1M2DA

Crystal structure at 1.05 angstroms resolution of the cys59ser variant of the thioredoxin-like [2fe-2s] ferredoxin from aquifex aeolicus
Total Genus 34
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
34
sequence length
101
structure length
101
Chain Sequence
FKHVFVCVQDRPPGHPQGSCAQRGSREVFQAFMEKIQTDPQLFMTTVITPTGCMNASMMGPVVVVYPDGVWYGQVKPEDVDEIVEKHLKGGEPVERLVISK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-resolution crystal structures of the wild type and Cys-55-->Ser and Cys-59-->Ser variants of the thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin from Aquifex aeolicus
pubmed doi rcsb
molecule keywords [2Fe-2S] ferredoxin
molecule tags Electron transport
source organism Aquifex aeolicus
total genus 34
structure length 101
sequence length 101
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01257 2Fe-2S_thioredx Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1m2dA00
2X8GA 2JL4A 4MH2A 3VI5A 2H1BA 4YH2A 2H6ZA 4PURA 2OA7A 1Q4JA 1O85A 2FNOA 1T1VA 2XBIA 3QOUA 1T8EB 1SK2A 2WB9A 1QFNA 3A2WA 1X9WB 3QFAC 4ZB9A 2PMTA 4WKWA 3EVIA 4HI7A 1A2JA 4X43A 3WGDA 4DSSB 3KIJA 2MMNA 1F37A 4GXZA 2FHEA 1M9BA 3UVHA 2VL2A 3S9FA 3KP9A 1UN2A 2HZFA 1XVWA 4POBA 3IAM2 4K0GA 2GSQA 5ID2A 2C0FA 4FYCA 1BAYA 4TR1A 2C0EA 4I8BA 3BOAA 5GSSA 2IFQB 5IMZA 2OE1A 1QXHA 4LA1A 4O5RA 4TN8A 2B5XA 1B9XC 1QMVA 1VF2A 2CZ3A 4L0UA 2NTOA 2HE3A 2CAQA 2FCHA 3F0IA 4FH8A 1PD21 4DEJA 2C0DA 5ECMB 4BWSA 1EEJA 2HXKA 3HYPA 1XVQA 3M1GA 1DE1A 1V58A 5A4UA 1ZYQB 6GSWA 4L0WA 2IPAA 4KW6A 5CREA 2A2SA 1JZWA 3IC4A 2FD3A 3F3RA 1EGOA 1A8YA 2FGXA 4N10A 4HOJA 5DCHA 3F63A 3DVXA 3FZ9A 4KDUA 2EIQA 4IHUA 4N0ZA 3LYKA 3IOSA 2B1LA 3D6IA 1SYRA 3WT1A 2VL9A 3CSHA 3FW2A 4JE1A 3KZQA 1FO5A 