1SKRB

T7 dna polymerase complexed to dna primer/template and ddatp
Total Genus 25
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
25
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Nucleotide insertion opposite a cis-syn thymine dimer by a replicative DNA polymerase from bacteriophage T7.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/electron transport/dna
source organism Enterobacteria phage t7
molecule keywords 5'-D(*CP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*C*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*C
total genus 25
structure length 105
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1skrB00
1E6BA 4GTUA 3GFKA 1VF2A 3KP9A 2LKUA 1R5PA 4OMVA 4GWRA 4KE3A 5B6NA 2AAWA 2XHFA 4OWYA 1H4OA 4XS1A 4TXVA 5J4UA 4XRAA 1U3IA 3IDVA 4ZILA 1O7UA 1PA3A 2OJLA 3L9UA 4JR4A 3G7IA 1JLWA 3IR4A 3GSTA 3GX8A 1WMJA 3CTFA 1XVWA 1GP1A 1OKTA 4PQIA 3F4RA 1GSUA 4KB3A 5HQPA 2AV4A 2H76A 2YWOA 4RI6A 4OCEA 3L4NA 1M2DA 1MDIA 5G1KA 12GSA 2GVPA 4RQRA 3DIEA 3VWXA 2HT9A 1GNEA 3CSIA 1QQ2A 2LJAA 1J08A 1GTUA 2MBTA 3HVXA 1GL8A 3A2VA 2QGVA 4HDEA 2DLXA 1PRXA 2IMIA 2K8SA 2WDUA 2YPMA 1O73A 1OYJA 2FHEA 1TKDB 3ERWA 2WRTA 5CRDA 2YNXA 3FKFA 4OCFA 3WT1A 2JL4A 4ECIA 2C0FA 4LA1A 1X0RA 2V1MA 2G0FA 1PX6A 3I43A 2K18A 5A4UA 3EMPA 3TGZA 1A8YA 3WYWA 2LQOA 3APOA 1U88A 2RM5A 1GUMA 4K8MA 2B1LA 1V40A 3UAPA 1XBSA 3BBYA 2I9HA 3RAZA 1ZYQB 1WRYA 5IMZA 2GGTA 4WETA 4DSRA 4YH2A 2H70A 4EKZA 5LCZA 4WF5A 3HD5A 3DEXA 3CBUA 5F8BA 1NSWA 1TK0B 2PU9C 1TK8B 3IAM2 2H0IA 3LORA 2YWNA 2FWHA 2A4VA 5IMAA 2O7KA 3KH9A 3WD6A 1TTZA 1OC3A 1ZMAA 5FWGA 3ZIVA 3AY8A 3US3A 1B8XA 1BAYA 4K7OA 1GSYA 1EWXA 5DDLA 4K0NA 4MF6A 2K8VA 5FHIA 2HSYA 3UIWA 2CT6A 3IAS2 4IQ1A 5ABRA 2PVOC 4GRFA 5ECKB 1U87A 1MDKA 3UMAA 6GSSA 2H75A 4XIHA 1F37A 2AB6A 2VL3A 1R4WA 2HLSA 5ID2A 3KZQA 1JHBA 2LUSA 2PPTA 2L6CA 1SL1B 5LD0A 5G2ZA 14GSA 2VLUA 3HJMA 1DE2A 5DCHA 3RHBA 1WIKA 2WZ9A 5AIXA 2MYGA 3RPNA 1KBNA 2IN3A 2M46A 4BVYA 5KN0A 1WWJA 1U3AA 4X43A 3EURA 3LFLA 3LXZA 4CHSA 4HQSA 4K0GA 