The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
77
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sequence length |
344
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structure length |
294
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Chain Sequence |
EGLEAYDYHLPPEQIAQEGVEPRDMARLMVVYREGPFRVAHKRVRDLPEFLRPGDVLVFNESKVIPARLLARKPTGGKVEILLVRERALLGPARKAPPGTRLLLLSPKDLAPVPGLQAEVVAVEEDLVAHLEEVGEVPAAPTAGLHFTPELLERLREMGVELRFLTLHVGPGTFRPMHAEPYAIPEEVAEAVNRAKAEGRRVVAVGTTVVRALESAYREGVGVVAGEGETRLFIRPPYTFKVVDALFTNFHLPRSTLLMLVAAFLGRERTLEAYRLAVAEGYRFYSLGDAMLIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| source organism |
Thermus thermophilus
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| publication title |
Crystal Structure Of TT0907 From Thermus Thermophilus HB8
rcsb |
| molecule keywords |
hypothetical protein TT0907
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| total genus |
77
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| structure length |
294
|
| sequence length |
344
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| ec nomenclature |
ec
2.4.99.17: S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase. |
| pdb deposition date | 2004-05-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02547 | Queuosine_synth | Queuosine biosynthesis protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | QueA-like | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | QueA-like | QueA-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YY3 A; 1VKY A; 1WDI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2TRM A; 2VIO A; 1ACB E; 2ZU2 A; 3EDX B; 1TNH A; 4NSY A; 1WV7 H; 3W95 A; 4ZH8 A; 2BVX H; 5C67 A; 4XDE A; 4FUF A; 1UTK A; 5A8Z A; 1V2V T; 3RXV A; 1AND A; 3ZVC A; 1ORF A; 3GY7 A; 3WY8 A; 1CE5 A; 3E16 B; 1P12 E; 1WQV H; 1O3L A; 2ANW A; 1AVX A; 3N7E A; 4AFQ A; 1BUI A; 1UW7 A; 2BD4 A; 2FOM B; 2PWX A; 3QWC H; 2AHM E; 2FI3 E; 1H8D H; 