5GAPD 1J08A 5J9CA 3GX8A 1GLQA 3A5WA 3ERWA 3DEXA 2JSYA 2YWIA 4NHZA 4MABA 2HT9A 5B8BA 1JHBA 3SBCA 3LJRA 3L9VA 3L4NA 3ZVJA 1TU7A 2H76A 2IMDA 1Z7PA 2ON5A 1FVJA 1SK1A 4GSSA 3FZAA 1U3IA 5ENUA 1WIKA 5ECSA 4K7NA 4K6XA 2DIZA 4K7IA 4PGTA 3FK8A 4FIWA 1R5PA 1UC7A 4V2MA 2HFDA 5HR0A 6GSSA 4OMVA 3F4RA 2KP2A 1MEKA 1YEXA 3ZZXA 3A2XA 4IELA 2IJYA 5CRGA 2E2GA 2V6KA 1PQNA 2C3TA 1R4WA 4G2EA 1FW1A 5DJMA 2V2GA 4ACSA 5G1KA 3DIEA 4G10A 1SJIA 2EC4A 4JU5A 4IKHA 4POLA 5EY6A 4ZL8A 5CRWA 2VLVA 2DMLA 2DLXA 1AXDA 2KOKA 4KB3A 4TXVA 2VUPA 4EDYA 4K9ZA 3O76A 2VCQA 3F9UA 4GCIA 1FG4A 4ZL7A 1XBSA 4KH7A 3EINA 2QSIA 4QQ7A 5DQSA 3GH9A 2JSZA 3GFKA 1EEMA 3D22A 4RI7A 5F07A 2HZEA 1MD3A 1NSWA 2B5EA 1GL8A 3VK9A 4EVMA 2HLSA 3I69A 4OO4A 3RHBA 4BVXA 3QAWA 4WETA 3HVSA 1S3DA 2IIYA 1HD2A 6GSXA 3CXGA 3I43A 4AJ7A 1E2YA 5DALA 4YQVA 3TJGA 4NAXA 3DVWA 4EKZA 2I81A 3C7MA 4DSRA 1EOHA 3ERGA 2I3YA 1G7OA 4I2UA 2FY6A 6GSYA 2JZSA 4XTSA 3LXZA 2PU9C 2AAWA 1YKCA 3C71A 13GSA 1QQ2A 5B6MA 4L5LA 2LUSA 4IJIA 1LU4A 5CO3A 3BBYA 3F8UA 2K8VA 2FWHA 2CT6A 3TKSA 1VF3A 3ZIJA 4Q5RA 4MF6A 2TRCP 1XFLA 1RQMA 2RUEA 2X8HA 2C4JA 1WE0A 2LQQA 1NM3A 4ZB8A 4KUNA 5B6NA 1ACVA 5HFKA 3M9JA 3CYNA 1FAAA 2DJJA 3CTFA 2X64A 4H86A 5KN2A 1SKSB 2VM2A 5IPGA 5INYA 3TKPA 1JZDA 4GSTA 1Z9HA 2WFCA 4I5QA 4P3YB 2RIIA 3P8WA 3CSJA 2H0IA 4HJ2A 2H1DA 4MDCA 2DJ1A 2P5QA 3GKNA 1OAZA 5ECIB 3F4SA 1USBA 4KE3A 2PBJA 1SKRB 1SL2B 4I97A 5DALB 4E8HA 4KSMA 1HYUA 3KP8A 2PERA 2DJ0A 1SL0B 4MJCA 5D9TA 2GQLA 1PL2A 5IOXA 2CV4A 3PR8A 4JR6A 3RAZA 5JCWA 2YWMA 3HJMA 4GTUA 2WJUA 1SL1B 3FR9A 1O8XA 2PWJA 1G7EA 3GL3A 5CRDA 5JWQB 4XS6A 1O7UA 1A23A 1DSBA 2R6KA 3UIWA 2L6CA 3BCIA 6GSTA 1LJRA 1ERUA 1TRWA 2L5OA 2FUG2 2DSAA 3ZTLA 1AUCA 1QK8A 4EC0A 1X0RA 3CRTA 2XC2A 3VURA 3CBUA 3GKKA 