1SL1 | Genus

Total Genus 26

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	26
sequence length	105
structure length	105
Chain Sequence	KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Nucleotide insertion opposite a cis-syn thymine dimer by a replicative DNA polymerase from bacteriophage T7. pubmed doi rcsb
molecule keywords	5'-D(CPGPAPAPAPAPCPGPAPCPGPGPCPCPAPGPTPGP*
molecule tags	Transferase/electron transport/dna
source organism	Enterobacteria phage t7
total genus	26
structure length	105
sequence length	105
ec nomenclature
pdb deposition date	2004-03-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
B	PF00085	Thioredoxin	Thioredoxin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	1sl1B00

3KMNA 4GTUA 2DJ2A 2OE0A 2CX3A 3KZQA 3C73A 3TJKA 4IS0A 3TCOA 4HI7A 6GSYA 1YDKA 1EP8A 4MJCA 3HVXA 3QCPA 1OE8A 18GSA 2LTKA 3ZRDA 1K0AA 2DJKA 2R5GA 4OO4A 2FNOA 2CVKA 1HNBA 3MNGA 3TGZA 1XBSA 2GSQA 3LWAA 1ZCPA 3IPZA 4ZBAA 4EO3A 5JCWA 1TRVA 3KTLA 2AAWA 3IRAA 1G7OA 1SK2A 3TKSC 4ML1A 3BCIA 1V57A 4NHWA 3PR8A 4F0BA 3ZVJD 4POKA 3ZITA 4KDUA 5H5RA 4NWYA 4G2EA 2GSSA 2O7KA 3SWLA 4HZ4A 4F03A 4V2MA 1SL0B 4PX1A 3IAM2 2JU5A 4I8BA 4I2UA 2MBSA 3HCZA 2CVDA 1SYXA 3F6DA 3MAKA 4EUYA 4DVCA 4I6XA 2FUG2 4JZQA 2MZCA 1AUCA 2OBIA 3L9SA 3P2AA 4N11A 1W89A 1R26A 4GRFA 3RHCA 1H75A 2K9FA 1GP1A 4LA1A 1A2MA 1B48A 2MMAA 4HQZA 3H79A 2DJ0A 1TK8B 3LJRA 1MTCA 2K18A 3S9FA 3UIWA 4K8MA 3TOUA 5CNWA 4O7HA 2C4JA 3EVIA 2PPTA 4KDYA 2CX4A 5DBQA 2DJJA 1OKTA 2GLRA 4ID0A 3W6GA 2V41A 2HT9A 4TKYA 5B6NA 3OR5A 3PH9A 4ECIA 5J9CA 4YQVA 3D21A 2YWIA 3BBYA 3PINA 3GN3A 1XPVA 4PUFC 4IKHA 3QPMA 3QMXA 2G0FA 3VWXA 1OYJA 1Z5YE 4JE1A 2WCIA 4L0UA 4IELA 2QKEA 2CQ9A 3UJ1A 2DMMA 2V6OA 3BCKA 4KSMA 1Z7PA 4PXOA 2H72A 1RQMA 4FYBA 3HYPA 4N0ZA 4IW9A 4ZILA 5JWRB 1EWXA 2N5AA 3D0ZA 2HZEA 1V9WA 5F8BA 1GNWA 4LMWA 1DE1A 1YQ1A 4ZBBA 1PA3A 4PQIA 3UBLA 3WT1A 3VK9A 1F3AA 2WB9A 2YWOA 2HNLA 3APOA 2IMKA 2IMDA 4MLYA 3DXBA 3M3MA 1VF1A 9GSSA 1YZXA 2LQOA 3DD3A 1XWGA 3GH6A 4IHUA 1WRYA 3J7Yb 3GMFA 1YF1A 3K8NA 2GQKA 5KEJA 4PUAA 1WE0A 4XHMA 