1FB6A

Crystal structure of thioredoxin m from spinach chloroplast (oxidized form)
Total Genus 30
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
30
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
VQDVNDSSWKEFVLESEVPVMVDFWAPWCGPCKLIAPVIDELAKEYSGKIAVYKLNTDEAPGIATQYNIRSIPTVLFFKNGERKESIIGAVPKSTLTDSIEKYL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of two functionally different thioredoxins in spinach chloroplasts.
pubmed doi rcsb
molecule tags Electron transport
source organism Spinacia oleracea
molecule keywords THIOREDOXIN M
total genus 30
structure length 104
sequence length 104
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2000-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1fb6A00
4X0XA 1K0MA 4ECIA 1WMJA 1TU8A 1O8WA 3IK7A 3GA4A 1PX7A 3HZ4A 4V2MA 2VCZA 4PUFC 3EVIA 1XZOA 2HFDA 3G7JA 5IPHA 1WWJA 2DJ0A 2VCXA 1YY7A 2HZEB 2YP6A 2PMTA 3DMLA 4NV2A 4LMWA 2MYGA 1ERUA 2VAFA 3VI5A 1AXDA 2GQKA 3DD3A 3CBUA 3HDCA 3LG6A 3VWXA 3ERWA 2X8GA 2E2GA 2REMA 3CTFA 1K0CA 2HSYA 2YPMA 3ZFLA 5EVOA 2L6CA 3GKXA 3IAM2 3TB2A 5F0GA 1TXXA 1U3IA 1XWAA 4BA7A 5F06A 4YH2A 4PQ1A 1THOA 5HFIA 4TR1B 4FH8A 3S9FA 3D21A 4V1Ap 3D4MA 1KBNA 2DJJA 2DLXA 4PX1A 1QQ2A 3Q19A 2DJ3A 5D96A 1GL8A 3N5OA 1B9YC 1PSQA 2AYTA 5CP1A 2H0HA 4WR4A 4N0ZA 3IAS2 4NAXA 2C4JA 12GSA 2GZZA 2LV3A 4HEA2 4XS4B 2C8UA 3VFIA 4G10A 4PURA 4EKZA 3C1RA 2LUSA 5CRHA 4TXOA 2GGTA 3UBKA 2WB9A 4PGTA 2HYXA 3LSZA 4OFTA 1A0FA 1NM3A 2YWOA 1V9WA 2MZCA 2V32A 3QAGA 3KTBA 1ERTA 3Q6OA 1EP8A 1BAYA 3IHQA 4JZQA 2VM1A 3ISOA 3QR6A 3QPMA 2B1KA 2VL2A 1T1VA 4P3YB 1BJXA 1XW9A 2H1AA 2VL3A 3QCPA 1UA5A 3HCZA 2PERA 2FY6A 5GAPD 1T8EB 4O92A 1B8XA 2LSTA 5AIVA 1FG4A 4K7NA 2FGXA 4HZ4A 1EOHA 4FO5A 4HJMA 2IMIA 5CYYA 3TKSE 3M3MA 2LEGA 3JCML 4MP4A 3G7IA 4HI7A 5ABRA 5ENUA 2HE3A 3P2AA 5L71A 3UL3A 2LTKA 4ZL8A 3DWVA 1SL0B 5DCHA 4PXOA 4ECJA 1XCCA 1SYRA 2XBQA 1K0BA 3F9UA 2IJYA 3EWLA 2O87A 1RW1A 1B4QA 1WJKA 5A4VA 3LFLA 1XBSA 1JFUA 1XVQA 3UMAA 4F82A 3CXGA 3F6DA 1X9WB 4K9ZA 1H75A 2C0GA 1FW1A 2C0EA 1XFLA 3KH9A 5D9TA 3GL5A 