The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
99
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structure length |
94
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Chain Sequence |
b'VPELPEDYEISEKTIITPIGVLKSAFENNIIIHATRVLKEGSIFCLEDRTLIGMLTEVFGPLQNPFYRIKLPDSKKNLFDELKVRLGEKAFIVT'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
NAF1
|
| publication title |
The Box H/Aca Rnp Assembly Factor Naf1P Contains a Domain Homologous to Gar1P Mediating its Interaction with Cbf5P.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| molecule tags |
Ribosomal protein
|
| total genus |
17
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| structure length |
94
|
| sequence length |
99
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-06-19 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Probable tRNA pseudouridine synthase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2V3M A; 2RFK C; 2EY4 C; 3MQK C; 3UAI C; 2HVY B; 3U28 C; 2EQN A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5K7R A; 1C5V A; 5EOD A; 4DIH H; 2K1Q A; 2GV6 A; 4WMF A; 2VBC A; 1IQG A; 2FOB A; 2QXJ A; 1UVT H; 1QZ8 A; 3RU4 D; 5EJL A; 3Q76 A; 3A7W A; 1O5F H; 4UFD H; 5F03 A; 1YCP H; 2XC4 A; 3OTP A; 1DIT H; 5DSF A; 2CF9 H; 1W0Z U; 1GBD A; 1VGC C; 2VVC A; 2BOH B; 1NZQ H; 2CHA B; 4X2Y A; 4UFG H; 1GBH A; 5FL7 D; 4UD9 H; 1TLD A; 2WHX A; 3H7T A; 4ABI A; 1W7X H; 3SNB A; 1P03 A; 1RXP A; 4JZE H; 2TPI Z; 1XVO A; 5FHT A; 1HRT H; 4ZMA H; 2OBO A; 1NRO H; 1TNG A; 1YWU A; 4I8K A; 1CE5 A; 1OP8 A; 2ODQ A; 3E16 B; 3STI A; 1N8O B; 1ZR0 A; 1C5N H; 4JK5 A; 1HDT H; 1SGN E; 1Y5B T; 3TLO A; 6CHA B; 1OWH A; 1SMF E; 5LH8 A; 1AKS A; 1VCP A; 2Q6G A; 1ZJD A; 4B1T A; 1DPO A; 1QR3 E; 1QQ4 A; 1BTZ A; 3MU1 A; 1F5K U; 1HPG A; 7KME H; 1TA6 A; 2J98 B; 4RT0 A; 3KGP A; 4CRE A; 1BMA A; 1S6L A; 2O8T A; 1MCV A; 2O8L A; 3DFL A; 3GIC