 2VLUA 4I97A 1NHOA 2OADA 3LORA 3GIXA 1T4ZA 2HYXA 2VL3A 4JRRA 3KJYA 2MMZA 2C8UA 1OKTA 4ZL8A 2VL9A 5H5SA 3QAWA 3QDNA 2IFQB 1M0UA 4QQ7A 1DE1A 2V1MA 3QCPA 9GSSA 1AQXA 3QPMA 4ZXGA 1KTEA 2V32A 3DRNA 3QFAC 3FR3A 1VF1A 2OKAA 4RQXA 2PPTA 3A2VA 3IC4A 3FKFA 3HZ4A 1GUMA 4DSRA 1SK1A 1E2YA 4HZ2A 3NOFA 4IP1A 3M9JA 3LXTA 1YEXA 4TOPA 4HDEA 1TI3A 3MWHA 3GMFA 3CYNA 2YWOA 3C73A 4MA9A 3HVXA 2PGTA 2B7KA 3WD6A 3D0ZA 3UMAA 4GSTA 1U6TA 5EPFA 5ECQB 1NM3A 2GVPA 2HSYA 1NHYA 3K8NA 4L0WA 1SD9A 3C8EA 1FB0A 1JZRA 1PQNA 2YV9A 1O7UA 2OE1A 3M0FA 2HRNA 5D93A 1OYJA 2LJRA 4BPYA 5IMVA 2LSTA 4JU5A 1TOFA 2ZUPA 4Z7XA 2JL4A 3DVXA 4MJAA 1YF1A 4XS6A 1VF2A 3APSA 4HUAA 3TOUA 4GSNA 2DBCA 4MPGA 4V2LA 3M9KA 1K3LA 1JZOA 4NHWA 3FYGA 5GAPD 13GSA 2H74A 4MZCA 2XPDA 1Z6MA 2YN1A 3G7IA 1G0TA 4TW5A 5LNKe 2G2QA 2H75A 4YQUA 1X9MB 5JWOB 2J23A 3TKSA 1F9MA 4V2MA 5G30A 4G10A 4IGJA 5ID2B 1SKSB 4ML6A 2O7KA 1BG5A 1PL1A 1B9YC 3LQ7A 2B6MA 3C71A 3LSZA 3RPPA 2D2ZA 3PINA 1PKZA 1M99A 5CRWA 5HR1A 2HZEA 1ZYQB 5IMCA 3I43A 1S3AA 5FT3A 4ZL7A 2ON5A 2YWNA 4PNFA 3CTGA 2DJ3A 4N0VA 6GSVA 1TDIA 1Q4JA 3EINA 3L78A 4MPFA 4V1Ap 1PKWA 2MBTA 3TDGA 5DALB 3O3TA 1G7EA 2HZEB 5LD0A 4L0UA 3HYPA 4PUFC 2C4JA 2JSZA 2H6ZA 1T1VA 3LJRA 2KHPA 4V2NA 2WB9A 1GSQA 4XCSA 2F9SA 1SJZA 2IMEA 2WCIA 3LYPA 2FNOA 3RDWA 1O6JA 3EMPA 4KW6A 1XOBA 4KGIA 2IWTA 4TXOB 14GSA 1GNWA 1ERWA 3I69A 5JWRB 2WRTA 5H5RA 1HD2A 3PGTA 4K7OA 1QGVA 3ZFBA 4KA0A 3RHBA 5F06A 1XCCA 1V57A 1M2BA 1QFNA 1USBA 2E2MA 5AGYA 1F3BA 1S3CA 4OCFA 3DIEA 1UVZA 1TK8B 2RUEA 3C1RA 3LGCA 2WFCA 1MD3A 2R4VA 3LFLA 2LKUA 5DCGA 2CA8A 4KX4A 4RQRA 5CAXA 3DGQA 3L4NA 2LNTA 4PQHA 2L59A 1GNEA 1J0FA 3F63A 5ECHB 3VWWA 20GSA 3F8UA 3IAM2 1ZYEA 3S9FA 3ZL5A 1GL8A 2N5FA 1A24A 4F03A 4NAXA 2J9HA 1JHBA 4YQMA 2LQOA 5A4WA 2MMNA 4K0GA 2L6CA 3TKPA 2C0EA 3HJOA 5D9TA 4H86A 