1SKWB

Binary 3' complex of t7 dna polymerase with a dna primer/template containing a disordered cis-syn thymine dimer on the template
Total Genus 30
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
30
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Nucleotide insertion opposite a cis-syn thymine dimer by a replicative DNA polymerase from bacteriophage T7.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*CP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*C*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*C
molecule tags Transferase/electron transport/dna
source organism Enterobacteria phage t7
total genus 30
structure length 105
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1skwB00
2X99A 1X5DA 5J9BA 3KGKA 5IMCA 5ID2B 1YQ1A 2K8SA 3RPNA 3UJ1A 1YKAA 1XIYA 2C3QA 5LCZA 2VCWA 2RUEA 2F3MA 3FZ5A 3FR3A 3ERFA 2GQMA 4K9ZA 4N11A 1FAAA 4PUFC 3O76A 2AAWA 5A4VA 1VF2A 3BOAA 1AIUA 1OKTA 1TXXA 5C00A 5B8AA 1NHOA 5KN1A 3GH6A 3UMAA 1PD21 2AHEA 1BG5A 1EEJA 5COHA 3C1SA 1R5AA 1T4ZA 2VCTA 4IS0A 4POKA 2H6ZA 1A2LA 1UVZA 2GSRA 3GSTA 2CVBA 2H6YA 1S3AA 1MDJA 3G7JA 4GRFA 5ELGA 5DJMA 4F0BA 4ZXGA 4EDZA 4XIHA 1K0OA 1OAZA 2VL2A 1AUCA 4TVEA 2M72A 1O8XA 2HXKA 2QKEA 4KCAA 5HFIA 1GUKA 3IOSA 1BJXA 2CAQA 1B8XA 3D4MA 4XRAA 4AJ8A 2VCVA 3GIXA 2B5EA 3PR8A 2DJ3A 1HNCA 3IR4A 2AB6A 5DCHA 4TR1B 3GHAA 5CRHA 3RPPA 1PL1A 2HSYA 5DQYA 2L4CA 3KMNA 3APQA 2FNOA 3Q6OA 2GT5A 2IMEA 14GSA 4E8EA 1ZYQB 1GTBA 3IV4A 2GZZA 5DQSA 3KH9A 5DALB 1U87A 1DE1A 2TRXA 3C1RA 1PRXA 3HJPA 1HNAA 2H8LA 4RUVA 2X8HA 2ZCTA 5IMAA 3GX0A 3I6AA 4TXVA 2C0DA 3P8WA 2NPBA 4LMVA 2LJKA 4KX4A 5IPGA 4WKWA 1RK4A 1F3AA 1XZOA 2FCHA 2YP6A 2WRTA 5G2ZA 5ECHB 5B6NA 2G0FA 3IAS2 4KSMA 4JE1A 1ERTA 3GKMA 1WPIA 2X8CA 1WWJA 2O7KA 1Z9HA 3CTGA 2LNSA 1ZCPA 4WBRD 2YWIA 4IP1A 2PPTA 2VCQA 4DEJA 2EC4A 2ZUPA 2C1YA 2R5GA 3IPZA 2XHFA 4BVXA 1K0CA 3MAKA 2R37A 2GS3A 2DJJA 1EEMA 3F4SA 1TKDB 2VAFA 3W8JA 1A8YA 3F6DA 3QCPA 5DBQA 4ZL8A 2AUVA 5A5KA 4GXZA 3CXGA 3PINA 3AY8A 1MD4A 1SL0B 3A5WA 3DD3A 1SU9A 4KNDA 5IMDA 4YQUA 