1EZK | Genus

Total Genus 45

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	45
sequence length	149
structure length	149
Chain Sequence	SGLDKYLPGIEKLRRGDGEVEVKSLAGKLVFFYFSASWCPPCRGFTPQLIEFYDKFHESKNFEVVFCTWDEEEDGFAGYFAKMPWLAVPFAQSEAVQKLSKHFNVESIPTLIGVDADSGDVVTTRARATLVKDPEGEQFPWKDAPLEHH

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__289347586128112__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__289347586128112__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1EZK/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__289347586128112__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"289347586128112","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1EZK/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__289347586128112__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb17aa56e559ced255c1de/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb17aa56e559ced255c1de/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb17aa56e559ced255c1de/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb17aa56e559ced255c1de/pdb.gz): 1064 ms

reading 149 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

149 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 20 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:148});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Electron transport
source organism	Crithidia fasciculata
publication title	Structures of tryparedoxins revealing interaction with trypanothione. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRYPAREDOXIN I
total genus	45
structure length	149
sequence length	149
ec nomenclature
pdb deposition date	2000-05-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13905	Thioredoxin_8	Thioredoxin-like

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	1ezkA00

1JZRA 3F9UA 3H1NA 2O85A 2FUG2 2TIRA 1TU8A 2V32A 2X8HA 2MZCA 1WWJA 2FNOA 4N0VA 5INYA 5D9XA 2VLVA 3IK7A 3VFIA 3M1GA 1DSBA 4XIHA 4KUNA 4Q5QA 9GSSA 3VK9A 2FCHA 2H6YA 1R5PA 1J0FA 3KP8A 1TU7A 3APOA 4EL1A 4POBA 1PGTA 2J9HA 1X9WB 12GSA 3G9BA 1J9BA 5AGYA 4GQFA 2O87A 1BYEA 2H1DA 2C8UA 1R4WA 5AISA 1JHBA 1AAZA 2X8GA 1VGLA 2V41A 1PRXA 2N5FA 3ZVJD 5CRDA 1ML6A 3P90A 4ZBAA 4AJ6A 1X0RA 2O8VB 1M9BA 1TP9A 1UA5A 1AQWA 3LORA 4XS6A 2HZEA 1SD8A 3QFBC 1XOBA 5DAKB 3FYGA 1A23A 1S3DA 3UMAA 2F8AA 4F03A 2E7PA 1BG5A 4ZL9A 1FW1A 1A8YA 3DIEA 3PGTA 5A5KA 2L4QA 2VCVA 2B1LA 1FOVA 1USBA 3D4MA 3C1SA 1JZWA 3HJPA 1HQOA 2CVDA 3F4TA 3HJMA 4N0ZA 4D73B 3A2XA 4NPBA 2BJXA 1UC7A 1GSEA 4FYUA 3EU4A 2CT6A 1TTZA 5J9CA 2FWHA 4CW9A 4JU5A 5GAPD 5D9TA 4ULXA 3FW2A 3F63A 2A4VA 2WB9A 1SENA 5G5EA 4X1UA 3ZRDA 1K0NA 1R7HA 1WMJA 2HI7A 3APQA 1SK2A 3QCPA 2IMDA 1AC1A 2MBTA 3J7Yb 2GSSA 3GNJA 2AUVA 4IBPA 1YQ1A 3QPMA 3CBUA 5G31A 2RUFA 3KXOA 4HU9A 2VO4A 4GXZA 4G2EA 4K7NA 1PKZA 3DXBA 1DUGA 4TR4A 3ZREA 2CV4A 3GSTA 3UVHA 4RQRA 2AHEA 3TB2A 3E0UA 4NV5A 4K0GA 1FO5A 1O7UA 2GLRA 2JL4A 2CZ2A 1WJKA 1A24A 3TRQA 2B6MA 1KBNA 3FY7A 1TRSA 5GZZB 4ZILA 1EP8A 4XS4B 4JR6A 3F3RA 4WETA 2V6KA 4ILFA 3DVXA 1B8XA 3MWHA 1XFLA 1F37A 4MJAA 2YWMA 1T3BA 3DRNA 3TKRA 1AQXA 1G0TA 5DDLA 2PWJA 4EUYA 2DJ3A 4GSTA 4WR5A 2GTUA 2VLTA 2FWEA 1A2MA 5DBQA 1O8WA 2PUKC 3IHQA 2RLIA 4POKA 2AYTA 4K7OA 1M7TA 2ES7A 3MAKA 3IA1A 5IO0A 3GKNA 2DJ2A 3D4TA 2FWFA 3L78A 10GSA 2AB6A 2B7KA 2YP6A 4HQSA 2HT9A 5B8AA 2G2QA 5AIVA 3VWVA 2M72A 5LCZA 5DQSA 1WP0A 5G1LA 4IW9A 3UARA 3EU3A 8GSSA 2DIYA 5ECSA 5IMAA 4EDYA 1N2AA 2LSTA 1SKRB 2ON5A 4TR3A 5J5NA 4HS1A 1FB0A 1BJXA 2H01A 5G30A 3U5RE 1WRYA 1W89A 1GLPA 5IOWA 3FR6A 3HY2A 3TKPA 3HZ4A 3J7Yk 3FRCA 2H0IA 2ZUPA 3F3QA 1T7PB 2IN3A 19GSA 4F0BA 1ERUA 3F0IA 5G5FA 2R4VA 2VAFA 3KP9A 3M0FA 2MBSA 4MMMA 4GCIA 5ECNB 3TJGA 3RDWA 3HHVA 1YF0A 3FZ5A 3MDKA 5D9VA 1XZOA 5F05A 1GSFA 1OYJA 4IJIA 4LA1A 2LTKA 5GSSA 1B48A 3H8QA 5B8BA 1TJDA 4L0WA 2IL3A 2LRNA 1V98A 1XOAA 5ECMB 1B9XC 1Z6MA 1GUHA 5HQPA 1IYHA 4H86A 3Q6OA 1FAAA 5ID2A 3D22A 3VI7A 1YKCA 1AW9A 1ZYQB 3O6TA 4PQIA 2ALBA 3F8UA 4KCAA 1VF1A 2H76A 3C8EA 5DQYA 5F8BA 2H70A 3HVSA 2WGRA 4ZL7A 3P8WA 4RUVA 2YV7A 3LSZA 3EWLA 1TRWA 1CQGA 2V1MA 3A2VA 5HR0A 4KDYA 4MJCA 5HFGA 3LXTA 4RI7A 3DVWA 1GULA 4WKWA 