1JFUA

Crystal structure of the soluble domain of tlpa from bradyrhizobium japonicum
Total Genus 50

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
176
structure length
176
Chain Sequence
TGDPACRAAVATAQKIAPLAHGEVAALTMASAPLKLPDLAFEDADGKPKKLSDFRGKTLLVNLWATWCVPCRKEMPALDELQGKLSGPNFEVVAINIDTRDPEKPKTFLKEANLTRLGYFNDQKAKVFQDLKAIGRALGMPTSVLVDPQGCEIATIAGPAEWASEDALKLIRAATG

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
3H1 (8-10)EMPTYAH1 (11-20)3H2 (21-23)TI8 (165-168)3H3 (26-28)O1 (23-25)S8 (155-160)TI1 (28-31)TI7 (151-154)O3 (10-155)S3 (52-54)TI2 (47-50)3H4 (55-58)S7 (146-151)TII1 (58-61)TIV3 (143-146)S4 (62-68)TI4 (91-94)AH2 (73-89)S5 (94-100)TIV2 (118-121)TI5 (119-122)AH3 (106-116)TI6 (126-129)S6 (124-125)AH4 (130-137)O2 (41-43)S2 (44-46)TI3 (69-72)TIV1 (102-105)AH5 (169-179)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Membrane protein
source organism Bradyrhizobium japonicum
publication title Structure of the soluble domain of a membrane-anchored thioredoxin-like protein from Bradyrhizobium japonicum reveals unusual properties.
pubmed doi rcsb
molecule keywords THIOL:DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN TLPA
total genus 50
structure length 176
sequence length 176
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1jfuA00
4TRXA 4J57E 4HI7A 1GTUA 4N11A 3J7Yk 4WBRD 1A8LA 4KDUA 3GKMA 4JR4A 5J3RA 2YZHA 1UVZA 3VPTA 2IL3A 3UOMA 3KZQA 3BJ5A 3FHKA 3C73A 1XIYA 5D73A 3ZMLA 5CAXA 1K0MA 5GSSA 5ECMB 1OVNA 4D73A 4I2UA 3UBLA 2LJAA 4GWRA 3EMXA 10GSA 4ECCA 3FZ4A 4PQ1A 1EP8A 1K3YA 3GSTA 2H1AA 4NHZA 4LA1A 4YQVA 2GZZA 1XOBA 1ZCPA 3WYWA 3ME8A 1PA3A 2EIQA 2DJ3A 1AQVA 3HJPA 1OC9A 4G2EA 1V40A 1GL8A 5EY6A 5EPFA 4YAVA 1BJXA 1YKAA 4ZXGA 3ZRDA 3IPZA 1PQNA 1AQXA 2IPAA 4KSOA 2BJXA 3ZFBA 