1MEK | Genus

Total Genus 17

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	17
sequence length	120
structure length	120
Chain Sequence	DAPEEEDHVLVLRKSNFAEALAAHKYLLVEFYAPWCGHCKALAPEYAKAAGKLKAEGSEIRLAKVDATEESDLAQQYGVRGYPTIKFFRNGDTASPKEYTAGREADDIVNWLKKRTGPAA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__431710645459829__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__431710645459829__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1MEK/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__431710645459829__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"431710645459829","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1MEK/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__431710645459829__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb94b82dc6e558c6b293d9/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb94b82dc6e558c6b293d9/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb94b82dc6e558c6b293d9/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb94b82dc6e558c6b293d9/pdb.gz): 989 ms

reading 120 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

120 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 17 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:119});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Electron transport
source organism	Homo sapiens
publication title	Structure determination of the N-terminal thioredoxin-like domain of protein disulfide isomerase using multidimensional heteronuclear 13C/15N NMR spectroscopy. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PROTEIN DISULFIDE ISOMERASE
total genus	17
structure length	120
sequence length	120
ec nomenclature	ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date	1996-04-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00085	Thioredoxin	Thioredoxin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	1mekA00

20GSA 1E2YA 4KE3A 3S9FA 2E2GA 2KHPA 3G7YA 4ECBA 4ZB8A 1EP7A 1B9YC 3DYRA 2KLXA 4KDUA 4AJ6A 1JLWA 2B3SA 5JWRB 1B9XC 4K6XA 1R7HA 1Y25A 4IJIA 2VCQA 3O3TA 4Q5RA 3QMXA 4E8HA 2IMIA 1FG4A 5DCGA 1K0BA 4DSSA 3IDVA 3TKSE 1LU4A 3EVIA 4EO3A 5DCHA 3KMNA 1FOVA 3VWUA 3US3A 2GS3A 1EV4A 2F3MA 3HJPA 1XWAA 2YV7A 4HZ4A 2H1DA 2FWHA 4V2NA 1UA5A 4GQCA 1M7TA 4XRDA 1ERVA 2YWNA 4MP4A 3NOFA 5IMFA 2HZEA 2FHEA 3P8WA 2RUFA 2VL2A 2VLVA 2XPDA 3HA9A 2VL3A 5B8BA 3U6VA 2LJRA 2A2SA 2ON5A 2XPEA 3W8JA 2X99A 3UOMA 5GSSA 3QAGA 1XOAA 3IHQA 4RQXA 3UIWA 5EL8A 3EU3A 3HJOA 2GQMA 5CP1A 4MZBA 2FWFA 1OC8A 2JL4A 3IAS2 4XS1A 3F9UA 3HDCA 1XWGA 3H1NA 4AJ8A 3DMLA 5DBQA 1THXA 2CVBA 4K0GA 1XW6A 5ECMB 1CQHA 3J7Yk 2H66A 2J23A 4EXJA 4LA1A 4TKYA 2YZUA 5IMZA 4GLTA 1J08A 1OVNA 2IIYA 1T8EB 1PGTA 2OE0A 3MWHA 4TXOB 1OKDA 2B1LA 4NPBA 5J5NA 1R26A 1KNGA 1XWCA 4PQIA 1HD2A 2WZ9A 2K9FA 4KDXA 4ML1A 3ZREA 3ZLPA 1Q98A 3EINA 4I2TA 1Q4JA 3ME8A 3GSSA 3IR4A 1M2AA 1K3OA 2VL2C 4ZL9A 4BWSA 1X5EA 2LV3A 3APSA 1VF3A 5B7CA 5IO0A 5ECPB 3EYTA 1Z3EA 22GSA 1U3IA 4NXIA 4HOJA 3KP9A 1G0TA 1VRSD 1K0AA 1THOA 5D96A 2I3YA 2DJ0A 1MD4A 4PQ1A 3EMPA 3IV4A 5G31A 11GSA 1V2AA 1SJIA 1GP1A 4PUAA 4G9HA 3GIXA 4I5QA 2NVLA 2J9HA 2XC2A 3LGCA 2RM5A 3HVXA 2C3NA 1BX9A 2V6OA 2I9HA 3KEBA 3F0IA 1UN2A 1H4OA 3M8NA 2C1YA 3DGQA 3W6GA 4E8EA 1SKSB 4AJ7A 4PNGA 3RPPA 1M9BA 1HYUA 1TI3A 3BD2A 4L8EA 2BTOT 4GCIA 2K6VA 3ERWA 4XHMA 2X8GA 4O32A 2H8LA 4YQMA 2K18A 4MF7A 1XXUA 2JZTA 6GSXA 2O87A 2B7JA 3KD0A 1ERWA 3SBCA 3L4NA 1VF1A 5J3RA 3DRNA 1LBKA 1ACVA 1R5PA 1TP9A 2M46A 1YQ1A 4PX1A 3DIEA 3N9JA 4K1FA 1MDKA 2FWGA 4D73B 2MYGA 4I97A 2O85A 3GH9A 1RW1A 5CREA 4MCUA 1T7PB 1O85A 3RPNA 1YZXA 1PL2A 1XBSA 5GZZB 5FHIA 3TRPA 3LYPA 5D8IA 1EGRA 2C3TA 3G7JA 3GFKA 3PH9A 4EKZA 4HJMA 2NBSA 3H93A 4TRXA 3UBKA 2B6MA 3GH6A 1GSQA 3QD9A 3HHVA 4ULXA 3GX0A 1K3YA 2KOKA 1DBYA 2H1BA 3FZ4A 3F63A 5IM9A 1NHOA 5JWQB 5DAKB 3GA4A 1JZWA 2O8VB 1LJRA 3Q6OA 2FWEA 1EP8A 2AAWA 5IIZA 1WPIA 2CX4A 3ZVJA 3F8UA 1F9MA 4GSTA 2CAQA 4Q5FA 4ECIA 1AQXA 4IP1A 1FO5A 18GSA 2HNLA 4MABA 1SYRA 1E6BA 5HFGA 1Z7PA 2XBQA 3F6DA 5D9WA 2LRNA 2IMKA 4CHSA 1U87A 1TRSA 3IC4A 2KUCA 5DJLA 1XVWA 3L9UA 2H1GA 3ZTLA 2JACA 1EOGA 1T3BA 2CA8A 4LLRA 3LG6A 1QGVA 1Z7RA 1OAZA 5ELGA 3IPZA 5F8BA 4AGSA 2B5XA 