The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
98
|
structure length |
98
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Chain Sequence |
GDRRVRLIRTRGGNTKVRLASDTRINVVDPETGKVEIAEIRNVVENTANPHFVRRNIITRGAVVETNLGNVRVTSRPGQDGVINGVLIRELEHHHHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
SOLUTION STRUCTURE OF RIBOSOMAL PROTEIN S8E FROM Methanothermobacter thermautotrophicus, NORTHEASTSTRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (NESG) TARGET TR71D
rcsb |
| molecule tags |
Ribosomal protein
|
| source organism |
Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
|
| molecule keywords |
30S ribosomal protein S8e
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| total genus |
13
|
| structure length |
98
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| sequence length |
98
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-12-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KCY A; 2KCO A; 2KCP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1HJ9 A; 1TMT H; 1XVO A; 3RMN H; 2A7J A; 3PLK A; 4K1T A; 5FCK A; 3FZD A; 3SUF A; 3H7T A; 1O2H A; 1P9U A; 1SGD E; 3I29 A; 3V0X A; 4B73 A; 4DGJ A; 4GCH F; 1GBI A; 3N7D A; 2DE9 A; 1ZML A; 3SJ9 A; 1TQ0 B; 2K0Q A; 4K8B A; 2G55 A; 4Q4L A; 3RMM H; 3TH2 H; 4DG4 A; 1QHR B; 2AIQ A; 2FX4 A; 2CN0 H; 1OWH A; 2HWL B; 2P59 A; 5IDK A; 3P8F A; 1CSO E; 1VIT H; 3DFL A; 3V13 A; 3V3M A; 3QK1 A; 1O0D H; 4KTU A; 1GCT B; 5J4S A; 2NU2 E; 1GI7 B; 1GBT A; 1K21 H; 1L1N A; 4CR5 A; 5T6D A; 3RXU A; 2VJ1 A; 1SGT A; 3SZE A; 2AGI X; 3TH3 H; 1W3C A; 2H1U A; 2JET B; 4GPG A; 2A45 B; 1B7X B; 2XC5 A; 2Y7X A; 2ZF0 H; 3RLY H; 1F0S A; 2VWM A; 4AB9 A; 2Z9K A; 2YMS D; 1O36 A; 1PQ7 A; 2ALP A; 1C9P A; 1SKY E; 1Z6J H; 2QXI A; 3UNQ A; 1O3K A; 1X7A C; 4ISI H; 3BTH E; 1Z1J A; 2BD4 A; 1BTW A; 2OLG A; 4HZH A; 3RXS A; 3SV8 A; 1A3E H; 3KQD A; 1ZHP A; 1ZMN A; 