The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
37
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sequence length |
128
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structure length |
128
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Chain Sequence |
GGGRTNVPNGYSQNDIQLMANAVYGESRGEPYLGQVAVAAVILNRVTSASFPNTVSGVIFEPRAFTAVADGQIYLTPNETAKKAVLDAINGWDPTGNALYYFNPDTATSKWIWTRPQIKKIGKHIFCK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Bacillus cereus SleB Protein, Important in Cortex Peptidoglycan Degradation during Spore Germination.
pubmed doi rcsb |
molecule keywords |
Spore cortex-lytic enzyme
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molecule tags |
Hydrolase
|
source organism |
Bacillus cereus
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total genus |
37
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structure length |
128
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sequence length |
128
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2012-05-11 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF07486 | Hydrolase_2 | Cell Wall Hydrolase |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Arc Repressor Mutant, subunit A | ||
Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4F55 A; 4FET A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3BG3 A; 1OYT H; 2A5W A; 2RC4 A; 3O8D A; 1SD6 A; 3ASN H; 1FSE A; 2DJI A; 2EB7 A; 3WTV C; 2DA2 A; 2VQH A; 3LA3 A; 3TO7 A; 1I6X A; 2VID A; 1YCP M; 3BJO A; 5IDK A; 3NWS A; 3SV9 A; 3V4G A; 3QPT A; 4CGZ A; 1J59 A; 1K28 D; 3SNB A; 3LST A; 3DTE A; 3ZV9 A; 4HSR A; 2NS8 A; 1FNI A; 3G71 I; 2XF6 A; 2ETH A; 1DS2 E; 2NS7 A; 1C5S A; 4UUS B; 3GYH X; 1Z67 A; 1C5U A; 1P2K A; 3PQJ A; 4RT1 A; 3HGG A; 1PJR A; 5JBT A; 1M1E B; 1QQI A; 1I6H J; 1EZU C; 3K6Y A; 1P4X A; 5HKK D; 1OP2 A; 2DU9 A; 1P4A A; 1MJA A; 2XWA A; 5EXL A; 5LD2 C; 2CG4 A; 3VDX A; 1O2X A; 3M07 A; 3ATM A; 1CQQ A; 3RXQ A; 1MBJ A; 2ZSI B; 2LNB A; 5LGN A; 5FLM J; 1DDN A; 2SGP E; 4WXI A; 1VCP A; 2EEK A; 1YS7 A; 1DY9 A; 5HIY A; 2PTC E; 1XUI A; 1IQK A; 1ORK A; 4A3L J; 5K7Z A; 4KTC A; 2H94 A; 1RKW A; 4ZYH A; 4YIR X; 2VC0 A; 1TMT H; 1QPM A; 2W7U A; 1ZGV A; 3EGK H; 4MPV A; 1UG2 A; 4IRI A; 3O8H A; 1C2I A; 2RA3 A; 2L2O A; 1FYL A; 1F0T A; 2AMD A; 3SUG A; 2QGR A; 1VQ6 I; 2FSW A; 3ZMV A; 4RB1 A; 5GJ4 B; 4EM1 A; 3IG6 B; 1CT4 E; 1O2J A; 2MC4 A; 4V19 K; 2C8Y