B; 3HK6 B; 2FPZ A; 1ELE E; 3A84 A; 1QJ6 B; 1TAW A; 1LO6 A; 5FXL A; 2STB E; 3M7T A; 1BQY A; 2GV7 A; 1HAX B; 3VXE H; 1K28 D; 5EXN A; 1T8O A; 5AF9 H; 1RFN A; 3O8D A; 4NIX A; 4B2C A; 1DY9 A; 4AG2 A; 1SBW A; 2GZ8 A; 3VGC C; 1VKY A; 4F48 B; 4FUJ A; 5A0A E; 5HGG A; 2JKH A; 1ZHM A; 1T8N A; 2HNT F; 1Z8J B; 5DK1 A; 1S6F A; 1O35 A; 2XTT B; 4OS7 A; 4AB9 A; 5E0G A; 5C1X A; 2P94 A; 1C9P A; 1RIW B; 2BDB A; 4IC6 A; 5HMA A; 1E34 B; 1XKB C; 3HAT H; 1LQE A; 3KCG H; 2R0K A; 2EI8 A; 3QN7 A; 1PQ8 A; 5FX6 A; 4TY7 A; 1BML A; 3MNB A; 1W13 U; 2XBY A; 3HGN A; 3M61 U; 1V2P T; 2JH0 D; 3T2N A; 3TVJ B; 1K1I A; 1O2O A; 2ZCK P; 2OCV B; 1HJ8 A; 3GDS A; 2Z7F E; 7GCH F; 2A4G A; 3SU1 A; 4HFP B; 1D3Q B; 1KLI H; 1Q2W A; 3N99 A; 2CMY A; 5B6O A; 2XWB I; 1V2Q T; 2D1J A; 1SL3 A; 1WYK A; 1VZQ H; 2HLD D; 1A4W H; 2XND D; 4J2Y B; 1GI3 A; 2H9H A; 2STA E; 1B5G H; 1SQR A; 3SZE A; 4BOH A; 1X7A C; 2BX3 A; 3S9A A; 4A1T A; 1YM0 A; 1HXF H; 3U8O H; 1QRW A; 2KM0 A; 1G36 A; 1QY6 A; 3CP7 A; 3FFG A; 3A7Y A; 3RXI A; 5CHB A; 2BD5 A; 4YLQ H; 1JIR A; 4FVB A; 1NN6 A; 3QTO H; 1K22 H; 3GCN A; 1B0E A; 1C2H A; 3BG4 C; 4K3J A; 3Q3X A; 1VCQ A; 4DUR A; 1GHW H; 1P05 A; 3MH7 A; 4CRF A; 4VGC B; 1S0R A; 2NU3 E; 1K1M A; 1C5W B; 4SGA E; 1O2V A; 3M3V A; 3KNX A; 4CR9 A; 4I31 A; 1Z8G A; 3BG8 A; 1N1L A; 3NRL A; 4IGD A; 3FVF B; 5ABW A; 2PHB A; 2BM2 A; 2FZZ A; 1ZPB A; 3ZZ4 A; 2CGA A; 1DFP A; 4P00 A; 8KME 2; 3VB3 A; 2ZHQ H; 4ZH8 A; 3UQO A; 1TMB H; 4JZD H; 3H7O A; 1IQH A; 4I7Y H; 1AIX H; 2O9Q A; 4Z6A H; 2F9U A; 5C5O A; 4LZ1 H; 2FOE A; 3UNR A; 3FZZ A; 2WYJ A; 5AFZ H; 1ID5 H; 3PV5 A; 1SHY A; 1BTH H; 1F92 A; 5CDF E; 3B8J A; 3SU3 A; 4JYU H; 4Q63 A; 2AMD A; 1GPZ A; 1KMH B; 3RU4 T; 1V3X A; 2Z3D A; 2Y7Z A; 2FLR H; 4RKJ B; 1O2I A; 2A7C A; 1GBF A; 2SGF E; 1UK3 A; 3V7T A; 1PPE E; 1AQ7 A; 1CT4 E; 4NFE A; 3N7E A; 3P8N A; 2ZNK H; 2IPQ X; 3DT0 H; 2D26 C; 1F0U A; 5A8X A; 7GCH G; 1P02 A; 