The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
63
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sequence length |
208
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structure length |
208
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Chain Sequence |
MKLAPYILELLTSVNRTNGTADLLVPLLRELAKGRPVSRTTLAGILDWPAERVAAVLEQATSTEYDKDGNIIGYGLTLRETSYVFEIDDRRLYAWCALSTLIFPALIGRTARVSSHCAATGAPVSLTVSPSEIQAVEPAGMAVSLVLPQEAADVRQSFCCHVHFFASVPTAEDWASKHQGLEGLAIVSVHEAFGLGQEFNRHLLQTMS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and Biochemical Characterization of a Copper-Binding Mutant of the Organomercurial Lyase MerB: Insight into the Key Role of the Active Site Aspartic Acid in Hg-Carbon Bond Cleavage and Metal Binding Specificity.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| molecule tags |
Lyase,metal binding protein
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| molecule keywords |
Alkylmercury lyase
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| total genus |
63
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| structure length |
208
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| sequence length |
208
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
4.99.1.2: Alkylmercury lyase. |
| pdb deposition date | 2015-06-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03243 | MerB | Alkylmercury lyase |
| A | PF12324 | HTH_15 | Helix-turn-helix domain of alkylmercury lyase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3FN8 A; 3F0P A; 3F0O A; 3F2H A; 5C0T A; 5C0U A; 5C17 A; 3F2F A; 5DSF A; 3F2G A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2Z9I A; 2ANM H; 2L6O A; 2RDL A; 4PRO A; 3K2U A; 3SV9 A; 5LPE A; 4A1X A; 3FVF B; 1TGC A; 1AN1 E; 1HIA B; 2ODP A; 3V7T A; 1P3C A; 3F0O A; 1S0Q A; 7EST E; 1ZML A; 2AMQ A; 1ZJK A; 4YO9 A; 1NFU A; 1BTY A; 2KCA A; 2BY8 X; 3O8B A; 5T1V A; 3EA7 A; 3RXA A; 3ZZC A; 1AHT H; 2CF8 H; 3MO6 