1MU8 B; 1W10 U; 3F9H A; 1LPZ B; 2PSY A; 5FPT A; 3QUM P; 1KXC A; 1EJN A; 4B2A A; 5DSF A; 1N8O C; 2CF9 H; 1HCG A; 1NT1 A; 1UTP A; 1GHB F; 1SGI B; 1V2J T; 1ANC A; 2IPH A; 4ZAE A; 3DSO A; 3SJK A; 1TPA E; 4J2Y B; 4X2W A; 2ZGH A; 3T28 A; 1IQK A; 1ANB A; 1OYT H; 1OOK B; 2PTN A; 2J97 A; 3H7T A; 3KQE A; 1RIW C; 1AE8 H; 1K0H A; 1NRN H; 4Q7Z A; 4U32 A; 1GBJ A; 2GCH G; 1L1J A; 1EP5 A; 2KX4 A; 1C2G A; 1LKA A; 4NWL A; 2W26 A; 2Z9J A; 2J34 A; 4WH6 A; 4OS2 A; 5EW1 H; 2FMJ A; 2ZF0 H; 2F3C E; 3RC4 A; 4CRE A; 1O2O A; 1SQA A; 2Z9G A; 4F49 A; 4YT6 H; 3RM2 H; 4A1T A; 1O2U A; 2G55 A; 2ZQ2 A; 2A7H A; 4ABI A; 3LPR A; 4WWY A; 1GHA F; 3GCO A; 2P3U B; 2Q6F A; 1BIT A; 3TJN A; 5LGO A; 1C5S A; 3MNS A; 1ZLR A; 4Q2K A; 2VGC B; 4X6N A; 4MNV A; 5CE1 A; 3MO9 A; 4DIH H; 2J95 A; 3D49 H; 2B5T B; 5A8X A; 2HOB A; 2THF B; 3UNR A; 4TSF D; 1NTP A; 3HK3 B; 4TPY A; 3R0F A; 3FP6 E; 1Z71 A; 2A4R A; 1GJD B; 3UNS A; 4X1S U; 3F9E A; 4Q7X A; 1HUT H; 4JYV H; 1ZHM A; 3SU2 A; 2RDL A; 1O3K A; 1PQA A; 1P2N A; 1EST A; 1GBL A; 1UVU H; 3QTV H; 1PJP A; 1VR1 H; 5ETX A; 2FPZ A; 2Q6D A; 1GVL A; 2ZHD A; 1LVB A; 1AUJ A; 3FZD A; 3SV2 H; 1TMU H; 1O38 A; 1VJ9 U; 1D3Q B; 1DVA H; 1FY5 A; 3RXH A; 3ZVE A; 4AGK A; 1HAV A; 1BJU A; 2J4I A; 5E0G A; 1K9O E; 1GBH A; 1WAY B; 3ODF A; 7LPR A; 4OS7 A; 1VKY A; 2QC2 A; 2P93 A; 1TMB H; 5GDS H; 2TGA A; 1K28 D; 4AFU A; 3NK8 A; 1F5L A; 2NU1 E; 1C9P A; 1A5I A; 3GYM A; 4MNY A; 1QRW A; 3QTO H; 4K3J A; 1H9H E; 1RTF B; 2XCN A; 4CRB A; 1OP8 A; 2FYR A; 1GJ8 B; 4X0W U; 2AH4 X; 2W3K A; 3SU0 A; 2WIN I; 3TVJ B; 1B0E A; 3W94 A; 4AB8 A; 3SZN A; 1GHV H; 1WXR A; 3SUD A; 1CGH A; 4AG1 A; 2L6O A; 3O8R A; 4E06 H; 2UWO A; 1IQJ A; 1DM4 B; 1O3J A; 2PTC E; 1FY1 A; 3S69 A; 3ZZ6 A; 2CGA A; 4Z6A H; 3A8A A; 3KN2 A; 3LDX H; 1AI8 H; 3TH3 H; 1AE5 A; 3Q3K A; 2XWB I; 4YT7 H; 1LVM A; 2OXS A; 3QGJ A; 2BQ7 B; 2KCO A; 1JMO H; 1K1P A; 3HKJ B; 5DP4 A; 1EPT A; 2HGT H; 2KCA A; 6EST A; 5EOK A; 1CHO G; 4FXG H; 4BAO B; 1GBD A; 5GND A; 1INC A; 4WVP E; 1FNI A; 