5L2Y H; 2VIP A; 1MZD A; 1CT0 E; 1XUI A; 1E1Q D; 4RSP A; 3VEQ B; 3SV9 A; 3F2H A; 2C8Z B; 2BZ6 H; 3F6U H; 3UIR A; 5EPY A; 1GMH F; 2YMS B; 4YOG A; 1P8V C; 3GY5 A; 3ATW A; 3FP6 E; 2W5E A; 1P9U A; 1DX5 M; 1O2W A; 1A2C H; 2ZU5 A; 1N6X A; 4Y79 A; 3LON A; 1Z8R A; 1C4V 2; 2ZTY A; 4K5Z A; 4ZKO U; 2G4T A; 2FI3 E; 3RXA A; 1DWE H; 1ETS H; 4WJG 2; 4X6P A; 1MKW K; 1V2U T; 1QBO A; 5HM2 A; 4A1V A; 3PMA B; 1EPT A; 2HNT E; 4FOU C; 5HIY A; 3I29 A; 5DP7 A; 1JMO H; 1GMC F; 2JET B; 4A7I B; 4NA7 A; 4GCH F; 3QGJ A; 4D7G A; 1VIT F; 3LGT A; 2PV9 B; 3T26 A; 3EE7 A; 4IN2 A; 4ABD A; 1AY6 H; 2J38 A; 2R2W U; 1P57 B; 2L74 A; 1QGF A; 5BPE A; 1RTK A; 1UW7 A; 1W0K D; 3WWF A; 1SFQ B; 2ZU3 A; 4QT8 C; 3URC A; 1QA7 A; 4K1S A; 2VVU A; 1FX0 B; 1AU8 A; 5JBA S; 4K69 A; 4INH A; 1AGJ A; 4YLU A; 2JIZ D; 1AND A; 3PMB B; 4MPV A; 1AE8 H; 3NXP A; 4I33 A; 1WBG B; 5EQR A; 5C0T A; 1TPA E; 2CF8 H; 1GI8 B; 2H9E H; 2AGI X; 3ZZA A; 1GJ6 A; 1UTM A; 4B2B A; 3WWB A; 3ZZ6 A; 1AFQ B; 5SGA E; 3M5L A; 2ZIQ H; 4XBB A; 4JZI A; 2ULL A; 4DJZ B; 1A46 H; 1XKA C; 3IWM A; 1P10 A; 3PO1 B; 5GND A; 1W2K H; 1C5T A; 4YZU A; 5FPT A; 1KXB A; 2QIQ A; 1DWC H; 1MCT A; 3SHC H; 3O8R A; 1HAP H; 2XCF A; 4OS1 A; 1GBK A; 3T5F H; 2W3I A; 1K21 H; 2ZG0 H; 1C5O H; 1GMH G; 1DLE A; 1H8D H; 1O5G H; 3KQB A; 5K0H A; 2BDI A; 2WIN I; 1AE5 A; 3P8F A; 2M5T A; 1TGT A; 3MO6 A; 4FUG A; 2BD9 A; 2XC0 A; 2ZGJ A; 3IG6 B; 2H2Z A; 2P8O B; 1GBA A; 2C90 B; 1CHO G; 1BCU H; 1NS3 A; 3OEH D; 1SGT A; 3K9X B; 4Z1M D; 2WPL S; 3SQE E; 3ATI A; 4E06 H; 5EXM A; 2BDH A; 3RXL A; 1O3O A; 1W0J D; 1UVU H; 1RGQ A; 2IOT A; 1GMC G; 4Y7B A; 4GCH G; 1LTO A; 1VIT G; 2WPM S; 3ZZ9 A; 1OWJ A; 2EQN A; 1C1W H; 2CHA C; 5JBT A; 1AVG H; 4WMD A; 1AVW A; 4X1Q U; 1TFX A; 3QZR A; 4DVA U; 1Z6J H; 3CS7 A; 3WY8 A; 1O3I A; 4INL A; 4DT7 B; 1A5G H; 1LQD B; 3L33 A; 3TK9 A; 2H6M A; 3NWU A; 3TK6 A; 4NSV A; 1T8M A; 3LC3 A; 2KAI A; 1QIX B; 2KCP