5JCWA 5D9TA 3UARA 1MEKA 2OKAA 4DEJA 3R2QA 2DJ1A 1QFNA 2H1DA 2P5QA 1BX9A 1NHYA 2H74A 3F4TA 2BTOT 2HNLA 1S3CA 5ECRB 7GSSA 1EV4A 3F0IA 2FWGA 4RUVA 4KSOA 3QOUA 3D5JA 3FR6A 5HR2A 3ZIJA 4PX1A 2JADA 1SYRA 5IM9A 1GSDA 3VWUA 1FB0A 3DGQA 4AJ7A 2ALBA 2VIMA 3TCOA 1ZYEA 1U6TA 1A23A 3CSJA 1RW1A 2NTOA 1A2MA 4JZQA 1A0RP 3HXSA 2NBSA 5G30A 1M2BA 5ENUA 2VCVA 1SJ6A 3RBTA 4CDOA 1MTCA 3DMLA 1XIYA 4WBJA 2YJHA 3F3RA 3GL5A 4MMMA 1YEXA 1GH2A 4O7HA 1TOFA 3D0ZA 1T4YA 3CRTA 1ERUA 1AIUA 4WR4A 3G9BA 1K0CA 1QK8A 2P0GA 3D21A 3HJOA 2C4JA 2FY6A 4MJEA 2IJYA 5GZZB 3APQA 1WE0A 3TRPA 2VCWA 1A2JA 4JRRA 5H5RA 1M2AA 1TU8A 2GDRA 1G6WA 4GF0A 3GIXA 3HA9A 1V57A 8GSSA 4PQ1A 3L9VA 2KP1A 1JZWA 3DKSA 4ZXGA 4L5LA 5CRGA 5HR1A 3GUSA 4TKYA 4NMUA 3FZ4A 4K7IA 2AJQB 4IJIA 1JZDA 1Z6MA 1IYIA 3KJYA 3CRUA 5HR0A 2ES7A 1GUKA 1YF0A 1N2AA 3M0FA 4POBA 3ZREA 3ZFBA 3QAVA 4IQAA 3HZ4A 3TJFA 1TW9A 3EE2A 3LEFA 3IHQA 1M0UA 4MZBA 2OACA 2XBQA 5B8AA 4MJCA 3GKXA 2RUEA 2GZZA 2VAFA 3HJPA 1ON4A 1MD4A 1PMTA 1T4ZA 1V98A 2CZ2A 1TU7A 4IELA 5ECPB 4HOJA 3TRXA 3QAGA 5GSTA 1G7EA 4IBPA 1AAZA 4F82A 2IMDA 2FWEA 2X8CA 5A5KA 4HEA2 1BG5A 3APSA 1ST9A 2AUVA 1B48A 5LNKe 1WP0A 3CTGA 3H79A 2XBIA 5ECSA 2K9FA 5JCUA 4P3YB 3P90A 4QL9A 1ILOA 1URMA 5EY6A 3ISOA 4OFNA 3GMFA 1XPVA 1WPIA 5CO3A 5D9WA 2B7KA 1FOVA 1YQ1A 4KGIA 2OE0A 4XCSA 1SD9A 3K8NA 1X9SB 5F07A 2EIQA 4WXTA 20GSA 1XWGA 2HE3A 3IK9A 1B4QA 13GSA 1ERTA 1HNBA 4KUNA 2DIZA 3TKPA 4MCUA 2KUCA 1VGLA 4WF4A 4F03A 4LMWA 1PL1A 3KMOA 4FYCA 2X64A 4YAPA 1GRXA 3BOAA 4ZL8A 4KCAA 3E0UA 2GLRA 3E3EA 2ZUPA 4IVFA 4BWQA 3C7MA 4BPYA 3KP8A 1RK4A 2DSAA 1XWKA 3M8NA 2CX3A 4PQHA 5G1LA 3TKSC 5AN1A 4I5QA 4HJMA 5F06A 3ME8A 3BD2A 3A5WA 4MJAA 2AHEA 5ECOB 2QSIA 4V1Ag 2J23A 2CVDA 4I97A 4I2UA 3GX0A 1OVNA 2B7JA 4G19A 22GSA 3H4KA 1O6JA 3HVSA 1XW5A 5DAKA 4J2FA 3FZ5A 4POKA 3IA1A 3FW2A 3FZ9A 1TK5B 1DE1A 1THXA 2H72A 2L6DA 2JACA 5JCGA 2B3SA 1M9BA 3GURA 4NXIA 2DJKA 5L71A 4KX4A 4D73B 4LLRA 1GSQA 3M3MA 4F9ZA 1SD8A 6GSUA 3F8UA 1NW2A 5IMFA 1K0DA 1OC8A 2L5LA 1GTBA 3HDCA 2FA8A 2VD0A 2VM2A 2YV7A 1OAZA 