The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
75
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sequence length |
338
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structure length |
315
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Chain Sequence |
DLFDFELPERLIAQVPLEQRDASRLMVLDKHTGELTDSSFKHIISFFNEGDCLVLNNTRVLPARLFGTKEDTGAKVELLLLKQETGDKWETLAKPAKRVKKGTVVTFGDGRLKAICTEELEHGGRKMEFQYDGIFYEVLESLGEMPLPPYIKEQLDDKEAAAPTAGLHFTEEILQQLKDKGVQIEFITLHVGLGTFRMHAEFYQMSEETAAALNKVRENGGRIISVGTTSTRTLETIAGEHDGQFKASSGWTSIFIYPGYEFKAIDGMITNFHLPKSSLIMLVSALAGRENILRAYNHAVEEEYRFFSFGDAMLI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase
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| publication title |
Crystal structure of Bacillus subtilis S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Bacillus subtilis
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| molecule tags |
Isomerase
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| total genus |
75
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| structure length |
315
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| sequence length |
338
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
2.4.99.17: S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase. |
| pdb deposition date | 2005-02-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02547 | Queuosine_synth | Queuosine biosynthesis protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | QueA-like | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | QueA-like | QueA-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YY3 A; 1WDI A; 1VKY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2NU0 E; 1P2O A; 1EB1 H; 1ZTK A; 1ELG A; 4LZ1 H; 2ZKS A; 2YMS B; 4XDE A; 3OSY A; 2Y5H A; 3K6Z A; 3PLK A; 4FUC A; 4X8U H; 1TPS A; 3ZZA A; 2G8T A; 1EXF A; 4ZXY H; 4DT7 B; 1TPA E; 4DW2 U; 1BIO A; 1GJ9 B; 1BHX B; 4AGK A; 3DUX H; 2JET C; 3BG4 C; 3KNX A; 1QBN A; 5FXL A; 1SQT A; 2GCH G; 3BG4 B; 4I31 A; 3VXE H; 3RDZ A; 1QHR B; 1W8B H; 3KEE A; 3LC3 A; 2FI5 E; 3D65 E; 3SI4 H; 2F9N A; 1HJ8 A; 5K0H A; 2C8Z B; 1BIT A; 4GPG A; 4MNV A; 1MTV A; 4CR5 A; 1F0U