1TK0B

T7 dna polymerase ternary complex with 8 oxo guanosine and ddctp at the insertion site
Total Genus 23
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
23
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for the dual coding potential of 8-oxoguanosine by a high-fidelity DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*CP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*A*CP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*C
molecule tags Transferase/electron transport/dna
source organism Enterobacteria phage t7
total genus 23
structure length 105
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-06-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1tk0B00
1SD9A 2RM5A 1FHEA 3O3TA 4XS6A 4FO5A 4WBRD 1ZGNA 5ECNB 4KDUA 4KB3A 4D73B 1PGTA 3GX0A 1HQOA 3EYTA 3IC4A 4YQVA 2K9FA 5CAXA 3D21A 3CSIA 3ME8A 4JR6A 5D9WA 2ON7A 2O7KA 1WP0A 1Z7RA 2C3NA 4DEJA 1U87A 2DMLA 3GKKA 1ON4A 3EVIA 1MDKA 3MDKA 5AN1A 2GT5A 2OACA 2K8SA 3E9JB 4MLYA 2JADA 2PN8A 1HNAA 3GTUB 2ON5A 3EU3A 4IP1A 3A5WA 4MZCA 3ERWA 1I5GA 3DMLA 2V6KA 4IGJA 3D4TA 5HQPA 1BEDA 4I2UA 5A4VA 2LUSA 4OCEA 3RHBA 2IJYA 1QMVA 3F4RA 1X5DA 2E0QA 4G10A 4PXOA 1O81A 3LGCA 3RHCA 3CTGA 4TR0A 1O6JA 4DVCA 3GYKA 3GRXA 4IHUA 3M8NA 1SU9A 1SYXA 1B48A 1GTUA 3DIEA 4G9HA 1PL2A 1R5AA 1S3AA 5ABRA 1HNCA 1TTZA 1YDKA 2VCWA 4LMVA 1DE2A 5E4WA 3KIJA 1DE1A 2G2QA 5EY6A 3V1WA 2FD3A 3N9JA 3GSTA 4KNDA 1GP1A 4BVXA 1OC9B 3UBLA 4V2MA 1NHOA 2IN3A 5G1KA 4D73A 1PKWA 1GNWA 2TRXA 1EGRA 1XIYA 1ZOFA 2KLXA 1GH2A 4EUYA 5HFIA 5KN3A 1AUCA 1W4VA 1K3LA 2LTKA 4GCIA 2LSTA 1JZOA 4I5QA 3TJKA 4CHSA 4ECIA 3E3EA 1PL1A 3UEMA 2CVBA 2LNTA 3ZIVA 3I43A 5JWOB 3VURA 1DSBA 4MDCA 6GSSA 20GSA 3ZVJD 2IMFA 2C1YA 3LG6A 2M80A 4ECJA 3WT1A 5J9BA 1XBSA 5D9VA 2VCXA 4KSMA 5FWGA 4KA0A 2DIZA 4GQCA 3WT2A 1G6WA 3F3QA 3CRUA 2C0DA 3PINA 1FO5A 1N2AA 4OFMA 2H0IA 1XVWA 3BBYA 2K8VA 2FUG2 3QDNA 5J41A 3QFAC 1BJXA 2QC7A 3IDVA 3LWAA 1EV4A 5HR3A 3LYPA 3C7MA 3GL3A 2LQOA 2PVOC 2YV9A 1A0RP 1JZWA 1B9XC 1O8XA 3ZMKA 6GSYA 3F8UA 3KGKA 1OE8A 1GTAA 