1TK5B

T7 dna polymerase binary complex with 8 oxo guanosine in the templating strand
Total Genus 28
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
28
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for the dual coding potential of 8-oxoguanosine by a high-fidelity DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*CP*GP*AP*AP*A*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*AP*(DDG)P*TP*
molecule tags Transferase/electron transport/dna
source organism Enterobacteria phage t7
total genus 28
structure length 105
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1tk5B00
1MDJA 4N11A 3PH9A 4I6XA 2PGTA 2H01A 1KEBA 5G5FA 4KE3A 2PMTA 3FY7A 2NPBA 2EIQA 2CX4A 4EUYA 2CAIA 1TK8B 3VFIA 1GTBA 1YY7A 6GSUA 1OE8A 1OYJA 1AAZA 1Z5YE 1HD2A 3UOMA 2E2GA 2KP2A 3BD2A 2H1AA 3Q18A 4KGIA 2OBIA 1T1VA 2A2SA 3GKXA 4AF2A 4YQMA 1MD4A 4XCSA 3DMLA 4DSRA 2K8SA 2M80A 2DIYA 1R5AA 5HR0A 1TXXA 2EIOA 2B7KA 1I5GA 2A2RA 1LU4A 2H76A 1Y6EA 1O81A 3W8JA 1I9DA 5DDLA 2JSYA 2V2GA 1ZZYA 2AYTA 3L0HA 4TKYA 3ISOA 3A2WA 2WB9A 2KHPA 4IELA 4K0NA 1U88A 2P5QA 3A2VA 4GRFA 5HFKA 2XBIA 3ERWA 2DJ2A 3UARA 4YH2A 1BJXA 1FOVA 3HYPA 4DSSB 2YWMA 2OJLA 1XBSA 1WOUA 2WULA 2HRFA 4JR6A 1OC8A 3IOSA 1B9XC 1FB6A 1M0UA 5J41A 2C80A 4J56E 1SYXA 2XPDA 3NIVA 1QQ2A 5DALA 1JZDA 1O8WA 4NV2A 4HUAA 4WXTA 4F0CA 2GZYA 2MMNA 3F63A 4OD7A 4QL7A 4PNGA 4WEYA 2QGVA 4PQIA 1LJRA 2J9HA 3HY2A 2VL9A 5CRDA 1CQHA 1UN2A 22GSA 4K9ZA 1MTCA 3I69A 3RBTA 1TU8A 3IXRA 2GT5A 17GSA 4JEDA 4HZ4A 2C0GA 2CVDA 4ZBDA 1Z3EA 3P90A 1AQXA 2DSAA 3CBUA 2X8HA 1BEDA 4OO4A 3RHBA 2VD0A 4EO3A 3DWVA 3ZFBA 3RAZA 4ULXA 2H72A 4KDYA 5HR1A 3PGTA 3IHQA 1GSDA 2E0QA 3FR3A 2DJ3A 1GSEA 3TKSA 4TVEA 4ZL7A 4TW5A 4WR4A 4FIWA 2VCQA 3IV4A 5JWRB 2IFQA 4I5QA 4GSSA 1XWGA 1T4YA 2YZUA 3WD6A 3UJ1A 4TXOA 3EE2A 3QPMA 4XS4A 1GUKA 2OA7A 1ZL9A 2B6MA 1F37A 3TB2A 2AAWA 1USBA 3G7JA 5DALB 3EWLA 5IMVA 4EF0A 4JU5A 2LKUA 2P5RA 3KIJA 4IS0A 5HR2A 1SJ6A 2DBCA 4JRRA 4E8HA 2YOIA 1G6WA 2WZ9A 1VF4A 3PR8A 1M2AA 1WWJA 2P31A 1OC3A 4MDCA 2JU5A 