2C4F H; 1UTO A; 3MOC A; 1O2T A; 3B9F H; 4RT1 A; 4WME A; 2OTV A; 4WJG 2; 1QY6 A; 4KTS A; 1DX5 M; 2BY5 X; 5A8Z A; 1JRS A; 1NY2 2; 4JYU H; 3LC3 A; 4GUX A; 4X2X A; 1UHB A; 3SU2 A; 1S0R A; 1OWK A; 1GL0 E; 3BTM E; 4Y8X A; 1LHF H; 2WPL S; 1G3D A; 3SNB A; 2Z9L A; 2R0L A; 3NWU A; 2GZ8 A; 5CDF E; 1SHY A; 1EJM A; 2J38 A; 3RXR A; 8GCH G; 4Y0Z E; 2F91 A; 2JH6 D; 4VGC C; 1W0Z U; 3NPS A; 4KEL A; 1B5G H; 5FHT A; 5E8E H; 2WSS D; 4TT3 D; 1UVP A; 3BEI B; 3A80 A; 1J15 A; 1C4U 2; 2ZPQ A; 2QA9 E; 3U1I B; 5AVD A; 1EZU C; 2J9N A; 2CK3 D; 2Y81 A; 3PMJ A; 3A8C A; 4X2V A; 5DP9 A; 3TIU A; 1ZR0 A; 3AAU A; 1ZGV A; 4WVP E; 9EST A; 1RJX B; 1FN6 A; 2YNB A; 1FIZ A; 1JIR A; 3UWJ H; 4OS4 A; 1K1N A; 5C1Y A; 2WPD D; 4LOY H; 3ELA H; 2ZEC A; 1SGC A; 1TPA E; 4F49 A; 3ZVE A; 1EB1 H; 2QGR A; 2TRM A; 1DY9 A; 3FAN A; 2PWX A; 2NWN A; 1A5I A; 1T8O A; 5DP3 A; 3MO6 A; 1HJ8 A; 1Q3X A; 1W0K D; 3OE7 D; 1THR H; 1F2S E; 2J98 B; 3TVJ B; 5JYI A; 4XD7 D; 5T6G A; 4WXV A; 3BSQ A; 2XC4 A; 2BDH A; 2VB0 A; 2ZDV H; 3GDV A; 3AVZ A; 1LDT T; 3SJ8 A; 1BIT A; 2EST E; 1C1P A; 1NM6 A; 4GAW A; 1BRC E; 1C2I A; 2Z6B D; 2DE8 A; 1F5L A; 2AS9 A; 2B9L A; 2LNC A; 5EGM A; 2UUY A; 1Y3U A; 1D3Q B; 1SFQ B; 1LVO A; 1Z1I A; 4IC6 A; 3ZVC A; 4YT6 H; 2VGC C; 3M7U A; 1BDA A; 1ZRK A; 3BV9 B; 4MPV A; 2FYR A; 5FX6 A; 1SGN E; 1GHX H; 1K1L A; 1EKB B; 1C4V 2; 1NPM A; 4SGB E; 3V7T A; 3P6Z B; 5C17 A; 4BTI B; 1QL8 A; 3GYM A; 2QXG A; 5EOK A; 1TPP A; 3BF6 H; 3A86 A; 2A1D B; 2P3T B; 1FPH H; 3GYL B; 3URC A; 1P2O A; 3SHC H; 1BIO A; 2UUK B; 2I6Q A; 1DM4 B; 3DT0 H; 1H4W A; 3SU6 A; 3WWB A; 5G4B A; 3RM0 H; 1FX0 B; 2BZ6 H; 2WHX A; 1HAP H; 2G51 A; 2HVX A; 2FZZ A; 3P8N A; 4MG3 A; 2Y5F A; 4X6P A; 1YGC H; 4K1E A; 2ZGC A; 1O2J A; 2VIP A; 7EST E; 4Y71 A; 1GI3 A; 2Z94 A; 2ZHF H; 2QIQ A; 3F1S B; 1DSU A; 1ARC A; 3UR9 A; 3CNR A; 1HAH H; 2J4I A; 3M5M A; 3SV9 A; 1G3B A; 4NWL A; 3D65 E; 5HGG A; 4ZHL U; 4ABE A; 