The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
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sequence length |
117
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structure length |
117
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Chain Sequence |
MADFDNLFDAAIARADETIRGYMGTSATITSGEQSGAVIRGVFDDPENISYAGQGVRVEGSSPSLFVRTDEVRQLRRGDTLTIGEENFWVDRVSPDDGGSCHLWLGRGVPPAVNRRR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The solution structure of the bacteriophage lambda head-tail joining protein, gpFII.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Enterobacteria phage lambda
|
| molecule keywords |
gpFII
|
| total genus |
10
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| structure length |
117
|
| sequence length |
117
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-09-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF05354 | Phage_attach | Phage Head-Tail Attachment |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Phage tail proteins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KX4 A; 1K0H A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1LTO A; 3P8O A; 1BTY A; 3MU1 A; 2FS8 A; 2BDC A; 4PRO A; 1W0K D; 1O30 A; 1WUN H; 3QWC H; 1XUF A; 5EIY A; 3GCN A; 1A0J A; 4GPG A; 4GVU A; 3CEN A; 1O5D H; 3MNC A; 5LPE A; 5ESB A; 2AGE X; 1C4U 2; 2DE8 A; 3VGC B; 3UFA A; 1F92 A; 1AFQ B; 4NG9 H; 1EQ9 A; 1BRB E; 1KYN A; 2FPZ A; 2BLO A; 2BQW B; 1AFQ C; 3VGC C; 1OS8 A; 1TE0 A; 1YBW A; 1N1L A; 1ZTL A; 4H42 U; 3P92 A; 2XW9 A; 3OY6 U; 1FNI A; 5BPE A; 3S7K B; 1YPE H; 4B76 A; 4U2W A; 2M2A A; 1UTQ A; 1KXD A; 1DY8 A; 1QFK H; 3T28 A; 1T8M A; 4FUJ A; 3RXL A; 5HIZ A; 3UQO A; 1IQE A; 1GL0 E; 3VPK A; 1G30 B; 3LH1 A; 2AMQ A; 4JZE H; 3BTT E; 2G81 E; 2H2Z A; 4K60 A; 3PLP A; 4X0W U; 5CMX H; 3KQD A; 1S6L A; 1YCP K; 4DG4 A; 1O3M A; 2TBS A; 3ZIA D; 2WIN I; 1Y3W A; 1C5T A; 2UWO A; 5C3N A; 