2HSHA 2LEGA 4V2LA 1EV4A 2VAFA 5G5EA 4HJ2A 5IMVA 5ECPB 2BJXA 3CSIA 4QL9A 1O8WA 5L71A 3ZFBA 4K6XA 5CRDA 2AUVA 3IHQA 2O89A 4D73A 1O73A 2TRCP 4DSSB 1ZGNA 19GSA 1FO5A 1TU7A 3APSA 4KE3A 2LJRA 20GSA 4RQXA 1UC7A 1BQ7A 2OACA 2GZZA 5LD0A 3BJ5A 2H6ZA 2YWNA 5GZZB 5EVOA 1VRSD 5E4WA 4L0WA 2IFQB 3KM6A 3FK8A 5HFIA 5LNKe 4KSOA 1E6BA 2JZTA 1GLQA 3D22A 1A23A 3DVXA 2X8HA 4F2IA 2L5LA 2REMA 4ACSA 5H5SA 2O87A 3HJOA 4BL7A 3GX0A 5D9XA 4K9ZA 1SYRA 5IOXA 5F0GA 3IXRA 3GNJA 1T8EB 3FZ5A 1GL8A 4GSTA 16GSA 5GSSA 5CP1A 4L5OA 4IJ3A 2AHEA 5G31A 5D9TA 1SJZA 4TR4A 1QK8A 3UOMA 2VCTA 3TOTA 4XRAA 3HZ4A 4POBA 6GSWA 5B8BA 2FA4A 4POLA 1GSUA 3CSHA 3HDCA 3F0IA 1Y25A 1BG5A 4DSQA 5ID2A 1K0NA 2X8CA 4EE0A 1A8YA 4KGIA 4O32A 1SKRB 4HS1A 4YQMA 2IPAA 4YAVA 3ZREA 2H0GA 2M72A 1HQOA 2B7KA 1URMA 4F82A 2YN1A 3KTBA 5A4WA 5EPFA 4IQ1A 4EXJA 2C0EA 1F37A 2KLXA 12GSA 3DWVA 2LUSA 3UL3A 4ZL8A 1DUGA 5IO0A 4NAXA 1FB6A 3GTUB 4IQAA 2VM1A 2IIYA 2YZUA 2H1BA 1AC1A 4LLRA 1S3DA 4WR5A 1FAAA 2E7PA 3NIVA 5JWQB 5G5FA 1TKDB 4L8EA 2P0GA 3TRPA 2F8AA 2RUEA 1ML6A 4EVMA 1ABAA 2JSYA 2CZ3A 3FY7A 5IPGA 4I5QA 1PKZA 3L0HA 2ON5A 1WJKA 2QSIA 1PRXA 3VFIA 3TJGA 1XXUA 5IO2A 1WMJA 1RW1A 2VUPA 3NOFA 2NPBA 1SKSB 3BD2A 4XRDA 2BTOT 1N8JA 3ZIVA 1WWJA 4K1FA 3ZMKA 4KAEA 5B8AA 2IJYA 2VCVA 1S3CA 2IWTA 2HXKA 1O85A 2YJHA 3DVWA 2I9HA 1K0MA 3QFBC 2CAIA 3M9JA 4J2FA 2F8FA 1E2YA 3ME7A 3GKXA 1XWBA 2VO4A 5J5NA 5HFKA 5ECIB 1CQHA 1EZKA 4JEDA 1LBKA 2YCDA 4BVYA 4IN0A 2GVPA 3TKSE 1USBA 2GZPA 5GSTA 4AF2A 1M9BA 1XIYA 1Z6MA 1DSBA 2DSAA 4RUVA 2PERA 4ZB6A 3WGDA 4HDEA 1ERVA 3WGXA 3I43A 1NHOA 4RQRA 2C0DA 3WGEA 5F05A 2R6KA 2RM6A 4BWSA 1GUKA 5DAKA 1B4QA 1T3BA 2OE1A 2H74A 2VOCA 1PL2A 4BA7A 1OKDA 2R37A 3P8WA 2PUKC 1U3IA 4NHZA 5JCUA 1GLPA 1SJIA 1AQXA 4EL1A 1QGVA 4O92A 2VM2A 5CREA 2DIYA 2H73A 3EE2A 5JCGA 2FWGA 4E8HA 4FIWA 13GSA 4X0XA 3F8UA 4DSRA 3GUSA 1NHYA 2DIZA 3TRXA 3KEBA 5AISA 5ELGA 3ISOA 2PWJA 4KDXA 2LJAA 2CV4A 1XWCA 4ZXGA 3WT2A 2BMXA 2LQQA 3O6TA 8GSSA 4TXOB 3J7Yk 2GDRA 1A0RP 5G1KA 3GFKA 2YWMA 6GSTA 4MH2A 4MABA 5A5KA 2YV9A 1NSWA 4P3YB 2KOKA 3DRNA 2XHFA 3DMLA 2Z9SA 2CVBA 3JCML 