The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
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sequence length |
117
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structure length |
117
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Chain Sequence |
MADFDNLFDAAIARADETIRGYMGTSATITSGEQSGAVIRGVFDDPENISYAGQGVRVEGSSPSLFVRTDEVRQLRRGDTLTIGEENFWVDRVSPDDGGSCHLWLGRGVPPAVNRRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The solution structure of the bacteriophage lambda head-tail joining protein, gpFII.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Enterobacteria phage lambda
|
| molecule keywords |
gpFII
|
| total genus |
10
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| structure length |
117
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| sequence length |
117
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-09-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF05354 | Phage_attach | Phage Head-Tail Attachment |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Phage tail proteins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1K0H A; 2KX4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1CGJ E; 2D26 C; 3DFL A; 3ZYE A; 3ZZ3 A; 3QTV H; 2QAA A; 1AZZ A; 3A85 A; 2BY7 X; 5EG4 A; 1JWT A; 2QGR A; 1SFQ B; 1T8L A; 2ZFQ H; 1S0R A; 3B8J A; 1QA0 A; 1EPT C; 2FI5 E; 3M5N A; 4Q2K A; 1FNI A; 1IOE A; 4X6N A; 1DY8 A; 4I8G A; 3SGB E; 3UQV A; 2ZDL A; 2ZKS A; 2WPH S; 1MU6 B; 3OX7 U; 1C1Q A; 1DY9 A; 2GGV B; 4O3T A; 1IQF A; 4RN6 A; 1WOF A; 1HJ8 A; 1C1O A; 5EPN A; 1T7C A; 1P2I A; 2BVX H; 3MNC A; 1PQ5 A; 2OBO A; 1B7X B; 3EST A; 3K6Z A; 1OWI A; 1Z8G A; 2F91 A; 4ZRO A; 4ABJ A; 4CRF A; 3BV9 B; 4OM9 A; 1GJ7 B; 6GCH G; 2FES H; 4WY3 A; 3GOV B; 5FXL A; 2FS9 A; 1C5T A; 4ISH H; 5A0B A; 1C5P A; 3AVZ A; 1C1S A; 4NIY A; 4YO9 A; 2QXI A; 2QCY A; 2ZQ1 A; 4CBN A; 1UTO A; 1D9I A; 1EAW A; 1TNH A; 3TVJ B; 3PRD A; 5C5O A; 2D1J A; 1WAY B; 1RJX B; 5C0T A; 1VJ9 U; 1PQA A; 1TX7 A; 2Y5G A; 1HLT H; 2XC0 A; 2BVS H; 1TRY A; 2W3K A; 5DP8 A; 1MCV A; 3HK3 B; 5EOD A; 1HUT H; 2AGI X; 3SV8 A; 3PV2 A; 3DSG A; 1SFI A; 1MQ5 A; 4DT7 B; 2C8X B; 5DN6 D; 4P02 A; 1HAY B; 4DOQ A; 1AO5 A; 1AU8 A; 4X0W U; 3EQ0 H; 1HAP H; 2Z9L A; 4ABH A; 1TPS A; 1UVT H; 3ITI A; 1C5S A; 3FZZ A; 1JOU B; 2C8Y B; 1TA2 A; 2BD7 A; 2BXT H; 1SGP E; 1QRW A; 1PPB H; 5EXN A; 3SO3 A; 