4MMMA 1GSYA 2AV4A 1Y25A 3ZRDA 2R37A 3UJ1A 2R4VA 3PGTA 5AIXA 4KDXA 2IWTA 1K0DA 4F0CA 4NWYA 2IMKA 1T7PB 4LMVA 4RQRA 2GZPA 1AIUA 3LXTA 3KEBA 3G9BA 5GZZB 2F3MA 2JACA 3CMIA 4N30A 2XPEA 2KLXA 4GWRA 4GQFA 2V41A 4IS0A 4GQCA 3DRNA 2V1MA 1FB0A 4WR4A 5E4WA 2MZCA 3GSTA 4ECBA 2WCIA 3FKFA 1GNEA 3RPPA 3WGEA 1ZL9A 3D5JA 4PQIA 1O8WA 2H72A 4WEYA 2JZTA 2J9HA 1XWKA 2IFQA 5ECLB 5JCUA 2H70A 1EP8A 2YCDA 2H0GA 4K1FA 3GNJA 3EU3A 3VFIA 1XOBA 4GRFA 4PXOA 1GTAA 1ZOFA 5D9XA 5JCGA 2CVBA 2VCVA 3A2VA 1B4PA 5J9BA 2OJLA 3D4MA 4PUAA 4MF7A 4ILFA 1SKWB 1AQVA 1OVNA 5G30A 4YAVA 5D9VA 1PKZA 4BA7A 5KEJA 4D73B 1BQ7A 1R5AA 3APSA 3MDKA 4ECJA 3RDWA 3GURA 3QAGA 1KNGA 3M3MA 4NV2A 2CAIA 4WF5A 4BL7A 1K0CA 3NIVA 2H6YA 3F4TA 3J7Yb 2GDRA 1MTCA 3GSSA 3HDCA 4NXIA 1VF1A 2F9SA 3H1NA 3IDVA 1GSSA 2IMFA 1WOUA 3TRXA 3MSZA 4MF5A 2VO4A 2GLRA 1A0RP 5HR1A 1KEBA 5IQYA 1WPIA 3HJOA 1GSDA 6GSUA 1HNCA 2LNSA 1K0MA 4OO5A 1GUKA 2WS2A 3QAVA 2HNLA 1TTZA 2PUKC 3KXOA 1CQGA 2IN3A 3UL3A 5G5EA 3KGKA 4G19A 4EE0A 1I5GA 2O85A 4ZBBA 2H75A 2YJHA 4MZWA 4X1UA 3RPNA 2F8FA 2Z9SA 3FYGA 3UARA 1GWCA 2FWFA 2REMA 2NDOA 3WYWA 1WMJA 3GKMA 3M8NA 5B8AA 4HDEA 1I9DA 3UOMA 1EGRA 4HS1A 1SD8A 1U87A 1URMA 4IJ3A 1ABAA 3QFBC 2YV7A 1GNWA 2VCWA 1PRXA 2WGRA 3L78A 2ES7A 4K0NA 1X5EA 3IE3A 2ALBA 2CX3A 4PNFA 4ZIJA 5FT3A 2B5YA 1OE7A 2D2ZA 3H4KA 3ISOA 3OR5A 3KMNA 3ZFLA 2MMZA 3QPMA 1JLVA 1SD9A 2B7JA 1GUHA 2XBQA 3D21A 4N0VA 1H75A 2E0QA 1AC1A 3ED3A 4MJAA 3EC3A 5FWGA 1EP7A 2VD0A 2QC7A 2DMMA 2O87A 3IR4A 3APQA 4GSNA 4CDOA 3TKSE 3Q6OA 3DMLA 1YZXA 2R3XA 1QGVA 2L5LA 2LV3A 1ILOA 22GSA 1K0BA 1BJXA 1EV4A 7GSSA 2P31A 2OBKA 3DKSA 2F51A 1XWAA 4MJBA 5LD0A 2VLUA 2V6OA 2YOIA 2IMIA 2J23A 5IIZA 4QL7A 3HKRA 1JZRA 1M2AA 1H4OA 2K8SA 4YAPA 2N5AA 3FZ4A 12GSA 3NZNA 2PPTA 