A; 1TWX B; 1P2Q A; 4WH6 A; 3PWB A; 1ELT A; 3DSP A; 4E06 H; 3M7Q A; 4DG4 A; 3BTK E; 1VKY A; 2FO9 A; 2NU4 E; 2VWL A; 3W95 A; 1P05 A; 1H8E D; 3EA9 A; 2O8U A; 1XM1 A; 3LH3 A; 1RIW B; 4U30 A; 3U98 H; 4KTS A; 1NFW A; 2VIO A; 2H9T H; 4OS1 A; 3PMH B; 4BTU B; 1G3D A; 4Z6A H; 1OSS A; 4M9F A; 2WUB A; 1A7S A; 6GCH F; 3SNC A; 2OC7 A; 2AMP A; 4ABE A; 1V2T T; 2ZQ1 A; 2XWA A; 1T8M A; 1VCP A; 2A31 A; 2BDG A; 2L74 A; 3TK9 A; 2R0K A; 1ZPB A; 2ANY A; 1SB1 H; 1AFE H; 1EZS C; 2XYA A; 2XBW A; 2KZ4 A; 2TGA A; 3MQK C; 3SUG A; 3ZYD A; 5TCA A; 3UWJ H; 3RU4 D; 2WYJ A; 3DFL A; 4U32 A; 1X7A C; 2R3Y A; 2SGE E; 3UNR A; 1T4U H; 1V2P T; 1C9T A; 1GMD F; 5EJL A; 5A0C A; 4MQA A; 4Z1M D; 3MO3 A; 2JET C; 2KAI B; 1Y3V A; 3PYH A; 1FDP A; 3EDX B; 2W3I A; 2BD4 A; 3SJK A; 1GBK A; 1DFP A; 1EZU C; 1BT7 A; 1J15 A; 1P2I A; 4DJZ B; 5EIY A; 1KXD A; 4I33 A; 4YOG A; 2IJO B; 4XE4 A; 2FEQ H; 1O5E H; 4RN6 A; 5L6N H; 4CRF A; 1OOK B; 1GJA B; 3UB0 A; 4MTB A; 1GPZ A; 1PPZ A; 1KXE A; 1TNJ A; 2CHA B; 1V2Q T; 2V35 A; 4IN2 A; 3UOP A; 3DA9 B; 4DVA U; 4RSP A; 1ZOM A; 1VGC B; 2FS8 A; 2THF B; 1W0Z U; 2ZGH A; 4D9Q A; 1HAZ B; 1TRN A; 5GCH G; 4D7G A; 3P8N A; 5IYT A; 3LON A; 1DAN H; 2WPJ S; 1ETT H; 1SGE E; 3C1K A; 1UHB B; 1QRW A; 1THS H; 4I86 A; 2BXT H; 5LGO A; 1GI1 A; 1CA0 C; 7GCH F; 1EPT C; 3SU4 A; 3SZE A; 1FJS A; 5FBI A; 4O03 A; 3TIU A; 3L33 A; 4MDS A; 1BZX E; 3Q76 A; 4K60 A; 4HFP B; 1YPM H; 2AER H; 5C1U A; 2FMJ A; 2AHM E; 2VU8 E; 3T25 A; 4X6P A; 2WPL S; 4HTC H; 4WME A; 5E0G A; 1DT2 A; 1FV9 A; 5TJX A; 4ZXX H; 4B2C A; 5GCH F; 1QL7 A; 3A84 A; 1QNJ A; 1LMW B; 1COW D; 3QLP H; 3STI A; 5F03 A; 1V2U T; 3FKS D; 2ZTY A; 2ZP0 H; 1TNG A; 4VGC C; 1LHF H; 1EX3 A; 1P3E A; 2SGA A; 3UNQ A; 2P16 A; 5E0H A; 1TNH A; 1TON A; 1J14 A; 1QBN A; 4Y7B A; 1P9U A; 2AGI X; 4U01 A; 3NZI A; 3LGI A; 1TQ7 B; 2JJ1 D; 3AW0 A; 4ABD A; 4FUF A; 1EUF A; 2HNT C; 3A8C A; 1Q2W A; 4BAH B; 1WAY B; 9EST A; 1ACB E; 5EJ1 A; 1IQF A; 1NU9 A; 2FTL E; 1O2J A; 2ZWL H; 3RC6 A; 5DP9 A; 2BTC E; 5EXM