4TXVA 2HYXA 1GTAA 6GSTA 1EGRA 4ZB6A 2H1BA 1O8WA 1J0FA 4YQMA 3LQ7A 2WDUA 4X0XA 3MWHA 1HNBA 2FWHA 1NSWA 3NZNA 4MZWA 2B5YA 2FD3A 1GNWA 4RUVA 4EC0A 1WWJA 4POKA 3L78A 5CRDA 2VD0A 1MDIA 3G7JA 4IJIA 1M2BA 3IRAA 3RPPA 3M8NA 4XS1A 1F2EA 2MMAA 2YNXA 1VF3A 1TP9A 4G10A 3EU3A 3M1GA 2P5QA 1XWGA 2FY6A 4IQ1A 2RIIA 4MK3A 2B1KA 3KH9A 3QR6A 5B8AA 2C3NA 2H1DA 1XBSA 1TRWA 4KNDA 2VL3A 1EOGA 4I97A 4GQCA 5DJMA 4ZBBA 5FT3A 5ELAA 4MPFA 5IMVA 1DE2A 1W4VA 5D9TA 3BD2A 4TN8A 4PNGA 1H4OA 1QXHA 2GS3A 3CBUA 5ECKB 2AAWA 4NV5A 3QMXA 4HU9A 4XIHA 3UAPA 2DJJA 2DJ0A 2RM5A 2H6ZA 3A5WA 4ZBDA 2GT5A 4DSSB 4V1Ag 5DALB 3J7Yb 3DRNA 5DCHA 1U6TA 4K0GA 1USBA 3GL3A 8GSSA 1O6JA 4K9ZA 5HR1A 3TDGA 1G7EA 1G6WA 5A5KA 1V58A 1ZZYA 4N0ZA 1EOHA 5IMCA 3A2WA 4MJBA 1NHYA 3CSIA 4HQZA 4JEDA 1K0OA 2WS2A 3K8NA 1ILOA 2O85A 1F37A 4QQ7A 1SL0B 4V1Ap 3LJRA 1WPIA 4MDCA 4O5RA 3QAWA 1BG5A 5J9CA 5AGYA 1FB6A 1FHEA 5COHA 1DE1A 5ID2B 2VL2C 4IW9A 3GKNA 3FR9A 7GSSA 1XZOA 1DUGA 5ENUA 3TJJA 18GSA 1YKCA 4FIWA 1EEJA 3GTUB 3GSSA 3NIVA 3W8JA 3EINA 1T8EB 3F3RA 2CAIA 1XOAA 5J5NA 2I3YA 2WRTA 2WGRA 2P5RA 3TRQA 2ZCTA 2L59A 3QD9A 5H5QA 1XPVA 2IMEA 5L71A 11GSA 5IMZA 1F3AA 2X99A 2YWIA 4KAEA 2JZRA 4QL7A 3HCZA 4XTSA 4XRDA 2HI7A 1ZMAA 5AN1A 5HQPA 2EIOA 2VOCA 2H1GA 3QFAC 3VLNA 2VO4A 1PKWA 2O87A 5DCGA 2H6XA 3LYPA 2G0FA 1BYEA 2YP6A 4KW6A 2FHEA 3HZ8A 2MMOA 2IIYA 2IWTA 3D0ZA 3F0IA 4EXJA 3ZTLA 4BVXA 3G9BA 1TRSA 3FK8A 3IA1A 3KCMA 2K18A 2HE3A 4TVEA 5DJLA 3UIWA 3KXOA 2YV9A 1FVJA 3V1WA 3RAZA 3M9JA 4L0WA 5DAKB 3KD0A 1MD3A 2VM2A 3LGCA 1B8XA 5IIZA 4K2DA 1GSSA 2R6KA 2IFQB 2VCTA 2B3SA 1X5DA 1MDJA 2J23A 1O8XA 3DEXA 5G2ZA 2CZ3A 4POMA 3ERGA 3APSA 1YJ6A 4OFNA 3D4TA 4IS0A 2L5LA 1RW1A 4J2FA 5IPGA 2A2SA 1M99A 3TCOA 3ZFLA 1ML6A 3KMNA 1A24A 3C1RA 4K8MA 1LBKA 6GSUA 1SK2A 4I2TA 1A0RP 1A0FA 2C3TA 2MMNA 2DBCA 3RPNA 2PGTA 