1PQNA

Dominant negative human hdim1 (hdim1 1-128)
Total Genus 22
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
22
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SYMLPHLHNGWQVDQAILSEEDRVVVIRFGHDWDPTCMKMDEVLYSIAEKVKNFAVIYLVDITEVPDFNKMYELYDPCTVMFFFRNKHIMIDLGTGNNNKINWAMEDKQEMVDIIETVYRGARKGRG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure, stability and function of hDim1 investigated by NMR, circular dichroism and mutational analysis
pubmed doi rcsb
molecule keywords Spliceosomal U5 snRNP-specific 15 kDa protein
molecule tags Cell cycle
source organism Homo sapiens
total genus 22
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-06-18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1pqnA00
3V1WA 2GT6A 1K0OA 4ZIJA 1PQNA 1ZGNA 4Q5NA 1PX6A 3C73A 1USBA 9GSSA 5B8AA 2MMOA 4LL4B 3IR4A 4IP6A 1G6WA 4MLYA 4POBA 4PUFC 3FW2A 2R37A 2YV7A 1EEJA 2JU5A 1F3AA 4MH2A 2K9FA 4HJ2A 4OFNA 2HLSA 2EIRA 2GS3A 2I3YA 3ERGA 4FYBA 5D8IA 4IELA 3Q18A 3BCIA 4F0BA 1WE0A 2I1UA 3FY7A 3IXRA 3OR5A 2A4VA 2IFQA 4KGIA 2PN8A 2B5YA 4P3YB 1F9MA 1XXUA 1V98A 5ECOB 1MTCA 3WYWA 1T7PB 1F3BA 3H79A 3EMPA 4L0UA 4GWRA 1B48A 5C04A 1GSEA 3H1NA 3CBUA 3LQ7A 5G1LA 2PUKC 1URMA 2IMEA 1B9YC 3TJGA 5AGYA 2P0GA 11GSA 4HQZA 5ECIB 2DBCA 1E2YA 5ELGA 1GULA 4BA7A 16GSA 4WBJA 1Y25A 4WEYA 1R26A 4HOJA 1SK1A 4XRAA 2IIYA 1SKSB 1ERVA 5IMZA 5CO3A 2C3NA 4DSSA 1Z6NA 4PURA 4NAXA 3CSHA 1VF4A 2X8HA 3GYKA 1M9BA 4EDYA 1X0RA 4DSRA 2HZEA 2XPEA 3P7XA 1KNGA 4MPGA 4NWYA 3UMAA 4ZL8A 1CQHA 1XW5A 3TJKA 3D22A 3QFAC 1AAZA 1K3YA 2P5QA 1OC8A 4MF6A 1OC9B 3H93A 3KP9A 5D9XA 1M2AA 3CTGA 3CMIA 1Z5YE 5ECHB 3VLNA 12GSA 4IHUA 3IA1A 6GSWA 5IOXA 5ECPB 1B4QA 3O76A 4AF2A 4ZL7A 4N30A 4JEDA 3FKFA 2J9HA 2VCTA 2H6ZA 1OE7A 4TXOA 1SJIA 2B6MA 3GURA 2H30A 7GSSA 1J9BA 1XOAA 5DJLA 2CVDA 5AIVA 2R6KA 5C00A 2H1BA 1TI1A 2LJKA 2VIMA 5HR0A 3FRCA 4BL7A 5B8BA 1YKCA 1MDJA 1Z7PA 5E59A 4XS6A 4I8BA 3VI5A 2B7JA 3TUEA 2L6DA 5HR3A 4EE0A 4KB3A 4MZCA 2ZCTA 1TRWA 1HD2A 2GQLA 5HFIA 2VL3A 2IN3A 2XPDA 3LWAA 2FA4A 4LLRA 1GSUA 4ML1A 