1T1VA

Crystal structure of the glutaredoxin-like protein sh3bgrl3 at 1.6 a resolution
Total Genus 34
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
34
sequence length
93
structure length
93
Chain Sequence
MSGLRVYSTSVTGSREIKSQQSEVTRILDGKRIQYQLVDISQDNALRDEMRTLAGNPKATPPQIVNGNHYCGDYELFVEAVEQDTLQEFLKLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the glutaredoxin-like protein SH3BGRL3 at 1.6 A resolution
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein
source organism Mus musculus
molecule keywords SH3 domain-binding glutamic acid-rich protein-like 3
total genus 34
structure length 93
sequence length 93
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04908 SH3BGR SH3-binding, glutamic acid-rich protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1t1vA00
2DJ2A 1M2BA 4RI7A 5HFIA 2H76A 2GSQA 4LMWA 1OE8A 4IELA 4MA9A 3I43A 2OE3A 4TN8A 1T7PB 5D9TA 4DSRA 1I5GA 2VD0A 5KN3A 1YQ1A 3ZFBA 2X64A 1VF4A 13GSA 5LNKe 2IMFA 1BJXA 5JWOB 1A2MA 2BMXA 2R3XA 5ID2A 1TDIA 20GSA 3UL3A 1GTAA 1F3AA 4NXIA 3TRQA 4AGSA 3H93A 2LQOA 3QFBC 4MCUA 11GSA 4TRXA 4N10A 6GSTA 1EGRA 4I8BA 2DLXA 3J7Yk 4K9ZA 4BA7A 1R4WA 4HU7A 2E2MA 2GSTA 3I69A 5D73A 3UOMA 1TRWA 2LS5A 2YANA 4MF6A 5D96A 1YJ6A 5CP1A 3WT1A 2WS2A 4KAEA 4JR4A 2RIIA 1B8XA 2GZPA 5G5FA 2JZTA 2DJKA 1GSUA 5ECSA 3G9BA 3ED3A 5IO2A 4PGTA 5J5NA 1K0OA 2DSAA 4KB3A 5DBQA 4TOPA 4ISDA 2H30A 1B9XC 4TR1B 4PURA 1ILOA 4GTUA 3VLNA 2MMNA 1GUMA 4NMUA 3APOA 3M0FA 1JFUA 4KA0A 3UBLA 2A2SA 1SL1B 1VF3A 1ZMAA 2X99A 1SKWB 2ALBA 3K8NA 5ENUA 3IE3A 4F0CA 3KP8A 1VF1A 4JEDA 3CYNA 5D9XA 4MJBA 5AISA 5HR0A 2GSSA 2YP6A 2P31A 3F0IA 4E8EA 1ON4A 2FHEA 4LMVA 3UMAA 1WE0A 2YNXA 1DBYA 1YEPA 4IJ3A 5DALA 5A4UA 3C7MA 3IR4A 2IMIA 4D73B 2YCDA 3RHCA 3RAZA 4PNGA 1TW9A 4MDCA 3EURA 3GMFA 3HCZA 5E59A 3GX8A 2PBJA 3WGEA 2DMMA 3F9UA 1SK1A 2LUSA 3MDKA 3ME8A 1XW5A 3H1NA 1UN2A 1AXDA 2H75A 3H8QA 1U88A 3IAM2 4V1Ag 4ECJA 4MK3A 3GNJA 4IGJA 1U3AA 3CXGA 3KD0A 1G0TA 1G7EA 6GSYA 1Z6NA 5CRHA 4BVYA 4TR3A 1MD4A 4EXJA 5G31A 4MF7A 4HJMA 4DSSB 1EWXA 2B7KA 1M99A 1GSDA 