The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
|
sequence length |
86
|
structure length |
86
|
Chain Sequence |
SHMFTGLNTPSGVAVDSAGTVYVTDHGNNRVVKLAAGSNTQTVLPFTGLNTPSGVAVDSAGTVYVTDHGNNRVVKLAAGSNTQTVL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
De novo protein
|
| publication title |
Crystal structure of nvPizza2-S16S58
rcsb |
| molecule keywords |
nvPizza2-S16S58
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| total genus |
12
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| structure length |
86
|
| sequence length |
86
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-04-16 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3WW7 A; 3WWB A; 4ZCN A; 3WWF A; 5CHB A; 5F53 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1D4P B; 3P95 A; 3UNR A; 3IIT A; 1QUR H; 2P3F H; 2XTT B; 1DSU A; 1GI9 B; 1EPT A; 2BDH A; 4K8B A; 3PLB A; 3P8F A; 3Q3X A; 3GY6 A; 1MTW A; 3MFJ A; 3KHV A; 1KIG H; 1BRC E; 5ESB A; 3V3M A; 4B73 A; 3PRD A; 1FY3 A; 2WUB A; 1ZJD A; 2GCT B; 2OC8 A; 1ETR H; 3F68 H; 1S84 A; 2QV1 A; 1UK2 A; 1Y59 T; 3TPI Z; 4MLF B; 2CHA C; 4FUF A; 4ABH A; 1T8N A; 3UNQ A; 5DN6 D; 1TOM H; 2CV3 A; 3Q76 A; 1E79 D; 2A2Q H; 1C5U A; 1Y5A T; 5EJZ A; 4I8H A; 4OS1 A; 1LO6 A; 1W0Z U; 3MU8 A; 4F48 B; 4ACB A; 1QRX A; 3ZZ6 A; 2SGA A; 2CN0 H; 1LDT T; 1YYY 1; 4DII H; 4NSV A; 1C5Z B; 2A32 A; 3GDU A; 4VGC B; 5CDF E; 1ZTK A; 1MBM A; 4MPU A; 1VGC B; 4X2Y A; 3QLP H; 4UFD H; 4YZU A; 1K1O A; 3ZV8 A; 5C94 A; 4UFF H; 3SQH E; 2FOD A; 3M3S A; 1W7G H; 1O3E A; 1WCZ A; 1QR3 E; 3DCL A; 1OP2 A; 4U30 A; 2QXG A; 1G2L A; 2RFK C; 1LKB A; 1GJ6 A; 5B6O A; 4Y10 E; 2GTB A; 5KED A; 3WWF A; 1FPC H; 3A7T A; 4XBB A; 4DVA U; 3LGY A; 2VB0 A; 3M5O A; 8KME 2; 1OX1 A; 2BDA A; 1PYT D; 2ODQ A; 4A1X A; 2V7Q D; 3UQV A; 3K6Y A; 1OWD A; 2VJ1 A; 4JYU H; 1C9P A; 1GDU A; 1BTY A; 