2BY5 X; 2PHB A; 2ZDK A; 1PFX C; 1QBN A; 2H9T H; 1FY1 A; 3F9F A; 2D8W A; 3ZVE A; 2HNT E; 3BEI B; 2QY0 B; 1YY3 A; 1E35 B; 1EOL A; 2BDY A; 2OC8 A; 3QTO H; 1YM0 A; 3MI4 A; 3MOC A; 1WAY B; 2VH0 A; 3UR9 A; 6GCH F; 2RFK C; 1FZZ A; 2A2Q H; 2ZTZ A; 5DPA A; 3RXF A; 1C9P A; 3NCL A; 3RXE A; 4XSK U; 5C5O A; 5A0B A; 4K1E A; 1NBM D; 1V6D A; 4A92 A; 1IQI A; 2YMS B; 1J15 A; 3TK6 A; 2JIZ D; 1K2I 1; 1G3C A; 3IG6 B; 2YMS C; 1QL8 A; 3EA7 A; 1SFI A; 1ZOM A; 4X1S U; 2M5T A; 4NZQ A; 3T5F H; 2VVV A; 2D2D A; 3TIT A; 1A5I A; 1SVP A; 1O3C A; 2Q6D A; 1OWJ A; 1O2I A; 1P2J A; 2R2W U; 4NA7 A; 5T6G A; 3SGQ E; 2EI8 A; 2STA E; 2QN5 T; 1EAW A; 5GIB A; 2FX6 A; 1EP5 A; 4Y11 E; 3S9B A; 1UK3 A; 4U01 A; 1NRR H; 1QL9 A; 1BTZ A; 3PMJ A; 1N6X A; 2OXS A; 1GHW H; 1S85 A; 3MU0 A; 1EZS C; 4YLU A; 2ZHE H; 1CA0 B; 2C8Y B; 4NFE A; 9EST A; 2PP6 A; 4Y10 E; 4X2Y A; 3RXJ A; 1CA0 C; 1BMN H; 1QB6 A; 2ZF0 H; 4MPX A; 4F48 B; 2BYA X; 2W6J D; 4WJG 2; 5AVD A; 3MH4 A; 2C3S A; 2BVX H; 1F0T A; 2F4L A; 1P04 A; 5DKM A; 3ZZ8 A; 5HMA A; 1E1Q D; 4AZ2 B; 3HAT H; 1AO5 A; 1GBJ A; 1PYT D; 3SZE A; 1C5O H; 3MU8 A; 1G37 A; 1XUJ A; 1O3K A; 2HVY B; 1AZ8 A; 3W1E A; 3FP6 E; 3TLO A; 3SOR A; 1S0R A; 2KFW A; 1ZPB A; 2WPD D; 1GJ5 H; 4O97 A; 2KCA A; 1KIG H; 2V3O H; 1O3P B; 1BZX E; 2PUQ H; 3ZVB A; 1EX3 A; 4Y76 A; 3RU4 T; 2GDD A; 2VBC A; 1DWC H; 3PO1 C; 3P70 B; 1CHG A; 3A88 A; 3A80 A; 1AND A; 2JET B; 1FN6 A; 1QBO A; 1P0S H; 3O8B A; 4M7G A; 1SLX B; 4JZF H; 1GCD A; 3VB6 A; 4P02 A; 4MPW A; 3GS9 A; 3PTN A; 3D49 H; 2AMD A; 4IS5 A; 2WPK S; 3K9X B; 1CGJ E; 4MG3 A; 3ATK A; 2F9V A; 3H09 A; 2BDG A; 4UFG H; 2OC7 A; 1MZA A; 2ZGX H; 2FOD A; 2FWW A; 5E2O A; 3STJ A; 2ZPR A; 2BZA A; 1SGE E; 1ETR H; 1IQJ A; 3T62 A; 3LC3 A; 1Y5A T; 1GJ6 A; 3U1J B; 2VWM A; 5LGO A; 3DFJ A; 3LON A; 3E3T A; 2FOH A; 3AK5 A; 2RG3 A; 3ZZ4 A; 1CT0 E; 3GY5 A; 4XDE A; 1TNL A; 4ISO A; 5GCH F; 5JDU B; 3RLY H; 2JH0 D; 1C5Y B; 3O8D A; 1TX7 A; 5C67 