The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
99
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structure length |
94
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Chain Sequence |
VPELPEDYEISEKTIITPIGVLKSAFENNIIIHATRVLKEGSIFCLEDRTLIGMLTEVFGPLQNPFYRIKLPDSKKNLFDELKVRLGEKAFIVT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Box H/Aca Rnp Assembly Factor Naf1P Contains a Domain Homologous to Gar1P Mediating its Interaction with Cbf5P.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule tags |
Ribosomal protein
|
| molecule keywords |
NAF1
|
| total genus |
17
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| structure length |
94
|
| sequence length |
99
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-06-19 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Probable tRNA pseudouridine synthase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3U28 C; 3MQK C; 2EQN A; 3UAI C; 2EY4 C; 2HVY B; 2RFK C; 2V3M A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2GGV B; 1D6R A; 1TGS Z; 2QF5 A; 3B9F H; 2EEK A; 1SKY E; 4JCN A; 5EU8 A; 1TIO A; 1O5F H; 1Q31 A; 1LDT T; 2WPD D; 1EQ9 A; 1ETR H; 4XE4 A; 1MAX A; 1ZSL A; 3H5C B; 3LON A; 2ZPS A; 1C5U A; 1AUJ A; 3A8A A; 4HZH A; 3GCH C; 3ZZ3 A; 1FAK H; 1GI9 B; 2AH4 X; 2ALP A; 3RM2 H; 2ZFT A; 1HAV B; 1YPM H; 2PKS C; 2WUB A; 4FUD A; 4ZMA H; 3SJ8 A; 3MMG A; 3EYD A; 3OY5 U; 1EOJ A; 1SGQ E; 4B2C A; 2AIP A; 5JBA S; 5T6G A; 3LPR A; 2BY5 X; 2ZFS A; 2C8Y B; 1E1Q D; 1HIA A; 4Q4L A; 3PM3 A; 1ELB A; 1X7A C; 4JK6 A; 1GJ6 A; 4F55 A; 3PO1 C; 1UTJ A; 1OHH D; 4FUF A; 2FDA A; 1HUT H; 3ZZ5 A; 2WPH S; 2UWP A; 1K9O E; 1B5G H; 1ESA A; 1QRZ A; 1YCP K; 1BML A; 5GCH F; 5IDK A; 3F6U H; 1S6L A; 1P12 E; 1A7S A; 1MBM A; 4M9F A; 2C8X B; 3E8L A; 1EPT C; 3MFJ A; 3RXU A; 1AQ7 A; 4ABG A; 3ZZ9 A; 1YGC H; 2H9E H; 1S85 A; 3SUE A; 2FYR A; 1LVO A; 4AG1 A; 2ZHF H; 4A1T A; 1W12 U; 1P8V C; 2QIQ A; 1XXD A; 3O8D A; 1DFP A; 4I33 A; 5IYT A; 4JZ1 A; 4OGX A; 2G5V A; 1H8D H; 1QHR B; 2HGT H; 2QN5 T; 4Y11 E; 2AMD A; 4AN7 A; 3NCL A; 