1JFUA

Crystal structure of the soluble domain of tlpa from bradyrhizobium japonicum
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
176
structure length
176
Chain Sequence
TGDPACRAAVATAQKIAPLAHGEVAALTMASAPLKLPDLAFEDADGKPKKLSDFRGKTLLVNLWATWCVPCRKEMPALDELQGKLSGPNFEVVAINIDTRDPEKPKTFLKEANLTRLGYFNDQKAKVFQDLKAIGRALGMPTSVLVDPQGCEIATIAGPAEWASEDALKLIRAATG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the soluble domain of a membrane-anchored thioredoxin-like protein from Bradyrhizobium japonicum reveals unusual properties.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Bradyrhizobium japonicum
molecule keywords THIOL:DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN TLPA
total genus 50
structure length 176
sequence length 176
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1jfuA00
4FYCA 1WMJA 3DKSA 3CMIA 3TKSC 4TR1A 2KP2A 3Q19A 2HE3A 2MMNA 2E2GA 4O7HA 1YEPA 1K3OA 3HXSA 3C1RA 1AW9A 2B7KA 2VL2C 2VUPA 1PKZA 4RUVA 1QMVA 3VWWA 1EGRA 3ZIVA 5D8IA 4JU5A 2A4VA 4NHWA 5DCGA 4CDOA 3TKPA 1V2AA 2YANA 3IOSA 4BWQA 4F03A 3ERFA 2JACA 3HDCA 2NBSA 4MF5A 4TR1B 5DCHA 1PL1A 3H4KA 1B9XC 3P2AA 4NV2A 1O85A 3I43A 1R4WA 3LYPA 2GSQA 2HRFA 5L71A 1BAYA 4HUAA 1V9WA 5EPFA 2QKEA 18GSA 3ZMKA 2RUFA 1GL8A 2L5LA 3HJOA 19GSA 5G31A 2HSHA 2RM6A 3TKQA 6GSXA 1XFLA 2F8AA 1NHOA 1NHYA 2H66A 2CA8A 1WPIA 5HFIA 3UVTA 1BX9A 2L4QA 1K0CA 4MJEA 2VL2A 2GDRA 1Q98A 1G0TA 3EWLA 2CV4A 3NZNA 3ZFLA 1SD8A 1AC1A 4GQCA 3C73A 4ECIA 3LEFA 5DBQA 4EVMA 4F0CA 1TK0B 1M9BA 3HY2A 3WYWA 4ZXGA 3FR6A 2C3NA 3IAM2 5D96A 4ID0A 2NTOA 2B1KA 1YF0A 1ERVA 2K6VA 3QAWA 4IJ3A 2JL4A 1MDKA 4K6XA 3A3TA 5ECSA 2GSTA 4KAEA 4G2EA 1EV4A 1W4VA 5IIZA 1WP0A 2CT6A 2KLXA 1DSBA 3UL3A 4QL7A 2YZUA 