4MJAA 2I3YA 3ZMLA 2H74A 2XPDA 4ZB8A 3U5RE 4FO5A 4J2FA 2DIYA 3P7XA 2ON7A 4YQUA 4YH2A 4IVFA 3D22A 3L9SA 4AJ8A 1I9DA 2FGXA 4KDYA 2A2RA 1A23A 4GQCA 2EIRA 2HNLA 3ZLPA 4GSNA 4BVXA 4L8EA 1FAAA 3D5JA 1VRSD 1XW9A 4ZB6A 1THXA 3W8SA 2WRTA 1GTUA 4HJ2A 3DVWA 5B6MA 5CRWA 4IS0A 3E0UA 4KCAA 3A2WA 4KE3A 3F3RA 3UEMA 1K0CA 4WF4A 1FO5A 1U6TA 1V98A 4KCEA 2F51A 1PKZA 4IJIA 5KN0A 3EYTA 3FY7A 4KDXA 4PQ1A 5D9WA 4KUNA 1GULA 3QD9A 3FZ4A 1WWJA 2NPBA 2I81A 3ZVJA 2LNSA 3P8WA 2H1AA 4TXVA 4IHUA 2MMOA 4OMVA 4MH3A 1QGVA 3LORA 4CW9A 1Q4JA 2KP1A 4V1Ap 4MZBA 4FYCA 4ZB9A 2DMLA 1JLWA 3ME7A 2H6ZA 5AIVA 2I1UA 4GRFA 2HRFA 4Q5NA 2N5AA 2P0GA 2YWMA 4RQRA 1PGTA 3FKFA 4EE0A 2F8FA 3ZIJA 2JL4A 1UA5A 5D8IA 1K0DA 4NWYA 2HZEB 3F4SA 3PINA 2H70A 1SENA 4F82A 5DAKB 3TGZA 3QDNA 1XW6A 2B7JA 4XIHA 4MPGA 4V2LA 4TR0A 1GUHA 2XPEA 2LNTA 3IK9A 2DBCA 1PX7A 1N8JA 4BL7A 3HZ4A 2B5XA 5JCWA 4F9ZA 1OC3A 4EVMA 1K3YA 3H4KA 1SJZA 1TK8B 4X43A 1M9AA 3KH7A 1JLVA 2OBKA 1QK8A 8GSSA 1MDJA 3KEBA 5CRDA 2MBTA 1PL1A 2VD1A 5LD0A 2JZRA 1XBSA 1XWGA 1U3IA 3DKSA 2ON5A 1SD9A 4WBRD 5EPFA 3GYKA 3M3MA 1NHYA 3F4TA 4I6XA 1TI3A 2VCWA 2VO4A 4ILFA 5ECMB 1N2AA 2H6YA 1AUCA 2B5YA 4ZXGA 2RM5A 1TKDB 1SL2B 3QPMA 1K0AA 3LJRA 1KEBA 3KGKA 2C0EA 4WKWA 1OE7A 2WJUA 1SD8A 1A2JA 1ZYEA 2AYTA 2C0GA 4RI6A 3FR6A 3BCKA 4EO3A 2FCHA 3FR9A 2WDUA 3EU4A 2C3QA 3KTBA 1GSYA 4KSOA 1HNBA 2QC7A 4NAXA 4EDYA 1DUGA 1TU8A 5JCUA 5GAND 4XRDA 1C72A 5CO3A 3L0HA 1XOAA 5ECPB 1IYHA 2RLIA 3D6IA 2LJRA 1MTCA 1PSQA 2HE3A 3LFLA 2H1DA 2VUPA 3RPPA 2H6XA 5IM9A 4WF5A 3TKSA 2FA8A 2JACA 4OFTA 2H1BA 1Z6MA 2AUVA 1CQHA 3TJGA 2AB6A 3WD6A 4K0NA 2X8CA 3LEFA 3F63A 1NSWA 5HR1A 4DSQA 2JADA 5COHA 1BYEA 5DQYA 1S3CA 4GCIA 4JZQA 1MDIA 2CA8A 2AV4A 2MZCA 5J9BA 6GSVA 4DSSA 4IP1A 3GKMA 1H75A 2QKEA 3KJYA 1M2DA 1W4VA 4YAVA 3QAWA 4OFMA 1WPIA 1V9WA 4GWRA 3IAS2 3D0ZA 1O6JA 2VOCA 3VWWA 1S3AA 2FWGA 1AQXA 1M2AA 2YWOA 4K8MA 4QL9A 3DGQA 3FR3A 3FZ5A 4GSSA 3I6AA 1SYRA 2YJHA 3DEXA 2VLTA 3KH9A 1WIKA 2EIOA 2AHEA 4YQVA 1U87A 4WBJA 4WXTA 1MEKA 1AQVA 2V2GA 3N9JA 4I2TA 3VURA 3KM6A 3HXSA 1XVQA 1EP7A 2LRCA 5DCHA 1PN9A 