A; 2KCP A; 3A8C A; 3QDZ B; 3UUZ A; 3BIU H; 8GCH G; 2HAL A; 1HIA A; 1LMW B; 5IDK A; 1ZHM A; 3LGV A; 5LPR A; 3QGN B; 3QWC H; 1L4D A; 1S0Q A; 3RMN H; 1KXA A; 3GY8 A; 1SG8 B; 2GMT B; 3SU5 A; 4ZKO U; 3PYH A; 2KR7 A; 2W7U A; 1NRQ H; 2AMQ A; 1TNI A; 1KDQ B; 3W1E A; 2LP6 A; 4AYY B; 3H7T A; 1Z7K A; 4R8T B; 4INK A; 1OWK A; 2QXH A; 1L2E A; 2BZ6 H; 2AER H; 4A1V A; 4AOQ A; 4WME A; 2WV4 A; 2Y5G A; 1AN1 E; 1YP9 A; 2SNV A; 2R3Y A; 1SGF A; 2ZU3 A; 1C4Y 2; 5A8Y A; 1C2H A; 1O2Y A; 2VGC C; 3GIC B; 2A4G A; 4HG6 A; 1GBF A; 1COW D; 4MQA A; 1W7X H; 2VGC B; 2J4I A; 1QR3 E; 2D8W A; 1A4W H; 2XRC A; 2B0F A; 1P2N A; 2EA3 A; 1BDA A; 1Y3W A; 1VR1 H; 1S6L A; 1T8O A; 1DST A; 1CBW B; 4JK5 A; 1TYN A; 3KCG H; 2ZGB H; 4BXS A; 3UY9 A; 3H7O A; 3GCH B; 1OS8 A; 3EE7 A; 3T28 A; 3VXF H; 1AD8 H; 1TFX A; 4YXW D; 3FP7 E; 1S0R A; 1SHH B; 3HGN A; 1C1T A; 2P94 A; 1YCP K; 3RXB A; 2V6N A; 4K1E A; 1GJA B; 3PV2 A; 2XYA A; 1O5D H; 3UTU H; 4AG1 A; 1V2V T; 5GCH G; 3F3B A; 2KCY A; 2BY9 X; 2WIN I; 3ITI A; 3AK5 A; 2A5I A; 2OC0 A; 1YLC A; 3U69 H; 1GVZ A; 4AOR A; 1DY9 A; 4K8B A; 4K1T A; 1HAI H; 2ZQ1 A; 1NES E; 1Y3X A; 1VZQ H; 1L0Z A; 3SJK A; 4AC9 A; 5EQS A; 1ANC A; 1MCT A; 3CP7 A; 1EST A; 4NIY A; 1FPC H; 3OTP A; 3A87 A; 4D8N A; 2BD3 A; 3EGK H; 9EST A; 1DX5 M; 2DUC A; 3E1X B; 3F9H A; 1HAV B; 2ZDM A; 2W7S A; 1J8A A; 1FN6 A; 4UFD H; 2SGP E; 1C5Z B; 3O8B A; 2WYG A; 4DIH H; 3SUF A; 4CRC A; 1A46 H; 1XUH A; 1UTP A; 1UO6 A; 1BMF D; 2UUK B; 3O8C A; 3SOS A; 1FY5 A; 3A7W A; 2GDD A; 1C4U 2; 1SLX B; 1SOT A; 1C5S A; 1OPH B; 1ZOM A; 3KQE A; 1EJN A; 5CE1 A; 2PKS C; 1OWE A; 2ILN A; 1AB9 C; 3T62 A; 1GCT C; 4YTA A; 3KN2 A; 2EY4 C; 1O3F A; 5AFY H; 1L4Z A; 4A1X A; 2G55 A; 1WOF A; 3RXU A; 2WPI S; 1FUJ A; 2ULL A; 1O35 A; 1EAW A; 4AB8 A; 2VU8 E; 1TA6 A; 1IQF A; 1HAO H; 1H8D H; 3WY8 A; 1GWA A; 1E1R D; 1AKS B; 5LPE A; 2F83 A; 2UUJ B; 1UK4 A; 1W12 U; 1C2L A; 1AVW A; 3P17 H; 1E79 D; 3P8F A; 3E90 B; 2GZ7 A; 1LPK B; 3IWM A; 1TNL A; 3GIS B; 2PTN A; 3ZZD A; 1E34 B; 1FY1 A; 1UTO A; 2IPH A; 1S83 A; 3PMH B; 6CHA C; 4ZAE A; 2ZDL A; 1H9H E; 1F5K U; 3NZI A; 3FKS D; 1P3E A; 3E16 B; 2XC0 A; 2FOE A; 1DWE H; 1CT2 E; 5T6G A; 1ETS H; 2SGE E; 3D62 A; 2CK3 D; 3SHA H; 2GDE H; 1PFX C; 1V2K