1BEDA

Structure of disulfide oxidoreductase
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
181
structure length
181
Chain Sequence
AQFKEGEHYQVLKTPASSSPVVSEFFSFYCPHCNTFEPIIAQLKQQLPEGAKFQKNHVSFMGGNMGQAMSKAYATMIALEVEDKMVPVMFNRIHTLRKPPKDEQELRQIFLDEGIDAAKFDAAYNGFAVDSMVRRFDKQFQDSGLTGVPAVVVNNRYLVQGQSVKSLDEYFDLVNYLLTLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of TcpG, the DsbA protein folding catalyst from Vibrio cholerae.
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords DSBA OXIDOREDUCTASE
total genus 56
structure length 181
sequence length 181
ec nomenclature
pdb deposition date 1996-09-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01323 DSBA DSBA-like thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1bedA00
3FZ9A 4CHSA 3I69A 2VCTA 2O8VB 1U3AA 1OYJA 1SKSB 2R6KA 2VD1A 1X9WB 4GTUA 1TRWA 1JZDA 3GH9A 5IMAA 3HHVA 3DD3A 3TKSE 1JLWA 4EO3A 2GDRA 2C0FA 3KGKA 4IP1A 3FR6A 1EV9A 3LXZA 3L0HA 3VLNA 4XS4A 2B5EA 1THXA 2AYTA 5IIZA 3F4SA 5IOXA 4ZBDA 1SJIA 5J9CA 4Q5QA 5D9TA 1K0OA 1WRYA 4IW9A 3IV4A 2Z9SA 1YEPA 4KA0A 5CRGA 3TDGA 2PN8A 1PD21 3RDWA 1EOHA 4F9ZA 4XIHA 1X5DA 1Z7RA 2H19A 2VCVA 5KEJA 5B6NA 2RIIA 1Y6EA 4MJCA 3NIVA 1HNBA 5F05A 3GHAA 2V41A 4TXOA 3A2WA 1JZWA 1V57A 2B5XA 2X99A 2IN3A 2HZFA 2ON5A 2R5GA 3GKNA 3IRAA 4K8MA 5G31A 5ID2B 1WPIA 2L6CA 1X0RA 1GTIA 3ZMKA 1AW9A 5DBQA 2LSTA 2C0EA 4WKWA 1IYHA 2HI7A 3ZRDA 4DSRA 3GTUB 3F0IA 4IP6A 4L5OA 3BD2A 1KBNA 3US3A 2JSZA 3RPPA 4XRDA 1X9MB 2DMLA 2OJLA 2IMEA 2GQKA 3ZVJD 2VM2A 2A2RA 2H0HA 2YCDA 4F2IA 4PNGA 4HQSA 2CVKA 1B4PA 3GRXA 2H70A 3KIJA 4JBBA 4OCEA 4EXJA 5IPHA 4JEDA 4ZL7A 3I43A 3F4TA 5CNWA 1JLVA 3DIEA 2KLXA 3KMOA 4WETA 1O8WA 1SJZA 3IAM2 4IBPA 2K6VA 