2AV4A 1U88A 2R2JA 2F9SA 3M3MA 1OC9A 4RI6A 4WEYA 2A2SA 2R37A 1OAZA 1Z3EA 5CREA 3TB2A 2Z9SA 3G7IA 4AJ7A 4ZILA 1YEXA 3PH9A 1V9WA 4EF0A 4IJ3A 2HYXA 4IQAA 1EOGA 2DMMA 3PGTA 5B6MA 3HD5A 1GUHA 2H70A 2VD0A 4J56E 2DC5A 2I9HA 2XPEA 1SJIA 3DVWA 3I6AA 1VF2A 4CW9A 4OO5A 3TKRA 1AAZA 4MZWA 1UN2A 1ILOA 3DD3A 2OADA 1HD2A 2ALBA 5DJLA 1NW2A 3H1NA 2GSTA 1MD3A 4TR3A 1K0BA 5CYYA 3IK9A 4POBA 1WMJA 4YH2A 3VWWA 3HZ4A 5D8IA 5ID2B 2MBTA 2VAFA 4TXOB 2X8GA 2WULA 2N5AA 4ZXGA 1HYUA 1MTCA 3FY7A 4Q5QA 3VWUA 2WDUA 4HDEA 2RIIA 3VPQA 2B1LA 4MK3A 4V1Ag 4KDYA 1Z7PA 3FHKA 2DJJA 4MJBA 1SKSB 6GSTA 3EE2A 4MH3A 1F3AA 5IMCA 1KTEA 2L5OA 4JZQA 1ERVA 3IR4A 3GH9A 3U6VA 1Z6NA 2GS3A 2O89A 2FY6A 3C8EA 2PERA 2CZ3A 3CBUA 3KH9A 4IKHA 3ZREA 4DSSB 3ZITA 5DCHA 5IMZA 3PR8A 4F9ZA 5GSSA 4NV5A 2VO4A 2GSSA 3TKSE 3SWLA 4TR1B 4K9ZA 2O87A 3OR5A 3BJ5A 1XZOA 4JE1A 1X9SB 1VGLA 5GZZB 3G7JA 5IPHA 2OE3A 3HJMA 1XWAA 1JHBA 2YNXA 2LNSA 3ERFA 3VK9A 2VLVA 4ZBBA 3KP9A 3DRNA 1G6YA 2DLXA 2KHPA 3A2XA 4XCSA 1WPIA 2L6CA 2H6YA 5A4UA 1K0NA 2NVLA 3KH7A 2P0GA 3L9VA 5B7CA 3VWVA 3O6TA 2JSYA 3N5OA 1B8XA 4GQFA 4TXOA 1ZZYA 3TDGA 3FYGA 3FZ9A 4AJ6A 4BWQA 4HEA2 2DSAA 4MPGA 1K3OA 3LFLA 4G2EA 1J0FA 1V40A 4GLTA 4K6XA 3EC3A 3HA9A 3QMXA 2VLUA 2HFDA 2FWEA 2OJLA 3US3A 3DXBA 3H4KA 3LXTA 4KX4A 2GT6A 4ZB6A 2QGVA 4QL9A 3IK7A 4NHWA 4DSSA 2JSZA 2C0EA 4HJMA 1SL0B 3CSJA 2GSQA 4WXTA 5ELGA 5A4WA 5ECSA 2CX3A 4J2FA 5F05A 2X8CA 2GSRA 3D6IA 1C72A 1XCCA 3GKMA 1T7PB 4POMA 4WKWA 3DGQA 1SJ6A 2I4AA 2LRNA 3I69A 4ZIJA 5J5NA 2NBSA 1TKDB 4AF2A 1YQ1A 2VL9A 1GNEA 3GKNA 5CNWA 3BCIA 5ECHB 3HVVA 4IQ1A 4AGSA 4MF5A 2LJRA 1QXHA 1B9YC 2PU9C 3IRAA 3KMOA 2KP1A 1VF4A 2LRCA 1A8YA 3KMNA 4ZB8A 3L9SA 4PQ1A 2YOIA 3GV1A 5ECOB 2JZSA 5DAKB 4DSQA 3FZAA 3C73A 5HFGA 2VIMA 1GSUA 2DJKA 4EO3A 3APOA 5E59A 2FA8A 1AQXA 4DSRA 3TOUA 3EINA 2A4VA 5CO3A 4F2IA 2B7KA 5HR0A 3WGEA 3LORA 2HZFA 4F0BA 1YY7A 1OYJA 1J08A 2FWHA 4PGTA 3UJ1A 4LL4B 2HNLA 4KW6A 1OC3A 4E8HA 2YJHA 1YZXA 4BVYA 5J3RA 1TK5B 2H0GA 4TW5A 1EEJA 4O5RA 6GSWA 5IMVA 1V58A 4HI7A 3EU4A 2LJAA 2YZHA 4HUAA 4CDOA 2VCVA 1VF3A 