1CQGA 4GF0A 2LQQA 4OFNA 1T8EB 1SK1A 1O7UA 3ERGA 4EE0A 4I8BA 4F9ZA 1F9MA 2AHEA 3GNJA 4TXOA 1MD3A 3ZITA 1X9SB 1QXHA 5AIXA 3H1NA 2LRTA 4YAPA 4NWYA 2WCIA 2O89A 1I5GA 2R4VA 1TRWA 2V2GA 1XVQA 3C1SA 4F0BA 2PUKC 1M7TA 2LV3A 2FHEA 1EEMA 4HJMA 1HNCA 1G7EA 3GHAA 1TRUA 1XW5A 4AJ6A 4YQUA 3E0UA 2R3XA 1VF3A 2DJ3A 2IJYA 1MDJA 5J3RA 3GIXA 4OD7A 2PPTA 1EEJA 1GSQA 4GWRA 4LA1A 2O87A 2GSSA 2N5FA 4TXOB 1QQ2A 2RIIA 4TR0A 4IS0A 3HVSA 2IWTA 3NIVA 1NM3A 5CREA 1SKRB 3I69A 2OACA 4PUAA 2X64A 1XOBA 3TRXA 1A2LA 2L4CA 5IM9A 5IMAA 2MYGA 3F0IA 4YAVA 1DE1A 1ZYEA 3WT1A 1K0BA 2MBSA 4EL1A 2FNOA 3M0FA 1ACVA 1T1VA 3CRTA 3WGEA 2P5QA 1KBNA 3H8QA 2YWOA 4HZ2A 3EMPA 1V40A 3ZVJD 2VM1A 2HFDA 3RAZA 4MPFA 3FHKA 2VLTA 2JZSA 1T3BA 3KP8A 2J23A 4KSOA 4AGSA 2MBTA 4NMUA 5CYYA 2B6MA 1TI3A 2I9HA 5JWOB 4MDCA 1Z9HA 5DAKA 3WT2A 1YKCA 1M2DA 2B5EA 4ECBA 4I5QA 2H72A 1BQ7A 1WE0A 5ABRA 2OE3A 4IN0A 3CTGA 3UIWA 5HR0A 1SK0A 2KP1A 3IV4A 2H30A 1A0RP 1ZGNA 5ECQB 2HZEA 1BEDA 5JCWA 2F9SA 6GSYA 1H4OA 3DD3A 5B8AA 2V32A 4TR4A 1U87A 6GSUA 1Z5YE 3ZTLA 4F2IA 3IR4A 4KE3A 2RLIA 3PH9A 4XRDA 5GSTA 2LSTA 3GL3A 2ZCTA 5DAKB 2CQ9A 1GNEA 3R2QA 5F06A 4POBA 1M2BA 4XHMA 2IL3A 5FT3A 1WJKA 4OFTA 3CSJA 2N5AA 3QD9A 3CTFA 3ZL5A 4KDYA 4BA7A 1HQOA 2C80A 1U88A 2JADA 4IGJA 3ZYWA 4POLA 2HZEB 1AIUA 2F8FA 2FCHA 4Q5NA 5D9TA 3LXTA 5B6NA 2LJAA 1H75A 4K1FA 1K3YA 5J9CA 1UN2A 3WGDA 4MCUA 2CAIA 1G7OA 2LJRA 3ZIJA 3TCOA 3VI5A 4TW5A 1RQMA 2H1AA 1AUCA 4KX4A 1B8XA 2A2RA 3SWLA 1K0DA 3GN3A 3UOMA 2E7PA 2ZUPA 5E4WA 1MD4A 4NAXA 3VWVA 4K8MA 2YWIA 2F51A 5IMZA 1PRXA 1SENA 4L0UA 4MZBA 2GS3A 1A24A 1OC9A 3BOAA 1PX6A 3HVVA 3LWAA 3UMAA 4RI7A 1OC8A 4K7OA 1QGVA 2L6DA 5DJMA 4EUYA 1V57A 2VL9A 4KH7A 1XWGA 2YV7A 1K0NA 1JZDA 2VOCA 1NSWA 1HYUA 2L59A 5IMFA 