2F9SA 5CRDA 1SYXA 4X43A 3CRUA 3D4MA 2ON7A 3QCPA 1VRSD 4DSQA 4FYBA 4H86A 1O81A 2M46A 1CQHA 4BA7A 2GVPA 3H1NA 1SJ6A 2JL4A 3UAPA 4MF5A 2IL3A 4RI6A 3LEFA 4K2DA 1PL2A 1SU9A 3ZFBA 3FZ5A 1G6WA 3GMFA 2V6KA 3LG6A 3LJRA 2NVLA 4L5LA 4HJMA 1PA3A 5LNKe 2OE0A 2NTOA 4K1FA 3MDKA 4KSMA 4TR0A 1FB6A 2F8FA 1O85A 1VF1A 2WB9A 2V1MA 2C3QA 3UL3A 4MCUA 4ZIJA 4V1Ag 2KHPA 3W8SA 9GSSA 5GZZB 1W89A 3L9VA 1FVKA 5D96A 1USBA 4IJIA 2B1LA 5IMFA 5IPGA 4YAVA 1UN2A 2H72A 4XRAA 1GSQA 3GUSA 2MMAA 2MMOA 3FZ4A 4TRXA 4JZQA 3NOFA 16GSA 2L4CA 3ZL5A 2C80A 4POKA 4ZB8A 4EDZA 2L5LA 3A3TA 5B7CA 2H76A 3C71A 4POLA 1MDJA 4NV2A 2H75A 2L4QA 3PGTA 4ZL8A 2C0DA 1QUWA 3HVVA 3QAWA 3BOAA 4RQXA 2YWMA 4KAEA 1XOAA 3HKRA 1J08A 2H74A 3A2VA 3DEXA 1ST9A 4NAXA 2B6MA 1FW1A 3K8NA 4NHWA 4X1UA 2VCWA 2JZSA 3FR9A 3FEUA 4X0XA 4QL7A 1DE2A 3E3EA 3VI7A 2NBSA 3DRNA 2H1DA 4POMA 2TRXA 2PGTA 2PERA 1TDIA 4D73B 5JCUA 13GSA 5JWRB 8GSSA 3TOUA 1PQNA 5KN1A 4MPFA 5C04A 3V1WA 2GGTA 1GLQA 2B5YA 5AIVA 4YQVA 3F3QA 1M99A 5ECIB 5G5FA 2YPMA 1ZL9A 2FGXA 5ID2A 1FO5A 3PH9A 5HFGA 2IIYA 1O73A 2WRTA 5A4VA 2O85A 1HQOA 2H8LA 3GTUA 2GS3A 3F6DA 1XXUA 5AGYA 3QMXA 3VPTA 3D6IA 3KXOA 4ECBA 1NM3A 4RI7A 1WMJA 6GSUA 1GULA 4K7NA 2H01A 4N11A 4MZBA 1YQ1A 5ECNB 1TJDA 4ECIA 4PXOA 3CMIA 6GSWA 1F6MC 3SWLA 2ZUPA 3AY8A 2FLSA 1F3BA 3TRXA 3DMLA 4GRFA 3O6TA 2YANA 4F03A 1QMVA 4JE1A 1TRUA 3IHQA 3CBUA 1HNAA 3LXTA 5IO2A 1FG4A 2DJ3A 5IMDA 1K0NA 4WR5A 1PKZA 1Z6MA 2C1YA 2CVBA 1AIUA 1ACVA 1HYUA 1ZOFA 4ZBAA 3KEBA 2PUKC 1GNWA 2VLVA 5DALB 3TOTA 2E2GA 1C72A 1SENA 1AC1A 4V1Ap 4KUNA 4ML6A 5ECLB 3VK9A 7GSSA 3IK7A 4K0NA 1QFNA 2MZCA 2YN1A 3ZVJA 2E2MA 5HR0A 2IFQB 1QXHA 2LNSA 3KTBA 1EZKA 2CA8A 2FHEA 3RBTA 3MAKA 1XW6A 2ES7A 2XPDA 1GUKA 3O3TA 2MBTA 3UVHA 