4Q5NA 3ME8A 2YZUA 4BWQA 5ELAA 20GSA 4OCFA 1GTBA 1TJDA 2JADA 1ZYEA 5ECOB 19GSA 4IW9A 4HQZA 1THOA 3U6VA 4AJ6A 4K2DA 1TKDB 3FZ5A 4XS4B 4PQ1A 3ZFBA 1GP1A 2WULA 2JZRA 1A2LA 2RM5A 3A3TA 2H19A 3LSZA 2O8VB 3KH7A 4RI6A 4HEA2 5KN3A 1TDIA 1PSQA 2DBCA 1OKTA 2E2MA 5A4VA 1MDIA 1BEDA 3HA9A 3HXSA 5H5SA 1GRXA 1Z7RA 3ZITA 1V98A 4QL9A 4I2TA 1VGLA 1OC9B 3VWWA 3GL5A 2H1AA 2A4VA 9GSSA 4ZL9A 1THXA 4MZCA 5F0GA 4YQUA 2C80A 1K3YA 1ZZYA 5D93A 2HI7A 4KDYA 4HZ2A 3JCML 1NHYA 5G5FA 4BPYA 1R26A 4ZBAA 1G0TA 4V1Ap 2WZ9A 4JR4A 5F8BA 4MJEA 3QMXA 3EURA 4HU7A 2OE0A 4KSOA 4POMA 5IMCA 5IMVA 2LRCA 1T4YA 4IQ1A 4OFTA 3TUEA 5DVBA 3C1SA 4J56E 3UAPA 1TRUA 3H8QA 1TI3A 3PINA 1GSQA 5G1LA 3TB2A 3CTGA 2GSRA 2DJ2A 1V57A 3ZVJD 4WXTA 3ME7A 1IYIA 1AQXA 3IPZA 4WF4A 2H30A 1NHOA 11GSA 2MMAA 5ABRA 4NV5A 2M80A 1GSUA 3MNGA 1PMTA 1M0UA 4TXOA 1A2MA 1PX6A 2YN1A 5HQPA 3TOTA 2AUVA 1F9MA 1VF4A 4OFMA 1GULA 4IVFA 3IV4A 4MZBA 4F03A 8GSSA 1EWXA 5LNKe 4XRAA 4L5OA 4Z7XA 3VWXA 5IO0A 5HFGA 2GTUA 3Q18A 1DBYA 1U6TA 1GLPA 4KAEA 3HJPA 1ERWA 2GVPA 3ZMLA 3J7Yk 2VCXA 3MAKA 14GSA 4OFNA 3SWLA 2VLTA 5FHIA 5LCZA 4LL4B 1SJ6A 5KN0A 1U3AA 3N9JA 3US3A 2QKEA 4NPBA 4J2FA 2H66A 1R7HA 4MA9A 2OKAA 4XS1A 3GTUA 1Q98A 1S3AA 2VD1A 4BVYA 3IAS2 5CAXA 3M9KA 1JFUA 2NVLA 3HZ4A 2H01A 2YPMA 2K6VA 4KA0A 2OBIA 5GSTA 3U5RE 2VOCA 2FWGA 1PKWA 3L9UA 1V9WA 2NPBA 2L59A 1GSFA 4MPGA 3G7YA 4XCSA 2VL2C 1Z5YE 4MK3A 5D8IA 4IQAA 2H73A 2BTOT 1JLWA 2HYXA 3IHQA 3ZLPA 4CW9A 3GIXA 4TXOB 4ZXGA 3KM6A 3LWAA 3BJ5A 2E7PA 1V40A 5COHA 2VAFA 2N5BA 3UEMA 4LL1B 4D73A 5IPHA 2HSHA 4EL1A 5DBQA 2B1KA 2I1UA 4F82A 1YY7A 3W8SA 1EOGA 3G7IA 3G7JA 3LEFA 3UMAA 5AISA 2G2QA 2RLIA 3C8EA 1J0FA 2VCTA 4PUFC 2GSSA 3LFLA 2GT6A 2BJXA 2CQ9A 3ZREA 3FRCA 4TOPA 3Q74A 1WRYA 3CRUA 3EU4A 5CP1A 4G9HA 