1SYRA

Initial structural analysis of plasmodium falciparum thioredoxin
Total Genus 33
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
33
sequence length
103
structure length
103
Chain Sequence
MVKIVTSQAEFDSIISQNELVIVDFFAEWCGPCKRIAPFYEECSKTYTKMVFIKVDVDEVSEVTEKENITSMPTFKVYKNGSSVDTLLGANDSALKQLIEKYA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Initial Structural Analysis of Plasmodium falciparum thioredoxin
rcsb
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Plasmodium falciparum
molecule keywords thioredoxin
total genus 33
structure length 103
sequence length 103
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-04-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1syrA00
3FEUA 3IE3A 1USBA 4PX1A 5G1KA 1AQXA 2PBJA 2YV9A 4I2UA 1AUCA 5KN3A 1GSYA 4EC0A 2FD3A 3QCPA 1B48A 3R2QA 4EUYA 2H6YA 3D22A 3W6GA 1FO5A 1XWBA 5CRWA 2G0FA 3LYKA 3GTUB 4EDZA 1JZDA 3EC3A 1Y6EA 5DVBA 2C4JA 1M9AA 2EIOA 1R7HA 2OACA 3HVVA 1FAAA 3TJGA 4RQRA 2LRTA 4OO4A 1TI3A 3TJKA 4ML1A 3ZTLA 2YOIA 1PQNA 3DXBA 4KX4A 4MJCA 3ZMKA 1ILOA 4IJIA 2DJJA 3CRUA 5D8IA 4MH2A 3E9JB 1T7PB 4XRAA 4I97A 1EP8A 3K8NA 2HE3A 2CVBA 1PL1A 4XS6A 4KAEA 4NMUA 1EZKA 3EMXA 3TJJA 1MDKA 5EL8A 2G2QA 1A2JA 3HVXA 5J3RA 3ERWA 4EF0A 3NZNA 1GSUA 5INYA 1W89A 1NHYA 3GKMA 2EIQA 4O32A 4E8HA 3LORA 1XBSA 1GUKA 1EEMA 2GSQA 3HZ8A 1JZOA 4FYBA 5ID2B 1OVNA 2R4VA 2LSTA 2A2RA 3C7MA 1OE8A 2C3TA 2WULA 4PGTA 4GSTA 4YH2A 1YF0A 2DBCA 2R5GA 4WBRD 4WR4A 4K7NA 4WF4A 2ZUPA 2YPMA 2YWMA 3HKRA 2C80A 5G5FA 1ERVA 2CT6A 5EVOA 4FIWA 2WCIA 5ECIB 4EDYA 4G9HA 3G7YA 3H93A 4NWYA 3D0ZA 2MBSA 3EURA 4WEYA 3TJFA 4ULXA 5ECRB 2HSHA 1OC8A 5ECPB 1T1VA 1TOFA 2D2ZA 2HSYA 2X8CA 1PKZA 1H75A 1U3IA 2HZEB 3IBHA 3VWWA 1C72A 1TJDA 1HNBA 1GUMA 1SD9A 1UC7A 2IMIA 2L5OA 1VGLA 2QSIA 3MSZA 1XOBA 1G6WA 1FW1A 4ZB8A 5IMCA 5A4UA 3UEMA 3GRXA 2RUFA 3ZL5A 4K8MA 2YN1A 2FNOA 5B8AA 4GF0A 4JR4A 3F63A 3A2XA 3ME7A 5JWOB 5FWGA 2V41A 5HFGA 3F0IA 3P7XA 1K3YA 2IIYA 3RHBA 1ON4A 1G6YA 4TVEA 1AXDA 4DVCA 6GSTA 5F07A 4XHMA 4ZB6A 4HQSA 4ILFA 2OE0A 2B1KA 