4X43A 1XVWA 3ERGA 4KDXA 2V41A 2N5BA 1E6BA 1K3YA 4MF6A 3M0FA 3DWVA 1OVNA 2LTKA 5CAXA 5E4WA 4GTUA 4KH7A 2H01A 3W6GA 1M0UA 3S9FA 2WGRA 3NZNA 2B1LA 4IQ1A 4WR4A 4TXOB 2VD0A 1F9MA 2OACA 2LUSA 5ABRA 4WXTA 3QMXA 4L0UA 4K2DA 1Z7RA 3F3QA 1GUMA 10GSA 2ON7A 1XOAA 2VLTA 2LRNA 3TOTA 1JHBA 1A24A 2HE3A 2IJYA 3QAWA 2YZUA 1QQ2A 1JZDA 4PQ1A 1M2BA 4KE3A 1MDIA 4POBA 3W8SA 4FO5A 4AJ7A 2FY6A 1TI3A 3C7MA 3LSZA 4WF4A 3GUSA 1A0RP 2YANA 3UIWA 2IFQA 4Z7XA 3O3TA 3G7IA 4KGIA 2C0GA 5GSTA 3US3A 2I1UA 2H73A 4OMVA 2I9HA 3EINA 2B3SA 4LLRA 1SL1B 1FB0A 4GWRA 3QR6A 2H75A 2LV3A 3TRPA 3DEXA 3ERWA 1YZXA 2MBTA 2YOIA 4N0VA 2DIZA 1I9DA 3P90A 4ECJA 5G5EA 1O81A 1PL2A 4NWYA 3A2VA 4CDOA 5J4UA 1T00A 2I3YA 2JADA 4AF2A 2LKUA 3NOFA 5HQPA 1MTCA 4EUYA 3LJRA 3F4RA 4TW5A 3KIJA 3CMIA 5D73A 3L78A 3QFAC 5JCUA 5IMVA 5CP1A 4ZB9A 3Q74A 2CVDA 5CRGA 4PGTA 3F0IA 3TRXA 2H0IA 1NM3A 2HYXA 2RM6A 1R26A 1QK8A 4HU7A 3TKRA 1A8LA 3KCMA 4D73A 4MP4A 4GF0A 1M7TA 2MYGA 2H71A 4KDUA 2IPAA 2E0QA 1PQNA 1B9YC 2X8GA 1TW9A 1AW9A 5IOWA 4V1Ag 1GSUA 1GNWA 2DLXA 5FT3A 3TCOA 2ZNMA 3APSA 1K3LA 1N2AA 2I4AA 1ACVA 3TJJA 1W4VA 3QDNA 1E2YA 4K7OA 4V1Ap 2DJ1A 3CBUA 1G7OA 3LQ7A 2VLVA 4EF0A 1F2EA 4WF5A 3ZVJD 2NBSA 4HOJA 4ECBA 4HS1A 3D4TA 2R6KA 3QAGA 2XBQA 6GSWA 3WGDA 4HJ2A 2LQOA 3KTLA 4JZQA 4GQCA 3DRNA 5D9VA 3VWWA 4MPGA 3C73A 2L6DA 2MMOA 4IW9A 5ECRB 4HI7A 3WT2A 3IRAA 1ERUA 5DCGA 5ECPB 5JCGA 2ON5A 4QL9A 3GA4A 3VFIA 1F6MC 2LRTA 5JCWA 1A2MA 1MEKA 2J9HA 3EWLA 5F0GA 4QQ7A 1FVKA 5IQYA 2OADA 2O85A 4BPYA 2CZ2A 1X9MB 2V1MA 4MH2A 4O92A 4YQMA 1XWAA 2WFCA 1OE7A 3UVTA 3GN3A 3IBHA 3HVSA 1TK8B 5G1KA 4EC0A 2HSHA 1WRYA 2K8VA 5H5RA 2KHPA 4JU5A 5AGYA 4J56E 3TUEA 8GSSA 4OD7A 1ERVA 1OC8A 1NHYA 4XCSA 2R2JA 2DJ2A 4MZBA 1GRXA 1GSQA 5IM9A 4PNGA 3GNJA 4RI7A 5F07A 1PN9A 3HKRA 4OO4A 3EC3A 1ILOA 4L5LA 1V98A 3DVXA 1C72A 4MLYA 2P5RA 1TDIA 2B7JA 1KEBA 3I9V2 2H0HA 1PKZA 1AC1A 2QGVA 1HQOA 1XOBA 4V2MA 3M9KA 2E7PA 3VWUA 3VI7A 2B6MA 1OC9A 2A2SA 2JSZA 2DMMA 1X5CA 5DVBA 2FA8A 4GSSA 4GCIA 16GSA 4I6XA 3QPMA 6GSUA 4MMMA 4TR0A 1XBSA 2PU9C 2I81A 4ISDA 3D22A 2IMIA 