3L9UA 3QFBC 3TJGA 3TUEA 3ERGA 2PWJA 3EURA 2H8LA 4MA9A 5ECPB 1LJRA 3UAPA 2IMEA 3DEXA 2JZRA 3UBKA 1USBA 5G5EA 3A3TA 4TKYA 5ECQB 2I3YA 1A2LA 2GQKA 3HVSA 3UARA 5EPFA 5DAKA 1SYRA 3DYRA 1U3AA 5JCUA 5G31A 1IYIA 2O85A 3P8WA 3C1SA 2H76A 2VL2C 2YWIA 4NMUA 5JWQB 4YAVA 4X43A 2MMNA 5CRGA 3KM6A 4GSTA 2ZNMA 1YF0A 2EIQA 1M2DA 3QAVA 4LL1B 2FNOA 4G19A 1ZYEA 2LJKA 4PQHA 2HXKA 2F8AA 3ZTLA 4TRXA 5HFKA 2CV4A 4KCAA 2GZPA 2CVKA 3FEUA 4ID0A 5AIXA 3ZLPA 3CRTA 3LEFA 2H19A 3ZZXA 3UL3A 3HJPA 3Q19A 2ZCTA 4JBBA 1Y6EA 1Z9HA 2YJ7A 4MJEA 1T4YA 4KH7A 4X1UA 2E7PA 4K0GA 2I1UA 3HXSA 3D4MA 3M1GA 8GSSA 1K0OA 1N8JA 1U3IA 2R5GA 1GSDA 2HT9A 1R7HA 2L57A 3KTLA 1FB6A 3TRPA 1A8LA 1PX6A 2LV3A 5KN0A 1K0AA 4F0CA 2GLRA 3CTFA 3EWLA 3GTUA 5D9XA 16GSA 2DJ2A 2N5BA 1T8EB 2K6VA 2VM2A 2HLSA 4GSNA 2B6MA 1FVJA 1GULA 4GSSA 1EV9A 3W8SA 2X64A 3J7Yk 4EC0A 5CRWA 4N30A 3ED3A 1S3DA 2H30A 5JCGA 4LMWA 1RQMA 3NOFA 4YQUA 4H86A 3WYWA 3TKSA 1OKTA 3LQ7A 1F2EA 1ERTA 1FVKA 4MCUA 2OKAA 2YN1A 3D22A 4PURA 1SD8A 2DJ3A 2F3MA 18GSA 1AXDA 3TJFA 1ERUA 4L0UA 4OMVA 1TRVA 4KAEA 3KTBA 2RLIA 1QK8A 4MJAA 3RDWA 1SKWB 2N5FA 4EVMA 3GURA 1BQ7A 1JLWA 1NM3A 3VI5A 1R4WA 4FH8A 3L0HA 1EOHA 2H72A 4TXVA 4HJ2A 2MMAA 2X8HA 2V41A 3HDCA 1XFLA 3TCOA 3ZMLA 1TU7A 3W8JA 5ECRB 1H75A 3W6GA 1S3CA 3GIXA 1LU4A 3D0ZA 2OE0A 3DKSA 1WWJA 1AW9A 4NWYA 2EC4A 3KCMA 4POLA 3ME7A 4FIWA 3U5RE 3IXRA 3IA1A 1PSQA 1U6TA 3HZ8A 2JACA 2HRFA 3IPZA 2P5QA 4K7IA 1F9MA 4IJIA 4F82A 2VCZA 2PBJA 4Q5FA 2BMXA 4P3YB 5F0GA 1MD4A 4MH2A 3FKFA 5DCGA 3LSZA 4V2LA 2H1GA 1EEMA 2XPDA 1GLPA 1K0CA 5IIZA 2JZTA 4I6XA 1I9DA 2H01A 2C3TA 3FW2A 3BD2A 4BWSA 1TRUA 1LBKA 2LS5A 2FGXA 2WCIA 4WBJA 3P2AA 2FLSA 1SL2B 3Q6OA 4JR4A 3BOAA 3L4NA 2WJUA 2JL4A 1XW5A 5AIVA 2MYGA 4HU7A 1WIKA 3H79A 4O92A 2TRCP 5HR1A 1YKCA 4XRAA 1TP9A 3VWXA 2HE3A 2HRNA 1PX7A 2YV7A 2O8VB 2D2ZA 5ECIB 4V1Ap 2ES7A 5IMDA 3WGXA 2HI7A 2R6KA 3CYNA 1THOA 3HJOA 5H5QA 3UIWA 1WE0A 2LRTA 2H6ZA 1FB0A 2IIYA 2WS2A 2AUVA 2R4VA 1OC8A 5ID2A 2TIRA 2IMDA 1YEPA 1SJZA 2P5RA 4GTUA 1TI3A 9GSSA 5KN1A 3MAKA 1YKAA 4ML1A 4O32A 5ENUA 1BG5A 