3RBTA 1OE8A 1MDKA 3A5WA 4ML6A 3F6FA 1BQ7A 1JZRA 1FAAA 2LQOA 2F9SA 2VLUA 4F0CA 1MDJA 3LORA 1SJ6A 4WBRD 2NVLA 22GSA 4I97A 2HLSA 4MF6A 1Y6EA 3F8UA 4K7OA 2ALBA 1X5CA 1AQXA 4Q5RA 3HY2A 2FUG2 4J57E 4N0VA 2EC4A 2YCDA 3GURA 2TIRA 3F4RA 4O7HA 1SJIA 3J7Yk 4V2LA 3L4NA 1UC7A 2WZ9A 1T4YA 1MTCA 1F3AA 1EV4A 4TXVA 2B1LA 5G30A 4GQCA 2CVKA 3MWHA 2FWEA 1EP7A 3ME7A 1EWXA 2R5GA 3FEUA 3HKRA 5F07A 4FIWA 4H86A 2VO4A 2C3TA 6GSWA 3WGEA 2WRTA 3F0IA 1I9DA 4MF5A 4HS1A 2ZCTA 1EGRA 1XWKA 1ZZYA 4WEYA 5D73A 2G2QA 2V2GA 2YJ7A 2CZ2A 3Q18A 5F8BA 1XOAA 3IE3A 5DBQA 1TOFA 3KMNA 4GRFA 3F4SA 5D8IA 2QKEA 2N5FA 2R2JA 4IP6A 5LD0A 3I69A 5G5EA 2WJUA 4V2NA 4K6XA 4MCUA 5B6MA 2IFQA 2P5RA 2DIYA 5ECLB 2OJLA 1V58A 9GSSA 2PBJA 4TXOB 2DC5A 4ZBAA 1ON4A 1GUHA 1ZOFA 3EMPA 5FT3A 5E59A 3W8JA 2E0QA 1TK5B 1S3AA 2FCHA 2H71A 4XS4A 3I6AA 2JZTA 2CV4A 3TUEA 3KIJA 2PN8A 3DXBA 5DDLA 1PKZA 4JR6A 5EL8A 2YWNA 3UOMA 3UBLA 1KEBA 1A8LA 1ERWA 4ULXA 2RLIA 3O6TA 5H5RA 4MZBA 3HHVA 1O85A 5IMVA 4LL4B 2A2SA 4E8EA 3K8NA 3TKSA 2A4VA 2B7JA 2ES7A 1SYXA 3D5JA 4MJCA 3KMOA 2AB6A 4GQFA 3WT2A 1K3OA 4GSTA 2A2RA 1TRVA 2RUFA 2ZNMA 5COHA 2WGRA 2OKAA 3WGDA 5AISA 2X8HA 1GP1A 4F9ZA 1K3LA 1DBYA 1SK1A 5G31A 4NHWA 1WPIA 1M2AA 1I5GA 3ZVJD 2XC2A 3HJPA 3F63A 3KP9A 2VLTA 3PH9A 4KUNA 3WGXA 2VM2A 2LS5A 3GH9A 3P90A 3EMXA 1UN2A 4IHUA 1GSEA 1V98A 2H8LA 4IKHA 3BOAA 1GTAA 2O85A 5HFKA 2QGVA 3DRNA 2R3XA 2GT6A 1AIUA 2TRCP 4XTSA 2ON5A 5C00A 1TW9A 2PWJA 2NPBA 3EURA 1W4VA 1K0OA 2H6YA 3E3EA 5ECMB 3FZAA 4HDEA 2DJKA 4D73A 5CRWA 1PKWA 4KSOA 2EIQA 4KE3A 1HNAA 4ZL9A 3F4TA 1DE2A 4AJ8A 4XHMA 1SKRB 3LYKA 4IQ1A 16GSA 1X5DA 5JCUA 2I81A 1Z7RA 3LXZA 4AF2A 5ECPB 2H75A 1USBA 2LJAA 4ISDA 2LRCA 5A4WA 1QGVA 1FOVA 3TGZA 5HQPA 4ILFA 4I2TA 2WS2A 1TDIA 3IBHA 2KHPA 3AY8A 4PQHA 4ACSA 1TI1A 1Z3EA 2DJ1A 2GDRA 4X1UA 3H4KA 1MDIA 3VURA 1KTEA 4PUAA 3KTLA 5DAKA 3TJBA 1BYEA 2V41A 5AIXA 4L5LA 5D93A 2MBSA 3FYGA 1VF3A 4RI7A 4LL1B 2H76A 3ZLPA 1FVJA 1A8YA 4TN8A 4RUVA 2GT5A 1VF4A 3FY7A 4NV5A 3TKQA 2CVDA 2VLVA 1HNCA 1K3YA 2P31A 1TI3A 2AJQB 3VWWA 1ZCPA 2C80A 3EU3A 20GSA 1OC9A 