4YQUA 3F6DA 1PX7A 5KN3A 5A4UA 2YJ7A 3RHBA 3CTGA 3QOUA 2LRNA 4Z7XA 4F82A 2GGTA 1FO5A 2FWEA 4GTUA 4KA0A 4HJ2A 5JWQB 1M9AA 4WETA 4WKWA 4XHMA 2QKEA 1N2AA 3VWXA 2L6CA 2PU9C 2BMXA 5G5EA 2J9HA 3BBYA 1TI1A 2X8HA 1BEDA 4PGTA 6GSXA 1OE8A 3JCML 3US3A 2LS5A 4HZ4A 1Q4JA 3WGXA 4GQFA 5B7CA 1FW1A 4EKZA 2NDOA 1HNCA 2XPDA 3HY2A 1SJ6A 2DIZA 3F4SA 3H93A 3G7IA 3IK7A 3EC3A 1FB0A 1O73A 1M9BA 5IMDA 2OBIA 1MTCA 2LSTA 1VGLA 5LNKe 1OKDA 1JZOA 4XCSA 1XFLA 5KN0A 3LXTA 4O92A 5FWGA 4MZBA 2A4VA 2IMIA 4Q5NA 2YN1A 3CMIA 1JHBA 1ERUA 5G1KA 3GRXA 2E2GA 1VF1A 3PINA 2GDRA 2GSSA 2GLRA 2QSIA 1R5PA 4MJAA 4MJCA 2RUEA 1SKSB 2NVLA 3O6TA 1GTIA 1BX9A 1R4WA 1G6YA 5DQYA 3DVWA 3DWVA 2DJ2A 4HUAA 4NMUA 2DIYA 5F07A 2X8GA 1PGTA 2OA7A 3TOTA 1V2AA 5GAND 2ZNMA 2H70A 1K3LA 4ZIJA 5F0GA 5IQYA 2R5GA 4DEJA 4DSSA 2CV4A 5DALA 1GUHA 3WT1A 4X43A 2XC2A 2M80A 1B4PA 1KEBA 1TK8B 3P2AA 3GX0A 2OJLA 2CVDA 4YH2A 1J9BA 3DD3A 3P7XA 2GQMA 4TR3A 4L0UA 1YQ1A 1F9MA 3GIXA 4DSQA 4OCEA 3TKSE 5IOXA 2REMA 1QGVA 4K7IA 1DBYA 2H8LA 2JZTA 4XS6A 2AB6A 1PSQA 2H0IA 4PURA 2CZ2A 2LNSA 3A2VA 2H66A 2N5AA 3A2XA 3KIJA 5EVOA 1K0CA 1UC7A 3HYPA 1SJIA 2D2ZA 4MABA 2GSQA 1T4YA 1TTZA 1WP0A 4IQAA 5ID2A 3F4RA 2E7PA 1HYUA 2ON5A 1OAZA 3O3TA 4TR1B 2AJQB 2IN3A 3ZZXA 3DYRA 2CA8A 4HJMA 1V57A 4FYUA 3GTUA 4ZL7A 4KB3A 1YF1A 3VI5A 1Z5YE 1A8YA 1QK8A 4NXIA 3FZAA 2FWFA 4MA9A 9GSSA 1XW9A 1I9DA 2R2JA 1A2MA 4NAXA 2AV4A 3F9UA 2WFCA 1GUMA 1QUWA 1MEKA 1EZKA 1JZRA 1Z9HA 2VL2A 3ZREA 4GLTA 2LQOA 1T4ZA 2YWOA 4XS4B 1PL1A 4PQIA 2EC4A 2H75A 5CRHA 1FOVA 3VI7A 1T00A 2HXKA 3Q19A 4F03A 1N8JA 5CO3A 3ZMKA 6GSWA 1FG4A 1IYIA 1Z3EA 1VRSD 3H1NA 1E2YA 1OE7A 2DJKA 5ECHB 5DAKA 3DGQA 1E6BA 3HD5A 1ZL9A 4OO5A 2XHFA 2TRXA 4IHUA 1SU9A 2IFQA 2N5FA 4AGSA 2WJUA 2LV3A 3GKXA 3IXRA 1H75A 3F8UA 3E3EA 1TK0B 5ECQB 2H76A 20GSA 2OE1A 4DVCA 1PD21 3D6IA 