1TXXA 3P7XA 3QOUA 4XCSA 2JADA 5HQPA 5LCZA 4KW6A 3ED3A 2B7KA 3TJFA 2V32A 3DVWA 5HR3A 3UMAA 1GSEA 1XVWA 4P3YB 5LD0A 1XCCA 3F9UA 3QD9A 3UIWA 2YOIA 4MJAA 5ECKB 1MDIA 3IAS2 3TRPA 2E7PA 3UBLA 2VOCA 2HT9A 4XHMA 1LJRA 2WDUA 1EWXA 3E0UA 2H6YA 2OBKA 2CZ2A 3LORA 2PVQA 3QPMA 1Z5YE 3TB2A 2O7KA 3ZLPA 3ZIVA 1GTBA 3EVIA 3HA9A 1SK1A 3VWVA 5CO3A 2XBQA 3HCZA 3GV1A 2A2SA 4GWRA 4EKZA 1A2MA 2C0GA 2I4AA 1PKWA 3FRCA 2IWTA 4Q5NA 2WS2A 1JZOA 3N5OA 5GAPD 4L0UA 1GTUA 2AAWA 4LMVA 1JHBA 4PX1A 2H6XA 1KNGA 4D73A 1YEXA 1K3YA 2YJHA 1XWAA 1G0TA 4KB3A 2PBJA 3KM6A 5DDLA 1CQGA 3G7IA 3HVXA 1YKCA 6GSTA 3KTLA 3TKSC 1PSQA 3VURA 3HJOA 2DJ0A 4V2LA 3PINA 5E59A 2LQOA 4DVCA 3Q19A 1T3BA 1S3DA 1XBSA 2XHFA 3FR3A 4WBJA 4G10A 3HDCA 2RUEA 19GSA 1B9XC 2EIRA 2R4VA 3D22A 2VL2C 4ACSA 4LA1A 5HR1A 5DAKB 4GSNA 3IXRA 3R2QA 2DLXA 2QKEA 5INYA 1Q4JA 5IMCA 5L71A 3EURA 1E2YA 4G19A 1UA5A 1DSBA 4MLYA 1PGTA 6GSYA 3W8JA 2VLUA 2FWHA 3SBCA 5G1KA 5IOWA 2DJ1A 1JZRA 3ZYWA 4OWYA 1GP1A 4FH8A 1EEMA 2G0FA 4Z7XA 1MTCA 1H75A 3APOA 2M72A 2RUFA 1AQWA 5F06A 1R4WA 2OADA 1FVJA 1ON4A 1K3LA 1W4VA 4G9HA 6GSXA 4DSSA 5DVBA 1TI3A 4TR1B 5JCWA 1J9BA 1A23A 3LWAA 4ZILA 1G7EA 4QL9A 1FOVA 1SD8A 3VWWA 5KN0A 5H5SA 3MWHA 1U87A 5DALA 4ILFA 4IKHA 1T4YA 3LFLA 2BTOT 4K7OA 5ABRA 3QAVA 1I9DA 3WGEA 4KH7A 3KP9A 1K0MA 4G2EA 5FT3A 4K9ZA 2O87A 2H66A 3F4RA 4HEA2 4J2FA 2RM6A 2DBCA 1ERTA 1K0AA 4HQZA 2EC4A 3DWVA 4CW9A 3CTGA 2R37A 1Q98A 1R7HA 3FZAA 5ECQB 3ZREA 4WXTA 3I9V2 1BAYA 1XW9A 4RUVA 2C8UA 2CX3A 1MD4A 2VD0A 2MMZA 1WP0A 2GSQA 3IC4A 1XZOA 1ERVA 1OC9B 4LLRA 5G5EA 1MDKA 3UBKA 4FYUA 4MH3A 3IPZA 2HE3A 4ZBBA 4ID0A 3QFAC 4GF0A 4TR4A 2VM1A 2WJUA 2FCHA 2OA7A 2LS5A 4O5RA 3O76A 2GTUA 2QGVA 3ERFA 3ZITA 5B8BA 3CRTA 1HD2A 3GFKA 3HD5A 