1JFUA

Crystal structure of the soluble domain of tlpa from bradyrhizobium japonicum
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
176
structure length
176
Chain Sequence
TGDPACRAAVATAQKIAPLAHGEVAALTMASAPLKLPDLAFEDADGKPKKLSDFRGKTLLVNLWATWCVPCRKEMPALDELQGKLSGPNFEVVAINIDTRDPEKPKTFLKEANLTRLGYFNDQKAKVFQDLKAIGRALGMPTSVLVDPQGCEIATIAGPAEWASEDALKLIRAATG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the soluble domain of a membrane-anchored thioredoxin-like protein from Bradyrhizobium japonicum reveals unusual properties.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Bradyrhizobium japonicum
molecule keywords THIOL:DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN TLPA
total genus 50
structure length 176
sequence length 176
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1jfuA00
4IELA 4F9ZA 3J7Yb 4BWSA 3LXZA 2NPBA 4MPGA 4ILFA 1QQ2A 3VI7A 3HDCA 3TKQA 4ZIJA 1YJ6A 2FWHA 4GXZA 3UEMA 5JWOB 1ML6A 3L78A 2LJRA 3C73A 4K9ZA 4YQUA 2GZPA 2XPDA 4ML6A 2GSTA 1K0MA 4HJMA 1PD21 4V1Ap 4J56E 5IOWA 1B4QA 4X43A 3PINA 4N30A 2VL2C 3GIXA 2O89A 5C00A 2M72A 5D73A 2O87A 5CO3A 3QAWA 3L9UA 5KN1A 2F3MA 4IS0A 2HLSA 2C0FA 4JU5A 1TTZA 10GSA 4NHWA 17GSA 2RM6A 4J57E 2DJKA 3GH9A 2F8AA 1JLVA 4L8EA 1T00A 3GTUA 4EVMA 5LCZA 4BPYA 1EEMA 2HFDA 2OJLA 1Z3EA 2IFQB 1TXXA 1KTEA 3G7IA 1SYRA 1S3AA 2FY6A 4P3YB 1MEKA 2N5BA 4MA9A 5IMAA 5J41A 3L9SA 4K1FA 4KCAA 4TOPA 3KCMA 2H1AA 2TRXA 4E8EA 3TKSE 3VWUA 1SJ6A 4Q5RA 3F4SA 2HZEA 2H6YA 4IW9A 4ZXGA 5J9BA 3D0ZA 3RHBA 4NWYA 1OE8A 3APOA 3TGZA 4J2FA 3KEBA 1ZCPA 2H19A 4WF4A 3FW2A 4O32A 2CA8A 4ISDA 4ZBDA 3WGXA 1TU8A 3KMNA 3M1GA 3C1SA 4ZBBA 1GWCA 5D9VA 1GL8A 1B9YC 3IC4A 1ZYEA 1MDIA 1Y6EA 4ECBA 2GZZA 5G30A 1PKZA 