5CYYA 5D9WA 3U5RE 4DSSA 3IA1A 2X64A 1XIYA 1EV4A 1O85A 1HNCA 2B3SA 1XWAA 4O7HA 2M46A 1V9WA 4ZB6A 3TKSE 3Q74A 1MTCA 2TRCP 1XOAA 3G9BA 4OFNA 1PD21 2CAQA 1XFLA 2H0HA 5GSTA 4PXOA 5B8AA 3DVWA 3VI5A 5IPHA 3GL3A 3APOA 3H79A 1XPVA 5ECSA 5DJMA 4O92A 4ZIJA 1SK2A 5KN1A 4PQIA 5IMAA 5DBQA 1MD4A 3GKNA 4AJ6A 1RQMA 2RUFA 1G6YA 3UBLA 2HI7A 4GQCA 5JCGA 2H0GA 3US3A 1SU9A 2VCXA 1SL2B 1XVWA 2E2GA 2HLSA 5IM9A 2JZTA 4KUNA 4GWRA 1PN9A 1PGTA 3FK8A 1BX9A 5DQYA 2CT6A 1PX6A 3P2AA 4EC0A 3FHKA 1BEDA 2XBIA 4MH3A 3TRPA 4ECIA 1EOHA 2GQLA 1QUWA 2B1KA 1YF0A 2AYTA 3M1GA 1A0FA 4MLYA 3D4MA 3HZ8A 1WPIA 1U3AA 1S3DA 1OC8A 3EWLA 1SL1B 2RM6A 2GQKA 5J5NA 2X8HA 2LUSA 1GTBA 1YKCA 3GKXA 2MMAA 1OC9A 2C80A 3ZMKA 3P8WA 2NBSA 4XTSA 1N8JA 5J3RA 1DBYA 1E6BA 3TKSC 2GTUA 4AGSA 3HD5A 4CW9A 3IK9A 1TRVA 3OR5A 3HCZA 3GURA 3IK7A 3GKKA 3HKRA 3F0IA 4OCEA 2DMLA 1JLWA 4LL4B 1SKWB 3KP8A 1CQHA 1OC9B 2P0GA 2VIMA 2XHFA 2VAFA 2EIOA 1GWCA 1SKRB 2M80A 3TKRA 4K1FA 3L9UA 3UARA 1X5CA 2CZ2A 2XBQA 4JR4A 1SD8A 3DMLA 1T7PB 1PL2A 1OE8A 1WOUA 12GSA 1SJ6A 4IELA 2HFDA 3U6VA 1V40A 5KN2A 3O6TA 1XWGA 2GZPA 1AQWA 5EY6A 4N30A 5HFGA 2EC4A 3LEFA 3HVSA 1F37A 2VL2A 3CSIA 1EOGA 5ECMB 3CSHA 1W89A 1PRXA 3L0HA 4EL1A 5DDLA 3UBKA 4JR6A 1TJDA 2GT6A 4ILFA 2IL3A 2TRXA 2DIYA 4NV2A 2DJ0A 4FYBA 3W8JA 4ZB8A 3QR6A 4LL1B 2OBIA 8GSSA 2C1YA 1LJRA 4HOJA 3CSJA 5G5EA 1ABAA 4ID0A 3APQA 1JZWA 2VM1A 3F6DA 5J4UA 1O8WA 3A2XA 2H71A 2FD3A 1OC3A 3TJBA 3GX0A 4XRAA 1TTZA 1TXXA 4WEYA 3TUEA 2CZ3A 5D9XA 3D22A 1M2DA 4BVXA 2H1BA 1R26A 2H0IA 2NTOA 2YJHA 1PA3A 2IPAA 4MP4A 4K8MA 3FR6A 2ON7A 1I5GA 1T00A 3IDVA 2KOKA 4DSQA 2DC5A 1EWXA 2A2SA 2VUPA 1Y6EA 1TRSA 3I6AA 3GYKA 1A8LA 3TJKA 4MJCA 4Q5FA 1GSDA 5HR3A 1MDIA 2F8FA 1GLPA 1W4VA 4X1UA 1YDKA 1WWJA 1K0DA 2RLIA 5IO2A 1A2MA 4EXJA 2H6XA 1PSQA 3IBHA 1J08A 2FWFA 2QKEA 3G7JA 