The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
|
sequence length |
73
|
structure length |
73
|
Chain Sequence |
MKRLGKVLHYAKQGFLIVRTNWVPSLNDRVVDKRLQFVGIVKDVFGPVKMPYVAIKPKVSNPEIYVGEVLYVD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of a Cbf5-Nop10-Gar1 complex and implications in RNA-guided pseudouridylation and dyskeratosis congenita.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Probable tRNA pseudouridine synthase B
|
| molecule tags |
Isomerase/biosynthetic protein
|
| source organism |
Pyrococcus furiosus
|
| total genus |
7
|
| structure length |
73
|
| sequence length |
73
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-11-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Probable tRNA pseudouridine synthase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2V3M A; 3MQK C; 3UAI C; 3U28 C; 2EY4 C; 2HVY B; 2EQN A; 2RFK C; #chains in the Genus database with same CATH topology 1GMH G; 5F8T A; 3SQE E; 3BTE E; 5JBA S; 1HAO H; 1MTW A; 3PV2 A; 2OTV A; 1OWH A; 2JDI D; 3D65 E; 5IYT A; 1Q2W A; 1IQM A; 3D62 A; 3K65 B; 1THR H; 2GCT B; 1F0R A; 4KTU A; 2Z3C A; 3BTH E; 4IGD A; 1W7G H; 2G55 A; 3A8B A; 1FPC H; 1YM0 A; 2QY0 B; 3BTK E; 2H1U A; 3RP2 A; 1TPA E; 1O3A A; 4H6T A; 1S6H A; 4E05 H; 3ZZA A; 1TMT H; 2WPI S; 3TJV A; 3LGY A; 1XUK A; 1Q3X A; 1TRN A; 2O8L A; 1OP2 A; 1TYN A; 5JDU B; 1DPO A; 4NA9 H; 2LEL A; 2ZDL A; 2FX6 A; 4VGC C; 1JBU H; 1O5F H; 4K8Y A; 3S0N A; 1AZ8 A; 2EC9 H; 1SQO A; 1VZQ H; 1V3X A; 3MU5 A; 1YLC A; 4ABH A; 1O38 A; 2XYA A; 3PLK A; 2WYG A; 2ZNK H; 2SGQ E; 3M5L A; 1QBV H; 3SGA E; 5C5N A; 1K1P A; 1HIA B; 3BV9 B; 3BEU A; 5FPT A; 2C8Z B; 1IQF A; 1RIW B; 1V2T T; 2KCO A; 2BD8 A; 3S7K B; 4DT4 A; 1XXF A; 2K0Q A; 1OOK B; 2AGG X; 2XBY A; 5GXP A; 1UTQ A; 1Y3V A; 3ATW A; 5JYI A; 1O3K A; 1S85 A; 1OHH D; 2RA0 A; 1NY2 2; 5EGM A; 2G5N A; 3DA9 B; 1IQK