The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
|
sequence length |
82
|
structure length |
82
|
Chain Sequence |
NTQTVLPFTGLNTPSGVAVDSAGTVYVTDRGNNRVVKLAAGSNTQTVLPFTGLNTPSGVAVDSAGTVYVTDRGNNRVVKLAA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Computational design of a self-assembling symmetrical beta-propeller protein.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
De novo protein
|
molecule keywords |
pizza2sr-pb protein
|
total genus |
10
|
structure length |
82
|
sequence length |
82
|
chains with identical sequence |
B, C
|
ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2014-06-17 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5F53 A; 3WWF A; 4ZCN A; 3WWB A; 5CHB A; 3WW7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1TQ7 B; 2V3O H; 1V2W T; 4KGA A; 1AKS A; 1KTT B; 2QN5 T; 4I33 A; 2OQ5 A; 1NT1 A; 3K6Z A; 5C94 A; 2Y7Z A; 1EP6 A; 1YC0 A; 1K1I A; 2EY4 C; 3URC A; 4YT6 H; 1GJ7 B; 1RRK A; 3TNS A; 2A32 A; 1QFK H; 4X8U H; 2P94 A; 2ZIQ H; 5HIY A; 4YM9 A; 1G36 A; 3PMB B; 1AUJ A; 1DPO A; 4MTB A; 3V0X A; 1GI3 A; 1EB2 A; 4A5T S; 3JZ1 B; 1E0F D; 2FS9 A; 1EAT A; 3GY6 A; 1BOQ A; 1GBA A; 3GYM A; 2XCF A; 4FU7 A; 1BBR H; 1TRM A; 1O33 A; 1C2J A; 5EG4 A; 1NZQ H; 1SR5 C; 5L2Z H; 2AGE X; 1TMT H; 1CHG A; 1GI2 A; 2HGT H; 1GBF A; 3QUM P; 2FEQ H; 5C1Y A; 2FI3 E; 3UY9 A; 1P10 A; 1BBR E; 1LHD H; 1O3G A; 1BMF D; 1D3T B; 1GCT B; 2ZGH A; 4U32 A; 3FO8 D; 3BSQ A; 5JDU B; 4Z1M D; 2ZZU H; 1KXD A; 1UTM A; 3ZVG A; 3BTE E; 3M7Q A; 3A82 A; 3M3S A; 2B7D H; 2QF3 A; 3RXK A; 2F9N A; 1WUN H; 1OS8 A; 1Q31 A; 1OSS A; 1TOM H; 1U6Q A; 1PPF E; 1GHY H; 2YMS B; 3E1X B; 3LC5 A; 4BTU B; 1OX1 A; 1TON A; 2XOK D; 3ATI A; 1INC A; 2O8W A; 1LO6 A; 3O8R A; 3ELA H; 1XX9 A; 1C9P A; 1CGH A; 6CHA B; 4I31 A; 4ABE A; 2GV6 A; 3OFN D; 4Y10 E; 1C5L H; 5EOD A; 3TVJ B; 5PTP A; 