2K6VA

Solution structures of apo sco1 protein from thermus thermophilus
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
172
structure length
172
Chain Sequence
GAMHTFYGTRLLNPKPVDFALEGPQGPVRLSQFQDKVVLLFFGFTRCPDVCPTTLLALKRAYEKLPPKAQERVQVIFVSVDPERDPPEVADRYAKAFHPSFLGLSGSPEAVREAAQTFGVFYQKSQYRGPGEYLVDHTATTFVVKEGRLVLLYSPDKAEATDRVVADLQALL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Putative cytochrome c oxidase assembly protein
publication title Mechanism of Cu(A) assembly.
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
molecule tags Electron transport
total genus 54
structure length 172
sequence length 172
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02630 SCO1-SenC SCO1/SenC
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2k6vA00
3QR6A 4XHMA 4NAXA 3ZYWA 4TKYA 1SL2B 3SBCA 1F37A 3BJ5A 2HZEB 3CRUA 1IYHA 1OC9A 5DQSA 3K8NA 5E4WA 1SJZA 5KN2A 4WKWA 2B5YA 3FZ4A 1XPVA 1K0MA 3GUSA 3D4TA 1ERTA 4RUVA 4ILFA 5IMAA 2O7KA 3QOUA 3NZNA 2EIOA 1KTEA 1VF4A 5IOWA 3ZREA 5GSTA 5DALA 3F9UA 2TRXA 5FWGA 3WYWA 3DVWA 4OFMA 1MDJA 1FAAA 3H4KA 2B5EA 4X43A 3ZTLA 1GLPA 2PU9C 1T00A 3GKNA 4FYCA 3TOUA 3ZMKA 3QPMA 1X5DA 5FHIA 4DSQA 3KCMA 2WJUA 1PMTA 5ECIB 9GSSA 2I9HA 4KA0A 1XVWA 3IOSA 2V1MA 3L9UA 1Z5YE 3EMPA 4N10A 3A2VA 2C8UA 3VWVA 1NHYA 1VF1A 2GSTA 4V2NA 1FO5A 1SKRB 3HZ4A 3HY2A 3F3RA 4I5QA 3CYNA 2FCHA 4K7OA 4H86A 3APOA 2FWFA 1RW1A 2KP1A 3VK9A 4IS0A 5CAXA 1BJXA 2FWGA 3TKRA 3U6VA 1IYIA 3QCPA 2VIMA 2MMNA 4GRFA 2IWTA 1Z9HA 5ENUA 3O76A 3PH9A 4HU9A 4EDZA 1AAZA 2CAQA 1SYXA 2VCWA 5F06A 2K8SA 4QL7A 3RPPA 4MJCA 1GTIA 1A23A 18GSA 4WF4A 2H73A 2AV4A 1EWXA 3LXTA 5B7CA 4MJBA 5IPHA 2B7JA 4HJ2A 3F0IA 2FGXA 1A0RP 12GSA 2VLTA 3FKFA 