A; 8GCH F; 4IN1 A; 1LHE H; 2CF9 H; 1HAV B; 1K21 H; 4RT0 A; 1OYT H; 5E2P A; 1GBE A; 3EA9 A; 4DT4 A; 1WYK A; 1THP B; 5LH8 A; 4Z0K A; 3ATL A; 5FX6 A; 3E6P H; 3A85 A; 1S6H A; 3Q3X A; 2W7S A; 3SBK A; 1AD8 H; 2PWX A; 1HRT H; 1MZD A; 1JOU B; 3SU5 A; 3I77 A; 5EXM A; 1K1L A; 1TGN A; 5A2M H; 2Q6G A; 5C1U A; 2HPQ H; 2VIN A; 1YWU A; 1EB2 A; 4CBN A; 1P03 A; 1BTH H; 3AW1 A; 1YLN A; 1ARC A; 2OLG A; 2ALP A; 1QCP A; 1F5R A; 3GDS A; 5K0H A; 1O2Y A; 4NWK A; 5L2Y H; 3FOA A; 1P11 E; 1C5S A; 2ZTX A; 2P93 A; 3V7T A; 1O2G H; 1FY8 E; 3A7W A; 1VKY A; 2G5N A; 2H9H A; 4QT8 C; 3SJ9 A; 1O36 A; 3ITI A; 3SU3 A; 1EAT A; 2ASU B; 1XM1 A; 2G00 A; 2KX4 A; 3RXH A; 1ZSJ A; 5GXP A; 2YNB A; 1UW7 A; 3UPE A; 3RXI A; 1Z8I B; 1NU7 B; 4AYY B; 2JJ2 D; 1DOJ A; 3BTD E; 1NU9 A; 1U6Q A; 1BOQ A; 2BQ6 B; 1V2P T; 2W5E A; 3GY2 A; 5FPS A; 5K7R A; 3PWB A; 1FY5 A; 4AG1 A; 1B5G H; 1AKS B; 1OWE A; 5CHB A; 1YPL H; 4IMZ A; 2EA3 A; 1N8O B; 2SGP E; 4IN2 A; 1QQU A; 2WPH S; 3BTF E; 4WME A; 1N8O C; 1SQA A; 2ZQ2 A; 1G3B A; 4YOI A; 5C1Y A; 2OIN A; 1GHV H; 3RMM H; 4CH8 B; 1GJ9 B; 2ZNK H; 3QZQ A; 2FDA A; 1FIZ A; 3GOV B; 3SNA A; 2R0K A; 1QUR H; 3A86 A; 2QV1 A; 1C2E A; 2OTV A; 2BMG B; 3Q77 A; 4GLY A; 4DUR A; 3SJO A; 4WF8 A; 3M3S A; 5EOD A; 1C2L A; 1OWK A; 4CBO A; 3OE7 D; 1GJA B; 1THR H; 1Z71 A; 3NUM A; 4O3U A; 1QIX B; 2BD2 A; 3UTU H; 3ZZ5 A; 1ELD E; 3SI4 H; 3MYW A; 5F6M A; 1EAS A; 1O5G H; 1SGQ E; 1WDI A; 4ISN A; 1ANE A; 1HAV A; 1K1M A; 2EC9 H; 1P3C A; 1GHB G; 1C5U A; 1D9I A; 3VXE H; 1BTU A; 1ZGI A; 2XYA A; 1MTN B; 2ODP A; 1O3I A; 4XOJ A; 2RCE A; 2G51 A; 4Q7Z A; 1WSS H; 2BX3 A; 1O2N A; 1OOK B; 1MTN C; 1FN8 A; 1FUJ A; 2WV9 A; 3BV9 B; 1OYQ A; 2BZ6 H; 1BHX F; 1F5K U; 3P8N A; 4JYU H; 5JBC S; 3SV6 A; 5EXN A; 3TGK E; 2AGI X; 1Z6J H; 1O2L A; 1TOC B; 3TJN A; 2ZHD A; 2D1J A; 1O38 A; 3GCT G; 1O2T A; 1GMC F; 2EI7 A; 4FU8 A; 2P3U B; 1L1J A; 3A8D A; 4K1T A; 2J94 A; 3BF6 H; 5A0C A; 2FTM A; 5EOK