1HNCA 2C0GA 4FYCA 4TVEA 1XWKA 2L57A 4OFTA 3RPPA 3H1NA 2P5RA 3GRXA 3LGCA 3D6IA 1FVKA 3I9V2 4OFMA 2QGVA 3G9BA 4EDZA 3UAPA 4XTSA 4QL7A 1BJXA 3KP8A 2IN3A 5B6MA 2MMOA 5GAND 4HZ2A 2M80A 2DLXA 1G7EA 2VL2A 3EURA 3GIXA 5DALB 2GS3A 3UVTA 4WKWA 1XW5A 2GZYA 2L59A 4KH7A 5ECSA 3C7MA 2EIRA 1X9MB 3IR4A 4MH3A 3FR3A 4ECCA 1YF0A 1KBNA 1TK5B 3KH7A 4X43A 4XS1A 5IIZA 1K3YA 2JACA 1XFLA 3PGTA 4IJIA 4KUNA 1DE2A 4XIHA 1GTAA 3CTFA 2H76A 3TUEA 1UN2A 2LV3A 4WR4A 3IAS2 2H75A 5HFGA 2F9SA 5DALA 4WF5A 1HNAA 3VURA 1HYUA 1F9MA 3KCMA 1EP7A 1KNGA 1G0TA 1F3BA 1AQWA 1BEDA 1TDIA 4EF0A 1KTEA 3AY8A 3QFAC 2HLSA 3FW2A 3KD0A 4BPYA 4KCAA 2GGTA 1XOAA 2IMEA 3KXOA 5J41A 5IPHA 1SENA 1XW6A 3TKQA 3WYWA 4FO5A 2VLVA 2HRNA 4PNGA 3UARA 1R7HA 3HXSA 5DJMA 5ECQB 2OE3A 5HR2A 3A2XA 3KGKA 4IVFA 3D4MA 5ECOB 1WOUA 2RIIA 2CA8A 2L6DA 5CRGA 2R3XA 3EWLA 1N2AA 1PL1A 5G30A 2F51A 4KX4A 4MZWA 5KN3A 3F4SA 2MBTA 4K2DA 3G7YA 4GQCA 2B5XA 2P31A 1TRUA 2V1MA 1Q4JA 2E0QA 1ZL9A 3CRUA 5AN1A 3CSJA 1YY7A 3CYNA 1TI1A 1PGTA 1JFUA 2VCXA 3VI7A 4XS6A 2YPMA 4HU7A 2J23A 2A2SA 1YKAA 1OC9B 3LYPA 4MJAA 3ZZXA 3UVHA 2HI7A 4ZL9A 1PKWA 2YP6A 3ZMLA 3IE3A 3M8NA 5HQPA 1GWCA 5ECHB 4MMMA 4JBBA 3NZNA 3LYKA 1QMVA 5IMZA 2C1YA 4MPFA 4IBPA 4G10A 5CRHA 4CW9A 4RI6A 2B5YA 2H6XA 1FB0A 1EOGA 3I6AA 6GSXA 1A0FA 3KP9A 3MDKA 1FOVA 2NTOA 4EC0A 5J4UA 1EGRA 1F2EA 2X99A 3US3A 2R4VA 1YJ6A 1I9DA 1MDIA 3P7XA 2ZNMA 3L78A 2X64A 4DSSA 1BX9A 2VLTA 1EOHA 1EEMA 2VCWA 5CO3A 2A2RA 2G2QA 4PURA 1TXXA 2LRTA 6GSVA 2JL4A 3GHAA 3Q74A 2FGXA 2R2JA 1K3LA 3IDVA 1T4ZA 2RM5A 2H0HA 1SD9A 1MDKA 2H0IA 4GWRA 1EV9A 1X9SB 2H1AA 3VPQA 2XBQA 2VD1A 5COHA 3ZIJA 2IFQA 2OBKA 5CRWA 2WDUA 1QUWA 2YANA 3C71A 3DYRA 1F6MC 4N30A 3GH9A 3HVVA 1UVZA 5KN1A 5A4UA 4OO5A 4ECJA 2VL9A 3FR9A 4PQ1A 1I5GA 1FW1A 3BOAA 3R2QA 2OJLA 2PU9C 3M9KA 2V6KA 3M0FA 4N0VA 10GSA 3W8SA 2V32A 2H1GA 2HZFA 3ERWA 1A24A 1Z9HA 3E0UA 5G2ZA 1U6TA 4ZL7A 3EC3A 2LJKA 5AGYA 2TRXA 4KCEA 1GSQA 2TIRA 3FHKA 2HYXA 3FR6A 2ZUPA 4ZB9A 1QFNA 1V58A 2F3MA 2AV4A 1EGOA 3LSZA 2V2GA 5ECRB 4CHSA 4NV2A 3A5WA 1AW9A 1M99A 1TW9A 4CDOA 2GT6A 3VWVA 5ECMB 3O3TA 4JU5A 5HR3A 