2DJ1A 2H73A 4IJIA 3VPQA 3KGKA 2R37A 2F3MA 5G5FA 2PU9C 1GRXA 2B1LA 4KSMA 1HQOA 2VOCA 3Q6OA 3TB2A 5COHA 2H30A 2VM2A 5CRDA 3E3EA 1K0AA 1OVNA 3HY2A 3GSSA 1XBSA 2FCHA 2L6DA 4MABA 2YZHA 3KTLA 3VPTA 1Z9HA 4F9ZA 3HA9A 1WMJA 2K9FA 1XZOA 4O5RA 4IQ1A 1ERTA 1XWKA 3LWAA 3KD0A 7GSSA 4KDYA 5A4UA 5D73A 2C0FA 5HR0A 3ERFA 1TK5B 4IVFA 2V6KA 4MDCA 5ELGA 3FEUA 4TN8A 2LJAA 1T3BA 2K18A 4XS4A 4XS1A 5FHIA 4OD7A 1PX7A 3MSZA 3PR8A 1X0RA 5JCWA 3P90A 5D9VA 3KXOA 3IAS2 4WBJA 1TP9A 2PVQA 3ZYWA 2C3TA 3IRAA 5DVBA 2CVBA 1R5AA 5IMZA 4EVMA 3PH9A 2B5EA 3IR4A 4ULXA 4TR1A 4XS4B 5DJLA 3GTUA 5C00A 3JCML 5DQSA 3F9UA 3J7Yk 1M9AA 1XW5A 1SJIA 4IQAA 5EL8A 2GS3A 5F0GA 2N5BA 4IN0A 2WS2A 5G2ZA 2GGTA 2R3XA 3DEXA 4YQVA 2YOIA 2FWEA 1TU8A 4N11A 3Q19A 4TR1B 1KNGA 4OMVA 4WXTA 3AY8A 3GTUB 2X99A 1VGLA 1OKDA 5DAKA 3M8NA 4K9ZA 3QAGA 3N9JA 5CO3A 3UVHA 1ERVA 3FY7A 3GV1A 3RBTA 3E0UA 3C1SA 1THOA 19GSA 1GULA 3R2QA 1ZZYA 1O73A 4K6XA 1DUGA 1K3OA 5A5KA 4KCEA 3IXRA 4L8EA 4MMMA 2LEGA 1GUKA 3GX8A 4HJ2A 1OAZA 5J41A 1GSSA 5JWQB 4ZBAA 3CMIA 3GA4A 4F82A 1U88A 4AF2A 1MDKA 3DWVA 1XWBA 2O8VB 3H8QA 3TCOA 3GHAA 4NPBA 1GSEA 3BCKA 5HQPA 1AQVA 2WJUA 3Q18A 3ZVJA 4WF5A 1GTAA 2NVLA 2YANA 4MCUA 2FY6A 3QD9A 2I81A 4DVCA 4JBBA 1AC1A 1YZXA 1EEMA 2VL2C 4KAEA 1GSYA 3W6GA 1FG4A 4NXIA 2LRCA 1GUHA 2GSQA 3DKSA 3TRXA 5AIVA 3D21A 3CBUA 4IHUA 3ZMLA 5AN1A 2A2RA 4PX1A 2YZUA 4QL9A 3F3QA 2Z9SA 4JE1A 1JFUA 2REMA 1WP0A 2GZYA 5B6NA 1FB6A 10GSA 2B7JA 5ECRB 2ES7A 3VWUA 4KH7A 4GCIA 4PQ1A 4LA1A 4FYUA 2C0DA 3EURA 2L5OA 1V98A 3F4RA 1A0RP 5IOWA 1R5PA 2IMKA 1NSWA 1QMVA 4GLTA 2HNLA 2WULA 4PURA 3D5JA 5CRHA 5ENUA 4DSSB 2VD1A 2LNSA 1TK0B 6GSYA 2AB6A 3KH7A 4J2FA 2AHEA 3I9V2 3HVVA 2YWMA 3KIJA 3BBYA 1TU7A 3LG6A 5FWGA 1ACVA 3UIWA 4J57E 3CRUA 4KCAA 6GSWA 4RI7A 1IYHA 4I2UA 3HDCA 1LBKA 2C3QA 2H66A 2O89A 2VO4A 4DEJA 1THXA 4OO5A 3MAKA 2PWJA 5DCHA 1SYRA 2H1GA 17GSA 4WETA 3UL3A 4EO3A 2H8LA 4GTUA 1R7HA 3ZREA 1QK8A 3BOAA 4TXVA 2AV4A 1N2AA 5F07A 3DXBA 3MNGA 1UC7A 2P5QA 2JSYA 4MJBA 4PUAA 3L9SA 3VLNA 1ERUA 3KTBA 3HJPA 4FO5A 5ECNB 2K6VA 1Z6NA 2DMMA 4NHZA 5F05A 3GRXA 5GSSA 1AIUA 1XW9A 2DLXA 4BWQA 1F6MC 2PMTA 1O81A 1QQ2A 2H19A 3RPNA 5HFKA 3KMOA 5B8BA 1K0MA 4N10A 2K8SA 2B5XA 4D73A 4TR3A 4Q5NA 1A2JA 2MZCA 2TIRA 4ZBDA 1ON4A 2MMOA 3TJGA 3ED3A 2KP2A 4AJ8A 2P31A 3N5OA 2DSAA 3UJ1A 1X5EA 1EP8A 1FVJA 5E4WA 3SWLA 4POKA 2GT5A 3IV4A 4OFTA 2LRNA 4LMWA 4EKZA 2MYGA 2RM5A 4CHSA 5ECOB 2GSRA 4MF5A 1GLQA 1IYIA 1O8XA 4G9HA 2O87A 5J9BA 2VD0A 3IHQA 2FUG2 2DJKA 2YPMA 2IMDA 2CX3A 3WT2A 11GSA 4EDZA 1M2AA 1DSBA 4E8EA 3IOSA 2CVKA 3O76A 4ECBA 2FA8A 2LQQA 2OA7A 1HNAA 3GNJA 2HT9A 1SL0B 4MZWA 4K7IA 5INYA 3GL5A 4IW9A 3M3MA 1RK4A 1YQ1A 2F8AA 2GZZA 3RHCA 5IMFA 3FZ4A 4RUVA 3TOTA 3MDKA 5H5QA 4IS0A 2VCWA 2KLXA 2R2JA 3QFBC 5B7CA 4WR5A 2PUKC 3FZ9A 3UVTA 4OO4A 4HI7A 1BYEA 1VRSD 4G2EA 2IFQA 2ZNMA 1MEKA 1EGOA 2VCQA 3ERGA 4X0XA 2HE3A 4NV5A 2XC2A 4I5QA 2FWHA 2OBKA 2I9HA 2RIIA 1DE2A 4ZILA 3KCMA 4EUYA 2NPBA 5J9CA 6GSXA 3KEBA 4OFMA 1BQ7A 4KNDA 4HJMA 1H75A 3KP9A 2BTOT 3ZIVA 4CDOA 1FVKA 4HS1A 1YY7A 3F4SA 3ZITA 5EVOA 5F8BA 3ISOA 3A3TA 4JEDA 4GXZA 1ZOFA 5B6MA 3WGDA 3WGEA 5GAND 2HRFA 2L4CA 2WZ9A 3GH9A 1YKAA 3GN3A 1GH2A 5HR2A 22GSA 4ZB9A 1C72A 2IMIA 4AJ7A 4FIWA 1A8YA 2F51A 6GSSA 4ML1A 1X9SB 4TR4A 4GQFA 4XIHA 3FZ5A 3BJ5A 2FWGA 1V2AA 1J9BA 2JZRA 2JU5A 3D4TA 1CQGA 1FHEA 5KN0A 4PGTA 4V1Ag 5CRGA 1Z7PA 2BMXA 3VWXA 5KN3A 3QAVA 2OE0A 3TJFA 2E7PA 2VCTA 5CP1A 3QMXA 5CREA 3ZRDA 4ECCA 1WIKA 2CAIA 1LU4A 3P7XA 5A4VA 1YJ6A 1Z5YE 4OWYA 4HZ4A 5ID2A 2IJYA 1SENA 1GP1A 1NW2A 3A5WA 2LS5A 1ILOA 3ZTLA 1JLVA 4Q5QA 1G6WA 4RI6A 3ZFLA 3EC3A 6GSUA 5ELAA 1ZCPA 3W8SA 1WE0A 2QGVA 2GSSA 4EF0A 