2RM6A 1U88A 3O3TA 2H72A 5LCZA 4IN0A 1TU7A 2JSYA 4OCFA 4KSMA 3LEFA 4V1Ag 3DGQA 1T3BA 2IFQB 3U5RE 4G9HA 5ECRB 2YWMA 1A2MA 4HQSA 4ZL7A 4K8MA 2K6VA 4NMUA 1GSUA 1G7EA 4F2IA 3FZ5A 4MPGA 3G9BA 1A0RP 3O76A 4L8EA 2L4CA 4XCSA 2H6XA 2YANA 1YDKA 1ZMAA 4BWQA 2WULA 1XW5A 2DIZA 1E6BA 2OBIA 3L9VA 2IMDA 3WD6A 2GTUA 2YZHA 5KN1A 3BBYA 1JLWA 1PX6A 5IMZA 3Q74A 4TKYA 3D22A 4MZCA 2NBSA 2N5BA 3CSJA 1GUKA 3C71A 1OC3A 1B9XC 2OE3A 1GNEA 3TDGA 1F6MC 1GTBA 4LMVA 3RDWA 5IOWA 2XHFA 4HQZA 2HI7A 1KNGA 1Z5YE 1AQWA 1YF1A 3GFKA 2R6KA 3CRTA 3TKRA 1AUCA 5HFGA 4J56E 1YF0A 2HNLA 2H70A 3UIWA 3QMXA 1SKWB 4K7IA 5GAND 2M80A 1ST9A 4ID0A 1F3BA 3HJMA 4NPBA 4EL1A 2I4AA 2CX3A 5ID2A 4XRAA 3GNJA 2VD0A 4KGIA 4OO4A 1X9MB 1XWGA 4CW9A 4EDYA 6GSUA 5DQSA 1G7OA 4KA0A 3APSA 1OC8A 2B7KA 2H0IA 4TR3A 1GTIA 2B6MA 2IIYA 3NZNA 19GSA 4ML1A 1GULA 2V6KA 2CAQA 5J41A 2OA7A 5IM9A 1EEJA 1WE0A 1TJDA 3H8QA 1FB0A 4DSQA 5ELAA 3BCKA 2VUPA 2VOCA 4AJ6A 2KUCA 1MEKA 4OWYA 4DSSA 3DEXA 1XOBA 3GL3A 3L0HA 1XPVA 4G2EA 2LJRA 5LNKe 4QQ7A 2X64A 2BMXA 4D73B 5INYA 1U3AA 2FLSA 4IW9A 4AJ7A 2RIIA 5DALA 3D0ZA 3TRPA 2H1GA 4WBJA 3G7YA 1T7PB 3I43A 2E7PA 3VLNA 3IDVA 2GZPA 2RUEA 3FZ4A 1TRSA 4ECCA 3HYPA 5G2ZA 1OKDA 5HR2A 5J5NA 1O73A 4NXIA 5G1KA 3F3QA 2VCQA 1OAZA 3IXRA 4E8HA 2PVQA 1ML6A 5CRDA 3QFAC 2EIRA 1J0FA 3VWUA 5DAKB 3GTUA 1FB6A 2H01A 4HU9A 2IL3A 5IMFA 2RM5A 3QD9A 2AHEA 3RHBA 1N2AA 4HJ2A 1GNWA 2VIMA 1R5AA 2OACA 1W89A 2L5OA 2XPEA 1F37A 3GN3A 2GSQA 3HVVA 3WYWA 5CAXA 5B6NA 1M0UA 3CRUA 3PINA 1GSYA 3GH6A 3E9JB 3GX0A 2M46A 2CVBA 8GSSA 1OC9B 4MDCA 3HVXA 3GHAA 3TKPA 1YJ6A 1ABAA 1B48A 5JWOB 5CO3A 2K8VA 1N8JA 3TRQA 3WT1A 3RPNA 2D2ZA 1Z9HA 4RQRA 2B5EA 4QL9A 1LBKA 3LWAA 3VWVA 3ZZXA 5IO0A 4IJ3A 3LJRA 3GMFA 1K0NA 2GVPA 6GSTA 4LA1A 3TJJA 3PGTA 1TK8B 4POBA 5CNWA 1FO5A 4TVEA 1DSBA 5DJLA 2AV4A 5DCGA 1T00A 3TOUA 3LYPA 6GSXA 1Z6MA 4N30A 3EE2A 3GIXA 3ERGA 5KEJA 2NTOA 2E2MA 4YQMA 5ECKB 2QSIA 3QAVA 3CYNA 1S3CA 1HYUA 5IOXA 3RAZA 4POKA 5IQYA 6GSVA 2F3MA 3RHCA 5J9CA 1GSFA 1Y25A 3TCOA 2MMZA 4YQVA 4MK3A 4TW5A 3C73A 3TJFA 2YN1A 1FHEA 1SJZA 4IBPA 1X9SB 