4ULXA 4MDCA 5E59A 2CQ9A 3QMXA 3KTLA 2VCZA 4BA7A 4EO3A 2IIYA 1ZL9A 3TKSE 2LJRA 3F6DA 4TRXA 4MA9A 1K0OA 2R2JA 3ZMLA 3KTBA 1XZOA 1FHEA 3VFIA 3PH9A 5IMDA 3W6GA 1Q98A 2H30A 2CX4A 3TOUA 5EPFA 5ECNB 2DJ2A 3SBCA 4XS6A 5IMVA 2JZSA 2VCQA 1YEPA 3KXOA 5DCGA 2VLVA 3ZL5A 3MAKA 5HR3A 2HXKA 1R26A 2VCXA 2KOKA 5DVBA 1Z3EA 2L59A 1XW6A 2BJXA 4KA0A 4TW5A 5D73A 4I8BA 3BCKA 4EVMA 3NZNA 3LGCA 1HNCA 2LEGA 3DYRA 1A0FA 4EUYA 4V2NA 4ILFA 5A4VA 1TI1A 3I69A 3HVVA 4POLA 1GULA 3IOSA 2DJJA 4N10A 3TKRA 3GH6A 2V6KA 4KW6A 3QR6A 3UJ1A 2MMNA 3WGDA 1SKRB 1PKWA 2FD3A 3KMNA 1GTIA 1K0BA 5IO0A 1VF3A 3UVTA 3GNJA 2H71A 4GSTA 2H19A 1YKAA 5DAKB 2MMZA 2PUKC 4MH3A 5A4WA 3GTUA 3TKQA 4NHWA 3M1GA 3H8QA 2H1AA 1BJXA 5B8BA 2R5GA 1SKWB 1FVKA 2IL3A 1Y25A 4V2MA 5J5NA 2WB9A 3F9UA 4E8HA 2IPAA 4POMA 1VRSD 1H75A 11GSA 2RLIA 1I9DA 4MK3A 3L0HA 3DXBA 3NOFA 2KLXA 3OR5A 2VLTA 9GSSA 1ACVA 4DSSA 4PURA 2H6YA 3GV1A 3ZMKA 6GSXA 4EE0A 3P7XA 4MF5A 5H5SA 2GT5A 3WT2A 1Y6EA 2LJKA 1ZOFA 3EU4A 1PX7A 2FUG2 3DVWA 1O8WA 1GSSA 2F8FA 5HFIA 1SL0B 2R4VA 1ZGNA 2K6VA 4PNFA 2NDOA 2WS2A 4GXZA 1TDIA 1SJIA 4ACSA 2IMKA 5EVOA 4N0ZA 1JLVA 4N0VA 1GLQA 1HYUA 4OO5A 4J56E 3HHVA 4ZB9A 2VL9A 2I3YA 4JE1A 2PBJA 4IGJA 1OC9A 2IFQA 4ZB6A 3O3TA 4TR0A 3EMXA 4HU7A 1VF1A 2CAQA 4O92A 2CAIA 4BWSA 2VO4A 4F0BA 1S3DA 1G6YA 5J3RA 1AXDA 1ZZYA 2JZTA 4PXOA 1WJKA 2GZPA 4NWYA 4NAXA 1FVJA 5IMCA 1HNAA 2HI7A 2YANA 3G7JA 4PNGA 4J57E 1ERVA 5B7CA 1WOUA 4ECCA 4MLYA 2CA8A 2DC5A 2H1GA 2YN1A 4KAEA 4PGTA 4DVCA 2MBSA 3ZVJD 2CV4A 2MMOA 2GSRA 5CREA 2WULA 3GTUB 3FR9A 1RQMA 2HSHA 2R37A 3TJBA 2NPBA 4L0WA 2DMMA 3M9JA 5D8IA 2C1YA 5D96A 1YZXA 3Q18A 3LJRA 5CRWA 1B4PA 4WEYA 3F3QA 1K0NA 1SYXA 1OE8A 4Q5NA 1THOA 1USBA 2V32A 1TI3A 5CRHA 2WCIA 2IMFA 1SK1A 4DSSB 1NM3A 2PERA 4ZBAA 3CMIA 2C80A 1ABAA 2GS3A 3E9JB 4O32A 4KSMA 4NHZA 2F9SA 4KCEA 4L8EA 1EP7A 1XW9A 2C3QA 4RQXA 2TRCP 3LYPA 5JWQB 2ZNMA 1GSEA 5C00A 2PMTA 4ZBDA 3G7YA 4IP1A 1F6MC 2OE3A 4X1UA 5J9BA 4EF0A 1TRSA 4BL7A 3VPQA 3N5OA 4ID0A 3TB2A 5DJMA 2FGXA 2F3MA 2EIOA 4LL4B 1X9WB 1OC9B 3DRNA 1AC1A 