1QXHA

Crystal structure of escherichia coli thiol peroxidase in the oxidized state
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
SQTVHFQGNPVTVANSIPQAGSKAQTFTLVAKDLSDVTLGQFAGKRKVLNIFPSIDTGVCAASVRKFNQLATEIDNTVVLCISADLPFAQSRFCGAEGLNNVITLSTFRNAEFLQAYGVAIADGPLKGLAARAVVVIDENDNVIFSQLVDEITTEPDYEAALAV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of Escherichia coli thiol peroxidase in the oxidized state: insights into intramolecular disulfide formation and substrate binding in atypical 2-Cys peroxiredoxins
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Escherichia coli
molecule keywords Thiol peroxidase
total genus 49
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2003-09-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1qxhA00
4ML6A 1K0BA 3P2AA 4GSTA 2H6YA 5CAXA 3MNGA 5ID2B 2BTOT 3J7Yk 4QL9A 3MWHA 1C72A 3I43A 3EMXA 3IAM2 3DVXA 4ML1A 2LTKA 4F9ZA 5IOXA 5D8IA 1M0UA 2MMNA 4AJ7A 4ZBBA 2CV4A 4L0UA 5ECSA 2DIYA 2X99A 1V98A 2E2GA 4XRAA 1Z7RA 2KP1A 3BBYA 5CRDA 2IWTA 4LMVA 1Q4JA 2CAIA 3O6TA 3F63A 1TRSA 1A2MA 4XIHA 4TR1A 5B7CA 2KOKA 4ZILA 4F0BA 2ZUPA 17GSA 3UVHA 4HQSA 3Q18A 2LJKA 3UOMA 4AJ8A 5G2ZA 3DRNA 3DEXA 1TDIA 1Y25A 3Q6OA 1X9MB 1BEDA 1WMJA 1PX7A 2PU9C 1WJKA 3ISOA 3GNJA 1K3LA 3F8UA 3CRTA 1XBSA 2DJ1A 2O7KA 4Q5NA 3M9JA 5A5KA 1WRYA 4EE0A 1SKSB 2HSHA 3IE3A 4POMA 4XCSA 5C00A 3TCOA 1GSEA 4KUNA 1TJDA 2L5OA 2OBIA 3VWUA 3MDKA 2WDUA 4ILFA 4KDXA 1SENA 1TU7A 4YQVA 3FRCA 2AAWA 2CAQA 2F8FA 4K0GA 3VFIA 1K3OA 3F4RA 2EIRA 4RUVA 2YV7A 3F6FA 1ERUA 4MJAA 2H76A 4MK3A 2PWJA 1GWCA 3HCZA 1ZOFA 5DJMA 3O76A 2GS3A 3G7IA 4KA0A 3IHQA 4MLYA 2WS2A 5HR3A 2VL3A 5HQPA 1XW9A 5KN3A 5F05A 1SL0B 4WETA 2NVLA 3EVIA 4KCEA 4GF0A 2VCTA 