1HNBA 4HU9A 1AQVA 1KTEA 2CZ2A 5G5EA 4Q5QA 1PX7A 2XHFA 1K0AA 1C72A 2VAFA 2BTOT 3TRPA 1JLVA 3MSZA 3FZ5A 2GGTA 5F0GA 5HFKA 1N8JA 1JZOA 4K2DA 2VCXA 4RQRA 1YDKA 3KM6A 5CNWA 2KUCA 1OC9B 4YQVA 5A4WA 5HFGA 4TR3A 5CRHA 1GSSA 5GAPD 2GLRA 1SJIA 4XRAA 2GQKA 1J0FA 2DBCA 3GYKA 2H0HA 5CP1A 3GL5A 4TVEA 1TTZA 3CSIA 4L8EA 4XIHA 3GURA 1XWAA 5CRWA 1FW1A 4Q5FA 1X0RA 2ZNMA 1SU9A 1GUMA 1UC7A 3L0HA 3M3MA 4V2LA 2VD0A 3DXBA 5DALA 3KCMA 2H70A 5CRGA 5D73A 3QR6A 3QFBC 2M80A 3KIJA 4WBRD 4EO3A 2OBIA 3H93A 4WXTA 2YWNA 4PQ1A 1WIKA 1X5CA 4IKHA 4GCIA 3F8UA 3L78A 3ED3A 5ENUA 2MMAA 1SL2B 4LL4B 2GQMA 4GSNA 4XCSA 3S9FA 3GH9A 2IMDA 4ECCA 2M46A 3L4NA 1U3AA 2J9HA 3UVHA 3TJGA 2JU5A 3GFKA 5B7CA 2G2QA 1GUHA 3P8WA 5DALB 4HS1A 4IJIA 2EIQA 3D22A 1TK8B 3F9UA 3GSSA 2FA8A 3KJYA 4K7IA 1SYXA 3VWUA 1YKAA 4X0XA 3UEMA 10GSA 5AISA 3FR9A 3QAVA 1IYIA 4POKA 1TK5B 1EV9A 3KD0A 1LU4A 4Z7XA 2N5BA 1NW2A 4KA0A 4TRXA 5D93A 5G5FA 4TXVA 4RQXA 3RBTA 4KSMA 5IQYA 1Z7RA 2MZCA 4MABA 4IHUA 3FK8A 2PMTA 2CVDA 1TU7A 2I4AA 2E2MA 1EP8A 1AXDA 3BCIA 1JZRA 2WS2A 2DC5A 4BL7A 1KEBA 4IP6A 1A2JA 1SJZA 5IMVA 1TXXA 3M9JA 2C1YA 4XS6A 3APSA 1TOFA 1XW6A 4V2NA 4KDXA 2WDUA 5INYA 4GQFA 3HZ4A 2V6KA 2QSIA 3IPZA 2H19A 2GSRA 3TRQA 14GSA 2X8CA 2CAQA 5IOWA 2FWGA 3H79A 2VO4A 2C0DA 2HI7A 3W8SA 1KNGA 2H01A 5GZZB 4L5OA 4LMWA 4K7NA 1GSDA 2K8SA 4LMVA 5AIVA 1USBA 4HEA2 2IMEA 2LRCA 3F3QA 2R6KA 4ZB8A 2M72A 3DIEA 4ZILA 3APQA 5GAND 1AQWA 3KP9A 1A0FA 2DJ1A 1GTIA 2H1GA 1WWJA 3TJKA 1S3DA 1R5PA 2GTUA 4KGIA 1PD21 3O6TA 4N30A 2IMIA 2H1BA 1GH2A 1A23A 4WR4A 5EY6A 3W8JA 2EIRA 4YQMA 5HQPA 1ERUA 4FH8A 2H6YA 2LQOA 2FA4A 2LUSA 2Z9SA 1U6TA 1VRSD 3CXGA 1URMA 1FVJA 2HT9A 5F07A 1OKTA 4OWYA 4EKZA 2F3MA 4OO5A 3IC4A 3IE3A 2P0GA 1F6MC 4EDZA 3GKNA 