The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
57
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sequence length |
247
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structure length |
247
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Chain Sequence |
IIGGEFTTIENQPWFAAIYRRHRGGSVTYVCGGSLISPCWVISATHCFIDYPKKEDYIVYLGRSRLNSNTQGEMKFEVENLILHKDYSADTLAHHNDIALLKIRSKEGRCAQPSRTIQTISLPSMYNDPQFGTSCEITGFGKENSTDYLYPEQLKMTVVKLISHRECQQPHYYGSEVTTKMLCAADPQWKTDSCQGDSGGPLVCSLQGRMTLTGIVSWGRGCALKDKPGVYTRVSHFLPWIRSHTKE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystals of the urokinase type plasminogen activator variant beta(c)-uPAin complex with small molecule inhibitors open the way towards structure-based drug design.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
UROKINASE-TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR
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| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
57
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| structure length |
247
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| sequence length |
247
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| ec nomenclature |
ec
3.4.21.73: U-plasminogen activator. |
| pdb deposition date | 2000-07-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00089 | Trypsin | Trypsin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Trypsin-like serine proteases | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Trypsin-like serine proteases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2Q6F A; 1B0E A; 1RJX B; 2BQ7 B; 1KLJ H; 3LGY A; 1LVO A; 1GVZ A; 1A61 H; 2WPJ S; 4CRF A; 1BHX B; 4X2V A; 1P2J A; 4B76 A; 1K1N A; 1BRU P; 2ZCK P; 3TVJ B; 1B0F A; 1EAI A; 4Q7X A; 2ZGX H; 4THN H; 3ELA H; 1GWA A; 1EB1 H; 1O2P A; 1QY6 A; 1G30 B; 1YPG H; 5C5O A; 2F9N A; 1EZQ A; 1O2V A; 2OBQ A; 3SU6 A; 4X1S U; 2BD8 A; 1CHG A; 1YCP M; 2FOA A; 2XBY A; 1LVY A; 3UQV A; 2ZHD A; 1S85 A; 1C2G A; 2OUA A; 1FMG A; 1NZQ H; 1ID5 H; 3PMJ A; 4DGJ A; 2BDH A; 3M7U A; 4E05 H; 1NRP H; 3FP7 E; 1IQE A; 1O2S A; 5GJ4 B; 3P8N A; 2B0F A; 1Z1I A; 1BML A; 1AND A; 1MU6 B; 4AG2 A; 1WU1 A; 2OQ5 A; 2EI8 A; 1NRO H; 1O5B B; 3FVF B; 4RN6 A; 1W11 U; 2ZQ1 A; 2OIN A; 1TMB H; 3LH3 A; 1O39 A; 1KY9 A; 2GCH F; 1EB2 A; 1ZGI A; 2FP7 B; 1RTL A; 1QTF A; 3LON A; 1GBE A; 3I77 A; 2G81 E; 2H9E H; 2ZU2 A; 2ZGH A; 1SMF E; 1SFI A; 1YCP K; 1THS H; 1O3K A; 1IQI A; 2B7D H; 1GVK B; 1C9T A; 3VB7 A; 1ZML A; 3TK9 A; 2PKA B; 2ZCL P; 1OP0 A; 1TNL A; 1C5V A; 2QXI A; 1C5R A; 4SGB E; 1MCV A; 4O97 A; 2OC0 A; 3V0X A; 5FPS A; 1OKX A; 1Q3X A; 3QWC H; 1TPP A; 1CU1 A; 2HGT H; 1IQG A; 1KSN A; 4LOY H; 5EPN A; 4ZH8 A; 2ZEB A; 3ZVB A; 5FX5 A; 1V3X A; 2BX3 A; 3QUM P; 3KGP A; 1K1O A; 3KEE A; 3FP6 E; 4UFF H; 3T28 A; 1ELB A; 3VXF H; 2VH0 A; 3GCT F; 2K1Q A; 4OS5 A; 3TK6 A; 4XBD A; 5L30 H; 2BVR H; 3RXD A; 4Y71 A; 1P2Q A; 2H9H A; 2ZCH P; 1MQ5 A; 1FY3 A; 2ZEC A; 1Z7K A; 3TNT A; 4UE7 H; 2F9P A; 3M35 A; 1C2K A; 3RXM A; 3UQO A; 1BBR E; 2G4U A; 4TPI Z; 3RXG A; 1GI9 B; 2W3I A; 1O0D H; 2ZU1 A; 4XOJ A; 1MD8 A; 2ALV A; 3SW2 B; 1C1W H; 3T26 A; 1HAY B; 2V3O H; 3T25 A; 1OWJ A; 3AAV A; 4K1S A; 3GCH B; 1HAI H; 2ZTZ A; 5C2Z A; 4JZ1 A; 4VGC B; 2HLC A; 2IJO B; 3SV7 A; 2VU8 E; 5HM9 A; 2AS9 A; 1SFQ B; 4MPX A; 4E7R G; 4NWL A; 1SGD E; 1TPS A; 1MD7 A; 4XSK U; 3ZZ8 A; 5K0H A; 1FY8 E; 5AVD A; 1KXD A; 1MQ6 A; 4YO9 A; 1P2K A; 1J9C H; 2ZPS A; 3E90 B; 1FUJ A; 4BNR A; 1GGD C; 4DCD A; 1O2H A; 3H5C B; 1W2K H; 2FM2 A; 1GHV H; 3QGN B; 2F9O A; 3AAU A; 3OU0 A; 2QAA A; 3FZZ A; 1O3G A; 1G3B A; 1O2W A; 2ZHQ H; 2HPP H; 4Q80 A; 1TBR H; 2EEK A; 3AW1 A; 4AOR A; 1AQ7 A; 4X1N U; 4WH6 A; 2BY5 X; 2HNT F; 2FES H; 1YLD A; 4GAW A; 5JBC S; 3T29 A; 2HRV A; 1VR1 H; 1ZTK A; 3MOC A; 2A5I A; 2I6S A; 1GBA A; 2G5V A; 3BTG E; 1AWF H; 1VCQ A; 2BY6 X; 5L2Y H; 2FO9 A; 4FU8 A; 1AVG H; 2SFA A; 1V2L T; 3I29 A; 1KYN A; 4B1T A; 1A7S A; 1GHY H; 2SGD E; 1HIA A; 4ABD A; 1AE5 A; 1GL1 A; 5JB9 