T; 1W0Y H; 5FX5 A; 1TX7 A; 2OQ5 A; 2I6Q A; 4B2A A; 1O2X A; 1WTH D; 4Q80 A; 2ZHE H; 3FN8 A; 1Y5A T; 3M7T A; 4ISN A; 5KEC A; 1ELB A; 2C93 B; 4WMF A; 3W94 A; 1DLE A; 2QXI A; 2CV3 A; 2PV9 B; 5JBA S; 1MTN C; 4U30 A; 1MTN B; 2OP9 A; 3E8L A; 2BDY A; 1AND A; 1Z8R A; 2WUC A; 3WW7 A; 1W0K D; 1GI6 A; 4UFE H; 5L2Y H; 2IN2 A; 4ZHA A; 4YES B; 1WU1 A; 4X2V A; 3STJ A; 3GCT G; 1QRW A; 1UCY E; 4LXB H; 1UK3 A; 1V2U T; 1QA0 A; 1YYY 1; 4MLF B; 2SGA A; 5C5N A; 1IQL A; 1GL1 A; 1XXD A; 5FCK A; 1LHF H; 1O3B A; 1ZMJ A; 4FXG H; 1XKA C; 4Z1M D; 1ESB A; 4JZI A; 1E37 B; 1O39 A; 5EW1 H; 1IHS H; 2TPI Z; 1CO7 E; 1UJ1 A; 4KTC A; 1O34 A; 2RFK C; 2B8O H; 4B2C A; 1C5W B; 3BTH E; 4ISH H; 4OGY A; 1XUK A; 1O2J A; 4NZL A; 5DN6 D; 1KDQ A; 1V2T T; 3EQ0 H; 1QTF A; 3P70 B; 2OTV A; 1AWH B; 1FN8 A; 2A1D B; 4MPX A; 1S6H A; 4MPW A; 2XW9 A; 3FZD A; 4SGA E; 1IQM A; 1GL0 E; 1XUF A; 2ZHW H; 1TBR H; 3EDX B; 1H4W A; 1P01 A; 2OD3 B; 1H8E D; 3PRO A; 3F6U H; 2FP7 B; 4ZHM U; 5FCR A; 3M35 A; 5IK2 D; 5JBT A; 2XWB I; 2QCY A; 2GCH F; 2CGA A; 1KY9 A; 1B7X B; 1AIX H; 2JKH A; 1OP2 A; 2LNC A; 4NIW A; 3BTE E; 4X2X A; 4BTI B; 1OWJ A; 2BD8 A; 4X8V H; 2BY7 X; 1K1I A; 1OWH A; 6LPR A; 5CDF E; 1LCY A; 4ABG A; 8GCH F; 2CMY A; 1MTW A; 1K1L A; 1EAI A; 2BX3 A; 2J38 A; 3RC4 A; 1CGJ E; 5A0A E; 2ZP0 H; 5EGM A; 1C5P A; 3RMM H; 3V3M A; 1FJS A; 1ABJ H; 2Z3E A; 2BVX H; 2ZHD A; 4IBL H; 2HLD D; 1J17 T; 3ATW A; 1O3K A; 4E7R G; 1AFQ B; 2JH5 D; 4YOJ A; 7GCH F; 3PB1 E; 2Z9K A; 3UQO A; 4D7F A; 2BTC E; 2FYQ A; 1BQY A; 1UMA H; 2ODP A; 1DT2 A; 1FPH H; 1XKB C; 5T1V A; 1MKX K; 1C1P A; 4IW4 E; 2BMG B; 1GJB B; 4FUG A; 3U28 C; 2RDE A; 1KLJ H; 3URE A; 1BJV A; 3LDX H; 3I77 A; 1D3P B; 1C1R A; 1RXP A; 3RXR A; 2Y82 A; 1UHB B; 3A7Z A; 2FOG A; 2GP9 B; 3TK9 A; 1B5G H; 4A5T S; 1TNK A; 1PPG E; 1S82 A; 4U2W A; 3A89 A; 1AWF H; 2HWL B; 3M5N A; 3UR6 A; 5C1U A; 1EZU C; 1HAV A; 5HM2 A; 1MZA A; 2VH6 A; 4H6T A; 1T31 A; 5DP6 A; 2WYJ A; 3PTB A; 2QC2 A; 1HB0 B; 4MNW A; 5CHB A; 1TWX B; 1D3T B; 1MH0 A; 2XOK D; 4WH6 A; 5EXM A; 2ZGC A; 2GV6 A; 1E35 B; 2D1J A; 3FAO A; 1IQH A; 5B6O A; 1UVU H; 5GCH F; 4Z0K A; 2Y81 A; 3MYW A; 3RXH A; 5EIY A; 2A7J A; 1B0E A; 3E91 A; 4XE4 A; 5HM9 A; 1SFQ B; 1XXF A; 2HPP H; 1OX1 