5FWGA 1PN9A 2IFQA 2L6CA 2IPAA 3EE2A 3QCPA 1YY7A 5B8BA 5IMCA 3G7JA 1ZL9A 1E2YA 1A2MA 3D5JA 2X99A 5G30A 4HI7A 5IO2A 1PMTA 3BD2A 1GSYA 1O8XA 3IK9A 5ECMB 5D9XA 5DJLA 1ERWA 2CZ3A 2VCZA 2YNXA 3IK7A 2XC2A 3D4TA 5HR1A 4G9HA 2ALBA 2H6XA 3V1WA 4AF2A 3FZ4A 5ECLB 2V1MA 3VFIA 2EIOA 3F6DA 2ON5A 1GNWA 3RPPA 1YJ6A 4JEDA 2LEGA 1AAZA 3EURA 5ECPB 3LG6A 1X9WB 1PA3A 3ZZXA 2IFQB 4V2MA 2H73A 1VF2A 3FRCA 2RUEA 3LORA 4PX1A 5H5QA 4KUNA 3GX8A 1WRYA 1XIYA 3VI7A 4FO5A 3LFLA 6GSSA 2IIYA 1Y25A 4MF7A 4TKYA 2EC4A 5ELAA 1VF4A 4WF5A 3IDVA 4NPBA 2G0FA 4FYBA 4GSSA 3EU4A 3O3TA 4G19A 1XWCA 1T00A 4QQ7A 4NXIA 4I2UA 5ECKB 2H71A 1B4QA 1S3AA 3GMFA 2LRNA 2WFCA 2GZPA 4L0WA 1J08A 1GLPA 3IAS2 4V1Ap 2FD3A 2K8VA 3L9SA 1SJ6A 1ZMAA 3F4SA 3QAGA 3E9JB 3ME7A 5JCUA 2WULA 1PKWA 1XCCA 4DSQA 17GSA 4KB3A 4ML6A 4E8HA 1BJXA 1DE2A 1XVWA 2PWJA 2H76A 5C04A 4ZL7A 5JWRB 1F37A 3EC3A 3ME8A 1SL0B 2DMLA 4HOJA 3G9BA 2GQLA 4X43A 2WRTA 2YZHA 1B9YC 5E59A 5J9BA 4ML1A 5A4VA 2OKAA 2B1LA 1SKWB 1AQXA 1YEXA 1SL1B 4K0NA 4WETA 3E3EA 3GV1A 3EINA 9GSSA 3IHQA 1N2AA 2FWEA 3QPMA 3W6GA 2HSYA 3GUSA 1Y6EA 2TRCP 2XPDA 3VPTA 3VURA 5AGYA 4WEYA 4ZIJA 2H8LA 2IMKA 4J2FA 3UAPA 2HLSA 1QUWA 4DVCA 4MP4A 5LCZA 4XS4A 3LGCA 1T4ZA 2CVBA 3LXZA 1B4PA 1X5DA 3EMXA 1F3BA 1ST9A 4MA9A 2YCDA 1MTCA 1DUGA 1FB6A 4MJCA 4J57E 4G10A 3TJFA 4CHSA 13GSA 3ISOA 3APOA 3EU3A 1FHEA 3EVIA 1PGTA 1QK8A 4DSSA 4IBPA 6GSWA 2XBIA 1Z3EA 4JZQA 3TKSE 3N9JA 3CBUA 2D2ZA 4OO4A 1PQNA 1EP7A 22GSA 1FOVA 7GSSA 1BG5A 3F63A 3BJ5A 2QGVA 2GZYA 3HHVA 3KEBA 4HQZA 5F8BA 2YJHA 3CYNA 4IQ1A 1OE7A 3ZFBA 1FO5A 3M1GA 3UARA 2WJUA 4XS4B 4AJ7A 2AB6A 1I9DA 5H5RA 3F3RA 5ECNB 4WR5A 1GP1A 2L5OA 1Z6NA 1PL2A 1SD9A 4JRRA 4ZBAA 2DJ0A 3TDGA 2PU9C 2H0IA 4DSSB 3IXRA 4GLTA 12GSA 4N10A 4JBBA 