S; 1NT1 A; 1CA0 B; 1MAX A; 1WOF A; 1F92 A; 3LJO A; 3RMO H; 1BTP A; 5DP5 A; 2FTM A; 2WUC A; 1TGS Z; 1HRT H; 1QJ7 B; 5ABW A; 3O8D A; 3MYW A; 4TPY A; 1AUT C; 1NRS H; 3A8A A; 4AFQ A; 1Z8G A; 1V2Q T; 1L1G A; 1GBI A; 7GCH G; 3RXL A; 3GY3 A; 2F83 A; 1OP8 A; 3RXH A; 3KL6 A; 3PO1 C; 3M61 U; 4I8G A; 5DKM A; 4NIY A; 2FMJ A; 1BCU H; 4Y76 A; 4JZF H; 4FUJ A; 3FFG A; 1Y8T A; 3W95 A; 5FPY A; 3E91 A; 2QV1 A; 1O36 A; 5DJ7 A; 1A5H A; 3LC5 A; 8GCH G; 3DUX H; 3RXK A; 1O2T A; 2ZF0 H; 3SN8 A; 4A1X A; 3H7T A; 5PTP A; 1DT2 A; 2SNW A; 1QB1 A; 1Y5B T; 1WQV H; 3QGJ A; 5HXF A; 1BT7 A; 1F7Z A; 1SC8 U; 2QIQ A; 4KTU A; 5EPY A; 3I78 A; 1FAK H; 1HUT H; 1JIR A; 1P9S A; 3SI3 H; 1ELE E; 2VGC C; 1QA7 A; 2ZGC A; 1O3J A; 1TRN A; 1Z8I B; 1MTN B; 4JZI A; 1HJA C; 2UUJ B; 4BAO B; 1F5L A; 2WPK S; 4IW4 E; 3IG6 B; 3RXR A; 2G00 A; 2OC8 A; 1HAH H; 1HNE E; 1EZX C; 1CA8 B; 3OX7 U; 1HLT H; 1DIC A; 1AN1 E; 1GMH F; 1G32 B; 4LK4 A; 4HTC H; 3MHW U; 1EZU C; 4DIH H; 1SGF A; 1ZHP A; 1TX6 A; 5JYI A; 3K6Z A; 1RTF B; 3MNS A; 4YOI A; 3T27 A; 3PTN A; 2FX6 A; 3SU3 A; 2XRC A; 1C9P A; 4AYY B; 3PLK A; 3MH6 A; 1C2L A; 2XW9 A; 2TGT A; 3BTQ E; 5G4B A; 1SGN E; 1C2I A; 1PPB H; 4ASH A; 2C8Y B; 4YTA A; 4NZL A; 2P3T B; 1FIW A; 2CMY A; 1ZHR A; 3M7Q A; 3LJJ A; 2NU4 E; 3L33 A; 5GDS H; 4MPW A; 3A7Z A; 2AGE X; 4OGY A; 4CHA B; 1C1U H; 3O8R A; 1C4Y 2; 1C5N H; 3TJO A; 1O2U A; 3P95 A; 2PGB B; 1BMN H; 1TA6 A; 3M7T A; 3MU1 A; 2QC2 A; 1AY6 H; 1XMN B; 4IMQ A; 4K1T A; 5E2O A; 3LPR A; 3LGT A; 1WTG H; 2Z9L A; 5GXP A; 3F9E A; 2PGQ B; 4MPU A; 2CHA C; 5EOD A; 4UFG H; 1LHC H; 1BRA A; 2FEQ H; 3NWU A; 4NA7 A; 3RP2 A; 4CRB A; 3TK5 A; 1FPH H; 1A5I A; 4ZHM U; 1V2J T; 4ZKR U; 4ISN A; 3KQD A; 3ZV9 A; 1P11 E; 2PFE A; 1UTK A; 3B8J A; 3SND A; 4H6T A; 3ZZ7 A; 4DY7 B; 3FZD A; 5L2Z H; 7LPR A; 2BDA A; 5CHA B; 4BXS A; 2VIO A; 1CHO F; 1EST A; 1ZPZ A; 1TQ7 B; 2AMQ A; 2XC0 A; 1E35 B; 1GJ9 B; 1K1J A; 1TRM A; 4DOQ A; 4MG3 A; 1OWK A; 4AB9 A; 1SR5 C; 3M3S A; 2PSX A; 3LH1 A; 4NWK A; 3ZZ3 A; 1O30 A; 4YZU A; 