1M2DA 3GKMA 2HRFA 2PPTA 3LGCA 1M9AA 2FD3A 3ZYWA 1TRWA 1X0RA 3GKKA 4PNGA 4O5RA 1HD2A 4OO5A 4LLRA 7GSSA 1ZL9A 2VL9A 1OVNA 2BJXA 3H93A 5ID2B 5JCWA 2L5LA 4HU7A 5ECHB 2C3NA 1YEPA 3ZMKA 2GSTA 1TTZA 10GSA 5DJMA 2F51A 2VL2C 4BVXA 1OYJA 3ZRDA 3APQA 1Q98A 3ZREA 4KB3A 2ZUPA 2IMEA 2GSRA 1O7UA 4Q5FA 1IYIA 1E2YA 2CA8A 3A2WA 4PQIA 1T4ZA 5IPGA 2I1UA 1URMA 2F8FA 1XWBA 3DKSA 1PQNA 11GSA 1R26A 3FHKA 5IMCA 1ZYQB 4DSSB 1X5EA 2X99A 4XRDA 5ECOB 1GLQA 3HA9A 5B7CA 3UEMA 5GSSA 1S3DA 4OD7A 3H79A 1IYHA 3UAPA 1QFNA 1PRXA 3NIVA 1SENA 2O8VB 3IR4A 4IGJA 1SK0A 5DALB 4GWRA 2C3QA 4HZ2A 1B4PA 1JHBA 4IQAA 3HVSA 4IJIA 4MJBA 1VF2A 3HZ8A 1A2LA 2FA4A 2KP1A 4ZB8A 1CQHA 4MF7A 5AN1A 4JR4A 1NHYA 4K1FA 2M72A 4IELA 2KLXA 3L78A 2H0GA 1J9BA 4BL7A 2FNOA 1MD3A 4IP1A 3TOTA 2K9FA 3APOA 1CQGA 5FWGA 1XIYA 4JEDA 5EY6A 3IA1A 2HRNA 3KZQA 5A4UA 3KP8A 4KX4A 3GTUB 2PUKC 4EE0A 3FW2A 3IOSA 1MD4A 1G6WA 2YZUA 1GSQA 3KD0A 1R4WA 2OE1A 4HUAA 4JE1A 2GSSA 5JWRB 1J08A 3UJ1A 2C0FA 3US3A 2FWFA 3QAWA 1VGLA 2L4QA 2JACA 1A2JA 2JSZA 2MMOA 5HR0A 4L0WA 4KW6A 2LRTA 3P7XA 5IMDA 1XW6A 1M2BA 1YQ1A 4YAPA 3MDKA 3I9V2 3FKFA 2CX4A 4KCAA 2IN3A 5E4WA 1EZKA 3UARA 2PU9C 2P5QA 1SD8A 5G5FA 1WOUA 3KGKA 5DQYA 2R37A 4HOJA 5D9WA 1PN9A 3CSHA 3ZIJA 4POLA 1XWCA 3SBCA 2PGTA 4WKWA 4CDOA 1SU9A 4NHZA 1ACVA 2J23A 5B8BA 4Z7XA 2XPDA 1TK0B 4MA9A 2DBCA 1HQOA 2FHEA 4MLYA 4QL7A 1GTUA 5DVBA 1V2AA 4DSRA 4K2DA 2H74A 3FR6A 4G19A 2AAWA 2X8CA 4N10A 2GQLA 4DEJA 1G6YA 4KDXA 3IK9A 1M9BA 4MH2A 1Z7PA 2I9HA 1GUMA 3EINA 3EYTA 4BWSA 3ZIVA 2J9HA 2YV7A 1O81A 4ZBDA 1GWCA 1RK4A 2QC7A 4ECBA 1YZXA 2KP2A 1LJRA 3GX8A 2BTOT 2JZSA 5IMAA 5B8AA 5HR3A 4Q5QA 2PVOC 1ILOA 3HXSA 4GF0A 3MAKA 2HZFA 2MMNA 3BCIA 4WF4A 3EC3A 3FR3A 4MH3A 2N5AA 1DUGA 2JL4A 1GLPA 1EEMA 4I2UA 13GSA 5KN0A 2C0DA 4BPYA 1TRUA 1PL1A 4OMVA 1K0DA 2F8AA 2K18A 1XVWA 3HD5A 1SL2B 4GTUA 1PA3A 5F05A 6GSSA 5AGYA 5ECIB 4TRXA 1O6JA 1HNBA 2WFCA 1PL2A 4MPFA 4I6XA 3FK8A 3QFBC 1F9MA 4GSSA 1SL1B 3PR8A 2LRNA 3TKSC 2L6DA 2B5XA 5ECNB 1A23A 4X43A 4XIHA 2CT6A 1YEXA 2IMKA 1TKDB 1XXUA 4TR4A 1QK8A 5G1LA 6GSYA 2LJKA 