2IPQ X; 3AAV A; 1JMO H; 2ODQ A; 4AC9 A; 3A84 A; 1EAS A; 1VIT H; 1DWD H; 4WY3 A; 8EST E; 1THS H; 1YF4 A; 6EST A; 1H4W A; 5FHT A; 2FLB H; 2GGV B; 1F0R A; 1V2T T; 1CVW H; 2ZTY A; 2TGP Z; 1MU6 B; 4SGB E; 2Y5G A; 3MMG A; 4E7N A; 5L2Y H; 1SGY E; 3UR6 A; 1GJA B; 4A6L A; 3RXL A; 1XUH A; 2FYQ A; 1AI8 H; 2VWL A; 3VGC B; 4DGJ A; 1C5X B; 1KIG H; 5J4S A; 1HAV A; 1NBM D; 4RI0 A; 3ZVD A; 1DLE A; 3FP8 E; 4AG1 A; 2BDB A; 5CMX H; 1YPK H; 3GIC B; 3EQ0 H; 1BT7 A; 1BQY A; 1QB9 A; 2ZP0 H; 1C5W B; 3GCT F; 3SJO A; 1LHE H; 3LGT A; 5EJL A; 1ELF A; 1ETS H; 2XC0 A; 4K2Y A; 1GMH F; 4Q4L A; 1O5C B; 5F03 A; 3STJ A; 3ZZ3 A; 4B2B A; 1O3B A; 2L74 A; 2SGE E; 2V6N A; 4X6M A; 3SU0 A; 3KYG A; 4BXS A; 1ZHM A; 3TPI Z; 2BLW A; 1XM1 A; 1CA0 B; 1LVM A; 2FI4 E; 2ZKS A; 2FMJ A; 1K1P A; 1V2J T; 4LK4 A; 1GI7 B; 3OYP A; 4KKD A; 3SNB A; 1AO5 A; 3NUM A; 4Y0Z E; 2B5T B; 1ZPZ A; 1SGP E; 4CRD A; 1ESB A; 3SO3 A; 1Y5A T; 1N6Y A; 2CGA A; 4ACA A; 1XUG A; 2W7U A; 2JET B; 3ZZC A; 1O2P A; 3V13 A; 2ZTX A; 4JYU H; 1DWC H; 1FY3 A; 1IHT H; 3BN9 A; 1ELB A; 1LMW B; 3S7H B; 5FCK A; 2BQ6 B; 3N7O A; 4IN1 A; 4ISO A; 3FP7 E; 1AVX A; 2M5T A; 3DFJ A; 2ZNK H; 3P92 A; 3LJJ A; 1HIA A; 3QTV H; 1P02 A; 5LPR A; 3ATW A; 1BMM H; 3EE7 A; 1IQH A; 3MH5 A; 1T8M A; 2G5V A; 2THF B; 3RU4 T; 2ZFP H; 4H42 U; 5EPN A; 1A1R A; 1QBV H; 3MO6 A; 4YOI A; 1Y3U A; 2ANW A; 1O38 A; 2UUF B; 4CRE A; 1KLI H; 2QV1 A; 2HRV A; 1TBQ H; 3HKI B; 4B2C A; 2J2U A; 4GHT A; 3NXP A; 4J2Y B; 1UK4 A; 3KQE A; 2BD8 A; 2VID A; 3A7X A; 2AYW A; 5C3N A; 1O3M A; 1W0J D; 2DE9 A; 1C2H A; 1FY5 A; 3OAA D; 1DWB H; 4WWY A; 3HPT B; 1QL9 A; 4Q7Y A; 1O5E H; 1W0K D; 1SG8 B; 3ZVE A; 1C2K A; 2ZHW H; 1W14 U; 3OX7 U; 3A80 A; 2ZQ1 A; 3V12 A; 4JMY A; 1C5O H; 3HK6 B; 2G8T A; 1Z7K A; 5EQQ A; 1HAZ B; 2UUK B; 4CR5 A; 1B5G H; 3GCT G; 1BTU A; 1C1O A; 1K1J A; 2BQW B; 4LZ4 B; 2CF8 H; 1YLC A; 4UFD H; 3SV8 A; 1GMH G; 1NFU A; 1QNJ A; 4OS4 A; 3ZZD A; 1EXF A; 2KFW A; 3SOS A; 5I25 A; 4MDS A; 1K1L A; 1L1G A; 2SGQ E; 5HMA A; 3BTT E; 4WVP E; 1P11 E; 2BDC A; 2D2D A; 3QGN B; 1IQE A; 1WU1 A; 2OCV B; 4F49 A; 4X1R U; 3SGA E; 1YLD A; 3UQV A; 1F0S A; 1L2E A; 2OQU A; 5JBA S; 1ZPC A; 1T8O A; 2QCY A; 4Q7Z A; 3ZZ5 A; 2G81 E; 3T62 A; 1BJU A; 2GZ7 A; 4TPI Z; 3PRO A; 5B6L A; 1LQE A; 1O5B B; 1VZQ H; 5A8X A; 1GBD A; 3RXM A; 5FX5 A; 3UOU A; 4GPG A; 5CHA C; 2NWN A; 1O30 A; 3T29 A; 1DM4 B; 3RXG A; 3TH3 H; 1C5M D; 1F7Z A; 1LHG H; 1V2M T; 4Y79 A; 1P04 A; 4ZKR U; 1EP5 A; 1V2V T; 1RTL A; 2Z9G A; 4MPV A; 2FO9 A; 2VJ1 A; 2PKS B; 3TU7 H; 1ZR0 A; 2BXT H; 1EPT B; 3OEH D; 2B0F A; 1KMH B; 2TGD A; 3VB7 A; 1C1M A; 1BBR K; 1GL0 E; 1DUE A; 3RXF A; 3GY8 A; 3MNS A; 1QRW A; 3U1I B; 1HRT H; 3T28 A; 1GVK B; 1V2S T; 1OP2 A; 2EST E; 1K9O E; 1MTW A; 1QBN A; 3S69 A; 2Z94 A; 2RDE A; 3RXU A; 1GHX H; 4AOR A; 4DY7 B; 1YPL H; 2EEK A; 1GI4 A; 2WPI S; 2D8W A; 1ARB A; 4MG3 A; 4BXW A; 1HPG A; 4M9F A; 2ZGC A; 3BG4 B; 4ZUH A; 1WYK A; 1XUK A; 2A5A A; 3BTK E; 5EW2 H; 2OD3 B; 2BLV A; 1NES E; 1HDT H; 5DPA A; 4FXG H; 3R0F A; 5DSF A; 2P3F H; 2QXJ A; 2ZDA H; 2BY5 X; 1TAB E; 3WY8 A; 1YPM H; 2SGA A; 1ETR H; 3DFL A; 4FUE A; 4JYV H; 1C2F A; 2BB4 A; 3V7T A; 5A2M H; 2D26 C; 3W1E A; 1C2D A; 4X8T H; 3URD A; 1FPH H; 4BAQ B; 1C5S A; 2OC1 A; 2FOG A; 2F43 B; 1SGN E; 3DT0 H; 1E34 B; 4IMZ A; 2WIN I; 4KP0 A; 1Q2W A; 4ABJ A; 7EST E; 1ETT H; 1E37 B; 1L0Z A; 4KEL A; 4LXB H; 1GBJ A; 2F9B H; 2P59 A; 3IWM A; 1MZA A; 1SB1 H; 5K0H A; 3CS0 A; 4MLF B; 1S81 A; 1ZMN A; 2BD5 A; 1O3J A; 1SPJ A; 4U2W A; 1FXY A; 4ABD A; 4ZHL U; 1C9T A; 4X8V H; 3VB3 A; 4TY6 A; 2C93 B; 5DP6 A; 3DCL A; 4O97 A; 4Q7X A; 3QZQ A; 2QXH A; 2J38 A; 3RXC A; 3LH3 A; 4GAW A; 1GI5 A; 1P57 B; 3SU3 A; 1UVO A; 2BD2 A; 1DUA A; 3A7Z A; 5C1U A; 2ZHE H; 5C0U A; 1AGJ A; 2WYJ A; 3VFE A; 1QZ8 A; 3PLB A; 1N8O B; 2VIO A; 3LJO A; 1AU8 A; 1O2W A; 2OC0 A; 4OS7 A; 1ZML A; 2QF0 A; 2KZ4 A; 3SU5 A; 1XUF A; 2BY9 X; 5DP3 A; 1Z71 A; 3UPE A; 4ISI H; 7GCH G; 3S9B A; 2KCP A; 4I86 A; 4WMF A; 1MD7 A; 4MNW A; 2XNI A; 1SGE E; 4B76 A; 3TGJ E; 3TJO A; 3FZD A; 1G32 B; 2AMP A; 2AGI X; 1H8E D; 1O2X A; 2Y7X A; 1WXR A; 4Y7B A; 1A46 H; 1B7X B; 4AGK A; 4FUB A; 5JPM H; 1O2V A; 3Q76 A; 3KQC A; 1QB6 A; 4IBL H; 1O3P B; 1KYN A; 1GHB F; 1O2G H; 1XKA C; 1IQN A; 4E05 H; 1NBM E; 1P9U A; 2ZFT A; 1YP9 A; 4FU8 A; 9LPR A; 4WXV A; 1RFN A; 2Q1J A; 3ZVC A; 4PRO A; 3S9A A; 1K0H A; 2Z9L A; 3SUD A; 4AN7 A; 2XBX A; 2BHG A; 3RMO H; 1UTP A; 2BDA A; 3M61 U; 1KDQ B; 1L1N A; 1HAP H; 4KTC A; 4CBN A; 1O34 A; 3CS7 A; 2TGT A; 2O8M A; 4NIW A; 4NSY A; 3ZIA D; 4WJG 2; 3M3V A; 1GCT C; 1DLK B; 2K1Q A; 5AFZ H; 3HK3 B; 2BMG B; 4YZU A; 2BXU H; 4ABF A; 2A4Q A; 1CO7 E; 1SQR A; 2WPD D; 1S82 A; 1FY1 A; 1TNK A; 2A0Q B; 1SL3 A; 1A3E H; 1CT0 E; 3K2U A; 1O2Q A; 2YMS C; 3M7T A; 1HAY B; 3UAI C; 4ASU D; 4O3U A; 1BIT A; 5A0B A; 1O3N A; 2Z3C A; 1ELT A; 1PFX C; 1SI5 H; 1F5L A; 1OHH D; 3B23 B; 6CHA C; 2W3I A; 3RC4 A; 1P9S A; 1TRN A; 2PSY A; 4RSP A; 1XVO A; 3KQB A; 5JBC S; 3PM3 A; 1SLU B; 3AW0 A; 1GI6 A; 3QWC H; 2BY8 X; 1O2R A; 1FJS A; 4NA7 A; 1ELD E; 3I77 A; 3S0N A; 3ZZ4 A; 3SHA H; 1GGD B; 4TT3 D; 4CHA B; 3RP2 A; 1TMU H; 2IJD 1; 1KSN A; 3QLP H; 3GDU A; 2JH6 D; 3UB0 A; 1QA7 A; 1A2C H; 1ANC A; 1S0Q A; 3DSP A; 4HFP B; 3GY3 A; 2AMD A; 1QBO A; 2VIV A; 2I6S A; 4X1S U; 2IJO B; 3TIT A; 2HNT E; 3Q00 A; 2KAI A; 2YNA A; 1P2N A; 3M3T A; 4ZHM U; 5J4Q A; 4AFQ A; 1C5Y B; 1DDJ A; 5AF9 H; 1O2S A; 4I8G A; 1GHB G; 3A7T A; 2BX3 A; 1BCU H; 3U8R H; 5LPE A; 2FOM B; 1QHR B; 1QIX B; 2XTT B; 3SI4 H; 3FZZ A; 1YCP H; 1A0L A; 1TMB H; 2CXV A; 4Y8Y A; 2QXG A; 3D23 A; 1YY3 A; 1GVZ A; 3GOV B; 4KTS A; 1O36 A; 7LPR A; 1K1N A; 1Z1J A; 