4MZWA 1W89A 3GKMA 1DBYA 4TXOA 4EUYA 3TKSE 5AISA 3M0FA 3LORA 1O73A 3KZQA 1B8XA 4F82A 4EF0A 4KH7A 2VCQA 2GLRA 2C0FA 1R5AA 1A24A 4NV2A 4FYCA 2I4AA 1N2AA 2O89A 2MZCA 2YPMA 4ECJA 3LG6A 2HZFA 4GTUA 3QAWA 4HDEA 5DJLA 1ML6A 1HD2A 1BAYA 1O85A 3US3A 1GL8A 2YJHA 2DJJA 4MDCA 4FYBA 5CRHA 4K2DA 1T00A 3FR3A 3RPNA 3WD6A 1ST9A 3HDCA 4HJMA 4PQHA 5ECLB 1OKDA 2GSQA 4LL1B 1R26A 4BVXA 4OO5A 4F03A 2V2GA 2QGVA 2KUCA 2OE1A 4ISDA 2FUG2 3EU4A 1NW2A 2VLUA 4WBJA 5J4UA 4WKWA 4J57E 1EOGA 2IFQA 1YKCA 2AV4A 5CP1A 5J9BA 2L6DA 3EURA 3TKRA 2OA7A 3GURA 2YN1A 2ON5A 4X43A 5HFGA 2LQOA 3WGDA 3BCIA 5CO3A 1XFLA 4ULXA 2FHEA 1YQ1A 4Q5QA 3W8SA 4KGIA 1AC1A 5LCZA 2HE3A 3D5JA 3ZVJA 3DXBA 1EP8A 3QD9A 3GUSA 1XZOA 2JZRA 2V6OA 3VWWA 3CSHA 5AGYA 3C7MA 5HR0A 1TU8A 1VF3A 2VIMA 2WGRA 5A4WA 4TR0A 4JRRA 3DWVA 4HUAA 5KN1A 4CHSA 2OE3A 4WF5A 1DUGA 4JR4A 1GTIA 1HNCA 3DGQA 4JU5A 1TI1A 3QR6A 1FVJA 2QC7A 1XVQA 3F4TA 3ME8A 1B4PA 4I8BA 3FR9A 2VCZA 4TVEA 1WPIA 3GTUB 4TKYA 1GTUA 3FYGA 4MJBA 4PNFA 5G5EA 3BCKA 1FHEA 1EEJA 2LNSA 4DSSA 1OE7A 4HS1A 4LA1A 3UEMA 4LL4B 2O85A 3HY2A 4OD7A 1VF1A 1ON4A 2GZPA 4PX1A 1F6MC 3BD2A 3ZYWA 1I5GA 1YEPA 1BG5A 5COHA 1QXHA 1KEBA 1SK1A 1Z7PA 2YWIA 2E2MA 2H8LA 5ID2A 5L71A 1SK2A 4OFMA 3RBTA 5GAND 5GZZB 3KH7A 2N5FA 1FO5A 2P31A 2PVQA 2YWMA 1V58A 3HVVA 4IHUA 5DVBA 3GHAA 4V1Ag 3A2WA 1G6WA 5ABRA 3GH9A 1FOVA 1ACVA 1G7EA 4K8MA 2AJQB 4L5LA 1XXUA 1E2YA 1R7HA 1ZZYA 5IPHA 1H4OA 4IW9A 1U3IA 1TK0B 1HNAA 2PBJA 3TB2A 4KSOA 3RAZA 3M3MA 1OVNA 5HR1A 2NDOA 4NPBA 5CNWA 2WB9A 3W8JA 4XS1A 4WF4A 2I1UA 3IBHA 2BMXA 2PVOC 5IM9A 4O92A 4YQUA 4Q5RA 3P7XA 2YV9A 1B9XC 5D9XA 4IKHA 2FWFA 1AUCA 4G19A 1YY7A 4GLTA 5JWQB 3U5RE 4F0CA 5EPFA 4JR6A 1V40A 4YAVA 2OE0A 1MDJA 3LQ7A 1YF1A 3VPQA 3HXSA 