4Y71 A; 2J38 A; 3EA9 A; 1EZX C; 5F03 A; 5EPY A; 2UUK B; 1ESB A; 3FVF B; 2DE8 A; 1BJV A; 3S9A A; 5GIB A; 5FBI A; 1K1O A; 2GCH F; 3LU9 B; 5CDF E; 1P06 A; 1HNE E; 3L6P A; 3T29 A; 4Y6D A; 4ACB A; 2LPR A; 1HJ9 A; 3LGV A; 2WPJ S; 3SQE E; 3VEQ B; 3M3V A; 3CNR A; 2SGE E; 1SQR A; 1HJA B; 1Y3X A; 1TNJ A; 2UUJ B; 1QL9 A; 2PP6 A; 3ZV8 A; 3Q76 A; 4JZE H; 2H9T H; 4ZCN A; 1SGD E; 4RT0 A; 1XVM A; 3GY3 A; 3BTF E; 3HGP A; 2WPM S; 3M5O A; 1ZZZ A; 4TT3 D; 1PQ7 A; 2A32 A; 1QL8 A; 4BNR A; 1SGN E; 3MU5 A; 1C5R A; 4MNW A; 1ZR0 A; 1SOZ A; 1NES E; 1SKY E; 3WWB A; 2J5U A; 1MKX K; 4IMZ A; 1ZTJ A; 4U01 A; 3VGC C; 3VXE H; 3E3T A; 3LJJ A; 4BTU B; 5KED A; 1O2J A; 1P0S H; 4RI0 A; 5DKM A; 4ZUH A; 1KY9 A; 4INK A; 1E38 B; 1UK2 A; 2BLV A; 2O8W A; 3HK6 B; 1O3G A; 3PMA B; 4ZMA H; 1YCP H; 3A82 A; 1ELB A; 2FOG A; 3E91 A; 1HDT H; 1DWB H; 4IS5 A; 1O2N A; 4Z0K A; 1SBW A; 1EKB B; 1YLD A; 3EYD A; 2AER H; 1IQE A; 1IHT H; 1O5F H; 3KID U; 2Z6B D; 2BMG B; 4UDW H; 1LQE A; 5FPS A; 2FS9 A; 1GGD B; 2FS8 A; 1FON A; 1BMN H; 3M61 U; 3TK6 A; 1ELT A; 1ETR H; 2OC7 A; 2UUF B; 2SFA A; 4X2Y A; 5L30 H; 4JZF H; 1P57 B; 1T31 A; 3ATK A; 5DK1 A; 3PB1 E; 3F0P A; 1P2Q A; 2LNC A; 5H4I B; 2V3O H; 1HAV B; 1HB0 B; 4XSK U; 4X2V A; 3MQK C; 5JBC S; 2ZA5 A; 1ZSJ A; 3SJ8 A; 1RRK A; 2V7Q D; 1YPH C; 1P09 A; 1TA2 A; 2JIZ D; 2ZHW H; 5FXL A; 2A5A A; 1T8N A; 2D26 C; 1LDT T; 2OUA A; 1C2F A; 1ELF A; 3A80 A; 4Y11 E; 1AFQ B; 1K22 H; 1ZGV A; 3BF6 H; 1KLJ H; 4OS6 A; 1ZMN A; 4O3U A; 3BG4 B; 1PPC E; 3LON A; 3BTT E; 3OTJ E; 2BHG A; 3S9B A; 4AYV B; 4GCH F; 1GVK B; 1O32 A; 4J1Y A; 3IIT A; 5JYI A; 1K21 H; 1BTY A; 1P03 A; 2Z3E A; 1SB1 H; 2PKS C; 1C1V H; 5E0J A; 2P16 A; 3UAI C; 3URE A; 1CHO F; 3DFL A; 2XNI A; 4MDS A; 5HMA A; 1FAK H; 1EAU A; 2BM2 A; 1SLV B; 3SUG A; 1P3C A; 2EC9 H; 3GDU A; 1MAY A; 5EQR A; 1Y3Y A; 4DW2 U; 3TIT A; 1OWE A; 1FUJ A; 3QGN B; 1TE0 A; 1HRT H; 2A1D B; 2FOF A; 1EPT B; 1LHD H; 1VIT H; 3U28 C; 2VWN A; 3V13 A; 1BBR H; 2BZ6 H; 5JDU B; 1YKT A; 1O36 A; 4I86 A; 