1ABAA

The structure of oxidized bacteriophage t4 glutaredoxin (thioredoxin). refinement of native and mutant proteins
Total Genus 24
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
24
sequence length
87
structure length
87
Chain Sequence
MFKVYGYDSNIHKCGPCDNAKRLLTVKKQPFEFINIMPEKGVFDDEKIAELLTKLGRDTQIGLTMPQVFAPDGSHIGGFDQLREYFK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of oxidized bacteriophage T4 glutaredoxin (thioredoxin). Refinement of native and mutant proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLUTAREDOXIN
molecule tags Electron transport
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 24
structure length 87
sequence length 87
ec nomenclature
pdb deposition date 1992-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00462 Glutaredoxin Glutaredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1abaA00
1U6TA 2YZHA 3GV1A 5AN1A 4WBRD 2N5FA 4GF0A 4LLRA 4K0GA 4XS6A 4KUNA 5IMFA 3UBLA 5CRHA 2H75A 1XW5A 3F63A 4ULXA 3TJJA 1SKRB 1KBNA 1K0CA 3FY7A 4HS1A 1EV4A 3KH9A 5IOXA 4N30A 3EYTA 4I2TA 4KDUA 2HFDA 3VPQA 1GSUA 4O92A 22GSA 4KCEA 4ZB9A 1TK5B 1SKSB 2JADA 3M9JA 3KM6A 4Q5RA 2LEGA 3F6FA 3FYGA 1TTZA 1JZDA 1GNWA 2GSTA 1BAYA 4ZBBA 2I3YA 5FT3A 5GSSA 4MCUA 3DEXA 3IC4A 1U3AA 2J9HA 1Z5YE 4KDXA 4XRDA 2L4CA 1OC9A 3EURA 4G9HA 2OBIA 4XHMA 4JRRA 5ID2A 2FWHA 1X9WB 1F9MA 2V6KA 3P2AA 1X5EA 1Y6EA 4EUYA 2X64A 1BJXA 5CNWA 2GSQA 2M46A 3FR6A 2PMTA 3DVWA 5KEJA 1EZKA 3KD0A 3F3QA 5COHA 5ELAA 1Z3EA 3SWLA 1M2DA 5AIVA 2ZNMA 2H1BA 4NPBA 2IMIA 2XBQA 2OACA 4NAXA 5HR0A 5D96A 5A5KA 4K6XA 4OCFA 4DSQA 3BOAA 2YJ7A 1UC7A 2GZPA 5JWQB 4TR1B 1SJIA 1SJ6A 1XXUA 5EY6A 2VLTA 3E3EA 5LCZA 1Q98A 3TOTA 5CRDA 2NBSA 5JWRB 3HD5A 3EINA 1K0DA 1HD2A 4EXJA 1ZGNA 5D9WA 3QPMA 3GKNA 1GSFA 2IFQA 4RUVA 3IV4A 2A4VA 4TXVA 2MBTA 4GCIA 4O5RA 4EKZA 4FIWA 1U88A 4GRFA 3HA9A 2ON5A 8GSSA 5ECPB 2GVPA 3TKSC 4J56E 4MZCA 3HCZA 2H74A 3F4TA 5JCWA 2HRNA 2DIZA 1C72A 4NHZA 4PX1A 1ZYEA 1X0RA 3TJGA 4POBA 1U87A 3VI7A 2FHEA 2DMMA 1XW6A 1ERTA 3DGQA 4O7HA 5J9CA 1VF1A 1BX9A 3TRQA 2LJAA 1SD8A 1CQGA 1QFNA 3I9V2 