A; 4A7I B; 2QE7 D; 2BDA A; 1O2S A; 3ZYD A; 3FFG A; 2OIN A; 5EG4 A; 1QZ8 A; 2FPZ A; 3K65 B; 3SUD A; 5C17 A; 5L2Z H; 3HKI B; 1OWD A; 1MAY A; 5FX6 A; 2F9O A; 3TJV A; 1DLK B; 4Q7Z A; 3OU0 A; 5EXL A; 4GUX A; 2EI7 A; 1G3E A; 3Q3Y A; 1N6X A; 2C8X B; 4X1P U; 1LPG B; 4XRN A; 1EKB B; 1AHT H; 2KCO A; 4X8T H; 1TPO A; 3RXC A; 3L33 A; 1AKS A; 1D4P B; 2FTM A; 3A88 A; 3KF2 A; 1ZZZ A; 3SQH E; 1F0T A; 1E1Q D; 3RXF A; 4DOQ A; 5LH8 A; 1GVL A; 5KGO A; 2HVX A; 1UCY K; 1AI8 H; 3BTM E; 3PWB A; 2R0L A; 5CMX H; 4WH8 A; 1H9L B; 4Q63 A; 1BRA A; 3GY6 A; 4TSF D; 3SZN A; 3SV9 A; 1LVO A; 1DY8 A; 4DUR A; 2ZCH P; 3BTW E; 4NSV A; 1GBA A; 1Y59 T; 4Y6D A; 4E7N A; 4XSK U; 3SN8 A; 1TMU H; 5GIB A; 4B75 A; 2RCE A; 1HJA C; 2TIO A; 1GI2 A; 3HKJ B; 3C27 B; 2ZTY A; 1M9U A; 4M9F A; 3BF6 H; 4ZXX H; 1K22 H; 1O33 A; 1O5F H; 3BN9 A; 3T29 A; 5F53 A; 1LQD B; 3CNR A; 1ANB A; 2VNT A; 2J34 A; 3PO1 C; 1DXW A; 4JZ1 A; 3GYL B; 1GG6 C; 1N8O B; 2Y5F A; 2BLO A; 1SGN E; 1GG6 B; 3AW1 A; 3AVZ A; 1B0F A; 2ZCL P; 4RN6 A; 1VIT H; 1HRT H; 3P95 A; 4A1T A; 5C3N A; 1BBR H; 1UVT H; 1F0S A; 3RXE A; 2OCV B; 5DP9 A; 1WXR A; 1BOQ A; 2G00 A; 2BB4 A; 4I33 A; 2JH6 D; 5E8E H; 2AIP A; 1UTM A; 3URC A; 1SBW A; 1BA8 B; 2RDL A; 1O3O A; 3ODD A; 4JYV H; 4HZH A; 2BX4 A; 2PR3 A; 3URD A; 1KXF A; 2BY5 X; 1F2S E; 1SGF G; 5F8Z A; 3K9X B; 5JB8 S; 2R2W U; 4M7G A; 4YO9 A; 2F43 B; 3M37 A; 3TLO A; 1KYN A; 1O2V A; 5JYI A; 1ZRB A; 4E06 H; 2HNT C; 1C5R A; 1O5C B; 2WPM S; 2BHG A; 1EZQ A; 3DCL A; 2ZF0 H; 3W95 A; 2XBY A; 1O3L A; 4AGJ A; 1IQK A; 4NWL A; 1IQE A; 1PQ7 A; 2P3U B; 3A8A A; 3LT3 A; 1C2D A; 5GPI B; 2R3U A; 1GI3 A; 3A84 A; 1HBT H; 3FO8 D; 4CHA C; 4ZMA H; 2FOC A; 4ZUH A; 5C5O A; 4GVU A; 3VG8 A; 3TGK E; 1A5G H; 2H9H A; 4YT7 H; 4U32 A; 5C2Z A; 3QGJ A; 1GI0 A; 1A1R A; 1VCQ A; 4O3U A; 2BLW A; 1FIZ A; 3M5M A; 3EA8 A; 4D7G A; 1Q31 A; 3GY4 A; 2BVS H; 2FI3 E; 1GVK B; 3A85 A; 1O37 A; 4FET A; 1GJ8 B; 1A7S A; 1NBM E; 1GBI A; 2Q6F A; 1ZHR A; 4U01 A; 4IS5 A; 3TJO A; 1NTP A; 1AMH A; 3U1I B; 3A81 A; 3BEU A; 1K21 H; 1MKW H; 1WQS A; 4Y79 A; 1RIW B; 4NSY A; 2BDI A; 5ABW A; 1O32 A; 3U8R H; 2VVC A; 3FAN A; 2XBX A; 1TMT H; 1GI5 A; 1EZX C; 3UPE A; 2VBC A; 1W0J D; 4KGA A; 2BY8 X; 1P2Q A; 1QNJ A; 2A32 