3GS9 A; 1O3D A; 3LJJ A; 1MTS A; 1PPB H; 2SFA A; 2WUB A; 4JZE H; 3F2G A; 4B74 A; 1GI2 A; 1AGJ A; 3T25 A; 4WMD A; 5F6M A; 4AB8 A; 5HM2 A; 1PPE E; 2KCO A; 2VU8 E; 1T8M A; 2C8X B; 3SGB E; 3Q3K A; 4X8U H; 4B6F A; 1SR5 C; 4UEH H; 3VGC B; 1P02 A; 2TGP Z; 2ZFS A; 2C8Y B; 1E38 B; 2TGT A; 3RC4 A; 2NU3 E; 2J95 A; 1GI5 A; 1KTS B; 4CHA B; 1J8A A; 2AFQ B; 1GI9 B; 1TRN A; 4M7G A; 1O37 A; 4R0I A; 5DP5 A; 1SI5 H; 5JB8 S; 2ZPR A; 1V3X A; 2A4R A; 1HCG A; 3DCL A; 5HIZ A; 1EAT A; 1GL1 A; 1XUH A; 4K60 A; 5GJ4 B; 3URD A; 3LDX H; 3A7T A; 1AVW A; 2BDY A; 1KY9 A; 5JBA S; 1GHV H; 2THF B; 2WYG A; 2WV9 A; 3NCL A; 4JZD H; 1H8E D; 2M2A A; 4JCN A; 4KKD A; 3S69 A; 1T32 A; 2AGE X; 5L2Y H; 3S9C A; 2FI3 E; 3TU7 H; 1UJ1 A; 4HFP B; 1RD3 B; 3ZZ9 A; 4BAO B; 1MCT A; 2FOD A; 4XBC A; 4AGK A; 2V3H H; 1TPS A; 3K65 B; 1JRT A; 5DN6 D; 2F9U A; 1TE0 A; 1FDP A; 4AFU A; 1VCQ A; 2QXJ A; 2XND D; 3N7E A; 3HPT B; 1WQS A; 1S6L A; 1DE7 H; 3PMA B; 3R0F A; 4FUJ A; 3F0P A; 1TPO A; 3TPI Z; 4OGX A; 3GY2 A; 1P3C A; 1ZYO A; 2BXU H; 5TCC A; 1UTM A; 1O3E A; 2EY4 C; 1E34 B; 5AF9 H; 5I25 A; 2O8W A; 4ACA A; 1COW D; 2SGE E; 2WZQ A; 7KME H; 1L2E A; 4O3T A; 1PQ5 A; 2Z7F E; 4DCD A; 1YCP K; 1AKS A; 3E8L A; 1S0Q A; 2W6J D; 4IMZ A; 1LQE A; 3U69 H; 1OYT H; 3MMG A; 4IC5 A; 1GBH A; 1GMD G; 1BOQ A; 3F9G A; 5EQR A; 4U32 A; 1BTZ A; 3KQB A; 1MZD A; 4GSO A; 1RIW C; 2HLC A; 2P95 A; 5FCR A; 2EC9 H; 1TRM A; 1KXF A; 2GP9 B; 5FX5 A; 1ZPB A; 1A3B H; 3OYP A; 3VXE H; 1P11 E; 8EST E; 1LPG B; 4A1V A; 2FOA A; 4ABI A; 1V2S T; 3KNX A; 1YBW A; 2WPK S; 3L3T A; 1YKT A; 1HBT H; 1KXB A; 3P92 A; 2PKS C; 1AQ7 A; 5E2P A; 2HVY B; 5FBE A; 1GHB G; 1ZMJ A; 3OAA D; 1JXP A; 2WPI S; 5L30 H; 1O31 A; 1AI8 H; 1N6X A; 2GT7 A; 2RG3 A; 4FUD A; 1SLU B; 2FS8 A; 4WH6 A; 2R3Y A; 3GCT G; 3N99 A; 4BAQ B; 1TBZ H; 2J2U A; 2VBC A; 4FET A; 3UFA A; 4AX9 H; 2BD2 A; 1NRS H; 5C67 A; 3WY8 A; 1GBC A; 2WV5 A; 5H4I B; 1BMF