1N8JA 1ZOFA 2YN1A 1SYRA 3QFBC 2ON7A 3NOFA 5IOWA 5F07A 3FRCA 4FYUA 1DUGA 2QKEA 4V2LA 1PL2A 4H86A 1V9WA 2H6XA 2RUFA 1M0UA 2CVDA 1EP7A 3D4TA 2I4AA 1WOUA 3CMIA 3GMFA 5G2ZA 2G0FA 2X8HA 3R2QA 1YEPA 5IQYA 3LGCA 5DDLA 2CX4A 5JWOB 4KSOA 1F3BA 1E2YA 1XW9A 1A24A 1QQ2A 3DMLA 4MZWA 4K8MA 1TJDA 2RIIA 3F8UA 3VWUA 5A4UA 1B48A 1GTIA 5DAKB 5KN1A 4MF5A 2CVKA 2R6KA 2LNSA 2WCIA 4Q5QA 3EMPA 2OE3A 2V1MA 1T4YA 3D4MA 2LTKA 1SYXA 4HU7A 3A2VA 5DCGA 4ID0A 1PN9A 4KX4A 2PGTA 2YP6A 1YDKA 2RM6A 4WKWA 2YWOA 2CZ2A 4TR1A 2C3TA 2JL4A 2LRCA 3RDWA 4PXOA 1Z9HA 1QK8A 3FHKA 2VD1A 2DMLA 2CZ3A 2R2JA 3BCIA 1PKWA 2O8VB 2HYXA 4HEA2 1K0BA 3C71A 2LRNA 4YQUA 5ECHB 3O76A 1XWGA 1YKAA 5IIZA 5H5SA 1ACVA 1THXA 1G6WA 3EE2A 1O8WA 1UN2A 3PGTA 4MZBA 4L5LA 1GH2A 2GTUA 2FWEA 1ML6A 2KUCA 3TKQA 1TRUA 3KXOA 3LYPA 5CAXA 1M99A 3QD9A 4ML1A 4XIHA 4XS1A 3H1NA 4MJAA 2CVBA 1TK8B 2EIQA 3GX8A 10GSA 1AQXA 1GSQA 2H01A 2H8LA 5J5NA 3KP9A 5KN2A 2B1LA 3IE3A 3QAVA 3GKKA 3IRAA 2L4QA 4L0UA 1W89A 2Z9SA 3EMXA 4F0CA 2C1YA 3ME7A 4NWYA 1A0RP 3F0IA 2YNXA 3GH9A 2H0GA 3C7MA 4LA1A 4L5OA 5D93A 4POMA 4KNDA 1GTBA 2C0EA 2YWIA 2KP1A 1T00A 1USBA 4HOJA 4V2NA 6GSYA 2H19A 3CTFA 2DJ3A 4LMWA 4K9ZA 3ZRDA 4CW9A 1JLWA 1YZXA 4K1FA 2FD3A 4KDYA 3PH9A 2ES7A 4DVCA 3GKMA 1M7TA 3LQ7A 3W8JA 5H5RA 1TK0B 5ECSA 4MA9A 1XOAA 4I97A 2E7PA 5ECQB 3APSA 1EOHA 4K7OA 3FZ5A 1SJZA 1PRXA 1O73A 1R7HA 3FR9A 2HZEA 2C0DA 2P5QA 4OFMA 4CHSA 1PX6A 2J23A 2VCWA 1N2AA 3U6VA 4P3YB 1OC9B 1GUMA 4OFNA 4WETA 5ID2B 4RI6A 2MMNA 1XWAA 2VL3A 3VURA 3IK9A 1K3LA 3BJ5A 5CRWA 3GURA 2VCVA 2VD0A 2IMFA 4OO4A 4YH2A 1X9MB 2B1KA 3DVXA 4IQ1A 2GZYA 1HNCA 2B5YA 4ZB8A 5IO2A 3ERWA 2DC5A 1LBKA 4ZBAA 5LNKe 3PR8A 3C73A 1TI3A 3KTBA 5AIXA 2P5RA 3D6IA 2CAIA 1F6MC 12GSA 4GQFA 3WD6A 1SL1B 3ZYWA 2H66A 2H73A 4BWQA 1MEKA 2V6OA 3F6DA 1SK0A 1XWKA 2B3SA 5GAPD 3W8SA 4AGSA 5F06A 2KP2A 4PUFC 2IFQB 5G1KA 2ALBA 1FAAA 3D21A 2LJRA 3HYPA 2IIYA 4BL7A 3IAM2 1NHOA 1TU8A 1ERWA 2AUVA 3EC3A 3VI5A 5D9VA 5AGYA 5HFIA 3VK9A 1TRSA 4AJ8A 1AUCA 2OKAA 4K7IA 4F9ZA 3HVSA 3DRNA 2VCZA 2F8AA 4YQVA 1TXXA 2AHEA 4MK3A 1DE1A 1O7UA 4MF7A 4MJEA 5ECIB 