A; 4CRE A; 1LHD H; 2P8O C; 4AB8 A; 1NRQ H; 5EGM A; 2Y5G A; 1J8A A; 2NU2 E; 4Y0Z E; 2FTL E; 3BTG E; 3SOS A; 1F2S E; 5GWZ A; 2C93 B; 1DDJ A; 1UTO A; 1K1I A; 4BAK B; 3RXB A; 3LPR A; 1HAY B; 2P94 A; 2XCF A; 4INH A; 1C5Q A; 5DSF A; 3FO8 D; 3EST A; 1P2Q A; 3GYL B; 4AOQ A; 3A8C A; 4OM9 A; 1AKS A; 4ZKS U; 5IK2 D; 1UCY H; 4CRD A; 1ID5 H; 3CP7 A; 1LHC H; 1DWD H; 1A3E H; 3L6P A; 4UD9 H; 3O8C A; 2WZQ A; 4DVA U; 1INC A; 2JDI D; 3RXO A; 3E8L A; 1C1P A; 1EXF A; 2FZZ A; 4FU9 A; 1KY9 A; 1XUG A; 1LPK B; 3OY5 U; 1BML A; 4X6P A; 2LNC A; 2HRV A; 3MO6 A; 2Z9J A; 1FJS A; 1O2P A; 2OD3 B; 1P57 B; 4JK6 A; 3M61 U; 4D9R A; 2BD7 A; 1O5A B; 2EST E; 5CE1 A; 4SGA E; 1SLW B; 5I25 A; 1QRW A; 1V2V T; 3RC6 A; 3GDV A; 1JRS A; 3T25 A; 2ZO3 H; 2IPH A; 4ZH8 A; 1GI8 B; 1W7X H; 2GV6 A; 1YCP M; 1YPH E; 4AC9 A; 5JPM H; 1UMA H; 1BMM H; 2NU3 E; 7LPR A; 2A7C A; 2HWL B; 2VGC C; 2Z7F E; 4BAH B; 1F0U A; 1C5W B; 3IIT A; 1O5B B; 1O3F A; 1WTG H; 5E0H A; 3U8T H; 2KR7 A; 1V2O T; 1FAK H; 1YPM H; 4X6O A; 1TA2 A; 2AS9 A; 3KHV A; 2RA0 A; 1OP8 A; 1MAY A; 2BY7 X; 1AE5 A; 4FVD A; 4X6M A; 3TH2 H; 4RKJ B; 1EUF A; 2UUF B; 3F2H A; 1C5R A; 1C1N A; 1MBM A; 3LDX H; 2ZDN A; 2VWO A; 4Q63 A; 1K28 D; 1RTF B; 4Y71 A; 4E7N A; 4CRA A; 4DY7 B; 1O2R A; 1SSX A; 1JMO H; 3ZVD A; 1A7S A; 4XD7 D; 4MNX A; 1W7G H; 2DE9 A; 2ZI2 H; 4WY3 A; 1YC0 A; 1XX9 A; 4FOU C; 7EST E; 1AB9 B; 2VH6 A; 2ZFQ H; 3ZV9 A; 1CSO E; 1PPH E; 2PR3 A; 2F9N A; 1AVX A; 1O2X A; 3F2F A; 2XC0 A; 1AB9 C; 2CN0 H; 2VWL A; 4YOG A; 2V6N A; 1LCY A; 1Y8T A; 1DT2 A; 2HNT C; 3SNB A; 1WCZ A; 2SGA A; 4RSP A; 2AER H; 1ZLR A; 1C1R A; 4YT6 H; 4X2V A; 2KAI B; 4O03 A; 2ZGJ A; 3EA8 A; 2PFE A; 5F03 A; 3V3M A; 2BY6 X; 3URC A; 1ZR0 A; 7GCH G; 5KED A; 3NK8 A; 2UWP A; 2BOH B; 4INL A; 1AN1 E; 2BVR H; 2K1Q A; 4MTB A; 2AIP A; 2QE7 D; 2GZ7 A; 1DUE A; 1MTW A; 2BLQ A; 2GP9 B; 2TPI Z; 5EQR A; 5JBB S; 1VJ9 U; 4Q2K A; 3UNR A; 1AMH A; 4CRF A; 4NA8 A; 4CRB A; 