4ML6A 1GTAA 1XCCA 3DGQA 5IPGA 2VCTA 4TOPA 2IN3A 3FEUA 4EC0A 1XWAA 5IM9A 2REMA 4J2FA 3BBYA 5KEJA 4GLTA 5A4UA 1EP7A 2M72A 5CAXA 4BVXA 3FR9A 2IFQB 4IJIA 3ZFLA 1EGRA 4MCUA 3GA4A 4TXOB 1FHEA 1OKDA 2F3MA 1V58A 3DVXA 4XS4B 2OACA 2PVOC 3GV1A 5F06A 3GHAA 2L59A 3F4RA 3TOTA 4ISDA 2B1LA 3M1GA 2H1GA 3S9FA 1TI3A 5ECMB 1O7UA 1YKAA 5CNWA 3APSA 5C04A 3O6TA 2GSSA 4IP1A 5G30A 2I4AA 4O92A 3J7Yb 4KDXA 4OFTA 1GSFA 2DJJA 1HNAA 3CXGA 5GZZB 5JWOB 1FO5A 2C0FA 1WE0A 2R6KA 1PKWA 2OE3A 3FHKA 2L4CA 3VWVA 3DYRA 1PN9A 4NHZA 5B6NA 6GSSA 1XWKA 5LNKe 3Q19A 1YZXA 3GRXA 3VPTA 3KP8A 5ELGA 2O7KA 3F4TA 2PU9C 3KMNA 1OE7A 1K0BA 3M0FA 2MMZA 1O8XA 3G9BA 4G2EA 3FR6A 4F82A 3G7YA 3IR4A 3KEBA 2GSTA 5GAND 5CREA 4POMA 1U6TA 2PERA 2C0EA 1ZYEA 5IMCA 4ZL9A 4IGJA 4NWYA 4IN0A 5L71A 3FZ5A 1JLVA 3U5RE 4HS1A 2JSZA 1LBKA 1YEPA 3DXBA 2GTUA 13GSA 4ILFA 1ACVA 2L5LA 4PURA 1T3BA 5KN2A 2MZCA 4TN8A 2JZSA 2JACA 1NM3A 2PN8A 3GKNA 5CO3A 3LSZA 3VPQA 3O3TA 1PD21 2IIYA 4ID0A 1X5CA 1X9SB 3ZMLA 2VCWA 1OAZA 4N0ZA 2O89A 2C8UA 6GSTA 4PXOA 2FUG2 3QAWA 2AJQB 2FLSA 4BWSA 3ZZXA 4OMVA 1KBNA 2WS2A 12GSA 1S3DA 3L4NA 1SKRB 1B9YC 3ZIVA 3VWXA 2K8VA 3GSSA 4E8EA 1XPVA 2WDUA 1GSYA 4BWQA 5IOXA 4EE0A 2CV4A 3WYWA 4AJ7A 4XTSA 5C00A 4HU7A 2PPTA 5ECRB 2L5OA 2HI7A 3C7MA 4XS6A 2X64A 3ZLPA 2ON5A 4HDEA 4HQSA 1EV4A 1YF1A 2DJ1A 2FCHA 9GSSA 1JZRA 3M8NA 4DSQA 2EIRA 4NPBA 1BYEA 1XVQA 4NHWA 1IYIA 1J9BA 3SBCA 3EINA 2CT6A 1E2YA 1EWXA 4RUVA 4OO5A 2FA8A 3G7IA 3V1WA 18GSA 2V6OA 2KLXA 2AHEA 3CSIA 3D0ZA 3BCIA 2LJAA 4GQCA 1OKTA 2ZCTA 3GSTA 1SJZA 2X99A 1TRSA 2ON7A 3EMXA 2HRNA 2YV9A 5COHA 1RK4A 4CDOA 4GF0A 1RW1A 5ECSA 1O85A 1AUCA 2B1KA 3GKMA 19GSA 4IW9A 3LYPA 4N30A 5KN3A 14GSA 1T4ZA 2HYXA 2XC2A 2E7PA 1TK5B 5D96A 1SKWB 2CVBA 2I81A 3GL5A 3QOUA 2OKAA 1R7HA 5F8BA 3GUSA 3IK9A 1YKCA 3AY8A 3VWUA 4LLRA 5ECLB 4EXJA 4MZBA 2LRCA 3DVWA 3BCKA 3N9JA 4ZXGA 1YF0A 4QL9A 3M9KA 4ECCA 4FYUA 3F9UA 5ECPB 2YJHA 4MJEA 1X5DA 4MJBA 5F0GA 3LWAA 1XOBA 1NHYA 2VL3A 2CVKA 5AIVA 4POKA 1ABAA 3F8UA 3BOAA 4Z7XA 2GZZA 1GTIA 3D22A 2M46A 3WT1A 2F51A 