1B9YC 1KNGA 1EEMA 5CO3A 3QAWA 2RUEA 2L5LA 2DJ1A 2IMKA 4XS4B 3IOSA 1TKDB 1KTEA 1WIKA 2L6CA 3TDGA 4E8HA 1BYEA 4WF5A 2FGXA 2WZ9A 2HLSA 4BWSA 1ZZYA 3APOA 5FHIA 3G7IA 4I2UA 4N10A 4HUAA 2PWJA 5HQPA 2XPEA 3TCOA 3HY2A 2JSYA 2YOIA 4IVFA 5CRGA 2C3QA 1V2AA 3RHCA 1BG5A 2VIMA 3FZ4A 1SKWB 1V98A 4FYCA 1GUHA 4X0XA 4RQXA 1A2JA 4LL4B 3ZIJA 3EWLA 3F4SA 2MBSA 2BTOT 3IK7A 2PERA 4DEJA 3LEFA 4OMVA 1GL8A 2KLXA 3IXRA 1NM3A 4V1Ag 2LS5A 2GT6A 1PSQA 1VGLA 4OO5A 2CA8A 3GUSA 3HKRA 2FA8A 4TR4A 2XBIA 3EU3A 3KJYA 2L57A 3QFAC 1V40A 1A2MA 4OD7A 3J7Yk 3KMOA 1ST9A 4JU5A 1GTUA 2DIYA 1XVQA 4YAPA 5J41A 3M0FA 2F9SA 5GZZB 4XRAA 2MZCA 3IDVA 2JACA 2LUSA 2BJXA 3NIVA 3I69A 1GULA 4L8EA 4EO3A 5EVOA 1PA3A 1J0FA 1XBSA 2TRXA 2QC7A 2DJ0A 1TU7A 1ZYQB 2B7JA 2IWTA 2FLSA 2N5BA 1XOBA 1B9XC 4X1UA 4IHUA 3GH6A 5B6MA 5E4WA 1QUWA 1FG4A 4D73A 3IBHA 3LFLA 5IPHA 3FZAA 5DQSA 4XTSA 2NPBA 2C8UA 3H8QA 1OYJA 5F8BA 4IN0A 3ERFA 4Q5NA 1SL2B 3ZLPA 2R3XA 1ERUA 3GIXA 3D22A 5F0GA 3CRUA 2E0QA 2O85A 1ZL9A 2MMZA 4J57E 3EVIA 2HNLA 4WBJA 2HSYA 4XS4A 1R4WA 3WYWA 3Q6OA 1OC8A 1A8LA 4EDZA 2G2QA 3HHVA 3OR5A 1GWCA 4GWRA 4NMUA 4QQ7A 1HQOA 5JCUA 3GL3A 2EC4A 3QOUA 3MAKA 2IJYA 2PUKC 2WS2A 4GSNA 4TRXA 2FNOA 2FWFA 3GYKA 2YANA 2H72A 4BA7A 4RQRA 1V57A 2KHPA 16GSA 5ECLB 3FR3A 4JR4A 3ZTLA 4G2EA 1TI1A 2K9FA 1GLPA 3ZFBA 5INYA 4GSTA 4Q5FA 1R5PA 1FB0A 3UVTA 4KAEA 3HJOA 2H1DA 1YQ1A 1CQHA 4NXIA 3Q18A 1M2BA 2HZFA 1OE7A 1T3BA 2LQQA 1H4OA 1JZRA 5H5QA 1EGRA 3HDCA 4K0NA 4TN8A 5F05A 4JE1A 2HZEB 2R4VA 4NV5A 1R5AA 1YKCA 1ZMAA 4WR4A 2V32A 2GDRA 3ZITA 1BQ7A 3KMNA 4HU9A 4KB3A 1G7OA 1M9BA 2MMAA 2HI7A 1TRVA 4PQIA 4OFTA 3GL5A 1Z7RA 4GXZA 3HZ8A 2C0FA 3ED3A 1B4PA 4PQ1A 4ZL8A 3D5JA 3L0HA 3ZREA 4IBPA 3FK8A 1RW1A 2X8CA 2AV4A 3IA1A 1FOVA 4HI7A 2JZRA 3TKRA 3GHAA 3F4RA 1FVJA 5IMZA 2C0GA 4DSSA 3ERGA 2VL9A 1XPVA 1KEBA 3UBKA 2VCQA 2YV7A 2LJKA 4ZIJA 4N0VA 5ENUA 2CQ9A 6GSVA 1TRWA 5DBQA 3QCPA 2PPTA 5CREA 5ECRB 1GRXA 2RM5A 2CAQA 1XCCA 2HXKA 5C04A 4ZL7A 5CP1A 2GQLA 1FHEA 4IJ3A 1XIYA 4ECJA 5ELGA 4ZXGA 2PU9C 2YPMA 1K0OA 2LNTA 3WT1A 2FY6A 1A2LA 4MH2A 1S3AA 4KGIA 4PGTA 1MDIA 2FCHA 1HNAA 