4AGSA 2YJ7A 5G30A 3GTUA 2IMKA 1K3OA 1WE0A 1GUHA 2F8FA 4H86A 5D9XA 2HNLA 3UVHA 4V2NA 1IYIA 3ZZXA 3ZFBA 4TRXA 1K0MA 2GZYA 2GSTA 3D0ZA 1GSFA 3F6FA 3TJGA 4I2TA 3VPTA 1SJIA 2LRCA 1XWCA 5CYYA 4GSTA 3APOA 2JACA 4GSNA 3J7Yb 3CYNA 3FK8A 1EOHA 1XW6A 3P7XA 4KSOA 2PVOC 4YH2A 4CW9A 2KP2A 3M3MA 2C8UA 1GSSA 1T3BA 2H0GA 2TRCP 4EL1A 5DAKA 1Q4JA 2LEGA 4FYUA 3HDCA 2C3TA 1T4YA 1R7HA 5JWOB 3WYWA 9GSSA 1EGOA 1GWCA 3FZ9A 2VOCA 3TDGA 3KD0A 4I2UA 2VL9A 3M8NA 3J7Yk 5IIZA 5HR1A 1SD8A 4OCFA 3L9SA 3GMFA 1GLPA 4X0XA 1A2JA 2DMLA 2HRFA 4O32A 1K0AA 1TJDA 4D73B 4K0GA 3IAM2 2EIQA 2VL2C 2VIMA 3NIVA 1QMVA 3PH9A 1THXA 3HY2A 2HI7A 5B6MA 4KAEA 4NHWA 1S3CA 1OE8A 2JZTA 3ZMKA 2O8VB 2C4JA 3HA9A 2LJAA 1DSBA 1YF1A 4F0CA 4K1FA 5CNWA 4MZCA 2CAIA 5ECKB 3ZTLA 2GZPA 1XWBA 4IN0A 3FRCA 3F4TA 2ES7A 3CRTA 5KN0A 2YNXA 4DSSA 3H93A 4NV2A 2YWNA 2GSQA 4JBBA 1WJKA 3EVIA 4HZ2A 2C3NA 3VI5A 3KP8A 2HLSA 2C80A 4HU9A 2PVQA 3EYTA 1OYJA 4Q5QA 1ON4A 4OFMA 2N5AA 1EWXA 5GAPD 2GSSA 3UARA 2LSTA 2FWGA 2GDRA 2NDOA 1M9BA 3LXZA 4ULXA 4XTSA 3LGCA 4ZL7A 1TRUA 1SK2A 3F8UA 1T1VA 2M80A 2FD3A 5ECMB 3ZVJA 4JR4A 3TKQA 5CO3A 4POMA 4KB3A 3UL3A 2BTOT 1Z6MA 22GSA 1O6JA 3VK9A 3IC4A 4I97A 1G6WA 2VM1A 2E2GA 1X9SB 1T7PB 3A2XA 4L5OA 2IMDA 2YN1A 4XS6A 2H70A 3QFBC 3JCML 2F51A 3E3EA 2PUKC 1A0FA 2YV9A 5IO0A 1U3IA 3GKNA 5HR0A 1FOVA 4N0ZA 3E0UA 4LMWA 1RW1A 3TOUA 1KBNA 4MDCA 4WBJA 4J57E 3A3TA 4ZBDA 4YAVA 3QOUA 5IMZA 5FWGA 2FWFA 3HYPA 5AIXA 3A2WA 3GURA 3ZIJA 4XS1A 5G1LA 2D2ZA 3VLNA 1FVJA 2DBCA 4G2EA 2B7KA 4MJCA 1TTZA 4L0WA 1B48A 17GSA 1PSQA 3ME7A 3ZIVA 2K9FA 4ZB6A 3ZMLA 1XW5A 1W89A 5F8BA 5IPHA 2CQ9A 3IXRA 4IKHA 1M2AA 1B9XC 3LXTA 1M99A 3SWLA 1BAYA 3F63A 5E59A 3GTUB 4JR6A 1YKCA 3ZFLA 5A4UA 1WMJA 2O89A 2L6CA 3I69A 3N9JA 5L71A 1PX7A 3UAPA 3EURA 3LFLA 2X64A 1S3DA 3ZREA 1USBA 3LWAA 3MNGA 2H1BA 4MH3A 2DSAA 2VL3A 1XFLA 4HDEA 1A23A 4ZBAA 3HHVA 1V58A 6GSXA 5D8IA 2YV7A 2JU5A 3CSIA 1XW9A 2IN3A 3FZ4A 3ZLPA 1H4OA 3ZITA 2J23A 4YQVA 3ISOA 5DAKB 2YZHA 2V32A 2XPDA 1AXDA 4I8BA 4DSRA 5ECQB 4IELA 2KOKA 1GP1A 4EKZA 1GTIA 2B5XA 4EXJA 2L59A 4BWQA 3FW2A 