3TKSC 1GSUA 1GULA 2H6ZA 5IIZA 2XPEA 2YANA 4KCEA 1ZOFA 5D73A 1DE2A 2LV3A 1K0CA 3P7XA 3E9JB 3KTBA 2DMLA 4EKZA 4V2MA 1S3AA 4WBJA 1XW9A 1ERTA 2FWGA 4JZQA 1MD3A 4TRXA 1Z6NA 5IMDA 1XXUA 2MMOA 5GAPD 2VL2A 3KCMA 2C3NA 4FYCA 3O76A 4MF7A 5G1KA 2NBSA 2HT9A 4L5OA 5A4WA 4RI7A 1TRWA 1G7OA 3CYNA 4WF4A 1Y25A 1TU7A 3D5JA 4TXVA 1PX7A 2VLUA 4OFMA 4XRDA 5EPFA 1TP9A 5D9TA 2FNOA 4JR4A 5JWQB 3KMOA 4P3YB 3HD5A 3GX0A 3UIWA 5AISA 3QCPA 4Q5RA 2DMMA 3RPNA 2NDOA 5JCGA 5CP1A 5IMAA 3ZVJA 2HSHA 1SD9A 3HVXA 4EDYA 2JL4A 3IE3A 3L9SA 5KN0A 2FWHA 3I43A 2RIIA 4RQRA 1DBYA 2C0DA 2C4JA 5IOWA 1TI1A 2VO4A 2IPAA 2X8GA 1SU9A 1DUGA 3FW2A 3N5OA 5KN1A 1M7TA 3ZRDA 4LA1A 1C72A 3EU4A 5LCZA 2KUCA 5CRHA 2I3YA 4HJ2A 4JBBA 5J9CA 5G1LA 3ZIJA 4V1Ag 2LRNA 2IMFA 2HSYA 4G10A 4MMMA 4AJ8A 2H30A 1SENA 4X43A 3WGEA 3ZVJD 4H86A 1ML6A 4FYBA 3TJGA 1PL2A 1TDIA 1GSSA 1ZCPA 2JZTA 2N5BA 3H93A 1BQ7A 6GSWA 1WP0A 1MEKA 3KH7A 2H0GA 2VUPA 3GNJA 3FYGA 2H75A 5DBQA 3TOUA 1TK0B 4ECJA 3D4MA 3UBKA 2OE0A 3GH6A 4IBPA 1GRXA 3VURA 1FB0A 1U3AA 3HZ4A 4N10A 3P2AA 3R2QA 2AB6A 3MSZA 1W89A 5G2ZA 3TCOA 4F9ZA 2TRCP 4RI6A 2MMAA 5DAKA 1S3CA 1J08A 2K6VA 5CYYA 5ECQB 1Z9HA 4I8BA 1M2DA 4KSOA 2VCVA 3H1NA 1OVNA 1JFUA 1V57A 1B8XA 4KB3A 1H75A 1M2BA 2H71A 4DVCA 2FA4A 1FVJA 2WFCA 2H73A 1ERVA 4WF5A 1YEXA 3C1SA 2CX3A 2H0HA 1ST9A 1JLWA 5EVOA 4PNFA 2R3XA 5A5KA 4TR0A 2WRTA 5IMZA 1PSQA 1GTUA 1GH2A 2H6XA 2O8VB 2YN1A 2F9SA 2IJYA 3VK9A 5IO0A 3GMFA 2PUKC 3GL3A 5J3RA 1AIUA 1ERWA 4RQXA 5ECNB 1R5PA 3LFLA 4OFNA 1ILOA 2GLRA 1PX6A 3DD3A 2VLVA 5D93A 3NOFA 5H5SA 1TKDB 5HR3A 2MYGA 4OWYA 4MLYA 2VAFA 4O7HA 1Z7RA 1G6YA 2PWJA 4GCIA 4O5RA 1M99A 2TRXA 5DAKB 1K0MA 2DJKA 3MWHA 16GSA 2FY6A 3L78A 5DQYA 5H5QA 3GN3A 3C73A 3KD0A 1JHBA 1F6MC 3FZ4A 2L4QA 1JZOA 1WIKA 1GLQA 2FWFA 3SWLA 2LEGA 2YWOA 4Q5FA 2B5XA 2IMEA 3UMAA 4IVFA 3FK8A 3EURA 1VRSD 3KGKA 3VWWA 4L5LA 3IDVA 3TRQA 2H1DA 2DC5A 11GSA 2DIZA 4MZWA 2GQKA 6GSVA 4ZL8A 2V1MA 3LJRA 3ME8A 4LMVA 2YWNA 2D2ZA 2OE1A 1UA5A 1URMA 1GUHA 1GL8A 2WGRA 3IRAA 3M9JA 3Q74A 4IP6A 1KTEA 1XVWA 1GLPA 2JZRA 4KA0A 