1XOAA 4EDYA 4HDEA 1K3LA 3L9VA 1ZOFA 5ECHB 3M8NA 4MK3A 4ECJA 3N5OA 4HJ2A 4HU7A 2H75A 1FAAA 3TJBA 3NOFA 5IPHA 4D73A 1O6JA 16GSA 2I3YA 3U5RE 1VGLA 1XZOA 2VLUA 2PGTA 3A5WA 1JLWA 5FHIA 1T4YA 5CRDA 5A5KA 2FWFA 5KN0A 1X5EA 5IPGA 1SYRA 3FKFA 2YV9A 5LNKe 2AV4A 2A2SA 2MMZA 1Z6MA 3TUEA 4I97A 3C8EA 1GTBA 2GT6A 2WGRA 3TKRA 1ML6A 1OE8A 3ZRDA 4EF0A 1Q4JA 4MMMA 4IVFA 1ERTA 4O5RA 1UA5A 2WZ9A 5COHA 5DVBA 4PGTA 3DVWA 4D73B 1M2AA 3L9UA 2CX4A 3WD6A 3ZLPA 5G1KA 1SK2A 5B6MA 4J56E 4BVXA 4ZL8A 4TN8A 1XPVA 1YF1A 4HQSA 1ABAA 3MWHA 2C0GA 2P5RA 3C71A 3D6IA 3ZMLA 1MEKA 2DJ2A 3DYRA 3VLNA 5KN3A 4WBJA 1SKSB 3Q74A 2ES7A 4WF4A 5IOXA 1TRSA 4MZWA 3DMLA 3J7Yb 4MZCA 4JR6A 6GSVA 5HR3A 4BVYA 2VCQA 5EL8A 3BBYA 4K0GA 2B5YA 5LD0A 5HR2A 2H1DA 1W89A 1TP9A 1YZXA 3AY8A 1GRXA 4I2TA 2R37A 2H0GA 3HA9A 1CQHA 2CVKA 3F4TA 3TKSA 4MF6A 3F6FA 4OCFA 3GKKA 3Q18A 1JHBA 2NDOA 3FY7A 1EOGA 1GWCA 3ZVJA 1G6YA 2LKUA 11GSA 2FWHA 2L57A 1X9MB 1OC3A 1HNAA 4PQIA 3LYKA 3D0ZA 5J41A 2NVLA 4DSRA 2OBKA 2C0EA 2AAWA 1EGOA 2PBJA 5IO0A 3TOUA 3GRXA 4ZB6A 4MH3A 2RM5A 4JE1A 4P3YB 2P31A 3D21A 4YH2A 2DIZA 1OYJA 3P7XA 3FEUA 5CAXA 2B5XA 3WGXA 1RW1A 2DLXA 2REMA 3VPQA 1DBYA 2R5GA 1M9AA 1TJDA 1XWBA 4PNGA 1JFUA 3KH9A 5GSSA 4OFMA 2E0QA 3VWXA 3FR3A 4IQAA 3GH6A 4DEJA 2GT5A 5ECIB 5KN2A 2GVPA 3LSZA 5ECRB 4K9ZA 5ELGA 1GSFA 4OCEA 2B3SA 1XW9A 3UBLA 4HZ4A 1EOHA 2PVOC 2PERA 3GTUA 2DSAA 2YWMA 5A4UA 5ID2A 1IYHA 3UBKA 3P90A 2O8VB 3Q6OA 5KN1A 1B48A 4Q5RA 4GTUA 5JWQB 2C0FA 2C4JA 2JSYA 3QOUA 2OJLA 2JZRA 1VF1A 1Z7PA 2VCWA 3VK9A 4KDUA 2LS5A 1UVZA 2VL3A 1G6WA 2YPMA 4PURA 1TRVA 1XXUA 3DEXA 1GTUA 2IMFA 2PVQA 3GTUB 4JR4A 1EZKA 3RPNA 4POMA 2C3TA 5C00A 5ID2B 4AJ8A 3TOTA 4LLRA 3LQ7A 3US3A 2FLSA 20GSA 2HZFA 3KMOA 2LTKA 2X8HA 1V98A 