B; 3RXO A; 4ZJZ A; 4ZHL U; 4TWW A; 1O32 A; 1A7S A; 4X0W U; 2V0B A; 2BVM A; 2CFO A; 5H20 A; 3TP3 A; 1J15 A; 2UWO A; 3GY4 A; 2ANM H; 3GY7 A; 5HM9 A; 2ZXW H; 1OYY A; 4CUG A; 1W5S A; 5DGJ A; 3IWZ A; 3RC5 A; 4XN3 A; 2O5R A; 5JI6 A; 1HCR A; 2A7C A; 2BOK A; 1XUJ A; 2RGV A; 2CW0 F; 1C5P A; 3BCB A; 2FBI A; 1FYM A; 3D65 E; 3E5Q A; 2CFX A; 1NM6 A; 3RDI A; 5IYT A; 2XIG A; 4X6P A; 2VJ1 A; 1EV7 A; 1U9O A; 4IN1 A; 3DPU A; 1LVO A; 3W2W A; 1TNL A; 2ZQ1 A; 1ETW A; 3KEE A; 2NVU B; 3SGQ E; 5HNF A; 6PAX A; 2XC5 A; 3RXA A; 2CQK A; 2KJB A; 3RTR A; 1O3S A; 1K1N A; 3ZGK A; 2Y0M A; 3SFI A; 1TLD A; 2XYA A; 2QVO A; 3F8B A; 1PUE E; 2EK5 A; 2M5W A; 2OCC H; 3QPS A; 4MPX A; 1AI8 H; 3GZ6 A; 4I01 A; 4UY8 I; 3NKK A; 4UFG H; 2BY2 A; 4CCO A; 4B47 A; 5IT9 K; 2HTS A; 2WC2 A; 2ZCH P; 2OU2 A; 1PQ8 A; 2O3F A; 1V2Q T; 4MNU A; 4YXW D; 5ETX A; 1DWD H; 3E6B A; 3ABU A; 3RXB A; 1HAZ B; 3ENS B; 1G4D A; 1C2M A; 2A5Y B; 2LKP A; 1TPA E; 1AVW A; 4RS8 A; 3L2C A; 2PKS C; 1VQ9 I; 4AB8 A; 2SFA A; 4X6A J; 4UXN A; 3GW2 A; 5L6N H; 2HYF A; 2EA4 A; 2GZW A; 3K2A A; 4M73 A; 1HV7 A; 1K1I A; 2JH0 D; 3S7H B; 1T4U H; 3TNT A; 2DT6 A; 3OR2 C; 4CBN A; 3WG7 H; 2P94 A; 4HTC H; 1D1B A; 3SZT A; 3HUG A; 2P81 A; 3NRL A; 1GDQ A; 1AVX A; 1K22 H; 1SVM A; 5E3L A; 1O3G A; 1Z6T A; 2OBP A; 3GXO A; 3V0X A; 4Y3O A; 1ZRD A; 5E2P A; 1BIB A; 3VYU B; 2CO5 A; 4MDS A; 4OMZ A; 2CQQ A; 1X58 A; 1ETT H; 3I29 A; 1ZGJ A; 1EZX C; 3SNE A; 1FZZ A; 3BG5 A; 3OSY A; 2DPD A; 2L7F P; 3ODD A; 4IHT A; 1A61 H; 4Q4Z F; 2SGF E; 2LRD A; 5DJ7 A; 2R0K A; 2FOE A; 1ENH A; 2F4O B; 3J7A Y; 3BCA A; 5FXL A; 4JX6 A; 1WJD A; 4INH A; 3TK9 A; 4H42 U; 3M3Y J; 2WV0 A; 1IQL A; 2OP9 A; 3H36 A; 2HVS A; 2JET C; 2OZ6 A; 3LKW A; 1N25 A; 4NZL A; 2ZU1 A; 2BLO A; 2KQR A; 5C3E J; 3BTH E; 1BIO A; 1P02 A; 1WSU A; 4KIC A; 1EKE A; 4X2V A; 3SJI A; 2FOF A; 5EJ1 A; 2A3S A; 3MNX A; 3ZYE A; 1JJ6 C; 5J1U A; 1C1P A; 1GHX H; 1DY8 A; 3SZG A; 2PEX A; 3KP3 A; 2ZGC A; 3QU6 A; 3PFI A; 1DSU A; 1RFN A; 2Y75 A; 2JH6 D; 5DEQ A; 1G2H A; 2TGD A; 3PM1 A; 1V2R T; 5SGA E; 3F22 A; 3SBK A; 2ZFQ H; 5TJX A; 5FRO A; 3HUG B; 4H4K C; 2JK3 A; 4RBO A; 4PJL A; 4WWC A; 2XBV A; 2I5U A; 1QVT A; 1A3B H; 4BJ5 C; 1CA0 C; 3KZY A; 4P55 A; 6LPR A; 2HS5 A; 2L7Z A; 3KCC A; 3Q77 A; 2XGC A; 4KEL A; 3H7T A; 2EFP A; 1HCG A; 5F53 A; 4XBF A; 4JK6 A; 1O36 A; 2L9N A; 3UIR A; 3K4N A; 1T8N A; 4DYQ A; 3KYL A; 1H8E D; 4MIM A; 3A8D A; 1BMA A; 1ON2 A; 4KIS A; 4F52 A; 3EDX B; 1FWZ A; 1FXY A; 3AFH A; 1P0S H; 1WJF A; 1DE7 H; 2KFW A; 2QYI A; 3VB5 A; 3MZ8 A; 1KLT A; 1G8X A; 2R93 J; 2GA1 A; 2KX4 A; 1NC6 A; 4EGY A; 3KQB A; 2BE5 F; 1FX0 B; 3NAR A; 1IAU A; 4L9J A; 1YPM H; 2DLL A; 4KA4 A; 4AU7 A; 1TBZ H; 1TGN A; 4ABE A; 4BNR A; 2W00 A; 3LMM A; 1ZG1 A; 5TCA A; 3DU6 A; 4L5I A; 4LZ1 H; 5GWZ A; 2GM4 A; 1VCW A; 3OR1 C; 2BDG A; 1XUH A; 3U9G A; 1E37 B; 2FNP A; 2RG3 A; 4M3F A; 1B5G H; 2WPI S; 1PYV A; 2BXY A; 4B09 A; 2TRM A; 1TNI A; 3OYI A; 3JSO A; 3TDZ C; 1N6X A; 3KYG A; 3OYM A; 4XLA A; 4X0G A; 3FIS A; 4XOP A; 3RIR A; 5DUI A; 2QA4 I; 2V1N A; 2AXT C; 1ZG5 A; 5ICE A; 4OS4 A; 4ANJ A; 2OPT A; 1E0E A; 1RUN A; 4HST A; 2JIZ D; 1NRS H; 1MBG A; 1CGJ E; 3BTI A; 2OV7 A; 5EIY A; 4BAO B; 1C1U H; 1GVD A; 1UVS H; 5GXP A; 4MQA A; 3V7R A; 1L1G A; 1U9N A; 4XLH A; 3M35 A; 1JMO H; 2L9S A; 3JRB A; 2FOC A; 3A7W A; 3DD2 H; 3I56 I; 1D0Z A; 3F9G A; 1RIW C; 4G7O F; 3K10 A; 4OS2 A; 1HPG A; 3ZCO A; 3H1C A; 1L2E A; 1LPG B; 3GX4 X; 2LY1 A; 2B9S A; 1GJD B; 1F9N A; 4MNW A; 4CH7 A; 1MUE B; 1G3S A; 3OYF A; 1EAI A; 2EV0 A; 4B3X A; 3GFI A; 3RPU D; 2ANW A; 1DLK B; 3F2G A; 5K5R A; 3PMB B; 1LFB A; 4MLO A; 1UTQ A; 2P8T A; 1BI3 A; 2A2Q H; 1PPF E; 5FPS A; 3AW1 A; 2HOT A; 3K2U A; 3TBI A; 2EQN A; 3H0D A; 1EP6 A; 1V2N T; 1HGT H; 3MFK A; 2IEK A; 3H3U A; 1HYL A; 2K7L A; 2BMG B; 5T6D A; 1OCT C; 1D1C A; 2CK3 D; 3CS7 A; 2XAU A; 1EJ9 A; 5DN6 D; 1W0Z U; 2E34 A; 4X1R U; 5B1B H; 5LEK A; 5CMX H; 4Y7A A; 2F3C E; 5GAD J; 1VQK I; 1ID5 H; 1UST A; 1VIT F; 1FIZ A; 4E7L A; 5FKM A; 5LGU A; 2O03 A; 1IV8 A; 1TC3 C; 1A5J A; 3U28 C; 3ASO H; 5CVR A; 4FUI A; 1C1T A; 2IPH A; 1K1J A; 4VGC B; 2P3T B; 2V1D A; 1C2H A; 1JXP A; 4XBD A; 5J1Y A; 3AAU A; 4Y8Z A; 2J4I A; 3KET A; 2Z94 A; 1O30 A; 4I7H A; 4AB9 A; 1P3C A; 1QA6 A; 3JSP A; 2H6C A; 4FE4 A; 2PFE A; 5FCR A; 4XRN A; 3EQL F; 2EH3 A; 3K7A J; 4R79 A; 1GBF A; 4ZTF A; 1INC A; 1F0U A; 1LQ1 A; 4F7Z A; 1Z8R A; 4ZYD A; 3GTL J; 1JKO C; 1BUI A; 2UUF B; 3IC7 A; 3EA7 A; 3LQQ A; 5FLX K; 1TA2 A; 4ABA A; 3IHU A; 3SFZ A; 2QWW A; 1BML A; 2JPB A; 1HJ8 A; 4ASH A; 2HDW A; 1H9H E; 3IH4 A; 3RXP A; 1XG1 A; 2GIZ A; 5DD4 A; 1SFQ B; 4O97 A; 4Y6D A; 3WE2 A; 4G94 A; 4BJT A; 1C2D A; 4A6D A; 3DBL B; 3LGV A; 1P01 A; 4M9X A; 3U9A H; 3C7J A; 4DG4 A; 3AW0 A; 3HKZ A; 2HU9 A; 3AG1 H; 1FLI A; 3GYM A; 3STI A; 1S85 A; 1VQ8 I; 3TK5 A; 3WHC A; 2NNY A; 1CGI E; 5LH8 A; 4PSX A; 1XVO A; 1OFC X; 2VB0 A; 3CJQ B; 4BTT B; 4O3T A; 2ALV A; 1R1V A; 3VXF H; 