A; 3M5O A; 1C5Q A; 1TNJ A; 2Y5F A; 5EOK A; 2GMT B; 5TCA A; 5H4I B; 2RDL A; 3SUG A; 2FP7 B; 1WXR A; 5A8Y A; 1YLD A; 2GVF A; 3ATI A; 3BTM E; 3K6Y A; 1BHX B; 2B8O H; 2ZDV H; 1HJA B; 1HFD A; 1S6L A; 5L2Y H; 5L6N H; 1C5P A; 1W10 U; 2GCT C; 3OX7 U; 1GJ4 H; 1B0E A; 4X1R U; 1GI5 A; 1GVL A; 1GMD G; 3SJI A; 3BSQ A; 3ODD A; 2V0B A; 3UNS A; 4KP0 A; 1YWU A; 1BHX F; 2H9T H; 1V2U T; 3JZ1 B; 3QZR A; 5KGO A; 1IQH A; 1DWE H; 2O8M A; 3BIU H; 1PPH E; 2FMJ A; 1W3C A; 1O3P B; 4WY3 A; 3KGP A; 5DO4 H; 4D8N A; 1ZJD A; 1LTO A; 1W0J D; 1QB6 A; 1GI0 A; 1A5H A; 3KHV A; 2Q6D A; 2ANM H; 5F6M A; 1H1B A; 4TWY A; 2PWX A; 2XCF A; 2VIO A; 1GDQ A; 1ZGV A; 3ZZD A; 1CT0 E; 1E37 B; 1WYK A; 3VB5 A; 1EZQ A; 3H09 A; 3O8D A; 3V13 A; 3H7T A; 1ID5 H; 3ATM A; 3U1J B; 2ZGJ A; 1PYT D; 5A0C A; 1O2K A; 2GDE H; 1RIW C; 1UCY H; 2ZEB A; 1XVM A; 2Y5H A; 2OIN A; 1O5B B; 3RXF A; 3SYJ A; 4HZH A; 3AW0 A; 1LDT T; 3RML H; 2AS9 A; 4Y71 A; 1NFW A; 5AF9 H; 2BX3 A; 2ZEC A; 2FI4 E; 1B0F A; 1ZHM A; 2A5I A; 2GZ9 A; 1O37 A; 1TPO A; 3M5N A; 2TRM A; 6GCH G; 1A5G H; 1MUE B; 1QQ4 A; 1YCP K; 3PMA B; 2J2U A; 2GMT C; 4JCN A; 2ZTY A; 5EQR A; 2HVY B; 3C1K A; 1GMC G; 4UFG H; 2BY5 X; 2BXU H; 1ELG A; 2XW9 A; 1F5R A; 5T3H A; 2A0Q B; 1A3B H; 1HJA C; 1A5I A; 1XUG A; 2C8W B; 5F8X A; 1QB9 A; 5EPN A; 2FOB A; 1YPG H; 1PYT C; 3D23 A; 2QF4 A; 3A87 A; 2UUF B; 5GPI B; 1Z6E A; 1WV7 H; 2UWL A; 3F68 H; 2WYJ A; 3EST A; 1H8I H; 2ZA5 A; 2ZDA H; 2OC1 A; 2Z9L A; 2C93 B; 1QZ8 A; 3NKK A; 2VBC A; 2A4O A; 2XC4 A; 1ZSJ A; 4MTB A; 1YKT A; 1DSU A; 1UK3 A; 1G32 B; 2QA9 E; 1C5U A; 4NFE A; 3DSO A; 3UUZ A; 5DPA A; 1C1M A; 1TX6 A; 3ELA H; 3NCL A; 1OKX A; 1S0R A; 2TGT A; 1LO6 A; 3H7O A; 1BJU A; 1N6Y A; 1P57 B; 2PUX B; 4INK A; 4MPU A; 1O0D H; 1G3E A; 1TNH A; 4TPY A; 4E7N A; 2IOT A; 2NU3 E; 3MOC A; 2HAL A; 3PO1 B; 1Z7K A; 1FXY A; 3VB3 A; 1NU7 B; 1C2K A; 2AGI X; 1IQG A; 2ZU1 A; 3K2U