D; 2QCY A; 1N8O C; 1DWB H; 1T4U H; 3MH7 A; 1AD8 H; 6GCH G; 5EIY A; 1ZOM A; 5A09 A; 2FOE A; 4D9Q A; 2V0B A; 4VGC B; 1KXE A; 5CE1 A; 4Z1M D; 1GMH G; 1UTJ A; 2GGV B; 1O3P B; 3F6U H; 4BOH A; 2NU0 E; 1PYT D; 3QWC H; 4P02 A; 1V2R T; 2XWA A; 3SI4 H; 4YLQ H; 3MNX A; 1MKX K; 1YY3 A; 3BG8 A; 3RP2 A; 1UVS H; 2FMJ A; 4BAH B; 3SJI A; 4AZ2 B; 4OS1 A; 3A82 A; 1TB6 H; 4RN6 A; 3U8R H; 1MKW K; 1YCP M; 2BD8 A; 2OIN A; 2FOB A; 1V2W T; 3K6Y A; 3P8O A; 2EI7 A; 5A8X A; 8KME 2; 2KAI A; 1W0Y H; 3LU9 B; 3SU4 A; 1DWC H; 1TNL A; 2M5T A; 4A1X A; 3NRL A; 1RFN A; 3SNA A; 1AFQ C; 4M9F A; 5DP4 A; 4INL A; 2BDA A; 1LQD B; 2W3I A; 2Y6T A; 1FMG A; 1GJ6 A; 1AHT H; 3A8D A; 4KP0 A; 3SZN A; 4ABD A; 4CR9 A; 4AOR A; 3AAS A; 1TBR H; 1V2O T; 3A7Z A; 2ZGH A; 2B0F A; 1K9O E; 4NA9 H; 3OFN D; 2ZFR H; 2HNT C; 1VR1 H; 1TNH A; 3AK5 A; 1O2G H; 2NU4 E; 2ZWL H; 8GCH F; 2ZFP H; 3TJU A; 5HIY A; 4AFS A; 2BTC E; 1EJA A; 3M35 A; 1B0F A; 2SGP E; 1ELD E; 3HK3 B; 5FPY A; 5BRR E; 4FUG A; 2FEQ H; 1QZ8 A; 2HPQ H; 2A31 A; 3IWM A; 4TWY A; 1M9U A; 1IQF A; 2BY6 X; 2VGC B; 4XBB A; 1J16 A; 1BJU A; 3RXD A; 8LPR A; 2SGF E; 2JH0 D; 4A6L A; 1AY6 H; 3R3G B; 4K1S A; 1O2I A; 2ZU1 A; 3VB3 A; 3PLP A; 3UB0 A; 1NRN H; 1D9I A; 3F2F A; 2RCE A; 3DFJ A; 2AMD A; 1BML A; 4KGA A; 1GJA B; 4GHQ A; 3QTV H; 4MNX A; 4TY6 A; 2R2W U; 5DO4 H; 1W2K H; 2G81 E; 2JDI D; 3F2H A; 3IG6 B; 2ZGB H; 2QY0 B; 4DY7 B; 5HYO A; 2BOK A; 1INC A; 1P10 A; 1KXC A; 1H9H E; 3BN9 A; 4NA8 A; 1NBM E; 5GPI B; 4OS5 A; 4F55 A; 3SUD A; 4AFQ A; 3PV5 A; 3ODD A; 1SHH B; 1G37 A; 4A7I B; 2ZHW H; 4UD9 H; 2ZZU H; 1LVB A; 4WMF A; 1CBW C; 1TX7 A; 2BY9 X; 1O30 A; 3E91 A; 2ZFQ H; 1PPH E; 4CRA A; 4F48 B; 1H8I H; 2WPJ S; 3T27 A; 1JWT A; 1HAX B; 1P2N A; 3CEN A; 4FUH A; 3RXI A; 1FXY A; 2FYQ A; 2ZU2 A; 1P2J A; 1VJA U; 2O8M A; 1FY4 A; 2Q6F A; 5EG4 A; 2GDE H; 4NFE A; 3QTO H; 3ZZD A; 3UY9 A; 1H9L B; 2IJO B; 1P12 E; 2ANW A; 5FPT A; 