3DGQA 4ECIA 3UBLA 5D9VA 1TRVA 4XS4B 3CRTA 5A4WA 3KMNA 2VL9A 3LWAA 3HHVA 1GTAA 1JZDA 3TKQA 3IK9A 2HSHA 2XPEA 1O85A 5CRHA 1SD9A 3LYKA 5J4UA 2FY6A 13GSA 3M1GA 1SD8A 5DCHA 5IIZA 2GZZA 2R37A 4EO3A 3UAPA 2REMA 1R5PA 2I1UA 4ZBDA 2R3XA 4PUFC 2AUVA 1THXA 10GSA 1OKTA 3LYPA 3GFKA 1ILOA 3LGCA 1OKDA 2JSZA 4TXOA 5EPFA 2WZ9A 4MF7A 4OD7A 2JL4A 1CQGA 1ZCPA 4KSMA 5KN0A 2BMXA 3HZ8A 3KIJA 4PQIA 2H1DA 3D4MA 2N5AA 1B4QA 4O5RA 3TKSA 3KM6A 4HJMA 2ZCTA 1PL1A 3TKSE 1YEXA 2LNSA 2F51A 2C0DA 2AB6A 2X8GA 3KZQA 2PUKC 3EC3A 1OC9B 4HZ2A 3ZZXA 4ZBBA 4JR6A 3M9KA 2J23A 4FIWA 3IV4A 2RM5A 2OE0A 1TK5B 2B6MA 1WPIA 1TK0B 4MMMA 6GSVA 2JU5A 1LU4A 1PN9A 1TDIA 5IQYA 4K7NA 3HJOA 2AJQB 1VF3A 2KP2A 1S3AA 1SJ6A 1GSUA 1F2EA 1GUHA 3DKSA 4V2LA 5DALB 1M99A 2ZNMA 3UEMA 3HVSA 5KN1A 1DUGA 3RAZA 4JRRA 1TI3A 1A8YA 2LUSA 5CNWA 5ECPB 1XZOA 1GSSA 5DBQA 4POBA 4NV5A 3RPNA 1ERVA 4F03A 3EINA 1TXXA 4CHSA 4E8EA 4WETA 1XWGA 2G0FA 3VI7A 2H1BA 1X0RA 4ZB9A 3C71A 5ID2B 1TK8B 1EP7A 5A4UA 2Z9SA 1ZL9A 1A2LA 2MMZA 4NV2A 1TU7A 1PRXA 1LJRA 3QFAC 4V1Ag 2RLIA 2DSAA 1USBA 3KH7A 3GMFA 5IMZA 3KGKA 3RDWA 1R26A 4TRXA 3S9FA 7GSSA 5JWQB 1K3LA 1WWJA 3QMXA 3C1SA 5AISA 4DVCA 3AY8A 5D9XA 3IRAA 4PX1A 17GSA 5GSSA 2YPMA 3ZRDA 3LG6A 5HFGA 1XCCA 2LV3A 3I6AA 1N8JA 2CV4A 3I9V2 4TW5A 4V2MA 2C3TA 3ISOA 2JACA 3W6GA 3M9JA 3ME8A 4IW9A 1YF0A 3N5OA 2ES7A 4LA1A 2LSTA 2VL3A 3F8UA 4MJEA 4I2TA 4POMA 3IXRA 3GL5A 4KUNA 1HNAA 1WE0A 1U3AA 5J5NA 4GWRA 4NPBA 4MZWA 4BWQA 3VI5A 4L0UA 1EEJA 3DD3A 4LLRA 4RQRA 1J0FA 5AN1A 2O89A 3GHAA 3UVTA 2DLXA 4K7IA 1V57A 3FEUA 3LXZA 1X9SB 2YP6A 1FVJA 1XBSA 2F8FA 1DE2A 2B1LA 3WT2A 4POLA 2OBIA 3ZL5A 1NW2A 2L59A 2E7PA 3IR4A 4PGTA 1THOA 1B8XA 4IJ3A 4TR3A 1B48A 1G7OA 5JWRB 1JLVA 5HFIA 4IVFA 