3KTLA 4ZBDA 1S3CA 5ECRB 1F37A 1JZOA 14GSA 3A5WA 3I69A 1EZKA 1QK8A 1PN9A 3FZ5A 4MJEA 2V41A 1A23A 2MBTA 5IQYA 2OBKA 4IQAA 1B4QA 2EC4A 3WGXA 3TKSA 1O81A 3EE2A 4JEDA 2KHPA 2YOIA 4L0WA 4OWYA 1V57A 3TKQA 1XWAA 1GTBA 4TR4A 4WEYA 3WT1A 2L4CA 4G10A 1TI3A 3UJ1A 1M2BA 1X0RA 5F0GA 3GA4A 2H73A 3A2XA 2GT6A 3CSJA 2O87A 1A0FA 1OC8A 3GH6A 3P90A 4I97A 3LJRA 5ECMB 2GGTA 1MDIA 4ID0A 1PKWA 1GUHA 3VK9A 2IMIA 2C4JA 2G2QA 5G31A 3LWAA 3BJ5A 2VL9A 4K7NA 1W4VA 2VD1A 1PL2A 5DALA 10GSA 4ZL7A 5LNKe 1PQNA 2DMMA 2VCWA 3EINA 2HNLA 1NHOA 1ABAA 1N8JA 1B48A 3PH9A 3JCML 3UARA 1XPVA 5E4WA 3CRUA 2GSSA 5DDLA 2H1BA 4KE3A 1A2JA 3J7Yb 4N30A 5ECPB 5ECIB 3UMAA 3I6AA 4J56E 2CT6A 3GL3A 1GH2A 4FYUA 4TRXA 4WXTA 2GQKA 2FWGA 4KB3A 2PMTA 1A2LA 1DE1A 5AIXA 5DCGA 2GSTA 3L4NA 1XW5A 5IO0A 3VPTA 1G6YA 4ZXGA 4P3YB 3TRQA 5IMCA 1MD3A 1XOBA 1GSUA 2HZEB 4MA9A 4BA7A 1WIKA 1WOUA 2MMAA 4GWRA 3ME7A 1FAAA 2C0GA 5EVOA 3E9JB 1DSBA 3M1GA 4KCAA 3MSZA 1Z9HA 2A4VA 1ERWA 1Z3EA 1AQXA 2YCDA 2AYTA 3GX0A 4NHWA 1KTEA 2H75A 2H0IA 3W6GA 2OADA 2DSAA 2GDRA 2VLTA 1YZXA 3FK8A 6GSUA 6GSYA 8GSSA 1JLVA 3HVSA 4ZBAA 3L9SA 2LEGA 2CVBA 3F9UA 4DSRA 2ES7A 2LV3A 3APSA 4NXIA 2NPBA 3DYRA 3FEUA 4BWQA 3GSTA 4MCUA 1XWKA 2LJRA 2JACA 2L6CA 5GSSA 3QAGA 1GUMA 3Q19A 5FWGA 3L0HA 5DALB 4OFTA 5CREA 5IOWA 3HJMA 4DEJA 2B5YA 2BJXA 2OACA 4O32A 2F8AA 5IMAA 2B7JA 2WFCA 2DJ2A 4IJ3A 4QQ7A 3FKFA 1TW9A 1QQ2A 5HFKA 3CTFA 1LJRA 3IPZA 2EIQA 5DCHA 3GTUA 5ECQB 2VUPA 4KAEA 1YF0A 2XBQA 3ZITA 2DC5A 4IJIA 1BJXA 3TJGA 2YP6A 2DBCA 2VL2C 1VF2A 1ZCPA 1TRUA 5B6NA 1XWGA 4PURA 3GV1A 1AW9A 3PGTA 3D0ZA 2H19A 3IAS2 4V1Ap 3H8QA 1DE2A 4Z7XA 2VO4A 1K0DA 1WP0A 1PL1A 2B1LA 2EIOA 3O3TA 5GAPD 1PA3A 4KX4A 4NHZA 3IR4A 3KH9A 3EC3A 2YNXA 5B8AA 3H1NA 3RDWA 