4E8HA 1UVZA 4AGSA 5CYYA 4YQMA 1Y25A 1KTEA 2H73A 1V9WA 2GQMA 2GT5A 2BJXA 2OKAA 4IHUA 5EL8A 2KP1A 3RHBA 4Q5RA 1YDKA 2K8SA 5ECPB 3QAGA 5GSSA 2NPBA 4NWYA 2QSIA 3GX8A 5DQSA 1M9AA 2LQQA 2FWEA 2H1AA 1K0CA 3D21A 3ZZXA 5ECMB 1RK4A 2IMIA 3PR8A 3EMXA 1RQMA 1M9BA 2GSTA 5EPFA 5EY6A 2V2GA 1OKDA 3EU4A 3TJBA 2F51A 2LRCA 3F8UA 2GSRA 3E9JB 3IOSA 1WIKA 4ULXA 4MJEA 1GUMA 2FD3A 3EMPA 2HZEB 1R5PA 2YP6A 1TK5B 4TKYA 3GN3A 1T1VA 3IE3A 4WF5A 2WFCA 3LYPA 3ERWA 3UOMA 1IYIA 2LKUA 2H30A 3EU3A 5DAKA 2FA8A 2FUG2 2DMMA 1THOA 5IQYA 3IA1A 1ZGNA 1VGLA 1AUCA 4GSTA 4K6XA 1TOFA 2YV9A 4EF0A 3QFBC 1ERWA 1ZYQB 5CRHA 3TKSA 3C73A 3TRQA 2VLTA 1S3AA 1U88A 1AQXA 5CRWA 1U3IA 5FHIA 2LEGA 1PRXA 3U6VA 2JSYA 1T00A 4HDEA 4YH2A 2P31A 1F3AA 2B1KA 1R5AA 4WEYA 2IMFA 2VL2A 1LU4A 3UJ1A 5IMZA 5AN1A 3A5WA 2CT6A 5D9XA 1H4OA 2X64A 3ERGA 3L9UA 1Z6NA 3GL5A 1XW5A 4OO5A 1Z7PA 1TI1A 1U6TA 2FWGA 3H8QA 1M2AA 1BX9A 4KDUA 4OD7A 2G2QA 4O92A 1NHOA 5C00A 5EVOA 1URMA 3C1SA 4OFTA 5D93A 3WT2A 5JWOB 2JZRA 3D5JA 3IK9A 3A2XA 1EV4A 5B6MA 3C1RA 3JCML 1BEDA 1GSUA 2I1UA 4ZB9A 1V98A 4I97A 4L0WA 1OKTA 2CVDA 5HFIA 1A8YA 4NXIA 5IM9A 3KMNA 14GSA 3IBHA 1ZCPA 1M2DA 2CV4A 2DC5A 4FO5A 4IN0A 4OFNA 2IJYA 3LYKA 5ENUA 3L4NA 3TKPA 2AJQB 1GRXA 5F0GA 1TRVA 2YWIA 4PQ1A 4I8BA 1OC9A 3L9SA 2I3YA 4TXOB 4N0VA 3ME7A 3BCIA 1FB0A 4KX4A 2WZ9A 5DQYA 4EE0A 4I5QA 17GSA 1A0FA 1NSWA 4OFMA 2TRCP 3FW2A 4PURA 2DJKA 1ABAA 4EVMA 1K0BA 2GSSA 1JFUA 2NDOA 5H5RA 4EDYA 1ZYEA 4N10A 3M0FA 4KDXA 4GLTA 3ZIJA 2ALBA 3ZFLA 2LRTA 1OC8A 1Z9HA 4PQHA 20GSA 4TXVA 3HJPA 22GSA 2EIQA 3J7Yb 4KDYA 5J5NA 4WR4A 5JWQB 2B7JA 2N5AA 4IJ3A 1GSYA 2YWOA 4HU9A 2H71A 2C3TA 3H93A 3GNJA 5COHA 3GSTA 3WGXA 1G7OA 2YNXA 3M3MA 4BVYA 4I2TA 3VPQA 3TUEA 4LMWA 4PGTA 4IQ1A 