1ANB A; 1O3M A; 1RIW B; 1ZHM A; 1N8O B; 3EGK H; 2FP7 B; 1IOE A; 1BIO A; 1DUE A; 1DWB H; 1DWE H; 2HPP H; 1BIT A; 2GP9 B; 2SGF E; 5DP4 A; 1C5L H; 1TBZ H; 3T28 A; 3U1I B; 1SMF E; 3OSY A; 3UQO A; 1Z8G A; 1ELD E; 4A1V A; 5GCH F; 5EG4 A; 4NIW A; 2UUY A; 1VCQ A; 1PQA A; 1ZYO A; 1O2R A; 2ZG0 H; 2QXJ A; 4UEH H; 1TGS Z; 3PTB A; 3I77 A; 5ETX A; 4ZHA A; 2FOM B; 4U32 A; 3BIV H; 4DW2 U; 5A0A E; 1OS8 A; 1O3G A; 2D1J A; 4J2Y B; 1JRT A; 4ABA A; 1VJ9 U; 1GHY H; 1V6D A; 1J15 A; 2WYJ A; 1COW D; 1GL1 A; 2K8I A; 1A2C H; 4DT4 A; 1HYL A; 1HAO H; 1UK3 A; 3A7X A; 3O8R A; 5F6M A; 4ZKR U; 1GBD A; 2H5D A; 3LH1 A; 4JMY A; 2ZDL A; 2H9H A; 1IAU A; 2YMS D; 3RU4 T; 2C4F H; 1TBR H; 1TPA E; 4WWY A; 1L1J A; 1C1M A; 2VVV A; 1GHA F; 1K1N A; 2I6Q A; 1O2V A; 4LOY H; 5J4S A; 1PPE E; 2GCT C; 3EST A; 1DE7 H; 3HPT B; 2A4O A; 1BT7 A; 3TK9 A; 1WSS H; 5C5O A; 2Z7F E; 2OC7 A; 3M35 A; 1SB1 H; 3RLW H; 3F9F A; 3S9B A; 2SNW A; 1PPZ A; 1DAN H; 2ODY B; 2AYW A; 1GVZ A; 3K65 B; 2FX4 A; 4THN H; 1H8I H; 1O2W A; 3L33 A; 1VIT H; 3D49 H; 2ZCK P; 2WV9 A; 2BY5 X; 1TPO A; 4OS6 A; 1QTF A; 1QFK H; 3RXJ A; 4VGC C; 1OPH B; 2NU3 E; 4BAK B; 1TRN A; 1VGC C; 2Q1J A; 4INL A; 2KCP A; 2HGT H; 1KLT A; 2KCY A; 4X6M A; 4ISI H; 1BZX E; 2R2W U; 2XND D; 1ESA A; 3BEU A; 1UTP A; 4MNX A; 1S0R A; 1TX6 A; 3SU3 A; 1UTK A; 2TGT A; 4FUI A; 2ZGC A; 1SHH B; 1ZRK A; 1A7S A; 2G4T A; 2ZDK A; 2D8W A; 2R3U A; 5F8T A; 1TIO A; 2SGD E; 1AE5 A; 1GI0 A; 3RXH A; 1YPM H; 5HM2 A; 1O2G H; 2AH4 X; 1RIW C; 1OP8 A; 1N8O C; 1AND A; 1VR1 H; 1JXP A; 2HNT C; 3O8B A; 2CGA A; 1W0K D; 1MUE B; 1P2M A; 2QY0 B; 3SJK A; 2SFA A; 4X0W U; 5F8X A; 1P09 A; 3QWC H; 2FTL E; 1C1V H; 1Y3U A; 1GBF A; 3I29 A; 3GYM A; 1EFR D; 1PPB H; 3MH4 A; 1C2J A; 2FES H; 3EE7 A; 5EST E; 5A8Y A; 2YMS B; 3RXC A; 3SI3 H; 3FP7 E; 1QA0 A; 2J2U A; 5EXL A; 3BG8 A; 1TWX B; 3H5C B; 3Q00 A; 3WW7 A; 3M3V