3A87 A; 1TRN A; 1BHX F; 1D3T B; 3PRO A; 4MPX A; 1WQS A; 4M7G A; 3A7Y A; 4B73 A; 2XC0 A; 2PGB B; 3SU6 A; 1AU8 A; 1VCW A; 2NU4 E; 1JBU H; 3TJV A; 3BTM E; 5AF9 H; 2BDB A; 3CS0 A; 3OFN D; 1HXF H; 1IQM A; 2ZG0 H; 3MH5 A; 2Q6G A; 1C1T A; 4Q7Y A; 3DHK H; 1C1R A; 3PYH A; 1UCY K; 3ZZ3 A; 2YMS B; 1BRC E; 5LPF A; 2QXH A; 1GPZ A; 3ATI A; 3ZZ4 A; 4DOQ A; 4NA7 A; 3S7H B; 2AS9 A; 1ZOM A; 2FOB A; 2I6Q A; 3BSQ A; 2XC5 A; 1J16 A; 3L33 A; 3MU1 A; 1NFX A; 4IC5 A; 4IMQ A; 1SVP A; 2UWL A; 3VB6 A; 3SU5 A; 4XOJ A; 1BRB E; 2FYQ A; 1MAX A; 3MU4 A; 1QRZ A; 4F55 A; 3AVZ A; 1ZPC A; 2BLQ A; 2GZ9 A; 3LC3 A; 5CHA C; 5LPR A; 1PPG E; 1FJS A; 4KTS A; 3AK5 A; 4ABE A; 2ZCK P; 3IWM A; 3D62 A; 1D3P B; 2GVF A; 1LHG H; 2SGP E; 1YPG H; 3L3T A; 3GCT G; 3VB3 A; 3EST A; 1Y3W A; 2Y7Z A; 1A5H A; 1NFU A; 1PFX C; 1C5X B; 3RXR A; 1OWH A; 1GMD G; 1YYY 1; 1B5G H; 4OM9 A; 1FY3 A; 1W12 U; 1WUN H; 8GCH F; 2A7C A; 1SQO A; 1O2S A; 3FP7 E; 1KLI H; 3PV5 A; 1W0Y H; 4FUB A; 1MTS A; 1N1L A; 3R3G B; 7EST E; 4CRC A; 1LQD B; 5L2Z H; 8LPR A; 1HAH H; 3VPK A; 3GIS B; 1ZRK A; 2WHX A; 2ZTY A; 3MU0 A; 4WY3 A; 2XC4 A; 1C1W H; 1LPK B; 3V3M A; 4Y76 A; 3DSP A; 2ZWL H; 1V2W T; 4UE7 H; 5A0B A; 2CXV A; 4H4F A; 4FUD A; 3UY9 A; 4F4O C; 3OSY A; 3ZZD A; 1F5R A; 1XUF A; 4LXB H; 3TGK E; 1E1Q D; 1C5V A; 2Z94 A; 4NIW A; 1FAX A; 2HLC A; 5E2O A; 1LKB A; 1XXD A; 1AZ8 A; 1DUA A; 1ZJD A; 3RXS A; 2WPK S; 4D7F A; 3M7T A; 1BT7 A; 3MTY A; 2VIN A; 2Z3D A; 3PMB B; 3ZVB A; 1MCT A; 3LGU A; 2ODP A; 1P2J A; 4X6O A; 1C5L H; 1SC8 U; 3KQ5 A; 1C1S A; 3NWU A; 1E35 B; 4KTC A; 5HM2 A; 5J4Q A; 1G3B A; 2CHA B; 5C2Z A; 1BML A; 5T6F A; 3D65 E; 3UUZ A; 1Y3V A; 3LC5 A; 4NIY A; 2XTT B; 3O8D A; 2ZGJ A; 3CEN A; 3FAN A; 2D8W A; 4WF8 A; 2IPQ X; 4KTU A; 1GHX H; 1ELC A; 1MZD A; 3A86 A; 2BX4 A; 5EST E; 1MCV A; 1O2Q A; 1H9I E; 1WBG B; 2OBO A; 4NCY A; 4YM9 A; 2VGC C; 2AGE X; 1YLC A; 3Q00 A; 2V3M A; 2VIV A; 3SND A; 3S9C A; 1SG8 B; 1D9I A; 2PKA B; 4ABD A; 5EPN A; 1O2M A; 2BLO A; 1YLN A; 5KEC A; 1AWF H; 