1DY9 A; 4BAO B; 2BDH A; 1W2K H; 1V2W T; 2KCY A; 3MYW A; 3L6P A; 2O8L A; 1C2K A; 1H9H E; 1SBW A; 2AGE X; 2VWO A; 3A89 A; 1GHA F; 3ITI A; 2FOC A; 2EI6 A; 2XBY A; 4GSO A; 3SJI A; 3UNQ A; 2JET B; 3HPT B; 4GCH G; 2EI8 A; 1C5V A; 1FXY A; 2AFQ B; 1XXF A; 2ZU3 A; 1SFI A; 2VWM A; 1TNJ A; 2J2U A; 3A83 A; 4U2W A; 4ZHL U; 3SHA H; 1HAG E; 3RXA A; 4MPW A; 4ZHA A; 3SOR A; 4NCY A; 1YPG H; 3EDX B; 1AE8 H; 2KAI B; 5C5N A; 2A5A A; 5DK1 A; 2Y5G A; 1ZJK A; 3E1X B; 1EAI A; 3BSQ A; 3TPI Z; 1YPJ H; 1QBN A; 4TT3 D; 4NIW A; 3N7O A; 4O9V A; 2V35 A; 4NSY A; 1C5O H; 1TAL A; 5FCK A; 1UK3 A; 2ZTX A; 4X8S H; 3SQH E; 4ZHM U; 4B6E A; 2OTV A; 1WQV H; 2SGE E; 8EST E; 3KYG A; 5EG4 A; 4YLU A; 3URD A; 1RGQ A; 1C2H A; 2PKA B; 4NIV A; 2AMQ A; 4CR5 A; 4K60 A; 4NG9 H; 2ZU2 A; 1GCT B; 1SLW B; 4YT7 H; 2HNT F; 1GMD F; 2G55 A; 5JB8 S; 2XWB I; 4GUX A; 1DAN H; 2W26 A; 2WIN I; 1J9C H; 1PPG E; 3U8R H; 3OU0 A; 3TLO A; 1GBT A; 2QCY A; 1AE5 A; 1B7X B; 1HRT H; 2Z9K A; 3BG4 B; 4UFF H; 3SU3 A; 1GI5 A; 2ZFQ H; 2BD5 A; 4DUR A; 1C5X B; 1O2Z A; 3FO8 D; 1O2H A; 1QB6 A; 1TQ0 B; 2HWL B; 1IQE A; 4I31 A; 1G9I E; 1GL1 A; 1SGY E; 4XBC A; 5FX6 A; 4UEH H; 1C5T A; 2J97 A; 2FOD A; 1O2P A; 1G32 B; 3RXK A; 3GY4 A; 3LJO A; 4AGJ A; 3BN9 A; 1WDI A; 1J16 A; 1MTN C; 1UVU H; 1O5A B; 4K1E A; 3RXP A; 2F4L A; 3EA9 A; 5DPA A; 1AVG H; 1Z8G A; 1C5R A; 3GOV B; 1GHA G; 4E7R G; 3MH4 A; 1S6H A; 2CF9 H; 3NPS A; 1IQN A; 2O8T A; 4H6S B; 4ABA A; 1ANC A; 4X2W A; 2ZFR H; 1XX9 A; 2BLV A; 2Z3E A; 3GIC B; 1A3E H; 2BQ7 B; 1O2Y A; 3GCT F; 4GHT A; 1HJA B; 3SNB A; 1JMO H; 1YC0 A; 1P0S H; 2I6S A; 1TRY A; 3UFA A; 3PRD A; 2A32 A; 1C5L H; 1ELV A; 1EJA A; 1F92 A; 3DSG A; 4ABI A; 1OOK B; 3P8O A; 4Q63 A; 1KXD A; 1GBK A; 1K0H A; 3MNB A; 4RT0 A; 2FYQ A; 4O97 A; 2QYI A; 1UTM A; 6CHA C; 1IQM A; 4AX9 H; 1TPP A; 7LPR A; 1UCY E; 1YM0 A; 2PKS B; 1KLT A; 2GZ9 A; 3DHK H; 3RXE A; 1AIX H; 1GVL A; 1D6W A; 3M5O A; 3M36 A; 2FS8 A; 1C2D A; 1F0S A; 1XUK A; 2M5T A; 2W5E A; 1SGF G; 2BY9 X; 1BJV A; 1ZR0 A; 3MO6 A; 5GND A; 3RML H; 1DVA H; 2JJ2 D; 4ABD A; 5DP5 A; 1G3E A; 3MH6 A; 3A8B A; 