A; 2SGE E; 2KR7 A; 4O3T A; 1ARB A; 2OLG A; 3BTK E; 2BVR H; 5EGM A; 1VCW A; 2BX3 A; 3E91 A; 2PW8 H; 3OU0 A; 4MVN A; 2QGR A; 6GCH G; 4FVB A; 2OUA A; 1RTL A; 4Y7B A; 1YP9 A; 1VCP A; 4A6L A; 2F83 A; 2BQW B; 3AW1 A; 2O8L A; 1THR H; 1C5X B; 4TY6 A; 1MTS A; 1BJV A; 2FI5 E; 5TJX A; 2ZHW H; 4H6T A; 3UUZ A; 3GCN A; 2ZDN A; 1DXW A; 2ZNK H; 3GCT F; 1BRU P; 4E05 H; 1YPH C; 4X2V A; 2F9O A; 1P06 A; 2AFQ B; 3LT3 A; 1A3E H; 3VPK A; 1CQQ A; 4B6E A; 5C67 A; 2BZ6 H; 2FTM A; 5K7R A; 2XBY A; 3BTT E; 2BD8 A; 3BTE E; 1HJ9 A; 2NU4 E; 5JB8 S; 2HNT E; 1ZRB A; 4TPY A; 3PWC A; 1PYT C; 5GCH G; 1XUK A; 1K0H A; 2F9N A; 3PTN A; 1O5C B; 1KSN A; 1ZLR A; 1NES E; 3ZVB A; 1BMN H; 2VNT A; 5FL7 D; 2ZGX H; 1EUF A; 4YES B; 1P9U A; 1FQ3 A; 1GBL A; 2FPZ A; 3UPE A; 1BBR E; 2WPH S; 3SUD A; 5EJ1 A; 5LPR A; 3PLK A; 4DJZ B; 1C4Y 2; 2Z3D A; 1AE8 H; 4ZKO U; 2JH0 D; 4O97 A; 1Z8J B; 2A45 B; 1JMO H; 2HWL B; 1ETS H; 2PP6 A; 2BY7 X; 3A8D A; 3F2H A; 5C2Z A; 2VIN A; 1MU6 B; 5C1Y A; 4NGA H; 4IN1 A; 1IQF A; 5EJL A; 1C1T A; 4X6P A; 3RC4 A; 1SOT A; 1LPZ B; 1A1R A; 1AFQ B; 1W3C A; 2ZU4 A; 2WV4 A; 4BNR A; 3SJO A; 1EJM A; 2VWL A; 4NZQ A; 2H9T H; 1YPG H; 1GHA G; 2BQ6 B; 1SC8 U; 1MKX K; 2A4R A; 3GDV A; 5DP7 A; 1AKS B; 2Z9J A; 4K2Y A; 3L3T A; 2Z3C A; 2JH5 D; 2ZFF H; 4ABJ A; 2J92 A; 1YPH E; 2GD4 B; 3GYL B; 2YMS C; 4AYV B; 1IHS H; 3SU0 A; 3DT0 H; 2GV6 A; 2FI4 E; 3ATI A; 4H42 U; 1PFX C; 1FZZ A; 4ZKS U; 1QHR B; 5DP6 A; 1YC0 A; 2BD4 A; 3OYP A; 3QX5 H; 4KTU A; 4MPW A; 1X7A C; 2F43 B; 1SFQ B; 2BLV A; 4FUC A; 1FY1 A; 3TU7 H; 2XRC A; 4WH8 A; 3M37 A; 2ZO3 H; 1ID5 H; 2FZZ A; 1C1P A; 2P3U B; 1TON A; 2OK5 A; 1HCG A; 2EST E; 3A80 A; 5FCK A; 1G2M A; 1CGH A; 4RT0 A; 1E1R D; 4ZMA H; 9EST A; 5DJ7 A; 5E0G A; 4FXG H; 1Z1J A; 2KCA A; 1P12 E; 2ZDM A; 1O3O A; 5HIY A; 5L30 H; 1C2H A; 3A7W A; 2K0Q A; 1O2Q A; 4ABF A; 4ZUH A; 1GJ4 H; 2O8M