1URM | Genus

Total Genus 49

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	49
sequence length	162
structure length	162
Chain Sequence	SAPIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGSSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVACLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTCSLAPNIISQL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__236671884733246__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__236671884733246__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1URM/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__236671884733246__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"236671884733246","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1URM/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__236671884733246__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc3780e34c94b25220d5c8/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc3780e34c94b25220d5c8/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc3780e34c94b25220d5c8/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc3780e34c94b25220d5c8/pdb.gz): 568 ms

reading 162 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

162 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:161});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Antioxidant enzyme
source organism	Homo sapiens
publication title	Crystal Structure of the C47S Mutant of Human Peroxiredoxin 5 doi rcsb
molecule keywords	PEROXIREDOXIN 5
total genus	49
structure length	162
sequence length	162
ec nomenclature	ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date	2003-10-31

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF08534	Redoxin	Redoxin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	1urmA00

4WBRD 1R5PA 1BQ7A 1WOUA 4TR3A 1GUMA 3RPPA 5B6MA 4G19A 1H75A 4V1Ap 2V32A 3ZIVA 2ON5A 3GX8A 2ZNMA 11GSA 1SENA 3CRTA 2YWMA 4IELA 1LBKA 2GSQA 2K9FA 2FGXA 4KDYA 3C1SA 4K0NA 3LEFA 4KW6A 1TP9A 1WRYA 3UMAA 4TKYA 4ZBDA 1GNEA 2VLVA 3GRXA 1CQGA 5JCUA 3US3A 1EGOA 4KAEA 4L0WA 1AQVA 1URMA 2HSYA 4PXOA 1S3AA 5DCGA 3MNGA 2B1KA 4HJ2A 1EZKA 1GLQA 1GSSA 4V2NA 4MF5A 4K7NA 1BG5A 1NSWA 3VLNA 4EL1A 2GZYA 1RQMA 2I4AA 1M99A 5G2ZA 2JADA 3DIEA 5J3RA 2IMEA 4ECBA 1JFUA 3GV1A 2V41A 5IMFA 2BJXA 