1YF1A 5IOWA 1J9BA 2B6MA 1TP9A 3GTUB 4F2IA 4EF0A 2LSTA 5JWOB 1BG5A 1TRSA 5IMFA 3M0FA 3HD5A 1TU8A 2MYGA 2LEGA 1B4QA 1TI1A 3KH9A 5DAKB 3H93A 5GAND 1SU9A 1FVKA 2L6DA 3QR6A 2YZHA 4E8EA 1RK4A 4EO3A 1F3BA 3TJFA 1Y6EA 2M72A 3DGQA 4YQMA 1K3LA 2C3QA 1O73A 2LJRA 1AQWA 5F06A 3Q19A 4GF0A 3L9SA 3R2QA 2DIYA 4IP1A 2K9FA 3F6FA 3P7XA 2AB6A 1M2DA 1WP0A 3TJKA 1GH2A 4EDZA 1A24A 3F3QA 1XW9A 2VL3A 3DYRA 4Q5FA 5ECNB 2CZ2A 3E0UA 2NBSA 1WJKA 4PNGA 2OACA 2YP6A 1M7TA 4ECCA 1HQOA 1O6JA 4F9ZA 3LYPA 2C0GA 1SENA 1YKAA 3W6GA 3O3TA 5HR3A 1ON4A 2LKUA 1DUGA 4V2NA 2FWEA 1X5DA 3RHCA 4MCUA 2H74A 1X5CA 1PN9A 3I6AA 2LTKA 1M99A 1U88A 1XWBA 5IMDA 3FR3A 4MLYA 2FA8A 1X9SB 1E6BA 1TK8B 1XCCA 1OC3A 5ECQB 3VWUA 1XIYA 3LQ7A 1RW1A 1NW2A 4ECIA 2ZCTA 2YANA 5AGYA 5J3RA 1PX7A 5J5NA 2VCZA 4XRDA 5AIVA 3KTLA 3ZMKA 3IA1A 4N11A 2KP1A 1DE2A 3DD3A 4XS4A 1B8XA 4XIHA 4OCEA 1TK5B 3KCMA 1A0FA 4FYBA 2L57A 1WWJA 1KBNA 2KHPA 4FO5A 2H6XA 1M9AA 5HFIA 2RUFA 1VRSD 3BD2A 4FYUA 3ERFA 1TRVA 1YDKA 5DQYA 2CVKA 1OC9A 3HZ8A 1O81A 2OADA 5A5KA 2GGTA 2P0GA 5CNWA 2X8CA 5EL8A 3GH6A 1PA3A 5KN1A 1KTEA 1TOFA 1Z6MA 2TIRA 5CYYA 2YWNA 3IXRA 2AHEA 18GSA 1LBKA 3TKSC 5DDLA 4DVCA 2K18A 3KJYA 4PX1A 5C04A 5ID2B 2O7KA 1XWGA 1GUMA 4TR1B 4F0BA 1N2AA 3I9V2 1CQHA 1B48A 4ULXA 5D96A 2CX4A 10GSA 4ZB6A 5L71A 5IO2A 3GRXA 4ID0A 3VWVA 2AYTA 1GTUA 4MPFA 2HSYA 4GLTA 2CVDA 1FB6A 1YQ1A 1BYEA 2LRNA 4KCEA 4KCAA 3RBTA 1TW9A 1W4VA 1V2AA 4V2LA 3ZIVA 2DJ3A 4ZILA 1OYJA 4WR5A 4IBPA 5G2ZA 5ECKB 4RUVA 4MP4A 3LG6A 4ISDA 1K0AA 4HU9A 1A8LA 2M46A 1JZOA 2GT5A 2H0HA 3DXBA 4IGJA 1EV9A 3APOA 1OKDA 2ON7A 1ERVA 5ECRB 3IK7A 3TJBA 1ERTA 2H8LA 3C73A 4X0XA 4HJMA 4TR0A 4ZBDA 3PH9A 2GSTA 3TKQA 1Z6NA 1TK0B 1MDKA 3N5OA 2EIOA 5B7CA 2WDUA 4IP6A 4L8EA 4TKYA 3HHVA 3QDNA 1XWCA 