3CSIA 1G6YA 1OE8A 4V2NA 4IQAA 3BCKA 5DJMA 2J9HA 3DXBA 2CZ3A 1GWCA 2P5RA 2HZEA 1WE0A 1YKAA 2YJ7A 1YF0A 4HU7A 3F3RA 5J41A 5D8IA 3RHCA 1MD3A 2PU9C 2PPTA 1T7PB 4TR3A 4POBA 2LUSA 2KP2A 4IVFA 4XS6A 3HXSA 2H1GA 2VL3A 5GAND 3S9FA 1ILOA 3FYGA 2X8HA 2X8GA 1O8XA 1YJ6A 2WGRA 5J3RA 3P90A 5A4UA 2C4JA 1UC7A 4XTSA 1R26A 3FY7A 4FYCA 3DYRA 1E6BA 2VCQA 2BMXA 3KJYA 1BQ7A 2AB6A 4HZ2A 1NHYA 2L6DA 1Z3EA 1BJXA 4ISDA 1SL1B 1B4QA 5D9WA 5ELAA 3TCOA 1N2AA 5HR2A 5G1LA 2K18A 2RM5A 3OR5A 1ERUA 3MNGA 5B8AA 4GXZA 1BYEA 1S3CA 3M8NA 3TJGA 1SL0B 3KCMA 3KZQA 2OBIA 2ZCTA 4TVEA 1V2AA 3Q6OA 3GKKA 3APSA 4ECJA 3H4KA 3VFIA 2HNLA 1DUGA 2REMA 3NZNA 1O6JA 2N5BA 5IMVA 1QGVA 4MF7A 3CSJA 1F9MA 1M0UA 4IELA 3VWXA 2P5QA 2DJJA 4O7HA 4OO4A 1ZZYA 2YV7A 3KH9A 1EP7A 1X5CA 3ZMLA 5HFKA 3UEMA 2VCZA 1XFLA 1PX7A 4LL4B 5F07A 5A5KA 2XPEA 3P8WA 4OCFA 1SL2B 2DIYA 2E0QA 3ME8A 4JU5A 4HI7A 1ML6A 3HVSA 5ELGA 1ZMAA 3BBYA 1AXDA 4JRRA 2B3SA 4JR6A 1OVNA 2HFDA 2C3NA 5G2ZA 2GQLA 2IFQA 5A4WA 1EGOA 1B9YC 2FY6A 4MZCA 4AJ7A 1N8JA 1TK8B 2XC2A 3EINA 5J9BA 3F63A 1J0FA 1SKWB 4DEJA 3W6GA 10GSA 1SYRA 2VO4A 2V6OA 3CTFA 5J4UA 3LSZA 4ZB6A 2H0GA 4TN8A 3WYWA 2LJRA 1EEJA 4F0BA 2AV4A 1DE1A 5E4WA 1TU7A 3GYKA 4YAPA 1OE7A 5AIXA 1XWKA 2IMDA 3GA4A 1OAZA 4WF4A 1WOUA 1YF1A 2XBIA 4O32A 3TJJA 1M2BA 3HZ4A 2JU5A 4HUAA 4NPBA 1X9SB 1TP9A 5H5QA 4YQUA 3D4TA 2PMTA 3CSHA 1V58A 2CAIA 4JR4A 4GCIA 2LTKA 3GKXA 2WCIA 1TW9A 4AJ6A 3VI5A 3IDVA 1PMTA 12GSA 3N9JA 4OMVA 2VUPA 2PWJA 2N5FA 2MBSA 1TTZA 3M9KA 4GSSA 4IS0A 1SK2A 4MA9A 2EIOA 2HRFA 3HYPA 3IR4A 3TKRA 4PNFA 2VAFA 2H1BA 2DJ2A 1O7UA 4J56E 2LV3A 1GUHA 4KCEA 3G7JA 2MMNA 1A2JA 3TJKA 2AUVA 1K3OA 2O89A 1WWJA 3EWLA 4MH2A 2VL9A 4TOPA 4KE3A 4ECCA 3CXGA 4RQRA 3Q74A 2AHEA 4BPYA 5ECRB 