4AF2A 5DQSA 4POLA 3E0UA 1G7OA 3P8WA 3L9VA 5D9VA 1YDKA 2H19A 5IMAA 5D9XA 2BTOT 5JCWA 2JZSA 1AIUA 3E9JB 1R26A 3TKSA 4EO3A 5ECIB 2HT9A 2HRFA 3D5JA 2IMDA 1X5CA 3LSZA 5ABRA 2V1MA 2YV7A 1AW9A 4PUFC 4F9ZA 1SYRA 1TKDB 3TKPA 4E8HA 2ES7A 1XWCA 3KTBA 4ZL8A 3MAKA 2AHEA 2R37A 3GHAA 1F3BA 4IP1A 2I4AA 2YJHA 2OKAA 3RHCA 1G0TA 3EYTA 4LL4B 2FA8A 4BWQA 5IM9A 4JU5A 5H5SA 3EVIA 4V2MA 4HZ2A 4TOPA 3FZ5A 4RI7A 1MDKA 1XCCA 1GLPA 5JWOB 1XXUA 2XBIA 2RM6A 5ECPB 4KDYA 3RDWA 2HSHA 4MF5A 1PKZA 4TXOB 2HZEB 1Z6NA 1XVQA 4V2NA 2R4VA 2QC7A 3UVTA 1HD2A 4YAPA 4Q5FA 5AIVA 5CP1A 3SBCA 2YZUA 1Z7PA 3VK9A 3Q6OA 1ZOFA 4GSTA 3MSZA 4I6XA 1DSBA 4EDZA 4Q5QA 3KMOA 1TRUA 3F63A 3TJKA 3VURA 3IV4A 16GSA 1TW9A 4OD7A 14GSA 5A4WA 2F9SA 4D73B 1SENA 1GTBA 5F05A 4ECJA 2K9FA 4PNFA 5GAPD 4GSNA 3I69A 2AUVA 4BPYA 1SJZA 4Q5RA 5G1LA 4JZQA 4WEYA 1LU4A 2DMMA 3QAVA 2K8SA 1EGOA 22GSA 2GVPA 3KEBA 4IJ3A 1OC9B 2PN8A 1OKTA 3ISOA 2PVQA 2LEGA 1Y25A 4EDYA 2B7JA 4JBBA 3L4NA 4F0CA 3IK9A 3HXSA 2PBJA 2V41A 3ZVJA 3HJOA 4K7NA 2TIRA 3NOFA 3BOAA 3CYNA 3CRTA 3APOA 2JSYA 3TJFA 4MPGA 1B48A 4KX4A 4OFMA 3QDNA 2B5XA 4JR6A 1XWAA 1B9XC 4IELA 2PVOC 1Z6MA 4IGJA 1PN9A 2C0EA 1TI3A 1GSYA 3Q18A 3FEUA 1XW5A 5D93A 4K1FA 3GMFA 2VLVA 3I6AA 4CHSA 3QPMA 3U6VA 1EWXA 1X9MB 4CDOA 2IJYA 5F06A 2C0DA 3Q74A 3TJGA 2PPTA 3F6FA 3U5RE 1KBNA 4LMVA 3ZVJD 3O76A 1GSQA 1KTEA 3DVXA 1JLVA 3CSHA 5ECLB 4BWSA 1FVKA 4KGIA 3L9UA 4ML6A 2ON7A 3G7YA 1A2LA 2H30A 2L4CA 1TDIA 2GZYA 3A3TA 4ECIA 1TRVA 3IDVA 2RLIA 2GT6A 1V9WA 2B6MA 3VFIA 2H73A 2C8UA 1U3AA 1EV4A 1YY7A 5IOWA 1M2DA 2GSRA 2GQKA 2LNTA 3I9V2 3ZL5A 3S9FA 2CQ9A 4WF5A 4KCEA 1EEMA 4DSRA 5F8BA 3WT2A 2I9HA 1O81A 1Z7RA 1GSEA 4ISDA 1MD4A 3HHVA 2G2QA 4H86A 5J41A 4FO5A 4N30A 3ZLPA 1AUCA 2E0QA 13GSA 2JSZA 1K0NA 1SKRB 3UARA 5ECOB 3KJYA 1JZDA 3TRXA 4TKYA 1M7TA 1S3AA 5G30A 3LORA 3AY8A 