3Q19A 4K0NA 3WGXA 3HVVA 1WP0A 4HZ4A 1GLQA 5AIVA 3MWHA 4PX1A 3G7YA 3DGQA 1SKSB 5HFGA 4AJ6A 3TGZA 4TN8A 5C04A 2RLIA 3FR6A 4DVCA 2MZCA 2WCIA 1SYRA 1GL8A 3FHKA 1EV4A 1ML6A 2YWOA 2L57A 2OE1A 2VCZA 2OA7A 4NXIA 5ECNB 5DJLA 4NPBA 1ZGNA 1DBYA 3RAZA 5H5SA 5IO2A 2GVPA 2LNTA 4PUAA 5ELAA 1YEPA 5GSSA 3GYKA 2BJXA 4DSSB 3KH7A 4PQIA 11GSA 2NTOA 1JZWA 1O73A 2BMXA 5B8BA 2CA8A 3N5OA 3BCKA 1EP8A 5HR3A 5ENUA 2R3XA 3O6TA 1PMTA 4ZB8A 1Z6NA 4KDYA 1OC3A 1PX6A 2O87A 1J9BA 3U6VA 3CRUA 5F05A 4MABA 3KTBA 2A4VA 4KCEA 1SYXA 6GSVA 4PURA 2H19A 1X5EA 4OO5A 1X0RA 3ME8A 1BYEA 4PNFA 3DMLA 3M1GA 4G19A 4K8MA 5EL8A 3TKPA 2RM5A 4JEDA 1TI1A 4L8EA 1QFNA 4ACSA 2LQQA 3MSZA 1GTUA 3EE2A 3RHBA 4KA0A 3VPQA 1Z5YE 4RI6A 1O85A 5KN2A 6GSYA 2A2RA 2PGTA 4N30A 1PA3A 3V1WA 1JZRA 1UC7A 3H1NA 4Q5RA 2OKAA 3HVXA 3LORA 3G9BA 1XVQA 1J0FA 2C0FA 3TB2A 2R4VA 5INYA 4POLA 1SJZA 5D9WA 3DVWA 2YPMA 5J9CA 7GSSA 1SK0A 4HUAA 4MJEA 1MD3A 2KLXA 1Q98A 3KJYA 3WGEA 2VCXA 4NV5A 1K0BA 2L5LA 2VM2A 2FUG2 3TKSA 1QUWA 5LNKe 4Q5FA 3FYGA 3L9UA 1F3BA 2IFQB 3VWVA 2MMZA 3U5RE 4MA9A 3SBCA 1TP9A 4MZWA 2FWEA 5B7CA 3LYKA 3DIEA 4RQRA 3GFKA 4HJMA 4NMUA 1ZMAA 3GV1A 1AQXA 3KXOA 1YF0A 4F82A 2P5QA 4YAPA 3D5JA 1SKRB 1ERWA 4BWSA 1EGRA 3GL5A 5EVOA 3LYPA 1X9WB 3EU4A 1TK0B 1PKWA 4FYBA 1VF3A 2M46A 4O7HA 2WS2A 3TKSC 1XWGA 1Y25A 2HFDA 1Z7PA 2AYTA 2YCDA 4DSQA 2HT9A 1GSEA 3KM6A 4ECIA 3HJOA 3KEBA 1BX9A 4IJIA 4OFNA 2WB9A 1THOA 1N8JA 1TRSA 2P0GA 5G31A 4N10A 1U3AA 3BD2A 1ST9A 1GULA 2VUPA 3GX8A 4OFTA 4G10A 1K0DA 1YJ6A 3QAVA 2OBKA 2PMTA 4K7IA 3VWXA 4IVFA 1XXUA 3L9VA 5KN3A 1V2AA 1YDKA 2IL3A 5H5QA 2DJKA 1XWKA 2K6VA 4BA7A 5ECLB 2FA4A 2HZEA 2JZRA 4V2LA 3FKFA 1AQWA 2TIRA 1B4PA 4FH8A 3LEFA 5EPFA 5CRWA 2GLRA 1GH2A 2V6KA 3RDWA 3TJFA 4F9ZA 3UEMA 2HRNA 2K18A 4ZBBA 5J3RA 2IMFA 18GSA 5IOXA 3ZYWA 1LBKA 1JFUA 2GTUA 4JRRA 1FB6A 4MJBA 1ZZYA 4FYCA 2DC5A 2KP1A 5ECIB 3TJBA 2HZFA 2N5FA 3TKSE 1I5GA 5F06A 2H1GA 4MF5A 4FIWA 1G0TA 4O5RA 2EIRA 2IIYA 2H72A 4XS4A 4GLTA 2CVKA 4ZIJA 1B4QA 4MPFA 1LJRA 1XPVA 2PN8A 4K7NA 3IK7A 3HJMA 13GSA 1JLVA 1HYUA 3F9UA 3GKXA 2L5OA 