3E0P B; 2Y6T A; 9EST A; 5JB9 S; 5TCA A; 1C5U A; 1SGI B; 4ZKO U; 1ZTL A; 3FKS D; 1FX0 B; 1O2O A; 3DSO A; 3M7U A; 5F53 A; 2NU4 E; 3LT3 A; 3JZ2 B; 1YWU A; 1K2I 1; 2FTL E; 1SGD E; 2WV9 A; 3FP6 E; 5F6M A; 1O31 A; 1XMN B; 2CHA C; 1J17 T; 2QA9 E; 3M5L A; 1UTJ A; 2KAI B; 1DSU A; 5KED A; 1EUF A; 2CV3 A; 1TWX B; 1NTP A; 4NFE A; 3T27 A; 2G55 A; 2JET C; 1WBG B; 1GJ4 H; 1NRS H; 1UTK A; 2WPK S; 1OWJ A; 2ZCL P; 4AFU A; 5FPS A; 1GDU A; 4UFG H; 2AIQ A; 1ZSJ A; 5DO4 H; 2G4T A; 3PMJ A; 4NG9 H; 4INL A; 5JB8 S; 1AND A; 3F2F A; 1EJA A; 4I8J A; 4MVN A; 3BTM E; 2XCN A; 1O0D H; 2ZTZ A; 1KXC A; 3E8L A; 2SNW A; 2W5E A; 4YLU A; 1HAG E; 1S5S A; 2BD3 A; 2KM0 A; 3SNC A; 2VBC A; 4X2X A; 1MKW H; 4CH2 B; 5EST E; 4P02 A; 5DJ7 A; 3F68 H; 4DUR A; 3RXO A; 3BTF E; 1Y5B T; 2V3M A; 4FUI A; 3CNR A; 1UVT H; 1GJ6 A; 1ZRB A; 5G4B A; 1HYL A; 2O8L A; 4IC6 A; 4X6P A; 4FUH A; 4K8Y A; 1H9L B; 2ZDK A; 2FIR H; 1O3I A; 5E0G A; 1HJA B; 1O3L A; 1C1R A; 4O9V A; 5EW1 H; 2CF9 H; 1GI9 B; 3TJN A; 4DW2 U; 5AHG H; 3EGK H; 1QQU A; 3I29 A; 3SJI A; 1F5R A; 1RGQ A; 1B0F A; 4I8K A; 1G2L A; 1TYN A; 1GPZ A; 2ANK H; 3SOR A; 1WQV H; 3F0P A; 4LOY H; 3IG6 B; 4YLQ H; 1WDI A; 1UK3 A; 2ZO3 H; 1KXE A; 1DFP A; 3PB1 E; 1BZX E; 2GX4 A; 3T25 A; 2BZ6 H; 5GIB A; 6LPR A; 3F0O A; 1S6F A; 3DA9 B; 4GVU A; 4INH A; 3LGW A; 4XBD A; 1CA8 B; 1ZRK A; 1SOZ A; 1BML A; 1GI1 A; 1KLJ H; 1LVO A; 1GMC F; 1VCQ A; 5EQS A; 5HGG A; 3SQE E; 4A1X A; 1P2Q A; 1GHW H; 2ALV A; 2C90 B; 4Q80 A; 1NRN H; 2FLR H; 4RN6 A; 4X6N A; 3PTN A; 1VGC B; 1Y3X A; 3TK5 A; 3MU4 A; 4U01 A; 1CT4 E; 4DII H; 2A4O A; 1O3A A; 1TAW A; 1GI0 A; 3F6U H; 4D76 A; 4UEH H; 1BTY A; 1F0U A; 1GJ5 H; 5GCH F; 3H5C B; 2O8U A; 2H9T H; 5T1V A; 4X0W U; 3KNX A; 1C2L A; 3EAJ A; 1V2U T; 1P06 A; 5EIY A; 1AQ7 A; 3MH6 A; 3MFJ A; 2Y5H A; 4AB8 A; 3ITI A; 2SGD E; 3BEU A; 5EXL A; 2AGG X; 1K28 D; 3F3B A; 4X6O