A; 2ZHQ H; 1WYK A; 3VB7 A; 5AF9 H; 3DFJ A; 5CHB A; 2G4U A; 1NN6 A; 4MNY A; 1BB0 B; 1T8L A; 1GJA B; 3U69 H; 4Y0Z E; 1GHB G; 1ZOM A; 2Y6T A; 4X8T H; 1FAK H; 3MNS A; 4Q63 A; 1W7X H; 2F9B H; 1FI8 A; 2TRM A; 4JCN A; 3A81 A; 3RXK A; 2Y5H A; 1WUN H; 1A5H A; 1T4V H; 2QF3 A; 3FO8 D; 1O3J A; 5EOK A; 4B2C A; 1G30 B; 5FX6 A; 4Y79 A; 4AG1 A; 4FU9 A; 4CRA A; 1MQ5 A; 2V0B A; 4K60 A; 1T32 A; 4XFQ A; 1LHF H; 1TGC A; 3RXO A; 4CRC A; 2W3I A; 3PMH B; 1Z71 A; 2Y80 A; 2AGE X; 1SFI A; 4BXS A; 1BMM H; 1QA7 A; 1HAI H; 3CS0 A; 1ZPB A; 3KCG H; 2BLW A; 1E34 B; 2XC5 A; 1BTZ A; 4CH8 B; 1XVO A; 3BEF B; 2DE8 A; 2PWX A; 2QYI A; 3SNA A; 1G3C A; 3QK1 A; 5FPY A; 1LTO A; 3NUM A; 4OS5 A; 3B23 B; 3KL6 A; 3Q3Y A; 3SGB E; 3HK6 B; 5C1U A; 1HV7 A; 3ENS B; 3PRB A; 1AFQ C; 5A2M H; 3S7H B; 2XYA A; 1BTW A; 1V2V T; 2SGP E; 1XXF A; 3SQE E; 3A83 A; 2BOH B; 4R8T B; 1V2Q T; 3GCT G; 5I46 H; 1P2Q A; 2HNT F; 1QQU A; 5JB9 S; 4FUB A; 4JZ1 A; 2BX4 A; 2OC1 A; 2GDD A; 4Y0Y E; 2GZ8 A; 3O8C A; 1GDQ A; 1TRM A; 4AFS A; 2AMQ A; 1A3B H; 1DUA A; 4Z1M D; 4TYD A; 4GSO A; 3SUG A; 1XUF A; 1QB9 A; 1AUJ A; 1O5D H; 1PPF E; 2BY6 X; 1TAB E; 4OS2 A; 3BN9 A; 4IGD A; 1EX3 A; 1BBR K; 1GCT B; 1QJ1 B; 2R0L A; 1QL8 A; 1SGF G; 5C0T A; 2C3S A; 3QO6 A; 1XUI A; 2ULL A; 3SV8 A; 2TPI Z; 4JZI A; 1DIC A; 1EXF A; 1CVW H; 1GI4 A; 1M9U A; 2V3O H; 1GGD B; 4KP0 A; 1UCY K; 3A87 A; 1LCY A; 1CT4 E; 1K21 H; 1W11 U; 1SQO A; 4ZH8 A; 4CH2 B; 3TVJ B; 3URE A; 1ELC A; 1A0L A; 3FAO A; 1CHO F; 5GXP A; 4RSP A; 3R3G B; 1KDQ A; 1C1N A; 1EAW A; 2GDE H; 3MU4 A; 4K8Y A; 3EYD A; 3KQD A; 1K1P A; 3ZVF A; 4RKO B; 3F0P A; 1GL0 E; 3RXL A; 1OP0 A; 3KYF A; 5T6G A; 1S82 A; 2EA3 A; 1Z6J H; 1O5A B; 2C8Z B; 5K0H A; 1EB1 H; 1L1G A; 3T62 A; 2VU8 E; 1G32 B; 4XBC A; 1F92 A; 1MMJ N; 3QDZ B; 2ZFQ H; 1O3H A; 1H8H D; 3GY4 A; 3SUE A; 3V13 A; 1DX5 M; 5GIB A; 3SJ8 A; 1TFX A; 2QIQ A; 