3Q6OA 2LRCA 1ZOFA 3ZMLA 1TP9A 2MBSA 1GNWA 4HZ4A 1AUCA 4IBPA 4IJIA 3VWUA 1XWCA 3S9FA 3GX8A 1QQ2A 4AJ7A 2HSYA 4MH3A 4L8EA 4V2NA 4IW9A 3D5JA 5IOWA 5F8BA 2PU9C 1TTZA 1GL8A 3KMNA 4YAPA 3GH9A 3RAZA 2AHEA 1YJ6A 5DAKB 4TR1A 2V32A 3KH9A 1DSBA 2L57A 3D0ZA 1NM3A 5J3RA 4PQ1A 5ECSA 4WXTA 2YNXA 3ZFBA 2N5AA 3I43A 5CP1A 2B5XA 3UIWA 5J4UA 3IDVA 5KN3A 5GAND 4HQSA 4BVXA 3M1GA 2M46A 3WD6A 2O87A 1AQXA 1SL1B 4KW6A 2LJAA 2KHPA 6GSUA 5KN2A 3ZLPA 2CVBA 1J0FA 2YZUA 3TRQA 1A2JA 1J08A 1O73A 3RDWA 2YCDA 4PNFA 2L5OA 4NHZA 2X99A 4IP1A 2OA7A 2VOCA 1GUHA 2LRNA 4F0CA 1U88A 3F3QA 1YZXA 1XZOA 3QOUA 17GSA 4EVMA 4KUNA 4OFMA 4JZQA 4L0WA 1VF3A 2V1MA 3BOAA 2JADA 2E2GA 4G10A 2EIQA 5IPHA 1K0DA 1C72A 1OYJA 3GNJA 4N11A 4XRDA 2GQMA 3G7IA 3HCZA 2CA8A 2PVOC 1PX7A 4HU9A 3WT2A 2DJ3A 4TKYA 2VD1A 4I2TA 3GMFA 4PUAA 3TB2A 5J5NA 2OBKA 4EF0A 4ZB8A 2M80A 1IYHA 2GSQA 4WBRD 2DJ0A 2AJQB 1YEXA 5HFKA 1XCCA 4K8MA 4MJBA 2WJUA 3ZYWA 3ZREA 2IMDA 4ML6A 4PXOA 1ZZYA 3A2WA 1BG5A 4KAEA 1SKRB 2N5FA 3ME8A 3KMOA 1JZRA 1OKDA 3BJ5A 4JBBA 3W6GA 4XTSA 4G9HA 4CW9A 4KDUA 5IQYA 4OWYA 1XVQA 1R5AA 4WR4A 1K0CA 1YEPA 2K8VA 3PR8A 2H74A 1V58A 1B4PA 2MYGA 2PGTA 3QD9A 1KTEA 2YOIA 5B6NA 2CT6A 2GZZA 4WF5A 2F51A 3EC3A 3A5WA 2FD3A 1RW1A 2MZCA 2GDRA 3JCML 4GQCA 2NPBA 1GSYA 3WGEA 3FZAA 3KIJA 5ECNB 3QAGA 3BCKA 5CREA 2LV3A 3VWWA 1FO5A 2L6CA 1GTAA 1X9WB 4LMVA 5B6MA 4GSSA 4K2DA 3U6VA 3WGDA 5LCZA 2RUFA 2VUPA 4ZXGA 4POMA 3TKSE 4FIWA 2C8UA 4FYUA 3QMXA 3HHVA 3ZVJD 4GQFA 1IYIA 5CRDA 2VLUA 1EWXA 4EDZA 2JZTA 2JZRA 1VRSD 1EP8A 2CX3A 2B1LA 4H86A 1XFLA 1JZDA 1MD3A 1QGVA 4MZBA 2FWEA 1QK8A 4K7OA 2DJJA 6GSYA 2XBIA 1TW9A 5LD0A 3R2QA 2OJLA 4WR5A 1X5EA 3EE2A 4EXJA 4ZB9A 5EY6A 2OACA 3IAS2 5IO2A 1X5CA 2NTOA 1FAAA 2H75A 3D21A 2KP1A 1XWKA 4K7NA 3Q19A 1Q4JA 2YJHA 2C80A 3TOTA 4IVFA 2MMNA 3HA9A 1NW2A 2DIZA 2O7KA 3U5RE 2O89A 4POLA 3FZ5A 3F3RA 1PKWA 3GRXA 2LQQA 1BYEA 4HDEA 4J57E 2L5LA 1W89A 2G2QA 3KTLA 3PINA 3GKXA 4GXZA 4NPBA 2FCHA 2JSYA 2L59A 3DVWA 3C71A 4MDCA 4TVEA 3HVVA 2AYTA 2H19A 2YWIA 3G9BA 6GSVA 1A0FA 2C0EA 1WMJA 1EOGA 2GZYA 3D6IA 3VFIA 2L4QA 