2HSYA 2RM6A 4V1Ag 4F82A 2M72A 2JSZA 2VL9A 2IL3A 4POKA 5GSTA 2YWOA 4JR4A 2L5OA 4TR1B 2WB9A 3ZL5A 3KIJA 1H75A 5H5QA 2MZCA 3QAVA 2CZ3A 4BPYA 4KCEA 1OC3A 1SL0B 3CSHA 3CSJA 1GWCA 4BA7A 2GT6A 4KSMA 1U88A 3FKFA 4OCEA 3HYPA 1O7UA 1A8LA 2AV4A 2EC4A 1G6WA 3BCIA 1S3DA 3BOAA 3I69A 2H70A 5E59A 4JZQA 4KGIA 3I9V2 5DALB 5AN1A 2G0FA 4PNFA 2YN1A 5ECSA 1WOUA 4H86A 1F37A 1GSDA 3ZFLA 3UARA 1FAAA 1MDJA 1PN9A 3L78A 5ENUA 2I4AA 6GSSA 4JRRA 1JHBA 2MMAA 5G2ZA 3RHCA 1GSEA 5CNWA 1GL8A 1Z6NA 4JR6A 3FZAA 1ZYQB 2QSIA 4ISDA 3HVVA 4HU9A 5DJMA 1T1VA 2D2ZA 4NAXA 4XCSA 2MBTA 2E0QA 4WF5A 2NTOA 3TJGA 1PRXA 4LMWA 4Z7XA 2YV9A 1B4QA 2PGTA 3QFAC 1GTAA 1KEBA 7GSSA 3BCKA 1XFLA 2O7KA 3L9VA 3VWWA 2GTUA 2GZPA 3QCPA 4N11A 4KDYA 3DXBA 2DJ2A 1F3BA 3FEUA 3IBHA 1TK8B 3DKSA 4N0VA 1R5AA 1WWJA 4IP6A 3TJFA 2FY6A 3UVTA 2F51A 3KXOA 2P31A 4XTSA 5CYYA 1VF4A 1YEPA 1CQGA 1Y6EA 4Q5NA 5LD0A 2R5GA 5ID2B 1GTUA 1PD21 2H19A 2B5YA 1OC9B 3D4TA 5CRWA 1B48A 1ABAA 3TCOA 1GUHA 3TJBA 2F9SA 4WBJA 4L0WA 1XWBA 4HS1A 2GQLA 1Z5YE 2DIYA 2F8AA 3ZMLA 4V2MA 1WE0A 3TKSA 1WJKA 2K8VA 1G7EA 2VD0A 3ZZXA 5IPHA 2M80A 4TR3A 1M99A 3C1SA 4MF6A 3PINA 1C72A 1TRWA 3D4MA 2PVOC 2X8HA 2QC7A 4WF4A 5GAPD 1PX6A 5J9BA 1PL1A 2H71A 4EVMA 1EGOA 1EZKA 1ILOA 3GTUB 5DQSA 5INYA 4L0UA 4K8MA 5ECRB 1WRYA 3HZ8A 3QFBC 3GNJA 2CZ2A 1K0DA 2HSHA 3GRXA 1EWXA 4G2EA 4I8BA 2OACA 4O7HA 3M1GA 1QMVA 1U3AA 4ZB9A 2GVPA 2R4VA 1WP0A 2I1UA 3CTGA 3KMOA 3P2AA 5LNKe 1PQNA 3GL5A 4XRAA 3F4TA 4TVEA 3TKQA 1TRVA 2A2RA 3PR8A 4NHZA 3ME7A 2B1KA 4EDYA 2IMEA 3GURA 3ZYWA 4O92A 2IFQB 2P0GA 5CRHA 3O76A 3EU4A 4DEJA 2LTKA 5J9CA 3D5JA 5CAXA 3FY7A 5G5FA 3VFIA 4PXOA 3KH7A 1OYJA 2PPTA 2A4VA 1SKRB 2H72A 3V1WA 5FWGA 4BVXA 3KM6A 3C7MA 3CMIA 3UJ1A 3TB2A 3LORA 1ZGNA 2R6KA 2V32A 1FW1A 1SD9A 5ECHB 2AYTA 4JU5A 1V57A 4BL7A 2L4CA 2ON7A 2CAIA 2WS2A 4V1Ap 1USBA 3EURA 2FA4A 2C3QA 4ZBDA 3FW2A 3E9JB 4WKWA 1UC7A 4CW9A 2YZHA 5JCUA 4F0CA 3LWAA 1SKWB 2G2QA 3IA1A 4K9ZA 2OBIA 4N0ZA 5IMAA 1I5GA 1O81A 3KH9A 4XS4A 4TN8A 3HCZA 2HZFA 2VM1A 1HQOA 2GQKA 5HR0A 1MD3A 5DDLA 3PGTA 5DVBA 4MPGA 5A4WA 4K0NA 1KBNA 3KTLA 1W89A 4NV2A 1PKZA 3IAM2 8GSSA 1AQVA 