2F8FA 4PGTA 1AC1A 2YZHA 2C3TA 4ZB6A 5D9WA 3ZMKA 2IWTA 5ECIB 4LL4B 5IMFA 3C71A 1SL1B 3ME7A 1E6BA 1XWBA 3ERFA 4ECIA 4POLA 1PKZA 1XW5A 5INYA 2YP6A 2B5YA 1EV9A 3QAGA 4XS1A 1XZOA 2V41A 3UVHA 2OADA 1IYHA 3FKFA 2HLSA 1YJ6A 4WKWA 4MH3A 3HCZA 3GFKA 3CSHA 2QSIA 5B8BA 2ES7A 5FWGA 1A0FA 2V6KA 3F3RA 2V32A 2BJXA 2GSQA 5J5NA 3QAVA 4KW6A 2LSTA 2HZFA 3M3MA 5AGYA 1K0NA 1FVKA 1SJIA 2JADA 4I2TA 4PX1A 2VIMA 1QMVA 5JCWA 2PVQA 3HDCA 4K6XA 1N8JA 2WJUA 4I2UA 5GSTA 3LXTA 4D73B 3W8SA 3DRNA 2GQLA 3EYTA 4BA7A 2HE3A 4TR3A 2WCIA 1A8YA 2H19A 3P8WA 2O87A 1EP8A 1F2EA 2H8LA 3KH9A 1ZYQB 1B48A 3VI7A 2AUVA 2MBTA 3WGXA 3EMPA 1Q98A 3GX8A 2K18A 3WT2A 3J7Yk 1A23A 1KNGA 4V2NA 4YQUA 1GP1A 1UC7A 2A4VA 1GSQA 4GXZA 4AGSA 1AW9A 4KSMA 3IPZA 2FGXA 3UBLA 4MK3A 2EC4A 1BX9A 5EY6A 2O85A 5E4WA 1N2AA 5DJLA 1SL2B 2VOCA 3A5WA 3HKRA 2E2MA 3KJYA 3QFBC 5DCHA 2PBJA 4XIHA 5B7CA 4OCFA 5B6MA 3TJKA 3ZYWA 4MF6A 3H8QA 3L9VA 5HQPA 4N0VA 3U6VA 2BMXA 1T7PB 5E59A 1V9WA 5DJMA 2H6YA 3C8EA 2N5FA 3H79A 4MZCA 2VCXA 2RM6A 5ECHB 1VF2A 5GSSA 3GYKA 4JE1A 2GGTA 5D9VA 2MBSA 1DE1A 1WMJA 4XHMA 5D8IA 5ELAA 2ZUPA 4WETA 6GSXA 2LQQA 4ZBBA 2TIRA 2Z9SA 5CRGA 3D4TA 1EEJA 1MDKA 3IK7A 5ECOB 3OR5A 3HHVA 3TJBA 1ZGNA 4KAEA 1NW2A 1Z6MA 4ACSA 5ABRA 1V40A 3F4SA 4KCAA 3TGZA 3IAS2 2R5GA 2CZ2A 2C1YA 1EOGA 1O73A 2RLIA 3CTFA 1SYRA 1GNWA 5F07A 3DIEA 1BAYA 1PMTA 5DQSA 4V1Ap 2HZEA 4YAVA 3F6DA 3TDGA 3L9UA 3TUEA 4MJAA 4ZB9A 2X8CA 4O32A 4L8EA 1NSWA 2B5EA 4FH8A 1G7EA 4NXIA 2QKEA 2HXKA 3TKQA 1SK2A 3GTUA 1A2JA 4HEA2 2I1UA 1SKSB 1F3BA 2VCZA 1SK0A 5IPHA 4EDZA 20GSA 2GQMA 2QC7A 3I9V2 2CZ3A 4POBA 3E3EA 4HI7A 2P0GA 4EVMA 2L6CA 1Q4JA 1PGTA 8GSSA 5D9XA 2KP1A 3BJ5A 1XOAA 2GDRA 5IQYA 1FG4A 5ENUA 1F9MA 1PL1A 3GH9A 1G0TA 4F03A 2VLTA 3F3QA 3TRPA 3FZ9A 1T8EB 4G9HA 2HNLA 5AN1A 1K3YA 2VM1A 1XIYA 1TOFA 3EVIA 2CA8A 4HQZA 3ZTLA 4ML1A 5JCUA 4KUNA 2IMKA 2XBQA 1T00A 2H1BA 3HJMA 3FZAA 3CSJA 2HZEB 3MAKA 2YWIA 4YQVA 3CRUA 3DKSA 1PRXA 2IL3A 2R4VA 2LUSA 3LXZA 2RUEA 1ERUA 5A4VA 4MH2A 2L57A 3QD9A 4TR1A 3CMIA 1TRVA 4MABA 4MA9A 2FHEA 2G0FA 