2HRV A; 2G51 A; 1GJD B; 1P2K A; 1O3K A; 3PTN A; 1G37 A; 3RLY H; 2CHA C; 1MCV A; 1UVO A; 3NZI A; 1DY8 A; 1OS8 A; 3LOX A; 3ENS B; 1W3C A; 1UHB B; 3KHV A; 4IMZ A; 4E05 H; 1HDT H; 1J14 A; 2GVF A; 2XC4 A; 3TGJ E; 3ZYD A; 1G2M A; 1ZGV A; 4X1S U; 3PLP A; 4MPV A; 1GHZ A; 1GBE A; 3PV4 A; 1DIT H; 5FPY A; 2BY8 X; 2UWL A; 1NRR H; 3VB3 A; 1A0L A; 4NGA H; 2ODY B; 1INC A; 1SFQ B; 2D26 C; 1NTP A; 3UR6 A; 1B0E A; 4I32 A; 3F0O A; 4AB8 A; 3F1S B; 1FY4 A; 2GJG A; 2SGQ E; 2B7D H; 1MH0 A; 5DGJ A; 2BZA A; 1E35 B; 1ESB A; 1QR3 E; 1C9T A; 1T32 A; 1T8M A; 5C1X A; 2RA0 A; 1FUJ A; 1EOL A; 3ZZA A; 1TLD A; 1L2E A; 4NIX A; 3TJU A; 2UUK B; 3ZZD A; 2Q6D A; 4U32 A; 1JBU H; 4IGD A; 1ARC A; 2OBQ A; 3AAV A; 2GD4 B; 2QC2 A; 1K1I A; 1L0Z A; 2QXG A; 2WPI S; 4MPX A; 3SNC A; 1ORF A; 1G36 A; 1W7G H; 4D9R A; 1YPH E; 2PGB B; 4CBN A; 4K1T A; 5EQS A; 2AYW A; 2BVS H; 1JOU B; 3KNX A; 2Z3C A; 3V3M A; 3U1J B; 5C5O A; 2ODP A; 1E0F D; 2Y7Z A; 1E34 B; 4K69 A; 1P05 A; 1EXF A; 4JK5 A; 1W0Z U; 3M5N A; 1OKX A; 1BTW A; 1W10 U; 2VIO A; 2TRM A; 3SBK A; 3FKS D; 1KLJ H; 2R2M B; 3DCL A; 1UK2 A; 3A7W A; 1H9L B; 3PMA B; 1QL8 A; 1XKA C; 1Z1I A; 2QAA A; 1O2K A; 5F8T A; 2ZDL A; 1O33 A; 3AW1 A; 1G3D A; 2F9P A; 1CA0 B; 2GMT C; 1SQA A; 1C5P A; 5I25 A; 1HAP H; 1Y5B T; 1KSN A; 1TX7 A; 2CK3 D; 2VIQ A; 5HYO A; 3M3V A; 5DP7 A; 1Q3X A; 1Y59 T; 3M7U A; 5HMA A; 3N7D A; 2OLG A; 4FVD A; 1C1Q A; 1GBL A; 4AYY B; 2BM2 A; 3R0F A; 1HJ8 A; 1G3C A; 2P93 A; 4O3T A; 1HAV A; 1MTW A; 3ZV9 A; 1K28 D; 1THR H; 1PPH E; 5EQQ A; 2FTL E; 1OXG A; 4I7Y H; 1O0D H; 2BDB A; 2YMS B; 1NM6 A; 3OX7 U; 1TAB E; 1AO5 A; 2K1Q A; 2H1U A; 4P02 A; 2JH0 D; 2OIN A; 1ELC A; 1A2C H; 1C1S A; 4Y76 A; 1ZHR A; 2V0B A; 1O3J A; 3QGN B; 3KN2 A; 1SGP E; 4X6N A; 1CGI E; 1T4U H; 2GDE H; 2BLQ A; 3U8T H; 1OYT H; 2ZGH A; 1BTZ A; 1XKB C; 2PUQ H; 1Y3V A; 2BDY A; 4WH8 A; 3LH1 A; 3F0P A; 3MU1 A; 1FN6 A; 1UO6 A; 1D9I A; 2V3O H; 1ID5 H; 1XUJ A; 2GV6 A; 2BMG B; 3RXS A; 2WZQ A; 4BTI B; 1VCW A; 1UTP A; 3SU6 A; 2DE8 A; 3E3T A; 2LEL A; 1L1G A; 2PLX A; 5C67 A; 1CT0 E; 5EW1 H; 5A2M H; 1COW D; 4I8K