3WT2A 3K8NA 2MBTA 3QD9A 2IMEA 5AN1A 1MD4A 1AW9A 1K0OA 2GS3A 5F05A 3TCOA 4ML6A 3P2AA 1IYHA 4JRRA 5EPFA 5D9WA 3HY2A 3QCPA 2C8UA 1SJZA 1ZMAA 2HRFA 3L0HA 3GN3A 3GHAA 3EMXA 4KGIA 4O92A 2IL3A 2MBSA 3V1WA 5JWRB 4TR4A 1F2EA 4EUYA 3LGCA 3NOFA 2H71A 3GYKA 2YJ7A 1OC8A 4J57E 2QGVA 4Q5QA 5J4UA 5ECPB 2PVOC 5DCGA 4CHSA 4MH3A 3TGZA 4JBBA 2B3SA 3FR6A 1SYXA 3GUSA 1YF0A 3HVVA 2L4CA 3P90A 4TVEA 2B7KA 3WD6A 3CSIA 3EWLA 5IMAA 1G6YA 2GZZA 2ZNMA 3MWHA 4PQHA 2PVQA 5E59A 5C00A 5H5RA 2BMXA 2OE3A 2YNXA 1M2BA 3FY7A 1OE8A 4I6XA 3GV1A 1ZCPA 3LORA 2FLSA 5H5QA 1T3BA 3HVXA 1S3CA 2GQKA 4AJ8A 4WBRD 4HUAA 3TDGA 4RQXA 3VPTA 4XHMA 3KD0A 5G31A 1UVZA 2HRNA 3IK9A 4OWYA 3H79A 3D4TA 2HZEB 4KNDA 4TR3A 2I4AA 3D0ZA 4NMUA 2JU5A 3TRQA 1XW5A 3UBLA 4JEDA 1B9YC 1PGTA 4DSQA 2R2JA 3GKXA 1G6WA 1W89A 3EMPA 5ECHB 3F6DA 4TW5A 5D73A 3TOUA 2PGTA 5DAKA 1PL1A 1C72A 4K8MA 1XPVA 4AF2A 2EIRA 4V1Ag 2DJKA 5J41A 2XHFA 3AY8A 1EZKA 4JZQA 2CA8A 5IM9A 1ST9A 5ELGA 2AJQB 2N5FA 2V32A 2A2RA 2ZUPA 1UA5A 3UVTA 1XOAA 2C3NA 2FA4A 4O32A 4O7HA 4OD7A 4TRXA 2O89A 1Z3EA 3TRPA 3O6TA 1FOVA 3DWVA 2I9HA 3UBKA 2LJKA 3GA4A 5EVOA 1TXXA 2WRTA 3HCZA 1ZGNA 3ZYWA 1XW6A 2GQMA 1BX9A 4ML1A 4K7OA 5A4WA 1AAZA 4NHWA 1YJ6A 5DJLA 3TKRA 3TJJA 1SK0A 2VM1A 1HNBA 3E9JB 2MMOA 1GSEA 3IRAA 17GSA 1GTIA 1YEPA 1N8JA 2TRXA 1QUWA 2LRTA 2PN8A 3FHKA 5HR2A 2P5RA 1F6MC 3VPQA 2LQOA 3W8JA 4DSSA 2C1YA 3KMOA 2YWOA 1XXUA 3EE2A 3KTBA 3GX0A 1F3AA 2G0FA 2LS5A 2L4QA 1ML6A 1FHEA 2H1GA 2DC5A 2LJAA 2KUCA 3WGXA 2YV9A 1HNAA 2RM6A 3EYTA 1XZOA 1T00A 3BCKA 4LLRA 4HZ4A 3IBHA 3GMFA 5CRHA 2GZYA 4POKA 4IN0A 3FEUA 1K0NA 1MDJA 3E3EA 4KX4A 4WBJA 2LNTA 1K3OA 2R5GA 2XPDA 2VIMA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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