2R2JA 2Z9SA 1G6YA 3M8NA 3ME8A 2IMKA 1EGRA 4CHSA 2HXKA 1W4VA 3GX8A 4NXIA 5E59A 3TJKA 2C3TA 3FEUA 4LL1B 1OKDA 4TR1B 2DJKA 1B9YC 1X9MB 2L57A 2I3YA 4PXOA 2OKAA 1TDIA 1MDIA 2YJHA 2K8SA 2V6OA 5LD0A 1FHEA 5LNKe 5JWOB 2CAIA 1WOUA 4MABA 1MD3A 1TK5B 3O3TA 3ZVJA 3KD0A 5ECLB 1LJRA 2L59A 4ZL8A 3KH7A 1TI1A 2PERA 1TRUA 2RIIA 3KMOA 4GSSA 4NWYA 2YN1A 2L6CA 3GMFA 4MLYA 1M2DA 2O7KA 2EIQA 3PINA 4AF2A 3LG6A 2YZHA 4TW5A 3QDNA 13GSA 3GL5A 2K9FA 3CRUA 4KH7A 1I9DA 4GLTA 5KEJA 2HE3A 1SJZA 3HXSA 1SYXA 4OMVA 3EURA 4OO5A 20GSA 5ABRA 2KOKA 3EMPA 1HYUA 3IV4A 3VI5A 5ELGA 1M99A 2REMA 3D0ZA 2C0FA 5J4UA 3UOMA 3HCZA 6GSSA 2GZYA 1BX9A 5AIXA 5ECQB 3M3MA 1GP1A 2J23A 1OC9B 1YJ6A 5CYYA 2ON7A 2GSTA 3WT2A 3G7IA 2GQKA 3UEMA 1GTBA 5CRWA 1PKWA 2G0FA 1MDKA 5ECKB 1THOA 2HFDA 4PUAA 4HZ4A 2NTOA 1YKAA 6GSUA 5C04A 4YQMA 1TW9A 14GSA 2C0GA 2H1GA 5L71A 2P0GA 4BWSA 4WBRD 1K0AA 3W6GA 2LJRA 1H75A 1XWKA 2OACA 3HDCA 2YOIA 2GSQA 4CDOA 5FHIA 4I6XA 4GWRA 3E9JB 3TJFA 3LYPA 3HJOA 4XS1A 4ZB8A 2XBQA 2P31A 4PNGA 3F4RA 5EL8A 3LJRA 3HVVA 1Z5YE 3BCIA 2HZFA 1YF1A 5J41A 1PN9A 4IGJA 4JZQA 2WFCA 2CX4A 2VL2A 4HOJA 5DJMA 4BL7A 1K3LA 3I9V2 2P5RA 4PQ1A 5GAND 5CNWA 3S9FA 3BCKA 1SL0B 4ML1A 1GH2A 3KZQA 3TRXA 4AJ7A 2FWGA 4ZB9A 1FB6A 4K1FA 3BD2A 4KSOA 5ELAA 4MZCA 1BAYA 5HR2A 2VUPA 2H66A 2VCXA 1GSDA 3LYKA 2LUSA 4HZ2A 1YZXA 5DCGA 1OE7A 2H19A 2H0GA 4MK3A 4OD7A 3WYWA 4ID0A 2PVOC 4IQAA 2LV3A 3KCMA 3SBCA 4EF0A 3RPNA 3BOAA 1ZL9A 3I43A 4HU7A 1FVKA 3GTUA 4ACSA 3AY8A 2DJ1A 2HSHA 2NDOA 4KAEA 1O6JA 2MMZA 3TRPA 1K0BA 1Z3EA 4ML6A 4KB3A 4ISDA 2EIOA 1O85A 4KGIA 3QOUA 3TOUA 3DEXA 5ECHB 2WCIA 3F6DA 5EVOA 5EY6A 4WF5A 2OBIA 1GSSA 3FR9A 4P3YB 4DSRA 3WGXA 1JLWA 2DC5A 3I69A 2LRTA 2HRFA 5EPFA 5HR1A 3UIWA 1GUKA 1U87A 4QQ7A 1YY7A 1X5EA 2E2MA 5H5QA 3IC4A 1XWBA 1EEJA 2VL3A 4EC0A 3ZIVA 5F07A 1THXA 2DJJA 3GURA 3UJ1A 3ME7A 1Y6EA 2ZNMA 1SD9A 3ZFBA 3G7YA 2DLXA 4BPYA 2DIZA 2KP1A 4XRDA 3FHKA 2OE0A 4J56E 4E8HA 4BVXA 2JU5A 2HYXA 2FA4A 2HNLA 2VD0A 4J57E 3FZ4A 4EKZA 1B4QA 2AV4A 4I2UA 2KUCA 5ECRB 4MH2A 2JSYA 3CSIA 3FKFA 1PX6A 2GZZA 3DWVA 1URMA 4V2MA 4OO4A 3Q74A 2AJQB 2JZTA 