3TGZA 1NW2A 2L57A 1YZXA 2JACA 4MP4A 1BG5A 5JCGA 2R3XA 2X8CA 1RW1A 2KOKA 1MEKA 2GZYA 1VF3A 4MK3A 3FHKA 4KCAA 1FHEA 3KD0A 1YY7A 1TRSA 1XWGA 2P0GA 4F0CA 4I2UA 2LJAA 4MF6A 1SK0A 2FNOA 2FWFA 3GKMA 2H0IA 3HY2A 4BVXA 4ZL9A 2M80A 4Q5FA 3I6AA 4HOJA 1GL8A 1PX6A 3GL3A 4E8EA 3RAZA 4HS1A 1GLPA 1KEBA 4EC0A 4BL7A 3J7Yk 3FKFA 5AISA 3WT1A 11GSA 1TKDB 2J23A 2IPAA 2ZNMA 4TR1A 1K0DA 2R2JA 1XVQA 1F37A 2H6ZA 5CREA 4KGIA 3M1GA 4BWQA 2LRNA 3KH7A 2MYGA 5GSTA 5IO0A 4NV5A 3C8EA 4EL1A 2VCXA 4XS4B 3G7YA 4V2MA 2QC7A 2RLIA 1GH2A 2HSYA 4FIWA 4K7IA 5KN3A 4GQCA 1HNCA 1T4ZA 5DCGA 1FAAA 3H79A 2F8AA 3DVXA 1XWCA 4ZXGA 4IGJA 2HXKA 1X5EA 1SD9A 4K0GA 3EE2A 2LJKA 1VF2A 3VWUA 2L59A 1DBYA 1EP8A 1OC3A 1LBKA 4PQIA 5ECOB 1SKRB 3RPNA 4HZ4A 4L8EA 3KP8A 3GH6A 2IMKA 3BJ5A 1PL1A 3CYNA 4EUYA 1GNEA 3F6FA 2GZPA 4MMMA 6GSSA 2OACA 4MABA 4KSOA 3GSSA 4WBRD 4MDCA 4I6XA 4AF2A 2LNTA 2F3MA 3LQ7A 2K9FA 3C7MA 4TW5A 4KNDA 3P2AA 5D73A 2CQ9A 2GT6A 4DSSB 2L5OA 5KN2A 1EGRA 2I81A 2A4VA 3DKSA 2GLRA 2HLSA 3TKQA 4GQFA 3LGCA 1XIYA 2JZTA 3APQA 3DGQA 4F82A 3HJMA 2D2ZA 2OE1A 6GSVA 2K8VA 2CX4A 4CDOA 4J57E 18GSA 3QDNA 1A2LA 1A8LA 3QR6A 4LL1B 1PN9A 1B48A 3MSZA 3EC3A 4NHZA 2FA4A 1WJKA 2VIMA 2YZHA 1F2EA 4MPGA 5G30A 1QK8A 4XS1A 4MZWA 3EYTA 1I5GA 2YZUA 4BWSA 1EOGA 1TU8A 3L78A 5DCHA 3ZTLA 2KUCA 1T8EB 1AAZA 1A0RP 4N30A 2TIRA 1QQ2A 1XOBA 4ML1A 5F8BA 2DIZA 4QQ7A 3UVTA 5D9VA 3G9BA 1TK0B 2HRNA 2CAQA 3M9JA 5FWGA 1AQVA 2GZZA 4HJ2A 3GURA 5CAXA 2DSAA 4AJ8A 1A24A 1V40A 1VF4A 2PVOC 5CP1A 1GTAA 1GSDA 1XWBA 3GX0A 3GIXA 4NMUA 4PUFC 3Q18A 2YWNA 2HSHA 1GSSA 2I9HA 5DJLA 3ISOA 3HZ8A 5ECHB 3WD6A 4N0ZA 3UARA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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