3KD0A 2IMFA 3DEXA 4D73B 1J0FA 2Z9SA 5G1KA 1AXDA 3D22A 4EE0A 1SKSB 2VM2A 2OBIA 4GF0A 1SK2A 3TRPA 2H6XA 3N5OA 3RPPA 2AHEA 1GSEA 1QXHA 4TVEA 1FO5A 1BQ7A 2PWJA 4L5OA 3F3RA 4GCIA 2DLXA 4WBJA 1XVQA 4HUAA 4MF7A 4MPFA 1LBKA 3DWVA 3LXTA 1B48A 3UBLA 2J9HA 2PUKC 4NV2A 1U3AA 3GH6A 1MTCA 1EOGA 2B3SA 3ZYWA 2C1YA 2RLIA 1O73A 2X64A 4KX4A 2P5QA 3VFIA 2VOCA 1Z6NA 1EP7A 2C4JA 2BTOT 1U88A 2YJ7A 1ERUA 1GTIA 3MNGA 1O6JA 2H70A 2GGTA 4KSMA 2FLSA 1THXA 3LJRA 2LKUA 1Z9HA 4I8BA 1HNCA 3R2QA 1SD8A 2LEGA 2VD0A 3LEFA 2B5EA 3TKSC 2YOIA 5CRGA 2GDRA 2KUCA 1FW1A 1TJDA 4G2EA 1OVNA 1R5AA 2AYTA 4YQMA 2DIZA 1SKWB 4XS4A 4BL7A 1SJIA 1JZOA 2N5AA 4K7NA 1XWKA 4TR0A 1X5DA 1T7PB 1MD3A 3W8SA 9GSSA 2MMOA 2HI7A 4D73A 1XWCA 5B8AA 3C8EA 4MJAA 5A5KA 3A5WA 2X99A 3MAKA 4I2TA 4ECCA 4BWQA 18GSA 1PA3A 2EC4A 2XHFA 4CW9A 3IA1A 4L0UA 1GTAA 3F63A 3IDVA 3ISOA 3Q6OA 3GA4A 3FZ4A 4WR4A 1ACVA 2MYGA 3WD6A 3O76A 1OKDA 5JWQB 3LSZA 3M3MA 1PSQA 2GTUA 2LJAA 5DCGA 4E8HA 4HJ2A 1K3YA 5IPHA 4PUFC 2P31A 2K6VA 5ID2B 1PN9A 1V40A 2LRNA 5CRDA 3IAS2 1GTUA 6GSXA 2WULA 4LLRA 2YJHA 1EWXA 2R2JA 1XXUA 2RM5A 1H4OA 4RI6A 4HQSA 1I5GA 1UA5A 3F8UA 1SL1B 5JCGA 6GSWA 1N8JA 5J9CA 3HHVA 3MDKA 3HA9A 1Y25A 5D93A 4DSSB 2IIYA 2R3XA 2YZUA 1KNGA 5AIXA 6GSVA 5LD0A 2RUEA 2VO4A 1GSFA 2DIYA 2L6DA 1XWBA 1VRSD 4XIHA 3KM6A 1JFUA 5ECKB 3CSJA 3HCZA 5ABRA 2KHPA 2B5XA 3N9JA 1OYJA 5B6MA 4ZILA 2ON7A 2V2GA 3I69A 1TK5B 3LYPA 2B6MA 2VLUA 1VF1A 2OADA 1KBNA 2H73A 3ZL5A 5IM9A 3ZFLA 4MF5A 3IHQA 4ZL9A 13GSA 2VL9A 5J3RA 4CHSA 2CVDA 1TI1A 2PVQA 3NIVA 1M9BA 14GSA 1XW6A 1LJRA 3GYKA 5JCUA 1FOVA 2VL2A 1QUWA 4MH3A 5G5EA 2XBQA 4PXOA 1YF1A 2AB6A 4TR4A 3IOSA 1K0DA 4KNDA 1M99A 3GFKA 3RHCA 4OFTA 1A23A 2CZ3A 2FWGA 3WGEA 2E7PA 1KEBA 5DJMA 1EEJA 3KIJA 3VPQA 