A; 1GL0 E; 4INL A; 1LHC H; 4UFG H; 4ZHA A; 3M5M A; 2Z7F E; 4IC6 A; 2ZDN A; 2BHG A; 3QN7 A; 1QUR H; 1W0K D; 5EG4 A; 5KGO A; 4Y8Y A; 2P59 A; 2K1Q A; 2GJG A; 1PFX C; 1TLD A; 1IQN A; 1LHG H; 1P2K A; 1QB9 A; 3SU6 A; 5DO4 H; 1MU8 B; 1MBM A; 1A46 H; 3V12 A; 1B0F A; 1HAX B; 3RML H; 2Y6T A; 2BLQ A; 1HJ9 A; 4K2Y A; 2G8T A; 3PLK A; 2NU0 E; 1FY4 A; 4JCN A; 3MWI U; 3A88 A; 1HGT H; 3DUX H; 1C1W H; 2G81 E; 1W12 U; 3TIT A; 2ZHW H; 1DPO A; 2AIQ A; 1HJ8 A; 1RIW C; 1CT2 E; 4WH8 A; 2JDI D; 2ZU5 A; 2ZIQ H; 1QL8 A; 3I29 A; 1UVU H; 3PM3 A; 1Z8I B; 1CU1 A; 3GIS B; 3ODD A; 4ABF A; 2PLX A; 1YGC H; 5J4S A; 2VJ1 A; 1OHH D; 2FPZ A; 1FNI A; 1GHY H; 1VCQ A; 2KCO A; 4LOY H; 2VNT A; 2GDD A; 1GI6 A; 2JH0 D; 1ZRK A; 1T4V H; 1O3C A; 3HK6 B; 4NSV A; 1Y3Y A; 4GCH G; 1YF4 A; 7KME H; 1O2W A; 1QIX B; 3LKW A; 4MPV A; 1T7C A; 4B2A A; 1BHX F; 4D8N A; 2J9N A; 3ZV8 A; 1O2I A; 1D3D B; 1VJ9 U; 4GAW A; 1HAO H; 3SW2 B; 3F9G A; 1OKX A; 4Y76 A; 4I7Y H; 5C94 A; 2H5C A; 5HIZ A; 4O97 A; 1RJX B; 4WVP E; 1Z6E A; 4CRE A; 4Y10 E; 4FUD A; 1ESB A; 4JZE H; 1DVA H; 2B9L A; 3EAJ A; 2ULL A; 4UON A; 1NU7 B; 3U9A H; 1RTF B; 1XXD A; 2UWO A; 5DKM A; 5I25 A; 3PTB A; 1WOF A; 2VID A; 1P0S H; 1UK3 A; 2CHA C; 2OQU A; 1O5A B; 1SSX A; 2FI5 E; 3U1J B; 1DUA A; 3S9A A; 3T62 A; 1AZ8 A; 4ZKN U; 2HNT E; 1RRK A; 1GI3 A; 3LGU A; 2PSY A; 2ZI2 H; 1DOJ A; 5E2O A; 2XCN A; 2OIN A; 3U28 C; 4DGJ A; 1YLD A; 4HI3 A; 4OS2 A; 1IQJ A; 8EST E; 3F0P A; 4Y0Y E; 1UTQ A; 3GDS A; 2BY5 X; 1HXE H; 1UVP A; 1CA0 B; 3ZZ5 A; 4FUC A; 3DCL A; 1GCT C; 4CRG A; 2Z9G A; 1G3E A; 1T8L A; 4MPW A; 1SR5 C; 4R0I A; 4UD9 H; 2EI7 A; 1DWB H; 2BYA X; 1MU6 B; 1C5Q A; 2XRC A; 5E8E H; 3OY6 U; 1DWC H; 1CHO F; 3OU0 A; 2D26 C; 3LC3 A; 2ODQ A; 1C5L H; 3ZVA A; 3JZ2 B; 1HFD A; 1SG8 B; 5L30 H; 2IN2 A; 2OBO A; 1C5R A; 3KID U; 4E7N A; 2ZPQ A; 2ZU4 A; 3WY8 A; 1YPE H; 1HCG A; 2BD7 A; 2IPH A; 4ABB A; 3PLB A; 1OS8 A; 1P03 A; 1C2L A; 2Q1J A; 1PPF E; 1DY9 A; 1GGD C; 1SFQ B; 1SGY E; 1O3A A; 1EAX A; 3QDZ B; 4TT3 D; 5GWZ A; 2FOF A; 4UFE H; 5A8Z A; 3FN8 A; 3A7Z A; 2XOK D; 2Z9K A; 2G52 A; 2XWB I; 2PSX A; 1AFQ B; 2BDH A; 3D65 E; 4O9V A; 2QF4 A; 2EC9 H; 1F0R A; 4KEL A; 1GVL A; 2ZTX A; 1NRR H; 1GJ7 B; 3HAT H; 5IDK A; 1Q3X A; 1C5V A; 1LQD B; 2QXG A; 2A4R A; 3RLY H; 5FXL A; 2M5T A; 3TH4 H; 2GV6 A; 1TA6 A; 3F2F A; 3F3B A; 2IJD 1; 1NBM D; 1N8O B; 2KFW A; 1SKY E; 5JPM H; 3RLW H; 2JET B; 4BAQ B; 1P9S A; 4TPI Z; 3WW7 A; 4TSF D; 3AAU A; 4Y11 E; 3KQD A; 4M7G A; 1KXF A; 5EW1 H; 2FOH A; 5IK2 D; 4FVD A; 2P8O B; 2VWN A; 2H9H A; 4BTT B; 2LEL A; 1G3B A; 1O35 A; 3ZYE A; 3KN2 A; 1TPO A; 3N99 A; 3E16 B; 2CJI A; 3TGJ E; 1N1L A; 2AS9 A; 2G5N A; 1J16 A; 1OWK A; 1NRN H; 3EYD A; 3ZZ4 A; 5B6L A; 1BRC E; 3V0X A; 3U69 H; 1HJA C; 1YP9 A; 1EAU A; 3P92 A; 3MNS A; 5FPT A; 1W3C A; 1WTH D; 1EKB B; 1O2N A; 4NZQ A; 1ABI H; 3SV2 H; 4IGD A; 1HXF H; 1CBW C; 3PMB B; 3RXR A; 2F4L A; 3SJ9 A; 1GDN A; 4YTA A; 3GY5 A; 4I8H A; 4RT1 A; 4FU8 A; 4R8T B; 1ETS H; 1GBF A; 4NA7 A; 3TNT A; 4Y8X A; 4NSY A; 1SQA A; 3DHK H; 3E0N B; 3TU7 H; 3MU8 A; 3D62 A; 5HIY A; 1TMU H; 3SV8 A; 2ZU1 A; 1K1N A; 3PV4 A; 3GY3 A; 1O2H A; 3PTN A; 5CHA C; 4B6F A; 2A4Q A; 2V7Q D; 1BIO A; 2P3U B; 1YPH C; 4RKJ B; 1FUJ A; 3ZVB A; 8KME 2; 1MD8 A; 1GWA A; 2F83 A; 3FO8 D; 2XNI A; 1BMA A; 4YLQ H; 2HGT H; 1Y5A T; 1LPZ B; 2GVF A; 2D2D A; 1GJD B; 2P3T B; 2OXS A; 4XDE A; 4E7R G; 5C3N A; 3ENS B; 3KQB A; 3FAO A; 4XD7 D; 1TOM H; 1G36 A; 2BX4 A; 3ZVG A; 3E0P B; 1C4V 2; 1VIT G; 1XVM A; 1V2V T; 2CF9 H; 5JBC S; 1SLX B; 3PMA B; 2WYG A; 3T26 A; 3MU0 A; 2G4T A; 1EP5 A; 4IW4 E; 1SI5 H; 3N7O A; 1YCP M; 4BAM B; 2W7U A; 3STJ A; 2W5E A; 3FP8 E; 4ABH A; 1FY1 A; 1YLC A; 3O8C A; 3RXG A; 5FX5 A; 4CBN A; 1O3N A; 3GDV A; 1C2I A; 1GHB G; 1JXP A; 3A8B A; 3TVJ B; 4DUR A; 1PQ5 A; 3URC A; 4NGA H; 1ELA A; 1WV7 H; 4GLY A; 1GBH A; 1EJM A; 2FYR A; 2GDE H; 4OS4 A; 5FL7 D; 1KTS B; 1L4D A; 1OWI A; 3LJO A; 4X8U H; 1YPG H; 1NRO H; 3UR9 A; 4D76 A; 3SNA A; 1O31 A; 2AIP A; 2VIN A; 2NU2 E; 3W1E A; 1HAG E; 1SGD E; 4B73 A; 1P8V