6CHA B; 3KEE A; 2SGD E; 4UFE H; 3VB4 A; 4AGK A; 1G3D A; 4HGC A; 2I6Q A; 4Y6D A; 6CHA C; 1O32 A; 2WHX A; 1HAO H; 2ZPS A; 3RLW H; 1LKA A; 4IMQ A; 2TGD A; 2CV3 A; 1GHA F; 4LK4 A; 4MDS A; 4ABB A; 5IDK A; 1C5N H; 4I31 A; 4AX9 H; 2HPP H; 4DW2 U; 2BHG A; 1HB0 B; 3F6U H; 1ELC A; 8LPR A; 1P2N A; 1L1G A; 3ZZ9 A; 1TBQ H; 1ZHR A; 5F8Z A; 1X7A C; 1ABJ H; 2IN2 A; 2BD5 A; 1PQ7 A; 1LQE A; 4NIV A; 4I8G A; 4OS1 A; 3PM3 A; 5FPT A; 1J9C H; 1P2I A; 1LVO A; 1UTN A; 4KTU A; 3BEU A; 3FP7 E; 1QA7 A; 1PQ5 A; 4GHT A; 1B7X B; 3SGB E; 1S6F A; 2PGQ B; 1C1V H; 1SGD E; 1UVT H; 1H8I H; 3KID U; 1TNG A; 4TPI Z; 3KYG A; 1SQO A; 1P9U A; 4YM9 A; 1HFD A; 1D6R A; 4ZHM U; 3B23 B; 3HGP A; 3Q3Y A; 4BXW A; 3FP8 E; 1C5Z B; 1SI5 H; 2WYJ A; 3ATI A; 3T26 A; 1TNJ A; 1K0H A; 4KEL A; 1V2W T; 4X1P U; 1TX8 A; 2BDB A; 4UE7 H; 2C8Z B; 2ZGB H; 1Q2W A; 5GJ4 B; 2BLV A; 5A8Z A; 5I46 H; 1ABI H; 1ETT H; 2ZCL P; 5HKK D; 4YZU A; 2BM2 A; 4FXG H; 3QX5 H; 1C5P A; 2ZGC A; 2G5V A; 2ILN A; 3U8R H; 3F1S B; 3F3B A; 2J5U A; 4OS4 A; 4JCN A; 1AU8 A; 1HXF H; 3SI3 H; 5DN6 D; 1DFP A; 1HJ9 A; 3N7E A; 4FUI A; 3PMA B; 1ZRK A; 3HKI B; 2OBQ A; 1LHF H; 2HVX A; 2KAI A; 4OGX A; 1SR5 C; 3VFE A; 1QB9 A; 3UWI A; 3FKS D; 2LP6 A; 2VIO A; 1EPT B; 1KTS B; 2C8X B; 1UVP A; 5DP6 A; 4ABG A; 1AUT C; 2CMY A; 4O9V A; 1SQR A; 5J4S A; 1NFW A; 3PV4 A; 1G36 A; 1PPF E; 3F2G A; 5EW1 H; 5GDS H; 2WUC A; 3VB5 A; 3SU0 A; 4BTT B; 1K22 H; 1PPB H; 2VNT A; 1SG8 B; 7KME H; 4GSO A; 4X6N A; 2FOA A; 1C2H A; 2F91 A; 3KQE A; 4O3T A; 4XRN A; 4ACB A; 3EYD A; 1BT7 A; 3LU9 B; 1BRC E; 1FY3 A; 2F9P A; 5FL7 D; 4X8T H; 4ZUH A; 1O5F H; 3GCT F; 3ZZB A; 5JYI A; 4KTS A; 2QYI A; 5A8Y A; 1ZYO A; 2GCH G; 2HGT H; 2QCY A; 1FI8 A; 1MU6 B; 5EG4 A; 1PQA A; 1J14 A; 1XKB C; 1S0Q A; 3AVZ A; 3C1K A; 3GIS B; 4DGJ A; 1IQH A; 1Y59 T; 3ELA H; 2DUC A; 1W0Y H; 1H8D H; 5AF9 H; 1HAI H; 1LVM A; 2ZFT A; 1SGI B; 1P2M A; 5EST E; 3S69 A; 3SGA E; 2QGR A; 1VIT H; 1GDQ A; 2ZA5 A; 3AW0 A; 1NRS H; 4OS7 A; 1DST A; 3GIC B; 1O2V A; 1O2O A; 1E79 D; 2XBW A; 1GBI A; 1HYL A; 5H4I B; 3UNS A; 1GJD B; 2BD8 A; 3RUO A; 1W0J D; 2QF4 A; 1O3N A; 1GBB A; 4Y7A A; 2A5I A; 3OSY A; 4TWW A; 4WWY A; 3HPT B; 1P06 A; 5DP8 A; 4F49 A; 1HIA B; 1HNE E; 1MAX A; 1FQ3 A; 1OPH B; 2O8U A; 1AGJ A; 3KYF A; 3SHA H; 5DK1 A; 1ELB A; 1B0E A; 5EJZ A; 1H8H D; 1UTJ A; 1KLJ H; 1BA8 B; 1FON A; 3DCL A; 3LKW A; 5CDF E; 2FXR A; 3D62 A; 1NC6 A; 1SOZ A; 2IJD 1; 2ZFR H; 4ABI A; 1Q31 A; 4X1N U; 1EPT A; 2VVU A; 4DJZ B; 1UCY E; 1IQN A; 1QTF A; 1H8E D; 2FEQ H; 1C1W H; 1CHO F; 1G2L A; 2P3T B; 1SGP E; 5FXL A; 2I6S A; 5EQQ A; 1RTK A; 1HAZ B; 4DCD A; 2ZIQ H; 3U9A H; 2O8W A; 4FUG A; 2WPM S; 3TH3 H; 3MU5 A; 2G52 A; 3PRO A; 1GBM A; 1W2K H; 4JZI A; 1BUI A; 1O0D H; 4WH8 A; 4NFF A; 1GI9 B; 4WMD A; 3KGP A; 2ZCH P; 3NPS A; 2UWL A; 4NIX A; 1A2C H; 3KNX A; 3KQ5 A; 4MVN A; 3SYJ A; 2FYQ A; 3RML H; 3IWM A; 4FUD A; 2FOB A; 4NWL A; 1QQ4 A; 2XTT B; 2BDI A; 4FUC A; 1IQL A; 5PTP A; 5EQS A; 2QF0 A; 2BD3 A; 2Y80 A; 3BIU H; 2FI5 E; 2J38 A; 1TGS Z; 1EFR D; 3SN8 A; 1BJU A; 1L4D A; 3RXM A; 3ZYD A; 1C4Y 2; 3CNR A; 1H9L B; 3STI A; 4D7F A; 1UK4 A; 3SUG A; 1O37 A; 2QIQ A; 9LPR A; 4ASH A; 2JET C; 2QXJ A; 1Y5B T; 3R0F A; 2ZU3 A; 4P00 A; 4F55 A; 3QO6 A; 1YGC H; 3ENS B; 3N7D A; 4EST E; 1TMT H; 2ZU4 A; 4FUF A; 3OX7 U; 4A1V A; 1T7C A; 2F9U A; 2XOK D; 2BD9 A; 4Y8Y A; 4I8L A; 1EB1 H; 3JZ2 B; 5ABW A; 1JWT A; 3UB0 A; 4E05 H; 1CGH A; 1HIA A; 3U28 C; 5A0A E; 2D26 C; 3OEE D; 2AIQ A; 4ZMA H; 2V7Q D; 1GBH A; 6LPR A; 1EJN A; 1AY6 H; 2JJ1 D; 2WPJ S; 4JMY A; 3RM0 H; 3SQE E; 2ZU1 A; 4CR5 A; 2IPQ X; 2YOL A; 1E1R D; 5E8E H; 1GI0 A; 4AB9 A; 2PW8 H; 1GVL A; 3BTH E; 1V2Q T; 3ODF A; 1MUE B; 1GVK B; 1ZMJ A; 4NIW A; 5C2Z A; 3SNC A; 3I78 A; 3ZVG A; 3BTE E; 2QF5 A; 2H5D A; 5C0T A; 1COW D; 5KGO A; 4B71 A; 1SLV B; 1D3Q B; 3OYP A; 2H6M A; 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