4MH3A 2AHEA 1KBNA 2DMLA 4ZB6A 1ZL9A 1YEXA 3P8WA 3PR8A 2B6MA 1TK8B 2L4QA 1JZWA 4I2TA 1V2AA 3V1WA 1AQWA 4POLA 3GYKA 1K0OA 4RQRA 1GSYA 1K0AA 2R5GA 4WR5A 1S3AA 4X0XA 3RHBA 4N10A 3HKRA 1G0TA 16GSA 5JWRB 1EGOA 2M46A 2KP2A 1TOFA 1U3AA 3APQA 2R2JA 5DAKB 4XS6A 3Q74A 5JCWA 1GRXA 3DD3A 5B6MA 4IELA 2YANA 2TRXA 2H0GA 3IC4A 3E3EA 1M2AA 3LGCA 3ZRDA 1ERVA 4TW5A 4EVMA 4K7OA 3HZ8A 1MDKA 3LSZA 4NWYA 4HU7A 1Y6EA 4V2NA 1ZMAA 4TXVA 2V32A 1SL2B 3F3RA 5B8BA 5G1LA 3QCPA 2IMDA 4I6XA 2RUEA 1S3DA 2WULA 4MJCA 6GSWA 4X1UA 2DJKA 2H66A 1GP1A 3EWLA 3EU3A 2ZCTA 3WYWA 1GNWA 1FG4A 3ZFLA 1IYIA 2XPDA 4EKZA 4GSSA 1A8YA 4V2LA 1HQOA 3L9VA 1FB0A 18GSA 2H71A 2H1AA 3QFAC 3DKSA 3NZNA 1MD4A 1SYRA 2REMA 2R37A 3N9JA 1PGTA 1OE8A 1RK4A 3QDNA 3VI7A 3U6VA 2VOCA 2YZHA 4K9ZA 1O6JA 2OJLA 3ZMLA 2B1KA 4PQ1A 5IMFA 4IS0A 4ZB9A 2A2RA 1I9DA 1QGVA 2RIIA 3H79A 4PUFC 4PQIA 2RUFA 3EMPA 3D6IA 3CBUA 2YJ7A 1OC9A 1G7OA 1X9WB 1XWBA 1U6TA 3E0UA 4BWSA 4MZBA 5J5NA 1J08A 1CQGA 1M99A 5J41A 3D4MA 3VI5A 3LYKA 2IMFA 1MEKA 3IRAA 5D9TA 5KEJA 4JE1A 5KN0A 4OCFA 1XCCA 4IVFA 1FW1A 3K8NA 1ILOA 5E59A 4BL7A 4GXZA 5ELGA 4PXOA 1T3BA 3KTBA 2CVDA 2VCXA 4PUAA 4ECBA 3TKSC 4CDOA 3N5OA 2PPTA 1U88A 3UAPA 2AB6A 1PD21 1SK0A 4N0ZA 5AIVA 1THOA 3GKKA 3ZTLA 4HZ4A 2K8VA 3IXRA 2B5EA 1FVKA 2WJUA 1YJ6A 1EP7A 1GLPA 2H30A 2HZEA 2E7PA 4L8EA 4PGTA 5ECHB 3QMXA 1TRWA 3LYPA 4NV5A 4FIWA 1X9SB 1E6BA 2LS5A 3KXOA 1SKWB 1LBKA 5H5QA 1THXA 2C0EA 2QKEA 3IA1A 5D73A 1VRSD 2DJ0A 4GRFA 1MTCA 3GMFA 3LXTA 2FWHA 4H86A 2MBSA 3M9KA 4N11A 2OKAA 1SJ6A 2H01A 3G7YA 5IMDA 1XWCA 2V1MA 3F3QA 2HI7A 5KN2A 4HZ2A 1QMVA 3CTGA 2P0GA 1PX6A 3WGEA 3RPPA 1R4WA 1K0NA 1BYEA 4ZL9A 3IV4A 2GZZA 3QPMA 2FNOA 2LSTA 3HJOA 4RQXA 1GUKA 2F3MA 3DVWA 3VLNA 3HHVA 2HRFA 