2IFQB 1BYEA 4TN8A 5CNWA 5DBQA 1BEDA 5IIZA 1AW9A 2E0QA 2WGRA 1YY7A 2OBIA 4IS0A 1X5EA 1GUHA 1K0MA 2GQKA 1R5AA 3GH9A 1W4VA 1K3YA 2OBKA 3PGTA 1B9YC 1K0AA 5ECQB 4D73A 4Q5QA 4XHMA 4KDUA 4ML1A 2C8UA 2EIRA 3LSZA 3DD3A 3FY7A 1PGTA 3ZTLA 1MD3A 2HZEB 2KHPA 2P5RA 2C0GA 5IPHA 3I6AA 2YV9A 4TXOA 2M72A 3ZZXA 2LRCA 4IJ3A 1EGRA 2LRTA 3C1RA 3O6TA 5HFKA 4EXJA 6GSWA 1LU4A 4GCIA 4QL7A 2TRXA 1X9MB 2DJ3A 3VLNA 3C71A 4KNDA 1V2AA 2CVKA 2RIIA 4PUFC 4ZBBA 1TXXA 3P8WA 2DJ0A 1F2EA 4PUAA 2GZYA 3U6VA 5AGYA 3UBKA 4RI7A 1OKDA 4HZ4A 4IN0A 3LWAA 4F0CA 4GLTA 1FO5A 1UVZA 2GTUA 3EYTA 1V58A 4V2LA 2L5OA 2OE1A 4H86A 1NHOA 5CYYA 1ERWA 3ZFLA 4MJBA 1O8XA 2I81A 2R3XA 3CYNA 1J0FA 3W8JA 1T8EB 4EDZA 2YWIA 4IHUA 1G0TA 4O5RA 2RUFA 3D4TA 5DJLA 1PD21 5GAPD 4MPFA 1M7TA 4WKWA 5D93A 3EC3A 1Q4JA 6GSTA 2VUPA 3M9KA 4GSNA 5G5FA 5DQYA 4MF7A 2LS5A 5D9XA 3VWVA 1FB6A 3P2AA 1X5DA 2BMXA 3HKRA 3VURA 4OD7A 4GSSA 1DSBA 1EEJA 4MZCA 2LRNA 1V9WA 1X5CA 1AQXA 2YWMA 4ZL9A 1OE7A 1KEBA 2CZ3A 1KNGA 2H6XA 3TJGA 2N5BA 2E2MA 4AJ8A 2MMAA 1K3OA 3LYKA 5HFGA 3TJJA 2H0GA 4MPGA 3Q19A 1UA5A 1A8LA 1R7HA 3FYGA 4YQUA 4EL1A 4TXOB 3SWLA 1EEMA 3MDKA 5JWRB 4KH7A 4E8EA 3HZ8A 4TR4A 3WGEA 4GQFA 2L57A 4N30A 1AQWA 4OFMA 2F8AA 1SU9A 3GKMA 4OFTA 4TR1A 1K3LA 1PN9A 3KGKA 2GSQA 1T3BA 1S3AA 5IO2A 2PGTA 2GQMA 2A2SA 3UBLA 3PINA 5EL8A 2VCTA 6GSYA 4GQCA 4F2IA 4HUAA 3DVXA 3A3TA 4HZ2A 2HFDA 4N11A 1M9AA 5C04A 4LL1B 2L4CA 3KCMA 3C1SA 1YF1A 1PKZA 3H1NA 1LBKA 1EZKA 2YZUA 4Q5FA 3LQ7A 4ML6A 4AF2A 5IQYA 2X99A 3KM6A 1TRVA 5FT3A 2HRNA 2O89A 2JSZA 2RM6A 3QAWA 3DWVA 3GSSA 4ECBA 3GKKA 1HQOA 2QKEA 3L9SA 1O81A 1JFUA 2VM1A 2VL2A 3KIJA 4NV5A 3V1WA 1XWCA 2FWFA 2C3TA 5IOXA 5DALA 4IW9A 3FK8A 4MP4A 3H93A 4WBRD 1Z7RA 5AISA 2QC7A 1J9BA 4V1Ap 5ECHB 1UC7A 2XC2A 1T1VA 1F9MA 3HCZA 1A24A 3RPPA 2TIRA 4FYUA 1SENA 4JEDA 1ZCPA 3IE3A 3GYKA 1T00A 2N5FA 4Z7XA 5GSSA 2VD1A 1GTAA 19GSA 3ED3A 1TP9A 3TRQA 4MABA 1ML6A 1PSQA 1YJ6A 3C8EA 3VI5A 3IBHA 4K6XA 3CXGA 2O8VB 1O85A 1Z6NA 2H01A 3QD9A 3GHAA 10GSA 1VF4A 2H66A 3RHCA 2C3NA 1IYHA 3ZRDA 2A2RA 5J9CA 4TR3A 