4L5LA 4HZ2A 1URMA 3G7JA 4MZWA 4ULXA 1WIKA 4POLA 3Q18A 3GL5A 3F4RA 4MF6A 2G0FA 3HZ4A 3ZIJA 4Q5FA 5D9XA 2RUFA 2V41A 1VF4A 5ECMB 1XPVA 5A4WA 4HI7A 4LL1B 1G6YA 4ZB8A 1A0RP 2GQMA 1B4PA 2A4VA 1JZDA 2P5RA 2M80A 2GQKA 4WEYA 1WOUA 2VM1A 3DYRA 2GSSA 4MZCA 3QDNA 3M9KA 3QD9A 1TRSA 3U6VA 1XCCA 3FRCA 1M2AA 3BBYA 1XOAA 4EL1A 3LG6A 2FUG2 2I9HA 1T4ZA 2C3TA 3EMPA 1UVZA 4JEDA 4V1Ag 3RPNA 2FWEA 3SBCA 1GSDA 4EXJA 1GSYA 5C04A 1IYIA 2HYXA 2ZUPA 4EDZA 4YAPA 2FA8A 3Q74A 3ERFA 2DJJA 3P7XA 3GSSA 1OC3A 3D6IA 3EURA 1WP0A 1F3BA 3F6DA 4WXTA 5ECPB 2AJQB 3VK9A 1BJXA 1SL0B 5B7CA 3C71A 3PH9A 4POBA 4HU9A 4OWYA 4IP6A 2OACA 1X9SB 4OO4A 3G9BA 3O6TA 2LRTA 5IO0A 1Z6MA 1A0FA 3FR6A 1ERVA 1U6TA 3IK7A 1ZMAA 3L4NA 3PR8A 1G0TA 2JL4A 3APSA 5IQYA 5AIVA 5IOXA 4K2DA 5FHIA 4X0XA 1Q4JA 1ZOFA 1X9MB 1FVJA 4EDYA 1PMTA 1XVWA 1TK0B 2VCXA 1DE1A 1O8WA 1AQXA 5H5QA 2FWFA 4L0WA 1ZL9A 1HYUA 4KSOA 4MJCA 3GX0A 1O81A 4N11A 1XZOA 3CMIA 5L71A 3HXSA 3QFAC 4DSRA 2XC2A 3WT1A 3IE3A 3H79A 4ACSA 5F06A 1GUMA 4BVYA 1B8XA 5D96A 3EU3A 2CAIA 1XIYA 4KDXA 1FB0A 3QPMA 4MK3A 1TRVA 3TJFA 1SU9A 2R6KA 3TJBA 1RW1A 4QQ7A 2WFCA 3ZITA 1GH2A 2YWOA 5DQYA 1THOA 1YEPA 3GNJA 3DVXA 3TRXA 1W89A 3MSZA 4KDYA 3F0IA 3HD5A 2JSZA 3E3EA 2K8VA 4H86A 3FR3A 3ED3A 3KH7A 2C8UA 3ZLPA 3ZMKA 3IXRA 2MMNA 1BX9A 1OC9B 2VD1A 3FHKA 4RI7A 3CSHA 5HR2A 1HD2A 3UJ1A 1JLWA 2V32A 8GSSA 3IV4A 3BD2A 4G10A 3DVWA 4V2LA 2OE1A 1LU4A 3GKKA 5E4WA 3EE2A 5DALB 2ZCTA 5E59A 2OE0A 4I5QA 3P8WA 2CVBA 4MH2A 4OCEA 2IFQA 1QK8A 5ECHB 1UN2A 4OCFA 4QL9A 4JE1A 2DBCA 4PNGA 5D9WA 4CDOA 5HFKA 4TXVA 1OKTA 1XOBA 3CSIA 5DBQA 4IHUA 4O5RA 2FNOA 3H93A 4PUAA 3WT2A 3ERWA 3CTFA 4HQZA 3I6AA 4X1UA 3ZVJA 4XCSA 1ERTA 3C1RA 2C0GA 5IIZA 3C7MA 3HVXA 1F3AA 2HT9A 4NAXA 3EWLA 4Q5NA 