3QFBC 3APOA 4KSMA 22GSA 3KIJA 1IYHA 1M7TA 2H1GA 1K0MA 1A0RP 4XRDA 3IOSA 1NM3A 1XOAA 3FY7A 2LKUA 2DJ3A 4J2FA 4GCIA 3D21A 1GSQA 1O8XA 2A2SA 5C04A 4MF5A 4Q5FA 2M80A 4IQ1A 2L5LA 4KDUA 4GQFA 1OC9B 3F4SA 4YAPA 3G9BA 5A4VA 1UA5A 2FY6A 2FWEA 4RI6A 3VWVA 4E8HA 2XHFA 2HT9A 4TR3A 1SL1B 4HOJA 3HVXA 3AY8A 3NIVA 2VLVA 1NHYA 1PKZA 4D73B 5D93A 2C1YA 3GIXA 3HJPA 2I3YA 2JZTA 4WR4A 1TTZA 3KP8A 2L57A 2H0HA 3TRXA 4MP4A 5J3RA 4OCEA 4I5QA 4AGSA 3LFLA 1VGLA 3KEBA 2TIRA 4XHMA 3TJFA 1Z6MA 4MH2A 4TOPA 3L9UA 1M2DA 3QAVA 4FO5A 1ZGNA 5IO2A 5F06A 2G0FA 2C8UA 3ZMKA 2JADA 3GN3A 1EV9A 4OFNA 5F8BA 3UVTA 2E0QA 3TJJA 3GRXA 5J9CA 1GTAA 3H4KA 1USBA 3GX8A 4G2EA 2J23A 2P5QA 2KLXA 1U87A 5LD0A 5INYA 2DLXA 2LQQA 4GSNA 1YKAA 2HRNA 1GLQA 2N5BA 2QSIA 5A4UA 4EO3A 2M72A 4TN8A 4DSQA 1X5EA 5JCUA 2RLIA 2AUVA 1X5DA 4HI7A 1GNEA 1OC3A 5DAKA 2ALBA 2H1DA 4NAXA 2K8SA 2X8HA 1SJIA 4MPGA 2WRTA 1GSDA 3ED3A 2IJYA 4LMWA 3KM6A 4XS4A 2H74A 1EGRA 3ERWA 1ZYEA 2B3SA 2IL3A 1SU9A 3DMLA 5D96A 4LLRA 1Z5YE 3G7JA 1UC7A 1SYXA 1URMA 5DQSA 1NSWA 1AIUA 3TOTA 4EL1A 4OMVA 4K7IA 2K9FA 2K18A 3CYNA 3IDVA 7GSSA 1T4YA 3KJYA 3L78A 3HZ4A 5HR2A 1UN2A 1EV4A 3TJBA 3F0IA 3TRPA 2R6KA 2PUKC 3HD5A 3IK7A 1KNGA 2B7KA 3CSIA 2I9HA 3HYPA 2CZ2A 4EDZA 3ZREA 2IN3A 2C0DA 2ON7A 1RQMA 4EXJA 4N0VA 1F3BA 1QFNA 5G30A 2F51A 2CX3A 3GKNA 19GSA 3C1SA 5ECKB 2CVKA 1GSFA 3TUEA 2IMKA 1JZRA 2Z9SA 3KP9A 4RI7A 5D9WA 2JZSA 3NOFA 3H93A 2H70A 2I81A 1JFUA 3WT2A 1SD9A 2PN8A 1Q98A 2B5XA 5EY6A 5CRGA 3D22A 2CQ9A 4OO4A 3KGKA 4TR1B 1M9AA 3FZ4A 1TP9A 4HQZA 2X8CA 1HYUA 5AN1A 5JCGA 3KCMA 4ACSA 1SKRB 2XBIA 3SWLA 2R3XA 4ZL8A 1TRVA 3LXZA 4HJ2A 1XW6A 1EEMA 1PMTA 1T8EB 1M9BA 4K1FA 1T7PB 1LU4A 2JL4A 2JU5A 5CYYA 4XTSA 6GSSA 3ERFA 1O7UA 2P5RA 4IBPA 