The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
22
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
b'GPLGSNNELMPHGVKTKACVAGVDQAHCSVESKCYYTSISGSSVVAAITSSNPNLKVASFLNEAGNQIYVDLDPPCKFGMKVGDKVEVVYLYFIKNTRSIVRGMVLGAISNVVVLQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of nsp9 from infectious bronchitis virus (IBV) at 2.44 Angstroms resolution
rcsb |
| molecule keywords |
Non-structural protein 9
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| source organism |
Avian infectious bronchitis virus
|
| molecule tags |
Hydrolase
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| total genus |
22
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.48: RNA-directed RNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2015-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08710 | nsp9 | nsp9 replicase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Replicase NSP9 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3EE7 A; 2J97 A; 2J98 A; 5C94 A; 1UW7 A; 5HIZ A; 5HIY A; 2J98 B; 1QZ8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5FX5 A; 1QL8 A; 2ZU4 A; 2H6M A; 1J9C H; 5HGG A; 3ZZ9 A; 1C1S A; 1T8L A; 3CS7 A; 3BF6 H; 1GBH A; 1MD7 A; 3SJ8 A; 1MTN C; 3PLK A; 3Q3K A; 2FLR H; 1HCG A; 1L1J A; 2F9O A; 1O2Q A; 2GDE H; 1WXR A; 2JDI D; 2PKS B; 1Y8T A; 3SU5 A; 1LVO A; 1WU1 A; 4WMF A; 5T6G A; 1GI7 B; 1LKB A; 4H42 U; 5CE1 A; 1TLD A; 1E37 B; 1S82 A; 3DCL A; 1QHR B; 1W14 U; 1DWB H; 2C90 B; 1SGC A; 3WWB A; 3TK6 A; 3KYG A; 1O5B B; 3PTB A; 1K28 D; 1TRM A; 3SW2 B; 4BNR A; 1GI4 A; 5E0G A; 1LDT T; 1T4U H; 1P2K A; 1HJA C; 3C1K A; 1AND A; 3FN8 A; 5C0U A; 3NK8 A; 5DKM A; 1DWD H; 1BTP A; 2KAI A; 1MKX H; 2BY9 X; 1QA7 A; 4D9Q A; 1FY3 A; 1Z1I A; 2OBO A; 1O2P A; 1MBM A; 2AFQ B; 1TRY A; 1O2H A; 1SGF A; 5L2Y H; 1RS0 A; 1C5Q A; 1GG6 C; 1TON A; 3BTM E; 1QA0 A; 4TY7 A; 4TWY A; 2UUJ B; 1L0Z A; 1LO6 A; 2GT7 A; 5ETX A; 3SJO A; 1BTX A; 2FOH A; 5FPS A; 3L3T A; 1K2I 1; 2OBQ A; 2H2Z A; 1BBR H; 3AK5 A; 1MKW H; 4OS2 A; 1FX0 B; 3LU9 B; 2ZGC A; 1EAS A; 3F2G A; 1ZHM A; 