5ECLB 3EU3A 5ECIB 1W89A 2LNTA 4TR1B 4LMVA 1YKCA 4FIWA 4G10A 4IKHA 1EOHA 2H6ZA 3UOMA 4MZWA 4YQVA 5KN3A 1LJRA 3W8SA 2WJUA 2I4AA 3C73A 2ON7A 1EOGA 1KTEA 1TJDA 4JR6A 4CW9A 1XWBA 1SJZA 1Z9HA 2DMLA 3J7Yb 5F05A 3TUEA 2PVQA 5JWOB 1SL2B 3F4SA 2V6OA 4XS4A 4K9ZA 3IC4A 5INYA 3VWWA 4NPBA 3TJKA 2FCHA 1EGOA 2G2QA 3KEBA 1B9XC 2M80A 3QCPA 2LV3A 1GNWA 2GT6A 1N8JA 4FYBA 3S9FA 5IPGA 2E2GA 4L5OA 1PL2A 5KN1A 2N5AA 3N9JA 3Q74A 1QUWA 2C0EA 3ZLPA 2VL2C 2YZHA 2E7PA 3CSHA 2HYXA 3D4MA 4JBBA 2DBCA 3QFBC 5ELAA 2MZCA 3FHKA 16GSA 3MNGA 2FA4A 1JZOA 2O85A 5DALB 3JCML 1I5GA 3Q6OA 2H1BA 2O87A 2X8GA 2X8HA 3ERGA 2FLSA 1GLPA 2HZEA 1HD2A 2OADA 1TRWA 3IPZA 2GSSA 2I1UA 3F63A 1XVQA 1FW1A 3HY2A 2YJ7A 1MDJA 4G9HA 3ME7A 3MSZA 4K7NA 2JZRA 5KN2A 3QFAC 4OO4A 2OA7A 1F3BA 4XRDA 3ERFA 1EP8A 1QMVA 2PN8A 3RDWA 3KD0A 3U5RE 2VOCA 3O76A 3HYPA 1F3AA 5CAXA 4FH8A 2AYTA 3IRAA 4NV2A 18GSA 2DIYA 2HRFA 5GAND 5G5EA 2CVBA 2J9HA 2JSYA 2GSTA 3WGXA 5ID2B 3LXTA 4HQZA 3IK7A 5H5QA 4HI7A 4K2DA 4KDYA 3GN3A 1XOBA 5DQSA 1XFLA 4AGSA 5COHA 2H8LA 3BJ5A 2LNSA 2R6KA 1A2LA 2REMA 3MWHA 3BCIA 1SK2A 3IXRA 1BQ7A 2LQQA 1DBYA 4WR5A 1XOAA 2B6MA 5F0GA 4AJ6A 4XTSA 1SK0A 1Z7PA 2LSTA 4XS4B 1AQVA 3FZAA 3KH7A 3UVHA 2D2ZA 4JU5A 1YDKA 4EC0A 3ZYWA 2V41A 1T7PB 4YQMA 1XWAA 5KEJA 4X0XA 5CP1A 4BVXA 1QXHA 3TKSA 1GSFA 3EINA 3FR3A 1E2YA 1XCCA 1M99A 3J7Yk 4L0UA 3TDGA 4KDXA 4HU9A 2Z9SA 3QDNA 2XPDA 5AIVA 3D22A 2ON5A 2XPEA 2B5YA 4HJ2A 4FO5A 2B5XA 5B6MA 3FRCA 4ISDA 1TRUA 2IMEA 5G31A 3A2XA 3IV4A 4MH2A 1XXUA 1FAAA 3GL3A 2B5EA 3QPMA 5D9VA 2HZFA 3GRXA 1FG4A 2KP2A 2B1KA 3NIVA 1JZRA 3TOTA 3D6IA 4Q5RA 1CQHA 17GSA 2GQLA 2YCDA 4EDYA 2ZCTA 4QQ7A 5ELGA 4HS1A 2PWJA 3EWLA 2F51A 1PQNA 1QGVA 5ECMB 4TOPA 5IOWA 4TVEA 5E4WA 4I2TA 2EC4A 4IP6A 2WFCA 4DSQA 2YOIA 3ZVJA 3FEUA 1UN2A 4ECJA 3PR8A 3F6FA 3VK9A 2FNOA 1C72A 3ZITA 1AUCA 2H73A 3L78A 6GSVA 1G7OA 2P31A 2JU5A 1Z5YE 3GKNA 3A2WA 3VI7A 4ZB8A 3GA4A 2L4QA 3UL3A 2LTKA 2H0HA 2C0DA 3LG6A 3EVIA 1EV9A 2YP6A 4ZIJA 3VPTA 4YAVA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
How to cite