3RM2 H; 3PB1 E; 2BVX H; 1P01 A; 2O8L A; 4JK5 A; 2ZDM A; 4XSK U; 2H6M A; 3A88 A; 1DFP A; 2V7Q D; 3PV4 A; 1C1V H; 3LC5 A; 1BQY A; 1ESB A; 5K7R A; 1Y3X A; 5CHA C; 5JBC S; 1EST A; 4DT7 B; 3LGT A; 2O8T A; 3SU1 A; 1TA2 A; 2QE7 D; 3ZVG A; 4XBD A; 3BTE E; 1G3C A; 3T29 A; 3LGV A; 2TPI Z; 1YPH C; 2C90 B; 1BB0 B; 3PLB A; 2KZ4 A; 4AFZ A; 4Q7Y A; 1UTK A; 2KR7 A; 1ELV A; 4TWW A; 3SV7 A; 5DG6 A; 1WTH D; 4J1Y A; 4MPX A; 2ZEB A; 2FI5 E; 1S81 A; 3T2N A; 1AIX H; 1ELE E; 4MNY A; 3QN7 A; 3VB6 A; 1KLJ H; 1O35 A; 4B75 A; 4ZMA H; 4BAN B; 3TJV A; 4ASU D; 2BQ7 B; 1UCY K; 1ABI H; 4Y0Y E; 3URE A; 5F8T A; 4QT8 C; 1PJP A; 4X1S U; 1Z8R A; 4BTT B; 1ELC A; 2B5T B; 1WDI A; 1G36 A; 1HIA A; 1PPZ A; 1MQ5 A; 1W11 U; 1RTL A; 3ZVD A; 2GMT C; 1C5Z B; 2PKA A; 3RXC A; 1TGB A; 4A5T S; 1SLX B; 1NU7 B; 2CMY A; 3AW1 A; 1PQ8 A; 2ANK H; 3K6Z A; 5GIB A; 4ZUH A; 3ATW A; 4U01 A; 1EOJ A; 4CRG A; 1HXF H; 3L6P A; 2W6I D; 1WYK A; 1C5P A; 1UK4 A; 2BY7 X; 3ZIA D; 1GCD A; 2OC1 A; 3UTU H; 3OY5 U; 2VH6 A; 1OP8 A; 1V2Q T; 3FOA A; 4SGA E; 1NFX A; 3ATI A; 1O3A A; 2VIO A; 4H6S B; 4DVA U; 3GY8 A; 1RIW B; 3SN8 A; 2FWW A; 1DUE A; 1O5B B; 1RTK A; 1C1R A; 1BMM H; 1P3E A; 4ABF A; 1P2K A; 1CO7 E; 3Q3Y A; 1XKA C; 1SQO A; 1SQT A; 1QL7 A; 2W7S A; 3LOX A; 4Y10 E; 4O03 A; 5CMX H; 4B2B A; 1O3H A; 1AB9 C; 2F9O A; 3JZ1 B; 1WU1 A; 3EE7 A; 4ZH8 A; 2PKS B; 1ELG A; 4MDS A; 3RXT A; 2A32 A; 1OKX A; 1O3O A; 3DSG A; 3JZ2 B; 2OXS A; 1T8L A; 3RXA A; 1GBD A; 2KCY A; 1GJ4 H; 1BA8 B; 1YLN A; 1DOJ A; 1J9C H; 1LHC H; 2OQ5 A; 1C1W H; 4I8K A; 1FUJ A; 5C3N A; 3NXP A; 2ZIQ H; 1KIG H; 2ZPS A; 5E0G A; 3OX7 U; 3KGP A; 5CHB A; 4BAM B; 3UWI A; 1TIO A; 1ZGI A; 1C5X B; 1HLT H; 4BTU B; 1AVX A; 3E1X B; 1DXP A; 1VCW A; 1DLK B; 4YLU A; 1MTU A; 1N8O B; 4ZKN U; 1ZSK A; 1QR3 E; 2BDC A; 2ZCK P; 1GMD F; 1GJ7 B; 4YOG A; 5E0H A; 3RLW H; 1F0T A; 1KMH B; 4AGJ A; 1A5H A; 1NRR H; 2KM0 A; 3KL6 A; 1HUT H; 1C5L H; 