1K0CA 2FCHA 1V9WA 1OYJA 3TOUA 2GTUA 1A8LA 2VL2A 1J0FA 2IIYA 2VAFA 6GSXA 4IGJA 5EL8A 4BVYA 2YWOA 4ZB8A 2IPAA 1BQ7A 3FR6A 2HFDA 3ERGA 2DIZA 2WCIA 2C3NA 3KMNA 1H75A 4O5RA 3TDGA 1XVWA 4XS4B 4MABA 3R2QA 1FB6A 2D2ZA 3CMIA 3HA9A 4I2UA 4JZQA 4V2MA 2XPEA 3C8EA 4WBRD 5ECOB 3GFKA 3D4TA 3ZLPA 4POBA 1VF4A 5G5FA 4EC0A 6GSVA 2LRNA 1YDKA 5F07A 2CX4A 3UBLA 2J9HA 5D9VA 2K6VA 3GKXA 2JSZA 1QUWA 4IP6A 1AAZA 2CA8A 3M8NA 4MPFA 5JWOB 4HU9A 1RW1A 2HYXA 4K6XA 3ZIVA 5ECNB 4BPYA 4CW9A 2GVPA 1BX9A 4TXOB 3UBKA 3CXGA 3DIEA 4MMMA 5DBQA 1OKTA 3TJKA 5ELAA 5IMVA 1UVZA 1HNBA 2F9SA 1XIYA 2YWNA 6GSTA 5DQYA 12GSA 3EYTA 2CZ3A 4ECCA 2NBSA 3MAKA 13GSA 4KDYA 5ENUA 20GSA 1F3AA 1F9MA 4G9HA 2NTOA 4POKA 4ZIJA 1JZDA 2ZNMA 3BOAA 3C1RA 3SBCA 2H72A 2GQMA 3ZZXA 2LRCA 5FT3A 5GSTA 2H6XA 4YQMA 3QOUA 1TKDB 4KNDA 3FZ9A 5IPGA 4D73A 2MYGA 1AXDA 2GT5A 2YZUA 3TKPA 4MZCA 1SD8A 5G1KA 2C3TA 1GULA 2XC2A 2X64A 4MF7A 4FH8A 2RM5A 1B9YC 1JLWA 1SJZA 4YH2A 3VWXA 2MMZA 1AQVA 1EWXA 3A2VA 5HFIA 1TK5B 1J9BA 2FGXA 4DVCA 2IFQB 2LNTA 2LRTA 2PERA 2VM2A 2L59A 1OAZA 4NMUA 2H6ZA 1JHBA 2C80A 2VCVA 2HLSA 3PINA 3KMOA 3ZFBA 1CQHA 1PRXA 2LJAA 3F6DA 3OR5A 1T1VA 4MF6A 3VURA 5H5RA 3TGZA 3UL3A 4QL7A 1WE0A 3RHCA 3GL5A 2X8GA 1F2EA 2HXKA 3C71A 5H5SA 2VD0A 3IK9A 3LEFA 3GSSA 2JSYA 2VM1A 2GQLA 4L5OA 2R4VA 3ZL5A 2PGTA 5IIZA 4IN0A 9GSSA 2N5AA 1ERTA 3I9V2 1O8WA 1T4ZA 1X5CA 2C3QA 3UIWA 2TRCP 4ECIA 2V6KA 2WZ9A 4PNGA 1PSQA 3FW2A 2GZYA 2HSYA 11GSA 5FHIA 3ZVJD 2RM6A 1ZYQB 1GSSA 2GSRA 4IP1A 1EOHA 1Z6NA 2FLSA 2FA4A 4KW6A 4EDYA 3ZIJA 4JBBA 2FD3A 3FHKA 1R5PA 4HEA2 2FA8A 2MMOA 4K0NA 4E8EA 4O7HA 3A3TA 4AF2A 1WWJA 4DSSB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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