A; 1IOE A; 4E05 H; 4AG2 A; 3KYF A; 2XNI A; 1KIG H; 2YMS C; 8LPR A; 4ISO A; 4WF8 A; 1YGC H; 4AX9 H; 1ELA A; 1O2H A; 3A82 A; 5DSF A; 1F5R A; 1SGY E; 1C2K A; 3FP6 E; 5DPA A; 2A0Q B; 4PRO A; 3SU2 A; 3ZZ6 A; 4KKD A; 1BRB E; 1C1O A; 2Z7F E; 4RKO B; 1HAY B; 2HNT E; 1UHB A; 1XUJ A; 3PMA B; 2BYA X; 2GT7 A; 2PUQ H; 3SU0 A; 3RMO H; 3D49 H; 7KME H; 1INC A; 1PPZ A; 1IAU A; 5DKM A; 2JJ2 D; 1YPM H; 4YZU A; 3L6P A; 5FPT A; 3SU1 A; 1Z8G A; 1S81 A; 5FAH A; 1S84 A; 2C8Y B; 2GMT C; 2OK5 A; 1EUF A; 1KXB A; 2Z94 A; 4GSO A; 2GZ8 A; 1O2P A; 1OXG A; 3TJU A; 2NU3 E; 2ZCK P; 1YF4 A; 4MPU A; 3LON A; 2P3T B; 2FZZ A; 3DD2 H; 2D26 C; 1P11 E; 3ZIA D; 1DPO A; 1LHC H; 4ZKR U; 7GCH G; 1D9I A; 3EA7 A; 4WWY A; 3MFJ A; 3T5F H; 2QXJ A; 2J97 A; 1CA8 B; 3T25 A; 2DE9 A; 1Q2W A; 4DG4 A; 2B7D H; 4P00 A; 1C1Q A; 1BCU H; 1Z6J H; 1CGI E; 1NFU A; 1TA2 A; 2QIQ A; 1ANE A; 1SGT A; 5HIZ A; 1GGD B; 3CEN A; 4FUE A; 1ARB A; 4MNX A; 4FUD A; 2C90 B; 3MNB A; 4UFF H; 2VWM A; 1DSU A; 1VCW A; 1C2I A; 4I8L A; 1CBW C; 1OHH D; 2NU1 E; 3SGB E; 3AAU A; 5DP8 A; 1GI7 B; 2FEQ H; 1SR5 C; 2LPR A; 3H5C B; 4A6L A; 3GCH C; 4YLQ H; 2AHM E; 3H09 A; 1P3C A; 1T8N A; 4Y8Y A; 1CT4 E; 2C4F H; 1FI8 A; 1YPH C; 1YY3 A; 3TIU A; 3RXT A; 3ZV9 A; 1HDT H; 2HLC A; 3ZZ3 A; 1JRS A; 5JBC S; 2BZA A; 2ZTX A; 3TNS A; 3Q3K A; 4FVD A; 1P2M A; 1K2I 1; 1EJA A; 5C94 A; 2Q1J A; 3ZYE A; 2GTB A; 1QJ6 B; 2O8U A; 3I29 A; 1QJ7 B; 1GI8 B; 1V2N T; 1EAS A; 2VH0 A; 1AFE H; 3B8J A; 1C1U H; 5H4I B; 2GJG A; 3ZZ4 A; 5DP4 A; 3MH5 A; 4ACA A; 2OUA A; 3MH6 A; 1THP B; 1TGT A; 1SPJ A; 1V2P T; 2V7Q D; 2ZG0 H; 2AYW A; 3MQK C; 2AGG X; 1FY8 E; 1JBU H; 1WTG H; 2J98 B; 1BMA A; 3MU8 A; 3SNC A; 4FUH A; 1BRU P; 3ZV8 A; 1GBL A; 3RXD A; 3L3T A; 3LIW A; 3SU6 A; 1GJD B; 2ZU1 A; 1GBH A; 2XCF A; 4BAN B; 1SOZ A; 1UW7 A; 2C3S A; 4CRF A; 1O3J A; 3BEI B; 1BZX E; 3GDS A; 3ZVC A; 3EE0 B; 1T7C A; 1P04 A; 3ODF A; 2L6O A; 1AVX A; 3V13 A; 3RU4 E; 1A61 H; 1DWB H; 1EAU A; 2FTL E; 2OBQ A; 4NFE A; 3VB5 A; 4BTU B; 5LPF A; 1GJ6 A; 1SGR E; 3SUG A; 1JOU B; 1C9T A; 1PQA A; 3LKW A; 2V35 A; 1IQJ A; 2PFE A; 1JIR A; 1FAX A; 3SOR A; 2Z9L A; 3MOC A; 4P02 A; 1C5U A; 2AH4 X; 1GBJ A; 1YPH E; 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