A; 1FUJ A; 1YCP K; 3KN2 A; 3S7K B; 5DO4 H; 3RXD A; 1Y59 T; 3EDX B; 1UVP A; 4F55 A; 1N8O C; 1TX6 A; 1C5Q A; 3TGI E; 1ZHR A; 6CHA C; 1HJA B; 5KED A; 4BAM B; 4DCD A; 3PRD A; 2QC2 A; 1TMU H; 1UO6 A; 3BN9 A; 1EAU A; 1NBM E; 4I8J A; 1O31 A; 3GYL B; 1H9L B; 3LPR A; 5EU8 A; 5A0C A; 3OE7 D; 2BLQ A; 3ZV9 A; 1H1B A; 3KQE A; 4BNR A; 4FUH A; 3DSP A; 1IHS H; 1O5A B; 1JRS A; 1QUR H; 2V0B A; 3BTH E; 3NUM A; 3TJV A; 2RFK C; 5DPA A; 1BOQ A; 3LH3 A; 1NBM D; 1EPT B; 4DGJ A; 4Y71 A; 1S0Q A; 3LH1 A; 2VU8 E; 5JB9 S; 1UTQ A; 2CXV A; 4AOR A; 2K8I A; 2C8Y B; 1D6R A; 2ANY A; 4ISN A; 2KCA A; 3RML H; 3PRO A; 1GVL A; 1YP9 A; 1Z6E A; 3FP7 E; 3BTG E; 4E7R G; 2FIR H; 4XSK U; 1F5L A; 1C1U H; 1P9S A; 2BY5 X; 3EYD A; 1AFE H; 3ZVE A; 1PJP A; 3SJO A; 3ATM A; 2G4U A; 2PW8 H; 1C1T A; 2HAL A; 2BQW B; 2IPH A; 1ZZZ A; 3NZI A; 1RIW C; 1TNI A; 2FTL E; 1HBT H; 1TRN A; 3UB0 A; 2VJ1 A; 4X1S U; 1WTG H; 3FP8 E; 2VH0 A; 3LJO A; 1BMN H; 1WQV H; 3RXK A; 1NC6 A; 2ZFT A; 4KTC A; 2AIQ A; 3BIU H; 1MKW H; 3LT3 A; 2M2A A; 1THR H; 2GZ9 A; 5EOK A; 1C5Z B; 2G00 A; 3GCH B; 2BD4 A; 1K0H A; 4F4O C; 2FX6 A; 2J34 A; 2RDL A; 1O2Z A; 3GY3 A; 3HGP A; 2KZ4 A; 2UUJ B; 4CRA A; 4JZ1 A; 1C1O A; 4OS4 A; 4LZ4 B; 1S81 A; 1XX9 A; 2RA3 A; 1ZPZ A; 4R0I A; 1QRX A; 1QQU A; 1KXC A; 4FU9 A; 1O3B A; 3UFA A; 3M35 A; 4DY7 B; 1P2I A; 2HVY B; 8LPR A; 3UY9 A; 4B75 A; 3A83 A; 3A7Z A; 1MMJ N; 1GBL A; 4BTI B; 3M5O A; 1TAB E; 1DOJ A; 1XVM A; 2FOM B; 1BRA A; 4VGC C; 2JH5 D; 1HAV A; 2P59 A; 1GGD B; 4WVP E; 1F2S E; 1IQE A; 3SI3 H; 4AFQ A; 1AUT C; 1TRM A; 4DOQ A; 1P11 E; 1DUE A; 2VIW A; 3HPT B; 1G3B A; 1GCT B; 1CBW B; 3STJ A; 1ORF A; 1AVX A; 4XBD A; 3TPI Z; 4B73 A; 1A7S A; 4YO9 A; 2AH4 X; 3A81 A; 4HG6 A; 5E0J A; 1K2I 1; 2SGQ E; 2FS9 A; 1K1O A; 1FIZ A; 2QXH A; 2W7U A; 2QN5 T; 2P16 A; 2WUB A; 2HPP H; 1M9U A; 3GY8 A; 2BVX H; 3U9A H; 3VB4 A; 5FCK A; 1SQT A; 1V6D A; 2V3O H; 3D49 H; 4KKD A; 