4FH8A 2DSAA 2D2ZA 2O87A 1TP9A 3H79A 3A3TA 2H76A 2E2MA 1A0FA 3LG6A 2DJ2A 4BVXA 3GSTA 5J9BA 2A2RA 1J08A 2OA7A 3AY8A 3ZVJA 1K0AA 1Z6MA 3E9JB 4EF0A 3ME8A 3Q19A 3QMXA 4NV2A 5AISA 1IYIA 4PUAA 1OVNA 3ISOA 2PVOC 4AJ7A 5ECMB 5IMVA 4GQCA 2QSIA 4DSRA 2OJLA 2LQOA 2JSZA 3TUEA 1VF4A 3A5WA 1GUKA 4I8BA 1EEJA 1SK1A 3EU4A 3TKPA 3HJPA 2KOKA 5G5FA 5IMCA 2R5GA 3TKSE 3APQA 4EC0A 4JEDA 4OWYA 1SL0B 3VWXA 1LJRA 2E2GA 4EE0A 1DBYA 5B8BA 5A4VA 1THOA 1FO5A 3ZFLA 4WF4A 5KN0A 2PBJA 2A2SA 3LYKA 1UVZA 2DJJA 1T8EB 2L59A 3L78A 3CYNA 2LSTA 1WRYA 3Q74A 2B7KA 4V1Ap 2V41A 1V58A 4PNFA 1G6YA 1ON4A 1A23A 3P90A 3TRXA 3ZVJD 3GN3A 2WDUA 2H71A 4RI7A 1AW9A 1ZCPA 3K8NA 5C00A 5HR1A 2H0HA 1VF2A 4IELA 1QMVA 5DCHA 3BBYA 4TKYA 4F2IA 5J3RA 1WP0A 2XHFA 17GSA 2VCTA 4IW9A 2H30A 4BPYA 2F3MA 2K6VA 5JCGA 1PKZA 4PQHA 4ZB6A 4D73B 3GX0A 3MSZA 11GSA 5DQYA 1PQNA 4FO5A 4N0ZA 2L6DA 1X9SB 4MH3A 4ML6A 3FKFA 4HJMA 5ECNB 2OE0A 1MDJA 4MJBA 3DWVA 1PX7A 4ZILA 2JU5A 2REMA 3H4KA 3F9UA 4KSMA 2B6MA 5ECKB 2LRTA 4YAVA 2VAFA 1O81A 2WB9A 1DSBA 4ILFA 5IPGA 4V2MA 4EL1A 1HNBA 5HFKA 1FB6A 3U5RE 2I81A 4HJ2A 1T7PB 2I9HA 3BCKA 3H93A 3P8WA 1O8XA 2H6ZA 3UMAA 1MD4A 3DD3A 3A2XA 3ZIVA 3VWWA 1AIUA 2QGVA 4F82A 4EDYA 4TR3A 5KN3A 3W6GA 1AQWA 3KGKA 2N5AA 2VLVA 1IYHA 3N9JA 4J2FA 1XVWA 4E8EA 5D73A 1PGTA 2H1AA 1Z7PA 2V2GA 4PURA 1AXDA 2H6YA 5GSTA 1GSYA 2C4JA 6GSXA 2B5EA 2X99A 2PVQA 3E0UA 4KW6A 3KIJA 5CYYA 5D9TA 7GSSA 1YF1A 3LXTA 2IMDA 4ECCA 3RAZA 3GTUA 4KA0A 3L9UA 1GSDA 4NHWA 5HR3A 2HRFA 3LORA 3M1GA 4AJ6A 3BD2A 2IPAA 2I1UA 4QL9A 4MMMA 3HJMA 2AB6A 1AAZA 1OC3A 3US3A 4XCSA 1ERVA 1X5CA 1YF0A 4I5QA 2VCXA 4QL7A 2YWNA 1GSEA 5DJMA 1YJ6A 3VPTA 3MDKA 1MDKA 3GRXA 1S3DA 2DJKA 3CBUA 3DXBA 5E59A 4MPFA 1NHYA 2HSHA 2YJHA 5L71A 4BVYA 4DSSB 4JBBA 1F37A 3PINA 4KH7A 1F3AA 4HQZA 1B8XA 2X8GA 3L9VA 2EIOA 1U3IA 4YQMA 4MPGA 3WT2A 20GSA 1I9DA 1Q4JA 4PNGA 4WXTA 3KCMA 3UARA 3GFKA 1FW1A 4GLTA 1WMJA 1M2AA 2CV4A 2NVLA 2VUPA 1JHBA 2YZUA 1S3CA 1E6BA 5D9XA 3RPNA 3VLNA 3G9BA 4IQAA 3N5OA 2DBCA 1EV9A 2DLXA 4TR0A 4MJCA 3FZ9A 1J9BA 1QXHA 3LXZA 3RPPA 1TW9A 2RLIA 1SD9A 3HVVA 4K7NA 1K0NA 3UJ1A 