A; 3E6P H; 1EB1 H; 3RML H; 1V6D A; 4I32 A; 4IW4 E; 1ELV A; 2ZU2 A; 1TIO A; 1JRS A; 4X8S H; 2JH5 D; 3ZVB A; 1DIC A; 3I78 A; 3FN8 A; 3SUF A; 3ZZ6 A; 2EQN A; 1G3E A; 1O2Z A; 5EPY A; 1YBW A; 3KL6 A; 4DIH H; 1BJV A; 4DT4 A; 1FLE E; 4WH8 A; 3QGJ A; 1Y3V A; 3GCH C; 3FVF B; 3NCL A; 2FI5 E; 3RXB A; 1AFQ B; 1C5R A; 2Z3E A; 4I7Y H; 1NO9 H; 3CEN A; 3TJV A; 3A89 A; 3UIR A; 1WV7 H; 1J14 A; 1SGF A; 1C1U H; 1QQ4 A; 3UQO A; 4B6F A; 4INK A; 2JH0 D; 2TBS A; 4B1T A; 1CHO F; 3AVZ A; 4Y71 A; 1GG6 B; 1NU9 A; 1EZU C; 4AGJ A; 1LQD B; 1MAB B; 4UE7 H; 3C27 B; 1W0Y H; 4DOQ A; 5FCR A; 1BDA A; 2AIP A; 3SND A; 2OC7 A; 4AOQ A; 1LKA A; 5F8T A; 3RXE A; 2YNB A; 1J15 A; 2OUA A; 4B73 A; 5DP9 A; 2QAA A; 2ZHQ H; 8LPR A; 4NWL A; 3AK5 A; 2RCE A; 1YPG H; 1Y59 T; 4THN H; 4FU9 A; 1EQ9 A; 1CGJ E; 2FX6 A; 4FVB A; 3ZVA A; 1GMC G; 2SFA A; 1RTK A; 2BVR H; 3Q77 A; 4TSF D; 3P95 A; 1C2E A; 1C1N A; 2Y80 A; 1PQ5 A; 1W13 U; 3TIU A; 2ZDV H; 2BY6 X; 3UR9 A; 2PGQ B; 4WXI A; 1UVP A; 4ABH A; 1SLW B; 1L4Z A; 5E0H A; 4X1Q U; 1B0E A; 2ZQ2 A; 2P8O C; 4K8B A; 2P93 A; 1MKX K; 2Z9K A; 4OS5 A; 4XFQ A; 4Y7A A; 2M2A A; 2WPL S; 2XBV A; 4NCY A; 4JZE H; 1V2O T; 5GCH G; 2HPQ H; 4XBC A; 2K0Q A; 1EAI A; 1NM6 A; 2VVC A; 5C1X A; 2J9N A; 1XXD A; 3H7O A; 4JZI A; 1W11 U; 2KCA A; 2C8W B; 2FOH A; 1BHX B; 4FUD A; 3SJK A; 4AFS A; 5F8Z A; 2EC9 H; 2PKA B; 3A7Y A; 3U8O H; 1WTG H; 1SFQ B; 2F91 A; 2C8Y B; 2PR3 A; 3MOC A; 6GCH F; 1NFX A; 1W7G H; 4AG2 A; 1N8O C; 2AS9 A; 3H09 A; 3LOX A; 1ZSK A; 2OBO A; 3PO1 B; 3PV2 A; 2WV4 A; 4HG6 A; 1VJA U; 4X2W A; 1M9U A; 5FPT A; 4ABA A; 2C4F H; 1Y3Y A; 1FPC H; 1XVM A; 1YCP K; 4YXW D; 3TH4 H; 1GBM A; 2FOD A; 2FDA A; 3RM2 H; 3SGB E; 4B2A A; 4A1V A; 4SGA E; 1QUR H; 1EFR D; 2VGC B; 1BMN H; 2V35 A; 5ETX A; 3RDZ A; 1AUT C; 1W2K H; 3P6Z B; 4TYD A; 1LVB A; 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