2H1DA 4POMA 4YQUA 4EO3A 1WWJA 1XW6A 1ERTA 1XCCA 4MMMA 3M1GA 1K0DA 4YQMA 5D93A 4HJMA 3M8NA 4F82A 4NHWA 5HQPA 3DRNA 3O76A 4XRDA 1DUGA 2VLTA 3TRQA 2OJLA 3VPQA 2C1YA 2TRXA 5IIZA 2FWHA 2YNXA 2IWTA 3L9UA 2X8GA 3CTFA 5DJMA 4J57E 2L57A 2V6KA 1F3BA 2F8AA 1AW9A 3M0FA 16GSA 3GX8A 3PGTA 2RLIA 2DMLA 5HR2A 2VIMA 4GSSA 2BJXA 1Z6NA 1K3OA 1J0FA 4ACSA 4JR6A 5CO3A 1YKAA 2FY6A 3TB2A 5ECHB 4Q5FA 4JZQA 1GTIA 3FY7A 4XS4A 5CRDA 3RBTA 2A4VA 3VWUA 4EKZA 1WE0A 1S3AA 3FKFA 4HQZA 4V2NA 5IMVA 4MF5A 1JLVA 2GZPA 2I1UA 4OO5A 4NXIA 2NBSA 2LEGA 2OBIA 2QGVA 4I6XA 4RI7A 1VF3A 1X5CA 1J9BA 4KDXA 2HYXA 1GLQA 2YWNA 3O6TA 3F9UA 3Q18A 5ECOB 4QL9A 2B5XA 1PMTA 3Q6OA 3GSTA 3LQ7A 1YDKA 1AQVA 4IHUA 1MD4A 2B6MA 2XPEA 1TKDB 5HFKA 2LRCA 2HRFA 3ZFLA 1GP1A 2HT9A 4MZCA 3GH6A 4X0XA 1OKTA 14GSA 3LXZA 4GLTA 4PUFC 2WZ9A 4WKWA 1X5EA 3DVXA 4MA9A 5DDLA 1KTEA 2HLSA 2L6CA 1ST9A 4GCIA 2VAFA 3LXTA 5IMZA 2WFCA 4IKHA 1AC1A 2CAIA 2GVPA 2IMFA 1TXXA 3JCML 3FZAA 1B8XA 5LCZA 1SKRB 2DMMA 4DEJA 5F0GA 1BAYA 4MJEA 1SK0A 4MCUA 1FOVA 1M9BA 1YEPA 5J4UA 1U6TA 5D9VA 4XIHA 3LWAA 2O87A 2GLRA 19GSA 3NOFA 3H8QA 3KD0A 4V2MA 4OFNA 3I6AA 3QMXA 1EGRA 4KW6A 1V98A 2AHEA 2BMXA 2DIZA 2ON5A 3TCOA 3ZLPA 2OBKA 3FK8A 4NV2A 3Q74A 3FR6A 4L5OA 1OYJA 1PN9A 2R6KA 2KUCA 4GRFA 2H76A 1QFNA 3J7Yk 3J7Yb 1A2MA 3WT1A 2GT6A 3DD3A 5J9BA 3M9JA 3G9BA 4KGIA 2KLXA 4HU7A 2XC2A 4OFMA 2YJ7A 4IP1A 2H1BA 3WD6A 2DLXA 2WS2A 2H70A 4NAXA 3M3MA 2FA8A 2PVOC 4IS0A 4KSOA 1G0TA 5LNKe 3CSJA 5DALB 2H71A 5IPHA 5JCUA 4ECCA 2OA7A 4ZBDA 2VM2A 1MD3A 3FRCA 2Z9SA 2LJKA 3W8JA 1TDIA 3LSZA 1HNAA 1OAZA 2F8FA 3L0HA 5ECQB 3EWLA 4K1FA 4IGJA 5AISA 1ZMAA 4GSNA 2LUSA 4EE0A 5IM9A 1QXHA 2J9HA 3UAPA 2LS5A 2H0GA 3RDWA 1SENA 4JEDA 4MABA 4BWQA 4CHSA 4DSSB 1SJIA 2VO4A 5HFIA 6GSVA 1QUWA 2VOCA 5JWRB 2MYGA 4ML6A 2C0DA 2YZUA 2AV4A 1TI1A 4TR4A 3FYGA 4EL1A 3QFBC 3QAGA 4IW9A 2B5EA 2VCWA 4IN0A 3IAS2 2V32A 4AF2A 5HR3A 4TXOA 1OC9B 3C1RA 2RM6A 2WRTA 3L9VA 1M2DA 3GL5A 7GSSA 1RQMA 4NPBA 1MTCA 1NW2A 3FHKA 4I2TA 3UIWA 3IR4A 1GUHA 4X1UA 4G10A 2GSRA 3ZVJA 3D6IA 5IO0A 3MNGA 1QQ2A 3KXOA 4H86A 