5KN1A 2C0GA 4PURA 1ERTA 4OO4A 5JCWA 3TUEA 3NZNA 4MH3A 1ML6A 2WULA 3P7XA 6GSYA 4KAEA 2CT6A 2HXKA 3WT2A 2HE3A 5KN2A 1DSBA 3M0FA 1TI1A 2V6KA 1X5CA 3WGEA 2OADA 3OR5A 2DMMA 1X5DA 1YF1A 1YF0A 1XWKA 3HVSA 1PX7A 3LQ7A 3CRTA 2DC5A 1XIYA 3UBLA 2C0EA 4ACSA 4K7OA 1NW2A 1X9SB 1K0CA 3A5WA 1NSWA 3F4RA 1F2EA 4IVFA 4DSRA 4EDZA 1GTBA 4DSSB 1K3LA 1GSFA 4ZL7A 3FK8A 3VK9A 2ZNMA 5A4UA 4ID0A 4OFMA 1FVJA 1OKTA 4IBPA 1GTIA 2IN3A 9GSSA 1KTEA 1BAYA 4JE1A 3FR3A 4IW9A 1RK4A 2PU9C 2LQQA 4TR4A 2IMDA 6GSWA 1V58A 5ECOB 2HZEB 4MJEA 1PKWA 2RUEA 4WETA 1HNBA 1U6TA 4IKHA 3CTFA 3IE3A 3TKPA 4EL1A 5IO2A 4TR0A 2WFCA 1GSYA 1XW9A 2HI7A 3M9KA 2YP6A 4Q5QA 3GYKA 1TDIA 1XVQA 1V9WA 3F4SA 4YQUA 3QAWA 4EE0A 3GKMA 3MNGA 2H0HA 3ZIVA 5G30A 3ZFBA 1TJDA 1QXHA 4GWRA 4IHUA 3BBYA 1GUMA 1SENA 5ELAA 5KN0A 1SYXA 4L5OA 1SL1B 5CO3A 4F2IA 4FYUA 2HLSA 1AUCA 5C04A 1MTCA 5HR3A 3WD6A 1M9AA 2JZRA 5F05A 3KP8A 3G7IA 1VF2A 1J0FA 1O8WA 5EY6A 4OD7A 4POBA 3VPQA 4RQRA 3TGZA 2VIMA 1PSQA 2LRCA 3TRXA 3I6AA 4PQHA 1B8XA 2TRCP 2RIIA 3ED3A 3DWVA 2JSYA 2YNXA 3IXRA 4MF5A 5IMCA 3EC3A 3KZQA 2X8CA 3QPMA 1O6JA 2DJJA 2QKEA 1N2AA 4K2DA 4RI6A 4GXZA 3HJMA 3Q18A 1IYHA 4KSOA 2VLUA 5JCGA 1T4ZA 1XOBA 4MJCA 4RI7A 1TK5B 2LKUA 5C00A 4IS0A 2EIQA 3TDGA 3GV1A 4L5LA 4J56E 4P3YB 4KUNA 2WCIA 1A0RP 3R2QA 4KX4A 2R37A 12GSA 4JEDA 3UL3A 4I6XA 1EV9A 3CBUA 3AY8A 1G6YA 1TRUA 4N10A 2H1AA 1XPVA 2YJHA 5HR2A 4POMA 4HZ2A 1SK1A 3BJ5A 4O5RA 1SJZA 3MDKA 1GSSA 4TOPA 2FUG2 4ZBBA 2DJKA 4NMUA 1M0UA 1A2LA 3A2WA 4MK3A 1UVZA 5CRDA 4QL7A 2FD3A 2VLTA 4OFNA 3QDNA 1A8YA 3HY2A 1IYIA 4TW5A 2EIRA 2CQ9A 3Q19A 2GZZA 4DSQA 4OO5A 2DJ3A 2IFQA 1HNCA 2JZSA 1OE8A 3L0HA 2GSSA 4ML6A 3IOSA 2KP2A 2OKAA 4WEYA 1URMA 5F07A 4ZIJA 2H6ZA 3TKRA 3QR6A 1QK8A 4HUAA 4MZCA 4WR4A 3GN3A 3APOA 2MBSA 2H6XA 2V41A 1TK0B 1JZDA 4KNDA 1BEDA 2CX3A 1O8XA 1GRXA 2EIOA 5KN3A 3CRUA 4WXTA 3FR6A 4GSSA 2ZUPA 2YPMA 4NV5A 3TJJA 3W8SA 4NWYA 1QUWA 1FB0A 2H01A 5EPFA 4MLYA 1ON4A 4TXOA 2DJ1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5IOX A;  2L5L A;  5GAN D;  5D9X A;  2V1M A;  2YAN A;  3HXS A;  3FZ5 A;  4HJ2 A;  4CDO A;  1K0M A;  2PWJ A;  5F0G A;  