1O3C A; 1O3D A; 3ENS B; 4CRC A; 1SLX B; 3ZVG A; 2FI5 E; 1CHO G; 2QGR A; 2R2W U; 4E06 H; 1CE5 A; 1TWX B; 1AUJ A; 3BSQ A; 4FUB A; 1C5O H; 1P2I A; 1DE7 H; 5EST E; 4AB8 A; 4NCY A; 1A4W H; 4MVN A; 5K7R A; 1T8M A; 1DLK B; 2WV4 A; 2EC9 H; 2PSY A; 4K8Y A; 5F8X A; 5FBI A; 1ZLR A; 2BD2 A; 3ZZD A; 4BTU B; 2A5K A; 4B74 A; 1G3C A; 3PLP A; 4M7G A; 2OC7 A; 2RCE A; 2FOE A; 3TH2 H; 4IMZ A; 1BIO A; 1HAV A; 3JZ1 B; 1LKB A; 1LHF H; 1DIT H; 4Q7Z A; 2R3U A; 3B23 B; 1SL3 A; 4BAH B; 3GY8 A; 1D3Q B; 1O2X A; 3MO9 A; 1TFX A; 2P3F H; 2NU3 E; 3RM0 H; 2ZGB H; 1E38 B; 1A3E H; 2A1D B; 3T5F H; 4INL A; 5I25 A; 3KNX A; 3UUZ A; 1KDQ B; 2BM2 A; 2V0B A; 4KGA A; 2PV9 B; 1C1S A; 2ZA5 A; 4X2Y A; 5AFZ H; 1FZZ A; 2KAI B; 1SGQ E; 1IQK A; 1SGP E; 1MKW K; 2GVF A; 2C8X B; 2H1U A; 3D65 E; 1O2O A; 1ZMJ A; 1GI6 A; 3A7W A; 5E2P A; 2J2U A; 1KTS B; 1W12 U; 4YT7 H; 3QN7 A; 2PR3 A; 3ATL A; 3SHA H; 2CXV A; 2TGD A; 3EDX B; 4D9R A; 1C1Q A; 1CT0 E; 1O5D H; 3ZZ4 A; 4AGK A; 1AZZ A; 1SGC A; 5A0A E; 4CR9 A; 2GP9 B; 1EQ9 A; 1VIT F; 4YLQ H; 4Q7Y A; 1QCP A; 3NZI A; 3PM3 A; 4JYT A; 4WH8 A; 1GBJ A; 1UTP A; 4FUG A; 1O34 A; 1TIO A; 4FUH A; 2GZ8 A; 2Y5H A; 3KQC A; 1DPO A; 1VCW A; 1D6W A; 3MWI U; 3TNS A; 3A83 A; 3A80 A; 3SQE E; 5EGM A; 1PQA A; 2ODQ A; 3T62 A; 3RXJ A; 2ZHE H; 3ZYE A; 1XVO A; 1ZJK A; 2XBV A; 6GCH F; 1F2S E; 1HCG A; 3A81 A; 1YPL H; 3ATW A; 1DVA H; 1P03 A; 1FON A; 1A1R A; 1GDQ A; 1OYQ A; 5C1Y A; 5C3N A; 3ODF A; 4RKO B; 1NFY A; 3SJO A; 2GD4 B; 3UWI A; 4AN7 A; 2ZNK H; 2SGE E; 1MZD A; 2H5D A; 1S84 A; 1GI3 A; 1BUI A; 1ZGV A; 3GCH C; 4FU7 A; 1EOJ A; 2Y82 A; 5C5N A; 1WUN H; 1ZPC A; 4GPG A; 6GCH G; 3DHK H; 4VGC C; 1GMC F; 1THR H; 4D9Q A; 1C5L H; 4INK A; 1QFK H; 1OWD A; 2FDA A; 2DE8 A; 1GCD A; 3UIR A; 5EW2 H; 3A85 A; 3M5M A; 1FQ3 A; 1Z71 A; 3SOS A; 2WYG A; 1SSX A; 5LH8 A; 2SGP E; 1PFX C; 3F6U H; 4Y11 E; 3SUD A; 5JPM H; 1GMD G; 4KEL A; 1MAY A; 4I8K A; 4I8H A; 1AB9 B; 4JYU H; 1BTY A; 1JMO H; 2CF9 H; 3QZR A; 4IS5 A; 3UPE A; 1LHD H; 1HXF H; 3MU5 A; 1OYT H; 4FUD