2CZ3A 1HNBA 5DAKA 4EVMA 2EC4A 1G7EA 1GNEA 4BWQA 4Q5FA 2R37A 3UL3A 3P7XA 1M0UA 4NHZA 1OVNA 4MP4A 3W8SA 2IMIA 4HJ2A 2JADA 5C00A 2IIYA 4JEDA 3H93A 4TOPA 4JBBA 4BA7A 5IQYA 5IPHA 5DALA 2CVKA 3IPZA 5IIZA 1ERWA 2GGTA 5A4UA 1QUWA 1SK0A 1K3YA 5G1KA 4GQCA 2C4JA 3WD6A 4AJ8A 3JCML 4FYBA 1GWCA 2PGTA 2TRXA 3TJBA 6GSVA 3IXRA 2L6DA 2H1AA 4PNFA 1GRXA 1ABAA 3RBTA 1XVWA 3RHBA 3H79A 1GNWA 3TKSC 2DMLA 2B7JA 1ZOFA 1MEKA 3GRXA 3KJYA 1OC8A 1ILOA 2K8VA 1U3IA 5D96A 1ERVA 3P2AA 1HNCA 2MYGA 3EVIA 3O76A 1M9AA 4OCEA 3PR8A 1NHYA 4MCUA 1ZGNA 4ECJA 2QSIA 2FLSA 1Z7PA 4O5RA 1QQ2A 2LQQA 2C80A 4NAXA 1DBYA 4IHUA 1U6TA 1HD2A 2PN8A 3FK8A 4TVEA 2LNSA 4LMWA 1MTCA 1A8LA 2LRCA 4WEYA 4ZBBA 2ZCTA 4TXOB 2VIMA 4XS4A 1RW1A 4N10A 4KNDA 1NHOA 1X5DA 4Z7XA 3VWUA 2H6XA 2B1KA 2XC2A 3DYRA 5G2ZA 1K0MA 3GH9A 2WZ9A 4KA0A 3H4KA 4GF0A 4V1Ag 2YNXA 1GSYA 3GL3A 1K0DA 1RK4A 1XW9A 2CA8A 2JSZA 2GQMA 1QMVA 4FYCA 2YZUA 2XPEA 2C0EA 1XVQA 2P5QA 2H73A 3QMXA 3ISOA 2M46A 4OFTA 4EXJA 4HQZA 3A3TA 3TUEA 3OR5A 2B3SA 3LEFA 5JWQB 2HLSA 1EGOA 1KEBA 2LEGA 3D6IA 3UBLA 2VOCA 2DSAA 3QD9A 3FZ9A 4MF6A 1KTEA 3LQ7A 3L4NA 1EEMA 3SWLA 3ZFLA 1PX7A 3VPTA 2QGVA 2WJUA 1HNAA 1F9MA 4TXVA 1A0FA 3TCOA 2LNTA 2VCZA 4K2DA 4I2TA 2QKEA 7GSSA 4JR4A 1O73A 1G6WA 2R5GA 3KM6A 4TRXA 3IBHA 22GSA 4GRFA 4K8MA 1IYIA 4MF7A 3VPQA 2CVBA 4ECBA 3ZMKA 5D9WA 5J3RA 5COHA 3APSA 1VF3A 2F3MA 1T4ZA 3FR3A 2YCDA 3LGCA 3KGKA 1XXUA 2VL9A 3MNGA 5B7CA 3WGEA 2C1YA 2H30A 4YH2A 1QXHA 3NZNA 1H4OA 16GSA 3US3A 4ECCA 2X8CA 2YPMA 2GT5A 1F3BA 4RI6A 2EIRA 1XPVA 6GSWA 1ERTA 2B5YA 2HZEB 1GUMA 2LQOA 3QR6A 4OWYA 1TI3A 6GSYA 1XWGA 2O89A 2FA8A 2NPBA 4V2LA 3HYPA 4IP6A 2C0DA 1TK8B 1ZZYA 3CTGA 4TR0A 5A4WA 3LXZA 3GV1A 4F2IA 5HFKA 1PL2A 4O92A 3GTUB 2PPTA 2YWOA 1GSUA 2E0QA 3ERGA 2I9HA 4K6XA 2BTOT 2JZRA 4DSQA 2C3QA 4G19A 1OAZA 4IKHA 1SK1A 2F8FA 4DSSA 1PMTA 2H1BA 2IFQA 3L9VA 1A2JA 4KE3A 2LJKA 4I5QA 1T4YA 4X43A 4J2FA 2DMMA 3EE2A 2OBKA 4DVCA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1EZKA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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