3S9FA 1ERWA 2VL2A 3F6FA 1GWCA 3ZL5A 4O32A 1TRSA 1HYUA 2VCZA 4HOJA 4MH2A 2GTUA 1T4YA 1HNCA 1ERVA 2MMZA 3ZRDA 2FUG2 4K6XA 3A2XA 4LL1B 1TI1A 5GAPD 2GLRA 2GS3A 1E6BA 3PH9A 2RUFA 2R37A 5F05A 5IOXA 3TDGA 5HR3A 2CAIA 2GVPA 2X8GA 5DDLA 1EOGA 2R5GA 2ZCTA 4H86A 4ZBAA 5G1LA 4HUAA 3FHKA 1Z9HA 3GTUB 1ZZYA 1JZWA 1OAZA 2KHPA 2GGTA 1OC9B 2LJAA 5ECHB 4JU5A 5G2ZA 2P5QA 3G7IA 3QOUA 5ABRA 4ZL9A 2HZEA 3Q6OA 2LV3A 3VWVA 5INYA 5J3RA 3HD5A 5DAKA 1JZRA 2K18A 2OJLA 1LJRA 1XWKA 2C3NA 2JSYA 1FB6A 1J0FA 1V57A 4MF5A 1RK4A 4AF2A 2OA7A 4YAPA 3NIVA 4GLTA 22GSA 4MABA 3APQA 4G9HA 4P3YB 1EV9A 3QR6A 1GTIA 1T4ZA 2VM1A 1GLQA 2N5BA 3TKPA 3UARA 3O3TA 2H01A 2VCTA 1RQMA 5EY6A 4K7IA 5IMAA 5E4WA 4ULXA 4LLRA 5AGYA 3VI7A 3HVSA 4HZ2A 5HFGA 3GKKA 5GSTA 2CT6A 4ZBBA 1VGLA 2GT5A 3KMNA 3M1GA 4KH7A 1SK0A 2HYXA 4PX1A 3US3A 1XPVA 5JWRB 1Q98A 2V1MA 4O5RA 3E3EA 1HD2A 4PQHA 1T8EB 1OKDA 2PUKC 5CRGA 2O8VB 4DEJA 2DJ1A 4WR5A 1GL8A 3ERFA 5F8BA 5L71A 1B4PA 2DJ3A 1AAZA 1S3DA 3Q74A 1BG5A 1SJIA 4RUVA 3HA9A 2C3TA 3NZNA 4GSTA 4O7HA 3FZAA 3CRUA 2OACA 5CAXA 1R5AA 3DIEA 2P5RA 4BWQA 2B3SA 5ECQB 1EV4A 1GP1A 2VAFA 2X8HA 5IMZA 2VLVA 2HZFA 2OADA 3L78A 3RHBA 4ECBA 2FWEA 3LXZA 1WRYA 3P90A 4TW5A 3RDWA 2GDRA 1DE1A 4POKA 1A2LA 2AAWA 3EMPA 4N0ZA 6GSSA 3GKXA 3KTLA 4N11A 1SK2A 1BQ7A 4K0GA 1TXXA 1R7HA 3IA1A 1HNAA 1Z7RA 4X1UA 1J9BA 2YZUA 1ABAA 1XWBA 2BTOT 3IBHA 2FA4A 2YJ7A 4POMA 4CHSA 2E2GA 3L4NA 4ECCA 3WGDA 3TUEA 3EU3A 1YKAA 1ML6A 3P2AA 3J7Yb 4LL4B 3TB2A 4XS4B 2HT9A 4NHZA 5HQPA 3TKSE 4PQIA 2CZ2A 19GSA 4HEA2 3TOUA 2C0DA 2CV4A 3HHVA 1XWAA 3F6DA 3WGXA 2K8SA 2B1LA 3O6TA 2XC2A 1X9WB 5HR2A 3HYPA 2J9HA 2CVDA 14GSA 4EUYA 3GURA 4MMMA 1A0FA 3FK8A 2H8LA 3DXBA 2AJQB 1TK5B 1PKWA 4KW6A 4X0XA 3ZVJD 3DYRA 4I97A 4PUFC 1ZGNA 2H0GA 1GSFA 3QMXA 4XCSA 2GZYA 1WMJA 2HSYA 2H0IA 2VIMA 5J41A 2QSIA 2HI7A 4IQ1A 1XFLA 4QL7A 2HRNA 2PMTA 3IV4A 3HY2A 1M7TA 5ECOB 3ZTLA 5IMFA 2R6KA 3GL5A 3FZ9A 4IW9A 2L57A 3LGCA 2A4VA 7GSSA 4ECIA 1ST9A 3LYPA 3IDVA 3M8NA 3ZZXA 5KEJA 1FOVA 3IRAA 1GH2A 1DE2A 5G1KA 2PVQA 5D93A 4O92A 4XS1A 2V6OA 3GA4A 1R5PA 3EE2A 2B5EA 5ECNB 3GTUA 