2LNSA 1DUGA 4TR1A 4MMMA 3A2WA 3GNJA 4KDXA 1XWKA 1XVQA 5CNWA 4LLRA 4DSSB 2PVOC 3LYPA 3QPMA 1G6WA 6GSUA 1T4YA 3ME8A 4TOPA 1TK0B 2CVBA 4JBBA 1JHBA 4O7HA 5DCHA 4TN8A 1F9MA 1F6MC 4IP6A 2P5RA 4GSSA 4O32A 3TKSC 2YCDA 5CRHA 5IPHA 1FAAA 5F0GA 2CVKA 1GSDA 4OFTA 4ILFA 4XS6A 5AN1A 2I9HA 5JWOB 3IK7A 4IN0A 3QD9A 1Z7RA 3TRXA 3FZAA 2AYTA 2AUVA 1HNBA 2P31A 3GKNA 4Q5NA 4ULXA 3ZITA 2GSTA 4CW9A 5CRWA 5HR2A 4WKWA 2JZTA 2RM6A 3GH9A 4IS0A 4Q5FA 2IPAA 3L9VA 3DYRA 4EDYA 3GKMA 2GQMA 1Y25A 1OE8A 1ERWA 5HR3A 2H72A 1FG4A 4TR1B 3RDWA 1SJZA 2NPBA 1MDJA 1SKRB 2J23A 3KH7A 3TKRA 5LCZA 2LQQA 1GL8A 2H0GA 4RUVA 3RBTA 3C8EA 5DAKA 5DJMA 3FHKA 1EV4A 3ISOA 3VWXA 1MD4A 4ZBAA 4POLA 3APQA 5IO0A 1UA5A 3PH9A 3WYWA 3VURA 3FZ5A 5B6NA 1M9BA 4TW5A 1OKDA 4K2DA 2X8HA 1SKSB 1RK4A 5GSTA 1BX9A 3P2AA 3GKXA 2MMAA 3UARA 2YOIA 3MSZA 1GUHA 4HOJA 3KP8A 1GTUA 2H8LA 3UBKA 3ZYWA 3L4NA 1TDIA 3KMOA 5E4WA 4QQ7A 3EE2A 5E59A 4CDOA 1XWAA 2H70A 4WEYA 3BCIA 4K8MA 3AY8A 1MTCA 2LRTA 2KLXA 2OKAA 3D4TA 2GLRA 2YP6A 4MH2A 2LS5A 2KOKA 5JWRB 3O76A 2F8AA 1W89A 3A3TA 2FNOA 4IQ1A 4MJCA 3C7MA 4HS1A 1YDKA 5IM9A 5COHA 3QAWA 3C73A 4HEA2 1PL2A 5F06A 5DAKB 2OBIA 2VOCA 2KP1A 1V57A 1U3IA 2VCXA 2HXKA 3DEXA 1UVZA 3LG6A 3ZIJA 1T7PB 1ZYQB 3E0UA 5GZZB 4Q5RA 4YQUA 2C3TA 2TRCP 3DVWA 1GSUA 3FKFA 3G7IA 1KTEA 2IMIA 4G9HA 2QSIA 4KCAA 4ISDA 3G9BA 2RUEA 4LL1B 2WS2A 1O6JA 1M2BA 5ENUA 3IA1A 5G30A 1SL1B 4LMVA 4H86A 1GTIA 2JZRA 3U6VA 2CAIA 4PQ1A 3HVVA 2CT6A 1LU4A 7GSSA 1V40A 3KIJA 1J08A 2KP2A 1B9YC 1GH2A 2WZ9A 3IPZA 1M9AA 3APOA 2CVDA 1MD3A 6GSSA 20GSA 2F9SA 3F4TA 1TOFA 1PX6A 3LSZA 4POMA 2GGTA 1GRXA 2GVPA 4KSMA 4HDEA 3IK9A 2QC7A 1K0OA 3WT2A 2IFQB 2O89A 3EMPA 1GTBA 5KEJA 2HRFA 4EF0A 2C4JA 3VI7A 5DQYA 1NM3A 5KN0A 2B5EA 3HVXA 4OO4A 1TU8A 3ZTLA 3HJPA 3GSSA 4MP4A 2PVQA 4KDUA 3VK9A 1USBA 3GL3A 2H0HA 1XXUA 1GSQA 2RUFA 1WWJA 4JRRA 1M7TA 2IL3A 4MDCA 2HFDA 3O3TA 3KGKA 5ID2A 2VL2A 4F03A 2H0IA 5H5RA 1X5EA 2GQLA 5ECHB 3FYGA 1J0FA 2L4QA 4L5LA 1X0RA 3E9JB 2ES7A 3RPNA 2H1BA 3ZREA 3GURA 3WGXA 1M2DA 1FW1A 2DIZA 4E8HA 4XS1A 2VL9A 1XW6A 3BD2A 2IN3A 17GSA 2LSTA 3F6DA 2VLUA 2YANA 1EEJA 2GT6A 3TOTA 4N11A 5ELAA 4ZB6A 1K3OA 2BMXA 2JZSA 3FR3A 1G7EA 4XHMA 4TVEA 4TXVA 1VGLA 3UEMA 3KTBA 2FD3A 1TI3A 3NZNA 3LXZA 5G1LA 1TK5B 4POBA 3CYNA 1QMVA 2O85A 1ERUA 1WPIA 3H4KA 3J7Yk 1ST9A 2LV3A 5A5KA 5FWGA 2R37A 2HRNA 3EWLA 4MF7A 4EE0A 4KGIA 2H6YA 3ERGA 2CA8A 3M9KA 2WGRA 3IBHA 4FIWA 3ZMKA 1SK2A 2C3NA 4TXOA 3A2VA 2FLSA 2L6DA 2PPTA 2DJJA 4KH7A 2FCHA 2X8CA 1XWBA 4MPFA 2ZCTA 1V58A 2YWNA 4EUYA 5IMVA 5J9BA 2H6XA 3IRAA 1U87A 2R5GA 2TIRA 4DSSA 5D9VA 3QR6A 1XPVA 1T3BA 4K6XA 4XIHA 3CSHA 5A4VA 1PN9A 3KJYA 1SK0A 4PQHA 2YWOA 3UJ1A 3HA9A 1E2YA 5EVOA 5IOWA 4ML1A 4IKHA 4OMVA 1PX7A 4I2UA 2OBKA 2VIMA 2AV4A 2YV9A 3CBUA 3Q18A 5KN2A 3VWVA 1ZCPA 3GA4A 1PL1A 2LTKA 3KD0A 1O73A 5ECSA 4O5RA 1BEDA 13GSA 1G6YA 5EY6A 3Q19A 3GIXA 1O8WA 5A4UA 3D21A 4NPBA 3H8QA 4EVMA 2X64A 4IGJA 2CZ3A 4IHUA 1YEPA 3FR6A 2GS3A 3U5RE 3TDGA 3SWLA 1Z6MA 3LQ7A 4MK3A 5CRDA 16GSA 5IMAA 1YJ6A 4OFNA 2DJ3A 4RQRA 2V6OA 2MZCA 3ERFA 4TXOB 1EEMA 1FHEA 3UIWA 1Q4JA 1OC8A 2IIYA 1GNWA 4BWSA 2DJ0A 4MZWA 4IW9A 4WF4A 3LXTA 3EU3A 4ZB9A 2MBSA 2X99A 2NVLA 3D6IA 3WGEA 2O87A 4J56E 3APSA 3W8JA 3IR4A 2DMLA 2VL2C 3PINA 3F3RA 4WBJA 2E2MA 3TGZA 4JEDA 4EC0A 1KBNA 2LQOA 1A23A 4JZQA 2CZ2A 6GSXA 2K18A 1FO5A 2YZHA 2FUG2 1VF4A 4LMWA 2FA4A 1EOGA 4WR4A 2LUSA 1QQ2A 3TJKA 1A24A 2IMDA 4GF0A 4MCUA 1DSBA 3ERWA 2JSYA 1SL0B 3SBCA 4EDZA 4EO3A 1AXDA 4XCSA 1NHOA 2XBIA 2C8UA 2H75A 1UC7A 4FYCA 2VL3A 4BPYA 1B4QA 2MMZA 1HQOA 1BAYA 4QL7A 6GSTA 1K0AA 2CX4A 1CQHA 3QAGA 1KNGA 3H93A 3C71A 2VCQA 3KTLA 1MEKA 3GX0A 3DMLA 2LJKA 2WJUA 1Z5YE 5CP1A 2A2RA 3M0FA 3GN3A 1B9XC 1OC9B 5C04A 2H66A 2H30A 3QDNA 1YQ1A 4GSTA 3QCPA 2CQ9A 2HZEB 5ECIB 2QGVA 1K0DA 1QFNA 2JSZA 6GSYA 4OO5A 3HCZA 2B5YA 1TRVA 4JR4A 2O7KA 2FWEA 3TJGA 4L8EA 4MLYA 4MJAA 1V9WA 5LD0A 1GUKA 2R6KA 1UN2A 3ZFBA 1O81A 5G31A 3UOMA 1A0FA 5D9TA 2NDOA 4I8BA 5AIXA 4KNDA 2J9HA 5G5EA 2YJ7A 2BTOT 1ABAA 3F0IA 1A0RP 5J41A 2XBQA 1THOA 4DEJA 3GMFA 3P7XA 2DIYA 2H01A 1C72A 4G10A 3WGDA 4P3YB 2CX3A 2N5BA 5DALA 3I6AA 3E3EA 4I97A 4PNFA 2WCIA 1ZYEA 8GSSA 1R26A 2C0FA 1TTZA 5ECMB 3V1WA 3MDKA 1N8JA 1WJKA 4GXZA 4DVCA 5ELGA 4G2EA 4F82A 2IFQA 4ZB8A 4BWQA 5ECLB 3BOAA 5HFKA 1XWCA 2DJ1A 2LRCA 3EMXA 1OC3A 3EVIA 1DE2A 1GSEA 1ZOFA 1XIYA 1SJ6A 4L5OA 2VAFA 1ON4A 2IMFA 4NV5A 2EIQA 1HYUA 4IQAA 5CREA 3DGQA 1DBYA 1M0UA 2D2ZA 1XW9A 2F8FA 1VF3A 4EXJA 3TOUA 1K0BA 1W4VA 2PGTA 5IOXA 4FYBA 3ZVJA 3VPTA 2NTOA 2E0QA 1YKAA 2GTUA 3D4MA 3CXGA 1GLPA 1H4OA 1ILOA 1SKWB 2H1DA 3EU4A 1YF0A 1XBSA 4ZL8A 5KN3A 4KX4A 3IHQA 2V1MA 1TRSA 4RQXA 5ECRB 2OE1A 4KUNA 4YQVA 3BBYA 3TJFA 5DALB 1JZOA 3IAM2 1K0MA 4K1FA 4PUAA 1K0NA 4PGTA 2O8VB 