2WB9A 4HS1A 4GTUA 3IAS2 1M2BA 3IDVA 3FW2A 4OFTA 2X8HA 1XIYA 4E8HA 1K0NA 5DQYA 1PA3A 2YWNA 4TXVA 4MF6A 2LS5A 2YZUA 1JHBA 2F8AA 3TKPA 3Q6OA 1EGRA 1H4OA 3FR3A 4TXOB 4KAEA 1EGOA 1TTZA 1SU9A 3IK7A 4OCEA 2O87A 3QFBC 5LD0A 4XS6A 1PSQA 3SWLA 4ZL8A 4OCFA 2YJHA 5J9CA 2E2GA 4DEJA 2VUPA 1EZKA 4BVXA 4IN0A 4TR1B 3KP9A 1S3DA 1K0DA 5AGYA 4NXIA 5JWOB 5DAKB 5ELGA 1GL8A 1VF2A 2CQ9A 1XWAA 3VWXA 1O73A 3H8QA 1OAZA 2C1YA 2WDUA 2YCDA 1FOVA 2RM6A 1UVZA 1TW9A 2O85A 4I2UA 1WJKA 3H93A 3DWVA 3QD9A 1UA5A 4GF0A 4MP4A 1SJIA 3E9JB 5ECSA 3HJMA 5ELAA 1I9DA 5B8AA 5F07A 5F05A 1W4VA 2L4CA 2M80A 2C3QA 1C72A 4IBPA 4I6XA 1I5GA 3HDCA 5ECNB 2GGTA 2RUEA 2GQMA 1Z6MA 2CX3A 1WIKA 3UL3A 5DDLA 1R4WA 3TJKA 1F3BA 1MDIA 4PURA 1KEBA 1DE1A 3IHQA 3KP8A 20GSA 2N5BA 2K6VA 4BWSA 2DIZA 3R2QA 1O81A 3M0FA 1XW5A 1XVQA 5IO0A 4EXJA 2H0HA 3D6IA 5JCGA 3WGEA 4WEYA 1O6JA 3LEFA 1B4PA 4K9ZA 4YAVA 1JFUA 3TGZA 1GSQA 3E3EA 3GA4A 1V9WA 3A2WA 4XRAA 2FA8A 4HZ4A 3KJYA 2YANA 2ON5A 4DSSA 1ZOFA 3CBUA 4LMVA 1GTUA 3MSZA 1A2MA 2V2GA 2R2JA 2H71A 3A5WA 1MDKA 3TUEA 1Y25A 1VGLA 2JZTA 4MPFA 14GSA 1HD2A 1K0CA 1QK8A 4MF5A 1HNBA 2I3YA 1ZGNA 3U5RE 1M2AA 1M7TA 3ZFBA 4HQSA 4K1FA 4POKA 3TJGA 2HRFA 3VLNA 2I4AA 1SYRA 3D5JA 1KNGA 4ACSA 3W8JA 4PNFA 3A2XA 2VO4A 2LJKA 1GSDA 3DRNA 3GRXA 2V6OA 1E2YA 2CVDA 3IAM2 2VD1A 1QUWA 4TVEA 2OA7A 5ABRA 1X9WB 3C1RA 1F9MA 2HE3A 1AC1A 2L57A 5HR0A 1PKZA 2ON7A 2FHEA 5LNKe 1TKDB 1HQOA 2F3MA 2CT6A 3PGTA 3DYRA 1AQVA 1B9YC 3KTBA 4HUAA 2FNOA 3EWLA 3Q18A 3US3A 4ZL9A 1TRWA 3E0UA 2NPBA 2DIYA 3TDGA 1PL2A 2QKEA 1BG5A 4K2DA 2IL3A 2LNTA 2HRNA 2FWEA 1BEDA 1O8XA 2VD0A 1FB6A 1T7PB 1A24A 5IPGA 4KGIA 4KNDA 4LL4B 1VRSD 3ERWA 4YAPA 5KEJA 4FYBA 3ZLPA 3TRQA 2H1AA 5CRDA 2GVPA 1MD3A 2H8LA 2HZFA 