3I78 A; 4XD7 D; 4Y0Y E; 3S69 A; 1TB6 H; 1Y3U A; 1TE0 A; 5C67 A; 1P12 E; 1THS H; 2AIP A; 2WV9 A; 2GGV B; 1GI6 A; 3LGI A; 1JWT A; 2WPK S; 5FBI A; 3MU5 A; 4UON A; 4AGK A; 3P92 A; 3U1J B; 3LIW A; 3BTF E; 1FMG A; 5FAH A; 1OYQ A; 1D4P B; 2RG3 A; 5AVD A; 1ARB A; 3HK3 B; 1C1P A; 1BUI A; 1O3A A; 2C93 B; 4HI3 A; 1DT2 A; 2BHG A; 2YMS C; 4K1E A; 3TNT A; 3PLP A; 5A8Y A; 2UWL A; 3T29 A; 2BQ6 B; 1GBB A; 4X8S H; 2AFQ B; 3D62 A; 1TMT H; 1BBR E; 2UWP A; 4OS5 A; 5DP5 A; 3NCL A; 3RMM H; 1TRY A; 3NKK A; 1BB0 B; 4KTS A; 3RLY H; 2PTN A; 2VIN A; 1ELD E; 3ZVF A; 2KR7 A; 1ZSJ A; 2HWL B; 4NCY A; 1PYT D; 4ZKN U; 2J2U A; 1MU8 B; 2F9V A; 3E8L A; 1C5U A; 1QB6 A; 2O8U A; 1GL1 A; 2JET C; 1K9O E; 3PM3 A; 3KQC A; 1IQM A; 4U32 A; 2AER H; 2RDE A; 1CA8 B; 1EZS C; 1Y3W A; 1SSX A; 2ILN A; 3BF6 H; 4TSF D; 3SU6 A; 2J95 A; 1RTF B; 3DUX H; 5T6G A; 1AB9 B; 1SGI B; 1L1G A; 3TJU A; 1EZX C; 4H4F A; 3PMH B; 4YOJ A; 1XXD A; 3SU5 A; 1LVM A; 5EW2 H; 4WH6 A; 3PTN A; 1YPL H; 4TPI Z; 3SGB E; 4R8T B; 3RXE A; 2A4R A; 4X6O A; 3PRB A; 5C5N A; 1SLU B; 1OS8 A; 1OP2 A; 1SOZ A; 2FMJ A; 4DT4 A; 2FOA A; 2GX4 A; 4Q7Y A; 1SGD E; 1KXA A; 1NRP H; 1Y5A T; 5DP3 A; 1SKY E; 1MTU A; 4MPX A; 1AFQ C; 3RXG A; 3RM0 H; 1LPK B; 2YNB A; 1PQA A; 1YC0 A; 2J97 A; 3NPS A; 2OQ5 A; 2TGT A; 3PO1 C; 2VWN A; 3QZQ A; 1H9H E; 1LVB A; 4ABB A; 1H9I E; 4ZHL U; 2BD2 A; 1TBR H; 1SFI A; 2ZDL A; 2C4F H; 1HUT H; 2FX4 A; 2W6I D; 3OU0 A; 4ZXY H; 1BHX B; 1P3E A; 5C2Z A; 1PPZ A; 3SW2 B; 3QO6 A; 2VIV A; 3PV2 A; 1COW D; 5F6M A; 1EOJ A; 1V2N T; 5T3H A; 2RCE A; 3RMN H; 1KTS B; 3M7U A; 1LHG H; 1IAU A; 1C5L H; 1XUF A; 3AAU A; 1N6Y A; 1SLV B; 5DP8 A; 3U1I B; 2GVF A; 3MO3 A; 1UHB A; 3SND A; 1CT2 E; 2BVS H; 2ZC9 H; 1MH0 A; 5C1U A; 1ARC A; 2ALV A; 2P8O C; 3SQH E; 2ZQ1 A; 3T27 A; 3MYW A; 1P2N A; 1BRC E; 1S85 A; 2ZFS A; 3SUF A; 2F9O A; 4XDE A; 4IN1 A; 2BYA X; 1VCW A; 4AG1 A; 2FOG A; 3SBK A; 3A87 A; 