A; 1YPK H; 4NFF A; 4BXW A; 1AGJ A; 4DII H; 3IWM A; 3RXP A; 4BAQ B; 1JIM A; 4A6L A; 3SU4 A; 2VIW A; 1EP5 A; 1QGF A; 1EP6 A; 1V2N T; 1TGN A; 1O2M A; 2QXH A; 1Y3X A; 1TMU H; 1QJ6 B; 1ANE A; 4Y8Z A; 3A87 A; 6CHA B; 2OTV A; 1KLT A; 1AKS A; 1JBU H; 2G4T A; 4GCH G; 1L4Z A; 3BTM E; 3A8B A; 2VNT A; 3TJV A; 3ZZA A; 1EPT B; 1ZMN A; 4AG1 A; 2W3K A; 3LT3 A; 4GVU A; 3CP7 A; 2AH4 X; 5A2M H; 1CA0 C; 3PMA B; 1TA2 A; 4FVB A; 1KXF A; 1C2E A; 2FOF A; 5E8E H; 2BD3 A; 1HAG E; 3BIV H; 1ZOM A; 1C5Y B; 2NU2 E; 4Y0Z E; 1EAU A; 1B5G H; 1H4W A; 1LHG H; 2LPR A; 5EQS A; 3VB5 A; 4NIX A; 1W13 U; 4ZHL U; 1LO6 A; 3UOU A; 5FPT A; 4EST E; 1O3O A; 3MH7 A; 4Y8Y A; 1SGR E; 2VIQ A; 1UCY K; 4FXG H; 3A89 A; 1DWD H; 1ELC A; 1Z8J B; 1V6D A; 2XCN A; 4X1P U; 3LGV A; 4IC5 A; 4ZKO U; 2VWN A; 5F8T A; 2VH6 A; 1H1B A; 3URE A; 4XBC A; 5LGO A; 1QJ1 B; 4GHQ A; 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1O3M A; 1FV9 A; 5T3H A; 5LPF A; 1J15 A; 1EX3 A; 1V2O T; 1AD8 H; 2C4F H; 2P3U B; 5GIB A; 1QQU A; 1Z1J A; 1F0T A; 2EI6 A; 3A8C A; 1CO7 E; 2BLV A; 1O2Y A; 1NPM A; 5LPR A; 2J94 A; 3K6Y A; 4ABJ A; 2A2X H; 1QQ4 A; 1O2K A; 5CHA C; 1NFU A; 3BTW E; 1LPG B; 2VJ1 A; 3M37 A; 2BQW B; 3PMH B; 4MNV A; 1HBT H; 5TCA A; 4MQA A; 4B2A A; 3NUM A; 2VB0 A; 4X8T H; 4PRO A; 4D76 A; 1F0R A; 4FUI A; 5F03 A; 3U8R H; 5SGA E; 4K2Y A; 3M3T A; 3TH4 H; 2G5N A; 1FJS A; 3KCG H; 1TAL A; 1NRR H; 3M5O A; 2OD3 B; 3A7X A; 3ZVD A; 1AFE H; 1AVX A; 1DST A; 2R2M B; 3FAO A; 1A0H B; 1KLI H; 1LMW B; 2IN2 A; 2Y7Z A; 2WUB A; 4MNW A; 1FY4 A; 3GY7 A; 2XC4 A; 1PPC E; 1C5P A; 1H9H E; 2D1J A; 3SNC A; 5JBT A; 1ZYO A; 1RD3 B; 1HAP H; 1W3C A; 4WF8 A; 3A88 A; 1Y3V A; 2C90 B; 5JDU B; 1OSS A; 4I8J A; 3P6Z B; 2ZDM A; 4TWW A; 1D4P B; 3SI4 H; 1E0F D; 2AIP A; 2ZFR H; 1AMH A; 2P8O B; 1ETR H; 2HVX A; 1CT4 E; 1TON A; 2F3C E; 5F8Z A; 1GI1 A; 1SOZ A; 2W26 A; 4NFE A; 1EXF A; 1VJ9 U; 3E6P H; 3UTU H; 3H7O A; 1XKB C; 1OX1 A; 4AGJ A; 1HJ9 A; 2OXS A; 2O8U A; 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