1OC8 | Genus

Total Genus 47

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	47
sequence length	151
structure length	151
Chain Sequence	HMSGLKKFFPYSTNVLKGAAADIALPSLAGKTVFFYFSASWCPPCRAFTPQLIDFYKAHAEKKNFEVMLISWDESAEDFKDYYAKMPWLALPFEDRKGMEFLTTGFDVKSIPTLVGVEADSGNIITTQARTMVVKDPEAKDFPWPNVEAKK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__007057920403873__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__007057920403873__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1OC8/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__007057920403873__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"007057920403873","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1OC8/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__007057920403873__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfbb68e54417e14febbc182/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfbb68e54417e14febbc182/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfbb68e54417e14febbc182/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfbb68e54417e14febbc182/pdb.gz): 127 ms

reading 151 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

151 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 19 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:150});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Electron transport
source organism	Crithidia fasciculata
publication title	Tryparedoxins from Crithidia Fasciculata and Trypanosoma Brucei: Photoreduction of the Redox Disulfide Using Synchrotron Radiation and Evidence for a Conformational Switch Implicated in Function pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRYPAREDOXIN II
total genus	47
structure length	151
sequence length	151
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2003-02-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13905	Thioredoxin_8	Thioredoxin-like

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	1oc8A00

1XCCA 3MNGA 3W8JA 5GAPD 2VOCA 3J7Yb 5IQYA 2LV3A 3WT1A 4OFMA 2NBSA 4EUYA 1F9MA 1OC8A 2F8AA 3VI5A 2H71A 2VCVA 1Y25A 2GT6A 2DC5A 4MK3A 1PMTA 2YWMA 2WRTA 5J9CA 4J2FA 1GSQA 3HXSA 1GTAA 4WEYA 1QMVA 3FY7A 5DJLA 3F6FA 4J56E 3HJOA 1GSUA 5FWGA 1Q98A 3EU3A 2D2ZA 1K0BA 4Q5QA 1XZOA 2LNTA 3UIWA 5D9TA 5J3RA 4HZ4A 3F3RA 5ECKB 3H1NA 6GSWA 4GSTA 3KMOA 5EVOA 3L9VA 1IYHA 3GHAA 4WR5A 2F8FA 1V40A 5ELAA 3FZ9A 2IWTA 1K0NA 2RM5A 1QGVA 3GKNA 2DJ0A 4MF6A 5IIZA 3ZLPA 2O8VB 1TRUA 3UVHA 4PGTA 3FHKA 2DJKA 2GSQA 4HZ2A 4ZB8A 4RQRA 4WKWA 4XCSA 4F03A 4V1Ap 2OA7A 4ZB9A 3CRUA 4XS1A 2GT5A 4KA0A 2L6CA 5J41A 2HFDA 1M0UA 2MBTA 1PGTA 1GSYA 4AGSA 4BWSA 3LXTA 2V32A 3GX0A 1C72A 4LMWA 1KTEA 5F05A 4KUNA 3GKKA 1F3BA 5JCGA 5DCGA 5DBQA 2XC2A 3CSJA 4GLTA 3IA1A 1K3LA 2V6OA 2IL3A 5ECPB 1SU9A 2A4VA 3DKSA 2B5EA 2GQLA 1I5GA 1HQOA 4CHSA 1T00A 1X9MB 2R3XA 1O8XA 3VFIA 3HKRA 2RM6A 4IQAA 1JZWA 2F9SA 2CX3A 2BJXA 4TR0A 2H6YA 3P7XA 3ZMKA 2H0IA 3NOFA 3GV1A 3FRCA 3QPMA 2VCTA 5AIVA 5CRHA 3I9V2 2MMAA 2FWGA 4WETA 2LSTA 3M9KA 2I3YA 2IN3A 2FY6A 1K0CA 3BCKA 3RPPA 2K6VA 4FYCA 4KW6A 5G1LA 5B6MA 1M9AA 2FCHA 1PRXA 4GTUA 1W4VA 4X43A 1OVNA 1HYUA 3IDVA 5ID2A 2GZYA 5KN2A 2XPEA 8GSSA 4IP1A 1ZYEA 4ULXA 2H76A 1O81A 4DSQA 3F4TA 1XOBA 2C8UA 4NXIA 4I5QA 4ECBA 1DE2A 1FVKA 4H86A 1PL2A 4WXTA 5EPFA 1MTCA 1XWKA 5LCZA 4WF4A 1YF1A 5ID2B 3UMAA 4NPBA 1GSSA 2N5AA 1G6WA 5HFIA 5F06A 4K1FA 1SENA 2JL4A 3IAM2 2GQMA 3A5WA 4PNFA 1RQMA 3HY2A 3QMXA 4K9ZA 4IVFA 3TRXA 1TK8B 1XW5A 1LJRA 2HI7A 4HOJA 5HR2A 1WE0A 2QSIA 2AHEA 1Z6MA 4HU9A 1XW9A 4OO4A 4K6XA 1N8JA 3ZIVA 4TVEA 4OFTA 6GSYA 3TKRA 1GTUA 3ERWA 1GTIA 1NM3A 2N5FA 4TOPA 3F9UA 1OE7A 3TJBA 1V57A 4MF7A 3M8NA 4BVYA 3EMPA 7GSSA 1EV9A 1HNCA 1XIYA 4NAXA 2ZUPA 5D9XA 3VWUA 1OE8A 5CO3A 2CVDA 4DVCA 3DD3A 2JU5A 3ZVJD 2H0HA 1YKAA 2HXKA 2KP1A 1PX7A 3RBTA 1VGLA 1SL0B 3TCOA 5FHIA 2B1KA 1Z5YE 5D96A 2GS3A 2X64A 1GUMA 2KOKA 3Q18A 1SK1A 3QOUA 1NW2A 3C71A 2IMIA 1URMA 5KN0A 4X1UA 2DMLA 4RI6A 2REMA 2V1MA 4F9ZA 1TRSA 2IFQB 3CXGA 4G2EA 1R5AA 4DSSA 4JR6A 5DQSA 1YF0A 2L5OA 1BYEA 2J9HA 4QL9A 2V2GA 4Q5FA 1AQXA 1SYXA 1THOA 4X0XA 1UVZA 1OC3A 2LTKA 2YANA 2YPMA 1ERVA 1V98A 4AF2A 2H74A 3GSTA 4RI7A 3UL3A 1LU4A 5H5SA 5G5FA 5HFGA 3JCML 4POBA 4NHWA 1SK0A 