2K9FA 3TJBA 4MCUA 3ZIVA 4KDYA 3G7IA 5G30A 1H75A 2PBJA 1TOFA 2LEGA 1AW9A 1M9AA 3TRXA 1WP0A 4IP1A 2V41A 4EC0A 1X5EA 4K0NA 5A4VA 1AQWA 1QGVA 4DSRA 1V98A 3GSSA 2VCTA 5ECMB 2YV9A 4XTSA 3PINA 3LSZA 2P31A 1GRXA 5D8IA 2M46A 4IELA 4XCSA 2CZ2A 1ZYQB 4G2EA 3KTLA 5HR2A 1JLWA 2X64A 1V58A 1N2AA 1QQ2A 3BCKA 1YEPA 3BCIA 3UIWA 1CQHA 1DSBA 1X9MB 5J3RA 2H19A 5GAPD 5CRGA 2HXKA 2HYXA 2I81A 2R6KA 4ZILA 4MABA 5DVBA 2PWJA 3GX0A 3GKXA 3EU4A 3G7JA 3ZMLA 3G9BA 3GH6A 3DMLA 5C04A 2OJLA 2AHEA 5DJMA 1EV9A 1GSYA 3HA9A 2HZEA 3VURA 2DMLA 2PPTA 5DCGA 2J9HA 4RI7A 1MD4A 2YJ7A 1Z3EA 1PX7A 3TCOA 3ZVJD 4D73A 2CA8A 2P5RA 3WGXA 1OVNA 2HT9A 1EOHA 4HDEA 3CTGA 4JBBA 5B6MA 2M72A 1HNCA 4DSSB 4I8BA 1XW9A 1YZXA 2WGRA 4G9HA 2JZSA 3APSA 2CAIA 3EU3A 2X99A 5CO3A 3P2AA 2E0QA 3HJPA 1YDKA 3TRPA 2KUCA 3P7XA 2PVQA 3FY7A 2OADA 3MNGA 4JE1A 2GQLA 4TR0A 1XWCA 1NHOA 3GYKA 1T4YA 4IQAA 4WF5A 4CDOA 3LQ7A 1XOAA 5COHA 2HFDA 1Z6NA 1TP9A 3FRCA 1KBNA 4G10A 1OE7A 3ZFLA 3GTUA 4V1Ap 1J08A 3LORA 4IP6A 4KSOA 4ZXGA 2NVLA 2A2RA 2YWOA 2CZ3A 2VCQA 1EP8A 1ST9A 2MBTA 1RK4A 2QC7A 1G6YA 3VFIA 1WMJA 1YKAA 1BQ7A 4IQ1A 2PVOC 1SENA 4KDXA 2H0IA 2F9SA 4ISDA 3VWUA 1QXHA 4MDCA 2IMFA 1TJDA 3GKMA 4ZB8A 1AXDA 3APQA 2V6KA 1PX6A 3ZIJA 19GSA 3VPQA 2C0GA 3HVVA 1K0AA 3GH9A 2BTOT 1GLQA 2NTOA 4NMUA 4N0VA 3ED3A 4MZCA 2OE3A 2DJ3A 5ECKB 5HQPA 3TOTA 3BD2A 3A3TA 3EE2A 2YOIA 1V40A 2H6XA 4WXTA 5ECRB 2H70A 2GSSA 2H72A 1ZMAA 3L0HA 1BYEA 2V32A 5E59A 2VCVA 3L9SA 5HFKA 2XPDA 4L5OA 4F9ZA 4ML6A 2NBSA 1K3OA 4ID0A 4XS4A 4GSNA 3HD5A 6GSXA 2IMEA 3EURA 3FZ9A 2LJRA 4WBJA 1SK2A 1S3CA 5HR1A 5G1LA 5IMVA 4N0ZA 3W8SA 6GSTA 4MPGA 3F6DA 3I43A 1U3IA 1FVKA 2L4QA 4CW9A 1MTCA 1ACVA 1OC3A 4JR4A 4OMVA 3N9JA 1GSFA 4MA9A 2FD3A 3KD0A 2L6DA 