3HKI B; 2ZDK A; 1A5I A; 5K7R A; 3A89 A; 3SUD A; 1VZQ H; 1DY8 A; 1ABI H; 1BBR E; 4AN7 A; 2FS8 A; 1BTW A; 1ZTK A; 2ZFT A; 1GHZ A; 1TPA E; 2ZHF H; 1CSO E; 4ACA A; 2QF5 A; 5DG6 A; 1P03 A; 2LP6 A; 4H6T A; 1TX7 A; 1GJ7 B; 1TB6 H; 2F9B H; 1V2N T; 3QUM P; 3UAI C; 4UFG H; 3NKK A; 2B5T B; 2XBX A; 3M3T A; 6CHA C; 1DE7 H; 1IQH A; 1DIC A; 4DCD A; 5CMX H; 4B1T A; 4HG6 A; 3VGC C; 1AE5 A; 1GBB A; 1ABJ H; 1KDQ A; 2B9L A; 3T28 A; 4WXI A; 2P3U B; 3U8T H; 1GBI A; 3OEE D; 1P2N A; 1Y3X A; 3KQB A; 4HI3 A; 1TMB H; 4JYT A; 2GCT C; 3NUM A; 4ZCN A; 1MKX K; 1GBM A; 1C4V 2; 3BTF E; 2ZI2 H; 5DPA A; 2OC0 A; 2IPH A; 3SOR A; 2WPD D; 1LHF H; 1MCT A; 1NTP A; 3EST A; 1G3E A; 1C2L A; 2FLB H; 1GMC F; 3HKJ B; 1GG6 B; 1ELG A; 1QQU A; 1YCP H; 2TIO A; 1GDQ A; 2G5V A; 1V2S T; 2D8W A; 2PWX A; 4OS4 A; 4P00 A; 4ABE A; 2WPK S; 3E91 A; 5FL7 D; 1SSX A; 2LPR A; 1GMD G; 2PKA A; 1TYN A; 2PTC E; 3PTN A; 4X6M A; 3MH5 A; 5HM2 A; 1QY6 A; 3GOV B; 2GT8 A; 3DUX H; 1P9S A; 2IJD 1; 3A7W A; 2G52 A; 2H9H A; 1AN1 E; 1A5H A; 1ETR H; 1V3X A; 2RG3 A; 3BEF B; 1GBF A; 3SU4 A; 3DD2 H; 3RXA A; 3H09 A; 2QAA A; 1H8I H; 1W7X H; 5C17 A; 3LGU A; 1UVO A; 1TNG A; 4KGA A; 1A5G H; 1IHT H; 1AB9 C; 1BMF D; 5FBE A; 3PRO A; 1VCQ A; 1AGJ A; 4NSV A; 2D26 C; 1JBU H; 3ZZ4 A; 2Y80 A; 4ZXX H; 1O3G A; 2KFW A; 2ZGH A; 2C8W B; 2UWO A; 1FN6 A; 2BDI A; 4NIV A; 1OYT H; 5KGO A; 2HGT H; 3MOC A; 1NRS H; 3O8D A; 1MD8 A; 1UTO A; 1EAW A; 1TNI A; 1BHX B; 2V6N A; 1SHY A; 6CHA B; 3SV6 A; 2BDA A; 2XBY A; 1QL9 A; 5DN6 D; 1SL3 A; 3OX7 U; 8KME 2; 1TBQ H; 1SLU B; 2WPH S; 1ANB A; 5FHT A; 3VGC B; 4F48 B; 2G55 A; 2OK5 A; 4F49 A; 1SOT A; 4AOR A; 2QA9 E; 1F0S A; 1PFX C; 1HGT H; 2Z7F E; 3DSP A; 5J4Q A; 2XND D; 4DG4 A; 5F53 A; 2R3U A; 1TGS Z; 1FDP A; 3SV8 A; 1KTS B; 4OS6 A; 3TVJ B; 1GI2 A; 5TJX A; 4IGD A; 4P02 A; 5DP6 A; 5E2P A; 1K1I A; 1O5E H; 3L33 A; 4FUI A; 3RXB A; 2UWP A; 2SNV A; 5EGM A; 1GI5 A; 2ZHQ H; 1TBR H; 7KME H; 4ABA A; 3LGI A; 1TNK A; 2W6I D; 4I31 A; 1KSN A; 7EST E; 2AGE X; 1C5R A; 3ZVE A; 1PPH E; 5FPT A; 2GV7 A; 3FP7 E; 4E06 H; 1L2E A; 4VGC C; 3RXK A; 3FP6 E; 