6GSTA 1K0MA 2VL2A 2H1GA 3S9FA 1G0TA 2GGTA 2YV9A 4LL1B 5HR2A 5FWGA 3HXSA 3MNGA 5DVBA 3DYRA 5J4UA 4GTUA 1SENA 2C80A 1MD3A 4X43A 2WFCA 3GA4A 4F0BA 3UOMA 1PL1A 4IGJA 4AF2A 3A2WA 3TOUA 1JFUA 3IR4A 1VF3A 2K8SA 6GSSA 2FA4A 4MP4A 3RHBA 2IL3A 3TJFA 4F03A 2GSRA 1HYUA 5G5EA 4HDEA 1GNEA 4MABA 4POKA 1WWJA 1DE2A 3WGXA 3IAS2 2H0IA 3KP8A 1ILOA 3NZNA 1A8YA 3G7JA 2WGRA 1AQVA 4HQSA 4MF6A 2H70A 4LMVA 1XWCA 2VM1A 5DALB 5EPFA 3JCML 1JZOA 2WULA 2GT5A 4G10A 5GAND 2HT9A 1MTCA 1PD21 2R37A 4TXOB 1NW2A 1O6JA 3GNJA 2NDOA 1O85A 3KEBA 2K18A 3HZ4A 2YWMA 3ZZXA 2M72A 1M9AA 3ZL5A 4WR5A 2GSSA 1T4ZA 1W4VA 3KH7A 1XFLA 1Y25A 4I6XA 2XPDA 1WPIA 3M8NA 2GQMA 5HFGA 3UVHA 3ZMKA 2WRTA 2AYTA 1RK4A 1OKDA 4TVEA 1QGVA 3D0ZA 1JZWA 5G31A 1XWBA 3G7YA 3V1WA 3QDNA 1K3YA 2HE3A 2C3NA 3VWVA 2F51A 3WGEA 5ABRA 4ZBDA 3CSHA 1PMTA 3LWAA 3L9SA 1FVKA 5G1LA 2GQKA 2K8VA 1GSSA 1SU9A 2JZSA 3UIWA 13GSA 4IJIA 1R26A 5IO0A 3F3RA 1GP1A 1T1VA 3GSSA 3LJRA 4ECIA 2VO4A 3M3MA 6GSUA 3GKXA 1VRSD 14GSA 3FEUA 3TRPA 2GS3A 4CDOA 2OBKA 2VM2A 3TJKA 3TB2A 2OE1A 3CRTA 3SBCA 3TJBA 3WGDA 2JZTA 1AC1A 2BMXA 4IP6A 5EL8A 3UEMA 1GLQA 3O6TA 4ECBA 2AAWA 3KTLA 4ACSA 3P7XA 1G7EA 1ABAA 1YEXA 1TDIA 2LKUA 5IM9A 2FWGA 4OCEA 5B6NA 3QAGA 5IMDA 2XC2A 4TW5A 1XZOA 1OAZA 3CTGA 4TOPA 2LV3A 1EOGA 2AJQB 1K3OA 2EIRA 4K2DA 2OADA 1H75A 4G19A 5B7CA 1OE8A 3TGZA 3DIEA 5ECOB 3KZQA 19GSA 2FUG2 3O3TA 4ZL9A 2F8FA 5DALA 2IN3A 5DJLA 2VLUA 3DKSA 1URMA 3ZMLA 3CSJA 2P31A 4TXOA 2CT6A 4MLYA 3TKSA 1F2EA 18GSA 2TIRA 5DAKA 1TOFA 4N11A 4ISDA 3M9KA 5G30A 1UA5A 3C1SA 4FYBA 1EWXA 2GLRA 2M80A 1I5GA 3FW2A 4IKHA 4EVMA 4JZQA 4KCAA 2WJUA 5LD0A 2PN8A 2VL2C 9GSSA 1GTAA 2ZCTA 3GTUB 5A4WA 2YCDA 4GSSA 3I6AA 4Z7XA 2MYGA 4L0WA 3QR6A 3LSZA 2IMEA 1RQMA 2GZZA 4MDCA 3VFIA 2MMOA 1EGOA 1SK2A 1BEDA 1WE0A 1EP8A 3IPZA 4KE3A 4IS0A 1B4QA 1Z6NA 3IHQA 2O7KA 2B5XA 4POLA 2O89A 2L5OA 1NSWA 3J7Yb 3C8EA 3CXGA 2CX3A 1LU4A 2TRCP 4O32A 3UAPA 3I43A 2NTOA 1YY7A 3HVXA 4IP1A 4JR6A 3UL3A 1OKTA 2VOCA 3L4NA 2ZUPA 3MWHA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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