3HD5A 2CX4A 3DXBA 3EU3A 1KNGA 2LS5A 2PWJA 3C8EA 5ECSA 1TRVA 3ZL5A 2GGTA 1BEDA 3IE3A 3M9JA 4LA1A 5CRDA 1BQ7A 1UA5A 1PGTA 1YEXA 1HD2A 4G9HA 5GZZB 4GQFA 2CX3A 4E8HA 2GQLA 3CTFA 5DDLA 5HFKA 2VO4A 5ID2A 1GSDA 1SKWB 4EVMA 2OE0A 4TR3A 4XHMA 2GQKA 4XRDA 3L0HA 6GSTA 3H8QA 4WR5A 2H66A 2REMA 4P3YB 5HR2A 2FLSA 1ZOFA 4EE0A 1WIKA 1VGLA 4OWYA 2B5YA 3KZQA 4K6XA 3C71A 1TOFA 2GT6A 3DKSA 4EDYA 3IA1A 1OC9B 2PERA 2FHEA 5J41A 4BL7A 2F9SA 1H75A 1HNBA 2G2QA 1V40A 3HXSA 3BJ5A 1JLWA 4NHZA 1MDKA 4ILFA 3TJKA 1ZL9A 3Q18A 2RUFA 3DYRA 5FHIA 3IK9A 1FHEA 3UBLA 3PGTA 1CQHA 1CQGA 3FZAA 4J2FA 4MK3A 3WD6A 1WOUA 1EZKA 4PXOA 1EP7A 3FY7A 4MCUA 2WZ9A 3FEUA 3TRQA 1SENA 3BCIA 4ID0A 2V2GA 1QGVA 4TR4A 1QXHA 5D9TA 2FWHA 4F03A 3ZRDA 1DE2A 5G5FA 3P2AA 1AQVA 1V57A 4TOPA 2H30A 5AN1A 1UN2A 1JZOA 3GL3A 4X1UA 5AISA 5ECOB 3D6IA 2CZ3A 1M2DA 2L4QA 6GSSA 4HEA2 2CV4A 4WETA 2WULA 1V9WA 2OE3A 4TR1A 3GRXA 3CSJA 1RQMA 1XCCA 5KEJA 2H76A 2XBIA 2QC7A 2IWTA 1FG4A 2KUCA 1TU8A 5D93A 2V6OA 5GAND 3HZ4A 4ZL9A 2C0EA 1VF4A 1OKDA 4IQAA 20GSA 4IP6A 5DALA 4MJAA 1FO5A 2XC2A 1Z3EA 1G7EA 1R5PA 4ECCA 1F37A 5JWRB 1K0NA 3EMPA 1EV9A 4QL7A 1J08A 2H6XA 3FR9A 3L4NA 3IDVA 12GSA 19GSA 2FGXA 3VURA 2E2MA 4OCEA 4WEYA 4KUNA 4I5QA 3IHQA 2P31A 2B1KA 3CSHA 2F8AA 4LL4B 4IHUA 1Y6EA 2H74A 1LU4A 1T8EB 2VLUA 2JL4A 2JSYA 1R4WA 4NAXA 3R2QA 2HZEB 4F2IA 1GNEA 2DIYA 1TRWA 3RHCA 3UOMA 2JZSA 1SK1A 3UBKA 2MMAA 1ABAA 2LJRA 1O8WA 4TKYA 3HZ8A 3KMOA 1GTAA 4LL1B 3D21A 3I43A 3K8NA 3KP9A 2MMNA 1SJ6A 3E9JB 4IGJA 2NVLA 3H79A 1U6TA 2YJHA 1TU7A 2XPEA 5JWQB 4CHSA 1SL2B 2YWMA 4HQZA 4RQXA 1U88A 3EMXA 2EIOA 3H4KA 4IBPA 3OR5A 3F3RA 2RIIA 1SD9A 1GSYA 4Q5NA 2H1DA 2OJLA 2WDUA 3BBYA 2Z9SA 4XS4B 4PQHA 1YY7A 3LG6A 2VD1A 3GKKA 1VF1A 3WT1A 5CREA 1G6YA 4TXOA 1DUGA 1ZYEA 5D96A 2WJUA 4HQSA 2MBSA 2CT6A 1FW1A 5IMFA 1NSWA 2H1AA 5J5NA 3GSSA 3GH9A 2ALBA 3MDKA 1URMA 3RBTA 1TK5B 1IYHA 2DJ0A 5EY6A 5LD0A 2AV4A 2QSIA 3QD9A 1O7UA 4IJ3A 4KW6A 1AAZA 4ZILA 1NW2A 1EOGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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