1C1W H; 1E34 B; 1FUJ A; 1DUE A; 2ASU B; 2VGC B; 1AWF H; 1N1L A; 3RXV A; 1P3E A; 1O3B A; 1TE0 A; 2J94 A; 1C2M A; 2CHA B; 3RU4 E; 4YM9 A; 3LGW A; 1G3B A; 2C93 B; 3QDZ B; 2HRV A; 3LGT A; 3RP2 A; 3RXG A; 1UVT H; 1SQA A; 3PV4 A; 1SGI B; 3SNC A; 2STB E; 1ESA A; 2ZF0 H; 2G4U A; 3SUG A; 1V2J T; 2BVS H; 1FQ3 A; 1RGQ A; 2BYA X; 5H4I B; 2EY4 C; 3MO9 A; 1BZX E; 4ABH A; 3RXD A; 2RA3 A; 1QB1 A; 2SGF E; 1KIG H; 2ZTY A; 3B23 B; 3RXS A; 2IN2 A; 1AUJ A; 3TIT A; 1ETS H; 1OPH B; 3GDV A; 3QTV H; 4GLY A; 4Q80 A; 1T8O A; 2ZCK P; 3GIC B; 4X2W A; 1SFI A; 4JZF H; 4B2A A; 1SI5 H; 2VNT A; 1O2V A; 2TBS A; 1C4U 2; 4BXS A; 3K6Z A; 2ZDL A; 3M35 A; 5EJ1 A; 1BJU A; 2EC9 H; 2BD8 A; 3SHC H; 1C1T A; 1SOZ A; 1NES E; 1BMN H; 1FAK H; 2GCH G; 1Z1J A; 2QCY A; 3F0P A; 4GVU A; 3M5L A; 1ZMJ A; 1SGY E; 3E0P B; 3UPE A; 2O8L A; 4RT1 A; 4RKJ B; 1LVY A; 3E0N B; 3LJJ A; 4ISH H; 1FNI A; 3MNS A; 1TQ0 B; 1TWX B; 5AFZ H; 1O31 A; 5C67 A; 3QGJ A; 1PPF E; 3OTP A; 2AS9 A; 3A7Y A; 3UOU A; 1UTP A; 1YGC H; 1S84 A; 1UTQ A; 3P17 H; 1ORF A; 3S9B A; 1Y5U T; 1TMT H; 3PV2 A; 3MYW A; 5JBB S; 3G01 A; 2VWO A; 1A2C H; 2ZWL H; 2P3T B; 1VCP A; 4O3U A; 3ZVD A; 1C5Y B; 4YT7 H; 1VIT G; 4QT8 C; 1C5X B; 4X0W U; 1DOJ A; 1UVP A; 5B6O A; 3GCN A; 2ZU2 A; 1WQS A; 2YMS C; 1UVS H; 5FCR A; 1W0J D; 3Q77 A; 4DOQ A; 2ZDV H; 4WH6 A; 2AMQ A; 1GHY H; 1KXF A; 1LHC H; 2ZKS A; 4PRO A; 4FOU C; 1U6Q A; 1V6D A; 2FOM B; 5C2Z A; 5J4S A; 2VU8 E; 1GGD C; 3KEE A; 3NWU A; 1O3F A; 1O3I A; 3PV5 A; 1ZPC A; 2BX3 A; 2F3C E; 4WJG 2; 3Q76 A; 3T25 A; 1N6X A; 1YBW A; 1NY2 2; 1OYQ A; 4HTC H; 3GCT F; 4YZU A; 1MCV A; 1WDI A; 2H9E H; 1GVZ A; 5BRR E; 1OP0 A; 5G4B A; 3TJO A; 1C5U A; 1SQO A; 2BQW B; 1C1U H; 4K1T A; 4FUD A; 2Z3C A; 2BLQ A; 4XD7 D; 1P3C A; 1RJX B; 1THP B; 5JPM H; 1BQY A; 1GJ9 B; 2ZU3 A; 2J98 B; 1GVL A; 3KN2 A; 3IIT A; 4K8Y A; 4WVP E; 4D9R A; 2BMG B; 2F9N A; 4X6N A; 2BY7 X; 3UFA A; 2OQU A; 3UB0 A; 3MU1 A; 5LPE A; 2Z94 A; 3SQE E; 1D6R A; 2P16 A; 5E2O A; 1D3P B; 3TK5 A; 2A5K A; 1T32 A; 4MTB A; 2Q1J A; 1D6W A; 2J92 A; 1B5G H; 4B74 A; 1YLN A; 2BDG A; 2C8Y B; 1O2I A; 