1GULA 1TI1A 4LL1B 4PXOA 2YN1A 3HJMA 3KMNA 2TRXA 4PQHA 3DVXA 2K9FA 4I6XA 3LJRA 2DIYA 2KHPA 1M0UA 2HNLA 4GXZA 4RI6A 2B7JA 4MH2A 2C3QA 3KZQA 1TU8A 1U3IA 1K0MA 2H74A 3TJJA 2FY6A 2KOKA 2VM2A 1R26A 4ILFA 5J4UA 4H86A 4EXJA 2VIMA 3KTLA 1THOA 2O7KA 2VCTA 5F05A 3KTBA 2CX3A 3HCZA 2I1UA 5G2ZA 1GSUA 4GRFA 2H6ZA 3RHBA 3KXOA 3TGZA 4KCAA 5EVOA 3C7MA 1O8WA 4O32A 5KEJA 3MAKA 2BJXA 3M9KA 4ZL9A 1THXA 3DRNA 5DQSA 1XBSA 4N0ZA 4XTSA 2I81A 4OMVA 1GSEA 2C8UA 3FYGA 1V58A 3SBCA 3EYTA 4N11A 1F2EA 4N0VA 4IELA 3IRAA 3PINA 3IA1A 5D9WA 4V1Ag 2DMMA 3HKRA 2YOIA 3FW2A 2XBQA 4IW9A 4QL9A 5IMDA 3DWVA 3RHCA 4ZBDA 5CO3A 4BPYA 4E8EA 1K0OA 2AJQB 3MNGA 2YJ7A 1BYEA 1A8YA 2WB9A 1J9BA 3MDKA 4FIWA 1R7HA 4IP1A 1O81A 5ECOB 1O73A 2AYTA 2AUVA 3O76A 2TIRA 5DQYA 3ERWA 1PSQA 3QDNA 1GLQA 3CRUA 2GZZA 3RDWA 5G1LA 4TOPA 1ZZYA 2LNTA 2BMXA 2OADA 1S3CA 1ZYQB 4NHZA 3A2VA 1RK4A 1LJRA 2OE1A 3A2XA 4FYUA 4XS1A 2VD1A 1OAZA 3I6AA 4CW9A 3HVXA 3UJ1A 1E6BA 2YP6A 5JCGA 1JZWA 1EWXA 1LBKA 3JCML 3G7YA 3GSTA 4KW6A 4NV5A 1M99A 1FVKA 4X1UA 4KCEA 5H5SA 2LJKA 1A8LA 4PNFA 3K8NA 3FZAA 3PGTA 2VLVA 1MDIA 1XWKA 2PN8A 2V41A 4ACSA 3PR8A 2QC7A 3J7Yk 3D4MA 4WKWA 4MPGA 4ZBBA 3A2WA 2O85A 4MJAA 3IBHA 2K18A 2FUG2 4PUFC 2X8GA 1T7PB 3GKXA 5D9VA 1TDIA 1OVNA 3QFAC 2JSZA 3U6VA 1ILOA 3OR5A 1FG4A 3GX0A 1ZCPA 1TKDB 3BCKA 1GUKA 2DJJA 6GSTA 3TB2A 4MLYA 3HJPA 4ISDA 4O92A 2MMOA 3I9V2 4GSTA 2NPBA 2OE0A 5J5NA 4L5LA 3HYPA 2JZTA 2XPEA 2ON7A 1R5AA 2R2JA 1OKDA 1F3AA 4MJBA 2LNSA 3ZREA 3F4RA 3QMXA 3FZ9A 4ULXA 2OA7A 5AN1A 1QFNA 3KGKA 2VCVA 4KNDA 1FB0A 1TW9A 3KH7A 2FGXA 2HYXA 4F82A 3GKMA 2HXKA 1YQ1A 2IN3A 1HD2A 3HZ8A 4ZB9A 1ON4A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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