3PLK A; 1P0S H; 4Q7Z A; 5C17 A; 1EAW A; 1Z1I A; 2BLV A; 3TH2 H; 1YCP M; 1FAX A; 4MVN A; 1SLX B; 3ZZD A; 3KYF A; 1LHC H; 1VIT H; 2A2X H; 4GPG A; 4CRB A; 1SPJ A; 1ACB E; 1IQK A; 3OFN D; 1U6Q A; 4Y8Z A; 3F9E A; 5A09 A; 2FTM A; 1C4U 2; 1C5Y B; 2BMG B; 2ZKS A; 3MMG A; 1F0S A; 2JH6 D; 1C2D A; 1YLN A; 1V2R T; 2V6N A; 1PFX C; 4BAO B; 4YES B; 5T6D A; 3BTM E; 2V3H H; 1FQ3 A; 3GIS B; 1AZ8 A; 4O3T A; 1FPH H; 5DP9 A; 1HIA A; 1ZGI A; 1HJA C; 2PSX A; 2ZI2 H; 3SUG A; 1T4U H; 4BTT B; 1BDA A; 1UVS H; 2J92 A; 2OTV A; 4HTC H; 1Z7K A; 2ZHF H; 4ZHM U; 4Q2K A; 5A0B A; 1CVW H; 3SI4 H; 2YNA A; 2ANK H; 4O3U A; 4AFS A; 4FUF A; 4ZXX H; 2UUK B; 1UTO A; 1G9I E; 2BD7 A; 1SHH B; 2ZDM A; 4RKO B; 1CGJ E; 1GI4 A; 5EJ1 A; 2GT7 A; 2TIO A; 2H1U A; 4X2V A; 4O9V A; 1CU1 A; 1ZSL A; 3OYP A; 1C2I A; 2GCT B; 1QNJ A; 3D23 A; 3KYG A; 3OSY A; 4ABG A; 1S82 A; 9EST A; 4X1P U; 4CHA B; 4ASH A; 5LPR A; 4JCN A; 3LGU A; 3MFJ A; 5HIZ A; 3E0N B; 4JK6 A; 1AI8 H; 3ZZ5 A; 1YKT A; 1GBC A; 2F9N A; 4GAW A; 2GKV E; 2A2Q H; 3LDX H; 2XCN A; 3F3B A; 2OLG A; 4CRD A; 1V2O T; 6LPR A; 1TPS A; 4I8G A; 8EST E; 3A89 A; 2F91 A; 1CSO E; 1P2O A; 2ZU1 A; 3A8C A; 4X1R U; 4B71 A; 5HXF A; 1MD8 A; 1MAB B; 3EST A; 4KTU A; 1HGT H; 2C8X B; 1KTT B; 1FN6 A; 5AHG H; 2FOC A; 3RDZ A; 1NFY A; 3L6P A; 2ZHW H; 2R0L A; 1FN8 A; 2Y7X A; 3V12 A; 1WUN H; 1J14 A; 3QK1 A; 1SOT A; 4MPU A; 3CS0 A; 1ESB A; 3RXQ A; 4RT1 A; 2ZFR H; 3MU4 A; 3AAV A; 4WY3 A; 4Y0Z E; 1QRZ A; 1SGQ E; 2UUY A; 2VGC B; 3GCH C; 1LHE H; 1AKS B; 1BTW A; 1NU9 A; 1QTF A; 4ABJ A; 1O3H A; 2D8W A; 1OP0 A; 2GCH F; 1EXF A; 1SGY E; 1XUK A; 1PPF E; 4GSO A; 3P17 H; 2FO9 A; 3PLB A; 1C1N A; 1LPZ B; 5TCA A; 1EAS A; 2KCO A; 3TH3 H; 5JPM H; 1BIT A; 2ZFQ H; 1TQ7 B; 2B8O H; 3RP2 A; 1LDT T; 1QJ1 B; 5E8E H; 3VG8 A; 3SJI A; 3S7H B; 1G32 B; 1ZMN A; 2FP7 B; 2PSY A; 3DCL A; 5EXL A; 2WYG A; 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