C; 2Z6B D; 4WJG 2; 3T29 A; 1FPH H; 2PFE A; 3KQC A; 1HIA A; 1GCT B; 3AVZ A; 1C1M A; 2R0L A; 3MTY A; 3RM2 H; 2Z9L A; 2QN5 T; 2D1J A; 3D49 H; 1O3P B; 2BD9 A; 3GCT F; 3QO6 A; 1QJ1 B; 3GOV B; 1O3D A; 1RTL A; 3GY4 A; 5C2Z A; 1P2N A; 4NWL A; 3I78 A; 3RXT A; 3HKJ B; 1HLT H; 5L2Z H; 1XX9 A; 1K1O A; 5EOD A; 1HAI H; 1QB6 A; 5C5O A; 4GUX A; 4F48 B; 4NIY A; 2C8Z B; 2GMT B; 4WXI A; 2BOH B; 4ZUH A; 2WV5 A; 1HB0 B; 1AE5 A; 1DXW A; 3SU3 A; 2BY6 X; 3ODF A; 2BD8 A; 1V2O T; 2H1U A; 5GJ4 B; 3WWB A; 2HNT F; 2EY4 C; 3LU9 B; 3Q3K A; 1K22 H; 1DX5 M; 1V2K T; 2OC0 A; 4X1Q U; 1WTG H; 1TYN A; 3SJ8 A; 1O34 A; 4X1P U; 3RMN H; 4CH2 B; 1EAT A; 3SUF A; 1QRX A; 1GMD G; 3VB5 A; 3VB7 A; 4D7F A; 1PJP A; 1BBR K; 3R0F A; 3TLO A; 5BPE A; 1ZTJ A; 2BZ6 H; 1C5W B; 1O2Y A; 1V3X A; 2KR7 A; 5DP8 A; 2GCH G; 2Z3E A; 4BXW A; 4MVN A; 1KDQ A; 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1GBB A; 2FWW A; 3B8J A; 4AG2 A; 6GCH G; 3MMG A; 1QBO A; 4DT4 A; 4YES B; 1BHX B; 1F0T A; 2ZQ2 A; 3BTD E; 2QE7 D; 4FUJ A; 4JYT A; 2Y82 A; 3VB3 A; 3SNE A; 2XC0 A; 3F9E A; 2EI6 A; 1Y8T A; 4ZKO U; 1ZTK A; 5EOK A; 3MH7 A; 2Y7X A; 1UVT H; 3IG6 B; 1TRM A; 1NFY A; 2BX3 A; 2AFQ B; 1SBW A; 1G30 B; 2RG3 A; 2RA3 A; 2ZFP H; 4TWW A; 1GHA G; 2OTV A; 3OX7 U; 4ZMA H; 3SUE A; 4AOQ A; 5C20 A; 1J9C H; 1UVO A; 2PP6 A; 5A8X A; 1RS0 A; 1F0U A; 2B8O H; 3RC4 A; 5FX6 A; 1MCT A; 1PPB H; 3U1I B; 2HRV A; 1Q31 A; 4GHT A; 1NBM E; 1OP8 A; 4DY7 B; 2GT7 A; 2Z3C A; 1CT4 E; 1O2L A; 5K7R A; 2C90 B; 3BTM E; 2WZQ A; 5DSF A; 4ZHM U; 3VB4 A; 1BRB E; 5EQQ A; 1TMT H; 2V3M A; 2ZF0 H; 3QZQ A; 1JIR A; 3A8D A; 1C5X B; 3TGI E; 4MPU A; 3GS9 A; 1Y3X A; 2ZDV H; 4HZH A; 1BDA A; 1IQL A; 2RFK C; 1EJN A; 1MTN C; 5F8T A; 1SPJ A; 1Z8J B; 4AFS A; 1M9U A; 3RXO A; 3SBK A; 1ZRB A; 4HG6 A; 3S9B A; 1PPE E; 2P8O C; 2QY0 B; 1VR1 H; 2BVR H; 1OWD A; 3QGJ A; 5E2P A; 3SHA H; 5JB8 S; 2PWX A; 3ZZA A; 4AGJ A; 4Q4L A; 2BD2 A; 4AOR A; 3MNB A; 3VGC B; 2NU1 E; 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