A; 1ANC A; 1GHX H; 1IHT H; 9LPR A; 3T5F H; 3LC5 A; 1NRO H; 3MH7 A; 2P95 A; 1MQ6 A; 3PWB A; 2BX4 A; 1BML A; 1O2V A; 1SGE E; 3A89 A; 2FZZ A; 1EFR D; 1J17 T; 1FY3 A; 1P01 A; 4F48 B; 4XE4 A; 1C1S A; 3WW7 A; 1MAB B; 2GCH G; 3F0O A; 4K5Z A; 1Z8I B; 4ISL A; 2YMS D; 1OX1 A; 3TJU A; 3KF2 A; 4KEL A; 1BBR H; 1HIA A; 1OWE A; 2PW8 H; 2ZGC A; 1MMJ N; 4DY7 B; 2KCA A; 1CU1 A; 2CF9 H; 2ZI2 H; 3NPS A; 3PRD A; 4MPW A; 5EJZ A; 3SQH E; 5C0U A; 1C2L A; 3OYP A; 3SNA A; 1ZHP A; 1Y59 T; 3LON A; 3P17 H; 1SB1 H; 4ASH A; 4KTS A; 3GY4 A; 2OD3 B; 1CGH A; 1P12 E; 3Q3X A; 1V2V T; 4Y10 E; 3QTV H; 1ZZZ A; 1J9C H; 4SGB E; 5A8X A; 1CO7 E; 1O2T A; 2SFA A; 4Y7B A; 8GCH G; 4GUX A; 1ZGI A; 1PPG E; 1GJ9 B; 2VB0 A; 2GKV E; 4WH6 A; 3DT0 H; 4MNY A; 4Y0Y E; 3IG6 B; 1D3Q B; 2AHM E; 2OC7 A; 2PTN A; 4NWK A; 5EXL A; 7EST E; 3UR9 A; 1UTK A; 4IW4 E; 2ZF0 H; 1C5Y B; 5DGJ A; 3RLY H; 1EZU C; 4Q2K A; 2J94 A; 1G37 A; 4CBN A; 3LGW A; 1ZPZ A; 3PO1 C; 1QJ1 B; 4AOR A; 2ZU4 A; 1VIT F; 3RC5 A; 1TA6 A; 1TA2 A; 2NU0 E; 1HAH H; 3TPI Z; 1S5S A; 1O33 A; 2H9E H; 1J16 A; 1D6W A; 2BQW B; 4CRE A; 4F49 A; 2ASU B; 1JMO H; 1O2M A; 3S9A A; 3OY5 U; 4ISN A; 2FOH A; 4U2W A; 4ZHM U; 3TJN A; 5JPM H; 3AAV A; 2ZKS A; 2PGQ B; 3UR6 A; 4U30 A; 1XKB C; 2XWA A; 2GP9 B; 2OBQ A; 1S82 A; 2KCY A; 1AB9 B; 1WCZ A; 3NUM A; 1X7A C; 2B5T B; 4CH8 B; 2Y6T A; 1ABJ H; 1EJA A; 4YES B; 3GY5 A; 1CHG A; 2KFW A; 4GLY A; 4AGK A; 1E34 B; 2ODP A; 2RG3 A; 1EAU A; 3GCO A; 1DWC H; 3QTO H; 1DUA A; 2IPQ X; 5KED A; 1PPC E; 1COW D; 4ASU D; 1MZD A; 3T28 A; 1ELT A; 1KMH B; 4D9R A; 4NSY A; 1VKY A; 4Q4L A; 2J38 A; 1SQA A; 3RXB A; 2G81 E; 3BTT E; 1O30 A; 3N7D A; 4HG6 A; 1LCY A; 1AKS B; 3VGC B; 4ABB A; 1W13 U; 3SJ9 A; 3VXE H; 1VCP A; 1L4D A; 4TPI Z; 4YT6 H; 1AN1 E; 3ZZ3 A; 2RA3 A; 1NBM E; 5F03 A; 4K2Y A; 2VH0 A; 1INC A; 4YLQ H; 1XX9 A; 4U32 A; 1BRB E; 3M36 A; 1GHZ A; 1OXG A; 4Y11 E; 1GCD A; 