2ZUPA 3EINA 4MH3A 1B4PA 22GSA 2YWIA 2AHEA 4GQCA 4ZILA 1FB0A 1THXA 2XC2A 4FYUA 3HDCA 4BA7A 5HQPA 2Z9SA 4D73A 5JWQB 19GSA 2C80A 3DD3A 3P90A 4GRFA 2CAQA 6GSWA 2H73A 4IP1A 5D9WA 2REMA 3TKPA 2P5QA 4OCEA 5IIZA 4MJBA 4YQMA 4K9ZA 3TRPA 2QKEA 4CHSA 3QFAC 3DXBA 5ECPB 1JZWA 3VPQA 5D93A 4F2IA 1K0CA 5H5SA 3F4SA 1M2AA 5F8BA 1HD2A 5IMDA 4PX1A 5J9CA 3OR5A 1PQNA 4ECCA 4XTSA 1DE1A 1K3LA 2E2GA 1SU9A 3DWVA 4XS4B 3UVTA 3N9JA 4POKA 5ECQB 2HE3A 4NHZA 3LORA 1PGTA 4WETA 4YAPA 2L6CA 3A2XA 4EKZA 2PWJA 3EURA 2F51A 2VUPA 1AW9A 3LGCA 2B1LA 3UAPA 3TUEA 2OACA 1GULA 4D73B 3IDVA 5FHIA 4N30A 5IMZA 4MZBA 4MPGA 5INYA 1YZXA 4HI7A 1PKWA 1SYXA 2G2QA 4NXIA 1Q98A 3FY7A 3G7JA 2K8VA 1PMTA 1K3YA 4V1Ag 3ZLPA 1SL2B 3LFLA 2LJRA 3GHAA 4ZL9A 3CMIA 3ZMLA 1TU7A 3HYPA 5IPGA 1AAZA 2HT9A 2R4VA 1SK1A 1XOBA 2B7KA 4PNGA 4FH8A 1O85A 3GTUA 3M9JA 1XFLA 1TJDA 3HY2A 2EIOA 5B8BA 1Z7PA 3O6TA 4NV2A 4Q5QA 4MA9A 1KEBA 3DRNA 2DJKA 4HZ2A 3G7YA 3ZZXA 2PUKC 1YY7A 4HUAA 2K6VA 3IE3A 2X8GA 1ZL9A 3VFIA 3KP9A 3FEUA 2L5LA 5EL8A 1XOAA 1GTAA 4KSOA 2DJ2A 3M3MA 1X5DA 2VM2A 5CRGA 3D22A 1XWGA 3IXRA 3FRCA 3KMNA 1ML6A 2P0GA 4MABA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4QL9 A;  1B48 A;  2LJA A;  1J9B A;  3ME7 A;  2C0D A;  4O92 A;  3TKS E;  1XW5 A;  2H1G A;  3L78 A;  1LJR A;  4N0V A;  2F3M A;  3D5J A;  3PGT A;  2LKU A;  2IJY A;  3TKS A;  5G1K A;  1U88 A;  4F9Z A;  3ED3 A;  1S3R A;  18GS A;  4I5Q A;  4RI6 A;  1A2M A;  3R2Q A;  3LJR A;  2IWT A;  5A4W A;  2C1Y A;  1B8X A;  3GFK A;  1EOH A;  4WF5 A;  1G7O A;  1Z6N A;  1WIK A;  1EP7 A;  3H79 A;  3ZFL A;  1VF1 A;  4JE1 A;  2VLT A;  1F37 A;  5CO3 A;  4KA0 A;  3WT1 A;  4J2F A;  2OE3 A;  3LW9 A;  4YKG A;  3WD6 A;  1A2J A;  5D73 A;  2LNT A;  4OD7 A;  1AC1 A;  1SYR A;  3KCM A;  2VCZ A;  1PD2 1;  2VCW A;  4NMU A;  2VD0 A;  2GSS A;  2E7P A;  4TRX A;  4BL7 B;  2OAD A;  3UL3 A;  2L59 A;  4HU7 A;  3GST A;  2M46 A;  3FK8 A;  1ERV A;  2FWH A;  5DJL A;  4Z2T A;  3QAV A;  2ON7 A;  2VCT A;  3W8S A;  4HZ4 A;  2WRT A;  4PUF C;  1X9W B;  5H5Q A;  4NHW A;  4ECI A;  3NIV A;  1V2A A;  1EGR A;  5ID2 B;  1AQW A;  1I5G A;  2FA8 A;  4LA1 A;  3TB2 A;  2NBS A;  5KN1 A;  4IJI A;  2L4C A;  3L9U A;  5F07 A;  2A2P A;  3ZL5 A;  1WE0 A;  2L57 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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