1H4OA 4N0VA 5H5SA 14GSA 3IE3A 5FHIA 4TN8A 1GSSA 4I8BA 5JCWA 17GSA 1TU8A 1RK4A 1GLQA 3GX8A 2H0HA 1KNGA 1O8WA 2OBIA 12GSA 13GSA 2CT6A 2CZ2A 4NPBA 1TJDA 4WR5A 2L4CA 4E8EA 4NAXA 1SK0A 2P31A 5DJMA 1TOFA 4TR1A 3TRXA 1M0UA 2F51A 2MMOA 4TOPA 4ACSA 3TKPA 4ULXA 4IELA 2M72A 2C0FA 4POKA 1Q4JA 1T1VA 1AC1A 4LLRA 4N0ZA 4XS4B 4ILFA 5CRDA 1ZYQB 1SKRB 1JFUA 2NTOA 1R26A 3F6DA 22GSA 3I9V2 1A0FA 1ZL9A 3IAS2 3ZYWA 2H74A 5DDLA 2JU5A 2KUCA 2A2RA 4BPYA 3EMXA 2GZYA 1KBNA 1PKZA 3IOSA 3L78A 1GWCA 5CRHA 2XC2A 1XXUA 2XBIA 3GH6A 3FZ4A 2DBCA 2G0FA 5IMFA 4WETA 5ELAA 3ZL5A 2K18A 1GTIA 1T3BA 2E2GA 3GN3A 2B1KA 4KUNA 3FRCA 3QPMA 2GVPA 1URMA 4IS0A 2YWMA 1PRXA 5EVOA 3IHQA 2VLTA 1ABAA 5F06A 1O7UA 4HZ4A 3A2VA 2H6XA 4L5OA 2F8FA 2YZUA 1XWBA 5INYA 3QAWA 4N11A 4ISDA 3GL5A 1VF1A 4I97A 5G2ZA 2IMIA 4PUFC 2YPMA 5IQYA 2NDOA 2QSIA 3UVHA 1K0MA 1TK8B 3GSSA 1TK0B 3UMAA 3M0FA 2OBKA 3VPTA 3E0UA 4RI7A 3GMFA 2IFQB 2PMTA 3RPPA 4OFTA 5ECLB 2PGTA 3FK8A 3F0IA 3LYKA 4HS1A 2B5XA 4BA7A 5DVBA 2V6OA 3C1RA 3HHVA 5B8BA 4ZL8A 2RM6A 5F07A 1X9WB 1MDIA 2B7JA 4K8MA 1V57A 5J4UA 1XWCA 1QQ2A 4RQXA 2CX4A 3M9KA 4IN0A 1A23A 3S9FA 2YANA 5COHA 3QD9A 3P90A 3Q74A 2XBQA 2X99A 1OE7A 3VI7A 4Q5NA 1K3YA 2EIRA 2LKUA 2BJXA 1FW1A 2OA7A 4EXJA 1PQNA 4K7NA 1GSYA 3QCPA 2I81A 3HY2A 3A2WA 1EP7A 2C4JA 1GTBA 3KP8A 2AAWA 2HSHA 3F4TA 2EIOA 4KGIA 4OD7A 1M2AA 1GSEA 4FYUA 4GF0A 4N10A 4L8EA 4HZ2A 5G30A 3H93A 2HZEB 3G7YA 1BX9A 1O85A 4AJ8A 19GSA 2V2GA 4TR4A 2RUEA 2IFQA 4ECCA 3KZQA 1XWGA 5C04A 1F37A 5B6NA 3LXZA 4ZB9A 5AISA 4EL1A 1EP8A 2NPBA 3ZFLA 2HSYA 1DUGA 3FR9A 2ZUPA 1Y25A 2C80A 4FYBA 2WZ9A 5IPGA 5IOWA 1TW9A 2VM1A 4IBPA 1F6MC 1MDJA 2FWGA 1O73A 3TRQA 6GSXA 2FCHA 2H66A 2DJ1A 5D9TA 4GWRA 2OE1A 3QOUA 5L71A 2GZZA 3D5JA 4V2NA 2FHEA 3NIVA 4MMMA 1NSWA 2V1MA 1K0DA 1VRSD 4MP4A 2MMZA 3RBTA 1X9MB 3ZFBA 4EDYA 1TI1A 10GSA 3GKXA 3FR3A 2GQLA 2MBSA 2PUKC 4BL7A 1G0TA 3DVXA 2J9HA 4OFNA 3LJRA 4IP6A 1QUWA 1G7OA 3APSA 3GHAA 2YP6A 4NHZA 7GSSA 1IYHA 2WGRA 2CVDA 2HZEA 2B3SA 2CAQA 4HOJA 4LA1A 2H1BA 1ERWA 3KJYA 5FT3A 1TRWA 5HR2A 1YJ6A 3HVXA 2CQ9A 3GUSA 