5B6NA 4FH8A 5HFGA 1TJDA 5ECNB 4AJ8A 2L6DA 1EP7A 1KNGA 1AC1A 2VCVA 4FYCA 3TKRA 3GFKA 2L57A 3BCIA 3QCPA 1UA5A 4WXTA 4OMVA 2K8VA 4IP6A 1GSFA 1XW6A 2QGVA 2YCDA 4JRRA 1O85A 4GF0A 3FW2A 5DBQA 1WRYA 2V32A 5FHIA 1PMTA 2X8CA 2LQQA 3C8EA 3PH9A 4NV2A 4ZB9A 3TUEA 2MBTA 3TKQA 2JACA 2C3QA 5B6MA 2B5EA 2KP2A 2X64A 2GSTA 4ZB8A 1WE0A 3EURA 1VF2A 1X5EA 2ALBA 3M3MA 5J9BA 3TRPA 4F2IA 4NHWA 4G19A 2CT6A 3I43A 2NPBA 4LMWA 1K0DA 1U88A 4RI6A 3GUSA 4TXOA 2HZEA 4MP4A 4ZILA 4O7HA 1TOFA 3M0FA 3C1SA 2XBQA 1I5GA 3KH7A 2GQLA 1EV9A 3GN3A 3ZITA 2N5BA 2WZ9A 2GZPA 3LWAA 5H5RA 4GCIA 2YPMA 1T1VA 2F3MA 3PR8A 3OR5A 1SL1B 2H6YA 4JE1A 1SYXA 1IYHA 1FAAA 3H4KA 4MCUA 3VWWA 3MNGA 1ERVA 2VCZA 3DXBA 4E8EA 4HS1A 2VL9A 2M72A 4NPBA 3HVVA 2RUFA 2C1YA 2LRTA 3FR6A 2TRCP 3GL5A 3LEFA 3GH9A 2MYGA 1V98A 4I5QA 5E59A 3VWUA 4K6XA 1NHOA 4ZL9A 5A4VA 2LJKA 3HDCA 2CX3A 5CNWA 1OC8A 4GRFA 1Q98A 2YOIA 2FLSA 4MLYA 1YEXA 3ME7A 1AAZA 5KN1A 2VCXA 5HR2A 1C72A 4ILFA 4RQXA 3FKFA 3EWLA 3TGZA 1QMVA 2I81A 3N5OA 2O89A 4MF7A 2GTUA 3L9SA 2WB9A 3QAGA 1SKWB 3IHQA 4MH3A 1X0RA 1A23A 3KP9A 1WMJA 3D22A 2PWJA 1Y6EA 3CTFA 2AYTA 5IO2A 4BVYA 3RBTA 5INYA 4N10A 4EUYA 2DSAA 2HSYA 4XRAA 4ML1A 3KGKA 3GURA 1NW2A 1K3OA 1JFUA 3DMLA 1GNEA 1S3DA 2VIMA 1A2JA 5GSTA 5HFIA 4HU7A 1PRXA 3UJ1A 1JZWA 1GH2A 4PXOA 3GV1A 1GP1A 4AJ7A 5CRWA 3ZIJA 2YWNA 3ERWA 1GLQA 2CVKA 4RQRA 1AXDA 2VM1A 3FY7A 4NWYA 3HVSA 1T7PB 3IC4A 1K0AA 1VF4A 4WR5A 1ABAA 2YANA 2OADA 2WULA 3GA4A 1YZXA 2F8FA 4PQHA 3WGDA 2VD1A 2C0FA 5JCUA 4O32A 2PMTA 1U87A 5ECRB 1W89A 2VCQA 3M9KA 2JADA 3HA9A 2OE3A 1SK0A 3LFLA 5HFKA 5IMFA 3UL3A 1RQMA 4PX1A 1THOA 2WCIA 3SWLA 2KUCA 2IMKA 1SD9A 3H8QA 3P90A 3BCKA 4MH2A 1X9SB 2LKUA 4MJEA 2H72A 2HZFA 4ZBAA 5D9WA 1PL2A 2H71A 3CXGA 2KLXA 1K0BA 3FR3A 1B4QA 3C7MA 3H79A 1ERWA 2P31A 4OCFA 3GX8A 4N0VA 3GYKA 4WR4A 1GSDA 