1NTP A; 1GHY H; 2FO9 A; 1ETS H; 3W1E A; 4I31 A; 3GS9 A; 1CA0 C; 4MTB A; 3RXA A; 4I33 A; 2ZFF H; 1AVX A; 3PWB A; 5HIY A; 1ZRB A; 1VZQ H; 3GY2 A; 3RML H; 3EAJ A; 1LQE A; 1YC0 A; 2RDL A; 3ZVD A; 1FXY A; 5FHT A; 1IHT H; 1V2Q T; 1GCT B; 2A2Q H; 2BXU H; 3W95 A; 3BEU A; 1QUR H; 2PUX B; 2R2W U; 1NZQ H; 1P0S H; 2HWL B; 1A4W H; 4K2Y A; 3A7X A; 2Z94 A; 3N99 A; 1H9L B; 2XND D; 3S7K B; 1C2F A; 4U30 A; 3KQE A; 3EGK H; 4DT4 A; 3RXJ A; 1ZTJ A; 3ATW A; 3GDV A; 1E0F D; 2QE7 D; 3MFJ A; 4Y6D A; 1F0R A; 3GCN A; 4X8T H; 2FOH A; 4XSK U; 1MKW H; 2BZ6 H; 4BNR A; 1CA8 B; 4AZ2 B; 2A32 A; 4WWY A; 1H8I H; 1XUJ A; 2QY0 B; 4YM9 A; 4TYD A; 1IHS H; 2Z6B D; 4UFG H; 4O97 A; 3T28 A; 2GT7 A; 1QHR B; 4K3J A; 5FPY A; 1DS2 E; 1VJA U; 4B74 A; 1L1G A; 4D8N A; 8GCH G; 1GHA F; 5G4B A; 1XUF A; 1IQM A; 1GI4 A; 1KXD A; 3LKW A; 1ZTK A; 5C1Y A; 3T29 A; 5A0A E; 2OBQ A; 1O3L A; 2GDE H; 3MU8 A; 1DUE A; 1O2N A; 4Y8X A; 1GI5 A; 2JIZ D; 3NK8 A; 4YZU A; 2EQN A; 2EI8 A; 3OU0 A; 1MTS A; 2ILN A; 2CJI A; 2OXS A; 1BHX F; 1SGY E; 2ZPS A; 1G36 A; 1FJS A; 1TNL A; 1YY3 A; 3GCH C; 2PLX A; 4ZKR U; 1DWE H; 1VKY A; 1CT4 E; 1V2T T; 2PR3 A; 1RTK A; 4AFZ A; 1BTX A; 3RLW H; 1PFX C; 3ZZ4 A; 4BAH B; 2ZWL H; 1ELD E; 4IBL H; 2Y82 A; 2ZGJ A; 4SGA E; 4CH8 B; 1BML A; 3OTJ E; 1KTT B; 2OC8 A; 2TGD A; 1OSS A; 2G00 A; 1GMD G; 1ZSJ A; 2LP6 A; 4X1P U; 2AER H; 3SI4 H; 5DP4 A; 1QB1 A; 2FI3 E; 2WV9 A; 5DP5 A; 4XE4 A; 1EJN A; 1HGT H; 1ZOM A; 1FY4 A; 2CMY A; 5CHB A; 1LTO A; 1ZPZ A; 2BHG A; 5F8Z A; 2WPJ S; 1LVO A; 2ZFR H; 1THS H; 2G5N A; 1D3D B; 1FON A; 2HPP H; 3RC5 A; 2FOD A; 5FPT A; 1O2T A; 2Z9I A; 1CBW B; 1NFX A; 1P03 A; 3KID U; 1C1P A; 1O30 A; 2VVU A; 1GI3 A; 1TBR H; 3P17 H; 3DT0 H; 3RXS A; 1H1B A; 2Z3D A; 1G3D A; 1NRP H; 1A5I A; 3Q00 A; 2VVV A; 1O2J A; 1SGE E; 3TK6 A; 4TWY A; 4Y8Y A; 3F9G A; 1BIO A; 3SZN A; 1W2K H; 3BEF B; 1NM6 A; 1GBH A; 1TQ0 B; 3E0P B; 1NFW A; 3LON A; 3QK1 A; 2WPL S; 1W7X H; 4NZQ A; 1J17 T; 3D23 A; 5EJL A; 1NC6 A; 1O2O A; 3F9H A; 1EAU A; 4X2V A; 2GDD A; 2A4G A; 3BIV H; 5HM9 A; 2BZA A; 3MU1 A; 5DK1 A; 2A7J A; 1N6Y A; 3FAO A; 2XCF A; 3FVF B; 3IIT A; 2ZEB A; 3RXE A; 4FET A; 2JH5 D; 3M3V A; 1J15 A; 3UPE A; 1L2E A; 3NXP A; 2FOC A; 2YMS B; 1UTP A; 1CO7 E; 1EJM A; 1AFQ B; 3PB1 E; 5GCH F; 2CK3 D; 2BQW B; 1OPH B; 4UD9 H; 3RXB A; 1F92 A; 3TH3 H; 2XOK D; 2OK5 A; 2PUQ H; 2FLR H; 2VBC A; 1EB1 H; 3K6Y A; 2H5C A; 1EFR D; 4FXG H; 