3UOMA 1F3AA 2H74A 2HLSA 2QGVA 22GSA 1M9BA 5DJLA 3ZITA 1U87A 4J56E 3LJRA 2O8VB 3GL3A 3MDKA 6GSSA 2C80A 1LBKA 2VCZA 3M3MA 5H5QA 16GSA 4MJAA 2R4VA 4KW6A 5ECOB 1JZRA 2KHPA 2PGTA 2TRCP 3Q74A 3KH9A 4BL7A 4F82A 2IFQA 4FYUA 3QDNA 2GZPA 4KX4A 2IMKA 1GTBA 2VL2C 5EL8A 4L8EA 1ZZYA 2DC5A 4PUAA 5G5FA 5FT3A 2VM2A 1NSWA 1XW6A 2LJAA 4O32A 1GNWA 3DXBA 1RQMA 2B3SA 2BJXA 5G2ZA 3MWHA 1XFLA 2C0EA 4JZQA 1DBYA 1U88A 5ECQB 3F63A 1R5AA 3FK8A 4Q5NA 1GUKA 1Z7PA 3GNJA 4D73B 3WT1A 2P5QA 1FG4A 4LMWA 3P8WA 5HR3A 4AJ6A 4AJ8A 1GP1A 2GSRA 5D9WA 2DJJA 2RIIA 2XBQA 3L4NA 1A8LA 4OO5A 4ZIJA 3HKRA 3CSHA 1GH2A 1YQ1A 4ECJA 3IE3A 4WBRD 4OO4A 1F6MC 4AJ7A 2KLXA 2VCXA 1Z7RA 3UVHA 1HYUA 3H79A 1XWBA 3RHBA 2GZYA 3DIEA 4AGSA 4KCEA 3L78A 1URMA 1G7EA 3GIXA 1SL0B 2R5GA 4L0WA 3FR6A 2IMDA 2B5XA 4YQUA 1FB0A 3D0ZA 5G5EA 3FYGA 1TI1A 3KMOA 2YWIA 1T8EB 2L6CA 3J7Yk 3GN3A 2H6YA 4K8MA 2MMAA 5ID2A 1K0OA 3GTUB 1WRYA 4ZL7A 1QFNA 1BX9A 2LRNA 3HCZA 5GZZB 3FZ5A 5CP1A 1SKWB 2GTUA 1EOGA 1ZYEA 1XWKA 4GLTA 1A0FA 2X8CA 2GSQA 4AF2A 2MYGA 3CSJA 3PR8A 5J41A 1ERWA 4EDYA 2L5OA 2GT5A 4HI7A 4EL1A 2VOCA 4G19A 5F8BA 2DBCA 2DMMA 1R7HA 5A5KA 1QMVA 3NIVA 3D22A 2H76A 3GKKA 1AIUA 2JADA 4F0BA 4KE3A 2WFCA 3OR5A 4TOPA 3GX8A 3FR9A 2JSYA 2XHFA 3CMIA 1PQNA 5L71A 1M2DA 3F4SA 4TR4A 4N11A 4F2IA 1M0UA 2H30A 4GSTA 1PKWA 4KH7A 1GULA 2EC4A 1WOUA 5GAND 4PNGA 3M8NA 2IPAA 1OYJA 2YWMA 3JCML 1PGTA 1V2AA 3DEXA 4EKZA 2WS2A 3FZAA 1T4ZA 5H5SA 3TB2A 3I69A 1XXUA 5D96A 3TJJA 2OBKA 3EVIA 4GSSA 3EMXA 1EV4A 6GSYA 4BPYA 2YNXA 4PQ1A 1B9XC 3C7MA 1Y6EA 2OE1A 5F0GA 5ECHB 11GSA 4XIHA 2FLSA 2XBIA 3ERFA 2N5FA 5JCUA 2OKAA 4J2FA 1O7UA 2K8VA 5JCWA 2XC2A 3C8EA 3F4RA 5D93A 4IKHA 1T3BA 1GWCA 1YF1A 2D2ZA 5AIXA 1X5CA 4JU5A 4BA7A 1FW1A 4F0CA 