4ZB8A 3K8NA 2C3QA 4LMWA 1EZKA 3APQA 4MJCA 1WRYA 3KXOA 2LRTA 1O6JA 3GTUB 4IKHA 3VLNA 10GSA 4ZILA 2YJ7A 1K0OA 4WBRD 3KTLA 5LD0A 2RM5A 1HQOA 3GIXA 3GURA 3TKPA 1TTZA 4NV5A 3APOA 1OC9A 2XHFA 3W6GA 1AQVA 4K8MA 2CAQA 3ZL5A 1SK1A 1VF1A 5DVBA 1Z7PA 1PQNA 3KZQA 5FHIA 3ERGA 3UL3A 5ECKB 3VI5A 5HFIA 3I6AA 1A2LA 4X0XA 1EEMA 1HYUA 1TW9A 2B3SA 2GT6A 1EOHA 3E0UA 2FWEA 1K0DA 2IMIA 4QQ7A 2B7JA 1YDKA 5AIXA 1QUWA 5G31A 4MF5A 4IQ1A 3CTGA 4PUFC 4L0WA 3IAM2 1K3OA 1J0FA 1ON4A 3QDNA 4F0BA 3IBHA 3HXSA 3RDWA 1XWCA 1M9BA 1R26A 1MDIA 4TR1B 4DEJA 1B4QA 1A24A 3UAPA 3FRCA 4MP4A 1X5EA 1QFNA 2K9FA 5EL8A 4X1UA 3TKSE 2H0IA 4HZ2A 4K7NA 2VD1A 2HFDA 4FO5A 2R37A 4PQ1A 3KP9A 1VGLA 1X0RA 1A2MA 3C1RA 2LTKA 1QK8A 4K2DA 4KDUA 5H5RA 3EC3A 3US3A 1OC9B 1A8LA 2GZPA 5DCGA 2N5AA 4I97A 1K3LA 2GVPA 3LGCA 3TKRA 4OCEA 3CRTA 3A3TA 4KX4A 1PA3A 1M9AA 5G5EA 2J23A 4HOJA 1XW6A 3TRXA 4BL7A 2DLXA 2YCDA 4GQFA 2G2QA 3TJJA 1V2AA 4V2LA 4HJMA 5J4UA 1GUMA 5ID2A 1HNBA 1UVZA 1F3AA 4BVYA 3LQ7A 3A2XA 4ZBAA 2NTOA 4PQHA 4GWRA 4GSNA 1GNEA 4AJ6A 4IHUA 3F6FA 1FW1A 7GSSA 4LL1B 1SL0B 4CW9A 1CQGA 2H66A 1WJKA 3IC4A 3RHCA 4Q5QA 2LS5A 4K7IA 3TJFA 5HFGA 2FD3A 4K7OA 3QFAC 2GS3A 4J57E 2I9HA 2YPMA 4D73A 1AQWA 4ZIJA 3EU3A 4XRAA 3PINA 4PUAA 3QR6A 1HNCA 3HJPA 5IO2A 1V98A 4K1FA 1A0RP 1GWCA 1DSBA 3WGDA 1WPIA 1K0AA 4ECBA 1YQ1A 1U3IA 2LJRA 3HVSA 5B8AA 2LNTA 5J9BA 2IMDA 4F2IA 3QMXA 2RUFA 3ED3A 3HJOA 3D6IA 2LQOA 4G19A 2ZNMA 4HU9A 2LNSA 2YV7A 3IA1A 1TJDA 2BTOT 4Q5NA 3LG6A 3HVVA 1W4VA 1ZMAA 3MDKA 2LJKA 2VM2A 3GKKA 1XFLA 2KOKA 5F05A 2R2JA 5ID2B 5CRWA 2L6DA 2YNXA 3LYKA 5FT3A 1TRUA 3LEFA 4NAXA 1X9WB 3UEMA 1U87A 3ZITA 4KH7A 1FAAA 1BG5A 1SD8A 2CQ9A 2NVLA 2DJ0A 2GSRA 6GSYA 3UVTA 4EL1A 1QXHA 3DEXA 3LORA 4MPFA 4GSTA 3F0IA 2H70A 4CHSA 3RPPA 3ZREA 1AXDA 1THOA 4YAPA 2VL2C 4KNDA 3HA9A 4IQAA 2AV4A 1RQMA 3H4KA 3KM6A 4TR4A 2OBKA 2H74A 3MNGA 3D21A 4WR5A 1H4OA 3HZ8A 3JCML 4K0GA 1B4PA 4IJ3A 1QGVA 4BPYA 1NHOA 1R4WA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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