2C0EA 1Z7PA 5HR0A 3O3TA 1A2MA 2H1GA 2GVPA 2V1MA 1G7OA 1JZWA 1VGLA 4K8MA 4GSTA 3CBUA 4ID0A 4WETA 2K8SA 4PNFA 16GSA 2HNLA 4GSSA 1GSSA 4F0BA 4EF0A 2KP1A 3A3TA 2OKAA 3L9VA 1ABAA 4ZB9A 3QFBC 3HZ8A 3W8JA 2H1BA 1R4WA 5ECOB 1V2AA 2NVLA 2VCWA 4YH2A 1XFLA 4RQRA 1WPIA 1M9AA 2JZSA 2DC5A 2CZ2A 1U87A 4DSQA 1R26A 4LMVA 2CX3A 4IJIA 3VWXA 1TW9A 4GQCA 6GSUA 1WWJA 5EVOA 4GQFA 5ELGA 4YQVA 4FH8A 2I3YA 3TRQA 2R5GA 2WS2A 1SYXA 3FZ9A 4F82A 2G2QA 3JCML 4NHZA 3MWHA 4XHMA 3V1WA 3FR9A 3BCIA 2X8GA 4PQHA 4MABA 1W4VA 5DALA 6GSYA 5DJLA 2YNXA 1K0AA 2IWTA 2NBSA 3IR4A 4HDEA 4AJ7A 1WJKA 4FYBA 1SKRB 2H71A 4AGSA 1MD4A 2PN8A 1GUKA 2CAQA 2WB9A 5JCWA 2GLRA 1SL2B 3DXBA 1A8YA 3QMXA 3UL3A 3UOMA 5A4UA 2TIRA 4DEJA 2H72A 2H30A 2L59A 5CYYA 3GKNA 2B1LA 5HR1A 4OFNA 5ECIB 2LSTA 4POKA 2D2ZA 1X9WB 2JZRA 4TR1B 1J08A 4IKHA 1GLPA 2M46A 5H5SA 1E6BA 3UVHA 1GULA 5EL8A 1YF0A 1M0UA 2CVKA 4N0VA 2MBTA 4TXOB 3IBHA 2FGXA 1GRXA 4PURA 5DCHA 1V9WA 4XRDA 5KN2A 2YCDA 2NTOA 4FYUA 3GKXA 4IBPA 2RIIA 1ILOA 2VCQA 4NXIA 2H01A 4AF2A 2VL3A 2LJKA 2KLXA 2CX4A 4K0NA 3TUEA 2L5OA 3Q19A 4KUNA 1AIUA 5CP1A 2YPMA 4KAEA 2HXKA 3UARA 2DJ1A 1GNWA 2TRCP 2FCHA 1OE7A 5KEJA 2IMIA 1SK0A 1M2DA 1PQNA 1TU7A 5ECQB 1PL1A 4V2NA 2HSYA 2PGTA 5IMZA 3BJ5A 1A24A 5GAPD 5IO2A 2L5LA 4FYCA 2B1KA 4XRAA 4ECJA 5LNKe 3EC3A 1G7EA 2IN3A 1K0CA 2JSYA 1JHBA 5ID2A 4TR3A 3ZIVA 3GKMA 4GLTA 3S9FA 1MDJA 3US3A 4K7IA 5IPGA 4MCUA 3TJGA 2GS3A 3OR5A 3ME8A 4JBBA 3GTUB 4KDUA 1AW9A 4GRFA 4IN0A 2ON5A 3D5JA 1X5EA 5ELAA 2O85A 4K0GA 3LYKA 4DSSA 3DRNA 2C80A 1QGVA 12GSA 3ZREA 2HZEB 4TR1A 3WGDA 2B7KA 1U3IA 5ECNB 1BEDA 2YV7A 5KN3A 4FO5A 2E0QA 1WE0A 3QR6A 1K3OA 3AY8A 2PPTA 1MDKA 2AAWA 3CRUA 5J4UA 4YAVA 4ML1A 3SWLA 3HVVA 2QKEA 2AUVA 5HQPA 1B9XC 3NOFA 1CQGA 