2DIZA 2CZ3A 4K2DA 5IMAA 2RUFA 1GH2A 2C3NA 2EIRA 1JLWA 1A2MA 3NIVA 3GL3A 2B1LA 3HCZA 4FO5A 4KB3A 4EXJA 3TKSA 4NV5A 2FA4A 2VLUA 4ID0A 4MP4A 3ZREA 1T4YA 4MZBA 4MPGA 1SD8A 3KZQA 3KTLA 4EC0A 3ZITA 4KCEA 2ON7A 4F0BA 3IK7A 2XHFA 6GSXA 4POLA 2I4AA 3QAGA 1DUGA 1OC9A 4HJMA 4LA1A 2HRNA 4O5RA 1QUWA 1SKRB 5JWRB 3UVTA 4BVXA 4Q5NA 1YQ1A 4KDUA 5F07A 4HQZA 2DMMA 2YZHA 1QQ2A 2L4QA 3VPQA 2DJJA 3RHBA 1JHBA 5JWQB 1RW1A 1OC9B 5G5EA 4YAVA 4P3YB 11GSA 1CQHA 2PN8A 4MH3A 3MAKA 3QAVA 2XBQA 1ST9A 3LEFA 3TKSC 3LSZA 1SL1B 4QQ7A 1GSEA 1HNAA 3DGQA 3KM6A 4ZBDA 3UJ1A 4MJBA 2CAIA 3IPZA 5G31A 3ZYWA 1F2EA 3J7Yk 3A2WA 4HEA2 1FW1A 2NDOA 2WJUA 1TU7A 3IBHA 3C1RA 2LJRA 2E2MA 3BJ5A 1Y6EA 1A2LA 4G9HA 3FR9A 4OMVA 2OBIA 4AJ6A 4PNGA 1EOHA 3ZIJA 2HLSA 1TW9A 5IOXA 3M1GA 3D5JA 2JACA 3HZ4A 3D22A 4V2MA 2JSYA 3EYTA 3ME7A 1ERTA 2QC7A 4IKHA 17GSA 3DRNA 5ECOB 4KH7A 4PURA 1HD2A 4ZL8A 1I9DA 3ZMLA 4KGIA 5EL8A 5DAKA 3GFKA 20GSA 4GCIA 5IO2A 3P8WA 4EDZA 4EF0A 4AJ7A 5HR0A 1GRXA 2H6XA 1XVQA 2FWEA 1GNEA 2RIIA 4EVMA 2PERA 1O6JA 2LNSA 5DAKB 2MYGA 5D73A 3KH7A 1Z6NA 4OCFA 1ZMAA 2KUCA 3H4KA 2R37A 1EV4A 1O7UA 2H01A 1B48A 1ERUA 3KP9A 2YWOA 4GF0A 3D21A 3IE3A 2C0GA 4EO3A 5INYA 4Z7XA 2H73A 1KNGA 1G0TA 1DE1A 3M3MA 4OO5A 1SK2A 4LMVA 3L78A 16GSA 1AW9A 4GXZA 4PX1A 5CNWA 3M0FA 4IGJA 2O85A 3GTUA 2VIMA 2C3QA 4DSRA 3WGXA 5IMDA 3SBCA 2VM2A 4XRAA 1MDIA 2R6KA 1TDIA 1MD4A 4KNDA 3H8QA 4ZB6A 5HQPA 2ES7A 3GTUB 2HZEA 5AN1A 1YDKA 1ABAA 2CQ9A 2LJAA 4MLYA 2P0GA 2YNXA 2V6KA 5ECSA 3APOA 3F4RA 3IOSA 1T1VA 2TRCP 2YOIA 2HZEB 2YJHA 1TP9A 2H30A 3HDCA 3WGEA 1OYJA 5CRGA 3ME8A 5DCHA 2H6ZA 5F0GA 1M9BA 2BMXA 4HU7A 2LS5A 3W6GA 2IMKA 3F4SA 1GUHA 2H0GA 1O73A 2DJ3A 4TXOA 2WDUA 1J08A 3P2AA 1S3AA 3A2VA 4G19A 3MDKA 2O7KA 3U6VA 1XWCA 3FK8A 1RK4A 4N0VA 3UAPA 1EP8A 1OAZA 2HT9A 2VL3A 5J9BA 1PN9A 2H72A 2AV4A 3KXOA 5E59A 4GRFA 3EWLA 1O85A 3ZTLA 4TXOB 5J4UA 4EKZA 2GSRA 2PVOC 1BJXA 2WS2A 1WP0A 3FZ5A 4PQIA 2V41A 2C3TA 2YZUA 2CT6A 1O8WA 1V9WA 3K8NA 2P5RA 1CQGA 1VRSD 2A2SA 1PKWA 3G7JA 3A3TA 3L4NA 2GDRA 4ECCA 3ERFA 3HVSA 4NHZA 5C04A 3D4MA 1UC7A 3GH6A 4ZIJA 2EIQA 4ZBBA 4ZILA 2MMZA 1JLVA 4K7IA 3PR8A 1XWGA 2FLSA 