A; 1GL0 E; 1ABJ H; 1EUF A; 5AF9 H; 4D76 A; 4YXW D; 1FX0 B; 1O3G A; 2C8W B; 2UWO A; 1MTV A; 2NU4 E; 2KCA A; 5C0T A; 1MTN B; 1P2M A; 3UB0 A; 4DT4 A; 1H1B A; 5EOK A; 1BRA A; 2K0Q A; 2BDA A; 2AGG X; 3TIU A; 1A5I A; 1T8O A; 2BD9 A; 1GBI A; 1O5C B; 1BTU A; 1CU1 A; 1VCQ A; 1HAX B; 3PLB A; 1C2L A; 1IQF A; 1UTQ A; 1VJ9 U; 3KF2 A; 3F2F A; 1TQ7 B; 2G4U A; 2GZ7 A; 3OSY A; 1VKY A; 3E0N B; 2XCN A; 1LVY A; 2BD8 A; 3ZIA D; 2H2Z A; 1UTK A; 1Y5U T; 2BQ6 B; 2RDE A; 6GCH F; 1CHO F; 4ABF A; 2FXR A; 3MO9 A; 1GJB B; 1HBT H; 1JIM A; 4F48 B; 4B2A A; 4ZCN A; 5GJ4 B; 1PPZ A; 1DPO A; 3QO6 A; 4AOQ A; 1ZPB A; 2OC7 A; 3VXF H; 2ZTZ A; 5FXL A; 4CRE A; 3URC A; 1D3Q B; 1S82 A; 1TA6 A; 1LHF H; 2TGP Z; 1FQ3 A; 3TNT A; 2FOG A; 3BTM E; 3LGY A; 3TK5 A; 1L4Z A; 4TY6 A; 5GIB A; 1TPO A; 3FZZ A; 2G00 A; 4DOQ A; 1GHX H; 3T29 A; 2OK5 A; 1UTO A; 2HNT E; 2ZQ2 A; 2ZPR A; 4RKO B; 5C20 A; 2F9O A; 1A46 H; 1MBQ A; 4X8U H; 2R0K A; 3Q3X A; 3OFN D; 4INH A; 5FPT A; 1YWU A; 3TIT A; 2BD4 A; 1LCY A; 3N99 A; 1YKT A; 1W7X H; 4AB9 A; 3P6Z B; 1P11 E; 1AMH A; 1K1N A; 5JPM H; 4ISN A; 3GCT G; 2XC0 A; 1NO9 H; 4TWW A; 5A0B A; 2V3M A; 5K7R A; 2H9H A; 4THN H; 1XUH A; 1QQU A; 2EQN A; 2XNI A; 3M35 A; 3UAI C; 2A0Q B; 1S6F A; 3NWU A; 2J94 A; 3IWM A; 1QB1 A; 4YLQ H; 3UOP A; 3GDS A; 5HM2 A; 2A4G A; 3SNA A; 1SGF A; 3VPK A; 1MU6 B; 3STI A; 3O8R A; 4Q7X A; 1CVW H; 1TRN A; 4YT6 H; 3WW7 A; 4XD7 D; 4ISO A; 1MKX H; 2ZP0 H; 3VGC C; 2VGC B; 2RDL A; 3QN7 A; 2J98 A; 4BNR A; 3OY6 U; 2BQW B; 4K2Y A; 1PYT D; 2XXL A; 4BXW A; 3A8C A; 2IJO B; 2A45 B; 1YYY 1; 2HLC A; 1LHG H; 1QL9 A; 1YPL H; 4CHA B; 5FCR A; 1O5E H; 1ELT A; 1HPG A; 1C1W H; 3SNE A; 4A5T S; 1GJ4 H; 1HIA B; 1TPA E; 3CP7 A; 4MNW A; 2J4I A; 1J8A A; 1V3X A; 2C8Z B; 2F3C E; 3AAS A; 3QUM P; 4AGK A; 3GY6 A; 1HNE E; 1O2Q A; 1UVT H; 3LC5 A; 3S9B A; 1MU8 B; 2ANM H; 2BVR H; 4WME A; 3P8N A; 2FES H; 1FY5 A; 1GG6 C; 3CS0 A; 1XVM A; 4KEL A; 1WQS A; 4WMF A; 6EST A; 1SQT A; 1YPE H; 1ZML A; 1JXP A; 3M61 U; 2FEQ H; 4KKD A; 3SI3 H; 4DII H; 3ZYE A; 4TY7 A; 4WJG 2; 3M3T A; 1W0Y H; 2O9Q A; 1MQ6 A; 1TPS A; 3A7Y