1TYN A; 1AHT H; 3A80 A; 4MNX A; 4WJG 2; 1MH0 A; 2OC1 A; 4TY6 A; 1HAV B; 3GCT F; 2DE9 A; 1H9I E; 4ASU D; 1C5R A; 2HRV A; 4H6S B; 3ENS B; 3MH7 A; 4ZCN A; 2ZTZ A; 1ZGV A; 1O5E H; 5FL7 D; 3PMJ A; 1RIW B; 1G2M A; 2FOA A; 1GI7 B; 1F0S A; 1GBA A; 2HNT E; 2V0B A; 1SSX A; 1UCY H; 3GYL B; 1HJ9 A; 4AFQ A; 1Y3W A; 2FWW A; 3U98 H; 1BRA A; 2A2X H; 3BEI B; 1AND A; 2Y81 A; 3ZVA A; 1GMH G; 1GBC A; 4YLQ H; 2JET B; 1GHW H; 2BDB A; 3UIR A; 5EIY A; 3V13 A; 3CP7 A; 1NU7 B; 2AIP A; 1P9U A; 3ODF A; 1MTW A; 4WVP E; 3ZVG A; 1KLT A; 2O9Q A; 1GL0 E; 2WPI S; 1BRB E; 2QV1 A; 1V2S T; 1OP0 A; 3Q3X A; 3TJU A; 1KXF A; 2P8O C; 2VIV A; 1O5F H; 3M35 A; 1AQ7 A; 3N7E A; 4IS5 A; 1QZ8 A; 1Z8J B; 7GCH G; 3DA9 B; 2EEK A; 1NN6 A; 5LPF A; 3TIT A; 1ZTL A; 2SFA A; 2ZGH A; 4MPW A; 1FZZ A; 2XXL A; 3F2G A; 1FDP A; 4NIX A; 4ABF A; 1T8O A; 1PYT D; 4IC5 A; 1GJ9 B; 1F2S E; 1T4U H; 4ABB A; 4D7F A; 1ZJK A; 5T1V A; 3LC3 A; 3A7Z A; 4MPV A; 2HLC A; 2QF5 A; 2A0Q B; 3ELA H; 1BJV A; 1F0U A; 1AVW A; 4KTU A; 3A84 A; 1TNK A; 2J94 A; 2BLV A; 3T26 A; 4GCH G; 1IQJ A; 2G81 E; 3R3G B; 1L1N A; 3I78 A; 1GBB A; 4RI0 A; 4ZHA A; 4O3U A; 2QF0 A; 3GIC B; 1MUE B; 4OS2 A; 3TU7 H; 2OTV A; 3SV9 A; 1C2L A; 1GJB B; 5GND A; 1CU1 A; 4WF8 A; 1EPT B; 2UUY A; 3M7Q A; 4MG3 A; 3AAS A; 1E1Q D; 1KXC A; 4Y79 A; 4AB9 A; 1LVM A; 1O3J A; 1PPF E; 5B6L A; 4B76 A; 1CE5 A; 1K1I A; 3DCL A; 2XC5 A; 4NG9 H; 1QA7 A; 1A1R A; 1ZRK A; 3U8T H; 4DVA U; 4SGB E; 2HGT H; 4XOJ A; 2V3M A; 1O2U A; 1P3E A; 1H4W A; 1WTG H; 4NA8 A; 3TH2 H; 1O37 A; 5SGA E; 1BA8 B; 3FO8 D; 4DW2 U; 1BUI A; 5T6D A; 2RA3 A; 1RXP A; 4CRB A; 3F0P A; 1BJU A; 3GY4 A; 4X6M A; 1A0L A; 2C3S A; 1NFY A; 3TH4 H; 2BY5 X; 1SGN E; 1GI2 A; 3PMA B; 2F9P A; 1L1J A; 1RS0 A; 1SHH B; 4JK6 A; 1GBJ A; 1WQV H; 1ZML A; 3TGJ E; 5DO4 H; 1QBO A; 1BB0 B; 3OEH D; 2C93 B; 4NIV A; 5L6N H; 1A61 H; 1GDU A; 1Y5U T; 1G30 B; 1ZZZ A; 2ZHD A; 4AOQ A; 1Y5A T; 3KQD A; 3RU4 E; 1QBN A; 4GPG A; 4YOJ A; 1CT0 E; 1O3K A; 3UNQ A; 1GJ6 A; 3RXV A; 1E1R D; 1ELC A; 1O3C A; 9EST A; 4ISO A; 4NCY A; 3ATK A; 3M7U A; 1V3X A; 1WV7 H; 3PRO A; 1C2M A; 1L4Z A; 1IQN A; 3P95 A; 1UTL M; 3SV2 H; 4MVN A; 1SMF E; 1S82 A; 3ZZD A; 3MH5 A; 5AVD A; 2TGA A; 3A8B A; 4Q80 A; 3E90 B; 8EST E; 2IJO B; 4FU9 A; 1TGC A; 1QQU A; 3A7W A; 1EST A; 1GI8 B; 1SOZ A; 2ZU4 A; 5C3N A; 1SGF G; 1K2I 1; 1O38 A; 1MTU A; 1CSO E; 2XCN A; 1GCD A; 3H09 A; 1N6X A; 2BB4 A; 2J2U A; 