5DJMA 3ZMKA 1OC9A 1EEMA 2HSHA 4OD7A 1O73A 3F4RA 2EC4A 1W89A 4K7NA 4FYUA 4POBA 2TRXA 1B4QA 5AN1A 18GSA 5G5EA 1WOUA 1OYJA 1X5DA 2H66A 4OCEA 5D9VA 2F8AA 3TRPA 4TR1A 4FYBA 5DALB 3F3QA 2NTOA 2BJXA 4KX4A 1X5EA 4J56E 3GHAA 5B8AA 5DCGA 2GSRA 4JE1A 3EINA 4EDZA 4XTSA 3GV1A 2FLSA 1F9MA 3ERWA 4KNDA 5IO0A 1O8WA 5F0GA 2O7KA 3LYKA 3CTGA 4HQZA 4WETA 1FHEA 3V1WA 4Q5QA 4ZBDA 2FD3A 3GL3A 2YN1A 4D73A 1B9YC 3L9VA 5ECKB 1DSBA 5ECIB 2J23A 2RM6A 4Q5FA 1KBNA 2V6KA 2M80A 4NV2A 1PX6A 4K2DA 2GT6A 2LQQA 1LBKA 2PN8A 3ISOA 3HVXA 1HQOA 1XVWA 3ERGA 3KZQA 2VCQA 3KXOA 1G6YA 4MP4A 5F07A 1ACVA 3HDCA 1TRVA 3HJPA 2L5LA 3HZ8A 5FWGA 3IC4A 2VL2C 3MAKA 5FHIA 4F03A 4F2IA 4GF0A 3DRNA 4WR4A 5ECRB 2ZUPA 2LSTA 4ML1A 3A5WA 2YZHA 3TJKA 3MSZA 3WT2A 3D4MA 1G6WA 5GZZB 2V41A 3FYGA 5EVOA 3C73A 1F37A 4I5QA 3SWLA 1SU9A 4MLYA 3ZIVA 4HZ4A 4IQAA 1FG4A 5J4UA 2PGTA 3RPNA 5F06A 1MD3A 1V40A 3TJFA 1GNEA 4GQFA 3VPTA 12GSA 1H4OA 2KOKA 2YV7A 3GRXA 2C80A 4WEYA 1NM3A 1MDKA 1XZOA 3IXRA 1OC8A 3I9V2 1EP8A 3DVXA 2YOIA 1ERUA 2H72A 1CQGA 1T00A 4MZCA 3QAVA 4OO4A 2GQLA 2WFCA 1JZOA 1PMTA 3KIJA 4JR6A 5JCGA 1ZL9A 4FH8A 3NOFA 4J57E 3A2VA 4XS4A 3HVVA 2WZ9A 1KTEA 1J08A 3ZREA 1QUWA 1VF2A 1WJKA 1BX9A 5LCZA 4LA1A 4YQMA 2L59A 3TKQA 3RBTA 2CVBA 4IN0A 2L6DA 4POLA 3TOTA 4RQXA 1YF1A 4ZILA 1URMA 5IQYA 1FVKA 3QAGA 5IMDA 2OBIA 2IMEA 3DWVA 2HLSA 3UAPA 1YF0A 2IMDA 3F8UA 2FY6A 3O76A 1FB0A 5KN1A 4TXOB 2YV9A 1ZOFA 4MJEA 3GUSA 1K0MA 4ZL7A 1X0RA 5IMCA 3TKRA 2LJKA 2IMKA 2D2ZA 3JCML 3G7JA 3BBYA 3CTFA 2K8VA 1WP0A 1K0NA 2DIZA 1OVNA 1ZYQB 4L0UA 1A8YA 1USBA 5IPHA 2IN3A 4E8HA 1F3BA 3APSA 2V32A 4KSMA 3L9UA 3D21A 2WB9A 10GSA 5JWQB 4AJ7A 1GUKA 1XWCA 4BWSA 5A5KA 3A3TA 2DJ0A 5DJLA 2KP2A 1AQWA 1AIUA 4GXZA 1ZCPA 4JRRA 2MMAA 1SL0B 2L6CA 4G10A 1QQ2A 4MZWA 4OFNA 2VCXA 1UVZA 2YPMA 4I2UA 4OCFA 5J9CA 5C04A 1BEDA 3GX0A 1A0RP 2DJJA 3CSIA 3DD3A 2FNOA 5ECLB 4ACSA 3PGTA 2OKAA 3MWHA 3PR8A 5G30A 1A24A 2XHFA 3OR5A 1GSSA 3LSZA 3CSJA 2XBQA 4EC0A 2CAQA 3EVIA 4FIWA 3VWUA 4OO5A 1K0BA 1O8XA 2JZSA 1ERTA 1PL2A 1XXUA 3C1RA 3FW2A 2CZ3A 4HU9A 2C4JA 3KP9A 3C1SA 1EEJA 5AIXA 4Z7XA 