4F03A 1M2AA 1S3CA 3ME8A 1X5DA 1Q98A 2H6ZA 4RI6A 4AGSA 1GRXA 4AJ8A 1SKSB 3DGQA 2FCHA 3N9JA 5G31A 3UARA 3F6DA 4F9ZA 4HZ2A 3MAKA 2HRNA 4LMWA 2JU5A 1MEKA 1YF1A 3EINA 2YWIA 4MP4A 4POKA 3ZIVA 2OE3A 3UL3A 1ZYQB 4ID0A 1N2AA 2O8VB 1GSQA 3IXRA 3I9V2 3GFKA 1T4ZA 4HOJA 3UBKA 3C1SA 1PX7A 4E8EA 4G2EA 3PR8A 4LLRA 2X8HA 1NSWA 2FWEA 2GGTA 4WBJA 2CZ3A 1IYHA 3V1WA 3QAWA 5DQSA 2OADA 3F8UA 1WPIA 1EOHA 4TXVA 3DWVA 5DCHA 3GUSA 2H19A 5H5QA 4N11A 1DSBA 1GSEA 1Y25A 3GL3A 3TKRA 5CP1A 2GDRA 4FYCA 3VWXA 3CXGA 4LL4B 2GT5A 4MPGA 3RAZA 3UBLA 4IQ1A 4OCFA 4POLA 3HJPA 2FWFA 2NVLA 3D4MA 2FUG2 4YAVA 1FHEA 3TKSE 2EC4A 3AY8A 1X0RA 2ALBA 3HA9A 2VD1A 4NV5A 3WGEA 4TOPA 1ZCPA 5J9CA 3KIJA 2V1MA 3D5JA 3TRXA 5A5KA 4Q5NA 1RW1A 13GSA 3LG6A 1YJ6A 1PA3A 3C73A 1K0NA 4V1Ap 1UVZA 3ZYWA 1IYIA 2LQQA 1VF1A 3P8WA 4MZWA 2M72A 1V2AA 4KUNA 2JL4A 1O8WA 5L71A 3H4KA 2N5AA 2CVKA 1SK2A 2C0EA 1U88A 3HJOA 1JFUA 4HS1A 5DCGA 4GTUA 4IQAA 3QFAC 3WGDA 1DBYA 2AB6A 1M0UA 3VWVA 4K7OA 1X9WB 2LTKA 3KGKA 2DJ0A 4WXTA 1J08A 4ZXGA 1WMJA 2MMZA 1O81A 2VCZA 3KEBA 17GSA 8GSSA 2I9HA 4N0VA 3VLNA 5H5RA 5ABRA 4NHZA 4TR3A 2H0HA 3LYPA 4PNGA 3ZVJD 4TKYA 2KOKA 5B8BA 2K8VA 2L59A 2GQMA 4WETA 1O85A 2XBQA 2YANA 5CRHA 5B6MA 1T4YA 2B5YA 1URMA 3BCKA 2O89A 2DSAA 4PNFA 1TK0B 1A0RP 1TU8A 1LJRA 1K0AA 1I5GA 2TRCP 4EVMA 1AQWA 3UMAA 1O6JA 2XHFA 5D9WA 3WYWA 3ZRDA 1THXA 4P3YB 4J2FA 2H30A 4BWSA 5G30A 1DE2A 3Q19A 5A4VA 4TW5A 3GV1A 3DEXA 5ELGA 3QR6A 4OD7A 3IK9A 2LQOA 4KDUA 3NIVA 3KCMA 4BPYA 1F37A 2IFQB 1XVQA 1HQOA 1SL0B 3I69A 5IO2A 1LBKA 2AAWA 4KE3A 1OC3A 1KEBA 3BD2A 4ZILA 2IMEA 3IRAA 5G1LA 1XWGA 1WOUA 5G2ZA 3A2VA 1GTBA 4G19A 1FVJA 1GL8A 1XW5A 1K0BA 1YY7A 4J56E 1R5AA 1V40A 3DYRA 5KN0A 3F6FA 3GSSA 4FH8A 2PWJA 4TR1B 2CX3A 1KNGA 4BVYA 3FW2A 2RUEA 4OFTA 2WGRA 2LV3A 4L0UA 1AIUA 4F0BA 2K18A 3D4TA 1PGTA 2MMNA 1XWAA 3F4SA 6GSYA 3KTBA 3IV4A 5GAND 5CAXA 3ZREA 4RQXA 2WDUA 3L4NA 1BX9A 5LD0A 4IJ3A 3RPNA 2VL2C 3WGXA 4Z7XA 3VURA 4HUAA 5B7CA 2JZTA 2GQKA 3TKSC 3ERGA 1EP7A 5IMAA 2P5QA 3TDGA 5FT3A 2L5LA 1B9YC 1A24A 3MWHA 3U5RE 3GX0A 1HYUA 5F8BA 3QDNA 