1FOVA 4MMMA 3FHKA 2YANA 2HSHA 2H72A 1O85A 3HJMA 1EGRA 2WDUA 3TKPA 5IPGA 2X8GA 5ID2A 1PSQA 2GT5A 4GSNA 4ECJA 1THOA 3H8QA 1PMTA 1DE1A 1UA5A 4BPYA 1MD4A 2DC5A 1OAZA 2R3XA 2DJ2A 2EIOA 3I6AA 3DXBA 1UC7A 1NHYA 4DEJA 1O6JA 2V41A 3GTUA 3HYPA 5KN0A 1NHOA 1M7TA 2RLIA 2PWJA 4L5OA 4V1Ag 4EL1A 2QKEA 1BX9A 4ZILA 2V2GA 1F37A 3GFKA 3ZITA 1SYXA 5J9CA 2JL4A 3GL3A 4HI7A 2HFDA 1SKWB 2IMFA 1XIYA 1A2LA 2GLRA 5JWRB 1LBKA 5F05A 3HY2A 4WETA 2DMMA 1XPVA 2QGVA 3DMLA 3GIXA 4F03A 4MZWA 3MNGA 3P8WA 4Q5QA 1Z6MA 2O85A 5J9BA 3I69A 5DVBA 2QSIA 2YZHA 1ZMAA 4TR0A 3RPNA 5IMCA 1K0NA 2VL9A 5A4WA 4XIHA 4QL9A 4E8HA 1PRXA 4KA0A 3MAKA 4F82A 2C0GA 2B3SA 2RM6A 2KOKA 3FR9A 4N10A 2F8FA 5ECKB 3LYKA 2ON5A 2NBSA 3NZNA 2FLSA 3UVHA 1H75A 4K7IA 1QFNA 1GLQA 3PGTA 1G6YA 3KXOA 3ZIVA 5LNKe 2H76A 2GTUA 1HQOA 3IAM2 3DVXA 4I6XA 3E9JB 2ALBA 2A2SA 3CTFA 3IRAA 3ZMKA 2FA8A 3D4TA 4YAVA 1JFUA 2E0QA 1SL2B 2GSTA 5B7CA 2KUCA 1A0RP 2IJYA 1ERWA 5CRWA 2WRTA 1XW6A 3FK8A 4XS4A 2H6XA 2H1DA 1I5GA 5A5KA 1FW1A 2NDOA 3TKRA 5HFGA 2H73A 3TGZA 1SENA 1S3AA 5DALA 1XWAA 3M8NA 2CVKA 1TKDB 4AJ8A 3J7Yk 3EWLA 4QQ7A 4OD7A 1XWGA 5CYYA 2C3QA 2BTOT 4EKZA 2F8AA 2VCWA 5CRHA 4ECIA 4RI6A 2TRCP 2IWTA 1XWBA 2VD0A 5ECRB 2RM5A 4PQHA 4LMWA 4KNDA 3WT1A 1FB0A 22GSA 1LJRA 3H4KA 4OCEA 5KEJA 3VWXA 1SK0A 4G19A 3ED3A 3RPPA 3GKMA 2VO4A 3GN3A 3EMXA 2AUVA 4XCSA 6GSSA 1BQ7A 2BJXA 3A2VA 4K0GA 3EYTA 5HR1A 2VAFA 1ERTA 1TRUA 5G5EA 1XBSA 2KP2A 3IC4A 4I5QA 4GTUA 1PL2A 3W8JA 4IQ1A 3TJBA 4KH7A 1PKZA 2FWHA 4RQRA 4X0XA 2DLXA 1QMVA 1WP0A 2GSRA 4G2EA 4D73A 4HS1A 3O3TA 3F4RA 1SD9A 2LUSA 3HXSA 4HZ2A 5E4WA 5J41A 1M2BA 3DEXA 1W4VA 3RHCA 4PNGA 4EO3A 5DCHA 5H5SA 1FHEA 5CAXA 1TRVA 3NIVA 4ZBBA 2IFQB 5D93A 2MMZA 2PVQA 1O7UA 1AW9A 3UARA 1UN2A 3UL3A 4J56E 5F06A 2PPTA 3GSTA 3GUSA 5AN1A 1ZCPA 3M3MA 4TXVA 1QUWA 1QXHA 3TKQA 1BEDA 4ID0A 1K0MA 5IMVA 3RBTA 2FWGA 1EOHA 4ECCA 4EC0A 2A2RA 3A2XA 4DSSB 2IMIA 3FR3A 1O8WA 3DRNA 5D73A 2ZUPA 3F6FA 4MP4A 3HZ4A 2YWNA 3GH6A 4BVYA 1SJZA 3AY8A 2F9SA 2HZEB 1HNAA 2H1AA 3LEFA 3UVTA 1WRYA 1U3IA 1BAYA 5GSSA 3KJYA 2FGXA 4MJEA 4JR6A 