4R8T B; 2RFK C; 1AUT C; 4NUB A; 4O6J A; 2LEL A; 1MH4 A; 4ZZL A; 4A0X A; 2OAZ A; 2E1O A; 3SNC A; 2IJL A; 2L7K A; 4BHC A; 2JN6 A; 3SJ8 A; 4TV7 A; 1K7A A; 5FKK A; 5GPC A; 2FBK A; 1LFU P; 3P70 B; 4OGY A; 4RI0 A; 5EEG A; 3A7Z A; 3L09 A; 3MFJ A; 1C5M D; 1DWB H; 3BG8 A; 4HX4 A; 5CYV A; 1JGS A; 3IRQ A; 2VGC C; 5C5O A; 1JT6 A; 1Z1J A; 2XV4 S; 1C5L H; 5EQR A; 4YG2 F; 1F5T A; 2WSS D; 1S6H A; 2STT A; 2J97 A; 3SI4 H; 3FXK A; 1D0X A; 2EFW A; 1PUF A; 1U3E M; 2G0E A; 3UY9 A; 1T08 B; 3PB1 E; 1OWJ A; 4Y71 A; 4PDK A; 2WIN I; 1AFQ B; 4ACB A; 2VL8 A; 2Y69 H; 2PP6 A; 1RPW A; 2EIJ H; 3LSM A; 1E3P A; 3ZVG A; 2DK5 A; 2WPK S; 1ZH5 A; 1A3E H; 2WV1 A; 5E0G A; 3DV8 A; 2LH9 A; 4X2X A; 1A0L A; 4C9Y A; 1A2C H; 1IQG A; 2YR2 A; 1SAU A; 1BR2 A; 4NGA H; 1AOY A; 1XS9 A; 2FDA A; 1WSS H; 1O3I A; 3H5R A; 1XPX A; 2MGQ A; 3VYS B; 1CU1 A; 5LEJ A; 3PYH A; 4BXS A; 2G81 E; 3E91 A; 1OSS A; 4EJV A; 1AB9 C; 1H0M A; 4NIW A; 4DZJ A; 1BBR K; 3Q00 A; 2BZA A; 4OAZ A; 4S0H B; 2B0L A; 3MU4 A; 1C1S A; 3BPX A; 4EVI A; 3GZ5 A; 2LD5 A; 3R4K A; 5T1V A; 1O2S A; 1SGF A; 1ZEL A; 2B9L A; 1SGY E; 1X2N A; 4HX8 A; 3GCN A; 2NU1 E; 3SZP A; 1O5C B; 5A09 A; 4BAC A; 3ZZ9 A; 3FN8 A; 3D23 A; 3HRS A; 3OV8 A; 4JX4 A; 4FCY A; 2K9L A; 2LC2 A; 1K1P A; 1PUF B; 3L2Q A; 4XKW A; 1R7J A; 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1KZH A; 3OYP A; 2PMU A; 3GYL B; 1T0F C; 3DSO A; 4V2F A; 1R6R A; 3UR3 C; 5FL7 D; 3J81 Z; 1JIR A; 1Z1D A; 4FT8 A; 2HPQ H; 3RXD A; 1TP4 A; 2K9N A; 4JYK A; 1ELB A; 4NA8 A; 2K86 A; 1TQ0 B; 1V3X A; 1YPK H; 4ZC3 A; 1TE0 A; 4K1S A; 1BCU H; 4I8L A; 1I50 J; 3LOX A; 4B6E A; 3NUM A; 3T62 A; 3QYF A; 1XGN A; 3ZMT A; 2Y9Y A; 2R0Q C; 3SN8 A; 1O2Q A; 1YHQ I; 2C3S A; 4D0P A; 4ZDO A; 5DP9 A; 2GP9 B; 2QV1 A; 4ABJ A; 5C5N A; 3QDZ B; 4KT6 A; 4R1H A; 2ZB9 A; 3UNR A; 4GHQ A; 1ELF A; 4RGU A; 1MNE A; 3QQA A; 1OR7 C; 4FTH A; 2HFH A; 4BTU B; 4ON0 A; 1YCP K; 3TP0 A; 1CF7 B; 3N99 A; 2CWE A; 2M1B A; 2HNT F; 2V35 A; 4WCG A; 1LE8 A; 3RML H; 2TCT A; 1SPJ A; 4O9V A; 2CMP A; 2HVY B; 5AVD A; 1PPE E; 3WU1 B; 4CYC B; 1UK3 A; 1YP9 A; 2Y81 A; 2IBD A; 1SHH B; 2GKV E; 3D5R C; 4Y15 A; 4WX9 A; 1O2V A; 1SGC A; 1XTA A; 1RD3 B; 1F36 A; 2VJI A; 2L4A A; 1K1L A; 1AD8 H; 2BVR H; 3K4K A; 2Z3Y A; 1P10 A; 1U8R A; 3SU0 A; 5DCM A; 3FO8 D; 1EPT C; 4HF2 A; 4NHJ A; 1OWD A; 2CV1 A; 1BHX B; 1AMH A; 1YW9 A; 5BMZ A; 5C44 J; 2PKS B; 1GI0 A; 1W36 D; 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