3DA9 B; 2TGA A; 1BMA A; 1O38 A; 1GMH G; 5KED A; 1NU9 A; 2I6S A; 3HAT H; 3EE7 A; 1GBD A; 1JRS A; 1O36 A; 3F9G A; 1DX5 M; 2SGP E; 2AIQ A; 2ZZU H; 3KF2 A; 1TQ7 B; 5HMA A; 1DPO A; 1UCY K; 2C4F H; 4TT3 D; 4NFF A; 2J34 A; 3DFL A; 5EQR A; 1KTT B; 1OOK B; 2ALV A; 1MQ6 A; 1SLV B; 1XUH A; 1V2Q T; 3ZZ5 A; 2R2M B; 2V3H H; 3EDX B; 1W0Z U; 2V7Q D; 1EUF A; 1IQJ A; 1MTW A; 2PR3 A; 3TH3 H; 1O5F H; 1Z8R A; 2JJ2 D; 2YMS B; 4RSP A; 3TPI Z; 1AFQ B; 1CGH A; 6LPR A; 2SGE E; 2SNW A; 4FU7 A; 2Z3E A; 1LPG B; 3A7V A; 3UR6 A; 4FUG A; 1AVW A; 1GGD B; 1VGC C; 4BAN B; 2ODP A; 1O0D H; 5DJ7 A; 2FOG A; 4YO9 A; 1BRA A; 2WPM S; 3TGJ E; 2P3F H; 2KM0 A; 3TGK E; 4I8K A; 2ZC9 H; 2QF3 A; 1DWC H; 3U9A H; 1C1P A; 2GZ8 A; 3IG6 B; 1HPG A; 4MNW A; 3RXO A; 3NXP A; 2A4R A; 1AMH A; 1SC8 U; 1UO6 A; 2HAL A; 3V12 A; 5GJ4 B; 2F4L A; 5PTP A; 1C5O H; 2Y5F A; 2K8I A; 1DT2 A; 1HIA B; 1LMW B; 4FUH A; 1O5G H; 3PWB A; 4X2X A; 1Y5A T; 4YTA A; 4AFQ A; 1O35 A; 4J1Y A; 2QV1 A; 1COW D; 1PYT C; 1VKY A; 3ENS B; 4X6O A; 1C5V A; 1O3C A; 2FX4 A; 3SI4 H; 1CT2 E; 1KLT A; 3MNC A; 3S69 A; 1HAX B; 2PLX A; 2PKS C; 4WH8 A; 1MTS A; 4R0I A; 1O2L A; 1AQ7 A; 4Y8Z A; 4IW4 E; 1YF4 A; 4WME A; 1Y3V A; 2HPP H; 5IYT A; 1HAY B; 2Q6G A; 5C1X A; 2VWN A; 4WMD A; 4YLU A; 2ZTX A; 4AB8 A; 1H1B A; 1JXP A; 3D62 A; 3ZV9 A; 2P93 A; 5I25 A; 1GBE A; 1C2E A; 2CGA A; 5CDF E; 3M5M A; 3F0O A; 1CA8 B; 3VG8 A; 3MNX A; 2WV4 A; 2FEQ H; 3U98 H; 1HUT H; 3SV9 A; 3UOP A; 2STA E; 1YPJ H; 4AC9 A; 1NRP H; 1GBC A; 3P6Z B; 3F2H A; 1GI9 B; 4NA8 A; 2CJI A; 1P57 B; 1NT1 A; 4BOH A; 1BDA A; 3KL6 A; 2GZ9 A; 3ATM A; 3FVF B; 3SYJ A; 1LVM A; 1LPK B; 1ZYO A; 1YPK H; 3BTH E; 3SGA E; 1O3A A; 1E1R D; 1EST A; 1IQM A; 2VIO A; 1LHD H; 4CRA A; 4D7G A; 1O2M A; 2HNT E; 1O3E A; 2UUK B; 1GJ4 H; 4DW2 U; 3PMJ A; 4UE7 H; 1EZX C; 2JIZ D; 4ABJ A; 1UVU H; 1DXW A; 1EP5 A; 4CHA B; 5C20 A; 3AW0 A; 1TX6 A; 2WPI S; 5HIZ A; 1KXA A; 3EA7 A; 4UFD H; 4I8J A; 2M5T A; 3K9X B; 2O9Q A; 3V7T A; 4F4O C; 4NA9 H; 3F9H A; 3VB6 A; 1XUG A; 3MH6 A; 3U1I B; 4DY7 B; 1O34 A; 1T8N A; 2GJG A; 3TH4 H; 1O3P B; 5HKK D; 1Q31 