1T8EB 2GZZA 1XWBA 1YEPA 3VI7A 3IAS2 2HSYA 5D8IA 3TKPA 3ERGA 4N10A 4LL4B 4TN8A 4PQHA 4OCEA 2H75A 1AQVA 2HSHA 3TRPA 1K0MA 3CSIA 1DSBA 2DJ1A 4OWYA 4O32A 3TKQA 1M7TA 3FKFA 1U6TA 5GZZB 1E2YA 2J23A 3BBYA 2GTUA 2TIRA 1EEJA 1A0FA 1ON4A 2YN1A 1B4QA 1LBKA 2CX4A 2NVLA 3UARA 3KMNA 2H1AA 2H66A 3CRTA 4V2NA 10GSA 5B8BA 1FVJA 4ACSA 1JZDA 2YWNA 4KDXA 3CTGA 3QAWA 3EC3A 4ECJA 3QFBC 2DIYA 4K8MA 4XTSA 2C4JA 2LQOA 4IQ1A 4IELA 2H19A 5ECQB 2OACA 3HZ8A 2E0QA 2HE3A 3GUSA 2PMTA 5IPGA 1ML6A 3ZFBA 3GRXA 3TDGA 2IMDA 2FD3A 4I8BA 4CW9A 3VLNA 2WULA 3QDNA 3FW2A 4DEJA 3KP8A 4KAEA 3ZFLA 2FA8A 1TRVA 1SKWB 3G7YA 1FB0A 2YJ7A 1N2AA 2CAQA 4KX4A 5COHA 3DWVA 2LQQA 2OBKA 2IFQA 2WZ9A 4GQCA 1S3CA 4V2LA 6GSTA 3KEBA 1NHYA 4N11A 1GNWA 2MZCA 5IPHA 4JRRA 3E3EA 1GLPA 2EIOA 2R4VA 2IIYA 4MMMA 2KP2A 1B9XC 5FT3A 3LFLA 3D6IA 4ZL7A 2FWFA 5CP1A 1ACVA 2I81A 3VK9A 3E0UA 3LWAA 2YCDA 1FAAA 2VCXA 1V2AA 3DMLA 2JSZA 1H4OA 2B7JA 1F6MC 3F3QA 1XPVA 2PVQA 1J0FA 3IR4A 3VPTA 1T3BA 3Q6OA 5F8BA 2MMOA 2VD0A 3EVIA 1B8XA 3LG6A 3GIXA 2XPDA 3O3TA 1WMJA 1X0RA 3FR3A 4WBJA 1BX9A 2CV4A 1QFNA 4PUAA 1SL2B 2DLXA 2IPAA 3GURA 3C8EA 5IMVA 4HI7A 3C7MA 1XVWA 1EOGA 1USBA 2JZSA 3WGDA 4IJIA 2VCWA 4Q5RA 3ZZXA 3DIEA 3EURA 3H79A 1TI3A 3C1SA 4MJCA 3AY8A 2CA8A 4KSOA 2VD1A 2ON5A 1KEBA 3DVXA 2AYTA 3P90A 1M2BA 2LKUA 4E8EA 2YP6A 3DYRA 1GULA 1XXUA 2FGXA 3TJFA 3TKSE 1XW6A 5AISA 2BTOT 3M9JA 2ZNMA 3APSA 4K0GA 1X9WB 1QXHA 3HD5A 2F3MA 5H5RA 1PL1A 4POKA 1T7PB 2AB6A 1TXXA 1TK5B 1X5CA 1A2JA 1UN2A 1Z7RA 2DSAA 3BCIA 4MPFA 2L6DA 2FNOA 3DEXA 5ENUA 3RPNA 4TR4A 3ISOA 1R7HA 3GKMA 2H1BA 1ZGNA 1X5EA 2PBJA 3HVXA 1Z3EA 1SD9A 1U3AA 4XRDA 4JR4A 1KBNA 4YQMA 5KN3A 3CBUA 1Z9HA 3FR6A 2KLXA 1TTZA 2K8SA 1PKZA 5JCWA 1TK0B 2A2RA 2LRCA 3UOMA 3GL5A 4EE0A 1G7EA 2NTOA 2R5GA 4YH2A 4L5LA 4MZWA 1GSFA 4E8HA 4EDYA 1R4WA 2C0FA 4JE1A 2MMNA 1YEXA 3TJGA 4ISDA 4XHMA 3L0HA 3QD9A 1ZCPA 3KTBA 6GSVA 5HR3A 3FEUA 1NHOA 3TOUA 4K0NA 3N9JA 3LJRA 2X99A 3SWLA 3I6AA 3CTFA 5DALB 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1OC8A

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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