4OWYA 4PUAA 1X9WB 1BAYA 1U3IA 3TOUA 3W6GA 2FA4A 2KP1A 3F4TA 4LL1B 4OO4A 2P0GA 5KN2A 2DJ1A 2YWMA 1CQHA 5D96A 4POBA 2I1UA 3KP8A 5CYYA 2XPEA 3QFBC 3PGTA 2MMZA 3GNJA 2V6KA 4EVMA 2B1LA 1F6MC 2O7KA 1GUKA 2CAQA 5C04A 1YEPA 3WGEA 5CREA 2B7KA 1ZGNA 5HR0A 4HDEA 2A2RA 5ECSA 4EL1A 4MZCA 4IVFA 2CVBA 4TR0A 2DC5A 1ACVA 1WIKA 1R5AA 3EMPA 2H0GA 3FRCA 2V2GA 4IN0A 3L0HA 1TK5B 4WF4A 2VLUA 5EL8A 1ON4A 5D8IA 4J56E 4K7OA 4AJ6A 4L5OA 2VCWA 1GWCA 3KTLA 3TJBA 2K6VA 2H74A 1THXA 2C0GA 5AISA 5CRGA 4G9HA 6GSSA 4TW5A 2DMLA 4QL9A 3DKSA 4IBPA 2FGXA 1ST9A 4HQSA 4EF0A 2L4QA 3HVXA 4P3YB 2VUPA 4ULXA 3TKSC 1TU7A 3D4MA 5DVBA 3ERFA 3D21A 3GKKA 2FUG2 1S3CA 4KDXA 4WBJA 4TR1A 1ZYQB 3UMAA 4L5LA 4IKHA 5LD0A 2C80A 3ED3A 5HR3A 3IAM2 3IBHA 3TB2A 3UEMA 2OBKA 4HOJA 5G5FA 4FYBA 3R2QA 1WJKA 1YF0A 2FWGA 3DIEA 2HLSA 12GSA 4V2LA 2R3XA 1B9YC 6GSVA 1TU8A 2JU5A 3KM6A 1OC3A 2VAFA 3N9JA 4ID0A 3IOSA 3EE2A 2KHPA 4KSMA 2VLTA 5J4UA 5IPHA 1GRXA 4HEA2 1HNAA 3IE3A 2E2MA 1ZYEA 2LTKA 5E4WA 2JL4A 2HNLA 3VWVA 1O7UA 4XS4A 3MDKA 5GZZB 1JLWA 4F0BA 4OFTA 1BQ7A 4GXZA 1NM3A 1T3BA 5C00A 4K0NA 1AQWA 4KE3A 5ELGA 6GSYA 4I8BA 2M46A 3LXZA 4MMMA 4KUNA 2FNOA 2DLXA 4MF6A 3CRUA 5KEJA 3FZ9A 2HRNA 3ZIVA 2NBSA 3F3QA 2IMFA 2H01A 4LLRA 2FCHA 2O8VB 4CW9A 3APQA 2LRCA 1OYJA 3LG6A 1WOUA 1SD8A 2MBSA 1J08A 1M2AA 4BL7A 4ACSA 4BA7A 4KCAA 3HZ4A 4KH7A 2H0HA 2NTOA 1XVWA 4EE0A 1ERTA 1GULA 2CX4A 2EIRA 5IO0A 1HQOA 1GSUA 1SL2B 1QFNA 5JCGA 2Z9SA 2KOKA 3ZYWA 1TXXA 2OE0A 4ECBA 4GSSA 3WD6A 1R7HA 2MZCA 17GSA 3IAS2 3IR4A 2V6OA 2LUSA 3UBKA 3EU4A 2LJRA 3LYKA 5B8BA 5LCZA 2F51A 1LJRA 4L8EA 1PX6A 1URMA 3VPQA 1XWBA 5JWRB 2HFDA 1M0UA 2OACA 1SK1A 2L5OA 5G31A 2PERA 4X1UA 19GSA 3FYGA 1RK4A 3GH6A 3UVHA 1UN2A 2PUKC 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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