2OC8 A; 2AIP A; 2WYJ A; 3UQV A; 2WSS D; 4ABG A; 1L4Z A; 1YPM H; 1BQY A; 1EOL A; 1UTL M; 2QCY A; 4NSV A; 5EGM A; 1A61 H; 2PSX A; 5JPM H; 2BXT H; 5IYT A; 1GBI A; 5JBT A; 3ITI A; 1EB1 H; 1HGT H; 1K2I 1; 2OD3 B; 1AO5 A; 2EI6 A; 2A4Q A; 2NU2 E; 3TH4 H; 2P59 A; 2GDE H; 2CN0 H; 1GHY H; 1AUT C; 4ISH H; 1CBW B; 3SOS A; 2V6N A; 2DUC A; 1ZGI A; 3PV2 A; 3QK1 A; 2BY9 X; 1TQ7 B; 1NRQ H; 1TNK A; 1GI6 A; 4XBD A; 4NG9 H; 1QQ4 A; 1SR5 C; 2VH0 A; 2EI8 A; 2QE7 D; 1DDJ A; 1XMN B; 1ABJ H; 3EA7 A; 1LHF H; 2XOK D; 3SNC A; 1ABI H; 4B6F A; 2BXU H; 5FHT A; 1RD3 B; 2OK5 A; 1X7A C; 1TPP A; 3PTB A; 1FLE E; 5F8Z A; 1W8B H; 1GI7 B; 4GUX A; 4XBB A; 1SGF G; 2ALP A; 3RXE A; 4YLU A; 1SFI A; 3N7D A; 3M5L A; 1MKX H; 1DSU A; 2WPH S; 2L74 A; 5GWZ A; 3ATM A; 2YMS D; 4CRD A; 4X6M A; 5KGO A; 4K2Y A; 3D23 A; 1C5U A; 2G81 E; 3A8D A; 4DVA U; 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2W7U A; 2ANY A; 2OQU A; 3PWC A; 2R3U A; 2WV9 A; 1Q2W A; 1DS2 E; 1DXP A; 3GS9 A; 1EFR D; 2QXI A; 5GCH G; 5EXN A; 1C1O A; 4FVD A; 1ELG A; 1GGD C; 2OLG A; 1JIM A; 4DG4 A; 2PLX A; 3BIU H; 1C2D A; 1W14 U; 1L0Z A; 4Y8Z A; 4WME A; 1GJ4 H; 3T62 A; 1KTS B; 4Y8X A; 1UTM A; 4CRA A; 1SMF E; 2PGQ B; 2TPI Z; 2VID A; 4IC6 A; 3KGP A; 2J2U A; 3MFJ A; 4ASH A; 1BOQ A; 4DT7 B; 4IN1 A; 4GHT A; 3HKI B; 1UVS H; 1BA8 B; 3A7Z A; 1QBN A; 4YTA A; 1GBF A; 2ZFQ H; 1WCZ A; 3RLW H; 1O3H A; 3ODD A; 1G30 B; 1GCD A; 4JYT A; 1HBT H; 2HVY B; 1ELV A; 5C3N A; 1UCY H; 1C4V 2; 4AB9 A; 1AFQ C; 3RXB A; 4ZKN U; 3AAS A; 2O8L A; 3SGQ E; 1AY6 H; 1XX9 A; 2GCT B; 3BG4 C; 1ZHP A; 3MWI U; 1YC0 A; 1MTV A; 2BVR H; 1K1I A; 3F1S B; 2Y82 A; 5C1U A; 2K8I A; 1THR H; 2WV5 A; 3RXC A; 3SGB E; 2GGV B; 2AFQ B; 3B23 B; 5FCR A; 1YCP M; 1AGJ A; 3U9A H; 4HI3 A; 3TH2 H; 1AZZ A; 1DWD H; 1F0T A; 1JXP A; 3Q3Y A; 2TBS A; 1OWI A; 2JH0 D; 1VZQ H; 2BD8 A; 2FX4 A; 3STJ A; 1CA0 B; 1O31 A; 4NA9 H; 1OWJ A; 1UO6 A; 3W1E A; 1EPT C; 3OAA D; 5DP5 A; 2WZQ A; 1BZX E; 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