2VLUA 5KN2A 1JZDA 5DVBA 5IMVA 3Q19A 1XOBA 3BJ5A 1R26A 3ZITA 2O85A 2E0QA 4NHWA 5H5QA 2YWNA 3EC3A 6GSXA 2QGVA 2NBSA 6GSUA 2RUEA 2G2QA 3VWXA 2MBSA 2O89A 1EOHA 2C8UA 4ML6A 2IFQB 1BAYA 4N30A 1G7OA 2L4CA 3SBCA 1OKTA 2KUCA 5DQSA 2O87A 1O7UA 2NDOA 1QFNA 2VCVA 3TJJA 3CMIA 2E7PA 2CVKA 2LRNA 5IIZA 1IYIA 3UJ1A 1AC1A 2R2JA 2NVLA 1TK0B 5B6NA 4CDOA 1Z7PA 1O85A 2IIYA 3QFAC 2CQ9A 4IP6A 1SKSB 1EZKA 3GH9A 3TRXA 3HJOA 3VI5A 2JU5A 3UVTA 2M72A 1T1VA 1GRXA 1GNWA 1T3BA 5ID2B 3WYWA 1FVJA 3ZYWA 2R4VA 2I9HA 1YDKA 1TP9A 3R2QA 1TRUA 1Y25A 1F2EA 3LQ7A 1XCCA 2TRCP 2VM2A 3LXTA 5EL8A 1YZXA 4G19A 2F9SA 4IBPA 4HS1A 5H5RA 3TJBA 2Z9SA 1B48A 3LWAA 5FT3A 3MNGA 2OE0A 4PUAA 2L5OA 1FW1A 3E9JB 3EMXA 2H19A 2PERA 5H5SA 4ZIJA 4ZL8A 5A4WA 1O81A 2GZZA 3FRCA 3M9KA 4TKYA 3BOAA 1UC7A 3GSTA 1THOA 1TOFA 1YEXA 2LKUA 1XIYA 1X9SB 2LEGA 4DVCA 1V58A 2CX3A 1A8LA 1Z3EA 2HFDA 2IJYA 1JHBA 5IPGA 1TU7A 2K6VA 3GKNA 4BPYA 1NW2A 3GIXA 1KNGA 1NHOA 3UVHA 3HKRA 2IL3A 5HFKA 5C00A 3GSSA 4N0VA 3TCOA 2GQKA 3W8JA 4TXOA 4XRAA 1RW1A 1E2YA 2H0HA 1SJ6A 2REMA 6GSWA 1GSQA 1YKCA 3W6GA 4XHMA 3TKSC 3IOSA 2CX4A 2YWIA 2PVOC 5CNWA 1PA3A 3N5OA 2GQMA 3CBUA 3IPZA 3KMOA 3M9JA 2OE1A 3LG6A 5ELGA 4L0WA 3HJMA 2KLXA 3FEUA 4EKZA 3H79A 3U6VA 2ES7A 3KCMA 2EIQA 1AW9A 1M9BA 2LRTA 4K1FA 1F6MC 2XBIA 4V2MA 3GH6A 17GSA 2VL3A 5A4VA 4HDEA 1TJDA 2JSZA 5B8BA 4ID0A 5ELAA 2H1GA 1K3OA 4QQ7A 2PPTA 1EGOA 3CRTA 2H73A 3GFKA 3QCPA 2L4QA 2FWFA 4K7OA 3G7YA 4V2NA 1GSEA 4MJCA 1Z5YE 4KGIA 3AY8A 2I4AA 1V2AA 2FWHA 1PQNA 4F0BA 5IOWA 2C1YA 4L5LA 4XS6A 2TIRA 4G2EA 1GLPA 1PD21 4JBBA 1X9MB 2PU9C 3CSHA 2F3MA 3BD2A 5CYYA 1TTZA 3VFIA 1X5CA 4MPFA 3UIWA 1SYXA 2B6MA 4AJ6A 2WCIA 1QMVA 2PWJA 2IWTA 4NV5A 1M0UA 4L5OA 4TR4A 2DC5A 9GSSA 2N5FA 3BCIA 3EWLA 3UBKA 2MYGA 16GSA 4IKHA 2G0FA 4PNFA 4KDUA 4OWYA 3GN3A 1SKRB 4TVEA 3IHQA 1QXHA 3VK9A 1PRXA 2LTKA 2IPAA 4Q5RA 4NPBA 3C8EA 2H71A 2C0FA 5CREA 2WULA 5B7CA 2HXKA 5GSSA 4EF0A 4HI7A 1LU4A 3IK7A 1GTBA 1K3LA 2IFQA 2ZNMA 3C71A 2K9FA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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