4MABA 3TOUA 3HDCA 4OO4A 5DJMA 2LS5A 1MEKA 3VPTA 4FO5A 3VURA 1EP7A 1VGLA 3IPZA 1HNCA 1FB6A 4HEA2 1DUGA 3MDKA 4MPFA 2GZPA 2B5EA 1O8XA 3KD0A 1MDKA 2D2ZA 1OKTA 2B7KA 1TOFA 2H66A 4RUVA 4O5RA 1G0TA 5GAPD 3CRUA 2C4JA 2I9HA 3LG6A 3E3EA 4NXIA 4N0VA 1GSDA 1TDIA 3KGKA 2RIIA 4OCFA 4TXOB 2H70A 2H8LA 4YQMA 1M2DA 2RUEA 4TW5A 1R4WA 1ST9A 5L71A 1UVZA 1JLWA 3I9V2 2O8VB 3VK9A 2LQOA 4TN8A 1S3DA 2C0DA 2VCVA 3EU4A 2H0IA 3CYNA 2GSSA 1TK0B 2JACA 3DGQA 1F6MC 4J2FA 3QDNA 1ACVA 1X9SB 5JWOB 4KCAA 4JE1A 4CHSA 5JWQB 1OC9A 2M72A 2TIRA 4KCEA 3KM6A 1VF1A 1G7OA 2ES7A 4NMUA 1JHBA 3FYGA 1WIKA 2H01A 2CZ2A 3VWVA 5GSTA 5COHA 4ACSA 1EV9A 4GSTA 3L9UA 3EVIA 1Z9HA 1CQGA 3CRTA 3FZ4A 1EV4A 1A8LA 4TR1B 3IOSA 1GP1A 3LFLA 5HR2A 3UBLA 4QL7A 3F0IA 3GHAA 4LA1A 2I81A 2MMAA 3EINA 1T4YA 2H0HA 6GSXA 3CXGA 2DIYA 3GA4A 4KX4A 3RHBA 3UEMA 3GKKA 4MJAA 1DE2A 4MJCA 2GVPA 2C3TA 2WULA 4O7HA 2Z9SA 3A3TA 2JZSA 5H5QA 2HE3A 4V1Ap 4BWQA 2TRXA 5F07A 1EEMA 4IS0A 1XOBA 1X5DA 2H6YA 20GSA 1OVNA 5D9TA 1T1VA 1K3LA 1OE8A 1AQVA 3UAPA 5DDLA 1DBYA 2OE1A 3G7YA 5G30A 2I4AA 5DAKA 2CX4A 1HNBA 1EZKA 2VCQA 3SWLA 2EC4A 2VM2A 3L0HA 2B1KA 1ZYEA 2VL2C 1GWCA 1FVKA 1SD8A 3FEUA 2JSZA 2WFCA 1PN9A 1X9MB 2V6OA 1WOUA 4IN0A 1ML6A 4K0NA 4I97A 1T8EB 1ZYQB 1SJ6A 2OKAA 2V6KA 2C1YA 3APOA 1XW9A 4ILFA 2CAIA 3LORA 1NSWA 2LSTA 3E0UA 2ZNMA 2IPAA 3HJPA 1B9XC 4YH2A 3BD2A 4XS1A 4Q5FA 1LU4A 1GRXA 2K18A 1TU8A 3FR6A 5IMAA 3KZQA 14GSA 1FVJA 1N2AA 6GSTA 4IJ3A 2OE3A 2WS2A 2MBTA 2NVLA 4KSOA 1PGTA 3IK7A 3ERWA 19GSA 8GSSA 3HVXA 1BJXA 1JZWA 3TKSC 1TJDA 2GGTA 4Z7XA 3HD5A 4GRFA 1AIUA 4LL1B 3CSJA 2K6VA 1OC3A 2YWMA 4JR4A 3KEBA 4YQVA 3DIEA 3FZ9A 3MSZA 4IKHA 3KH7A 1SL0B 2K8SA 4YQUA 4K1FA 1O81A 1FG4A 2LNSA 3F4TA 18GSA 5EL8A 3LSZA 1T00A 2OE0A 4KDYA 3DYRA 13GSA 2HRFA 1PD21 2YPMA 3D4MA 1HYUA 4TR4A 2GQKA 2LRTA 5ELAA 5IIZA 1K0AA 3APSA 5IO0A 4F9ZA 4PGTA 3P90A 3IV4A 4TR3A 4CDOA 4PX1A 1I9DA 1GSSA 3P2AA 1ABAA 1H4OA 1V57A 2FY6A 5INYA 5IMDA 4HUAA 2HT9A 4RQXA 3TDGA 3UOMA 4KSMA 1A23A 5ECQB 5FT3A 1E6BA 3NOFA 4K9ZA 2OADA 5AIXA 2DSAA 4FH8A 4O32A 2C0FA 2X8CA 2LJRA 1XVWA 