1O3D A; 2P3T B; 3R3G B; 2AMQ A; 1YC0 A; 2BHG A; 3SGB E; 4Q80 A; 3GS9 A; 4DII H; 2P3F H; 2VIW A; 1P0S H; 4MNV A; 2ZFP H; 3UNR A; 2D1J A; 3ZZ7 A; 5E8E H; 1C2J A; 1NFX A; 2RFK C; 3GIC B; 1J14 A; 2NWN A; 2M5T A; 3MU1 A; 2WZQ A; 3MH6 A; 2EI7 A; 1O3C A; 3IWM A; 2CN0 H; 2BY9 X; 2Z7F E; 1HAX B; 3HK3 B; 1ELB A; 3OTP A; 2SNV A; 3TNT A; 1E1Q D; 4B2C A; 5G4B A; 2BDA A; 1AB9 C; 2FS8 A; 3HKJ B; 3A7Y A; 1G30 B; 3SV6 A; 1EUF A; 1WQV H; 2EEK A; 4AOQ A; 2J9N A; 1VIT H; 2XBX A; 3P95 A; 2BDH A; 2ZFS A; 4A1X A; 1CE5 A; 1IHS H; 5IK2 D; 1TX8 A; 1GHB G; 5FAH A; 3A81 A; 5FCK A; 5C67 A; 4JZ1 A; 3TH3 H; 4ZKN U; 2C3S A; 1FLE E; 1P02 A; 1C1U H; 4ZMA H; 1A46 H; 4P02 A; 5JB9 S; 1PPB H; 1RJX B; 3MFJ A; 1TBR H; 1UVP A; 4AB9 A; 2A7J A; 2VIN A; 2UUJ B; 1RS0 A; 2Z9K A; 3TK6 A; 1O3L A; 3I77 A; 1MAY A; 4ZXY H; 3RM2 H; 3VGC C; 1UO6 A; 3QGN B; 1FDP A; 1N1L A; 2A4Q A; 3V3M A; 1G2M A; 1RRK A; 1QY6 A; 1VGC B; 3ZIA D; 1EB1 H; 2VH6 A; 1TRY A; 1TOM H; 4MNX A; 3RXO A; 3SUD A; 4FUD A; 1UTN A; 1O3G A; 1HUT H; 1BRA A; 1JWT A; 4LOY H; 4YO9 A; 1CBW B; 5EU8 A; 3RMN H; 5DJ7 A; 2HPP H; 4X6M A; 3BTG E; 4UFE H; 3MO6 A; 5CHB A; 3TK9 A; 1LVY A; 2A5A A; 1K28 D; 1VJ9 U; 2F9B H; 3BTD E; 1GI8 B; 3PLP A; 2ANK H; 3SUF A; 4M9F A; 1N6X A; 2FX4 A; 1TGS Z; 3F9G A; 1BTU A; 3QGJ A; 4TWW A; 1K21 H; 2CF8 H; 1EZX C; 1EAW A; 2Z3D A; 4LXB H; 3TLO A; 4NWL A; 1ZML A; 4ZKS U; 1A4W H; 2LPR A; 1C5M D; 2B0F A; 3PYH A; 3RXC A; 2J34 A; 1S81 A; 3G01 A; 5FL7 D; 1Y3W A; 2ZO3 H; 1GVK B; 2FLR H; 2PTC E; 1H9L B; 5C20 A; 4ACA A; 4B6F A; 3RMM H; 1SQR A; 3M37 A; 3L3T A; 2VNT A; 5EXN A; 3BEF B; 5FCR A; 4Y8Y A; 2J98 A; 4F4O C; 1DM4 B; 1FJS A; 2W7S A; 2IJD 1; 5ESB A; 4HI3 A; 5DK1 A; 4DCD A; 1FV9 A; 1T32 A; 1C2E A; 1SGY E; 2CK3 D; 3GCT F; 1TGN A; 2A4R A; 2XXL A; 1Z6J H; 2VIV A; 1JRS A; 4XSK U; 1TOC B; 2BDB A; 1TE0 A; 4WF8 A; 4FUB A; 4ACB A; 1VGC C; 2ZC9 H; 1P9U A; 