A; 1ZOM A; 2A1D B; 1O2U A; 3HK3 B; 3LJJ A; 3RXT A; 2ZHW H; 2PV9 B; 5LGO A; 7GCH G; 5LPR A; 3RXD A; 3ZVC A; 3RC4 A; 1IHS H; 1GGD C; 2EA3 A; 4BAQ B; 3L33 A; 5E2O A; 3ZV8 A; 1FAX A; 4INL A; 1ARB A; 4FU9 A; 2QXJ A; 4ISL A; 1LHC H; 1B0F A; 2G5N A; 2O8W A; 1UTN A; 1AWF H; 2ALV A; 1C4V 2; 2VIP A; 5TJX A; 1RJX B; 4X1N U; 1PYT C; 1PJP A; 3HKJ B; 5A8Y A; 3ZVA A; 1PQ7 A; 1GI8 B; 3QLP H; 1CBW C; 2F9N A; 2P3T B; 5F6M A; 3ZVB A; 1FZZ A; 3KGP A; 5T6D A; 1QNJ A; 1V2K T; 4CHA C; 1KLI H; 1HXF H; 2P3U B; 1MUE B; 2WV5 A; 2J92 A; 1KTS B; 1RXP A; 2OQ5 A; 1VJA U; 2HVX A; 5TCA A; 4DW2 U; 1OX1 A; 5E8E H; 4TWY A; 1GHB F; 3GY3 A; 4I8J A; 1ZTL A; 2P16 A; 4MNV A; 4SGB E; 3E6P H; 1DWD H; 4D7F A; 3A8D A; 1VCP A; 1TGC A; 5ETX A; 4ASU D; 1AU8 A; 5C1Y A; 1W14 U; 4YM9 A; 1TGT A; 1OYQ A; 1HGT H; 2QV1 A; 2FMJ A; 4KTU A; 4Q80 A; 3QWC H; 3BTT E; 1K2I 1; 2FTM A; 3SV9 A; 2GT8 A; 2BVX H; 2P59 A; 1O2X A; 3Q00 A; 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4XDE A; 2OXS A; 1AFQ B; 3PWC A; 2Y5H A; 2WYG A; 5L6N H; 1V2N T; 4B76 A; 4YES B; 1ZPC A; 2J34 A; 2ILN A; 3KQD A; 4X0W U; 4U30 A; 5C3N A; 1Z71 A; 3SV8 A; 4NA8 A; 1K1P A; 4M7G A; 3SGB E; 1MZD A; 2VGC C; 2JET C; 3PWB A; 4HG6 A; 1GMC G; 3UWJ H; 1BRU P; 5L2Y H; 1BIO A; 1CQQ A; 1QTF A; 4KTS A; 1NFU A; 5A09 A; 1TNI A; 2ASU B; 1XUF A; 2YMS C; 1NT1 A; 3SU0 A; 4KGA A; 3RMN H; 2I6Q A; 1WSS H; 1QIX B; 2THF B; 1EZX C; 4NWK A; 2TIO A; 1PPE E; 4ABB A; 2CJI A; 3F9G A; 1TYN A; 4NWL A; 2D1J A; 1GHV H; 1KMH B; 2HPQ H; 4DT7 B; 2HLD D; 1V2P T; 3KQC A; 3GIS B; 4ABH A; 2GCH F; 4ZRO A; 4ZXX H; 2Y6T A; 1SOZ A; 3E91 A; 9EST A; 1W0K D; 1O2L A; 3U1I B; 4ACA A; 5JBB S; 1U6Q A; 3HK6 B; 5BPE A; 1BMF D; 5A0A E; 1MKX K; 1O2M A; 3PMB B; 1A5H A; 1AZ8 A; 3UIR A; 1J15 A; 1TON A; 2FLB H; 4BAN B; 4AZ2 B; 2L74 A; 4NA7 A; 1ELF A; 1OP0 A; 4TPY A; 4UDW H; 1ZLR A; 1KYN A; 4FUE A; 2WUC A; 3OE7 D; 2W3I A; 1GJ9 B; 1FPH H; 4NZQ A; 1VZQ H; 1LPK B; 2XBX A; 3RC5 A; 2PR3 A; 3PRO A; 2ODQ A; 2RFK C; 2BD7 A; 1K1O A; 1ZZZ A; 1OWJ A; 3GCO A; 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