5GND A; 1C1W H; 1WQV H; 3LPR A; 1HIA A; 5GJ4 B; 1MZD A; 1EOL A; 2BOK A; 1GBE A; 3VG8 A; 3A7V A; 3U8T H; 1O2Y A; 1BUI A; 3EDX B; 1FIW A; 1TPP A; 1XUH A; 3LGV A; 5HYO A; 1C4U 2; 3STJ A; 3SO3 A; 2CK3 D; 3M7Q A; 1YCP M; 4AB9 A; 2FS9 A; 5DP5 A; 1AVG H; 2V3M A; 1GJ7 B; 2J34 A; 1AVW A; 1V2N T; 5A0C A; 1BMF D; 1O2H A; 2ZHD A; 3MQK C; 1HAV A; 1V2T T; 2A5A A; 1RJX B; 4TY7 A; 1CA8 B; 1O36 A; 4FUH A; 4TWY A; 1SOZ A; 2FOA A; 5DGJ A; 2V3H H; 3FP8 E; 4ZHM U; 3TJN A; 4AOQ A; 4I7Y H; 5JBB S; 5L6N H; 1QRZ A; 1XM1 A; 3QZR A; 1HAP H; 5EPY A; 3OFN D; 3FZD A; 1F0S A; 1DM4 B; 2BXU H; 4TPI Z; 3QUM P; 2NWN A; 1TNH A; 3N7D A; 3S9A A; 2VWN A; 1HGT H; 3M7T A; 4J1Y A; 3D23 A; 2ZPQ A; 1BTX A; 2AMD A; 2J94 A; 2B7D H; 3P6Z B; 1S83 A; 5LGO A; 2SGQ E; 4CRF A; 3HGP A; 4GHQ A; 4CR5 A; 3MH5 A; 4YLQ H; 4B1T A; 1C2I A; 1GCT C; 2ZPS A; 1GBA A; 2ZTX A; 2G5V A; 2B0F A; 5E2P A; 8LPR A; 1HRT H; 1SGP E; 4WMF A; 3RUO A; 1V3X A; 1QJ7 B; 3M61 U; 5KEC A; 1GGD C; 1Y3V A; 4Q7Y A; 1L4D A; 4Y6D A; 4ZRO A; 4BTU B; 1TNI A; 1WTG H; 1ZMN A; 1L0Z A; 1EQ9 A; 5T6F A; 1GI2 A; 2OXS A; 2BDI A; 5DO4 H; 1GJ8 B; 1SQA A; 5AFZ H; 3ZVA A; 1LQD B; 1O0D H; 1P02 A; 2FI3 E; 2BQ7 B; 4GUX A; 3QZQ A; 4I8L A; 3GY2 A; 2BY8 X; 4GCH F; 1BA8 B; 3KQB A; 3D62 A; 3V0X A; 1QNJ A; 3VGC B; 3TGK E; 4MG3 A; 1GJ9 B; 2XC4 A; 3U98 H; 1BQY A; 1GBK A; 1BRA A; 1CA0 B; 4ZAE A; 1GVL A; 3PLP A; 5EIY A; 3IG6 B; 5C17 A; 1GI6 A; 3MO9 A; 4MQA A; 1W0Y H; 3I78 A; 1J14 A; 3QN7 A; 4DOQ A; 1SGN E; 2BD7 A; 2WV5 A; 1NFW A; 4RKJ B; 1VKY A; 3QGN B; 1HIA B; 4ABE A; 1IQK A; 2Q6F A; 2ZHE H; 4E7N A; 1P57 B; 3LOX A; 5IK2 D; 2ZFP H; 2YNA A; 1AI8 H; 1SQT A; 3GIS B; 1GJ5 H; 3H09 A; 1BTH H; 1CBW B; 2TGA A; 1P2O A; 2GV7 A; 3KQ5 A; 2AIQ A; 1FN6 A; 1O35 A; 1O5B B; 1HAV B; 2CXV A; 1RTK A; 4D7G A; 2OIN A; 2STB E; 2EI7 A; 5H4I B; 1AQ7 A; 4AZ2 B; 3UWJ H; 1NRO H; 3TJU A; 