3NWU A; 3TGI E; 2EI6 A; 4TY7 A; 3HKI B; 4CRF A; 3SZN A; 4Q7Y A; 1AHT H; 2KZ4 A; 1V2J T; 1A61 H; 1P2O A; 1NBM D; 2WHX A; 3SV7 A; 2RDE A; 1CBW C; 3CNR A; 1TIO A; 1TMB H; 4ZKR U; 3F2G A; 1UHB B; 3OU0 A; 4KTC A; 4THN H; 4JYU H; 3AW1 A; 1UK4 A; 4GCH F; 1KXD A; 1YPJ H; 4YT7 H; 4DOQ A; 5EQS A; 2A2Q H; 3F3B A; 4NZQ A; 3DSP A; 1O3M A; 2CHA B; 2ZP0 H; 4IC6 A; 2F9O A; 1QHR B; 1Q31 A; 2BD4 A; 2QXH A; 3A8A A; 1D3D B; 2PSX A; 1NFU A; 1A0H B; 4ISI H; 3N7O A; 5C17 A; 1UVT H; 5T6F A; 2BZA A; 5E0J A; 1L1J A; 1TNG A; 1TWX B; 4X8U H; 3FP6 E; 2ZGH A; 1PQ8 A; 1O2H A; 1C4Y 2; 3GIS B; 1ABI H; 2HOB A; 2YOL A; 2G51 A; 5GJ4 B; 1TAL A; 3MNS A; 1BBR K; 3A85 A; 2FI5 E; 1SLV B; 3A7X A; 4NIX A; 5IDK A; 1SGN E; 1O5C B; 3RUO A; 3RXH A; 3CEN A; 4K1S A; 4JMY A; 1K2I 1; 1JIM A; 3PB1 E; 4X1P U; 2ODY B; 1EJN A; 1S0Q A; 2Y7Z A; 2BD3 A; 1F0T A; 8EST E; 1G3C A; 1NO9 H; 2VJ1 A; 2ZGX H; 5T1V A; 2TGP Z; 3SUE A; 1F0S A; 5JB8 S; 5AFY H; 3EA9 A; 2FIR H; 1VCW A; 3MU0 A; 4ZUH A; 1QCP A; 3PV5 A; 4JK6 A; 5F53 A; 3W94 A; 2BDY A; 3TGK E; 3ENS B; 1O2P A; 3EA7 A; 5DP8 A; 2A32 A; 2BXT H; 1HAV A; 4OS7 A; 1J8A A; 1E1R D; 1BOQ A; 2K1Q A; 1G36 A; 4JZF H; 1O2Y A; 1SLW B; 2BD7 A; 1GBK A; 1C2G A; 2SGF E; 2CHA C; 1KLJ H; 1WBG B; 2BY8 X; 3V12 A; 2J5U A; 1O3N A; 2VWL A; 4BTU B; 1NRQ H; 2OCV B; 2FPZ A; 1TNL A; 2GGV B; 1DAN H; 4CRB A; 1ARC A; 1C5X B; 1NRS H; 1AND A; 3B9F H; 3DSG A; 1RGQ A; 7KME H; 2PHB A; 3RDZ A; 1KXA A; 3BTW E; 2PSY A; 9EST A; 1QBO A; 3KEE A; 1ARB A; 3CS7 A; 4I31 A; 3U8O H; 3PWC A; 4LK4 A; 4MNW A; 1HAY B; 2ANY A; 4IN2 A; 2PP6 A; 3VG8 A; 3RXL A; 2HGT H; 2JH5 D; 7GCH G; 1ELF A; 4HTC H; 4B6E A; 4PRO A; 2W26 A; 1BIT A; 1TX7 A; 3ZVB A; 3SU4 A; 1ZYO A; 2QN5 T; 1E38 B; 1BQY A; 3ZZ6 A; 1EPT A; 3ODF A; 2HLC A; 1O31 A; 1EX3 A; 4Z6A H; 1DWD H; 1EKB B; 1HXE H; 2V3M A; 3SOR A; 4TT3 D; 5T6D A; 2SGE E; 2GX4 A; 1C5T A; 2TGA A; 1GI6 A; 4U01 