3QOUA 2CV4A 3TGZA 2QC7A 2ALBA 2CVDA 3UAPA 1FOVA 1B4PA 1U87A 2YV7A 1AXDA 1AW9A 3EVIA 2NDOA 3A2WA 1KBNA 3FZAA 2R6KA 3HHVA 4K7NA 2H72A 5ECIB 5DALA 3WYWA 16GSA 2L57A 1B9XC 2DJJA 3TKQA 4HQZA 1GSFA 3WGXA 3KZQA 4HU9A 2JADA 4FH8A 3VFIA 2WDUA 2B5YA 4G19A 2V6OA 4E8HA 4L5LA 4BA7A 4POMA 1F3AA 2VLTA 5CNWA 5JCUA 3NZNA 3ERWA 1SYXA 4WR4A 1VF4A 3CTFA 4TXOA 4WKWA 1XVQA 5IQYA 1B48A 2GQMA 1UA5A 2CX4A 2DIZA 2YCDA 3HXSA 4NWYA 3FW2A 1KEBA 4MH2A 5IIZA 18GSA 3G7YA 3ME7A 4J56E 2JACA 1TW9A 2PN8A 5DAKB 4POBA 1QXHA 5IPGA 3E9JB 1UN2A 4ZL9A 1EGRA 4Q5RA 4KDUA 3DD3A 4MK3A 4BWSA 2E0QA 2C0GA 2LV3A 4QL7A 3ZIJA 2FHEA 1M7TA 1XXUA 1ML6A 5ECLB 2JZSA 4F2IA 3C7MA 3EMXA 3D6IA 4HQSA 4YAPA 3EU4A 2PVOC 1H4OA 1X9WB 4HU7A 1A2LA 1VF3A 2HXKA 3F4TA 4GSSA 2I3YA 1OE7A 2YNXA 4YAVA 2G0FA 3VURA 2H70A 3GUSA 4GF0A 4KSOA 4MF6A 3ZZXA 5ECKB 1K0CA 4TKYA 4TR0A 3TJJA 1BAYA 4IJ3A 4N0ZA 2PERA 1ZL9A 2IN3A 5D8IA 3EE2A 4XHMA 4HEA2 5G1LA 2H1AA 1URMA 1TRWA 3KH9A 4PNGA 2KP1A 2WGRA 1AUCA 1Z3EA 6GSTA 2LTKA 2ZCTA 2BJXA 2KUCA 4GRFA 5ABRA 3BCIA 5L71A 1MDJA 1G7OA 3DYRA 1B8XA 4I8BA 3L9VA 3J7Yb 1K0BA 1K0OA 2PBJA 2AJQB 3H93A 4X43A 1I9DA 4IKHA 3EYTA 2MBSA 5KEJA 4ACSA 2A4VA 2HSHA 4JZQA 1ZMAA 1F2EA 1HNBA 5G1KA 4BL7A 2FLSA 1TKDB 1X5DA 5G31A 1FAAA 1EP7A 2LRTA 2K8VA 2VCVA 2LJKA 3EU3A 4POLA 1TRUA 4I6XA 1T4YA 4EE0A 3BD2A 5AIXA 3UOMA 4P3YB 1U3IA 5E59A 4TRXA 2CQ9A 1JZDA 2EIRA 2YWIA 1TI1A 5C04A 2GDRA 4I2TA 2N5AA 2IIYA 4MF7A 3F3RA 1GSUA 1XWCA 3SBCA 3GH6A 4BVYA 3NIVA 5IMDA 3IE3A 1EZKA 2O85A 5LCZA 1Y25A 3F6FA 2C3NA 3GFKA 3V1WA 1A23A 3H1NA 1V58A 2FGXA 2AAWA 2QSIA 3VK9A 2M72A 4IBPA 3WT1A 2L4QA 4FYCA 2X8GA 2VLVA 2YP6A 1HYUA 3GKMA 3HJMA 3CRTA 1GTUA 1PMTA 3ZLPA 1XW6A 2V41A 2YJ7A 1K0NA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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