1JLWA 2MYGA 3DEXA 3UEMA 4J56E 2B3SA 1U3AA 2PBJA 3H93A 4TR3A 2DJ3A 1THOA 2IMFA 4BVXA 5F06A 1K0CA 1O8XA 1X5EA 3DGQA 3GSTA 2VLUA 4K7NA 4JR4A 1XVWA 2C0FA 5IQYA 2PVOC 3GTUA 1O6JA 1XVQA 3GYKA 2JZRA 2LKUA 3TJFA 1ST9A 4E8EA 2RLIA 1JZRA 3GX8A 2OADA 4G9HA 4GSNA 4MF6A 4DEJA 5JWOB 17GSA 2C3NA 1ZOFA 2O85A 1SL2B 3MSZA 4F9ZA 2LNTA 4K7IA 2CAQA 4BWQA 5AIVA 2AJQB 3ZFLA 3IK9A 2PMTA 3D4TA 3KH9A 4K0GA 3M1GA 1Z6NA 1PQNA 1PMTA 4WETA 2XC2A 2KP1A 3ZL5A 4MZCA 2VL3A 1IYIA 3ERGA 1TP9A 3ME8A 2I81A 5HR1A 1R5AA 5HR0A 2KUCA 2EC4A 1XOBA 3GKKA 2VCQA 2ES7A 2LRNA 2C80A 2HE3A 1TK0B 4MJEA 1O81A 3TKSA 1PSQA 1ERWA 3RDWA 5ECLB 5ELAA 3LEFA 4JRRA 3VLNA 4XS4B 2AYTA 4HUAA 4AGSA 2H70A 2VCZA 1A2JA 2N5BA 4V1Ag 5LCZA 1A8LA 1SK0A 4X1UA 5ECKB 3LFLA 1ACVA 3EMPA 5B7CA 1LU4A 4Q5NA 4Z7XA 5FWGA 2FY6A 5IOWA 3QOUA 2GQMA 4ML6A 3FZ4A 1AQVA 1OC8A 4V1Ap 3UMAA 4GCIA 2P5QA 5D9WA 2GSRA 3ZLPA 3A2VA 4MJBA 4YAPA 5C04A 1VGLA 4K7OA 2A4VA 2GSTA 3L4NA 3C1SA 1YEXA 3GURA 1GUHA 3SBCA 2VD0A 2HFDA 1TU8A 1M2AA 2YZHA 1M0UA 3CBUA 2H66A 1NW2A 3TJJA 2OKAA 1G6WA 2GQLA 1ILOA 1GRXA 4XCSA 3FRCA 3IV4A 2YNXA 1Q98A 4AJ8A 4TXOA 5DCHA 4LL4B 1FVJA 3IA1A 4GLTA 1B4PA 3FYGA 4N10A 5D96A 1B9YC 5CYYA 1IYHA 3ED3A 4Q5FA 4PGTA 2D2ZA 3LQ7A 6GSSA 5G1LA 1GNEA 1O7UA 4OCEA 1OVNA 3ZTLA 2H8LA 4FH8A 4HQSA 4WEYA 5FHIA 2WS2A 5C00A 1S3AA 3KIJA 1RK4A 1QXHA 2L4CA 3CRTA 5INYA 3RPNA 1SD8A 3C1RA 3O76A 5ABRA 2CZ2A 4PNFA 3LG6A 4WBJA 3VI5A 5EY6A 2LS5A 2O8VB 7GSSA 1SU9A 4QQ7A 3EINA 3CTGA 4TR0A 3I69A 1Z3EA 3E3EA 3CMIA 5FT3A 1Y6EA 3TKRA 1ERUA 2HSYA 1TRSA 2FHEA 3ERFA 3CXGA 1VF4A 2DBCA 4J57E 3VPTA 2FWFA 1V40A 1TI3A 2H01A 1MD4A 1YKCA 6GSUA 1SKWB 1K0BA 1K3OA 3GL5A 4AJ7A 3C8EA 3HJPA 4TN8A 5J3RA 2PVQA 2DJ1A 2H6YA 3APQA 3L9VA 1J0FA 2HZEB 3VWUA 4NXIA 3HVSA 2KHPA 4Q5QA 4V2NA 1BYEA 3F3QA 4MA9A 5DCGA 1XWAA 2L5OA 2PN8A 3W8JA 2L4QA 2VL2C 4HJMA 1TJDA 2XPDA 2WZ9A 3LXZA 2AB6A 1U88A 4TRXA 3TKPA 3ZVJA 1SJ6A 1OC3A 5ENUA 4HEA2 2WRTA 4MCUA 3WD6A 2XBIA 3Q18A 3A3TA 4ZB8A 1JZOA 1LJRA 2JADA 5DQYA 2WGRA 3TDGA 1DBYA 3EU3A 3U5RE 4MDCA 2HRFA 2MMNA 1UA5A 5IMFA 4GF0A 4HU9A 1V2AA 4D73B 1AXDA 3RBTA 