4G19A 1XWGA 2IL3A 3H8QA 4GTUA 4V2MA 4I2UA 4KH7A 3LORA 3ERGA 1H75A 1USBA 5AGYA 2L57A 4JR4A 1QMVA 5HFIA 3UBKA 2K9FA 1TRUA 2VLTA 2I81A 1HNAA 3TKRA 3NZNA 5GZZB 1EGOA 3KP8A 3VWVA 3FKFA 4ZL7A 3TB2A 4XS1A 1S3CA 2R37A 3A2WA 1X0RA 3LGCA 1A2LA 4LA1A 2WGRA 1ST9A 1DE2A 1SENA 4IJ3A 1AC1A 4QL7A 3GMFA 1I9DA 2E2MA 2DSAA 2P0GA 7GSSA 22GSA 2A2SA 2MMZA 11GSA 4MJEA 2C3NA 4F03A 4NPBA 1V98A 5J5NA 1AAZA 5AN1A 3CRTA 2F9SA 5FWGA 4NV5A 2WZ9A 1FHEA 2YWNA 1VF2A 3FY7A 1BG5A 5EY6A 4IGJA 3HY2A 1F2EA 1F6MC 3WYWA 3HYPA 2KP2A 2ALBA 4K6XA 2FA4A 2V6KA 3KGKA 3VI5A 2BJXA 2O8VB 3A2VA 5EPFA 4EUYA 3KMOA 1K0BA 2YWMA 1NW2A 1RK4A 3EVIA 5DAKB 1M2BA 5G5FA 1SD9A 3H1NA 3TKSA 3DIEA 4KE3A 1FG4A 2C3QA 4HOJA 3ZRDA 5G1LA 3RAZA 2DMMA 4MMMA 2X8HA 3KTBA 4I6XA 1PL2A 1G6WA 1XW9A 2QC7A 1WMJA 4MJBA 3E9JB 2JACA 2OBKA 2LQOA 4KB3A 1WRYA 3GRXA 3VPTA 1C72A 4HS1A 5G31A 2WDUA 3QOUA 4MDCA 2A2RA 4MP4A 1GLQA 2AV4A 5HR3A 3FYGA 1EGRA 1O7UA 1TP9A 3QAGA 2GZYA 3GN3A 2LRCA 6GSTA 4TW5A 4WKWA 4IVFA 2VUPA 4MLYA 3LFLA 2H74A 2FD3A 5F07A 1V58A 3P90A 4XS4B 2YZHA 3VLNA 1NHYA 3KTLA 5A4VA 19GSA 3KXOA 2IMKA 2XPEA 2YWIA 4PQ1A 1YDKA 3DKSA 1SK1A 2JU5A 5AISA 3EU4A 4G9HA 5ECRB 4XS6A 2JADA 3KJYA 3TJJA 4N0ZA 2H1DA 4OD7A 3GURA 4FIWA 3TOTA 5CAXA 2XBIA 4WR5A 3UVTA 1PRXA 3QCPA 5KN0A 4ZB6A 3J7Yk 3FEUA 3M0FA 2X8CA 4IQAA 1FB6A 1F37A 1E2YA 3D21A 3M9JA 1T8EB 2YV9A 3ZZXA 2KOKA 3GHAA 2GQLA 1N2AA 1YQ1A 1BAYA 2H0GA 1EV9A 3W6GA 5ENUA 3UMAA 1GSQA 5G2ZA 1Z5YE 2CV4A 5ECLB 1UC7A 2HRNA 3GX8A 1ZGNA 1M7TA 1BYEA 5DDLA 5GSSA 1JZRA 3TJKA 4IP1A 3UAPA 2LUSA 5DAKA 4OFMA 3FZ5A 2K18A 3D4MA 4AJ6A 5IMFA 1EZKA 4NMUA 2VAFA 2PBJA 2YANA 2V6OA 1AQWA 1HNBA 4MZBA 2IJYA 2O7KA 4F0CA 2LNTA 2DJ2A 1GNEA 5CRWA 4ECIA 5B8BA 1AQVA 3GV1A 3HJOA 2DMLA 5JWRB 4WBRD 