2PMT A;  2HT9 A;  1F6M C;  1PMT A;  2K8S A;  5AIS A;  1X9M B;  3C71 A;  2LST A;  5D9V A;  2H0G A;  3C73 A;  4TXV A;  3LSZ A;  3EMX A;  1ST9 A;  2LJA A;  3JCM L;  3MSZ A;  4BVX B;  3J7Y b;  1SU9 A;  4G10 A;  3DVW A;  3IK7 A;  2C0F A;  1SD8 A;  5B8A A;  2L57 A;  2LEG A;  5AIX A;  3DD3 A;  5H5R A;  2JAD A;  2WDU A;  4BL7 B;  4ZIL A;  2GSQ A;  1GNW A;  2LJK A;  4IEL A;  5ID2 A;  1VGL A;  5J4U A;  1OC9 A;  2BJX A;  3CSI A;  5J41 A;  4GRF A;  3LXT A;  5G1L A;  2O89 A;  5CRG A;  3UEM A;  1NM3 A;  4FH8 A;  4XS4 B;  4MDC A;  1RQM A;  4GTU A;  2B5E A;  3E0U A;  4FYC A;  5B6M A;  4LL4 B;  1TKD B;  4MH2 A;  4PUF C;  3GST A;  3WGX A;  3GKK A;  2DIZ A;  3RAZ A;  3CYN A;  4K5R A;  4BWQ A;  3D21 A;  4QL9 A;  2N5A A;  3ERF A;  3GHA A;  1T4Y A;  5HFI A;  1JZR A;  2E7P A;  1A2J A;  2QGV A;  2DLX A;  10GS A;  3GTU A;  4X1U A;  6GSU A;  2A4H A;  5HFK A;  2YOI A;  1YJ6 A;  3LYK A;  1JLV A;  3TOU A;  4V2L A;  5B6N A;  5COH A;  1BG5 A;  4Z2T A;  2MMZ A;  1M2D A;  3RHB A;  5AIV A;  6GSV A;  2N5B A;  2VCT A;  3ZIJ A;  3VI5 A;  4FIW A;  2AJQ B;  2DML A;  1K0N A;  2REM A;  13GS A;  4OCF A;  5G1K A;  2GST A;  5A5K A;  4MJB A;  2IWT A;  5H5S A;  3HZ4 A;  1M2B A;  5IMV A;  4J2F A;  3DEX A;  1PN0 A;  5IMD A;  2YWI A;  3D22 A;  3ZMK A;  1T00 A;  1S3A A;  5L71 A;  3IRA A;  3LEF A;  5HR1 A;  3P90 A;  4AF2 A;  1X9W B;  1PA3 A;  4KB3 A;  3Q74 A;  1O73 A;  2FGX A;  2BMX A;  5DQY A;  2C0D A;  2LNS A;  3D6I A;  2VCX A;  4KA0 A;  1ZOF A;  2PUK C;  3KTB A;  4F9Z A;  2I81 A;  3HD5 A;  3VUR A;  1ERU A;  5G5E A;  1Z9H A;  2H6Y A;  1AXD A;  2OA7 A;  2OJL A;  1GSU A;  3ISO A;  3VWV A;  3GKN A;  4HEA 2;  1S3C A;  1OE7 A;  1SK0 A;  4HSC X;  2PER A;  1SL2 B;  4LMV A;  4X4J A;  2ES7 A;  2R2J A;  5AGY A;  3SWL A;  4YAV A;  1MDI A;  5BMU A;  1GLP A;  4A5P A;  1EEJ A;  2IJY A;  2VO4 A;  1SJ6 A;  4EF0 A;  3G9B A;  3KJY A;  1FVK A;  2RLI A;  5ECL B;  3WT1 A;  3ZIT A;  5D73 A;  1AC1 A;  3EWL A;  2LNT A;  2L59 A;  4CY6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1MEKA

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