1TTZA 4KW6A 2C3QA 4FYUA 4MZBA 2H1DA 3GKNA 1GTBA 2ON7A 4ZIJA 11GSA 3RAZA 4KB3A 3QD9A 1VF2A 3L9UA 5E59A 2LRCA 2JSZA 4RI7A 4LMVA 2EIOA 3DKSA 5IMAA 2J9HA 4ECBA 1PD21 3D5JA 1T4YA 2I1UA 2DC5A 2FWHA 1HD2A 5ECNB 2FCHA 4I2TA 2C8UA 3N5OA 4IGJA 1PX7A 5F07A 1VF3A 1T00A 4MK3A 1OC9A 1WIKA 1FHEA 3VWWA 2XPEA 2N5FA 2FD3A 2B1LA 3HHVA 2FLSA 1GSFA 1ZZYA 4OFNA 1GSYA 3HZ8A 4OMVA 5D9VA 5EL8A 3U6VA 4TXVA 4PQHA 1X9WB 2MMZA 1H4OA 3IK7A 3HD5A 2E2GA 4I97A 2NDOA 3EMXA 3H8QA 3KMOA 3MWHA 4NV5A 1FG4A 2B7JA 1ZYEA 4HOJA 4ULXA 3F63A 1MD3A 1WPIA 4YQUA 1BAYA 2X8GA 1X0RA 4EKZA 5A4VA 2LNSA 2OA7A 5ID2B 4POMA 2CT6A 4OCFA 2WFCA 1GSSA 3F4TA 4WXTA 1V98A 1K0DA 1R5PA 4O5RA 5D73A 1XZOA 1M9AA 2QC7A 5DJLA 3GV1A 4ZBDA 2B1KA 3N9JA 5D93A 1G6YA 3Q19A 4IP1A 2E2MA 3IC4A 1X5CA 2ZCTA 1Z7RA 2H71A 1J08A 2EIQA 3RHBA 4G19A 3LXTA 3F3RA 1PN9A 2L6CA 1M7TA 3FZAA 3EU4A 1CQGA 3GA4A 1C72A 1PX6A 4IP6A 5DDLA 1MEKA 2YV7A 5DVBA 3HY2A 5IMDA 4MF7A 3GSSA 3KJYA 1J9BA 3QDNA 2YJ7A 4GSSA 5GAPD 1KEBA 3QR6A 3GKMA 2FWEA 1W4VA 1GSEA 3TRQA 4K0NA 1YEPA 1AAZA 3ZYWA 1OAZA 4MF5A 4TR1B 3FEUA 4ISDA 1ON4A 1XW9A 3P90A 1GTIA 1GH2A 5KN2A 3QAGA 3QAWA 4OD7A 2C3TA 5D8IA 2I3YA 2PGTA 22GSA 4TOPA 1GUMA 1THXA 1TOFA 3HKRA 2VIMA 4MP4A 4AJ6A 2WJUA 2LSTA 4GQFA 3Q6OA 2DMLA 4WBRD 1B9XC 3FZ9A 2I4AA 5KN0A 4TR1A 2K8VA 1U87A 2YOIA 3A2WA 4EDYA 1XCCA 4H86A 2K8SA 3E9JB 5IMCA 3FKFA 2B6MA 3HA9A 4LL1B 1R4WA 1TRWA 2KP2A 4KA0A 4TW5A 2NVLA 1EEJA 4NMUA 2RUFA 3LORA 1QQ2A 3GL3A 5DAKB 3G7JA 14GSA 1GSDA 2B5EA 4YH2A 3UBKA 3F6FA 3HJMA 5J9BA 2K6VA 3IBHA 4L5LA 1X5DA 4GXZA 2NBSA 2ALBA 3H4KA 3TJBA 3V1WA 5CAXA 1AIUA 1K0OA 1GULA 1NM3A 2GT5A 2FA8A 2IMIA 2JZSA 3DIEA 2WULA 4Q5RA 5IM9A 1ERTA 3F9UA 5AIXA 3QAVA 1M2BA 4MPGA 4NPBA 1ZYQB 1WP0A 4OWYA 3F4RA 2GTUA 4JR6A 3G7IA 1JZWA 1JZDA 1SK1A 3IOSA 1GTUA 1SL1B 4ILFA 4KNDA 2IL3A 2H19A 1JLVA 1ZMAA 1T1VA 3EYTA 1M2DA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1SL1B

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

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Chord Diagram

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