5D9XA 2V1MA 2HT9A 1TP9A 3D4TA 5D9VA 2H19A 4FYCA 2LNSA 3TJKA 1AAZA 4ZIJA 3FRCA 3FR9A 2P0GA 3W6GA 1JZDA 2IPAA 3CTGA 4AGSA 3J7Yb 4L0UA 4KDUA 5ELGA 3A2XA 4DVCA 4I8BA 3KCMA 4ZB9A 5GSTA 4MZWA 5KN2A 1OKTA 3F3RA 3KEBA 1O8XA 4O32A 4F0BA 5EPFA 2O89A 1NHOA 2DJ2A 1WP0A 4OFMA 2H30A 1OE7A 4KH7A 5CREA 4TOPA 2YJHA 4K0GA 2YNXA 4FYUA 2CZ3A 2FWGA 1GSDA 3IRAA 3DVWA 2OADA 3GYKA 5J3RA 3VI7A 1V57A 2B5YA 1NW2A 1WIKA 2WCIA 2VCWA 4GLTA 2OBKA 3C7MA 3VK9A 2V6OA 4ZBBA 1V40A 3BD2A 17GSA 5JCGA 4OCEA 3M1GA 4KCEA 4EDZA 3SWLA 3VPTA 4IVFA 5KN3A 3ERFA 5FHIA 1Z6NA 3NOFA 1M99A 3KM6A 2G0FA 3QDNA 4EC0A 5CRGA 1H4OA 2H1BA 3GKNA 3MNGA 5A5KA 4K0NA 3ZFBA 2HXKA 2YWIA 3TJGA 1GSSA 2ON7A 2EIOA 3ZTLA 2NDOA 3GUSA 3GSTA 2HZEA 5J4UA 2GQMA 4NWYA 3OR5A 4EUYA 3BJ5A 4MJEA 3M9JA 2IWTA 1AW9A 1AC1A 1DE1A 4MABA 2HSHA 2JU5A 2VCVA 3DVXA 3LQ7A 3ZL5A 4CHSA 5ECSA 2VD1A 1VF1A 5GZZB 2YV9A 1ZGNA 3KH7A 2H6ZA 2JADA 1EOGA 3C1SA 5H5SA 1GRXA 4PNFA 1BX9A 4F03A 1EV9A 2GS3A 1WRYA 1A24A 4WETA 1THXA 4TR1A 3U6VA 4MJAA 3L9UA 4EVMA 2FA8A 2B3SA 1PGTA 1LU4A 3KXOA 2KOKA 5ECQB 3UVTA 1QUWA 4WF5A 4POMA 1UVZA 4GSNA 1YKAA 4WR5A 1JLVA 3D6IA 1FVKA 3M8NA 1EGOA 2O7KA 4WXTA 3L9SA 2H73A 1K0AA 5HR1A 5J9BA 3KJYA 5H5QA 1PD21 1VRSD 2L57A 2YOIA 3IC4A 5IIZA 3DIEA 2GZYA 1AQVA 14GSA 4JBBA 3QOUA 4KDYA 2VCTA 1SKSB 2WDUA 2MBTA 4GXZA 3VPQA 2K8SA 4XS6A 3V1WA 2AUVA 3GRXA 3ZITA 3A2VA 4JRRA 3LXTA 2R4VA 3ME8A 2TRXA 1BEDA 2MMAA 2C1YA 4L5OA 2LNTA 3W8SA 1M7TA 1JZWA 3C8EA 2Z9SA 3MSZA 2L59A 3H1NA 3M0FA 3A3TA 4EXJA 5IO2A 1ZYEA 4EF0A 1R5PA 3R2QA 2DSAA 1PMTA 1ERVA 3FZ9A 2LQQA 1Q4JA 3M9KA 4Q5NA 4TR0A 1YKCA 2IMFA 3EU4A 2FWHA 1BG5A 4JU5A 4XS1A 18GSA 2I3YA 1RQMA 4J2FA 3TRXA 1F2EA 4KAEA 3CMIA 2H66A 4ZXGA 4N11A 3E0UA 3ED3A 1GH2A 1QMVA 4FYBA 2CQ9A 4GCIA 4EO3A 3IPZA 1SD9A 3DYRA 1U87A 1NSWA 3HJOA 4ZB6A 1C72A 2DMLA 4IS0A 2LKUA 4RQXA 4YQUA 2H1DA 4I5QA 4RI6A 5JWQB 3RPPA 2CAIA 4KNDA 1R7HA 2DMMA 3P8WA 4OFNA 3N9JA 1U6TA 2JZRA 1QXHA 5C04A 1G0TA 3ZVJA 4YAVA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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