3HKRA 2MZCA 1PA3A 4FYCA 3MWHA 3TJBA 3TOTA 1A2JA 3CMIA 4XHMA 2PVQA 4O7HA 4WR4A 1E6BA 1Z5YE 3F6FA 3R2QA 3VFIA 4ZBAA 2M46A 5D73A 1ACVA 1JZDA 2IMKA 5A5KA 3F3RA 5IO2A 1EZKA 5DQSA 1GSQA 5DQYA 1CQGA 2LQQA 4K2DA 1X5EA 1SENA 3EMPA 4MPFA 1KEBA 3TGZA 1TDIA 2B5EA 1EGOA 3Q18A 4RUVA 1XW9A 1AIUA 2C8UA 2VD1A 4K7OA 3TKSC 3K8NA 4JEDA 4ML6A 5LD0A 3KXOA 4I2TA 1SK1A 4QQ7A 2REMA 2BTOT 3IAM2 3P7XA 1J9BA 1Q98A 3HYPA 5G1LA 2DJ0A 4MF7A 2AB6A 3UOMA 3IV4A 1XOAA 1FG4A 4ZL9A 1T00A 2WFCA 4X0XA 3O76A 1OKDA 4RQRA 1M2BA 4NV2A 2RUFA 3SBCA 1JLVA 2L4QA 4J57E 4ZL7A 2L6DA 5KN2A 5D93A 5J9CA 5AGYA 1FOVA 4K1FA 1WJKA 1UVZA 1GSFA 4GXZA 3RAZA 1F3BA 5ECMB 5H5RA 1OVNA 2KP2A 1B4PA 1NHYA 4TVEA 4GRFA 3ZVJA 1W89A 4ECBA 4YAPA 1FAAA 1GUMA 1QFNA 1HNBA 3QR6A 3JCML 2LEGA 5C00A 1GL8A 3M9JA 4F03A 4MABA 1V98A 1XOBA 3KD0A 2E2MA 2WRTA 4HQZA 1MEKA 2GTUA 1PMTA 1M99A 1Z6MA 4HU9A 1BYEA 3UVTA 1TRSA 3WD6A 2PPTA 3VLNA 1B4QA 4PNFA 2AHEA 1BAYA 2L5LA 4IW9A 2H71A 1SL1B 3FR6A 3WGDA 1R5PA 2IPAA 3G9BA 4KE3A 4QL7A 3DWVA 4XRDA 4Z7XA 2FA4A 2C3QA 3GNJA 4EDZA 1YF1A 3APQA 5GAPD 4WF5A 1DBYA 2AJQB 1CQHA 4HQSA 3TKQA 1ZCPA 3NZNA 4OO4A 4YQMA 5F8BA 2H1DA 1XWKA 3HCZA 2YWNA 2AYTA 1XPVA 1JZRA 4KSOA 5DALB 1PD21 1X0RA 11GSA 4KDXA 2XHFA 4PQIA 2YCDA 2C0GA 4MJCA 1G7EA 2YWOA 4IVFA 3KEBA 5LCZA 5IM9A 2CA8A 2VOCA 2CAIA 1XVQA 1TXXA 2H75A 5CP1A 3QAGA 3F4SA 3CXGA 3J7Yb 5GSTA 3FZ5A 1WRYA 5ECKB 1THXA 4MF6A 5DBQA 3ZRDA 1M9BA 1ST9A 1RW1A 3BCKA 2IL3A 3GFKA 4JU5A 3H8QA 4L0WA 4L5LA 5KEJA 5IOXA 4OWYA 4K0NA 2R3XA 1GRXA 2B5YA 5LNKe 1V2AA 1A2MA 5IMAA 3TJJA 2VCQA 5IO0A 2GDRA 2IWTA 3MNGA 1AQVA 1WOUA 3ZIJA 1M9AA 4Q5RA 1T4ZA 3F9UA 3IBHA 1SK2A 2FWFA 4PUAA 6GSUA 4PNGA 1M7TA 4EE0A 4XIHA 5B8AA 2VUPA 5GAND 1QGVA 2KOKA 6GSVA 2J23A 5JWRB 4XS1A 4OCFA 2VL3A 1EWXA 3F63A 3CSHA 3GA4A 3AY8A 2H73A 1E2YA 1GUKA 4MZBA 2DIYA 5DALA 1PN9A 1ZMAA 3ISOA 3C71A 2QKEA 3RPNA 2L59A 4WF4A 1X5CA 5G5FA 4EKZA 1A24A 1AQWA 4KCEA 2WB9A 1ML6A 2VL2A 1UC7A 2V32A 4XTSA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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