A; 2ZQ2 A; 4DT7 B; 2BD2 A; 5FHT A; 1GWA A; 3ATK A; 6GCH F; 1AFE H; 3EE0 B; 1GJD B; 1QRZ A; 3HPT B; 5HM2 A; 1GMC F; 1LHE H; 2A31 A; 1C5O H; 2AFQ B; 2G4U A; 4X8V H; 1TAB E; 2VIQ A; 1O2L A; 5EOD A; 1GBD A; 1O39 A; 1QRX A; 3ZZ8 A; 1WQS A; 1O3J A; 1OP0 A; 3LGI A; 2C8Y B; 3RXE A; 1D6R A; 4X6O A; 1QGF A; 3RXR A; 3Q3K A; 3PMB B; 2UUY A; 2Y80 A; 1YCP M; 4DIH H; 4GPG A; 3LPR A; 3RXJ A; 1BTX A; 1ZRB A; 1L0Z A; 1L2E A; 1F92 A; 1SGI B; 1FZZ A; 1UVO A; 1YPH C; 3N99 A; 4JZI A; 1GI1 A; 3VFE A; 2A7H A; 3EDX B; 3F1S B; 1K1M A; 4XDE A; 3KQE A; 3LDX H; 4NGA H; 3BEI B; 4NIV A; 5FX6 A; 3BIV H; 5JBB S; 1O32 A; 1SI5 H; 3B8J A; 3VB6 A; 3GDS A; 1C1T A; 1D3T B; 3H5C B; 3E0P B; 4P00 A; 1AO5 A; 1V2S T; 4ZHL U; 4BXW A; 1O2J A; 2TBS A; 2XRC A; 4X1Q U; 2AIP A; 1HYL A; 4CR5 A; 4WXI A; 1C5W B; 1ZLR A; 1UTO A; 3OEE D; 1F0U A; 1Z1I A; 3UFA A; 4AB8 A; 1UVU H; 1MD8 A; 1V2P T; 1BZX E; 2W5E A; 1PQA A; 2FM2 A; 3OTJ E; 3KYF A; 2KR7 A; 2Y7X A; 2JH0 D; 4X8S H; 2HVX A; 4CHA B; 3AVZ A; 2GCH F; 2KCP A; 2BVR H; 4B71 A; 4ABA A; 2WPL S; 1HAG E; 1C5N H; 2EQN A; 1SMF E; 2IPH A; 5DN6 D; 4GSO A; 3RXU A; 1FN6 A; 3AK5 A; 1O2I A; 1O5A B; 2I6S A; 5DP5 A; 1NRR H; 1W2K H; 2J95 A; 1GDU A; 2ZHD A; 1O5G H; 3RLW H; 3RXP A; 1KLT A; 4MDS A; 4MQA A; 1O2G H; 1DIT H; 2A45 B; 1TPS A; 3AAS A; 2YMS B; 3MTY A; 2O8U A; 4NIY A; 1C1N A; 2G4T A; 1XKA C; 8GCH F; 2XBV A; 1WOF A; 1O2O A; 4XRN A; 1GJ6 A; 2OLG A; 5ETX A; 1V6D A; 1FON A; 1QUR H; 4AFS A; 4A92 A; 1F2S E; 1S83 A; 3FN8 A; 5E0H A; 3T26 A; 1DWB H; 1EST A; 4XBD A; 2BD5 A; 4UD9 H; 3KN2 A; 3NZI A; 4NCY A; 2Q1J A; 2ZWL H; 5EW2 H; 2LP6 A; 1GG6 B; 1SGP E; 1DIC A; 1C2I A; 3LJO A; 1W7X H; 3QK1 A; 3M3S A; 4NZL A; 1Y5U T; 3HAT H; 5BPE A; 2VWN A; 1L4Z A; 2ZPS A; 5AHG H; 1O35 A; 4CR9 A; 1LHD H; 1LHG H; 1HPG A; 2WPK S; 4X2V A; 5A09 A; 4ABF A; 1WUN H; 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