2IMKA 1FVKA 3HHVA 3HYPA 4KCEA 2EIRA 3GKKA 5AGYA 3CBUA 5CRGA 2CX4A 3VFIA 2HZFA 4D73A 1R4WA 5HR0A 1YKCA 1EV9A 2VCXA 2ON7A 3L78A 1PX6A 3IPZA 2OE1A 4MK3A 1TK5B 2P31A 1EOGA 3ISOA 2PN8A 1ZZYA 2MZCA 4XS1A 1SD8A 2NDOA 4V1Ag 1O7UA 4I8BA 3TKPA 3KH9A 2C0FA 4IP6A 4ECBA 5ENUA 1A23A 4K2DA 5E59A 5DAKB 1SL1B 2H73A 4OCEA 2R37A 2PERA 2VCQA 1GWCA 2PPTA 4BL7A 2HI7A 3TOUA 3UOMA 3EMPA 1O8XA 5G5EA 2L4QA 4AJ7A 4MPFA 1HNCA 2JSZA 2O7KA 1A8LA 2K6VA 1X9MB 4DSSA 3D21A 1FB0A 1SJZA 2RM5A 3ZMLA 2FGXA 2NTOA 1TRUA 1F9MA 4YQVA 3C71A 1TU7A 3GIXA 4Q5RA 5B6NA 4MLYA 2DC5A 2XBIA 3KP9A 1EV4A 2GSSA 3HXSA 4RUVA 2L6DA 3QD9A 1OC9A 3DMLA 4GQCA 2L4CA 1ML6A 2IMDA 3SBCA 5C00A 1ACVA 4MH3A 2K9FA 4JE1A 4AJ6A 2GSTA 2P0GA 1GSSA 4KA0A 1Z9HA 3KP8A 4CDOA 4MJBA 2ZNMA 2REMA 3KM6A 3GMFA 1VF2A 3ZZXA 4ZIJA 1R26A 2N5FA 5GSTA 3EYTA 5EY6A 1SL2B 4CW9A 2KP1A 1YZXA 2ZCTA 3GNJA 3GN3A 2YP6A 3GTUA 2CVDA 1Z7RA 2H01A 2E7PA 1SJ6A 4OMVA 2GQLA 5GZZB 2LJAA 3O3TA 5AIVA 2H1GA 2HXKA 4K7IA 4IBPA 5DJLA 3HDCA 1XVWA 2FLSA 3ZFBA 1GTUA 2CV4A 5ECLB 5ECMB 3DIEA 2YJHA 4JBBA 6GSWA 4ECJA 2DJ3A 4DSRA 2RIIA 1XXUA 1Z3EA 2JACA 1T8EB 4I5QA 4Q5QA 2V2GA 1BG5A 1K0OA 2VCVA 1ZOFA 4KH7A 3DKSA 3S9FA 1V9WA 1H4OA 2QKEA 1UN2A 3KMNA 4TXOB 1XZOA 5A4WA 3HVSA 1THOA 3H79A 3ZITA 2VD0A 3HJMA 5CNWA 3APOA 1BYEA 6GSXA 4KNDA 6GSUA 3UVTA 2KHPA 2AJQB 1LU4A 1VRSD 1S3DA 2BTOT 1XPVA 5C04A 4K9ZA 4GXZA 5ID2A 1M2BA 1SYRA 3FZ9A 6GSSA 3IC4A 4TRXA 2E2GA 3M9KA 1GNEA 5ECNB 2O85A 2PMTA 1B4PA 1XOAA 4ZB9A 2H66A 5J41A 2ES7A 1BQ7A 5JCGA 2N5BA 2HFDA 2YV7A 2CZ2A 2K8SA 2B3SA 3E3EA 4MZBA 1WRYA 2QC7A 5COHA 5J5NA 3QPMA 1V57A 2DJ2A 1ABAA 2PVQA 2JZRA 3BBYA 2HZEA 4HU9A 2YCDA 2H72A 5D73A 1RK4A 5DQYA 1YQ1A 2C0GA 3CSHA 1EGOA 3P2AA 1EWXA 5D9TA 4OWYA 4O92A 4GWRA 4TR0A 1TRVA 2VM1A 4N10A 2I81A 3ED3A 1BJXA 3CYNA 3BOAA 2AYTA 3GKNA 1MDJA 4KB3A 1SK1A 1ZGNA 1A8YA 1K0MA 1F3AA 2JADA 2YZHA 1SU9A 3PINA 1PL2A 2H8LA 1A2LA 3BJ5A 2VL9A 1U3AA 3ERFA 2GZZA 5D9XA 1XWCA 1ERUA 1JHBA 2IJYA 4K0NA 4PQ1A 2C3QA 5FHIA 4LMVA 1K0CA 3HZ4A 2FWGA 2LNTA 2B7KA 3IOSA 2GTUA 3A2WA 2I3YA 2IL3A 4HJ2A 2V6OA 