4YOJ A; 2JIZ D; 1ORF A; 2WPL S; 1CHO G; 1LVM A; 1SR5 C; 1ZSK A; 1V2J T; 1DWC H; 1F7Z A; 2J38 A; 1EPT B; 5JDU B; 1NPM A; 1KXB A; 1C5S A; 2NU0 E; 1O3K A; 2JKH A; 3MMG A; 3TJO A; 2FOC A; 2BDB A; 1NRR H; 4XD7 D; 1C5V A; 1MU8 B; 1PJP A; 4B76 A; 5DK1 A; 2A31 A; 1E36 B; 1GBH A; 3VB5 A; 2AER H; 2VGC B; 2VH0 A; 2G51 A; 3T25 A; 2Y7Z A; 5DKM A; 1F5K U; 1GCD A; 1K1J A; 1O3N A; 2QCY A; 2PTC E; 3OTJ E; 3U8R H; 2B8O H; 1KYN A; 1ARC A; 3H7T A; 1LHE H; 1Q2W A; 1CSO E; 4ISO A; 1BRB E; 4X8V H; 2PUX B; 6EST A; 1CO7 E; 3DD2 H; 1NRP H; 3QGJ A; 2XW9 A; 2PKA A; 2EY4 C; 1CE5 A; 2BDG A; 3TIU A; 2O8U A; 1MTU A; 2L6O A; 1LVO A; 1L4Z A; 2ZEB A; 1W8B H; 1AWF H; 4Z6A H; 1KY9 A; 1GHV H; 2HPQ H; 1TYN A; 2CMY A; 3PM3 A; 2PHB A; 2TIO A; 1OSS A; 4BAQ B; 3W1E A; 1NM6 A; 3LDX H; 2ZFT A; 5HM9 A; 4Y8Z A; 3ZZ8 A; 1KLJ H; 1QRW A; 3LGU A; 3VGC C; 2JET B; 1SBW A; 3ZZ9 A; 3MWI U; 3DSP A; 2FOB A; 1H1B A; 3LKW A; 1UJ1 A; 1BML A; 1CA0 C; 3F3B A; 1HNE E; 1OYQ A; 1SGR E; 2ZGH A; 3BTQ E; 2QXI A; 3R0F A; 4ACA A; 3BIU H; 1HB0 B; 3F6U H; 3TK6 A; 1O3P B; 2ZGJ A; 1DS2 E; 5AFY H; 2KFW A; 3EA7 A; 4KEL A; 3UB0 A; 1A61 H; 3SV7 A; 2GGV B; 3OY6 U; 2HOB A; 1E37 B; 2IJD 1; 1YPK H; 3KEE A; 2DE9 A; 4XDE A; 5HIZ A; 1B0F A; 5A0B A; 1HAG E; 2ZIQ H; 4O3U A; 2F91 A; 3ATW A; 1CT2 E; 1FDP A; 4K1E A; 3SV2 H; 2ZU5 A; 1LPK B; 2G52 A; 2R3Y A; 4Y8Y A; 2HLC A; 3TH4 H; 1P3C A; 1CBW C; 1K1L A; 1LHD H; 2P16 A; 1O33 A; 3BTG E; 1SI5 H; 1H9H E; 1KTT B; 3VXE H; 3DUX H; 2BHG A; 1VZQ H; 2QC2 A; 4KKD A; 1UVU H; 1O38 A; 1NFU A; 2W7S A; 1LVB A; 2H1U A; 2OD3 B; 5C3N A; 2OP9 A; 4FUE A; 5J4Q A; 3U9A H; 2R2M B; 1EOJ A; 1ZSL A; 2B5T B; 2Y81 A; 4GCH G; 3E90 B; 4HI3 A; 8GCH F; 1GG6 B; 1H9I E; 1C1U H; 1O5F H; 3M5L A; 1EPT C; 1UTO A; 2QXH A; 1UTL M; 4NA9 H; 2Z9L A; 1GI3 A; 3RXT A; 3STI A; 2W7U A; 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