3RMM H; 2VWN A; 1K0H A; 3ZZC A; 3LPR A; 3A7T A; 1C5L H; 1YPG H; 1G2L A; 1SGR E; 2EI6 A; 5C0U A; 1O35 A; 3TNS A; 4A7I B; 1NRR H; 2O8T A; 5KED A; 1E37 B; 2TIO A; 2KCA A; 4X1Q U; 3AW0 A; 4UEH H; 5TCC A; 2AMP A; 2B9L A; 1O3D A; 5A0C A; 4R0I A; 1S6F A; 4ABA A; 4H6T A; 4GHT A; 4RT1 A; 2KM0 A; 3O8B A; 2B0F A; 3DFJ A; 1LMW B; 1AFE H; 2ZU5 A; 3BSQ A; 1HAX B; 4K69 A; 2VIO A; 1W14 U; 5EXL A; 4FU7 A; 1PPC E; 3E8L A; 1D3P B; 2I6S A; 1QNJ A; 3A8C A; 4O9V A; 2V3O H; 3JZ2 B; 3P70 B; 2F3C E; 3BTE E; 2CHA C; 2ZGX H; 1XUH A; 2GVF A; 1ZSK A; 3OTP A; 1PPG E; 4E7N A; 4B2A A; 3PV5 A; 3BTW E; 2H5D A; 4J2Y B; 1H8H D; 1XKA C; 1W7G H; 2NU1 E; 1DDJ A; 3UQO A; 1BOQ A; 3V3M A; 2VWO A; 3M5O A; 1P11 E; 1Q2W A; 1MTN C; 2BTC E; 1HBT H; 3RXQ A; 4M9F A; 1BTY A; 5JBB S; 3A8D A; 3NZI A; 3GCH B; 3STJ A; 4VGC C; 4BTT B; 3DUX H; 2V6N A; 2ZZU H; 3P92 A; 4JZI A; 1B0F A; 1YLN A; 2BDY A; 1HIA B; 1C5M D; 5JB8 S; 1AN1 E; 1PPH E; 3SUE A; 3T62 A; 1HB0 B; 5DSF A; 3GY7 A; 1P2K A; 2A7C A; 1TON A; 1K21 H; 3O8D A; 2BX4 A; 4P00 A; 2RFK C; 1NRS H; 2WYJ A; 1AUJ A; 1ELG A; 4FUG A; 6EST A; 3HK6 B; 4GHQ A; 5JYI A; 5EQQ A; 3GCO A; 2B5T B; 2BQ7 B; 3GYM A; 4ZXY H; 2IPH A; 3M7T A; 5KGO A; 5E0G A; 4B2C A; 3V12 A; 2PW8 H; 1O33 A; 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2VJ1 A; 1EX3 A; 2V7Q D; 2ZDV H; 1GHB G; 1UHB B; 4IN2 A; 2GMT B; 3H5C B; 2C4F H; 2ZC9 H; 3KN2 A; 1GL1 A; 3UAI C; 5T6G A; 1BMN H; 1O2K A; 2ALP A; 1CQQ A; 4DIH H; 1O3P B; 3Q76 A; 2P3T B; 2FEQ H; 1BHX B; 1ELA A; 1W0K D; 1FI8 A; 4K1S A; 1MQ6 A; 4AX9 H; 3P8N A; 2ZG0 H; 3OEE D; 5HMA A; 3SN8 A; 4X2Y A; 1GVL A; 3WWB A; 1SL3 A; 1RTL A; 1FAX A; 1DWC H; 1UK2 A; 2EA3 A; 3TJV A; 1AD8 H; 1EZX C; 4Q7Y A; 5K7R A; 1SGF A; 3GIS B; 1P2M A; 2AH4 X; 2SNW A; 2CF8 H; 2J98 B; 2SGF E; 5F8X A; 2QXH A; 1O0D H; 1QR3 E; 4TY7 A; 5H4I B; 4OS7 A; 3RU4 D; 3VXF H; 1KIG H; 2BDI A; 3PO1 C; 1MKX K; 7EST E; 4BAQ B; 2G51 A; 3TNT A; 1HNE E; 3T27 A; 5AHG H; 2F4L A; 3Q3K A; 2P8O B; 2A4O A; 3VG8 A; 3KQC A; 4DCD A; 1S6H A; 2J9N A; 1OWJ A; 2Z3C A; 1J14 A; 1EOL A; 2KAI B; 2ZDK A; 1QL9 A; 1F0T A; 1YBW A; 4CR9 A; 1LDT T; 1O2W A; 3FZD A; 3ATI A; 1W3C A; 4X1R U; 1EPT A; 4U32 A; 1HJA C; 2QXJ A; 3UR6 A; 3A88 A; 1C5Y B; 4DY7 B; 1DSU A; 3ZIA D; 1DXW A; 3RXP A; 3LGT A; 3FKS D; 1EXF A; 2FM2 A; 3O8C A; 1TA6 A; 5EQS A; 5GPI B; 1O2G H; 3BTK E; 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