2CQ9A 2I4AA 3EU3A 1TRWA 3F4TA 1QK8A 5CYYA 3IAM2 4EXJA 3C8EA 3GURA 3OR5A 2B1LA 2A2SA 2X99A 1MDIA 3FZ4A 4PURA 5CREA 1QMVA 5F06A 1CQHA 2LRNA 2F9SA 4IVFA 3QOUA 5IQYA 2GZYA 2F51A 4ZL8A 2C8UA 2C3NA 2R2JA 2PU9C 1GSFA 1TW9A 2CAQA 4N0ZA 1JZWA 3U6VA 5ECSA 1KBNA 1A0FA 3WT2A 2M80A 1VF4A 4ISDA 4YAPA 22GSA 4PQHA 2IFQA 1TK8B 2IPAA 4ECIA 4XCSA 3VPTA 2VLVA 2DIYA 2H0IA 4KSMA 2WJUA 5GSSA 1AAZA 4L8EA 1X9SB 3DVWA 4HEA2 3F3QA 3TOTA 2MMOA 3APSA 3EVIA 4F2IA 5JWQB 3TJBA 5AN1A 5IPGA 1TTZA 3GYKA 3A5WA 1DE1A 1N8JA 4TR1A 3HY2A 4N30A 4LA1A 4HZ4A 3RHCA 2J23A 9GSSA 2MMAA 3LGCA 4L0WA 1G7OA 2GS3A 5F05A 4BVXA 1B4QA 3LEFA 1GTAA 1PD21 5KN2A 2M46A 3KMOA 4LL1B 4ZBBA 4QQ7A 4ZL7A 2VL2A 20GSA 1WP0A 4MF6A 3UVHA 3L9SA 1E2YA 3P90A 2HNLA 4KDYA 1UA5A 1XFLA 3A3TA 1XWKA 2PUKC 4L5LA 2IN3A 3TKSA 3G7JA 1JZRA 2WB9A 3MDKA 3I43A 1U87A 2H6XA 1GLPA 4TN8A 3LJRA 4DSQA 1PRXA 5IOWA 12GSA 18GSA 5ELAA 4FYUA 3F4RA 3BCIA 3TKQA 4POBA 3RPPA 1E6BA 4XS4B 1XW9A 3CRTA 3E0UA 5H5SA 3FR3A 3W8SA 1SKWB 1GNWA 1GULA 3GKXA 3N5OA 4XTSA 1O73A 3US3A 1GSDA 2DJ1A 3TGZA 4MDCA 1SYXA 2CA8A 1CQGA 2TIRA 1F6MC 3EE2A 3HCZA 2VUPA 1OKDA 5DAKA 3TRPA 2FA4A 2H1AA 4X43A 4BA7A 1R5PA 5IOXA 2FHEA 4HDEA 4GQFA 1HD2A 4JU5A 1Z6MA 1GH2A 3IA1A 4HI7A 1T00A 3GA4A 1G7EA 5DALA 4ZL9A 3GH9A 1Q4JA 3KTLA 3TUEA 2MBTA 1W4VA 2E2MA 11GSA 2PGTA 5IMDA 1TP9A 2NPBA 4WR5A 3KH7A 3IDVA 2R3XA 10GSA 1FG4A 3VK9A 5KEJA 4F0CA 4JRRA 1TRSA 1NHOA 4ZBAA 2DJKA 4IELA 5HR1A 4D73B 2X64A 2AUVA 2YWOA 2B7JA 3IHQA 2JZSA 1JLWA 1V58A 5KN1A 3CSIA 1M99A 3VI5A 3UJ1A 5EPFA 3GHAA 3KZQA 2LJRA 3ZIJA 3IK7A 3F3RA 2H74A 3QAVA 1YEXA 3CTGA 5DBQA 1EEJA 5JCWA 1PKWA 3FR9A 1ZYEA 4WF5A 1WJKA 4KCAA 4K6XA 2VLUA 3CMIA 1M7TA 4PQIA 1B9XC 1F2EA 2LNSA 1NM3A 5GAPD 1FB6A 4FO5A 2VL3A 5IMFA 2VCTA 1PSQA 1BEDA 4PUAA 5D96A 1I9DA 3LFLA 3HD5A 4O5RA 2P5RA 2E0QA 4V2LA 1Z5YE 5E4WA 3PH9A 3VI7A 1K3LA 4O7HA 3APQA 2OKAA 2KP2A 4MF7A 1WIKA 3G7IA 4K0GA 2XPDA 3FZ5A 1XIYA 3SWLA 1Z7PA 2JSYA 1ERWA 1QGVA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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