A; 1C1N A; 8GCH F; 2ZCH P; 1PQA A; 1S83 A; 2M2A A; 2CN0 H; 2FYR A; 2TRM A; 3SN8 A; 4K8B A; 2Z9J A; 5F03 A; 5GCH F; 1QBV H; 1PPE E; 2VB0 A; 1G37 A; 2RCE A; 1GJB B; 1D4P B; 4BTU B; 4Z6A H; 2BXT H; 3DFJ A; 2R9P A; 4ABG A; 1WTH D; 4IN2 A; 5AHG H; 1JIR A; 3CS0 A; 1BT7 A; 3U8O H; 2ZG0 H; 1Z8I B; 1V2T T; 2GDD A; 4K60 A; 3RMM H; 4XBB A; 3ZVF A; 4JZI A; 1HRT H; 3ZVC A; 4FUF A; 3SUF A; 2YOL A; 2KCO A; 3KNX A; 3RXE A; 5E0H A; 1RIW B; 1PJP A; 1NRQ H; 1E1Q D; 1UTM A; 2WYG A; 2RA0 A; 4X8T H; 1EAU A; 2TPI Z; 2OLG A; 4RI0 A; 2J2U A; 3E8L A; 2R0K A; 1S6L A; 1B0E A; 3KQ5 A; 5HM9 A; 1XKB C; 2BX4 A; 4NIX A; 4FU8 A; 1FXY A; 3A7T A; 1XUK A; 2QY0 B; 4FVB A; 1O3M A; 3SHA H; 3SGQ E; 4CH2 B; 1XX9 A; 1BTH H; 2FZZ A; 1XKA C; 4KTU A; 3KCG H; 5L6N H; 1J15 A; 1EJM A; 1WQV H; 3M7Q A; 3TJU A; 2NU3 E; 3MQK C; 1F5R A; 4TSF D; 2QXJ A; 1TOM H; 1ZPB A; 3RC5 A; 1LKA A; 2Z6B D; 4GCH F; 4I7Y H; 2HNT C; 3PWC A; 3PYH A; 3RXM A; 2JET C; 1EPT B; 1TNH A; 1UJ1 A; 3ITI A; 3A8B A; 2QXH A; 1J14 A; 1H9H E; 5DP7 A; 1OWK A; 5LPF A; 1FLE E; 1QRX A; 3A82 A; 1AFE H; 1ZSL A; 2VVV A; 3A86 A; 3T62 A; 4MDS A; 2XBV A; 1AY6 H; 1MTV A; 2UWL A; 2WPL S; 1C5W B; 1FPC H; 3M5N A; 2FI4 E; 1W0K D; 1TBZ H; 1V2L T; 1O2R A; 2F43 B; 1KXB A; 3FP8 E; 1V2K T; 1K1J A; 2UUF B; 5F8T A; 2H1U A; 3PB1 E; 1O32 A; 4RN6 A; 4DT4 A; 2V3O H; 3M36 A; 2ZEB A; 2OXS A; 2XTT B; 1EXF A; 4CRC A; 1QBO A; 4UFF H; 5EOD A; 1MAY A; 1O2K A; 1THS H; 2LEL A; 3TU7 H; 1BTZ A; 1VIT H; 1TA2 A; 1ZSJ A; 1ZHP A; 2R2W U; 4GHQ A; 2Y6T A; 3RM2 H; 5AFY H; 4DGJ A; 3MU0 A; 3N99 A; 1A0L A; 1EZU C; 1BHX F; 3BG4 C; 1F7Z A; 1SR5 C; 3W1E A; 3AAV A; 3RXR A; 5GIB A; 1E0F D; 4INL A; 3HK6 B; 2PUX B; 3D49 H; 5AF9 H; 3I78 A; 4F55 A; 1BOQ A; 3GY2 A; 4ZUH A; 1BMM H; 1ARC A; 1K1L A; 4NZL A; 4Y76 A; 1HFD A; 1INC A; 2A1D B; 2BLW A; 5GCH G; 4LZ4 B; 4KKD A; 4HZH A; 4FUC A; 1K1O A; 3DSG A; 1DFP A; 4YLQ H; 1BTY A; 3RXU A; 1FN8 A; 1O2T A; 1Y3U A; 2ZCL P; 3RXT A; 4AOQ A; 1GI3 A; 2ZQ2 A; 4A5T S; 1W13 U; 2PV9 B; 1YP9 A; 1O3L A; 1LQE A; 5DSF A; 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