4EC0A 2H76A 4LMWA 3ZVJD 2WCIA 3HKRA 3LWAA 2CQ9A 6GSSA 5IMVA 2H0HA 2IPAA 1K0OA 2H0IA 1XBSA 2VCTA 5CNWA 1TKDB 2BMXA 1SJZA 3D4TA 4O92A 5H5RA 3RBTA 4AJ8A 3DD3A 4F2IA 2PVOC 3CXGA 3CTGA 3TDGA 2HE3A 5B6NA 1EV4A 1OAZA 3I43A 1ON4A 5HFGA 2CT6A 5CRHA 2I4AA 1DSBA 1OC8A 2HSHA 4I97A 1T1VA 1O85A 1TRWA 2PU9C 2B7JA 4PX1A 1K0NA 2GT6A 1O8XA 1ZYQB 2J23A 3KH9A 1OC9A 2H8LA 3FZAA 3KZQA 3IAM2 1NSWA 3ME7A 2MZCA 1YKCA 1VF3A 4GWRA 2YP6A 3ZTLA 1XWAA 1NHOA 1FAAA 3ZFBA 4HU7A 2YN1A 2PMTA 2GSQA 2LNSA 3G7YA 1TDIA 2DJ0A 2EIOA 2VCVA 2PERA 5FT3A 3GL3A 2IMDA 4ZL8A 4TN8A 3EMXA 3GSTA 2E2GA 2L6CA 3H4KA 4K7OA 3F9UA 3K8NA 20GSA 4PQIA 1PKWA 3I9V2 3PGTA 3ZMLA 3QAVA 1YKAA 3F6FA 3KP9A 2ES7A 2IMEA 5D9TA 4Z7XA 3GUSA 3DMLA 3L0HA 4WF5A 5IMCA 3FK8A 2GSRA 3P2AA 2B5YA 2C0DA 4JZQA 1DBYA 4BVXA 5DVBA 4BA7A 3HJPA 2GT5A 2L4CA 4HZ4A 1EOHA 4IQ1A 1A2JA 4OO5A 2OA7A 2H66A 3E0UA 2L4QA 3EYTA 4KW6A 3TCOA 4GSNA 5DQSA 5CREA 3VURA 2FHEA 1J9BA 4DVCA 1PGTA 3LQ7A 1AUCA 2VIMA 2LS5A 4LL4B 1S3DA 2LV3A 2ZNMA 4ZBAA 1EP8A 3F4TA 3APQA 3U5RE 3HVSA 4RUVA 2I1UA 1F9MA 2HRFA 1T3BA 3TOUA 1A8LA 4Q5QA 2F51A 1TI3A 1TOFA 4OMVA 1DUGA 1ZZYA 2HZFA 2JZTA 2WRTA 4N10A 3IK9A 5ECSA 3CYNA 1TK8B 3A2XA 4KA0A 1GSUA 4HEA2 1T4YA 1Q98A 4JRRA 2LTKA 3IPZA 3RDWA 3BOAA 3VWWA 1Z7RA 2OE3A 2H75A 2LQQA 1K3LA 4KGIA 4TRXA 1XW5A 1PX6A 2WJUA 2N5FA 1IYHA 4KCEA 1GUHA 2MBSA 1YZXA 3DGQA 1GP1A 3TKPA 5F05A 5GSTA 4JR6A 5D8IA 4POMA 4EKZA 1V57A 3IRAA 5F8BA 5COHA 4PGTA 4XTSA 4O7HA 3F3QA 5IMDA 2H6ZA 4TXOA 2REMA 2MMAA 3EINA 2VLVA 2EIRA 2R4VA 4RQXA 3BCKA 1RQMA 1PX7A 1HQOA 1ERWA 2QGVA 1GTBA 1CQHA 5INYA 2DJ3A 2F8FA 1NM3A 5GAND 1QFNA 3UIWA 1YY7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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