2LNTA 1N8JA 4ULXA 4HJMA 2H71A 4PQIA 1RQMA 1GTBA 4MF7A 2YV9A 4MF5A 3K8NA 1A24A 2FNOA 2YJ7A 1WJKA 5ECLB 4TRXA 1GUMA 5JCWA 3HVSA 1Z3EA 1GH2A 3HZ8A 1MDIA 2WGRA 2WCIA 5ECMB 3W8SA 5DQYA 5FHIA 4TOPA 3IHQA 3N5OA 4GCIA 2CV4A 3QAVA 3TRXA 4HU7A 3UJ1A 3L4NA 5D9WA 1GUKA 2XHFA 1TK5B 1JZOA 1SK2A 4Q5RA 3L9SA 1M0UA 1GTUA 3ISOA 4MCUA 1GSQA 5A4VA 2IMKA 5JCUA 3TJFA 3F4SA 4DVCA 3DWVA 3PH9A 3GV1A 2IL3A 5ID2B 2LTKA 1PL1A 3ERFA 4IGJA 2VL2A 3L9VA 2CAQA 4V2MA 5KN1A 4F2IA 2CZ3A 1ILOA 1U87A 2XC2A 2CQ9A 1K0BA 2PBJA 4GF0A 3L78A 2E7PA 4OO5A 2DJ1A 2VLTA 5DBQA 3C7MA 4ZL9A 5HQPA 3WGXA 4L5LA 1U3AA 2X64A 5ENUA 1Q98A 3GTUB 4NV2A 4RI7A 1VF2A 3HJOA 1PA3A 1KBNA 3QFBC 3O6TA 3TCOA 4WKWA 3EU3A 2FUG2 1JLVA 2FHEA 10GSA 4DSQA 2J23A 1YKAA 2KLXA 3APQA 4ISDA 3N9JA 2L4CA 5CNWA 2OBIA 3G7JA 5IMFA 3C1SA 3LXTA 3KP8A 5JCGA 2WB9A 4X43A 1YY7A 1AXDA 4E8EA 5G2ZA 1TK8B 1TU7A 1ERUA 3KTBA 1T3BA 4X1UA 1Z7RA 5GZZB 3GX0A 4NV5A 1TRSA 3ZZXA 1WWJA 3MWHA 3GKNA 3IBHA 1G7EA 2H0GA 4IQAA 1V40A 3TKSA 2E2MA 2PMTA 1YF1A 5A4UA 3US3A 3HKRA 4MK3A 3C8EA 4KE3A 2YP6A 5FWGA 1RK4A 1TI3A 2HRNA 2AV4A 2F3MA 3J7Yb 2REMA 2P31A 1ON4A 3M0FA 3LJRA 4GLTA 3TJJA 1WPIA 4AJ6A 4JRRA 4AGSA 5AISA 3EURA 1KEBA 3F63A 3BBYA 2LKUA 4MA9A 2BMXA 2ON7A 1SYRA 4FYCA 1V9WA 2HYXA 5DCGA 4OFTA 3ZVJA 4XS4B 3F6DA 1Y6EA 2WZ9A 5D9VA 2HZFA 3CSIA 2YWOA 2VCXA 1GTIA 3Q74A 3QPMA 4EUYA 1V2AA 1M9AA 5DALB 3M9KA 4O92A 2VM1A 3UBKA 1EGOA 2R4VA 2QC7A 5F0GA 3GL5A 1YDKA 3DD3A 3LYPA 4XHMA 1F2EA 5ABRA 2G0FA 1AC1A 1GSFA 4BWSA 3IK9A 2H1GA 3SBCA 4KDXA 4ZBAA 4WF4A 5EPFA 1ZL9A 5G5FA 1GNEA 2P5RA 2HI7A 1AQWA 2DJKA 4I2UA 1THXA 2HXKA 1A2MA 4V2LA 3QR6A 3LGCA 4ZBDA 3ZL5A 3LXZA 1R7HA 1YQ1A 2AAWA 3ZTLA 5IM9A 2N5BA 4N0ZA 3ZFLA 1T4ZA 3DKSA 2R2JA 3GSSA 5D96A 2AB6A 4POKA 1M99A 1SU9A 1K3OA 1U6TA 2PERA 3TRPA 2DMLA 4D73B 5H5RA 5CRGA 5G31A 3ME7A 3KCMA 1B8XA 3ZRDA 3VI7A 2YN1A 5EVOA 2LEGA 3F9UA 5G1KA 2VCZA 3IE3A 3ZIJA 2VLVA 1A8YA 1S3CA 3VPQA 5DQSA 2R5GA 3C1RA 2HNLA 4K6XA 2FWFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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