3I77 A; 3PTN A; 1V2V T; 1YPG H; 1E36 B; 2PUQ H; 5A2M H; 4OGY A; 1O5D H; 2YNA A; 3S7K B; 1TOM H; 5I46 H; 2BLW A; 4ISO A; 5EST E; 1IQN A; 1NRQ H; 3PYH A; 1ZTJ A; 1O2W A; 4D8N A; 4E7N A; 1BMN H; 1OYQ A; 1GHB F; 5TJX A; 1P2M A; 1YCP H; 3OTJ E; 3Q76 A; 3HGN A; 3ATM A; 1XKB C; 3M36 A; 1W0J D; 5E0J A; 3ZVB A; 1AFQ B; 5DJ7 A; 3STJ A; 1NRO H; 2G4T A; 3GCT F; 3KYF A; 1YPK H; 2BHG A; 3RC5 A; 2XCN A; 4WXI A; 4DT4 A; 1WV7 H; 1AUJ A; 1UTL M; 2GD4 B; 4Y11 E; 2XBY A; 1F0R A; 3M5N A; 3F9F A; 3MU8 A; 3NZI A; 2V6N A; 1Y3W A; 3ZZB A; 2ALV A; 1GPZ A; 6GCH F; 2P3U B; 4JYV H; 1Y8T A; 1BBR K; 1ETR H; 1MUE B; 3M5L A; 4Y79 A; 1XUK A; 3KF2 A; 4O3U A; 1ZRB A; 4HI3 A; 2W5E A; 1ZZZ A; 3LH3 A; 1GMH F; 1LVM A; 3AAV A; 1TLD A; 1P04 A; 2B7D H; 1ANC A; 1DY8 A; 3A81 A; 1O2X A; 4UFE H; 1F5R A; 1PYT C; 1ZTK A; 3KN2 A; 1LPZ B; 3MI4 A; 3SHA H; 1CU1 A; 3GY7 A; 1P2I A; 4LXB H; 1G32 B; 1WAY B; 1QRX A; 2EQN A; 4OS2 A; 3ZZ3 A; 4DII H; 5F03 A; 3F9E A; 2G4U A; 2WYJ A; 1P06 A; 2XC0 A; 2PHB A; 3U1J B; 4NIX A; 2XYA A; 2EI6 A; 1FY1 A; 2BX4 A; 5JBB S; 3DD2 H; 3A7W A; 3FZZ A; 3Q00 A; 1GBA A; 2KAI B; 3KEE A; 3MTY A; 3UOP A; 1L1J A; 1K1O A; 1MD8 A; 5A0C A; 2ZI2 H; 4A92 A; 3UIR A; 4B2A A; 1A2C H; 2GCT C; 1XUG A; 1IQL A; 2J97 A; 1SLW B; 1GVL A; 4ZHA A; 4GLY A; 1G9I E; 3PO1 C; 4ZXX H; 4AG1 A; 3SNC A; 4BXS A; 2GKV E; 3SV6 A; 1LPK B; 4I86 A; 1MAX A; 4ABB A; 3VB7 A; 1GBE A; 1TQ7 B; 1UCY E; 1EPT A; 3PM3 A; 5EQQ A; 3ATK A; 3I78 A; 1OXG A; 1LCY A; 1XUF A; 2QXH A; 1MKW H; 3H7O A; 2XWB I; 1O2Q A; 2BD3 A; 5DPA A; 1CBW B; 1EFR D; 3QX5 H; 1JMO H; 3M3T A; 2GZ7 A; 1AFE H; 4OS7 A; 3DSO A; 1CQQ A; 3F9H A; 4DW2 U; 3AW0 A; 4AYV B; 4Y7B A; 2VIW A; 3QO6 A; 4Q7X A; 2AHM E; 1YWU A; 1XMN B; 1W13 U; 3EDX B; 1ZSL A; 3RU4 E; 4NCY A; 2SNW A; 3QGJ A; 1SG8 B; 1ZHM A; 2FES H; 1OWD A; 2JKH A; 3LGW A; 1PFX C; 1QL9 A; 1GHY H; 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