2IFQB 2TIRA 3WD6A 3F6FA 5EY6A 4QL9A 1T1VA 3UMAA 4BVYA 3RBTA 1YKCA 4HEA2 4TR1A 2LQOA 4MLYA 2VM1A 4EF0A 1G0TA 5DAKA 3BBYA 1EEMA 3VPTA 2MMOA 4MZBA 4PQHA 2IJYA 2YV7A 1OC8A 2PMTA 2VL2A 2EIRA 4ECBA 2PN8A 5IMDA 1JZWA 2VLVA 4ULXA 3IPZA 4WR5A 2LQQA 2VLUA 2B7KA 2A2SA 2CVKA 2DJ1A 4ML1A 4YH2A 1J9BA 2DJKA 1ERUA 3ZVJA 2IIYA 4GQFA 4HOJA 2QSIA 4YQVA 2WRTA 4K6XA 4K0GA 3QAWA 4EVMA 2H6ZA 3HYPA 4Q5QA 5J9BA 5C00A 3IA1A 4Z7XA 1SK0A 5D9TA 3KEBA 2H66A 4LL1B 3VWWA 1Q4JA 3KXOA 3F4TA 2VAFA 3HXSA 4O7HA 5B6NA 4X0XA 1ON4A 4IHUA 1ABAA 1AQXA 2OACA 2WCIA 2G2QA 5KN3A 3QAVA 4J57E 1GUMA 2FWHA 1OE8A 2KOKA 6GSWA 2FA4A 4PXOA 3UJ1A 5IMFA 5G31A 3CSIA 3FHKA 3UBKA 2NDOA 4NHWA 2EIQA 5B8BA 2AYTA 5INYA 2FUG2 1A2JA 1SKSB 4HU7A 4FO5A 5AIVA 1UC7A 4MK3A 3ME7A 4RI6A 4X1UA 3RHCA 4GCIA 1O8WA 3GURA 4HQZA 5D73A 4OFNA 1MEKA 3IBHA 4I97A 2RUFA 3O6TA 2C3NA 2LRCA 2WULA 2ZUPA 4WR4A 4KDUA 3MAKA 3BOAA 4KB3A 3EYTA 3ERGA 1K3YA 4P3YB 4RQXA 3HVXA 4ZB6A 2YZHA 2GLRA 1K0BA 1TU8A 1U6TA 5EVOA 3DVXA 2IMIA 2GS3A 3O3TA 3L9VA 4IJIA 3NOFA 1JZOA 3J7Yb 5IM9A 2H0GA 4JEDA 4TN8A 1BAYA 2LRTA 1GSEA 2H01A 3IC4A 1NM3A 3GSTA 5H5RA 3F3QA 3UARA 2K18A 2HI7A 4NWYA 2A4VA 4XS1A 2CX4A 4ZBAA 4OWYA 1TRUA 2DJ2A 4FH8A 2ALBA 2GQKA 3CXGA 2E2MA 2JZRA 4GXZA 1W89A 4YQMA 5IOXA 2PERA 3CTFA 1SK1A 4Q5FA 2GT6A 5IMCA 2YN1A 2LKUA 4EUYA 3QAGA 3GV1A 4MH3A 4Q5RA 1PD21 1AUCA 6GSUA 1YY7A 1E6BA 3H1NA 2GDRA 3TJFA 5ECLB 4ECCA 3P90A 1YJ6A 2B1KA 2MBSA 2CVBA 3C73A 2C0FA 4O92A 2H1GA 5CREA 3Q19A 3LFLA 1XOBA 5LCZA 4QQ7A 8GSSA 5IO2A 2AAWA 4EE0A 1Q98A 2LTKA 2DJ0A 4L5LA 1G6WA 2MZCA 3TKSC 4KCAA 2HNLA 2C4JA 1GNEA 2IN3A 4MH2A 2HSYA 3V1WA 5CRWA 3WGDA 4GQCA 4IGJA 4XRDA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
How to cite